On assiste à un essor spectaculaire des méthodes optiques pour suivre l’activité de populations neuronales in vivo. Ceci a permis de mettre en évidence des motifs remarquables d’organisation fonctionnelle à l’échelle mésoscopique impliqués dans de nombreuses fonctions cérébrales physiopathologiques. Cette thèse vise à mettre en place les outils permettant de disséquer les circuits sous-tendant ces motifs remarquables selon une approche expérimentale basée uniquement sur la microscopie optique. Plus particulièrement, ces outils ont été optimisés pour décrire la région CA1 de l’hippocampe adulte et le « barrel cortex » au cours du développement. En effet, deux motifs remarquables ont récemment été mis en évidence dans ces structures, les assemblées neuronales de CA1 adulte impliquées d’une part dans des processus de mémorisation et les neurones Hubs du cortex en développement et d’autre part participant au développement postnatal des circuits neuronaux. Dans ce contexte, nous avons développé un nouveau paradigme expérimental combinant imagerie calcique biphotonique in vivo, photostimulation par illumination holographique et analyse mathématique. Nous avons optimisé le choix et la co-expression de la sonde calcique et de l’opsine dans nos conditions expérimentales, et calibré leur utilisation dans les neurones de différentes structures cérébrales. De plus, nous avons conçu et assemblé un nouveau microscope à deux voies d’excitation, une pour l’imagerie calcique et l’autre pour la photostimulation holographique in vivo. Cette nouvelle approche expérimentale est en cours de validation sur les neurones Hubs à forte connectivité du « barrel cortex » en développement. / Over The last five years we have observed a huge improvement of optical methods to monitor the activity of neuronal populations in vivo. With these new approaches, remarkable patterns of functional organization at the mesoscopic scale that are involved in many pathophysiological brain functions were highlighted. This thesis aims to develop tools allowing us to dissect the circuits underlying these remarkable patterns according to an experimental approach based on all optical microscopy. These tools have been optimized to describe the functional organization of CA1 neurons in the adult hippocampus as well as in the barrel cortex during development. Two remarkable patterns have recently been identified in these structures, first, adult CA1 neural assemblies involved in memory processes and second, Hub cortical neurons that shape neuronal circuit during development. We have developed a new experimental paradigm combining in vivo two photon calcium imaging, holography photostimulation and mathematical analysis. We optimized the choice and co-expression of calcium probe (GCaMP6s) and opsin (Chronos and ChR2H134R) in our experimental conditions and calibrated their use in neurons of different brain structures. In addition, we designed and assembled a new two-path excitation microscope, one for calcium imaging and the other for in vivo holography photostimulation. This new experimental approach is being validated on Hub neurons with high connectivity in the developing barrel cortex.

This paper attempts to use image processing methods to reduce the influences of ambient light and scattering effect on the performance of an underwater range finder. The Taguchi method, as well, is employed to increase the repeatability of underwater range finding. In this study, the image processing methods of the least-squares approximation, brightness and contrast adjustment, and primary color processing are presented. The illumination center is also used to estimate the position of the laser spot in the image. In addition, a bandpass optical filter at the receiving end is used to investigate the effects of filters on the quality of range finding. To verify the effectiveness of the proposed image processing methods, a series of DOE process runs are carried out to study effects of the design parameters on quality of range finding. For each image processing method, its corresponding control factors and levels are assigned to an inner orthogonal array. To make the proposed image processing methods robust against noises, both environmental illumination and turbidity are forced into the experiments by utilizing an outer orthogonal array. Images for processing are then captured under different noise conditions in accordance with the allocation of the outer noise array. And, according to the layout of the inner array, the S/N ratio of each treatment combination is calculated. After that, the optimum combination of control factors is predicted through the analysis of variance. Then, the confirmation experiments are carried out to verify that the combination of control factors at the perceived best levels is valid. Based on the results of experiments and analyses, it is found that the least-squares approximation is better than other proposed image processing methods for increasing the quality of range finding. Moreover, the effect of increasing quality of range finding by using the least-squares approximation is superior to that of using a bandpass optical filter. Even though a range finding system has incorporated a bandpass optical filter for filtering out unwanted noises, the quality of range finding can still be increased distinctly while the algorithm of the least-squares approximation is employed. As well, the least-squares approximation is feasible to reduce the scattering effects in the laser images if the size of the sparse backscattering light spot is smaller than that of the target light spot.

