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Relações filogenéticas entre Escherichia coli enteroagregativa e uropatogênica. / Phylogenetic relationship among enteroaggregative and uropathogenic Escherichia coli strains.Nunes, Kamila Oliveira 16 March 2016 (has links)
Escherichia coli isoladas de infecções do trato urinário (ITU) são conhecidas como E. coli uropatogênicas (UPEC). Dentre as E. coli diarreiogênicas, o patótipo denominado E. coli enteroagregativa (EAEC) é definido pela produção do padrão de adesão agregativa em células epiteliais cultivadas. Estudos recentes mostraram que algumas cepas de UPEC albergam propriedades de virulência de EAEC, indicando que cepas de EAEC podem causar ITU. Assim sendo, o objetivo deste estudo foi analisar as relações filogenéticas entre cepas de EAEC que apresentam marcadores genéticos de E. coli extraintestinais (ExPEC) e cepas de UPEC com e sem marcadores genéticos de EAEC. Para tal, foram selecionadas 92 EAEC, 8 UPEC com e 10 sem marcadores de EAEC. As 92 EAEC foram analisadas quanto à presença dos genes considerados como marcadores de cepas de ExPEC (papA/papC, sfa/foc, afa/dra, iutA, kpsMT II), detectando 30 (32,6%) cepas com esse perfil. Estas 30 cepas foram selecionadas para análises de filogrupos e multilocus sequence type (MLST) junto às cepas de UPEC. Foi observado que 17 (54,4%) cepas de EAEC e 3 (16,6%) de UPEC pertenceram ao filogrupo A, 2 (6,45%) EAEC e 1 (5,5%) UPEC ao filogrupo B1, 3 (9,68%) EAEC e 8 (44,4%) UPEC ao filogrupo B2, 6 (19,35%) EAEC e 2 (11,1%) UPEC ao filogrupo D, 1 (3,2%) EAEC e 4 (22,2%) UPEC ao filogrupo E, 1 (3,2%) EAEC ao filogrupo F e 1 EAEC (3,2%) não pôde ser classificada de acordo com esta metodologia. Comparando os dois grupos de UPEC notou-se que dentre as cepas com marcadores de EAEC 3 (37,5%) pertenceram ao filogrupo E, 2 (25%) aos filogrupos A e D e 1 (12,5%) ao filogrupo B1. Dentre as cepas sem marcadores de EAEC 1 (10%) pertenceu ao filogrupo A, 1 (10%) ao filogrupo E e 8 (80%) ao filogrupo B2. As análises de MLST através do sequenciamento dos genes recA, fumC, icd, mdh, purA, adk e gyrB permitiram determinar 42 sequence types (ST) distintos, dos quais 22 foram descritos neste estudo. Os mais comuns foram o ST 10 (5 cepas) e ST 95 e ST 746 (ambos com 2 cepas cada). A árvore filogenética gerada confirmou esses dados, mostrando o grupamento das cepas de EAEC com marcadores de ExPEC com as cepas de UPEC com marcadores de EAEC. Em resumo, o presente estudo mostrou que um subgrupo de cepas de EAEC está inserido nos mesmos grupos filogenéticos de cepas de UPEC com marcadores de EAEC apresentando, portanto, correlação filogenética. Houve diferenças de distribuição filogenética entre cepas de UPEC com e sem marcador de EAEC. Concui-se que cepas de EAEC podem apresentar potencial uropatogênico, tanto no curso de uma infecção diarreica, quanto em carreadores assintomáticos. / Escherichia coli isolated from urinary tract infections (UTI) are known as uropathogenic E. coli (UPEC). Among the diarrheagenic E. coli, the enteroaggregative E. coli (EAEC) pathotype is defined by the production of the aggregative adherence on cultured epithelial cells. Recent studies have shown that some UPEC strains harbor virulence properties of EAEC, indicating that EAEC strains can cause UTI. Therefore, the aim of this study was to analyze the phylogenetic relationships among EAEC strains that have genetic markers of extraintestinal E. coli (ExPEC) and UPEC strains, with and without genetic markers of EAEC. For that reason, we selected 92 EAEC, 8 UPEC with and 10 without EAEC markers. The 92 EAEC were analyzed for the presence of genes considered as markers for ExPEC strains (papA/papC, sfa/foc, afa/dra, iutA, kpsMT II), detecting 30 (32.6%) strains with that profile. These 30 strains were selected for phylogroup and multilocus sequence type (MLST) analysis with the UPEC strains. It was observed that 17 (54.4%) EAEC and 3 (16.6%) UPEC belonged to the phylogroup A, 2 (6.45%) EAEC and 1 (5.5%) UPEC to the phylogroup B1, 3 (9.68%) EAEC and 8 (44.4%) UPEC to the phylogroup B2, 6 (19.35%) EAEC and 2 (11.1%) UPEC to the phylogroup D, 1 (3.2%) EAEC and 4 (22.2%) UPEC to the phylogroup E, 1 (3.2%) EAEC to the phylogroup F and 1 (3.2%) EAEC could not be classified according to this methodology. Comparing the two groups of UPEC it was observed that among the UPEC strains with EAEC markers, 3 (37.5%) belonged to the phylogroup E, 2 (25%) to the phylogroups A and D and 1 (12.5%) to the phylogroup B1. Among the UPEC strains without EAEC markers, 1 (10%) belonged to the phylogroup A, 1 (10%) to the phylogroup E and 8 (80%) to the phylogroup B2. The MLST analysis by sequencing of recA, fumC, icd, mdh, purA, adk and gyrB genes allowed to determine 42 distinct sequence types (ST), of whom, 22 were described in this study. The most common were ST 10 (5 strains), and ST 95 and ST 746 (both with two strains each). The phylogenetic tree generated confirmed that data, showing the clustering of EAEC strains (harboring ExPEC markers) with the UPEC strains (harboring EAEC markers). In summary, the current study showed that a subgroup of EAEC strains are clustered in the same phylogenetic groups of UPEC strains with EAEC markers and, thus, present phylogenetic correlation. Also, there were differences in phylogenetic distribution among UPEC strains with and without EAEC markers. In conclusion, EAEC strains may have uropathogenic potential, either in the course of a diarrheal infection or in asymptomatic carriers.
