Cette étude visait à documenter les perceptions et les croyances sur l’hygiène des mains chez des infirmières de deux hôpitaux de la République démocratique du Congo (RDC). Le modèle PRECEDE-PROCEED a guidé les travaux et permis de centrer l’analyse sur les facteurs prédisposants et les facteurs facilitants, éléments favorisant l’adoption des comportements de santé. Le devis utilisé est de type descriptif corrélationnel. Un échantillon de convenance incluant 74 infirmières recrutées dans les deux hôpitaux a été assemblé. Les données ont été recueillies au moyen d’un questionnaire auto-administré composé de 34 questions, tirées d’outils repérés dans la recension des écrits. Les questions portaient sur les connaissances, les perceptions au regard de l’hygiène des mains et l’accès aux infrastructures facilitant l’adoption de ce comportement. La collecte des données s’est déroulée à Kinshasa, capitale de la RDC. Les résultats révèlent d’importantes lacunes dans les connaissances. Les perceptions relatives aux normes sociales sont ressorties comme davantage favorables. Les résultats révèlent également des lacunes en ce qui a trait aux facteurs facilitants, notamment dans l’utilisation de la friction hydro-alcoolique. Par ailleurs, les infirmières les plus instruites et les plus expérimentées étaient plus nombreuses à percevoir l'importance de la pratique d’hygiène des mains. La discussion aborde quelques pistes en termes d’actions à entreprendre pour améliorer les comportements d’hygiène chez les infirmières dans les pays en développement telle la RDC. / This study aimed to document perceptions and beliefs about hand hygiene among nurses from two hospitals in the Democratic Republic of Congo (DRC). The PRECEDE-PROCEED model guided the work and helped focus the analysis on predisposing factors and facilitating factors which could favor the adoption of health behaviors. The estimate used is of a correlational descriptive kind. A convenience sample including 74 nurses recruited from the two hospitals was used. Data were collected through a self-administered questionnaire composed of 34 questions, drawn from tools identified in the literature. The questions focused on knowledge and perceptions with regard to hand hygiene, as well as access to infrastructure facilitating the adoption of this behavior. Data collection took place in Kinshasa, the capital of the DRC. The results reveal significant gaps in knowledge. Perceptions related to social norms stood out as more favorable. The results also reveal gaps in awareness of facilitating factors, including the use of alcohol-based handrubs. It was also noted that the more educated and experienced nurses were more likely to perceive the importance of hand hygiene practices. The discussion proposes some possible actions to improve hygiene behavior among nurses in developing countries such as the DRC.

En France, les infections associées aux soins concernent environ un patient hospitalisé sur vingt. Les pathogènes en cause se transmettent d’unepersonne à l’autre par contact direct entre les personnes mais aussi par les surfaces de contact sur lesquelles certains microorganismes peuventpersister jusqu’à plusieurs mois. Le cuivre étant un puissant antimicrobien naturel, des éléments en alliages de cuivre ont été conçu. Ce travailde thèse vise à étudier la capacité de ces éléments à réduire les contaminations bactériennes lors d’une utilisation prolongée en établissementsde santé. Pour cela, cinq EHPAD et une MARPA (Marne, France) ont été équipées à 50% de poignées de portes et rampes de maintien en alliagesde cuivre. Plus de 1300 prélèvements bactériologiques ont été effectués sur la surface des éléments en établissements entre 1,5 et 3,5 ans aprèsleur installation. Les bactéries récoltées ont été cultivées sur différents milieux gélosés et les unités formant colonie ont pu être dénombrées. Ledénombrement a révélé que les niveaux de contamination sont significativement plus faibles sur les poignées et rampes en cuivre que sur leséléments standards. L’identification des souches bactériennes récoltées a ensuite été effectuée par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Cetteanalyse a montré que les genres prédominants sur les surfaces de contact sont Staphylococcus et Micrococcus, et que les genres Staphylococcus,Streptococcus et Roseomonas sont significativement moins fréquents sur les éléments en cuivre. L’espèce pathogène. S. aureus a été observémoins fréquemment sur les éléments en cuivre que sur les éléments standard. Les éléments en alliage de cuivre sont donc efficaces pour éviterdes contaminations bactériennes de surfaces en milieux de santé. De plus, les propriétés antibactériennes des éléments en alliages de cuivresont conservées plusieurs années après leur mise en service, soulignant l’intérêt de leur utilisation en milieu de santé. / In France, healthcare-associated infections concern one on twenty patients during hospitalization. Pathogenic