L’énorme diversité des immunoglobulines (IG) permet la reconnaissance spécifique d’un nombre presqu’infini d’antigènes, et assure à l’organisme une protection à long-terme envers les pathogènes déjà rencontrés. La région déterminant de la complémentarité 3 (CDR3) de la chaine lourde des IG est le principal déterminant de la spécificité de l’IG. A l’aide des technologies de séquençage à haut débit, nous avons évalué si une vaccination peut conduire à la production d’IG antigène-spécifiques et partagées entre individus (réponse humorale publique), en nous intéressant particulièrement à la région CDR3. Ces «signatures» antigène-spécifiques peuvent potentiellement être utilisées pour reconstruire a posteriori l’histoire immunitaire d’un individu. Pour tester cette hypothèse, des rats transgéniques produisant des anticorps humains (OmniRatTM) ont été vaccinés avec divers antigènes, en particulier du virus de la rougeole (souche vaccinale et sauvage). Une forte réponse immunitaire publique a été observée au sein de différents groupes de rats, caractérisée par des séquences CDR3 partagées entre les animaux ayant reçu le même vaccin. Ces groupes de CDR3s constituent des signatures complexes antigène-spécifiques. De futures études de suivi vaccinal et d’infection devraient nous permettre de déterminer si les signatures identifiées se retrouvent également chez l’humain. Ces outils pourront se révéler précieux dans le cadre de la campagne de l'Organisation mondiale de la Santé en vue de l’éradication de la rougeole, en permettant de distinguer entre les individus vaccinés et infectés / The enormous diversity of immunoglobulins (IG) allows the specific recognition of an almost infinite number of antigens, and ensure a long-term protection against pathogens previously encountered by the organism. The complementarity-determining region 3 (CDR3) of the immunoglobulin heavy chain (IGH) is the major antigen binding domain and determinant of antigen-specificity of the antibody molecule. Using next-generation sequencing, we tested whether immunization resulted in the generation and accumulation of similar IGH CDR3 sequences that are antigen-specific and shared across individuals, i.e. public IGH CDR3s. Such public "antigen-specific signatures" can potentially be used to retrospectively reconstruct past antigenic challenges. To test this hypothesis, transgenic rats with fully functional human Ig heavy and light chain loci (OmniRatTM) have been immunized with diverse antigens, and particularly measles virus (MV)-derived antigen. We demonstrated a strong public immune response within the different groups of rats characterized by convergent IGH CDR3 amino acid sequences in the animals that received the same vaccine. These clusters of CDR3s represent complex antigen-specific IGH CDR3 signatures. We are now transposing this concept to human studies by performing infection and vaccination follow ups to test whether similar CDR3 signatures can also be found in peripheral blood B cells. In the context of the MV eradication campaign of the World Health Organization, new epidemiological tools that enable to distinguish between immunized and infected individuals would be valuable assets

Ce mémoire porte sur l'estimation de paramètres dans des modèles de propagation des épidémies dans le temps. On considère le cas d'une population fermée dans laquelle chacun des individus est soit susceptible, soit infecté, soit retiré (S-I-R). Un individu est dit infecté lorsqu'il est atteint d'une maladie infectieuse et qu'il est contagieux. Un individu qui n'a pas encore été infecté est dit susceptible, alors qu'un individu qui a été atteint par la maladie et qui n'est plus infecté est dit retiré (immunisé ou décédé). Un paramètre important dans ce type de modèles est le taux de reproduction R0, qui s'interprète comme le nombre moyen d'individus à qui un individu infecté transmet la maladie, au début de l'épidémie. Plus la valeur de R0 > 1 est grande, plus l'épidémie est importante. On propose d'abord deux modèles stochastiques pour l'évolution d'une épidémie en se basant sur un modèle déterministe classique, le modèle SIR de Kermack et McKendrick (1927). Les modèles tiennent compte du type de données disponibles en pratique. Par la suite, on étudie une nouvelle méthode d'estimation de R0 et on construit un intervalle de confiance asymptotique pour R0. Finalement, on présente des résultats obtenus en appliquant la méthode d'estimation de R0 sur des données simulées à l'aide des modèles proposés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : modèle SIR de propagation d'une épidémie, taux de reproduction R0, estimation, processus de naissance ct de mort non homogène, processus de Poisson non homogène.

