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Identificação e caracterização de levedura do gênero Lachancea Kurtzman isolada de mosto de alambique da Zona da Mata do Estado de Pernambuco

PEREIRA, Luciana Filgueira 31 January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:02:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O presente trabalho teve como objetivo a identificação de um isolado de levedura coletado de um alambique no município de Paudalho-PE preliminarmente identificado como Zygosaccharomyces sp. Para elucidar o posicionamento taxonômico deste isolado foram utilizados os métodos taxonômicos convencionais e moleculares e feitas algumas inferências filogenéticas. Os ascos produzidos pelo isolado SPC2(7) assumiram a forma de halteres típica de espéciesdos gêneros Zygosaccharomyces e Lachancea. Os ensaios de assimilação de diferentes fontes de carbono e de nitrogênio e os testes de capacidade fermentativa mostraram que este isolado apresenta características fisiológicas distintas de todas as espécies pertencentes a ambos os gêneros. Já os padrões fenéticos obtidos com o uso de marcadores do tipo DNA-fingerprinting , mostraram a similaridade do isolado SPC2(7) com as espécies Lachancea cidri e Lachancea fermentati. A seqüência de nucleotídeos da região D1/D2 do gene ribossomal 26S confirmou que o isolado SPC2(7) pertence ao gênero Lachancea, além de mostrar sua completa similaridade com a seqüência homóloga da linhagem IFO11066 isolada no Japão que foi parcialmente classificada como Zygosaccharomyces sp. As análises de agrupamento genético tanto da seqüência D1/D2 como ITS1-5.8s-ITS2 pelos métodos de Máxima Verossimilhança e Neighbor-joining definiram o isolado SPC2(7) como um ramo filogeneticamente distinto de L. cidri e L. fermentati. A partir destes resultados, pode-se sugerir que o isolado SPC2(7) corresponde a um representante de uma nova espécie de levedura denominada neste trabalho como Lachancea mirantinus
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Estudos taxonômicos de espécies do gênero Culex (Diptera: Culicidae) da região neotropical, utilizando a subunidade I do gene mitocondrial citocromo oxidase / Taxonomic relationships among neotropical species of genus Culex (Diptera: Culicidae) inferred from Cytochrome C Oxidase I mitochondrial gene sequences

Bruna Demari e Silva 24 September 2009 (has links)
Diversas espécies de mosquitos do gênero Culex Linnaeus são vetores de nematóides que causam filariose linfática (Wuchereria bancrofti) e de vários arbovírus, incluindo o Vírus do Nilo Ocidental (VNO) que causa encefelites em animais e humanos. Embora seja o maior gênero da família Culicidae, com 763 espécies conhecidas, pouco se sabe sobre a taxonomia e as relações filogenéticas do grupo. Considerando-se a grande diversidade de espécies do gênero Culex, as dificuldades para a identificação morfológica, devidas principalmente ao fato das fêmeas serem morfologicamente muito similares, o presente trabalho teve como objetivos: (1) Solucionar problemas relacionados à nomenclatura; (2) Estimar as relações filogenéticas entre espécies de diferentes subgêneros; (3) Examinar o monofiletismo de subgêneros da Região Neotropical; (4) Estimar as relações evolutivas entre subgêneros neotropicais; (5) Estimar a posição filogenética do gênero Lutzia em relação à Culex; (6) Discutir sobre a utilização do gene citocromo c oxidase da subunidade I (COI) para o gênero Culex. Foram analisadas sequências correspondentes a um fragmento de 478 pares de bases do gene COI de 36 indivíduos pertencentes a 16 espécies do gênero Culex. Foram avaliadas espécies de quatro subgêneros, Culex, Phenacomyia, Melanoconion e Microculex e uma espécie do gênero Lutzia. As sequências do gene COI foram comparadas através das análises de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Bayesiana. Os resultados das análises das sequências de COI, utilizando ao modelo de Kimura 2-parâmetros, de Culex dolosus, Culex mollis e Culex imitator, demonstram a presença de divergências intraespecíficas altas (3,1%, 2,3% e 3,5%, respectivamente). Os valores do modelo Kimura 2-parâmetros indicam que esses taxa podem representar complexos de espécies. As