Malgré les progrès effectués en transplantation rénale, on observe encore de nombreuses pertes de greffon sur le long terme. Mettre en évidence des polymorphismes génétiques influençant le devenir du greffon pourrait permettre d’améliorer la prise en charge des patients greffés. Nous avons génotypé 6 polymorphismes de gènes de l’immunité codant l’IL-12p40, PD-1, AIF-1, Lyp, TIM-1 et -3, puis nous avons recherché une association statistique avec plusieurs événements cliniques survenus après la greffe. Nous avons montré que les polymorphismes des gènes de l’IL-12p40, PD-1 et TIM-3 étaient associés à l’infection à CMV, que celui du gène de PD-1 influait sur la survie du greffon, et que ceux d’AIF-1 et Lyp étaient liés respectivement au cancer de la peau et à la reprise retardée de fonction du greffon. Ces résultats suggèrent l’intérêt de stratifier génétiquement les patients afin d’en identifier certains qui bénéficieraient tout particulièrement d’adaptations thérapeutiques. / In spite of the continuous progress in immunosuppressive therapy, a number of factors still interfere with the complete success of renal transplantation. Revealing some factors with impact on graft outcome may therefore have important consequences in clinical practice. In the work presented here, we studied 6 polymorphisms into immunity genes coding IL-12p40, PD-1, AIF-1, Lyp, TIM-1 and -3, and we assessed their association with several clinical events occurring after transplantation. We showed that the polymorphisms into IL-12p40, PD-1 and TIM-3 genes were associated with CMV infection, that the PD-1 gene polymorphism was associated with graft survival, and that the polymorphisms into AIF-1 and Lyp genes were associated with skin cancer and delayed graft function, respectively. These results suggest that it would be interesting to genetically stratify patients in order to better adapt treatments and patient care.

La maladie de Newcastle est une maladie virale hautement contagieuse et dévastatrice chez la volaille. Bien que la biosécurité et lhygiène puissent savérer suffisantes pour lutter contre lintroduction de la maladie, la vaccination préventive est considérée comme une précaution supplémentaire et a été rendue obligatoire dans la plupart des pays européens dès les années 90 suite aux épidémies de ND. Cependant, lobservation dépizooties sporadiques témoigne des limites des programmes de prévention actuels. Dans ce contexte, de nombreuses alternatives vaccinales sont étudiées afin de limiter le risque dune infection par le NDV et de réduire la transmission virale, tout en prévenant les signes cliniques et la mortalité. Durant ce travail, la vaccination à un jour à laide dun vaccin atténué a été privilégiée et lamélioration de son efficacité par la co-administration avec ladjuvant chitosan et une primo-vaccination in ovo avec un vaccin recombinant rHVT-ND a été investiguée. Lobjectif de cette thèse consiste à étudier de manière approfondie limmunité induite chez le poulet par la vaccination contre la ND et à établir une corrélation entre les réponses immunitaires mesurées et la protection. Ces expériences ont montré linfluence du tropisme de la souche vaccinale de NDV sur linduction de limmunité à médiation cellulaire et sur le degré de la réponse immune locale en anticorps au niveau des tractus respiratoire et digestif. Cette réponse immune cellulaire spécifique du NDV a pu être renforcée par la co-administration du chitosan avec le vaccin atténué. Linterférence des anticorps maternels sur linduction dune réponse immune spécifique lors dune vaccination à un jour a également été validée. Cet impact négatif a pu être limité par une primo-vaccination in ovo avec un vaccin recombinant rHVT-ND. Enfin, le programme de vaccination combinant une primo-vaccination in ovo avec une vaccination à un jour avec un vaccin atténué co-administré avec le chitosan a permis daméliorer la protection contre les signes cliniques de la maladie mais également de diminuer lexcrétion virale lors dune infection virulente. Cette plus forte protection peut être corrélée avec linduction dune meilleure immunité à médiation cellulaire et une réponse immune locale accrue. Newcastle disease is a highly contagious and devastating condition of poultry. Although good biosecurity and hygiene practices can be sufficient to fight against this disease, the preventive vaccination is thought to be an additional precaution and is rendered compulsory in many European Union countries since the 90 after ND epidemic. Nevertheless, enzootics and epizootics that are sometimes reported point out the limitations of current vaccination regimens. In this context, different approaches have been investigated in order to prevent infection by NDV, reduce the transmission of the virus and eliminate clinical signs and mortality. In this work, we have selected the vaccination at day-old with attenuated ND vaccine and we have attempted to increase its efficacy by the co-administration with chitosan adjuvant and by an in ovo injection of a rHVT-ND vaccine. The aim of this present work was to evaluate the immunity induced by ND vaccination and the establishment of the correlation between the recorded measurement and the protection. These experiments showed the influence of the tropism of the ND vaccine strain on the NDV-specific antibody-mediated immunity in the respiratory and digestive tracts and on the cell-mediated immunity. This NDV-specific cellular immune response was improved by the co-administration of chitosan with the ND attenuated vaccine. It was also observed that the presence of MDA interferes with the establishment of a persisting good protective immunity after a single day-old vaccination. The use of rHVT-ND vaccine applied in ovo as primo-vaccination allowed overcoming this negative interference of MDA. Finally, the innovative rHVT-ND/live ND-chitosan vaccination regimen provided the highest protection against mortality and morbidity as well as the strongest reduction of virus shedding, which could be related to a higher measured cellular immune response and local antibody-mediated immunity.