microorganisms spread from oneperson to another by direct contact between people, but also through touch surfaces where the can persist up to several months. Copper is anatural and powerful antimicrobial metal. Thus, copper alloyed elements and surfaces have been designed and manufactured. This thesis workaims to investigate on the ability of copper elements to reduce bacterial contaminations during an extended period of use in healthcare facilities.Five long-term care facilities were 50% outfitted with copper alloyed door handles and handrails. Over 1300 samplings were performed between1.5 and 3.5 years after copper elements installation. Sampled bacteria were cultivated on a range of agar plates and colony forming units werecounted. It revealed that contamination levels were lower on copper door handles and handrails than on controls. Identifications of sampledbacterial strains were then performed by MALDI-TOF mass spectrometry. This analysis showed that Staphylococcus and Micrococcus largelyprevailed on touch surfaces and that Staphylococcus, Streptococcus and Roseomonas are significantly less frequent on copper elements surfaces.Pathogenic species S. aureus was less frequently observed on copper elements than on controls. This study suggests that copper alloyedelements are effective to limit bacterial contaminations of surfaces in healthcare facilities. Moreover, these elements still display significativeantibacterial properties after several years of use. Thus, copper alloyed elements represent a very promising solution to control bacterialcontamination of touch surfaces in healthcare facilities.

La littérature fait suspecter mais n’indique pas clairement un lien entre la contamination du réseau d’eau et les infections nosocomiales à Pseudomonas aeruginosa. Les recommandations de prélèvements d’eau sont différentes selon les pays. Notre travail s’appuie sur les données des résultats des prélèvements d’eau et des prélèvements positifs à P. aeruginosa chez les patients (colonisation ou infections nosocomiales), réalisés au CHU de Dijon entre 2005 et 2013. Les contaminations des points d’eau étaient fréquentes (17%, IC95% 15,5-18,2). Des modèles mixtes n’ont pas montré de diminution d’incidence des cas de P. aeruginosa dans le nouveau bâtiment, moins souvent contaminé, pour les unités qui ont déménagé d’un bâtiment à un autre. La méthode de Kulldorff a permis de détecter peu d’agrégats temporels de cas. Des modèles GEE (Generalized Estimated Equations) ont montré une association positive entre la proportion de prélèvements d’eau positifs dans le trimestre dans le bâtiment et l’incidence des cas nosocomiaux. Cette association était retrouvée dans les analyses en sous-groupe des données de réanimation mais ne l’était plus lorsque les unités de réanimation et d’hématologie étaient exclues.Peu d’arguments en faveur d’un rôle du réseau d’eau dans la survenue de cas de P. aeruginosa sont apportés, en dehors des services de réanimation ou d’hématologie. En raison du coût associé aux prélèvements et aux mesures correctrices, il pourrait être proposé de limiter les prélèvements à ces unités à risque. Des études prospectives génotypiques devraient être conduites afin de mieux explorer l’association entre qualité microbiologique de l’eau à l’hôpital et infections nosocomiales. / Scientific literature allows suspecting but does not clearly indicate a link between water network contamination and Pseudomonas aeruginosa healthcare-associated infections. Guidelines for water samples vary across countries.Our work is based on water samples and P. aeruginosa patients’ samples (healthcare-associated colonizations or infections) in Dijon University hospital between 2005 and 2013.Water outlets contaminations were frequent (17%, CI95% 15.5-18.2). Mixed models on units that moved from a building to another did not show a lower incidence of P. aeruginosa cases in the new building than in the others, although it was less contaminated. Kulldorff’s method allowed detecting few temporal clusters of cases. GEE (Generalized Estimated Equations) models showed a positive association between the proportions of positive water samples in the building in the quarter and the incidence of healthcare-associated cases. This association was still observed in subgroup analyses of intensive care units but was no more observed in the database excluding hematology and intensive care units. Few arguments for an association between water network contamination and P. aeruginosa healthcare-associated colonizations or infections are provided, except in hematology and intensive care units. Given the costs associated with the samples and correctives measures, it could be proposed to limit the samples to these units at risk. Prospective studies with molecular typing methods should be conducted in order to better understand the association between hospital water network microbiologic quality and healthcare-associated infections.