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Fatores clínicos e laboratoriais associados à gravidade da doença meningocócica / Clinical and laboratory features associate with severity of meningococcal diseaseSouza, Alexandre Leite de 16 May 2012 (has links)
O conhecimento científico da doença meningocócica cresceu significativamente desde que a natureza epidêmica da enfermidade foi pioneiramente descrita por Vieusseux no começo do século dezenove. De fato, dois séculos depois, houve avanços revolucionários nas esferas de saúde pública, técnicas diagnósticas, antibioticoterapia, assim como nas terapias adjuvantes envolvendo modulação das cascatas de coagulação e inflamação. Além disso, terapia de suporte para manter a homeostase via monitorização do status hemodinâmico, empregos de vasopressores, transfusão de plasma e suporte respiratório. Contudo, as taxas de letalidade e morbidade desta infecção não se alteraram significativamente nas últimas três décadas. Anualmente, a Organização Mundial de Saúde estima que ocorram 1.2 milhões de novos casos da doença, resultando em 135.000 mortes. No Brasil, anualmente, há 3500 casos da doença com uma taxa de incidência igual a 2 casos por 100.000 habitantes e uma taxa de letalidade igual a 20%. No Instituto de Infectologia Emílio Ribas (IIER) há 100 casos por ano. Assim, nós observamos um amplo espectro clínico da infecção, incluindo manifestações dramáticas como purpura fulminans e complicações atípicas como peritonite. O propósito deste estudo foi avaliar as características clínicas e laboratoriais, assim como a severidade da doença nos pacientes hospitalizados no IIER entre 2003 e 2004. Assim, pacientes previamente hígidos com diagnóstico de infecção meningocócica foram incluídos neste estudo prospectivo. Durante o período de estudo um total de 91 (53 homens e 38 mulheres) pacientes foram identificados como casos confirmados de infecção meningocócica como previamente descrito em materiais e métodos. Culturas de sangue, líquor, ou biópsia de pele de 39 pacientes (43%) foram positivas para N. meningitidis. Todos pacientes tiveram o exame de contraimunoeletroforese ou teste de aglutinação do látex positivo. A idade mediana dos pacientes foi igual a 6 anos (variação, 2 a 16 anos). A letalidade foi igual a 14% (13/91) e seqüelas ou complicações clínicas ocorreram em 63% (49/78) dos sobreviventes. Todos pacientes morreram de choque séptico e o tempo mediano entre hospitalização e óbito foi igual a 24 horas (variação, 18-72 horas). Concluindo, os resultados deste estudo prospectivo criam um elo entre infecção meningocócica e uma constelação de fenômenos fisiopatológicos: hipocalemia, hipomagnesemia, hipocalcemia, hiponatremia, hipoglicemia, hiperglicemia, leucopenia, coagulopatia e plaquetopenia. Os níveis de IL-6 e IL-10 corresponderam bem com a classificação baseada em parâmetros clínicos. A letalidade foi igual a 14% (13/91) e seqüelas ou complicações clínicas ocorreram em 63% (49/78) dos sobreviventes. Uma complexa interação entre mediadores é responsável por determinar a severidade da infecção e tais observações podem ser utilizadas para identificar fatores associados com a gravidade na fase aguda da infecção meningococócica / Scientific knowledge of meningococcal infection has increased greatly since the epidemic nature of the illness was first described by Vieusseux at the dawn of the nineteenth century. In fact, two centuries later, revolutionary advances have been made in public health measures, diagnostic procedures, antimicrobial therapy, and adjunctive therapies involving modulation of the inflammatory and coagulation cascades. In addition, supportive care facilities can maintain homeostasis by monitoring hemodynamic status, administering vasoactive agents and/or plasma exchange, and providing respiratory support. However, the prognosis of and case fatality rate among patients affected by meningococcal disease have not changed significantly over the past 3 decades. The World Health Organization estimates that there are 1.2 million cases of meningococcal disease and 135,000 related deaths annually. In Brazil, 3500 cases are reported annually, with a median incidence of 2 cases per 100,000 population and a case-fatality rate of 20%. At the Emílio Ribas Institute of Infectology (ERII), the incidence of meningococcal disease is approximately 100 cases per year. Therefore, we have observed a broad range of clinical presentations of N. meningitidis infection, including dramatic manifestations as purpura fulminans and atypical complications such as peritonitis. The purpose of this study was to evaluate the clinical features, laboratory features, and the severity of meningococcal disease in patients admitted to the ERII between 2003 and 2004. Therefore, consecutive previously healthy patients with a diagnosis of meningococcal disease were included in a prospective cohort study. During the study period a total of 91 (53 males and 38 females) patients were identified as confirmed cases of meningococcal infection as previously described in material and methods. Cultures of blood, CSF, or skin biopsy specimens from 39 patients (43%) yielded N. meningitidis. All patients had positive counterimmunoelectrophoresis or latex agglutination test in blood or CSF. The median age of the patients was 6 years (range, 2 years to 16 years). The case fatality rate was 14% (13/91) and sequelae or clinical complications occurred in 63% (49/78) of the survivors. All patients died of irreversible septic shock and the median duration from the hospitalization until death was 24 hours (range, 18-72 hours). In conclusion, results from this prospective cohort study support a link between meningococcal infection and a constellation of pathophysiological phenomena: hypokalemia, hypomagnesemia, hypocalcemia, hyponatremia, hypoglycemia, hyperglycemia, leukopenia, coagulopathy, and thrombocytopenia. Both pro-inflammatory IL-6 and anti-inflammatory IL-10 corresponded well with a classification based on clinical parameters. The case fatality rate was 14% (13/91) and sequelae or clinical complications occurred in 63% (49/78) of the survivors. A complex interplay of mediators is responsible for determining severity of disease and these observations can be used to identify factors associated with severity in the acute phase of meningococcal infection
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Influência da infecção por patógenos na escolha química de parceiros em tilápia-do-Nilo /Rossi, Vanessa Stramantinoli. January 2015 (has links)
Orientador: Percília Cardoso Giaquinto / Banca: Graziela Valença da Silva / Banca: Fábio Sabbadin Zanuzzo / Resumo: Na seleção sexual, a escolha de parceiros é baseada nas características exibidas pelos indivíduos, como exibições de corte, tamanho do corpo, coloração, ornamentos nupciais, qualidade de território e feromônios. Em espécies das quais a fêmea é o sexo que possui maior gasto energético no cuidado da prole, é ela quem escolhe o parceiro. Tais fêmeas preferem acasalar com machos que possuem um display sexual chamativo, pois são mais saudáveis e mais resistentes a parasitas. Machos com algum tipo de doença, como por exemplo bacteriana, exibem características não atrativas visualmente, como hemorragias ao longo do corpo, despigmentação e necroses na pele. Apesar da visão ser um uma importante via de transferência de informação para a escolha, a comunicação química também é utilizada amplamente para aquisição de informações relacionadas ao possível parceiro. Assim, testamos se fêmeas são capazes de perceber, por meio de pistas químicas, a presença de patógenos em machos. Para isso, transferimos água de dois aquários contendo peixes machos isolados para um aquário de escolha, contendo uma fêmea. Anteriormente aos experimentos, um dos machos foi inoculado com o patógeno e o macho controle com solução salina (veículo). A maioria fêmeas (81,25%) visitou inicialmente e em menor tempo (p=0,007) o compartimento com o odor de machos saudáveis. Entretanto não houve diferença no tempo de permanência total entre os compartimentos (p=0,9348). Concluímos que há indícios que há percepção inicial, mas ela não é consistente durante a escolha / Abstract: In sexual selection, mate choice is based on the characteristics exhibited by individuals such as courtship displays, body size, coloration, bridal ornaments, quality territory and pheromones. In species in which the female is the sex that has higher energy expenditure in offspring care, it chooses the partner. Studies show that females prefer to mate with males that have a showy sexual display because they are healthier and more resistant to parasites. Males with some kind of disease exhibit unattractive display such as bleeding throughout the body, depigmentation and skin necrosis. Despite the vision to be an important means of information transfer for choice, chemical communication is also widely used to acquire information related to fitness and status of potential partners. This study tested whether females are able to perceive, through chemical cues, the presence of pathogens in males, choosing free pathogens mates. Thus, we transfer water from two aquariums containing isolated male fish to an aquarium of choice, containing a female. Prior to the experiments, one of males were inoculated with bacterium and the control male with saline solution (vehicle). Most females (81.25%) visited faster (p=0.007) the compartment with the odor of healthy males. However there was no difference in the time of total stay between compartments (p = 0.9348). We conclude that there is evidence that there are initial perception, but it does not hold for the choice / Mestre