Les Henipavirus sont des paramyxovirus zoonotiques émergents hautement pathogènes. Ils sont capables d’infecter un large spectre d’hôtes incluant notamment la chauve-souris frugivore (réservoir naturel), le porc et l’homme. Etant donné leur très grande dangerosité et en l’absence de traitements curatifs ou prophylactiques efficaces, ces virus doivent être manipulés dans un laboratoire de classe P4. Dans une première partie, nous étudions l’effet de composés glyco-amino-glycanes sur l’infection par les Henipavirus ainsi que leur potentielle application en tant que traitement. Dans une seconde partie, nous nous attachons à comprendre les interactions entre le système immunitaire de l’hôte et le virus. Afin de mieux comprendre ces interactions, nous avons utilisé une approche basée sur l’utilisation de souris déficientes pour certaines voies de l’immunité. En effet, bien que les récepteurs cellulaires au virus (EFN B2 et B3) soient fonctionnels chez la souris, celle-ci est résistante à l’infection par voie intrapéritonéale. Nous avons analysé la susceptibilité au virus Nipah (NiV) de souris privées de différentes voies du système immunitaire inné et adaptatif. Les résultats obtenus permettent d’envisager certaines lignées de ces souris comme nouveaux modèles animaux pour l’étude de l’immunopathogénèse du NiV. Cette étude suggère aussi que le système interféron de type I joue un rôle crucial dans la limitation de la propagation virale vers le cerveau et que les lymphocytes T sont nécessaires à la complète élimination du virus. Les macrophages jouent, quant à eux, un rôle central et indispensable, à l’interface entre système inné et adaptatif. Enfin, nous abordons les prémices d’un projet visant à identifier les différences d’interactions au niveau moléculaire entre les protéines non-structurales du virus et les protéines du système immunitaire inné chez l’Homme et la souris afin de voir s’il se dégage des différences d’interactions pouvant expliquer les différences de pathogénie. Ces travaux ont donc permis d’identifier de nouveaux modèles animaux et de mieux caractériser les interactions entre le pathogène et le système immunitaire de l’hôte, de l’échelle moléculaire à l’échelle de l’organisme entier. Néanmoins, les mécanismes précis de ces interactions restent à élucider et permettront certainement de mieux comprendre la grande diversité de pathogénie des Henipavirus. / Henipaviruses are highly pathogenic emerging zoonotic paramyxoviruses. They can infect a broad spectrum of mammals including flying foxes (Pteropus fruit bats), its reservoir, pigs and humans. As there are neither therapeutic drugs nor efficient prophylactic treatment towards these highly lethal viruses, they have to be manipulated in biosafety level-4 laboratories. In the first part of this thesis, we study the role of glyco-amino-glycans on Henipavirus infection and their potential use as treatment. In the second part, we describe the interaction between the host immune system and the pathogen. To investigate these interactions, we took advantage of different transgenic mouse models deficient for some immune pathways. Indeed, although mice possess the viral entry receptor for Henipaviruses, they do not succumbed to intraperitoneal infection. We analyzed the susceptibility to Nipah virus (NiV) infection of mice deleted for different components of innate and adaptive immune systems. Obtained results showed that some of these mice can be used as new models for NiV immunopathogenesis study. This study also suggests that type I interferon system plays a major role in limitation of viral spreading to the brain and that T cells are necessary for full viral clearance. Macrophages act at the crossroad of immunity, between innate and adaptive system. Finally, we deal with the preliminary phases of a project which aims to identify the differences, at a molecular level, of interaction between non-structural viral proteins and innate immunity proteins in mice and human. Such differences could explain the different clinical patterns that are observed in these species. In conclusion, this thesis allowed to identify new animal models and to better characterize host-pathogen interactions, from molecular to whole organism level. However, the precise mecanisms of these interactions remain to be elucidated and would probably help to understand the great diversity of pathogeny of Henipaviruses.