Pseudomonas aeruginosa est un pathogène d’origine environnementale capable de croître et de persister dans les systèmes de distribution d’eau et la plomberie. A l’hôpital, la fréquence des infections et épidémies associées aux soins dues à P. aeruginosa soulève de nombreuses questions quant à son cycle de transmission à l’homme dans l’environnement hospitalier. La situation épidémiologique du Centre Hospitalier Régional Universitaire de Montpellier a permis d’établir une collection de 730 souches de P. aeruginosa isolées durant une période de 9 ans. Cette collection est représentative des différentes niches environnementales et de deux périodes épidémiologiques marquées. Les souches cliniques impliquées dans des phénomènes épidémiques et des infections graves ont aussi été collectées. L’analyse génétique et phénétique de cette collection a pour objectif de mieux comprendre la structure, la dynamique et la persistance des populations de P. aeruginosa dans divers réservoirs environnementaux hospitaliers ainsi que les relations entre les réservoirs environnementaux et le succès épidémiologique des populations de P. aeruginosa.L’analyse intégrée des données obtenues dans les trois parties de cette étude convergent vers les résultats principaux suivants. Les réservoirs environnementaux médico-technologiques présentent une forte dynamique avec des phénomènes d’émergence clonale en relation avec les traitements réalisés sur les réseaux. A l’échelle d’un hôpital, le réservoir environnemental est directement impliqué dans les phénomènes épidémiques. La rupture du cycle homme/environnement par des barrières physiques conduit à un changement de situation épidémiologique avec une limitation de l’importance et de la fréquence des épidémies clonales. De plus, les souches les plus ubiquitaires et les plus persistantes dans l’environnement correspondent aux génotypes à fort risque épidémique local et mondial ou clones EHR (Epidemic High Risk). La structure de population de P. aeruginosa au sein de l’hôpital est similaire à celle de la population mondiale ou à celle décrite dans d’autres études : une structure épidémique avec la recombinaison qui a un effet prépondérant sur l’émergence des lignées. Le clone EHR majoritaire ST308 est plus résistant aux antibiotiques que les clones prévalants dans l’hôpital mais non impliqués dans des épidémies. Toutefois, la caractérisation de 46 souches du clone EHR majoritaire, ST308, montre une extrême variabilité au sein du génotype avec, en particulier, des comportements divers en termes de résistance aux antibiotiques. La forte capacité de formation de biofilm et la faible motilité décrites dans la littérature comme caractéristique des clones EHR ne sont pas observées dans cette étude. Notre principale hypothèse est que le succès épidémique du clone EHR ST308 dans l’hôpital est lié à sa diversité intraclonale plutôt qu’à un caractère particulier partagé par toutes les souches EHR.Ce travail apporte des arguments forts en faveur de l’implication des réservoirs environnementaux hospitaliers dans les épidémies d’infections associées aux soins dues à P. aeruginosa. Dans le but de mieux contrôler ces épidémies, les résultats de cette étude incitent à la surveillance des clones EHR de P. aeruginosa quel que soit leur profil de résistance aux antibiotiques et à mettre en place des mesures barrières entre l’environnement hydrique et le patient dès qu’un réservoir environnemental d’EHR se constitue.Mots clés : Pseudomonas aeruginosa, infections associées aux soins, épidémie, environnement, réseau d’eau, structure de population, clone à haut risque épidémique, résistance aux antibiotiques, biofilm, motilité, variabilité intraclonale, adaptation / Pseudomonas aeruginosa is an environmental pathogen that growths in water and plumbing systems. In hospital, the rate of healthcare associated infections (HAIs) and outbreaks caused by P. aeruginosa raised questions about the cycle of its transmission to human beings in the hospital environment. P. aeruginosa epidemiology at the Montpellier Academic Hospital allowed to collect 730 strains isolated over a 9-years period. This collection is representative of various environmental niches and two marked epidemiological periods. Clinical strains involved in outbreak events and serious infections were also included in the study. Genetic and phenetic analysis were performed with the aim to understand structure, dynamics and persistence of P. aeruginosa populations in various hospital reservoirs as well as the relationships between environmental reservoirs and epidemic success of P. aeruginosa.The experimental study, organized in 3 parts, produced the following major