Le design d'éclairage est une tâche qui est normalement faite manuellement, où les artistes doivent manipuler les paramètres de plusieurs sources de lumière pour obtenir le résultat désiré. Cette tâche est difficile, car elle n'est pas intuitive. Il existe déjà plusieurs systèmes permettant de dessiner directement sur les objets afin de positionner ou modifier des sources de lumière. Malheureusement, ces systèmes ont plusieurs limitations telles qu'ils ne considèrent que l'illumination locale, la caméra est fixe, etc. Dans ces deux cas, ceci représente une limitation par rapport à l'exactitude ou la versatilité de ces systèmes. L'illumination globale est importante, car elle ajoute énormément au réalisme d'une scène en capturant toutes les interréflexions de la lumière sur les surfaces. Ceci implique que les sources de lumière peuvent avoir de l'influence sur des surfaces qui ne sont pas directement exposées. Dans ce mémoire, on se consacre à un sous-problème du design de l'éclairage: la sélection et la manipulation de l'intensité de sources de lumière. Nous présentons deux systèmes permettant de peindre sur des objets dans une scène 3D des intentions de lumière incidente afin de modifier l'illumination de la surface. De ces coups de pinceau, le système trouve automatiquement les sources de lumière qui devront être modifiées et change leur intensité pour effectuer les changements désirés. La nouveauté repose sur la gestion de l'illumination globale, des surfaces transparentes et des milieux participatifs et sur le fait que la caméra n'est pas fixe. On présente également différentes stratégies de sélection de modifications des sources de lumière. Le premier système utilise une carte d'environnement comme représentation intermédiaire de l'environnement autour des objets. Le deuxième système sauvegarde l'information de l'environnement pour chaque sommet de chaque objet. / Lighting design is usually a task that is done manually, where the artists must manipulate the parameters of several light sources to obtain the desired result. This task is difficult because it is not intuitive. Some systems already exist that enable a user to paint light directly on objects in a scene to position or alter light sources. Unfortunately, these systems have some limitations such that they only consider local lighting, or the camera must be fixed, etc. Either way, this limitates the accuracy or the versatility of these systems. Global illumination is important because it adds a lot of realism to a scene by capturing all the light interreflections on the surfaces. This means that light sources can influence surfaces even if they are not directly exposed. In this M. Sc. thesis, we study a subset of the lighting design problem: the selection and alteration of the intensity of light sources. We present two different systems to design lighting on objects in 3D scenes. The user paints light intentions directly on the objects to alter the surface illumination. From these paint strokes, the systems find the light sources and alter their intensity to obtain as much as possible what the user wants. The novelty of our technique is that global illumination, transparent surfaces and subsurface scattering are all considered, and also that the camera is free to take any position. We also present strategies for selecting and altering the light sources. The first system uses an environment map as an intermediate representation of the environment surrounding the objects. The second system saves all the information of the environment for each vertex of each object.

Thesis (Ph. D.)--Ecole des Hautes Etudes en Science Sociales de Paris, 1995. / Includes bibliographical references (p. 186-194).

Zugl.: Heidelberg, Universiẗat, Diss., 2006.

Thesis (Ph. D.)--Ecole des Hautes Etudes en Science Sociales de Paris, 1995. / Includes bibliographical references (p. 186-194).

This dissertation is the first book-length study to analyse the production and patronage of Islamic illuminated manuscripts in late medieval RÅ«m in their fullest cultural contexts and in relation to the arts of the book of neighbouring regions. Although research concerning the artistic landscapes of late medieval Rūm has made significant progress in recent years, the development of the arts of the book and the nature of their patronage and production has yet to be fully addressed. The topic also remains relatively neglected in the wider field of Islamic art history. This thesis considers the arts of the book and the part they played in artistic life within contemporary scholarly frameworks that emphasise inclusivity, diversity and fluidity. Such frameworks acknowledge the period's ethnic and religious pluralism, the extent of cross-cultural exchange, the region's complex political situation after the breakdown in Seljuk rule, and the itinerancy of scholars, Sufis and craftsmen. Analyses are based on the codicological examination of sixteen illuminated Persian and Arabic manuscripts, none of which have been published in depth. In order to appropriately assess the material and to partially redress scholarly emphases on the constituent arts of the book (calligraphy, illumination, illustration and binding), the manuscripts are considered as whole objects. The manuscripts' ample inscriptions also help to form a clearer picture of contemporary artistic life. Evidence from further illuminated and non-illuminated manuscripts and other textual and material primary sources is also examined. Based on this evidence, this dissertation demonstrates that Rūm's towns had active cultural scenes despite the frequent outbreak of hostilities and the absence of an effective centralised government. The lavishness of some manuscripts from this period also challenges the often-assumed connection between dynastic patronage and sophisticated artistic production. Furthermore, the identities and affiliations of those involved in the production and patronage of illuminated manuscripts reinforces the impression of an ethnically and religiously diverse environment and highlights the role that local amīrs and Sufi dervishes in particular had in the creation of such material.

