Orientador: Fátima Pereira de Souza / Banca: José Luiz Proença Módena / Banca: Karina Alves de Toledo / Resumo: O virus sincicial respiratório humano (hRSV) é o principal agente causador de infecções respiratórias agudas (IRA) em crianças menores que 5 anos de idade. Estudos de variabilidade genética tem identificado 2 grupos antigênicos de hRSV (A e B). A proteína G tem sido alvo destes estudos e tem fornecido informações importantes sobre as características clínicas e epidemiológicas do vírus. Os objetivos deste estudo foram determinar o genótipo, identificar o padrão de circulação das variantes de hRSV e comparar o diagnóstico apresentado por crianças provenientes de grupos clinicamente distintos. Foram colhidas amostras de aspirado nasofaringe de crianças menores que 6 anos de idade com IRA que freqüentaram uma creche municipal no período de julho de 2003 a setembro de 2005 e que foram internadas no Hospital de Base entre maio de 2004 e setembro de 2005 em São José do Rio Preto-SP. O diagnóstico viral foi realizado por RT-PCR e a genotipagem por sequenciamento da região variável (G2) do gene da proteína G. As árvores filogenéticas foram construídas a partir de alinhamentos das seqüências com outras disponíveis no GenBank para hRSV A e B. Foram identificadas 142 amostras positivas para hRSV (29% - 79/272 nas crianças hospitalizadas; e 7,7% -63/817 nas crianças da creche), das quais 61 foram genotipadas (29 da creche e 32 do hospital). Destas, 92% (56/61) pertencem a hRSV A e 8% (5/61) ao hRSV B. As análise filogenéticas hRSVA mostraram a existência de três agrupamentos, GA1, GA2 e GA5, que co-circularam durante o período analisado. Nos isolados de crianças de creche, houve apenas detecção de hRSV GA1 (isolados muito similares a cepa protótipo A2). Os isolados do subgrupo B pertencem ao genótipo BA - GB3 e foram identificados apenas nas crianças hospitalizadas. Nossos isolados foram similares aos identificados nas cidades de Ribeirão Preto, São Paulo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Not available / Mestre

Orientador: Fátima Pereira de Souza / Banca: José Luiz Proença Módena / Banca: Maria Elisabete Jorge Amaral / Resumo: As infecções do trato respiratório estão associadas com mortalidade significativa no mundo inteiro e afetam principalmente crianças menores de cinco anos de idade. A maioria das infecções respiratórias é causada por agentes virais como: Vírus Sincicial Respiratório (RSV), Influenzavírus tipo A e B (FLUA e FLUB), Parainfluenza tipo 1, 2 and 3 (PIV-1, PIV-2 e PIV-3), Rhinovirus (HRV) e Metapneumovirus Humano (hMPV). O conhecimento da epidemiologia e prevalência desses vírus é importante para que metodologias terapêuticas possam ser aplicadas apropriadamente e saber como esses vírus estão circulando. O objetivo deste trabalho foi investigar a incidência de 8 tipos de vírus respiratórios em 279 amostras de aspirado nasofaríngeo obtidas de Julho/2004 a Setembro de 2005 de 120 crianças (73 do sexo masculino e 47 do sexo feminino) com idade entre 0 a 6 anos com sintomas de infecção respiratória aguda. A análise foi realizada pela técnica de RT-PCR e seqüenciamento direto. Nossos resultados mostraram que 27,2% (76/279) das amostras foram positivas para pelo um dos vírus respiratórios, sendo 84,2% (64/76) de Picornavírus, 76,3% (58/76) de Rhinovírus e 7,9% de Enterovírus (6/76), 7,9% (6/76) de RSV, 1,3% (1/76) de hMPV, 2,6% (2/76) de FLUA, 2,6% (2/76) de PIV-1 e 1,3% (1/76) de PIV-2. As infecções repetidas acometeram 29% (22/76) das crianças com infecção respiratória. A maioria das re-infecções, 82% (18/22), foram pelo gênero Rhinovírus. Os sintomas mais freqüentes foram coriza diagnosticada em 89,5% dos casos (68/76) seguido de tosse em 67,1% (51/76). Os Rhinovírus foram detectados em todo o período de estudo, com picos de infecção nos meses de inverno e outono, porém não houve associação significativa entre a presença viral e a sazonalidade. Neste estudo houve prevalência de infecção e re-infecção por Rhinovírus. Portanto, este estudo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Respiratory tract infections are associated with significant mortality worldwide and affect mostly children under five years of age. Most respiratory infections are caused by