results. Medical and technological reservoirs of P. aeruginosa are highly dynamic and clonal emergence occurs in these systems, particularly in relation with networks decontamination by biocides. At the hospital scale, environmental reservoirs are directly involved in outbreak events. Physical barriers between water and patients cut the cycle of transmission from environment to human and markedly changed the epidemiology with a decrease of outbreaks in frequency and incidence. Moreover, the most ubiquitary strains that also persists in environment correspond to Epidemic High Risk (EHR) clones that succeed locally and globally. Population structure of P. aeruginosa within the hospital is similar to the worldwide population or to more local populations previously described: an epidemic structure with a background of recombinations involved in lineages emergence. The major EHR clone ST308 is more resistant to antibiotics than other prevalent clones not involved in outbreaks. However, the study of 46 strains in ST308 showed extreme within genotype variability, particularly various behaviours against antimicrobial agents. Increased ability to form biofilm and decreased motility have been described in literature as specific traits of EHR clones but it is not observed in this study. Our main hypothesis is that epidemic success of EHR clone ST308 in the hospital was linked to its diversity and versatility rather than to specific characters shared by all EHR strains.This study provides strong arguments in favour of the involvement of P. aeruginosa environmental reservoirs in HAI outbreaks. For a better control of these outbreaks, a surveillance of EHR clones of P. aeruginosa should be implemented independently to their antibiotic resistance. Moreover, barriers between environment and patient should be established as soon as an environmental reservoir of EHR clone is detected.Key words : Pseudomonas aeruginosa, Healthcare Associated Infections, outbreak, environment, water network, population structure, epidemic high risk clone, resistance to antibiotics, biofilm, motility, intraclonal variation, adaptation

Les microbiotes humains sont considérés comme des organes supplémentaires impliqués dans des pathologies diverses, y compris infectieuses. Les déséquilibres des microbiotes, ou dysbioses, créent des niches écologiques pathologiques ou pathobiomes. Ce nouveau paradigme de l'infection s'applique tout particulièrement aux infections opportunistes. Dans ce travail, nous considérons des infections associées aux soins (IAS), les infections du site opératoire en chirurgie cardiaque, comme le résultat d'une pathologie de niche et nous étudions la dynamique des communautés et des populations microbiennes comme conditions d'émergence et de succès de l'agent infectieux. La diversité et la dynamique du microbiote chirurgical superficiel et profond de patients opérés pour pontage aorto-coronarien montrent un remplacement partiel du microbiote pré-opératoire par un microbiote spécifique avec une résilience partielle lors de la cicatrisation. Un lien significatif est observé entre la composition microbiotique et les marqueurs de risque infectieux. Le suivi de la structure de population d'un agent pathogène reconnu en chirurgie cardiaque, Propionibacterium acnes, montre des fréquences différentielles de phylotypes selon les phases opératoires. La spécificité du microbiote opératoire consiste en une forte diversité de bactéries à Gram négatif dont certaines ont été décrites dans le microbiote de la peau saine. Nous avons réalisé une identification au niveau de l'espèce de ces bactéries de la peau saine qui s'avèrent atypiques parmi les bactéries humaines connues car elles évoquent une origine environnementale. Le réservoir cutané et non environnemental d'un pathogène opportuniste, Roseomonas mucosa, est démontré et trois populations de pathogène opportuniste à réservoir environnemental et/ou humain (Pseudomonas aeruginosa, Ochrobactrum antropi, O. intermedium) sont étudiés en termes de structure de population pour préciser les conditions de leur transmission et leur succès infectieux dans le contexte général du pathobiome et des niches écologiques perturbées. Ce contexte général permet d'organiser les résultats obtenus à diverses échelles (communauté, populations, espèces, phylotypes) pour proposer une vision intégrée et originale de la microbiologie des IAS. / Human microbiota are now considered as supplementary organs involved in diseases such as infections. Microbiota disequilibrium named dysbiosis creates impaired ecological niches (pathobiomes). This new paradigm of infection is particularly relevant for opportunistic infections. In this study, we