topologias de MV, MP e Bayesiana mostraram que tanto o gênero Culex como o subgênero Culex são parafiléticos, pois o primeiro não inclui o gênero Lutzia e o segundo exclui o Phenacomyia. Os resultados indicam que Lutzia é subgênero de Culex e Phenacomyia um grupo monofilético do subgênero Culex. O marcador molecular COI foi de fácil utilização e análise, provando ser ferramenta útil para estudos filogenéticos e para a taxonomia molecular de Culex / Species of the genus Culex Linnaeus mosquitoes have been pointed out as the main vectors of lymphatic filariases. Furthermore, they are important vectors of encephalitis across the world, including the West Nile Virus. Although being the major genus in Culicidae family, with 763 valid species, Culex, in a taxonomic and phylogenetic sense, is one of the least known. Considering the great diversity of species of mosquitoes in this genus, and the fact that females of several species are vary similar morphologically, the present study aimed to: (1) Solve problems related to nomenclature (2) estimate the phylogenetic relationships of species used in the work; (3) examine the monophyly of subgenera of the Neotropical Region; (4) estimate the evolutionary relationships between neotropical subgenera; (5) estimate the phylogenetic position of the genus Lutzia in the Culex, (6) discuss the use of the gene cytochrome c oxidase subunit I (COI) to the genus Culex. We analyzed sequences corresponding to a fragment of 478 base pairs of the COI gene of 36 individuals belonging to 16 species of the genus Culex. Species were evaluated in four subgenera, Culex, Phenacomyia, Melanoconion and Microculex and one species of the genus Lutzia. The COI gene sequences were compared using analysis of Maximum Parsimony, Maximum Likelihood and Bayesian. The results of the analysis of the COI sequences, used the model of Kimura 2-parameters of Culex dolosus, Culex mollis and Culex imitator, demonstrate the presence of high intraspecific divergence (3.1%, 2.3% and 3.5% respectively). These values indicate that these taxa may represent complexes of species. The topologies of ML, MP and Bayesian showed that both genus Culex as subgenus Culex are paraphyletic because the first does not include the genus Lutzia and the second excludes the Phenacomyia subgenus. The results indicate that Lutzia is a subgenus of Culex and Phenacomyia is a monophyletic group of subgenus Culex. The molecular marker COI was easy to use and analyzing, proving to be useful tool for phylogenetic studies and the molecular taxonomy of Culex
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Caracterização molecular de dípteros imaturos com interesse forense

PEREIRA, Bárbara Natieli Silva 11 March 2016 (has links)
Submitted by Natalia de Souza Gonçalves (natalia.goncalves@ufpe.br) on 2016-09-23T12:27:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Bárbara - Dissertação (1).pdf: 1256778 bytes, checksum: f7860c2ccf9b24ebb97f4ef0f9969fa5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-23T12:27:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Bárbara - Dissertação (1).pdf: 1256778 bytes, checksum: f7860c2ccf9b24ebb97f4ef0f9969fa5 (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 / CNPq / A Entomologia Forense é a aplicação de insetos, ácaros e outros artrópodes em investigações criminais. Na Medicina Legal, sua principal aplicação é na elucidação de crimes violentos. Para tanto, faz-se necessária a correta identificação das espécies, o que, por muitas vezes é uma tarefa difícil, principalmente na fase larval por apresentarem poucas diferenças morfológicas. Tendo em vista esta dificuldade para identificação, o presente trabalho objetivou identificar através de técnicas de biologia molecular espécimes imaturos de dípteros com interesse forense. Foram coletados dípteros imaturos em dez cadáveres decompostos recém-admitidos aos Serviços de Medicina Legal dos estados da Paraíba e Pernambuco. O DNA foi isolado a partir da técnica de extração orgânica. Em seguida, foram realizadas reações de amplificação e sequenciamento de um segmento do gene citocromo B. As sequências foram identificadas através da busca por homologia contra sequências