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A adesão dos profissionais de enfermagem às precauções de isolamento na assistência aos portadores de microrganismos multirresistentes / Adhesion of nursing professionals to isolation precautions in care for patients with multiresistant microorganisms.Moura, Josely Pinto de 29 June 2004 (has links)
Com o evento da resistência dos microrganismos aos antimicrobianos, surgiram as cepas multirresistentes de difícil tratamento, e com isso tornou-se imprescindível a adesão total dos profissionais de saúde às precauções empregadas na assistência aos portadores desses microrganismos, visando evitar a sua disseminação no ambiente hospitalar. Este estudo do tipo descritivo transversal foi realizado em uma instituição de saúde filantrópica do interior de Minas Gerais, teve como objetivos avaliar a adesão dos enfermeiros, técnicos e auxiliares de enfermagem às medidas preventivas empregadas na assistência aos portadores desses microrganismos multirresistentes. A coleta de dados ocorreu no período de outubro a novembro de 2003 e os dados foram analisados qualitativa e quantitativamente. Utilizou-se do Método de análise de conteúdo de BARDIN (1977) e para a análise quantitativa de alguns dados, empregou-se a estatística descritiva, sendo os mesmos interpretados com base no significado atribuído por ROSENSTOCK (1974a). O Modelo de Crenças em Saúde (MCS) possibilitou identificar as barreiras físicas, cognitivas e psicológicas que justificaram a não-adesão de alguns profissionais às medidas preventivas direcionadas ao portador de Bactérias Multirresistentes (BMR). Como resultado destas avaliações, identificou-se que as percepções dos profissionais de enfermagem relacionadas à severidade das doenças causadas por BMR eram adequadas, que a maioria dos profissionais entrevistados associou a gravidade das doenças causadas por BMR a tratamento difícil ou a maior índice de mortalidade, e outros associaram-nas a tratamento inexistente. Quanto à susceptibilidade da doença, o conhecimento dos profissionais a respeito da temática apresentou-se bastante limitado. Os profissionais se aperceberam como susceptíveis de contrair BMR, entretanto, somente alguns conseguiram identificar os grupos mais susceptíveis à infecção causada por BMR. Observou-se uma influência favorável da instituição ao se constatar que proporciona aos profissionais as condições necessárias para que estes empreguem o Protocolo de Isolamento Específico. O comportamento dos profissionais em relação ao uso dos Equipamentos de Proteção Individual (EPI) evidenciou controvérsias, pois muitos relataram utilizar freqüentemente os paramentos, contudo admitiram que alguns profissionais não os utilizam rigorosamente por diversos motivos, sendo mais freqüentes: a crença de que não vão contrair a doença, diagnóstico tardio, ou por resistência, ou seja, injustificadamente ... não usa porque não quer ...". Observou-se que muitos profissionais não aderem totalmente às precauções por opção pessoal, eles não têm o hábito de lavar as mãos ou friccioná-las com álcool na freqüência que deveriam, apesar de terem os materiais disponíveis. Acreditam que os benefícios à adesão são: proteção, prevenção de adquirir infecção/doenças, o fato de evitar a disseminação e sua segurança. Quanto às barreiras, mencionaram principalmente a falta de vagas, o diagnóstico tardio e a falta de alguns materiais. O estímulo para a ação, referido preferencialmente pelos profissionais, foi a abordagem informal na prática diária. Identificaram-se, ainda, a necessidade de elaborar estratégias de intervenção capazes de aprimorar a conduta dos profissionais de enfermagem e o levantamento dos problemas considerados imprescindíveis para percepção das crenças dos profissionais, a fim de se implementar efetivamente as estratégias que devem alterar positivamente a situação observada. / As microorganisms acquired resistance against antimicrobial agents, multiresistant strains appeared which are difficult to treat. Hence, the total adhesion of health professionals to the precaution measures used in care for patients with multiresistant microorganisms has become essential, with a view to avoiding their dissemination in the hospital environment. This descriptive transverse study was carried out at a philanthropic health institution in the interior of Minas Gerais, Brazil and aimed to evaluate the adhesion of nurses, nursing technicians and auxiliaries to prevention measures used in care for patients with these multiresistant microorganisms. Data were collected in October and November 2003 and were subject to qualitative and quantitative analysis. BARDINs (1977) content analysis method was used. Descriptive statistics was used with a view to the quantitative analysis of some data, which were interpreted on the basis of the meaning attributed by ROSENSTOCK (1974a). The Health Belief Model (HBM) allowed us to identify the physical, cognitive and psychological obstacles that justify some professionals non-adhesion to the prevention measures oriented towards patients with Multiresistant Bacteria (MRB). As a result of these evaluations, it was identified that nursing professionals adequately perceived the seriousness of diseases caused by MRB, that most of the interviewees linked up the gravity of diseases caused by MRB with difficult treatment or higher mortality rates, while others associated it with the inexistence of treatment. With respect to disease susceptibility, professionals demonstrated a rather limited knowledge about the theme. They perceived themselves as susceptible to MRB, although only some professionals managed to identify the groups that are most susceptible to infection by MRB. A favorable institutional influence was observed when verifying that the institution provides its professionals with the necessary conditions to use the Specific Isolation Protocol. Professional behavior in relation to Individual Protection Equipment (IPE) usage revealed controversies, since many of them mentioned frequent usage, although they admitted that some professionals do not use this equipment in a strict way, for different reasons, among which the most frequent were: the belief that they will not contract the disease, late diagnosis, or due to resistance, that is, without any justification ... they do not use it because they do not want to ...". It was observed that many professionals choose not to adhere totally to the precaution measures. They are not used to washing their hands or scrubbing them with alcohol as frequently as they should, although the material is available. They believe that benefits of adhesion are: protection, prevention of infection/diseases, avoiding dissemination and their safety. With respect to obstacles, they mainly mentioned the lack of beds, late diagnosis and the lack of some kinds of material. As a stimulus towards action, professionals prefer the informal approach in daily practice. We also identified the need to elaborate intervention strategies capable of improving nursing professionals behavior and surveyed the problems considered essential to perceive professional beliefs, with a view to the efficient implementation of strategies that should positively change this situation.