Brucella est une bactérie à Gram négatif, responsable de la brucellose, une zoonose ré-émergente. Sans traitement efficace, la pathologie peut devenir chronique et atteindre une grande variété de cellules et d'organes. Il a été montré que cette capacité à persister dans l'organisme pourrait être facilitée par son aptitude à se répliquer dans les cellules dendritiques (DCs) et à contrôler leur maturation in vitro. Les DCs sont considérées comme les cellules présentatrices d'antigènes les plus efficaces du système immunitaire. Elles forment un réseau complexe de cellules composé de plusieurs populations qui différent par leur origine, leur fonction ou leur localisation. Ainsi l'étude des interactions entre Brucella et les DCs doit être approfondie à ces différents sous-types. Dans ce but, nous avons utilisé différents modèles d'obtention de DCs in vitro précédemment décrits dans la littérature. Ces différentes méthodes de culture nous permettent d'obtenir plusieurs populations de cellules qui partagent des caractéristiques phénotypiques et fonctionnelles avec les sous-types observés in vivo. Nous avons ensuite comparé l'infection par Brucella entre le modèle classique utilisant du GMCSF à des méthodes utilisant du Flt3l ou du GMCSF combiné au Flt3l, à l'IL15 encore à l'IL4. Les résultats obtenus montrent que le contrôle de la maturation des DCs n'est pas un phénomène retrouvé dans toutes les populations. Nous avons pu montrer que dans certaines conditions la réplication de Brucella est moins efficace. Le champ d'étude des interactions entre Brucella et les DCs reste étendu et la compréhension de ces mécanismes pourrait fournir des clés pour combattre cette bactérie. / Brucella is a facultative intracellular gram-negative bacterium, responsible for a re-emergent zoonosis called brucellosis. Without effective treatment, the pathology may become chronic and reach a wide variety of cells and organs. This ability to persist into the organism has been pointed out as being presumably facilitated by its aptitude to replicate into dendritic cells (DCs) and to control their in vitro maturation. These cells are regarded as the most efficient antigen-presenting cells of the immune system. They form a complex network of cells consisting of several populations differing from each other from their origin, function or location. As a consequence, the interactions between Brucella and DCs should be studied more deeply as regarding the different subset. For that purpose, we used different models of in vitro DCs from former descriptive studies. These various culture methods allow us to get different population sharing phenotypic and functional features with the subtypes examined in vivo. Then, we compared Brucella infection of classical model using GMCSF to methods using Flt3l or GMCSF combined with Flt3l, IL15 or IL4. The results demonstrate that the control of DCs maturation is not a phenomenon that we can find again in every population. Moreover, we showed that the replication of Brucella is less active under certain conditions. The scope of the study on the interactions between Brucella and DCs remains extensive, and the understanding of those mechanisms might open doors in the fight against this bacterium.

La Fièvre catarrhale ovine (FCO) est une arbovirose émergente en Europe depuis la fin desannées 90. Elle affecte principalement les ruminants par la piqûre de petits moucheronshématophages, les Culicoides (Diptera : Ceratopogonidae). Pendant l’été 2006, l’introductiondu sérotype 8 de la FCO, dans la région de Maastricht (Pays-Bas) a rapidement diffusé dansles Ardennes, générant de lourdes pertes pour les éleveurs de bovins et d’ovins. Cesévènements interrogent sur la capacité des Culicoides de la région paléarctique à transmettrela FCO. Ils révèlent la nécessité de mieux connaître la biologie de ces diptères.Nous avons développé successivement dans ce travail, trois axes de recherche qui se sontappuyés sur un travail de terrain réalisé principalement au sein de deux élevages situés dansles Ardennes françaises.Dans un premier temps, nous avons réalisé une expérimentation de gorgement de Culicoidesde captures et d’émergences, provenant des Ardennes, sur petits ruminants virémiques pour leBTV8. A l’issue des expérimentations, une femelle gorgée de l’espèce Culicoides obsoletus apondu et a été retrouvée faiblement positive lors de la recherche du génome du virus de laFCO. Les résultats obtenus ainsi que les difficultés rencontrées lors de la réalisation de cetype d’expérimentation sont discutés.Le deuxième travail exposé s’est intéressé au comportement trophique des Culicoides parl’étude de l’origine du repas