depositadas no GenBank a partir do BLASTn; os grupos monofiléticos foram agrupados através do modelo K2P, conduzidos no programa MEGA e a diversidade genética estimada no DNAsp. Por meio das análises foi possível identificar seis espécies pertencentes a três famílias, estando a espécie Chrysomya albiceps presente em seis cadáveres decompostos; as análises de diversidade genética para C. albiceps revelaram baixo polimorfismo, propondo ausência de barreiras genéticas entre as populações. Conclui-se que o marcador é eficiente para a identificação de espécies, no entanto para diversidade genética faz-se necessária a utilização de marcadores alternativos. / Forensic Entomology is the application of insects, mites and other arthropods in criminal investigations. In Legal Medicine, its main application is in the elucidation of violent crimes. Therefore, the correct identification of the species is needed, which in is often a difficult task, especially in the larval stage when they have little morphological differences. In view of this difficulty in identification, this study aimed to identify, by molecular biology techniques, immature specimens of Diptera with forensic interest. Were collected immature Diptera in ten decomposing corpses newly admitted to the Legal Medicine Services of the states of Paraiba and Pernambuco. DNA was isolated from the organic extraction method with phenol-chloroform. Then, were performed amplification and sequencing reactions in a segment of the cytochrome B gene. The sequences were identified by homology search against sequences deposited in GenBank throught BLASTn; the monophyletic groups were grouped by the K2P model, conducted in the MEGA program and the genetic diversity estimated in DNAsp. Through the analysis was possible to identify six species belonging to three families, being the kind Chrysomya albiceps present in six decomposing corpses; the analysis of genetic diversity for C. albiceps showed low polymorphism, suggesting the absence of genetic barriers between populations. It concludes that the marker is effective for identifying species, however for genetic diversity is necessary the use of alternative markers.
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Identificação de leveduras dentro do complexo Saccharomyces sensu stricto por PCR-fingerpriting

SANTOS, Scheila Karina Brito dos January 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo5192_1.pdf: 788582 bytes, checksum: 9c493ee2ba6857656c0a20883bb05c1f (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / A relação biológica de leveduras industrialmente importantes do complexo Saccharomyces sensu stricto causa equívoco na correta identificação das leveduras. Por isso, este trabalho apresenta a técnica de PCR - fingerprinting com diferentes marcadores que identificaram com eficiência as verdadeiras espécies do complexo Saccharomyces sensu stricto e indicaram os híbridos naturais isolados de processos industriais. Linhagens tipo, linhagens comerciais de vinho e leveduras isoladas de vinho artesanal foram submetidas à análise de PCR - fingerprinting usando oligonucleotídeos únicos (SPAR) e análise de restrição de genes ribossomais e estruturais. Todas as seis espécies reconhecidas do complexo Saccharomyces sensu stricto foram discriminadas e erros na taxonomia anterior das leveduras de vinho foram observados. Além disso, estes marcadores SPAR mostraram a complexidade da constituição híbrida dos isolados industriais. O uso de marcadores SPAR pode ajudar na identificação de leveduras isoladas da indústria e do meio ambiente dentre uma das seis espécies do complexo Saccharomyces sensu stricto e seus híbridos interespecíficos, e na reclassificação de linhagens depositadas em coleções de leveduras. Embora este conjunto de marcadores falhe em determinar a contribuição de parentais no processo de hibridização, pode eficientemente traçar a dispersão de leveduras híbridas que foram originadas em eventos simples de hibridização. O padrão único gerado pelos marcadores SPAR foi bastante eficiente no monitoramento da população de leveduras durante o processo de fermentação industrial e pode detectar a aproximação de leveduras híbridas em cada meio ambiente