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Prevalência de genes codificadores de carbapenemases em isolados multirresistentes de Acinetobacter baumannii recuperados de amostras clínicas de hospitais do Sudeste e Sul do Brasil / Prevalence of carbapenemase-encoding genes in isolates of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii recovered from clinical samples of hospitals in the southeast and south BrazilAntonio, Charline Santos 09 November 2010 (has links)
Acinetobacter baumannii (Ab) é um dos principais agentes de infecção hospitalar, principalmente em Unidades de Terapia Intensiva (UTI). A principal característica da bactéria é a sua resistência intrínseca a diversos antimicrobianos, o que favorece sua persistência no ambiente hospitalar, causando infecções de difícil controle e tratamento. Nos esquemas terapêuticos, os antibióticos carbapenêmicos são os fármacos de escolha, porém nos últimos anos a resistência a estas drogas tem aumentado drasticamente em função da emergência e disseminação de cepas produtora de carbapenemases [i.e., oxacilinases (OXA) e metalo-beta-lactamases (MβL)]. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a produção de enzimas carbapenemases do tipo OXA e MβLs, em 36 amostras multirresistentes de A. baumannii, previamente triadas, provenientes de 8 hospitais brasileiros, durante 2004/2008. A caracterização fenotípica e genotípica dos isolados foi realizada por meio da determinação de CIM, hidrólise enzimática e PCR para pesquisa dos genes blaOXA e blaMβL, assim como seqüências de inserção (ISAba-1, ISAba-3) responsáveis pela mobilização dos determinantes de resistência do tipo blaOXA. Finalmente a análise da diversidade genética foi realizada por ERIC-PCR com análise de clusters por coeficiente de Dice. Todos os 36 isolados apresentaram 100% de resistência para imipenem (CIM90 > 64 µg/mL), meropenem, ceftazidima, ciprofloxacina e iperacilina/tazobactam, enquanto que os antibióticos com maior atividade in vitro foram a ampicilina/sulbactam (61,2%) > tobramicina (61,1%) > gentamicina (47,3%) > amicacina (28%). Em todos os isolados foi confirmada a presença intrínseca dos genes blaOXA-51 e ISAba-1, não apresentando colinearidade entre eles, enquanto que 41,6% dos isolados carregaram a combinação dos genes ISAba-1/blaOXA-23 (Genbank accession FJ628170), um isolado (2,7%) carregou a combinação de genes ISAba3/blaOXA-58/ISAba3 (Genbank accession FJ492877) e dois isolados (5,5%) clonalmente relacionados, carregaram o gene blaOXA-72 (Genbank accession FJ969387). Surpreendentemente, em um centro hospitalar foi documentada a presença de um surto de infecção por Ab produtor de OXA-23. Finalmente a tipagem epidemiológica dos isolados revelou a presença de 13 clusters, sendo que 8 diferentes clusters carregavam o gene blaOXA-23. Em resumo, nossos resultados confirmam a disseminação de cepas produtoras de OXA-23 associadas com ISAba-1 no Brasil, assim como a presença intrínseca do gene blaOXA-51 em Ab. Por outro lado, este é o primeiro relato de isolados carbapenem resistentes carregando os genes blaOXA-58 e blaOXA-72 em hospitais brasileiros, os quais aparentemente surgiram em 2004 e 2008, respectivamente. / Acinetobacter baumannii (Ab) is a leading cause of hospital infection, mainly in intensive care units. The main characteristic of the bacterium is its intrinsic resistance to diverse antimicrobial agents, which contribute to persistence in hospital environments causing infections of difficult control and treatment. In therapeutic schedules, carbapenems are choice antibiotics, however in recent years the resistance to these drugs has increased drastically in function of the emergency and dissemination of carbapenemase-producing isolates [i.e., oxacilinases (OXA) and metalo-beta-lactamases (MβLs)]. The aim of this work was to evaluate the production of OXA- and MβL-like carbapenemases, in 36 isolates previously screened as multidrug-resistant (MDR) A. baumannii, recovered from 8 Brazilian hospitals, during 2004/2008. Phenotypic and genotypic characterization of MDR Ab was carried out using CIM determination, enzymatic hydrolysis and PCR for screening of the blaOXA- and blaMβL-like genes, and insertion sequences (ISAba-1, ISAba-3) responsible for mobilization of blamOXA-like gene cassettes. Analysis of genetic relationship was carried out by ERIC-PCR with analysis of clusters for Dice`s coefficient. All of the 36 isolates showed 100% resistance to imipenem (CIM90 > 64 µg/mL), meropenem, ceftazidime, ciprofloxacin and piperacillin/tazobactam, whereas antibiotics exhibiting a best in vitro activity were ampicillin/sulbactam (61.2%) > tobramycin (61.1%) > gentamicin (47.3%) > amikacin (28%). Presence of blaOXA-51 and ISAba-1 genes was confirmed in all isolates, not presenting collinearity between them, whereas 41.6% isolates carried the ISAba-1/blaOXA-23 gene array (Genbank accession FJ628170). One Ab isolate harbored the ISAba-3/blaOXA-58/ISAba-3 gene array (2.7%) (Genbank accession FJ492877) and 5.5% of Ab isolates harbored the blaOXA-72 gene (Genbank accession FJ969387). Surprisingly, an outbreak of infection with MDR Ab producing OXA-23 enzyme was documented. Finally the ERIC-PCR typing revealed the presence of 13 clusters, of which 8 different clusters carried the blaOXA-23 gene. In summary, our results confirm the dissemination of OXA-23-producing Ab isolates associated with the ISAba-1 gene, in Brazil, as well as the intrinsic presence of the blaOXA-51 gene cassette. On the other hand, this is the first report of carbapenem-resistant Ab isolates harboring genes blaOXA-58 and blaOXA-72 recovered in Brazilian hospitals, which most likely emerged in 2004 and 2008, respectively.
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Diagnostico molecular da Leishmaniose visceral canina: avaliação do swab conjuntival em cães assintomáticos e em cães vacinados / Molecular diagnosis of canine visceral leishmaniasis: conjunctival swab evaluation in asymptomatic dogs and vaccinated dogsRodrigo Souza Leite 19 February 2010 (has links)
Nenhuma / O controle epidemiológico da leishmaniose visceral (LV) no Brasil envolve a eliminação de cães infectados, portanto, métodos diagnósticos confiáveis são essenciais para evitar a transmissão da doença ou o sacrifício desnecessário de animais. O programa de controle da LV no Brasil é baseado em inquéritos sorológicos. Os métodos sorológicos, no entanto, apresentam problemas de sensibilidade e especificidade. A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) demonstrou ser uma técnica rápida e sensível para a detecção de Leishmania, no entanto amostras não invasivas representam um instrumento essencial, neste contexto, uma vez que elas são mais simples, indolores e mais facilmente aceitas pelos proprietários de cães. Um método útil é o swab conjuntival (SC) que utiliza um swab estéril para a realização de um esfregaço das conjuntivas do cão. O SC mostrou-se altamente sensível para o diagnostico da LV por PCR. O objetivo deste estudo foi avaliar através do SC a prevalência de animais infectados em dois grupos de cães: assintomáticos e vacinados contra a LV. O primeiro grupo foi composto por 30 animais assintomáticos, positivos nos diagnósticos sorológico e parasitológico. Os resultados do SC foram comparados com os obtidos através de duas amostras pouco invasivas, sangue (S) e biopsia de pele (BP). As amostras foram analisadas por dois métodos diferentes de PCR: kDNA PCR-hibridização e ITS-1 nPCR. O volume de amostra de DNA utilizada para o kDNA PCR-hibridização foi de 1,0 L e para o ITS-1 nPCR o volume foi de 10,0 L. Utilizando-se o SC o método kDNA PCR- hybridização detectou DNA de Leishmania em 24/30 cães (80%) através da conjuntiva direita (CD) e 23/30 cães (76,6%) utlizando-se a conjuntiva esquerda (CE), 17/30 cães (56,7%) por meio de BP e 4/30 cães (13.3%) com S. A positividade do SC obtida combinando-se ambas as conjuntivas foi de 90% (27/30 cães). A análise das amostras de SC pelo método ITS-1 nPCR revelou