Anopheles gambiae est le vecteur le plus redoutable de Plasmodium falciparum, l'agent principal responsable du paludisme en Afrique Sub-saharienne. Les nouvelles stratégies de lutte contre la maladie visent à limiter ou interrompre le développement du parasite au cours de son cycle de vie chez le moustique vecteur, ce qui nécessite une bonne connaissance des interactions vecteur*parasite. L'objectif principal de cette thèse a été d'évaluer l'impact de facteurs environnementaux et génétiques sur le développement de P. falciparum chez An. gambiae en conditions naturelles de transmission. Pour la réalisation de ce projet, nous avons utilisé un système d'infections expérimentales, où des populations sauvages d'anophèles provenant de différentes localités ont été infectées avec des isolats naturels de P. falciparum. Notre étude a révélé que les moustiques provenant des zones urbaines étaient plus infectés que ceux des zones péri-urbaines, démontrant que la compétence vectorielle est dépendante des interactions vecteur*parasite*environnement. Nous avons ensuite mesuré l'impact de l'environnement aquatique sur la capacité des moustiques adultes à transmettre le parasite en corrélant la composition de la flore bactérienne intestinale des moustiques femelles avec leur statut d'infection à P. falciparum. Nous avons mis en évidence que la flore bactérienne intestinale de moustique différait en fonction du gîte aquatique et qu'une communauté bactérienne, les Enterobacteriaceae, jouait un rôle dans la susceptibilité du moustique à l'infection. Enfin, le polymorphisme génétique de deux gènes de l'immunité ayant un rôle démontré dans l'infection par Plasmodium, TEP1 et APL1A, a été étudié chez nos moustiques sauvages. Nous avons montré que les différents allèles étaient répartis différemment au sein des différentes populations de vecteurs et qu'ils étaient soumis à des forces évolutives. Le rôle des interactions génome*environnement et leurs implications dans la compétence vectorielle seront discutées. En conclusion, les résultats de ce travail de thèse soulignent la complexité des interactions vecteur*parasite qui sous-tendent la compétence vectorielle et montrent l'importance de prendre en compte les facteurs environnementaux pour l'élaboration de nouvelles stratégies de lutte. / Anopheles gambiae is the most tremendous vector of Plasmodium falciparum, the major agent of malaria in sub-Saharan Africa. New malaria control approaches envision interrupting transmission cycle in the mosquito, however this will require a better knowledge of vector*parasite interactions. The main objective of this PhD work was to investigate the impact of the environmental and genetic factors on the development of P. falciparum into An. gambiae in natural settings. To carry out this project, we used experimental infection system; wild anopheline mosquito populations from different localities were infected with natural isolates of P. falciparum. Our study revealed that mosquitoes from urban area were more infected than those from sub-urban areas, demonstrating that vector competence depends on vector*parasite*environment interactions. We then measured the impact of the aquatic environment on the adult mosquito capacity to transmit parasites. Correlation analysis between the mosquito gut microbiota and P. falciparum infection status was performed. We showed that mosquito bacterial flora differed according to the aquatic breeding site and that Enterobacteriaceae community was involved in the mosquito susceptibility. Genetic polymorphisms of two immune genes involved in parasitic defense, TEP1 and APL1A, were then studied. We showed that the different alleles were differentially spread into wild vector populations and evolutive forces were acting. Genome*environment interactions and their involvement in vector competence will be discussed. Finally, this thesis highlights the complexity of vector*parasite interactions underlying vectorial competence and pinpoints the importance to take into account environmental factors to elaborate new malaria control strategies.