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Screening farmacológico e diversidade bacteriana do muco de Palythoa caribaeorum (Cnidaria, Anthozoa) da praia de Porto de Galinhas-PE, Brasil

MELO, Liany Figuerêdo de Andrade 12 September 2017 (has links)
Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-10-05T21:52:00Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Liany Figuerêdo de Andrade Melo.pdf: 5680979 bytes, checksum: 26509ea8aef8d1d77265831744059bb7 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-11-22T19:01:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Liany Figuerêdo de Andrade Melo.pdf: 5680979 bytes, checksum: 26509ea8aef8d1d77265831744059bb7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-22T19:01:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Liany Figuerêdo de Andrade Melo.pdf: 5680979 bytes, checksum: 26509ea8aef8d1d77265831744059bb7 (MD5) Previous issue date: 2017-09-12 / FACEPE / Palythoa caribaeorum (baba-de-boi) é um cnidário marinho que secreta um muco viscoso o qual apresenta propriedades farmacológicas e abriga uma série de bactérias com potencial de aplicação biotecnológica. No presente trabalho, objetivou-se obtenção desses micro-organismos associados ao muco de populações do zoantídeo oriundas da praia de Porto de Galinhas, litoral sul de Pernambuco, para fins de prospecção de produtos naturais. Foram isoladas 281 bactérias das quais 55 cepas se mantiveram viáveis após o subcultivo e preservação. A identificação dos isolados foi realizada a partir do sequenciamento dos genes 16S rDNA e rpoB, resultando na obtenção de 18 espécies pertencentes aos filos Firmicutes (37 isolados, 67%), Actinobacteria (11 isolados, 20%), Proteobacteria (5 isolados, 9%) e Bacteroidetes (2 isolados, 4%). Exiguobacterium aurantiacum correspondeu à espécie mais abundante com 9 isolados, enquanto o gênero Bacillus se apresentou como o mais diverso, totalizando 19 isolados distribuídos em 8 espécies distintas. Os isolados de Bacillus spp. foram selecionados para investigação do potencial de produção de 8 enzimas em meio sólido. Todas as cepas produziram pelo menos 4 das enzimas investigadas, com gelatinase sendo a mais frequente (19 isolados), seguida por esterase (18), caseinase (17), amilase (12), poligalacturonase (12), pectato liase (12), celulase (11) e lipase (11). Os isolados B. thuringiensis BCLTHR-01 e B. subtilis BCLSUB-02, 03 e 04 foram os melhores produtores enzimáticos, com resultados positivos em todos os ensaios. A cepa BCLTHR-01 também foi investigada quanto ao potencial biolarvicida contra Aedes aegypti. Para produção das toxinas, foi desenvolvido um processo fermentativo em biorreator operando em batelada com um meio de cultura desprovido de carboidratos como fonte de carbono. A biomassa tóxica concentrada (10⁹ UFC/mL) obtida após 48h de fermentação mostrou atividade biológica com valores de CL₅₀ de 0,849 ppm (intervalo de 0,792 a 0,900 ppm) e de CL₉₀ de 1,285 ppm (intervalo de 1,190 a 1,434 ppm), comprovando o potencial de aplicação deste isolado para o controle do vetor. As bactérias marinhas associadas a P. caribaeorum são potencialmente excelentes fontes de metabólitos bioativos. A presença de espécies capazes de degradar hidrocarbonetos, fixar nitrogênio, metabolizar enxofre e produzir enzimas e toxinas com diversas propriedades sugere que o zoantídeo se beneficia através da assimilação de compostos complementares ao seu metabolismo e através da aquisição de um mecanismo adicional de defesa contra patógenos. A complexidade do ambiente marinho induz à adaptação dos micro-organismos, resultando na produção de uma diversidade de moléculas com propriedades únicas que lhes permitem suportar as condições severas dos processos industriais, tornando-as interessantes objetos para aplicação industrial e biotecnológica. / Palythoa caribaeorum (baba-de-boi) is a marine cnidarian that secretes a viscous mucus which presents pharmacological properties and harbors several bacteria with potential for biotechnological application. In the present work, we aimed to obtain these microorganisms associated with the mucus of zoanthid populations from the beach of Porto de Galinhas, south coast of Pernambuco, to prospect for natural products. 