sanguin de femelles de Culicoides piégées dans des biotopesvariés. A cette fin, nous avons utilisé des marqueurs moléculaires pour amplifier l’ADN devertébré présent dans les estomacs de femelles gorgées. Ces analyses ont permis de mettre enévidence que des espèces appartenant aux complexes Obsoletus, Pulicaris, ou encore,Culicoides dewulfi, avaient un spectre d’hôte large. Certaines d’entre elles peuvent se gorger àla fois sur les ruminants domestiques et sur la faune sauvage. De plus, ce type d’étuderenseigne sur l’écologie des différentes espèces de Culicoides.Enfin, nous présentons les résultats d’une étude faunistique fondée sur des captures avec despièges lumineux, mais aussi, des prélèvements de boue pour la recherche des gîtes larvaires.Les résultats de piégeages entre les deux exploitations ont été comparés, notamment en termesde biodiversité, et sont discutés en regard des différences de pratiques d’élevage entre lesdeux exploitations choisies d’une part, et la mise en évidence des gîtes larvaires d’autre part.De nombreuses espèces de Culicoides ont émergé au laboratoire à partir des prélèvements deboues, qui ont été caractérisés macroscopiquement. Les gîtes larvaires de C. obsoletus, peuconnus jusqu’alors, ont été mis en évidence dans les deux fermes. Ils ont fait l’objet d’un suivisur plusieurs mois.L’ensemble de ces études contribue à la meilleure connaissance des Culicoides présents dansles Ardennes et de leur biologie, elles permettent de rendre compte des espèces qui semblenttrès inféodées à l’élevage de bovins, et celles qui sont plus ubiquistes. Certains travauxprésentés pourraient être poursuivis pour mettre en évidence les espèces ou populations deCulicoides plutôt sylvatiques, et pour mettre en place de nouvelles expérimentations sur lacompétence et la capacité vectorielle des Culicoides. / Since the late 90’s, Bluetongue disease (BT) can be considered as an emerging arbovirose inEurope. This disease is mainly transmitted to ruminants by the bites of minute size midges,the Culicoides (Diptera: Ceratopogonidae), also known as biting midges. An outbreak of BTserotype 8 occurred during summer 2006, in the region of Maastricht (Netherlands) andspread quickly to the Ardennes region. The epizooty lead to severe losses in cattle and sheepholdings. These events highlighted the lack of knowledge on the vectorial capacity ofpaleartic Culicoides species, and more generally on their biology.Three approaches are successively treated in this document. They are all based on field workconducted mainly in two holdings located in the Ardennes region.First, an experiment to assess oral susceptibility of Culicoides to Bluetongue virus (BTV) 8was undertaken. Field collected and emerging Culicoides coming from the Ardennes wereengorged on viremic small ruminants. At the end of the experiments, one Culicoides obsoletusfemale was found bloodfed and laid eggs. She was tested for BTV and was found weaklypositive for BTV genome. This result and the difficulties met during the experiment havebeen discussed.The second study focused on the bloodmeal origin of engorged females of Culicoides. Thesewere collected by light traps set in different kinds of environment. Molecular markers wereused in order to amplify the DNA of vertebrates present in the stomach of bloodfed females.Some of the species processed belonging to the Obsoletus or the Pulicaris complex, andCulicoides dewulfi fed on a wide variety of hosts, including domestic ruminants and wildanimals. Moreover, this kind of study brings information on the ecology of different speciesof Culicoides.Finally, a faunistic survey is presented. It was achieved through light trap collections ofmidges and also thanks to the sampling of potential breeding sites. Biodiversity in thecollection of midges captured by light traps between the two holdings were compared.Differences observed are discussed taking into account the differences in breeding practicesbetween the two holdings and the breeding sites investigations. Numerous species ofCulicoides emerged in the laboratory from soil samples which were macroscopicallydescribed. Breeding sites of C. obsoletus, which were not well documentated in the literature,were found in both farms. These were monitored over some months.This work contributes to a better knowledge of the Culicoides present in the Ardennes andtheir biology. It highlights the species which are closely related to the cattle holdingenvironment, and those which are ubiquist. Some of these studies could be continued in orderto highlight the species more related to the forested areas, and to set new experiments onvectorial competence and capacity.