Les oligosaccharides non digestibles (OND) occupent aujourd'hui une place de choix parmi les ingrédients fonctionnels du fait de leur potentielles propriétés prébiotiques. Les transgalacto-oligosaccharides (TOS), oligomères linéaires de galactose obtenus par fermentation du lactose, appartiennent à la famille des OND. L'objectif de ce travail, réalisé en étroite collaboration avec la société Blédina, était de caractériser les effets induits par la consommation de TOS sur la fonction intestinale. Ce travail incluait une première partie dédiée aux effets des TOS sur la muqueuse intestinale, une deuxième partie visant à étudier les conséquences de la consommation de TOS sur la composition de la flore fécale et les paramètres des réponses immunitaires innées et adaptatives au niveau intestinal et périphérique, et la troisième partie a consisté en une étude des effets des TOS sur les signes cliniques et biologiques d'allergie à l'arachide. Nous avons établi que la consommation de TOS induit une forte augmentation de la quantité de protéines totales contenues dans la muqueuse intestinale. Cependant, cet effet ne semble pas dû à une augmentation de la production des mucines, ni à un effet trophique des TOS. Par ailleurs, nous avons confirmé l'effet prébiotique des TOS en montrant que le nombre de bifidobactéries était augmenté après 4 semaines de consommation de TOS. Une analyse plus fine par DGGE nous a également permis de montrer que la diversité de la flore lactobacille est augmentée par la consommation de TOS, même si, d'un point de vue quantitatif, les lactobacilles sont très peu augmentés par les TOS. Certains paramètres immunitaires périphériques, et notamment la proportion de cellules CD4+ dans la rate, sont également modifiés lorsque les animaux consomment les TOS. Nous n'avons en revanche pas constaté d'effets au niveau intestinal. Enfin, lors de notre étude sur animaux sensibilisés à l'arachide, nous avons établi que la consommation de TOS permet de diminuer les immunoglobulines IgG1 spécifiques, tout en augmentant la prolifération des splénocytes cultivés en présence d'un mitogène non spécifique et leur production de cytokines. Cependant, si certains signes biologiques d'allergie sont diminués par la consommation de TOS, les signes cliniques d'allergie à l'arachide ne sont pas affectés. Nos résultats ont donc prouvé que les TOS induisent de réelles modifications de l'écosystème intestinal, mais aussi du système immunitaire périphérique. Des travaux supplémentaires seraient nécessaires afin de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents.

La leucémie lymphoblastique aiguë des cellules Pré-B (B-ALL) reste le type de cancer le plus souvent diagnostiqué chez les enfants. Des études ont montré que des déterminants génétiques jouent un rôle important dans la susceptibilité/résistance au développement de ce cancer. À cet égard, les gènes Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor (KIR) sont d'une importance particulière. Ces gènes sont fortement polymorphiques et codent pour des récepteurs qui contrôlent l’activité fonctionnelle des cellules Natural Killer (NK). Notre hypothèse est que les gènes activateurs des KIR s’associent avec la résistance innée pour développer la B-ALL. Afin d'évaluer cette hypothèse, nous avons entrepris une étude de cas-contrôles chez des enfants canadiens-français dans laquelle nous avons utilisé l'ADN génomique de 100 patients atteints de B-ALL ainsi que l’ADN de 245 individus sains. La présence ou l'absence de chaque gène KIR a été détectée par PCR en utilisant des amorces de séquences spécifiques. Nous avons trouvé que la présence des gènes KIR activateurs est significativement diminuée chez les enfants leucémiques par rapport aux témoins. En outre, le nombre de ces gènes a aussi montré une association significative linéaire avec la résistance au développement d’une B-ALL. Cela suggère des effets additifs de ces gènes permettant de conférer une protection contre ce cancer. Ces résultats pourraient être utiles afin de déceler de façon précoce les enfants ayant un risque de développer cette leucémie. Enfin, des stratégies thérapeutiques basées sur les récepteurs KIR pourraient être envisagées et s'avérer utiles concernant le traitement de ce cancer chez les enfants. / Investigating genetic determinants that play a role in conferring susceptibility/resistance to the development of acute B cell leukemia (B-ALL) in children is highly desirable. We hypothesized that activating Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor (KIR) genes, which are implicated in NK cell activation, may represent one of these determinants. To test this hypothesis, we conducted a case-control study in French-Canadian children in which we used genomic DNA from 100 B-ALL patients and 245 healthy controls. The presence or absence of each KIR gene was detected by PCR using sequence-specific primers. We found that the frequencies of these genes are significantly reduced in B-ALL cases when compared with their healthy counterparts. Furthermore, we found that these genes had an additive effect in reducing risk for developing the cancer. The results may be useful in early identification of children at risk for developing this cancer. Moreover, KIR-based therapies may prove to be useful in treating this cancer.