281 bacteria were isolated, of which 55 strains remained viable after subculture and preservation. The identification of the isolates was done by sequencing the 16S rDNA and rpoB genes, resulting in 18 species belonging to the Firmicutes (37 isolates, 67%), Actinobacteria (11 isolates, 20%), Proteobacteria (5 isolates, 9 %) and Bacteroidetes (2 isolates, 4%). Exiguobacterium aurantiacum corresponded to the most abundant species with 9 isolates, while the genus Bacillus was the most diverse, totaling 19 isolates distributed in 8 different species. The isolates of Bacillus spp. were selected to investigate the potential to produce 8 enzymes in solid medium. All strains produced at least 4 of the investigated enzymes, with gelatinase being the most frequent (19 isolates), followed by esterase (18), caseinase (17), amylase (12), polygalacturonase (12), pectate lyase (12), cellulase (11) and lipase (11). The isolates B. thuringiensis BCLTHR-01 and B. subtilis BCLSUB-02, 03 and 04 were the best enzymatic producers, displaying positive results in all the assays. The strain BCLTHR-01 was also investigated for its biolarvicidal potential against Aedes aegypti. To produce the toxins, a fermentation process was developed in bioreactor batching with a culture medium devoid of carbohydrates as carbon source. The concentrated toxic biomass (10⁹ CFU/mL) obtained after 48h of fermentation showed biological activity with LC₅₀ value of 0.849 ppm (range of 0.792 to 0.900 ppm) and CL₉₀ value of 1.285 ppm (range of 1.190 to 1.434 ppm), proving the application potential of this isolate for vector control. Marine bacteria associated with P. caribaeorum are potentially excellent sources of bioactive metabolites. The presence of species capable of degrading hydrocarbons, fixing nitrogen, metabolizing sulfur and producing enzymes and toxins with different properties suggests that the zoanthide benefits through the assimilation of compounds complementary to its metabolism and through the acquisition of an additional mechanism of defense against pathogens. The complexity of the marine environment induces the adaptation of microorganisms, resulting in the production of a diversity of molecules with unique properties that allow them to withstand the harsh conditions of industrial processes, making them interesting objects for industrial and biotechnological application.
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Métodos Bayesianos aplicados em taxonomia molecular / Bayesian methods applied in molecular taxonomy

Edwin Rafael Villanueva Talavera 31 August 2007 (has links)
Neste trabalho são apresentados dois métodos de agrupamento de dados visados para aplicações em taxonomia molecular. Estes métodos estão baseados em modelos probabilísticos, o que permite superar alguns problemas apresentados nos métodos não probabilísticos existentes, como a dificuldade na escolha da métrica de distância e a falta de tratamento e aproveitamento do conhecimento a priori disponível. Os métodos apresentados combinam por meio do teorema de Bayes a informação extraída dos dados com o conhecimento a priori que se dispõe, razão pela qual são denominados métodos Bayesianos. O primeiro método, método de agrupamento hierárquico Bayesiano, está baseado no algoritmo HBC (Hierarchical Bayesian Clustering). Este método constrói uma hierarquia de partições (dendrograma) baseado no critério da máxima probabilidade a posteriori de cada partição. O segundo método é baseado em um tipo de modelo gráfico probabilístico conhecido como redes Gaussianas condicionais, o qual foi adaptado para problemas de agrupamento. Ambos métodos foram avaliados em três bancos de dados donde se conhece a rótulo da classe. Os métodos foram usados também em um problema de aplicação real: a taxonomia de uma coleção brasileira de estirpes de bactérias do gênero Bradyrhizobium (conhecidas por sua capacidade de fixar o \'N IND.2\' do ar no solo). Este banco de dados é composto por dados genotípicos resultantes da análise do RNA ribossômico. Os resultados mostraram que o método hierárquico Bayesiano gera dendrogramas de boa qualidade, em alguns casos superior que o melhor