viral agents such as: Respiratory Syncytial Virus (RSV), the viruses of Influenza type A and B (FLUA and FLUB), Parainfluenza type 1, 2 and 3 (PIV-1, PIV-2 and PIV-3), Rhinovirus (HRV) and Human Metapneumovirus (hMPV). Knowledge of the epidemiology and prevalence of these viruses is important for therapeutic methods can be applied as appropriate and to know how these viruses are circulating. The aim of this work was to investigate the incidence of 8 types of respiratory viruses in 279 samples of nasopharyngeal aspirated obtained from July/2004 to September/2005 of 120 children (73 male and 47 female) with age between 0 to 6 years with symptoms of acute respiratory infection. The analysis was performed by RT-PCR and direct sequencing. Our results showed that 27,2% (76/279) of samples were positive at least for a type of the respiratory viruses, with 84,2% (64/76) of Picornaviruses, with 76,3% (58/76) of Rhinovírus e 7,9% of Enterovírus (6/76), 7,9% (6/76) of RSV, 1,3% (1/76) of hMPV, 2,6% (2/76) of FLUA, 2,6% (2/76) of PIV-1 and 1,3% (1/76) of PIV-2. The recurrent infections affect 29% (22/76) of children with respiratory infection. Most re-infections, 82% (18/22), were by Rhinovírus genus. The most frequent symptoms were runny nose diagnosed in 89.5% (68/76) followed by cough in 67.1% (51/76). Rhinovírus were detected throughout the study period, with peaks of infection during the winter and autumn, but there was no significant association between viral presence and seasonality. In this study there was prevalence of infection and re-infection by Rhinovírus. Therefore, this study provided better understanding of the circulation of respiratory viruses in a population of day care in the region... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao.pdf: 1136939 bytes, checksum: 5211cee8a016636a1f91ed09f7eaf2c5 (MD5) Previous issue date: 2007-01-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Bronquiolite Viral Aguda (BVA) é a principal infecção aguda do Trato Respiratório Inferior (TRI) em crianças menores de 12 meses de idade. Vários vírus estão associados à BVA, como vírus respiratório sincicial (VRS), parainfluenzavírus (PIV) 1 e 3, rinovírus, adenovírus (AdV), coronavírus, influenza (Flu), bocavírus e metapneumovírus humano (hMPV). O VRS é o agente mais prevalente na BVA, seguido por hMPV, principalmente em crianças menores de um ano. O hMPV parece ter uma distribuição sazonal que se sobrepõe à do RSV, sendo então possível a ocorrência de co-infecção. O objetivo deste estudo foi verificar a prevalência de hMPV em crianças menores de um ano com BVA assistidas no setor de emergência de um hospital público de referência pediátrica na cidade de Vitória, Espírito Santo. Foram obtidos aspirados de nasofaringe de 215 casos durante os meses de março a setembro de 2004 e de 2005. Amostras de 167 casos foram testadas para presença de VRS, PIV, AdV e Flu através de reação de imunofluorescência indireta (RIFI) utilizando o Respiratory panel 1 Viral Screening & Identification KitTM (Chemicon International). A presença de hMPV e VRS foi testada de 210 e de 198 casos, respectivamente, através de Reação em Cadeia pela Polimerase após Transcrição Reversa (RT-PCR) seguida por seminested PCR. O RNA viral foi extraído a partir de 250 μl dos espécimes respiratórios através da metodologia de TRIzol (Life Technologies®), de acordo com as instruções do fabricante, e submetido a ensaios de RT-PCR para hMPV e VRS, utilizando iniciadores específicos para o gene N do hMPV e para gene G do VRS na PCR e na semi-nested PCR, após síntese de cDNA com iniciadores randômico ou específicos, respectivamente. No grupo de 167 amostras testadas por RIFI, 2 (1,2%), 3 (1,8%), 4 (2,4%) e 107 (64,5%) dos pacientes foram positivos para AdV, PIV 1, PIV 3 e VRS, respectivamente. O hMPV e VRS foram detectados por semi-nested PCR em 13,8% (29/210) e em 67% (133/198) dos casos, respectivamente. Em 8,6% (17/197) das amostras foram detectadas co-infecção de VRS e hMPV. Os resultados obtidos neste estudo mostram o hMPV como segundo agente mais freqüente em crianças menores de um ano com BVA, em conformidade com estudos prévios. Estudos posteriores esclarecerão o papel da co-infecção entre hMPV e VRS na gravidade da BVA. Além disso, análise