consider one major type of healthcare associated infection (HAI), the surgical site infections after cardiothoracic surgery as a pathology of niche. We study the dynamics of microbial communities and populations as conditions for emergence and success of infectious agents.The diversity and dynamics of superficial and deep surgical microbiota in patients undergoing coronary artery bypass grafting show a partial replacement of the pre-operative microbiota by a specific surgical microbiota with partial resilience during healing. Significant links are found between microbiota composition and scores for infectious risk. The population structure of Propionibacterium acnes, a pathogen complicating cardiac surgery, shows variable frequencies of phylotypes according to operative stages. Surgical microbiota appears specific with high diversity of Gram-negative bacteria, some of them being previously described in healthy skin microbiota. At the species-level, these bacteria appear atypical among known human bacteria because they are related to environmental bacteria. We demonstrate the cutaneous reservoir of the opportunistic pathogen Roseomonas mucosa deemed, until now, to be environmental. Three populations of opportunistic pathogens (Pseudomonas aeruginosa, Ochrobactrum anthropi, O. intermedium) are structured in order to precise their transmission and their infectivity in the general context of impaired ecological niche and pathobiome.The results obtained at various microbiological scale (community, population, species, phylotype) are organized in this general context in order to delineate an original integrative vision of HAI.

Introduction. La détection précoce des infections par un système de surveillance efficace permet de mettre en œuvre des mesures de prévention et de contrôle adaptées. L’objectif de cette thèse était d’évaluer les performances d’un système de détection automatique, type syndromique, des patients à risque épidémique à partir des données du dossier médical informatisé des urgences. Population d’étude. 101001 patients ayant consulté aux urgences du groupement Nord des Hospices Civils de Lyon, entre le 01/06/2007 et le 31/03/2011, dont 10895 patients hospitalisés dans l’établissement à l’issue de la consultation. Méthode. Trois étapes ont été nécessaires. 1) Évaluation de la faisabilité d’utiliser les données structurées et textuelles, à l’aide d’une application de traitement automatisé des données textuelles. 2) Construction et évaluation d’algorithmes de repérage, pour les syndromes respiratoire, cutané et gastro-intestinal, de patients avec une infection à risque épidémique à partir des données du dossier médical informatisé des urgences. 3) Évaluation des données du dossier médical des urgences pour la détection d’épidémies communautaires de grippe, comparées aux données régionales de surveillance de la grippe. Résultats et Discussion. Cette thèse a montré que qu’il est possible de repérer des patients à risque épidémique avec une balance raisonnable entre la sensibilité et la spécificité pour des syndromes respiratoires et cutanés. Les algorithmes pour des syndromes gastro-intestinaux n'étaient pas assez spécifiques pour une utilisation de routine. Les données d’urgences ont permis aussi de détecter les épidémies communautaires dès le début de l’épidémie locale / Introduction. The early detection of the infections by an effective surveillance system allows implementing adapted measures of prevention and control. The objective of this thesis was to estimate the performances of an automatic system syndromic-like to detect the patients with potentially transmissible infectious diseases from the emergency department computerized medical record data. Study population. 101,001 adults, who were admitted to the emergency department and hospitalised of the North Hospital In University Hospital of Lyon, between 01/06/2007 and 30/03/2011. Method. Three steps were necessary. 1) Evaluation of the feasibility to use the structured and textual data with an application which automatically extracts and encodes information found in narrative reports. 2) Different algorithms were built for the detection of patients with infectious respiratory, cutaneous or gastrointestinal syndromes, and assessed. 3) Evaluation of the data of the electronic medical record of emergency department for the detection of flu community epidemics, compared with regional surveillance networks for flu. Results and discussion. This thesis showed that it is possible to detect patients with potentially transmissible infectious diseases with reasonable balance between sensitivity and specificity for respiratory and cutaneous syndromes. The algorithms for gastrointestinal syndromes were not specific enough for their routine use. Emergency department data enabled the detection of community outbreaks for flu