que 25/30 cães (83,3%) foram positivos utilizando-se a CD e 20/30 cães (66,6%) foram positivos via a CE. Pelo mesmo método 15/30 cães (50,0%) foram positivos através de BP e 17/30 cães (56,7%) com S. A positividade obtida combinando-se ambas as oculares foi de 83,3%. Para o método kDNA PCR- hybridização as positividades do SC para a CD e CE foram significantemente superiores (p<0.05) as obtidas com BP e S. Diferença estatística em relação a BP e S foi verificada pelo método ITS-1 nPCR apenas para CD. Os métodos kDNA PCR-hibridação e ITS-1 nPCR apresentaram sensibilidade semelhante para SC e amostras BP. Por outro lado, a positividade do ITS-1 nPCR para amostras de S, foi significativamente maior que a obtida pelo kDNA PCR-hibridização, indicando que a sensibilidade dos métodos de PCR pode variar de acordo com o tecido examinado. A melhor sensibilidade neste estudo (90%) foi obtido através de amostras SC (combinando-se as duas conjuntivas) associada ao kDNA PCR-hibridização. Este nível de sensibilidade foi semelhante ao obtido em outros estudos utilizando SC para o diagnóstico da LV em cães sintomáticos. O segundo grupo foi de 42 cães militares, todos vacinados contra a LV. Neste grupo os resultados do SC foram comparados aos obtidos por testes sorológicos. Os testes sorológicos foram realizados de forma independente por três laboratórios. Os laboratórios 1 e 2 (Lab1 e Lab2) foram laboratórios comerciais. O laboratório 3 (Lab3) foi o Laboratório de Referência Nacional. A primeira triagem sorológica realizada pelo Lab1 mostrou 15 cães reativos e 4 cães foram classificados como indeterminados. Devido à alta positividade encontrada neste ensaio, animais com sorologia reativa e indeterminada, diagnosticados pelo Lab1, foram submetidos a novos testes sorológicos pelos Lab2 e Lab3. O Lab2 confirmou apenas 3 cães reativos e 2 animais foram indeterminados. O Lab3 confirmou 7 cães reativos e 3 cães foram classificados como indeterminados. Os cães que foram confirmados como reativos no diagnóstico sorológico do Lab3 foram submetidos à eutanásia. O diagnóstico molecular por PCR, utilizando o SC em todos os 42 animais foi capaz de detectar o DNA de Leishmania em 17 cães. Comparando os resultados da PCR com os obtidos através do teste sorológico do Lab1, a PCR foi positiva para 10 casos reativos e um caso indeterminado, mas foi negativo para 5 reativos e 3 casos indeterminados. Além disso, a PCR foi positiva em 5 casos não reativos. Os casos reativos e indeterminados, de acordo com o Lab1 que foram PCR negativos, apresentaram resultados negativos nos testes sorológicos dos Lab2 e Lab3. Para o Lab2, a PCR confirmou os 3 casos reativos e foi positiva para os 2 casos indeterminados. Em relação ao Lab3, a PCR confirmou todos os 7 casos reativos e foi positiva para os 3 casos indeterminados. O ensaio de PCR confirmou todos os casos, simultaneamente reativos nos testes sorológicos de dois laboratórios. Nossos resultados mostraram que o SC é um método sensível e prático para coleta de amostra permitindo diagnósticos confiáveis por PCR, além de apresentar sensibilidade superior a outras amostras pouco invasivas. Concluímos que o uso do SC deve ser considerado para os inquéritos caninos rotineiros para a LV / The epidemiological control of visceral Leishmaniasis (VL) in Brazil involves the elimination of infected dogs. Therefore, reliable diagnostic tests are essential to prevent the transmission of the disease or unnecessary culling of dogs. The VL control in Brazil is based on serological surveys, nevertheless serologic assays present problems related to sensitivity and specificity. Polymerase chain reaction (PCR) proved to be a rapid and sensitive technique for detection of Leishmania. However, non-invasive samples are an essential tool in this context, since they are simpler, painless and more easily accepted by dog owners. A useful method is the conjunctival swab (CS) that uses a sterile swab to sample the dog conjunctiva. The SC was highly sensitive for the VL diagnosis by PCR. The objective of this study was to evaluate by CS the prevalence of infected animals in two groups of dogs: asymptomatic and vaccinated against VL. The first group had 30 asymptomatic dogs with positive serological and parasitological tests. The SC samples were compared with two non-invasive samples: blood (B) and skin biopsy (SB). The samples were analyzed by two different PCR methods: kDNA PCR-hybridization and ITS-1 nPCR. The volume of DNA sample used for kDNA PCR-hybridization was 1.0  L and ITS-1 nPCR volume was 10.0 L. The DNA sample volume used was of 1.0 L and 10.0 L respectively. Using CS samples the kDNA PCR- hybridization was able to detected parasite DNA in 24/30 dogs (80%) using the right conjunctiva (RC) and 23/30 dogs (76.6%) with the left conjunctiva (LC), 17/30 dogs (56.7%) by means of SB and 4/30 dogs (13.3%) with B. The CS positivity obtained combining RC and LC results was of 90% (27/30 dogs). The assay of CS samples by ITS-1 nPCR revealed that 25/30 dogs (83.3%) were positive when using RC and 20/30 dogs (66.6%) were positive when using LC. Via the same method 15/30 dogs (50.0%) were positive by SB and 17/30 dogs (56.7%) with B. The CS positivity obtained by ITS-1 nPCR combining RC and LC was of 83.3%. The CS positivities for RC and LC were significantly higher (p<0.05) than SB and B for kDNA PCR- hybridization method. Statistical difference in relation to SB and B was verified by ITS-1 nPCR only for RC. Methods kDNA PCR-hybridization and ITS-1 nPCR showed similar sensitivities to CS and SB samples. Moreover, the positivity of ITS-1 nPCR 11
for B samples, was significantly higher than that obtained by kDNA PCR-hybridization, indicating that the sensitivity of the PCR may vary with the tissue examined. The best sensitivity in this study (90%) was obtained from CS samples (by combining both conjunctivas) associated with kDNA PCR-hybridization. This level of sensitivity was similar to that obtained in other studies using CS for the VL diagnosis in symptomatic dogs. The second group was of 42 military dogs, all of them vaccinated against VL. In this group CS and compared with the results obtained by serological tests. The serological tests were carried out independently by three laboratories. Laboratories 1 and 2 (Lab1 and Lab2) were private laboratories. Laboratory 3 (Lab3) was the National Reference Laboratory. The first serological screening performed by the Lab 1 showed 15 reactive dogs and 4 dogs were classified as indeterminate. Due to the high positivity found in this test, animals with reactive and indeterminate serology according Lab 1 were subjected to new serological tests by Lab 2 and Lab 3. Lab 2 confirmed only 3 reactive dogs and 2 animals were undetermined. The Lab 3 found 7 reactive dogs and 3 dogs were classified as indeterminate. Dogs that were confirmed as reactive by Lab 3 were euthanized. The molecular diagnosis by PCR, using CS, was performed in all 42 animals and was able to detect Leishmanial DNA in 17 dogs. Comparing the PCR results with those obtained by serological test of Lab 1, PCR was positive for 10 reactive and one indeterminate case, but was negative for 5 reactive and 3 indeterminate cases. In addition, the PCR was positive in 5 non-reactive cases. The reactive and indeterminate cases according to Lab 1 that were PCR negatives, tested negative in the serologic assays of Lab 2 and Lab 3. For the Lab 2, the PCR confirmed the 3 reactive cases and was positive for the 2 indeterminate cases. In relation to Lab 3, the PCR confirmed all 7 reactive cases and test positive for the 3 indeterminate cases. The PCR assay confirmed all cases simultaneously reactive in the serologic tests of two laboratories. Our results showed that the SC is a sensitive and practical method for collecting samples, allowing reliable diagnostic tests by PCR and showed higher sensitivity than other low invasive samples. We conclude that the use of CS for the regular screenings of dogs by PCR should be considered.
