A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. / Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. / Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.

Tesis por compendio / [ES] En la actualidad, la avicultura es un pilar económico para diversos países a nivel mundial y sus productos, una pieza clave en la alimentación de muchos consumidores. El constante crecimiento de la industria y una mayor exigencia del consumidor en seguridad y calidad del producto ha llevado al sector avícola a enfrentarse a importantes retos. Desde el punto de vista de salud pública, encontramos la transmisión a través de los alimentos de origen avícola de varios patógenos zoonóticos causantes de infección gastrointestinal en humanos y la emergencia de microorganismos resistentes a antibióticos. El primer objetivo de esta Tesis Doctoral fue investigar la dinámica de las resistencias de Salmonella spp. en 3 orientaciones productivas (pollos, pavos y gallinas ponedoras) y evaluar los patrones de multiresistencia a los antibióticos utilizados actualmente en medicina veterinaria y terapia humana. Los resultados del estudio sugirieron que la reducción en el uso de antibióticos comienza a verse reflejada en la reducción del número de multirresistencias encontradas en las aves, mostrando una tendencia decreciente en las resistencias, especialmente en ponedoras desde que se implementaron los planes de reducción, junto a las mejores prácticas de bioseguridad de los avicultores. Sin embargo, el nivel de resistencias detectado en otras orientaciones productivas sugiere la necesidad de seguir trabajando en la reducción del uso de antibióticos en las aves para lograr una disminución significativa en las resistencias. La aparición de los microorganismos resistentes y las restricciones de uso de antibióticos han llevado a la búsqueda de soluciones alternativas a los antimicrobianos, como los compuestos derivados de productos naturales para controlar las infecciones en avicultura. El segundo objetivo fue evaluar la interacción del compuesto natural alicina in vitro junto a 14 antibióticos frente a algunos de los serotipos más relevantes de Salmonella spp. Los resultados obtenidos sugirieron que este compuesto junto a la ciprofloxacina y la gentamicina presentaban un efecto sinérgico estadísticamente significativo con reducción de las resistencias. Así mismo, también se observó una reducción estadísticamente significativa en ciertos serotipos de Salmonella. Dada la importancia en salud pública de Campylobacter spp., se estableció un criterio de higiene de proceso ¿1000 UFC/g en matadero para la vigilancia de Campylobacter spp. en canales de pollos de engorde a nivel europeo. En este contexto, el tercer objetivo fue investigar la presencia de este microorganismo a nivel de campo y reportar nuevos datos cuantitativos mediante recuentos en heces procedentes de granjas de pollos en edades cercanas a sacrificio durante 12 meses. Este estudio demostró alta presencia de Campylobacter spp. en lotes de pollos cercanos a edad de sacrificio, aunque se requieren más estudios para verificar si posteriormente se traducen en recuentos altos a nivel de matadero. Por otro lado, se encontraron diferencias estadísticamente significativas en la presencia de Campylobacter spp. durante los diferentes meses del año (junio a diciembre) coincidiendo con las estaciones de verano y otoño. Desde el marco de la sanidad animal y por su impacto económico, el cuarto y quinto objetivo fueron conocer las prevalencias y seroprevalencias de 2 microorganismos aviares, M. synoviae y el virus de la Bronquitis Infecciosa Aviar en una localización geográfica concreta (Comunidad Valenciana). Con ello, se pretendió evaluar la situación epidemiológica actual y proporcionar información para la toma de decisiones en la instauración de programas de control y estrategias profilácticas. Los hallazgos en ambos estudios demostraron la presencia de estos dos microorganismos en el campo y resaltaron la utilidad de la vigilancia y monitoreo de rutina en las manadas de aves para controlar su presencia y la de sus serotipos emergentes, permitiendo así ajustar los planes de vacunación. / [CA] En l'actualitat, l'avicultura és un pilar econòmic per a diversos països a nivell mundial i els seus productes, una peça clau en l'alimentació de molts consumidors. El constant creixement de la indústria i una major exigència del consumidor en seguretat i qualitat del producte ha portat al sector avícola a enfrontar-se a importants reptes. Des del punt de vista de salut pública, trobem la transmissió a través dels aliments d'origen avícola de diversos patògens zoonòtics causants d'infecció gastrointestinal en humans i l'emergència de microorganismes resistents a antibiòtics. El primer objectiu d'aquesta Tesi Doctoral va ser investigar la dinàmica de les resistències de Salmonella spp. en 3 orientacions productives (pollastres, titots i gallines ponedores) i avaluar els patrons de multiresistència als antibiòtics utilitzats actualment en medicina veterinària i teràpia humana. Els resultats de l'estudi van suggerir que la reducció en l'ús d'antibiòtics comença a veure's reflectida en la reducció del nombre de multiresistències trobades en les aus, mostrant una tendència decreixent en les resistències, especialment en ponedores des que es van implementar els plans de reducció, al costat de les millors pràctiques de bioseguretat dels avicultors. No obstant això, el nivell de resistències detectat en altres orientacions productives suggereix la necessitat de continuar treballant en la reducció de l'ús d'antibiòtics en les aus per a aconseguir una disminució significativa en les resistències. L'aparició dels microorganismes resistents i les restriccions d'ús d'antibiòtics han portat a la cerca de solucions alternatives als antimicrobians, com els compostos derivats de productes naturals per a controlar les infeccions en avicultura. El segon objectiu va ser avaluar la interacció del compost natural alicina in vitro al costat de 14 antibiòtics enfront d'alguns dels serotips més rellevants de Salmonella spp. Els resultats obtinguts van suggerir que aquest compost