Les infections associées aux soins de santé (IASS), ou infections nosocomiales, sont les effets indésirables les plus fréquemment signalés dans le monde, affectant environ 1 patient hospitalisé sur 31 chaque jour selon le Centre pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC). La surveillance permet de mesurer, prévenir et contrôler ces infections. Toutefois, elle se doit d’être renforcée au Canada. L’objectif principal de ce projet est d’améliorer la surveillance passive des IASS au Canada en élaborant une stratégie visant à réduire l’écart entre les données de surveillance active et les données administratives, en plus de comprendre les facteurs qui expliquent cet écart. Ce mémoire présente trois articles et les résultats d’un groupe de travail qui ont chacun des objectifs rattachés au but global du mémoire. En premier lieu, une revue de la littérature vise à évaluer la validité des données administratives en comparaison aux données de surveillance active, qui sont la référence pour la surveillance des IASS. Cet article identifie les divergences entre les deux types de surveillance et démontre que la surveillance passive n’offre pas de données assez précises pour être comparables à celles de la surveillance active. Le deuxième article a pour objectif d’identifier les barrières et les facilitateurs de l’utilisation des données administratives pour la surveillance, avec un focus sur les IASS au Canada. Il analyse et met en évidence 120 barrières et facilitateurs, dont la majorité concerne la qualité des données, et identifie diverses solutions pour contrer ces barrières. Un troisième article et un groupe de travail examinent une solution pour améliorer la qualité des données codées par le département des archives médicales, soit d’utiliser les données de surveillance active en combinaison avec les dossiers médicaux pour coder les IASS. L’article évalue la validité de cette solution sur deux types d’IASS et démontre l’efficacité de cette solution. Le groupe de travail évalue les barrières et facilitateurs de cette solution et travaille sur des recommandations pour la mettre en place. Ces trois études, en plus du groupe de travail, permettent de constater qu’il y a de nombreuses barrières à l’utilisation des données administratives pour la surveillance des IASS, en particulier concernant la qualité des données, mais qu’il existe des solutions prometteuses. / Healthcare-associated infections (HAIs) are the most commonly reported adverse events worldwide, affecting approximately 1 in 31 hospitalized patients each day according to the Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Surveillance helps to measure, prevent and control these infections, but needs to be strengthened in Canada. The main objective of this project is to improve passive surveillance of HAIs in Canada by developing a strategy to reduce the discrepancy between active surveillance data and administrative data, in addition to understanding the factors that explain this discrepancy. This work presents three articles and a working group, each of which has objectives related to the overall goal of the project. First, a review of the literature assesses the validity of administrative data compared to active surveillance data, which is the reference for HAI surveillance. This article identifies the discrepancies between the two types of surveillance and demonstrates that passive surveillance does not provide sufficiently accurate data to be comparable to that of active surveillance. The second article aims to identify the barriers and facilitators to the use of administrative data for surveillance, with a focus on HAIs in Canada. It analyzes and highlights 120 barriers and enablers, the majority of which relate to data quality, and identifies various solutions to counter the barriers. A third article and a working group examine a potential solution to improve the quality of data coded by the medical records department; to use active surveillance data in combination with medical records to code HAIs. The article evaluates the validity of this type of data for two types of IASS and demonstrates the effectiveness of this solution. The working group assesses the barriers and facilitators of this solution and works on recommendations to implement it. These three studies, in addition to the working group, show that there are many barriers to the use of administrative data for the surveillance of HAIs, in particular related to the quality of the data, but that promising solutions are available.