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Comparação de métodos de PCR e amostras clínicas para o diagnóstico de leishmaniose visceral em cães assintomáticosVirgínia Mendes Carregal 23 February 2011 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A leishmaniose visceral (LV) é um grave problema de saúde pública no Brasil. Na área
urbana o cão é a principal fonte de infecção e o controle da LV no Brasil envolve a
eliminação de cães infectados. Testes sorológicos são utilizados para os levantamentos
rotineiros, mas estes apresentam problemas de especificidade e sensibilidade. Os métodos
moleculares como a PCR são úteis tanto no diagnóstico como na identificação das espécies de
Leishmania. São capazes de detectar animais infectados soronegativos e são mais sensíveis e
específicos, particularmente no diagnóstico de cães assintomáticos. Um dos maiores
obstáculos na implementação de ensaios moleculares é a falta de padronização. Mais de 400
publicações sobre o diagnóstico molecular da leishmaniose foram realizadas desde 1989,
porém pouquíssimas compararam a eficiência das diversas técnicas disponíveis. O objetivo
deste trabalho foi comparar diferentes métodos de PCR em diferentes amostras clínicas para o
diagnóstico de leishmaniose visceral canina (LVC) em cães assintomáticos. Amostras clínicas
de medula óssea, sangue periférico, swab conjuntival e biópsias de pele foram analisadas
pelos métodos kDNA PCR hibridização, kDNA semi nested PCR (kDNA snPCR),
Leishmania nested PCR (LnPCR) e Internal Transcribed Spacer 1 nested PCR (ITS-1 nPCR).
Foram utilizados 30 cães assintomáticos positivos na sorologia e no exame parasitológico.
Seis cães não infectados foram utilizados como controles. A extração de DNA a partir dos
swabs foi realizada pelo método do Fenol-Clorofórmio. Para as amostras de sangue, medula e
biópsias de pele foram utilizados kits comerciais. As análises pelo método kDNA PCR
hibridização detectaram 5/30 (16,7%) cães positivos para as amostras de sangue periférico,
17/30 (57%) para pele, 19/30 (63,3%) para medula e 21/30 (70%) para swab conjuntival.
Utilizando-se o método kDNA snPCR, foram encontrados 7/30 (23,3%) cães positivos para
sangue periférico, 17/30 (57%) para pele, 12/30 (40%) para as amostras de medula e 24/30
(80%) para amostras de swab conjuntival. Através de método LnPCR foram detectados 9/30
(30%) cães positivos para as amostras de sangue periférico, 15/30 (50%) para medula, 13/30
(43,3%) para as amostras de pele e 19/30 (63,3%) para swab conjuntival. As análises pelo
método ITS-1 nPCR das amostras de sangue periférico detectaram 19/30 (63,3%) cães
positivos, 19/30 (63,33%) para pele, 29/30 (97%) para medula óssea e 29/30 (97%) para swab
conjuntival. Quando comparados os métodos com base no somatório das positividades obtidas
para todas as amostras clínicas, o método ITS-1 nPCR obteve 96/120 resultados positivos, o
kDNA PCR hibridização 62/120, o kDNA snPCR 60/120 e o LnPCR 56/120. Na
comparação da amostras com base na positividade obtida para todos os métodos o swab
conjuntival apresentou 93/120 resultados positivos, a medula 68/120, a pele 63/120 e o
sangue 40/120. Os resultados deste estudo indicam o swab conjuntival associado ao método
ITS 1 nPCR como a melhor opção, entre os métodos e amostras testados, para o diagnóstico
molecular da leishmaniose visceral canina em animais assintomáticos.
Palavras-chave:
Leishmaniose Visceral canina; Reação em Cadeia da Polimerase (PCR); Diagnóstico. / Visceral Leishmaniasis (VL) is a serious public health problem in Brazil. In the urban area the
dog is the main source of infection and VL control in Brazil involves the elimination of
infected dogs. Serological tests are used for routine surveys, but they present problems of
specificity and sensitivity. Molecular methods as the PCR are useful in the diagnosis and
identification of Leishmania species. PCR is able to detect seronegative animals and is more
sensitive and specific, particularly in the diagnosis in asymptomatic dogs. One obstacle on the
implementation of molecular assays is the lack of standardization. More than 400 articles on
the diagnosis of leishmaniasis had been pubhished since 1989, however a few studies had
compared the efficiency of the diverse available techniques. The aim of this work was
compare different methods of PCR in different clinical samples for the diagnosis of canine
visceral leishmaniasis (CVL) in asymptomatic animals. Bone marrow, peripheral blood,
conjunctival swab and skin biopsies had been analyzed by the methods kDNA PCR -
Hybridization, kDNA semi nested PCR (kDNA snPCR), Leishmania nested PCR (LnPCR) e
Internal Transcribed Spacer 1 nested PCR (ITS-1 nPCR). Thirty positive asymptomatic dogs
for serology and parasitology examination had been used. Six not infected dogs had been used
as controls. The DNA extration from swabs was performed by Phenol-Chloroform method.
Commercial kits had been used for DNA extraction of peripheral blood, bone marrow and
skin biopsies. The kDNA PCR - Hybridization detected 5/30 (16.7%) positive dogs for
peripheral blood, 17/30 (57%) for skin, 19/30 (63.3%) for bone marrow and 21/30 (70%) for
conjunctival swab. Using the method kDNA snPCR had been found 7/30 (23.3%) positive
dogs for peripheral blood, 17/30 (57%) for skin, 12/30 (40%) for bone marrow and 24/30
(80%) samples of conjunctival swab. Through LnPCR method 9/30 (30%) positive dogs for
the samples of peripheral blood had been detected, 15/30 (50%) for bone marrow, 13/30
(43.3%) for the samples of skin and 19/30 (63.3%) for conjunctival swab. The ITS-1 nPCR
analyse showed 19/30 (63.3%) positive dogs for peripheral blood, 19/30 (63.33%) for skin,
29/30 (97%) for bone marrow and 29/30 (97%) for conjunctival swab. The ITS-1 nPCR was
superior to other methods based on the positivities obtained using the summatory of all
clinical samples. The ITS-1 nPCR obtained 96/120 positive results, kDNA PCR-hibridization
62/120, kDNA snPCR 60/120 and LnPCR 56/120. The conjunctival swab presented the best
result considering the summatory of the positivities obtained by all methods. The conjunctival
swab obtained 93/120 positive results, medula 73/120, skin biopsies 68/120 and blood 40/120.
The results of this study indicated the conjunctival swab associated to ITS-1 nPCR as the best
option for the molecular diagnosis of visceral leishmaniasis in asymptomatic dogs, among the
methods and samples analysed.