Cette étude se place dans le contexte des maladies infectieuses émergentes maintenant reconnues comme une menace majeure de la biodiversité. Engendrant un taux de mortalité atteignant 95 %, les épidémies à virus Ebola ayant affecté les populations de gorilles de plaine de l'Ouest (Gorilla gorilla gorilla) conduisirent à la classification de ce taxon comme " En danger critique d'extinction ". Cette étude s'intéresse aux capacités de récupération de ses populations. Grâce à des données uniques d'observation en phase pré- et post-épidémique, nous avons évalué l'impact de l'épidémie sur la structure et la dynamique sociale d'une population et estimé son potentiel de récupération au cours des six ans qui ont suivi. Nos résultats de démographie et de dynamique, couplés à des approches statistique et de modélisation démographique détaillée au niveau des classes d'âge et de sexe, et intégrant l'immigration, nous ont permis de mettre en évidence 1) un impact délétère sur le potentiel reproducteur, du fait de l'organisation sociale du gorille ; 2) les atouts de la flexibilité et de l'organisation sociale dans la récupération de la structure de la population ; 3) le rôle de l'immigration pour la récupération à long-terme des effectifs. La mise en évidence de caractéristiques structurelles typiques d'une population affectée par Ebola nous a permis de montrer qu'une population voisine étudiée était indemne. Ceci met en évidence l'impact hétérogène des épidémies au niveau régional, induisant probablement un certain degré de fragmentation des populations. Ce nouvel élément permet de discuter les hypothèses d'émergence et de propagation du virus, et pose la question de l'impact de la fragmentation de la population sur sa dynamique globale et sur la récupération des populations locales affectées. Nos résultats suggèrent une faible résilience des populations de gorilles de plaine face à Ebola et la menace de ce virus pour la persistance des populations. Cependant, une meilleure connaissance du potentiel de flux d'individus au niveau régional et le développement de modèles démographiques prenant en compte cette dimension permettrait de mieux préciser cette résilience.

L'ulcère de Buruli est une maladie émergente tropicale négligée. Il provoque une défiguration et une incapacité permanente pour les victimes. L'agent causal est Mycobacterium ulcerans. Cependant, le réservoir environnemental et le mode de transmission de cette bactérie ne sont pas connus. Les tentatives visant à gérer la maladie ont été freinées par le manque de connaissances concernant le mode de transmission ainsi que le réservoir environnemental de M. ulcerans. Certains écosystèmes et habitats ont été associés au risque de contracter cette mycobactérie, notamment les milieux aquatiques d'eau douce stagnants et perturbés par les activités humaines des régions tropicales. S'il n'existe pas de vecteur bien identifié, des insectes aquatiques Hémiptères sont fortement suspectés d'intervenir dans la vectorisation de cet agent infectieux à l'humain. Une compréhension complète de la distribution et du mode de transmission de la bactérie aiderait ainsi à la gestion de la maladie. Dans cette thèse, nous utilisons les outils issus de la modélisation de la niche écologique pour décrire la distribution de M. ulcerans. Suite à la construction d'un modèle au Cameroun, en Afrique Centrale, et testé avec une seconde base de données en Guyane Française (Amérique du Sud), nous trouvons que l'agent pathogène montre des variations saisonnières notables dans la répartition de nos sites d'étude, au Cameroun. Pendant la saison humide, M. ulcerans est plus fréquente dans les grands bassins versants et en absence de marécages, tandis que durant la saison sèche, la bactérie est plus présente dans les petits bassins versants où peuvent être présents dans les zones marécageuses. Notre étude a permis de générer des cartes de répartition de l'agent pathogène dans la région d'étude, qui pourront être utilisées dans des études ultérieures contribuant à mieux gérer le risque infectieux pour cette maladie. De plus, nous avons développé une modélisation des niches écologiques des insectes aquatiques soupçonnés d'être des vecteurs de l'agent pathogène. Basé sur un protocole d'échantillonnage d'insectes aquatiques qui couvre l'ensemble du Cameroun, nous avons construit un modèle suivant la méthode de l'entropie maximale. Ceci nous a permis d'interpoler notre modèle sur toute l'Afrique de l'Ouest. Nous avons ensuite testé une corrélation entre la répartition prévue des insectes potentiellement vecteurs, et la prévalence de l'ulcère de Buruli. Nous mettons en évidence une corrélation positive significative entre la répartition des insectes et la répartition de la maladie, et trouvons que cette corrélation varie significativement dans l'espace et le temps. Ceci est cohérent avec la possibilité d'une transmission multi-hôte pour cet agent pathogène.Enfin, en collaboration avec d'autres auteurs, nous avons pu explorer différents facteurs influençant la distribution de M. ulcerans, tels que les réseaux et la structure de la communauté biotique, ou encore l'impact de l'occupation du sol sur la