filogenética das amostras positivas para hMPV e VRS permitirá identificar quais os genótipos circularam em nossa região no período em estudo. / Acute viral bronchiolitis (AVB) is the major lower respiratory tract infection in children below 12 months of age. Several viruses are associated to AVB such as respiratory syncytial virus (RSV), parainfluenzavirus (PIV) 1 and 3, rhinovirus, adenovirus (AdV), coronavirus, influenza virus (Flu), bocavirus and human metapneumovirus (hMPV). RSV is the most prevalent agent of AVB, followed by hMPV, mostly in children less than one year old. The hMPV seems to have a seasonal distribution overlapping RSV, therefore dual infection might be possible. The aim of this study was to verify the prevalence of hMPV in children below one year of age with AVB attended at an emergency room in a public reference pediatric hospital in the City of Vitória, Espírito Santo. Nasopharyngeal aspirated secretions were obtained from 215 cases during March to September 2004 and 2005. Samples of 167 cases were tested for RSV, PIV AdV and Flu by immunofluorescence assay (IFA) with Respiratory panel 1 Viral Screening & Identification KitTM (Chemicon International). The hMPV and RSV were tested from 210 and of 198 cases, respectively, by Reverse Transcription - Polimerase Chain Reaction (RT-PCR) proceeded by hemi-nested PCR.Viral RNA was extracted from 250 μl of the respiratory specimens by TRIzol methodology (Life Technologies®), according to the manufacturer s instructions. PCR and hemi-nested PCR assays were achieved using specific primer sets for the hMPV nucleoprotein (N) gene and RSV major attachment glycoprotein (G) gene, after cDNA synthesis with random or specific primers, respectively. In a group of 167 samples tested by IFA, 2 (1,2%), 3 (1,8%), 4 (2,4%) and 107 (64,5%) patients were positive for AdV, PIV 1, PIV 3 and RSV, respectively. The hMPV and VRS were detected by hemi-nested PCR in 13,8% (29/210) and in 67% (133/198) of the cases, respectively. hMPV and RSV coinfection occurred in 8,6% (17/197) of the samples. The results here obtained showed that hMPV was the second-most-frequent cause of AVB in children less than 1 year old, agreeing to previous studies. Further studies will clarify the role of hMPV and RSV dual infection in the severity and outcome of the AVB. In addition, phylogenetic analysis on hMPV and RSV-positive samples will disclose which genotypes have circulated in our geographic area in the period in study.

As infecções respiratórias agudas são uma importante causa de morbidade e mortalidade infantil em todo o mundo. Algumas dessas infecções podem resultar em Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG). Os vírus respiratórios são os principais responsáveis por esta doença. O monitoramento e a vigilância das SRAG e dos vírus respiratórios são importantes para a gestão em saúde minimizando o impacto destas infecções respiratórias. O presente estudo buscou analisar a sazonalidade e impacto clínico das infecções causadas por vírus respiratórios em crianças internadas em hospital pediátrico do Paraná. Foram incluídos no estudo 229 pacientes de 0 até 15 anos de idade, de janeiro de 2012 a dezembro de 2015, com diagnóstico clínico de SRAG e amostra respiratória coletada e enviada ao Laboratório Central do Estado do Paraná para diagnóstico do agente etiológico. A busca dos casos de SRAG foi realizada utilizando o prontuário eletrônico GSUS (Gestão da Assistência de Saúde do SUS), arquivos do setor de fisioterapia e informações do Núcleo de Controle de Infecções hospitalares do hospital do estudo. Dos pacientes incluídos na pesquisa, foi preenchido um formulário de coleta de dados e posteriormente estes foram analisados de acordo com os objetivos da pesquisa. As análises estatísticas foram efetuadas com o pacote estatístico GRAPHPAD PRISM e foi considerado um nível de significância de 5%. A maioria dos pacientes da amostra pertencia à faixa etária de 0 a 6 meses de idade, não houve sexo predominante. No presente estudo as amostras positivas para pelo menos um agente etiológico contabilizaram 76,41%, e o vírus mais prevalente foi o Vírus Sincicial respiratório (VSR). Quanto à sazonalidade da detecção viral, houve predominância no final de outono