al costat de la ciprofloxacina i la gentamicina presentaven un efecte sinèrgic estadísticament significatiu amb reducció de les resistències. Així mateix, també es va observar una reducció estadísticament significativa en uns certs serotips de Salmonella. Donada la importància en salut pública de Campylobacter spp., es va establir un criteri d'higiene de procés ¿1000 UFC/g en escorxador per a la vigilància de Campylobacter spp. en canals de pollastres d'engreixament a nivell europeu. En aquest context, el tercer objectiu va ser investigar la presència d'aquest microorganisme a nivell de camp i reportar noves dades quantitatives mitjançant recomptes en femta procedent de granges de pollastres en edats pròximes a sacrifici durant 12 mesos. Aquest estudi va demostrar alta presència de Campylobacter spp. en lots de pollastres pròxims a l¿edat de sacrifici, encara que es requereixen més estudis per a verificar si posteriorment es tradueixen en recomptes alts a nivell d'escorxador. D'altra banda, es van trobar diferències estadísticament significatives en la presència de Campylobacter spp. durant els diferents mesos de l'any (juny a desembre) coincidint amb les estacions d'estiu i tardor. Des del marc de la sanitat animal i pel seu impacte econòmic, el quart i cinqué objectiu van ser conéixer les prevalences i seroprevalences de 2 microorganismes aviaris, M. synoviae i el virus de la Bronquitis Infecciosa Aviària en una localització geogràfica concreta (Comunitat Valenciana). Es va pretendre avaluar la situació epidemiològica actual i proporcionar informació per a la presa de decisions en la instauració de programes de control i estratègies profilàctiques. Les troballes en tots dos estudis van demostrar la presència d'aquests dos microorganismes en el camp i van ressaltar la utilitat de la vigilància i monitoratge de rutina en els ramats d'aus per a controlar la seua presència i la dels seus serotips emergents, permetent així ajustar els plans de vacunació. / [EN] Nowadays, poultry industry is an economic key for many countries worldwide and poultry products are a basic piece in the diet of many consumers. The industry constant growth and the high consumer demands for safety and quality products has imposed new challenges to poultry sector from the point of view of both public and animal health. From food safety point of view, we find the transmission of several zoonotic pathogens through food of poultry origin that cause gastrointestinal infection in humans and the emergence of bacterial resistance to antibiotics. The first objective of this Doctoral Thesis was to investigate the resistance dynamics of Salmonella spp. in 3 productive orientations (broilers, turkeys and laying hens) and evaluate the patterns of multi-resistance to antibiotics currently used in veterinary medicine and human therapy. Results shown in the present study suggest that reduction in the use of antibiotics begins to be reflected in the reduction of the number of multiresistances, since the implementation of resistance reduction measures. However, the level of resistances found in this study suggests the necessity of continuing working on the limitation of the use of antimicrobials in poultry to achieve the reduction in resistances. The appearance of resistant microorganisms and the restrictions on the use of antibiotics have motivated to the research for alternative solutions to antimicrobials, such as compounds derived from natural products to control infections in poultry. The second objective was to evaluate the interaction in vitro between allicin and 14 antibiotics against some of the most relevant serotypes of Salmonella spp. The results obtained suggested that this compound, together with ciprofloxacin and gentamicin, had a statistically significant synergistic effect with a reduction in resistance. Likewise, a statistically significant reduction in certain Salmonella serotypes was also observed. Campylobacter spp. is the most important zoonotic bacteria in public health. For this reason a process hygiene criterion of ¿1000 CFU/g in the slaughterhouse was established to monitor Campylobacter spp. in broiler carcasses at European level. In this context, the third objective was to investigate the presence of this microorganism at field level and to report new quantitative data through counts in feces from broilers farms at ages close to slaughter during 12 months. This study revealed a high presence of Campylobacter spp. in flocks of chickens close to slaughter age, although more studies are required to verify if they subsequently translate into high counts at the slaughterhouse level. On the other hand, statistically significant differences were found in the presence of Campylobacter spp. during the different months of the year (June to December) coinciding with the summer and autumn seasons. The fourth and fifth objectives were focused on two important diseases in animal health that have an economic impact, M. synoviae and the Avian Infectious Bronchitis virus. The aims were to determine the prevalence and seroprevalence of these microorganisms in a specific geographical location (Valencian Community). The current epidemiological situation was evaluated through 2 prevalence and seroprevalence studies to provide useful information for the establishment of control programs and prophylactic strategies. The findings in both studies demonstrate the presence of these two microorganisms in the field and revealed that routine surveillance and monitoring in poultry flocks to control the presence of both microorganisms and their emerging serotypes is useful in order to update vaccination plans. / Este trabajo fue financiado por el Centro de Calidad Avícola y Alimentación Animal de la Comunidad Valenciana (CECAV) y la Asociación Avícola Valenciana (ASAV). Agradecemos a Joaquín Girón (Merck Sharp & Dohme, MSD) y José Luis Balaguer (CEVA) por su asistencia técnica y soporte económico. / Cortés Moñiz, V. (2022). Epidemiología y control de las principales enfermedades avícolas de importancia en sanidad animal y salud pública [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/184126 / TESIS / Compendio