Nous proposons une méthode pour placer automatiquement des sondes dans une scène par minimisation d’une fonction d’erreur. Nous guidons les sondes vers les sites d’échantillonnage optimaux en appliquant la descente de gradient à une fonction d’erreur qui représente la similarité entre la structure en construction et un ensemble de référence. En utilisant la pondération inverse à la distance comme fonction interpolante, nous avons construit avec fiabilité des ensembles de sondes dans trois scènes. En comparant nos résultats avec ceux produits par un ensemble de sondes de référence placées sur une grille régulière, nous atteignons théoriquement notre objectif dans une des trois scènes, où nous obtenons des valeurs d’erreur inférieures à la référence avec beaucoup moins de sondes. Nous avons eu des succès partiels dans les autres scènes, selon le nombre d’échantillons utilisés. / Diffuse global illumination within a 3D scene can be approximated in real time using irradiance probes. Probe placement typically relies on significant human input, and final quality of the approximation is often left to the subjectivity of a lighting artist. As demand for realism in rendering increases, the need to enhance the quality of such approximations is greater. We propose a method to automatically place probes in a scene by minimizing an error function. We guide probes to optimal sampling locations by applying gradient descent to an error function that represents similarity between our interpolated results and reference irradiance values. Using weighted nearest neighbour interpolation, we were able to reliably construct probe sets with minimal input in three scenes. Comparing our results to those produced by a set of probes placed on a 3D grid, we were theoretically successful in one scene, in which we could obtain lower error values with fewer probes. We obtained partial success in the other scenes, depending on the number of samples used.

Les images de synthèse sont présentes à travers un grand nombre d'applications tel que les jeux vidéo, le cinéma, l'architecture, la publicité, l'art, la réalité virtuelle, la visualisation scientifique, l'ingénierie en éclairage, etc. En conséquence, la demande en photoréalisme et techniques de rendu rapide ne cesse d'augmenter. Le rendu réaliste d'une scène virtuelle nécessite l'estimation de son illumination globale grâce à une simulation du transport de lumière, un processus coûteux en temps de calcul dont la vitesse de convergence diminue généralement lorsque la complexité de la scène augmente. En particulier, une forte illumination indirecte combinée à de nombreuses occlusions constitue une caractéristique globale de la scène que les techniques existantes ont du mal à gérer. Cette thèse s'intéresse à ce problème à travers l'application de techniques d'analyse de formes pour le rendu 3D.Notre principal outil est un squelette curviligne du vide de la scène, représenté par un graphe contenant des informations sur la topologie et la géométrie de la scène. Ce squelette nous permet de proposer de nouvelles méthodes pour améliorer des techniques de rendu temps réel et non temps réel. Concernant le rendu temps réel, nous utilisons les informations géométriques du squelette afin d'approximer le rendu des ombres projetés par un grand nombre de points virtuels de lumière représentant l'illumination indirecte de la scène 3D.Pour ce qui est du rendu non temps réel, nos travaux se concentrent sur des algorithmes basés sur l'échantillonnage de chemins, constituant actuellement le principal paradigme en rendu physiquement plausible. Notre squelette mène au développement de nouvelles stratégies d'échantillonnage de chemins, guidés par des caractéristiques topologiques et géométriques. Nous adressons également ce problème à l'aide d'un second outil d'analyse de formes: la fonction d'ouverture du vide de la scène, décrivant l'épaisseur locale du vide en chacun de ses points. Nos contributions offrent une amélioration des méthodes existantes and indiquent clairement que l'analyse de formes offre de nombreuses opportunités pour le développement de nouvelles techniques de rendu 3D / Nowadays, computer generated images can be found everywhere, through a wide range of applications such as video games, cinema, architecture, publicity, artistic design, virtual reality, scientific visualization, lighting engineering, etc. Consequently, the need for visual realism and fast rendering is increasingly growing. Realistic rendering involves the estimation of global illumination through light transport simulation, a time consuming process for which the convergence rate generally decreases as the complexity of the input virtual 3D scene increases. In particular, occlusions and strong indirect illumination are global features of the scene that are difficult to handle efficiently with existing techniques. This thesis addresses this problem through the application of discrete shape analysis to rendering. Our main tool is a curvilinear skeleton of the empty space of the scene, a sparse graph containing important geometric and topological information about the structure of the scene. By taking advantage of this skeleton, we propose new methods to improve both real-time and off-line rendering methods. Concerning real-time rendering, we exploit geometric information carried by the skeleton for the approximation of shadows casted by a large set of virtual point lights representing the indirect illumination of the 3D scene. Regarding off-line rendering, our works focus on algorithms based on path sampling, that constitute the main paradigm of state-of-the-art methods addressing physically based rendering. Our skeleton leads to new efficient path sampling strategies guided by topological and geometric features. Addressing the same problem, we also propose a sampling strategy based on a second tool from discrete shape analysis: the opening function of the empty space of the scene, describing the local thickness of that space at each point. Our contributions demonstrate improvements over existing approaches and clearly indicate that discrete shape analysis offers many opportunities for the development of new rendering techniques