e início do inverno, mais acentuada para o VSR. Quando analisada as três temperaturas ambientais da região, a incidência de SRAG foi significativamente maior no quartil descendente da temperatura média para mínima. Não foi observada diferença significativa entre os grupos etiológicos pesquisados com relação ao tempo desde o início dos sintomas até a internação. Houve predominância de internamentos em Unidade de Terapia Intensiva. O tempo de internamento foi significativamente maior naqueles pacientes com doença de base e não alterou conforme os agentes etiológicos identificados ou presença de codetecção. Os pacientes que apresentaram padrão misto na radiografia de tórax tiveram um tempo de internamento significativamente maior do que aqueles que apresentaram o padrão infiltrado intersticial. O tempo total foi significativamente menor no grupo Metapneumovírus em relação aos grupos Bordetella pertussis, Influenza, Rinovírus e grupo dos pacientes sem agentes infecciosos detectados. O tempo de ventilação mecânica não apresentou diferenças significativas entre os grupos etiológicos nem com relação à presença ou não de codetecção. A maior parte dos pacientes recebeu alta hospitalar, mas ocorreram três óbitos devido a SRAG, todos em pacientes com alguma doença de base ou condições de risco. / Acute respiratory infections are the most important cause of children morbidity and mortality worldwide. Some of these infections can result in Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS). Respiratory viruses are primarily responsible for SARS. The monitoring and surveillance of SARS and respiratory viruses are important for health management, minimizing the impact of these respiratory infections. The present study was about the seasonality and clinical impact of respiratory viruses in children admitted to a pediatric reference hospital. The study included 229 children from 0 to 15 years old, from January 2012 to December 2015, with clinical diagnosis of SARS and respiratory sample collected and sent to the Central Laboratory of the State of Paraná for etiological agent analysis. The search for SARS cases was performed using the GSUS (Health Care Management of SUS) electronic filesystem, records of the center of physiotherapy and information of the Hospital Infection Control Center of the studied hospital. Of the patients included in the research, data collection forms were filled out and later analyzed according to the research objectives. Statistical analyzis were performed with the statistical package GRAPHPAD PRISM and a significance level of 5% was considered. The majority of patients in the sample belonged to the age group 0-6 months of age, and there was no predominant sex. Regarding the risk factors for viral infection, the presence of comorbidity or underlying disease was the most prevalent factor. In the present study, the positive samples for at least one etiological agent accounted for 76.41%, and the most prevalent virus was Respiratory Syncytial Virus (RSV). As for the seasonality of viral detection, there was a predominance in the late fall and early winter, which was more pronounced for RSV. When the environmental temperatures of the region were analyzed, the incidence of SARS was significantly higher in the descending quartile of the average minimum temperature. No significant difference was observed between the studied etiological groups in relation to the time from the beginning of the symptoms until the hospitalization. There was a predominance of hospitalizations in the Intensive Care Unit. The hospitalization time was significantly higher in patients with underlying disease or comorbidities and did not change according to the identified etiological agents or the presence of codetection. Patients who presented a mixed pattern on chest radiography had a significantly longer hospitalization time than those who had the interstitial infiltrate pattern. The total time was significantly lower in the Metapneumovirus group than in the Bordetella pertussis, Influenza, Rhinovirus and group of patients without detected infectious agents. Most patients were discharged from hospital, but there were three deaths due to SARS, all in patients with some underlying disease or risk conditions.