La leucémie lymphoblastique aiguë des cellules Pré-B (B-ALL) reste le type de cancer le plus souvent diagnostiqué chez les enfants. Des études ont montré que des déterminants génétiques jouent un rôle important dans la susceptibilité/résistance au développement de ce cancer. À cet égard, les gènes Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor (KIR) sont d'une importance particulière. Ces gènes sont fortement polymorphiques et codent pour des récepteurs qui contrôlent l’activité fonctionnelle des cellules Natural Killer (NK). Notre hypothèse est que les gènes activateurs des KIR s’associent avec la résistance innée pour développer la B-ALL. Afin d'évaluer cette hypothèse, nous avons entrepris une étude de cas-contrôles chez des enfants canadiens-français dans laquelle nous avons utilisé l'ADN génomique de 100 patients atteints de B-ALL ainsi que l’ADN de 245 individus sains. La présence ou l'absence de chaque gène KIR a été détectée par PCR en utilisant des amorces de séquences spécifiques. Nous avons trouvé que la présence des gènes KIR activateurs est significativement diminuée chez les enfants leucémiques par rapport aux témoins. En outre, le nombre de ces gènes a aussi montré une association significative linéaire avec la résistance au développement d’une B-ALL. Cela suggère des effets additifs de ces gènes permettant de conférer une protection contre ce cancer. Ces résultats pourraient être utiles afin de déceler de façon précoce les enfants ayant un risque de développer cette leucémie. Enfin, des stratégies thérapeutiques basées sur les récepteurs KIR pourraient être envisagées et s'avérer utiles concernant le traitement de ce cancer chez les enfants. / Investigating genetic determinants that play a role in conferring susceptibility/resistance to the development of acute B cell leukemia (B-ALL) in children is highly desirable. We hypothesized that activating Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor (KIR) genes, which are implicated in NK cell activation, may represent one of these determinants. To test this hypothesis, we conducted a case-control study in French-Canadian children in which we used genomic DNA from 100 B-ALL patients and 245 healthy controls. The presence or absence of each KIR gene was detected by PCR using sequence-specific primers. We found that the frequencies of these genes are significantly reduced in B-ALL cases when compared with their healthy counterparts. Furthermore, we found that these genes had an additive effect in reducing risk for developing the cancer. The results may be useful in early identification of children at risk for developing this cancer. Moreover, KIR-based therapies may prove to be useful in treating this cancer.

L’existence d’un partage des tâches a été démontrée au sein de nombreux systèmes biologiques et ce notamment en immunologie où il a été décrit dans le contexte de différentes sous-populations d’un même type cellulaire. Les cellules dendritiques plasmacytoïdes (pDC) jouent un rôle clé lors des infections virales. Les pDCs ont la capacité de sécréter de grandes quantités d’interférons de type I et de se différencier en cellules dendritiques matures capables d’activer une réponse immunitaire adaptative. Il a été proposé que ces fonctions innées et adaptatives soient séquentiellement induites après activation virale. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à ces deux fonctions principales des pDC et je suis arrivée à la description de différentes sous-populations de pDC activées : PD-L1+CD80- (P1), PD-L1+CD80+ (P2) and PD-L1-CD80+ (P3), démontrant qu’il existe un partage des tâches entre ces sous-types. P1 produit spécifiquement de l’IFN-α, indiquant une spécialisation en immunité innée, et promeut une réponse tolérogénique des cellules T CD4. Inversement, P3 induit une forte activation des cellules T CD4 naïves et une polarisation de type Th2, démontrant une spécialisation fonctionnelle dans l’immunité adaptative. P2 possède un profil fonctionnel intermédiaire. Plutôt qu’un lien séquentiel, nos résultats indiquent une exclusion réciproque des fonctions innées et adaptatives entre ces différents sous-types de pDC / Under microbial stimulation plasmacytoid pre-dendritic cells (pDC) secrete large amounts of type I interferon (IFN) and differentiate into mature dendritic cells capable of activating T cells. These innate and adaptive functions are thought to be induced sequentially in pDC through triggering of the IRF-7 and NFkB pathways, respectively. We found that viral activation of pDC induced their differentiation into three phenotypically distinct subsets: PD-L1+CD80- (P1), PD-L1+CD80+ (P2) and PD-L1-CD80+ (P3). P1 specifically produced IFN-α, indicating a specialization in innate immunity, while promoting weak activation and high IL-10 expression in CD4 T cells. Conversely, P3 showed increased expression of surface costimulatory molecules, improved migratory capacity, strong naïve CD4 T cell activation, and induction of Th2 differentiation. P2 had an intermediate functional profile. No conversion could be induced between subsets. We identified P1 in psoriatic skin, and blood from active lupus patients. Our results indicate reciprocal exclusion, rather than sequential link, of innate and adaptive pDC functions, with important implications in immune regulation and immunopathology.