dos algoritmos hierárquicos analisados. O método baseado em redes gaussianas condicionais também apresentou resultados aceitáveis, mostrando um adequado aproveitamento do conhecimento a priori sobre as classes tanto na determinação do número ótimo de grupos, quanto no melhoramento da qualidade dos agrupamentos. / In this work are presented two clustering methods thought to be applied in molecular taxonomy. These methods are based in probabilistic models which overcome some problems observed in traditional clustering methods such as the difficulty to know which distance metric must be used or the lack of treatment of available prior information. The proposed methods use the Bayes theorem to combine the information of the data with the available prior information, reason why they are called Bayesian methods. The first method implemented in this work was the hierarchical Bayesian clustering, which is an agglomerative hierarchical method that constructs a hierarchy of partitions (dendogram) guided by the criterion of maximum Bayesian posterior probability of the partition. The second method is based in a type of probabilistic graphical model knows as conditional Gaussian network, which was adapted for data clustering. Both methods were validated in 3 datasets where the labels are known. The methods were used too in a real problem: the clustering of a brazilian collection of bacterial strains belonging to the genus Bradyrhizobium, known by their capacity to transform the nitrogen (\'N IND.2\') of the atmosphere into nitrogen compounds useful for the host plants. This dataset is formed by genetic data resulting of the analysis of the ribosomal RNA. The results shown that the hierarchical Bayesian clustering method built dendrograms with good quality, in some cases, better than the other hierarchical methods. In the method based in conditional Gaussian network was observed acceptable results, showing an adequate utilization of the prior information (about the clusters) to determine the optimal number of clusters and to improve the quality of the groups.
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Métodos Bayesianos aplicados em taxonomia molecular / Bayesian methods applied in molecular taxonomy

Villanueva Talavera, Edwin Rafael 31 August 2007 (has links)
Neste trabalho são apresentados dois métodos de agrupamento de dados visados para aplicações em taxonomia molecular. Estes métodos estão baseados em modelos probabilísticos, o que permite superar alguns problemas apresentados nos métodos não probabilísticos existentes, como a dificuldade na escolha da métrica de distância e a falta de tratamento e aproveitamento do conhecimento a priori disponível. Os métodos apresentados combinam por meio do teorema de Bayes a informação extraída dos dados com o conhecimento a priori que se dispõe, razão pela qual são denominados métodos Bayesianos. O primeiro método, método de agrupamento hierárquico Bayesiano, está baseado no algoritmo HBC (Hierarchical Bayesian Clustering). Este método constrói uma hierarquia de partições (dendrograma) baseado no critério da máxima probabilidade a posteriori de cada partição. O segundo método é baseado em um tipo de modelo gráfico probabilístico conhecido como redes Gaussianas condicionais, o qual foi adaptado para problemas de agrupamento. Ambos métodos foram avaliados em três bancos de dados donde se conhece a rótulo da classe. Os métodos foram usados também em um problema de aplicação real: a taxonomia de uma coleção brasileira de estirpes de bactérias do gênero Bradyrhizobium (conhecidas por sua capacidade de fixar o \'N IND.2\' do ar no solo). Este banco de dados é composto por dados genotípicos resultantes da análise do RNA ribossômico. Os resultados mostraram que o método hierárquico Bayesiano gera dendrogramas de boa qualidade, em alguns casos superior que o melhor dos algoritmos hierárquicos analisados. O método baseado em redes gaussianas condicionais também apresentou resultados aceitáveis, mostrando um adequado aproveitamento do conhecimento a priori sobre as classes tanto na determinação do número ótimo de grupos, quanto no melhoramento da qualidade dos agrupamentos. / In this work are presented two