As infecções respiratórias agudas são uma importante causa de morbidade e mortalidade infantil em todo o mundo. Algumas dessas infecções podem resultar em Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG). Os vírus respiratórios são os principais responsáveis por esta doença. O monitoramento e a vigilância das SRAG e dos vírus respiratórios são importantes para a gestão em saúde minimizando o impacto destas infecções respiratórias. O presente estudo buscou analisar a sazonalidade e impacto clínico das infecções causadas por vírus respiratórios em crianças internadas em hospital pediátrico do Paraná. Foram incluídos no estudo 229 pacientes de 0 até 15 anos de idade, de janeiro de 2012 a dezembro de 2015, com diagnóstico clínico de SRAG e amostra respiratória coletada e enviada ao Laboratório Central do Estado do Paraná para diagnóstico do agente etiológico. A busca dos casos de SRAG foi realizada utilizando o prontuário eletrônico GSUS (Gestão da Assistência de Saúde do SUS), arquivos do setor de fisioterapia e informações do Núcleo de Controle de Infecções hospitalares do hospital do estudo. Dos pacientes incluídos na pesquisa, foi preenchido um formulário de coleta de dados e posteriormente estes foram analisados de acordo com os objetivos da pesquisa. As análises estatísticas foram efetuadas com o pacote estatístico GRAPHPAD PRISM e foi considerado um nível de significância de 5%. A maioria dos pacientes da amostra pertencia à faixa etária de 0 a 6 meses de idade, não houve sexo predominante. No presente estudo as amostras positivas para pelo menos um agente etiológico contabilizaram 76,41%, e o vírus mais prevalente foi o Vírus Sincicial respiratório (VSR). Quanto à sazonalidade da detecção viral, houve predominância no final de outono e início do inverno, mais acentuada para o VSR. Quando analisada as três temperaturas ambientais da região, a incidência de SRAG foi significativamente maior no quartil descendente da temperatura média para mínima. Não foi observada diferença significativa entre os grupos etiológicos pesquisados com relação ao tempo desde o início dos sintomas até a internação. Houve predominância de internamentos em Unidade de Terapia Intensiva. O tempo de internamento foi significativamente maior naqueles pacientes com doença de base e não alterou conforme os agentes etiológicos identificados ou presença de codetecção. Os pacientes que apresentaram padrão misto na radiografia de tórax tiveram um tempo de internamento significativamente maior do que aqueles que apresentaram o padrão infiltrado intersticial. O tempo total foi significativamente menor no grupo Metapneumovírus em relação aos grupos Bordetella pertussis, Influenza, Rinovírus e grupo dos pacientes sem agentes infecciosos detectados. O tempo de ventilação mecânica não apresentou diferenças significativas entre os grupos etiológicos nem com relação à presença ou não de codetecção. A maior parte dos pacientes recebeu alta hospitalar, mas ocorreram três óbitos devido a SRAG, todos em pacientes com alguma doença de base ou condições de risco. / Acute respiratory infections are the most important cause of children morbidity and mortality worldwide. Some of these infections can result in Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS). Respiratory viruses are primarily responsible for SARS. The monitoring and surveillance of SARS and respiratory viruses are important for health management, minimizing the impact of these respiratory infections. The present study was about the seasonality and clinical impact of respiratory viruses in children admitted to a pediatric reference hospital. The study included 229 children from 0 to 15 years old, from January 2012 to December 2015, with clinical diagnosis of SARS and respiratory sample collected and sent to the Central Laboratory of the State of Paraná for etiological agent analysis. The search for SARS cases was performed using the GSUS (Health Care Management of SUS) electronic filesystem, records of the center of physiotherapy and information of the Hospital Infection Control Center of the studied hospital. Of the patients included in the research, data collection forms were filled out and later analyzed according to the research objectives. Statistical analyzis were performed with the statistical package GRAPHPAD PRISM and a significance level of 5% was considered. The majority of patients in the sample belonged to the age group 0-6 months of age, and there was no predominant sex. Regarding the risk factors for viral infection, the presence of comorbidity or underlying disease was the most prevalent factor. In the present study, the positive samples for at least one etiological agent accounted for 76.41%, and the most prevalent virus was Respiratory Syncytial Virus (RSV). As for the seasonality of viral detection, there was a predominance in the late fall and early winter, which was more pronounced for RSV. When the environmental temperatures of the region were analyzed, the incidence of SARS was significantly higher in the descending quartile of the average minimum temperature. No significant difference was observed between the studied etiological groups in relation to the time from the beginning of the symptoms until the hospitalization. There was a predominance of hospitalizations in the Intensive Care Unit. The hospitalization time was significantly higher in patients with underlying disease or comorbidities and did not change according to the identified etiological agents or the presence of codetection. Patients who presented a mixed pattern on chest radiography had a significantly longer hospitalization time than those who had the interstitial infiltrate pattern. The total time was significantly lower in the Metapneumovirus group than in the Bordetella pertussis, Influenza, Rhinovirus and group of patients without detected infectious agents. Most patients were discharged from hospital, but there were three deaths due to SARS, all in patients with some underlying disease or risk conditions.