L’utilisation de techniques de microscopie optique de plus en plus performantes a permis des avancées considérables en neurobiologie. Néanmoins, la population de neurones mise en jeu lors de la formation de la mémoire, ainsi que sa dynamique restent à ce jour très peu connues. L’objectif de la thèse est de développer puis d’utiliser deux types de microscopies originales couplées à des sondes fluorescentes de dernière génération (sondes calciques G-CaMP6f et sonde voltage ArcLight) pour l’étude in vivo des réseaux neuronaux impliqués dans la mémorisation chez la drosophile. Le choix du modèle Drosophila melanogaster pour cette étude neurobiologique est justifié par plusieurs atouts uniques : un cerveau peu volumineux, des capacités d’apprentissage remarquables, la possibilité d’analyser un réseau neuronal dans sa globalité avec une résolution cellulaire et la disponibilité d’outils génétiques très perfectionnés pour son étude. Le premier type de microscopie conçu est celui dite à illumination structurée de type HiLo permettant d'obtenir une coupe optique en profondeur. Nous avons alors étudié le rôle de divers récepteurs, tels que les récepteurs dopaminergiques et gabaergiques dans la transmission de l'information punitive jusqu'aux neurones des corps pédonculés. Nous avons également mis en évidence une non-homogénéité spatiale des neurones de type α/β des corps pédonculés en termes d’excitation et d’inhibition en réponse à une stimulation punitive pour une profondeur d’analyse d'environ 10 à 20 µm. Cette profondeur limite étant imposée par les aberrations, nous avons alors implémenté une boucle d’optique adaptative dans notre microscope. Cela a permis de réaliser des analyses morphologiques jusqu’à 50 µm de profondeur. Le second type de microscopie développé est la microscopie multiconfocale de type « spinning disk » dans le but d’imager l’ensemble des corps cellulaires des neurones des corps pédonculés. Le développement de ce projet n'est pas achevé, ce qui n’a pas encore permis de répondre à des questions biologiques d’intérêt. / Cellular and neural network dynamics involved in memory formation remain poorly known despite the progress brought by advanced optical microscopies to neurobiology. The use of Drosophila melanogaster as a model organism constitute one of the most promising approaches due to its unique features: a small brain size, outstanding learning capabilities, very powerful genetic tools and the possibility to analyze a whole neural network with a cellular resolution. To this aim, we implemented two types of optical fluorescence microscopes coupled to cutting-edge fluorescent biosensors, calcic G-CaMP6f and voltage ArcLight probes. We used HiLo structured illumination, a technique able to provide axial optical sectioning, deep in the brain, to study the role of dopaminergic and gabaergic molecular receptors in the transmission of aversive stimulus to mushroom bodies neurons. We also evidenced a non-uniform response of type α/β mushroom bodies neurons under electrical stimulation at 10 to 20 µm depth of analysis. To penetrate deeper in the brain, we added an adaptive optics feedback loop into our microscope in order to overcome aberrations issues. We were then able to rebuild optical sections down to 50 µm depth. The second type of microscopy we developed is a multiconfocal microscope using spinning disk. The aim was to image all the mushroom bodies neurons, at the level of their cell bodies, with a cellular resolution. Since this project is at its beginning, it did not allow us to answer to advanced biological questions yet.