distribution de l'ulcère de Buruli dans notre région d'étude d'Akonolinga au Cameroun. Et enfin nous avons testé le changement de distribution de la maladie à une plus grande échelle, entre le Bénin et le Nigeria. Cette thèse contribue à une meilleure compréhension de la distribution de Mycobacterium ulcerans et de l'ulcère de Buruli, fournissant des éléments de preuve d'une transmission multi-hôtes de la mycobactérie, ainsi que les premières cartes de répartition de l'agent pathogène pour la région d'Akonolinga au Cameroun. / The Buruli ulcer is an emerging environmentally acquired infectious neglected tropical disease. It causes permanent disability and disfigurement in victims. The causative agent is Mycobacterium ulcerans; however the environmental reservoir and mode of transmission of this bacterium are not known. Attempts to manage the disease have been hampered by lack of knowledge of the mode of transmission and the environmental reservoir of M. ulcerans. Certain environments have been associated with the disease, notably disturbed aquatic environments composed of small bodies of stagnant water. There is no known vector, though aquatic insects have been implicated as possible vectors. A full understanding of the distribution and mode of transmission of the bacterium would help in management of the disease.In this thesis, we use the tools developed in ecological niche modelling to describe the distribution of M. ulcerans. Following the construction of a model in Cameroon, Central Africa, and tested against a second database in French Guiana (South America), the pathogen is found to have notable seasonal changes in its distribution in our study sites in Cameroon. In the wet season, M. ulcerans is more common in large watersheds, while in the dry season the bacterium is more common in small watersheds. This enabled the generation of hazard maps of the pathogen distribution in the study region, which will be used in future studies and management of the disease. Following this we undertook ecological niche modelling to describe the distribution of the aquatic insects suspected to be vectors of M. ulcerans. Based on a sampling protocol that spanned the country of Cameroon, we undertake maximum entropy modelling, which enabled us to interpolate our model across all of West Africa. With these maps we explore the correlation between the predicted distribution of the insects to the prevalence of the Buruli ulcer. We find a significant positive correlation between the distribution of the insects and the distribution of the disease, and find that this correlation undergoes significant changes in space and time, consistent with the model of multi-vectorial transmission of the disease.Finally, in collaboration with other authors, we have assisted in exploring how the distribution of M. ulcerans changes according to community structure networks, how the distribution of the Buruli ulcer disease changes in our study region of Akonolinga, Cameroon, and how the distribution of the disease changes at a larger scale, between Benin and Nigeria. This thesis contributes to our understanding of the distribution and drivers of Mycobacterium ulcerans and the Buruli ulcer, providing evidence of multi-vectorial transmission of the disease, and the first hazard maps of the pathogen for Akonolinga, Cameroon.

La tuberculose est une maladie contagieuse causée par une infection avec M. tuberculosis. Son incidence globale élevée, des traitements longs et coûteux, l’apparition de souches résistantes aux antibiotiques disponibles et la co-infection avec le VIH en font un problème de santé publique de premier plan. En effet, l’Organisation Mondiale de la Santé estime qu’un tiers de la population mondiale est infectée de façon latente par M. tuberculosis. La mise au point d’un vaccin efficace serait un des moyens de mieux contrôler cette maladie et pour cela une meilleure compréhension de la réponse immunitaire contre M. tuberculosis est indispensable. Il est cependant clair que la réponse Th1 et l’IFN-γ sont essentiels pour la protection contre M. tuberculosis. Cependant, beaucoup d’aspects de cette immunité restent encore indéterminés dont le rôle de la réponse IL-17A. Dans ce travail, nous avons analysé la susceptibilité de souris génétiquement déficientes pour la sous-unité A du récepteur de l’IL-17A à une infection par M. tuberculosis. Nous montrons que la signalisation induite par l’IL-17A est indispensable pour le contrôle à long terme de l’infection et ce malgré une augmentation de la réponse IFN-γ.<p>Dans la deuxième partie du travail, nous avons analysé l’effet de la neutralisation de l’IL-12 sur la susceptibilité de souris préalablement vaccinées avec le Bacille de Calmette et Guérin (BCG) à une infection par M. tuberculosis. La neutralisation de l’IL-12 a été réalisée en utilisant un auto-vaccin anti-IL-12. Les résultats ont confirmé le rôle essentiel de l’IL-12 dans la protection contre une infection primaire avec M. tuberculosis ;ils ont cependant également permis de démontrer que la neutralisation de l’IL-12 n’exerce qu’un effet très modeste sur la protection conférée par le vaccin BCG. Ainsi, la diminution d’IFN-γ induite par la neutralisation de l’IL-12 semble être compensée par une augmentation de la production de TNF-α, d’IL-6 et plus particulièrement de l’IL-17A.