clustering methods thought to be applied in molecular taxonomy. These methods are based in probabilistic models which overcome some problems observed in traditional clustering methods such as the difficulty to know which distance metric must be used or the lack of treatment of available prior information. The proposed methods use the Bayes theorem to combine the information of the data with the available prior information, reason why they are called Bayesian methods. The first method implemented in this work was the hierarchical Bayesian clustering, which is an agglomerative hierarchical method that constructs a hierarchy of partitions (dendogram) guided by the criterion of maximum Bayesian posterior probability of the partition. The second method is based in a type of probabilistic graphical model knows as conditional Gaussian network, which was adapted for data clustering. Both methods were validated in 3 datasets where the labels are known. The methods were used too in a real problem: the clustering of a brazilian collection of bacterial strains belonging to the genus Bradyrhizobium, known by their capacity to transform the nitrogen (\'N IND.2\') of the atmosphere into nitrogen compounds useful for the host plants. This dataset is formed by genetic data resulting of the analysis of the ribosomal RNA. The results shown that the hierarchical Bayesian clustering method built dendrograms with good quality, in some cases, better than the other hierarchical methods. In the method based in conditional Gaussian network was observed acceptable results, showing an adequate utilization of the prior information (about the clusters) to determine the optimal number of clusters and to improve the quality of the groups.
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Diversidade, biologia, filogeografia e taxonomia molecular de tripanossomas de anuros da família Leptodactylidae. / Diversity, biology, phylogeography and molecular taxonomy of trypanosomes of frogs in the Leptodactylidae Family.

Sato, Lyslaine Hatsue 12 June 2015 (has links)
A fim de avaliar a diversidade genética, morfológica e filogeografia de tripanossomas de leptodactilídeos, analisamos diversos isolados encontrados em amostras de sangue e fígados obtidos no Brasil (Amazônia, Caatinga, Cerrado, Mata Atlântica e Pantanal), na Colômbia e na Venezuela. Inferências filogenéticas baseadas em marcadores moleculares (V7V8 SSUrDNA e gGAPDH) demonstraram uma complexa associação entre clados, biomas e hospedeiros vertebrados. Nossos resultados corroboram a monofilia dos trypanossomas de anuros e sugerem a existência de, ao menos, seis clados (An01-06) nesse grupo com 12 candidatos a novas espécies. O clado An01 compreende tripanossomas de leptodactilídeos e hilídeos de todos os biomas. Os clados An02, An05 e An06 são formados, predominantemente, por tripanossomas de leptodactlídeos de diferentes biomas brasileiros, da Colômbia e da Venezuela. O clado An03 é formado por tripanossomas de leptodactilídeos, bufonídeos e flebotomíneos, todos do bioma amazônico. O clado An04 agrupa apenas tripanossoma exóticos da América do Norte, África e Europa. / Aiming to investigate the genetic diversity, the morphology and the phylogeny of leptodactylid trypanosomes, we analyzed a number of trypanosomes from blood and liver samples from Brazil (Amazonia, Caatinga, Cerrado, Atlantic Forest and Pantanal), Colombia and Venezuela. Phylogenetic analyses based on molecular markers (V7V8 SSUrDNA and gGAPDH) demonstrated a complex association between clades, biomes and vertebrate hosts. Our results corroborated the monophyly of anuran trypanosomes and suggested the existence of, at least, six clades (An01-06) inside the anuran clade with 12 candidate new species. Clade An01 groups trypanosomes from leptodactylids and hylids collected in all biomes. Clades An02, An05 and An06 are composed, mostly, by leptodactylid trypanosomes from several Brazilian biomes, Colombia and Venezuela. Clade An03 aggregates parasites from leptodactylids, bufonids and phlebotomines from Amazonia. Clade An04 groups only exotic trypanosome species from North America, Africa and Europe.

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