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Avaliação qualitativa e quantitativa da contaminação microbiana de dispositivos auriculares do arco facial e articuladores semi-ajustáveis / Microbiological quality of face bow earpeaces and articulatorsAlice Bolliger Maniglia 05 July 2007 (has links)
O objetivo deste trabalho foi avaliar qualitativamente a contaminação microbiana de dispositivos auriculares do arco facial, articuladores semi-ajustáveis e in vivo os condutos auditivos externos antes e após anti-sepsia com clorexidina 0,2% de pacientes da Clínica de Odontologia da FORP-USP. Foi realizado um plano piloto com 20 articuladores (ramo superior e ramo inferior) e 20 dispositivos auriculares (direito e esquerdo) da clínica de graduação da FORP-USP em dois tempos, início do ano letivo e final do ano letivo. Para os articuladores um swab embebido em salina era esfregado numa área de 4,0 cm² delimitada por template; para o dispositivo auricular o swab era esfregado ao redor deste e então colocados em tubos de ensaio contendo 1,0 ml de salina. Após agitar os tubos, a suspensão era semeada em Agar Tioglicolato e o restante da salina enriquecido com caldo Tioglicolato e incubado a temperatura ambiente por no mínimo três dias para verificação do crescimento microbiano. Foram avaliados também 20 articuladores após desinfecção previa da área delimitada com álcool 70% esfregada com gaze esterilizada por três vezes. Vinte arco faciais (40 dispositivos - direito e esquerdo) fornecidos pela BioArt (São Carlos - SP) foram avaliados após esterilização e uso em paciente. O dispositivo esterilizado era encaixado com auxílio do próprio papel da embalagem de esterilização e colocado no conduto auditivo externo pelo paciente por dois minutos. A seguir o dispositivo era removido com mão enluvada e colocado em tubo de ensaio contendo 1,0 ml de salina. O restante do material e método foi igual ao plano piloto. Foi avaliada a contaminação microbiana de condutos auditivos externos de 20 pacientes; antes da anti-sepsia um swab umedecido em salina era esfregado pelo paciente e após anti-sepsia, um cotonete embebido em clorexidina 0,2% era esfregado por 30 segundos pelo paciente no conduto auditivo externo e a colheita do material era feita após com um swab embebido em salina. O restante do material e método foi igual aos demais grupos. Foi feita a coloração de Gram para identificação dos morfotipos e os cocos gram-positivos (Staphylococcus) semeados em Kit Api Staph (BioMerieux) e os bacilos gram-positivos esporulados e bacilos gram-negativos em serie de Hiss convencional (em tubos). Os cocos foram identificados como: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus roseus, Staphylococcus asaccharolyticus, Staphylococcus minimus, e ainda Kokuria ryzophyla; os bacilos gram-positivos aerobios esporulados como: Bacillus atropheus, Bacillus acnes, Bacillus alvei e o único bacilo gram-negativo como: Alcaligenes faecalis. Baseado nos resultados verificou-se que todos os ramos superiores e inferiores dos articuladores testados e dispositivos auriculares (direito e esquerdo) do arco facial do plano piloto estavam contaminados não havendo diferença estatisticamente significante entre os dois tempos; após desinfecção com álcool 70% dos 20 articuladores testados apenas 4 estavam contaminados (media de UFC foi 7); todos os dispositivos auriculares esterilizados avaliados após uso em paciente estavam contaminados; não houve diferença estatisticamente significante na contaminação microbiana entre os condutos auditivos externos direito e esquerdo tanto antes quanto após a anti-sepsia com clorexidina 0,2%. / The purpose of this study was to evaluate the microbiological quality of the face bow earpieces, articulators and in vivo the external auditory canals before and after antisepsis with chlorexidine 0,2% of patients from the clinic of Dentistry of FORP-USP. It was done a pilot study with twenty articulators (superior and inferior branch) and twenty earpieces (right and left) from the Clinic of Dentistry of FORP-USP, twice, one in the beginning of the school year and the other in the end of the school year. For the articulators a swab moistened with saline was scratched in a 4,0 cm2 area delimited by template; for the earpieces a swab was scratched around it and then placed in tube test with 1,0 ml saline. After agitating, the suspension was inoculated in Tioglicolate Agar (DIFCO) and incubated in ambient temperature at least three days to verify the bacterial growth. It was also evaluated the microbiological quality of twenty articulators after previous disinfection of the delimited area with alcohol 70% scratched with sterilized gauze for three times. Twenty face bows (40 earpieces - right and left) were evaluated after sterilization and used in patients. The face bow and the earpieces were provided by BioArt (Sao Carlos - SP). The earpieces were incased with the paper where they were sterilized and placed in the external auditory canal by the patient for two minutes. Then, the earpieces were transferred with gloved hand to a tube test with 1,0 ml saline. The rest of the material and methods were the same of the pilot study. It was evaluated in vivo the microbiological quality of the external auditory canals of twenty patients; before the antisepsis a swab moistened with saline was scratched by the patient and after the antisepsis, a swab moistened with chlorexidine 0,2% was scratched for 30 seconds by the patient in the external auditory canal and the material was collected after the antisepsis with a swab moistened with saline. The rest of material and methods were the same of the other groups. A Gram stain was done in order to obtain the microorganisms identification with the biochemical test by the ApiStaph System (Bio Merieux) for Staphylococcus that was identified as: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus roseus, Staphylococcus asaccharolyticus, Staphylococcus minimus, and still Kokuria ryzophyla. The spore forming aerobic Gram-positive bacilli were identified by conventional tube test as: Bacillus atropheus, Bacillus acnes, Bacillus alvei and only Gram-negative bacilli as Alcaligenes faecalis. Based on the results, it was verified that almost all of the articulators branches (superior and inferior) tested and the face bow earpieces (right and left) of pilot study were contaminated, there was not a difference statistically significant between both times; after disinfection with alcohol 70% form the only four out of the twenty tested articulators were contaminated (UFC=7); all of the sterilized earpieces evaluated after being used in patients were contaminated, there was not a difference statistically significant in the microbiological quality between the external auditory canals right and left either before or after the antisepsis with chlorexidine 0,2%.