<p>En conclusion, notre travail indique que la réponse IL-17A est importante pour la protection contre M. tuberculosis que ce soit lors d’une infection primaire ou en cas de réponse mémoire. De plus, nos observations renforcent l’idée de plus en plus communément admise que l’IFN-γ seul n’est pas suffisant pour protéger contre M. tuberculosis/Tuberculosis is a contagious disease caused by infection with M. tuberculosis. Due to its high global incidence, the length and cost of antibiotic treatments, the emergence of antibiotics resistant strains and co-infection with HIV, Tuberculosis remains a major health problem. In addition, World Health Organization estimates that one-third of the world population is latently infected with M. tuberculosis. The development of an efficient vaccine could lead to a better control of this disease, but for that purpose a better understanding of the protective immune response against M. tuberculosis is essential. It is clear that Th1 immunity and IFN-γ play an essential role in protection against M. tuberculosis. However, numerous aspects of this immune response are still poorly understood, such as the role of the IL-17A response. <p>In this work, we have analyzed the susceptibility to M. tuberculosis infection in mice genetically inactivated in the IL-17 receptor.A subunit. We have shown that IL-17A signalling is required for long-term control of M. tuberculosis infection, even if the IFN-γ response is increased. <p>In the second part of this work, we have analyzed the effect of IL-12 in resistance against M. tuberculosis infection and in the protection conferred by the BCG vaccine. For that purpose, IL-12 was neutralized using an anti-IL-12 auto-vaccine. Our results confirm the essential role of IL-12 in the protection against a primary M. tuberculosis infection. Nevertheless, these results also demonstrate that IL-12 neutralization only marginally affect the protection conferred by the BCG vaccine. Indeed, the decreased IFN-γ production induced by IL-12 neutralization in BCG-vaccinated mice seems compensated by increased TNF-α, IL-6 and more specifically IL-17A production.<p>In conclusion, our data indicate that the IL-17A response is important in protection against M. tuberculosis, both in primary infection or in the case of memory responses. Moreover, our results emphasize the emerging idea that a functional IFN-γ response alone is not sufficient to protect against M. tuberculosis.<p><p> / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La tuberculose est une maladie contagieuse causée par les bactéries appartenant au complexe Mycobacterium tuberculosis. On estime près de neuf millions de nouveaux cas et un million de décès chaque année dans le monde. De plus, approximativement un tiers de la population mondiale est infecté de manière latente, donc à risque de développer la maladie. Le seul vaccin préventif jusqu’à présent disponible est le Bacille de Calmette-Guérin (BCG). Cependant, son efficacité contre la forme pulmonaire de la maladie, contagieuse et plus fréquente chez l’adulte, est extrêmement variable. Le développement de nouveaux vaccins prophylactiques contre la tuberculose est basé sur une stratégie de remplacement ou d’amélioration de l’actuel vaccin BCG. De nombreux candidats vaccins sous-unitaires sont évalués dans un protocole de vaccination de rappel après le BCG. Ce dernier est en effet administré à plus de 80% des nouveau-nés et des nourrissons des populations à haut risque.<p>Le présent travail a eu pour but principal d’étudier une nouvelle approche de vaccination combinant le Bacille de Calmette-Guérin avec des vaccins sous-unitaires à ADN plasmidique dans différents modèles précliniques.<p>Plusieurs hypothèses tentent d’expliquer la faible efficacité du vaccin BCG, comme la faible induction de réponses immunitaires de type cellulaire T CD8+, le déclin de l’immunité protectrice induite au cours du temps, ou son répertoire antigénique limité. Les vaccins à ADN plasmidique induisant de telles réponses, le travail proposé a consisté au développement d’un nouveau protocole de vaccination basé sur la coadministration par la voie intradermique du vaccin BCG formulé avec un vaccin à ADN plasmidique codant pour un antigène mycobactérien. Nous avons observé dans plusieurs modèles murins (adulte et néonatal) une augmentation significative des réponses cellulaires de type CD4+ Th1 et CD8+, ainsi que de la réponse humorale spécifique. L’immunogénicité de cette approche a également été analysée dans un modèle animal de grande taille, à savoir le modèle porcin. Les résultats obtenus indiquent que les vaccins à ADN plasmidique sont capables d’augmenter les réponses spécifiques à l’antigène codé par le plasmide mais également celles spécifiques à d’autres antigènes exprimés par le vaccin BCG. Enfin, dans la deuxième partie du travail, nous avons développé des vaccins plasmidiques codant pour des combinaisons d’antigènes phase-spécifiques de M. tuberculosis et nous avons analysé leur immunogénicité en modèle murin.<p>En conclusion, nous avons montré que la stratégie de coadministration par la voie intradermique du vaccin BCG avec un vaccin à ADN plasmidique encodant des antigènes mycobactériens s’avère être un protocole de vaccination réaliste et efficace pour améliorer l’immunité induite par le vaccin BCG. Elle offre par ailleurs des perspectives pour être appliquée avec des plasmides codant pour des antigènes caractéristiques de la tuberculose latente, peu reconnus après vaccination BCG, pour protéger à la fois contre la tuberculose active d’une primo-infection et contre la réactivation d’une infection latente. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Les infections associées aux soins de santé (IASS), ou infections nosocomiales, sont les effets indésirables les plus fréquemment signalés dans le monde, affectant environ 1 patient hospitalisé sur 31 chaque jour selon le Centre pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC). La surveillance permet de mesurer, prévenir et contrôler ces infections. Toutefois, elle se doit d’être renforcée au Canada. L’objectif principal de ce projet est d’améliorer la surveillance passive des IASS au Canada en élaborant une stratégie visant à réduire l’écart entre les données de surveillance active et les données administratives, en plus de comprendre les facteurs qui expliquent cet écart. Ce mémoire présente trois articles et les résultats d’un groupe de travail qui ont chacun des objectifs rattachés au but global du mémoire. En premier lieu, une revue de la littérature vise à évaluer la validité des données administratives en comparaison aux données de surveillance active, qui sont la référence pour la surveillance des IASS. Cet article identifie les divergences entre les deux types de surveillance et démontre que la surveillance passive n’offre pas de données assez précises pour être comparables à celles de la surveillance active. Le deuxième article a pour objectif d’identifier les barrières et les facilitateurs de l’utilisation des données administratives pour la surveillance, avec un focus sur les IASS au Canada. Il analyse et met en évidence 120 barrières et facilitateurs, dont la majorité concerne la qualité des données, et identifie diverses solutions pour contrer ces barrières. Un troisième article et un groupe de travail examinent une solution pour améliorer la qualité des données codées par le département des archives médicales, soit d’utiliser les données de surveillance active en combinaison avec les dossiers médicaux pour coder les IASS. L’article évalue la validité de cette solution sur deux types d’IASS et démontre l’efficacité de cette solution. Le groupe de travail évalue les barrières et facilitateurs de cette solution et travaille sur des recommandations pour la mettre en place. Ces trois études, en plus du groupe de travail, permettent de constater qu’il y a de nombreuses barrières à l’utilisation des données administratives pour la surveillance des IASS, en particulier concernant la qualité des données, mais qu’il existe des solutions prometteuses. / Healthcare-associated infections (HAIs) are the most commonly reported adverse events worldwide, affecting approximately 1 in 31 hospitalized patients each day according to the Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Surveillance helps to measure, prevent and control these infections, but needs to be strengthened in Canada. The main objective of this project is to improve passive surveillance of HAIs in Canada by developing a strategy to reduce the discrepancy between active surveillance data and administrative data, in addition to understanding the factors that explain this discrepancy. This work presents three articles and a working group, each of which has objectives related to the overall goal of the project. First, a review of the literature assesses the validity of administrative data compared to active surveillance data, which is the reference for HAI surveillance. This article identifies the discrepancies between the two types of surveillance and demonstrates that passive surveillance does not provide sufficiently accurate data to be comparable to that of active surveillance. The second article aims to identify the barriers and facilitators to the use of administrative data for surveillance, with a focus on HAIs in Canada. It analyzes and highlights 120 barriers and enablers, the majority of which relate to data quality, and identifies various solutions to counter the barriers. A third article and a working group examine a potential solution to improve the quality of data coded by the medical records department; to use active surveillance data in combination with medical records to code HAIs. The article evaluates the validity of this type of data for two types of IASS and demonstrates the effectiveness of this solution. The working group assesses the barriers and facilitators of this solution and works on recommendations to implement it. These three studies, in addition to the working group, show that there are many barriers to the use of administrative data for the surveillance of HAIs, in particular related to the quality of the data, but that promising solutions are available.