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Investigations on the dispersal of 'Batrachochytrium dendrobatidis' and Ranaviral disease through the international live animal trade in the Americas and AsiaSchloegel, Lisa Marie January 2012 (has links)
Enigmatic amphibian declines are strongly associated with infectious diseases, including chytridiomycosis, caused by the fungus 'Batrachochytrium dendrobatidis' (Bd), and ranaviral disease induced by ranaviruses. A series of data analyses, field sampling, laboratory experimentation and molecular techniques were utilized to test the hypothesis that the international live animal trade is contributing to the spread of these amphibian pathogens. Regions sampled included specific locations in North America, South America and Asia. The magnitude of the live importation of amphibians into the United States (U.S.) was calculated in the millions of animals per year. Batrachochytrium dendrobatidis and ranavirus infections were identified in live food animals in: (a) U.S. wet markets (in 'Lithobates catesbeianus', the North American bullfrog); (b) frog farms in Taiwan (in 'L. catesbeianus'); and (c) wet markets in Taiwan (in 'Rana tigrina', the Chinese bullfrog). 'Batrachochytrium dendrobatidis' infections were also identified in 'L. catesbeianus' farmed in Brazil and in 8 species of amphibians in the U.S. pet trade (in captive bred and directly imported animals). Detection of Bd in individuals upon initial entry into the U.S. demonstrated definitively the trans-continental movement of this potentially lethal amphibian pathogen. Laboratory experimentation illustrated transmission of Bd from a highly traded carrier host ('L. catesbeianus') to frogs of the same species, and to a known susceptible frog species ('Litoria caerulea', White's tree-frog). Molecular data linked U.S. market frogs and their associated ranaviral infections to origins in Asia and South America. Genotyping of pure, cultured isolates of Bd from farmed 'L. catesbeianus' in Brazil showed that they were most similar to isolates from native amphibians in Latin America when compared to a global dataset, providing evidence for transmission between wild and farmed amphibians. Analysis of isolates from market 'L. catesbeianus' led to the discovery of a novel genotype of Bd in Ypsilanti, Michigan that appeared to have a disparate lineage compared with the previously identified panzootic genotypes. DNA sequence analysis from the Ypsilanti frog indicated its origin in Brazil, where the novel genotype was also discovered in native Brazilian frog populations. The demonstration of amphibian pathogens on frog farms, in live wet markets and at border crossings, the evidence of inter- and intra-species transmission, and the existence of a novel genotype in traded anurans, all indicate that international transport of amphibians and their pathogens could produce not only mixing of pathogen genotypes, but the inadvertent spread of strains of unknown virulence that could negatively impact amphibian health. In 2008, data from research contained in this thesis were instrumental in the decision to list both Bd and ranaviral disease in the World Organization for Animal Health Aquatic Animal Health Code, providing guidelines (such as quarantine procedures) to limit the spread of these pathogens through the trade. The evidence provided in this work re-enforces the need for urgent action to minimize the potential spread of amphibian diseases through international trade routes, for the benefit of amphibian populations throughout the world.
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Soroprevalência da infecção pelos vírus da hepatite B e D em dois municípios da região do Baixo Munim, Maranhão, Brasil / Seroprevalence of infection by hepatitides B and D in two municipalities from Baixo Munim, Maranhão, BrazilSilva, Ilana Mirian Almeida Felipe da 17 October 2014 (has links)
As hepatites virais são um grave problema de saúde pública no mundo e no Brasil Taxas variadas de prevalência em diferentes regiões e grupos populacionais têm sido encontradas no país. Além disto, o HDV foi recentemente identificado em uma população do Estado do Maranhão. Neste sentido, o presente estudo teve como objetivo investigar a soroprevalência para HBV e HDV e identificar fatores associados ao vírus da hepatite B, em uma população do Baixo Munim, região rura próxima aos Lençóis Maranhenses, com precário nível de desenvolvimento econômico e social. Em uma população composta de 30.000 indivíduos, obteve-se uma amostra representativa de 1.249 indivíduos residentes nos municípios de Axixá (n=482) e Morros (n=760). Os participantes foram entrevistados com relação a suas caraterísticas sociodemográficas e comportamentais e foram coletadas amostras para a detecção dos marcadores sorológicos: HBsAg, anti-HBc total, anti-HBs e anti HDV total. Para o processamento e análise dos dados, foi utilizado o programa System Requirements for SAS 9.2. Do total de participantes, com idade variando de um a 96 anos (média de 27,4 ± 20,1 anos), 56,2% eram do sexo feminino, sendo que 71,0% eram da cor parda, 63,6% tinham apenas o ensino fundamental e 52,2% viviam com renda abaixo de um salário mínimo. As principais ocupações eram estudantes, agricultores e pescadores. A prevalência global da infecção pelo HBV fo de 41,3% (IC 95%: 38,6 - 44,1). A taxa de indivíduos reativos para HBsAg foi de 0,3% e para o HBsAg associado ao anti-HBc total foi 1,4%, sendo que ambas situações representam infecção atual. A associação do anti-HBc com o anti-HBs indicativo de infecção pregressa, foi verificada em 26,2% dos indivíduos. A presença do anti-HBc isolado foi identificada em 13,4% dos entrevistados. A presença do anti HBs isolado, indicativo de imunidade obtida por vacina, foi encontrada em 26% da população estudada, enquanto que, a porcentagem de indivíduos suscetíveis (ausência de marcadores) foi de 32,7%. Apenas uma amostra, dentre os indivíduos HBsAg reativos, foi reagente ao HDV, representando uma prevalência do anti-HDV total de 4,8%. Com emprego de um modelo de análise multivariada foi identificada associação significativa entre a infecção para hepatite B, residir no município de Morros e ter idade superior a 20 anos. Estes dados epidemiológicos revelam importante índice de infecção pelo HBV e presença do HDV na área estudada, além de demonstrar vulnerabilidade da população com relação a HBV devido a presença de baixa imunidade vacinal e considerável número de indivíduos suscetíveis. Os resultados apontam a necessidade de intensificação de programas de educação em saúde e imunização para a hepatite B, visando, principalmente, a diminuição da chance de transmissão entre crianças e jovens, além da adoção de práticas de controle e monitoramento epidemiológico destas infecções na população estudada / Viral hepatitides are a severe public health problem around the world and in Brazil. Various prevalence rates have been found in different regions and population groups in the country. In addition, recently, HDV has been identified in a population from the State of Maranhão. In that sense, the objective in this study was to investigate the seroprevalence for HBV and HDV and to identify factors associated with the hepatitis B virus in a population from Baixo Munim, a rural region near Lençóis Maranhenses, with precarious economic and social development levels. In a population of 30,000 individuals, a representative sample of 1,249 individuals was obtained, living in Axixá (n=482) and Morros (n=760). The participants were interviewed with regard to their sociodemographic and behavioral characteristics and samples were collected to detect the serological markers: HBsAg, total anti-HBc, anti-HBs and total anti-HDV. To process and analyze the data, the software System Requirements for SAS 9.2 was used. Among the participants, whose ages ranged between one and 96 years (mean 27.4 ± 20.1 years), 56.2% were female, 71.0% mulatto, 63.6% had only finished primary education and 52.2% gained an income of less than one minimum wage. The main occupations were: students, farmers and fishermen. The global prevalence of infection by HBV was 41.3% (95% CI: 38.6 - 44.1). The rate of individuals reactive to HBsAg was 0.3% and for HBsAg associated with total anti-HBc 1.4%. Both situations represent current infection. The association between anti-HBc and anti-HBs, indicating earlier infection, was found in 26.2% of the individuals. The presence of isolated anti-HBc was identified in 13.4% of the interviewees. The presence of isolated anti-HBs, indicating immunity through vaccination, was found in 26% of the study population, while the percentage of susceptible individuals (absence of markers) corresponded to 32.7%. Only one sample among the HBsAg- reactive individuals was reactive to HDV, representing a total anti-HDV prevalence of 4.8%. Using a multivariate analysis model, a significant association was identified between infection by hepatitis B, living in Morros and being over 20 years of age. These epidemiological data reveal an important HBV infection rate and the presence of HDV in the study area, besides demonstrating the population\'s vulnerability to HBV due to the presence of low vaccination immunity and the considerable number of susceptible individuals. The results indicate the need to intensify health education programs and immunization to hepatitis B, mainly aiming to reduce the chance of transmission among children and young people, as well as to adopt control and epidemiological monitoring practices of these infections in the study population
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