Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-07-04Bitstream added on 2014-06-13T18:31:25Z : No. of bitstreams: 1 luciano_rl_me_jabo.pdf: 288271 bytes, checksum: 77640cc158f0c12048ecdaf245801057 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Um método de diagnóstico baseado na associação entre as técnicas de RT-PCR e ELISA foi desenvolvido para a detecção do vírus da bronquite infecciosa das aves (VBI). Inicialmente, a especificidade e a sensibilidade analíticas dessa técnica, bem como dos métodos de RT-PCR e Nested-RT-PCR, foram determinadas, tendo-se demonstrado, para o primeiro parâmetro, apenas a detecção do VBI, enquanto que outros vírus heterólogos aviários testados, tais como pneumovírus aviário (APV / estirpe do grupo B), vírus da doença de Newcastle (NDV / estirpe La Sota) e vírus da doença de Gumboro (GDV - estirpe Lukert), não foram detectados. Quanto à avaliação da sensibilidade analítica dos métodos empregados neste estudo foi constatado que o RT-PCR-ELISA demonstrou ser 10 vezes mais sensível do que a RT-PCR, enquanto que a reação de Nested-PCR foi 100 vezes mais sensível que a RT-PCR e 10 vezes mais sensível que o RT-PCR-ELISA. A técnica de RT-PCR-ELISA, juntamente com os outros dois métodos de biologia molecular, foram aplicadas para a detecção das estirpes H-120 e A034 do VBI, em amostras de pulmão e traquéia obtidas de aves experimentalmente infectadas com essas duas estirpes virais. Os resultados obtidos nos diferentes métodos de biologia molecular foram comparados entre si e com a técnica padrão de isolamento viral em ovos embrionados, verificando-se que o RT-PCR-ELISA revelou-se tão específico quanto as técnicas de isolamento viral e Nested-PCR, porém foi menos sensível do que esses mesmos métodos na detecção do VBI. A técnica de RT-PCR-ELISA, utilizada pela primeira vez para o VBI, demonstrou o potencial de se constituir uma alternativa viável para um diagnóstico direto mais rápido e específico do VBI. / A molecular biology method for the detection of avian infectious bronchitis virus (IBV) was developed combining the reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) with the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Firstly, the analytical specificity and sensitivity of RT-PCR-ELISA, RT-PCR and Nested-RT-PCR were assessed. The specificity of these methods were confirmed since only IBV was detected, while other heterologous avian viral pathogens such as pneumovirus (Group B), Newcastle disease virus (LaSota strain) and gumboro disease virus (Lukert strain) were not detected by these techniques. The sensitivity of these methods was established, indicating that the RT-PCR-ELISA was about ten times more sensitive than conventional RT-PCR, while Nested-PCR was a hundred more sensitive than RT-PCR and ten times more sensitive than PCR-ELISA. The RT-PCR-ELISA and the two molecular biology methods were also applied for the detection of IBV strains H-120 and A034, in lung and tracheal tissue samples collected from experimentally infected chickens. The results of these different methods were also compared with the standard diagnostic technique, the virus isolation in chicken embryonated eggs, showing that RT-PCR-ELISA was as specific as virus isolation and Nested-PCR, however it was less sensitive than these methods for the IBV detection. The RT-PCR-ELISA, applied for the first time for IBV detection and direct diagnosis in tissue samples, can be potentially applied as an useful alternative for the rapid and specific diagnosis of IBV.

Orientador: Hélio José Montassier / Banca: José Moacir Marin / Banca: Liana Brentano / Resumo: Um método de diagnóstico baseado na associação entre as técnicas de RT-PCR e ELISA foi desenvolvido para a detecção do vírus da bronquite infecciosa das aves (VBI). Inicialmente, a especificidade e a sensibilidade analíticas dessa técnica, bem como dos métodos de RT-PCR e Nested-RT-PCR, foram determinadas, tendo-se demonstrado, para o primeiro parâmetro, apenas a detecção do VBI, enquanto que outros vírus heterólogos aviários testados, tais como pneumovírus aviário (APV / estirpe do grupo B), vírus da doença de Newcastle (NDV / estirpe La Sota) e vírus da doença de Gumboro (GDV - estirpe Lukert), não foram detectados. Quanto à avaliação da sensibilidade analítica dos métodos empregados neste estudo foi constatado que o RT-PCR-ELISA demonstrou ser 10 vezes mais sensível do que a RT-PCR, enquanto que a reação de Nested-PCR foi 100 vezes mais sensível que a RT-PCR e 10 vezes mais sensível que o RT-PCR-ELISA. A técnica de RT-PCR-ELISA, juntamente com os outros dois métodos de biologia molecular, foram aplicadas para a detecção das estirpes H-120 e A034 do VBI, em amostras de pulmão e traquéia obtidas de aves experimentalmente infectadas com essas duas estirpes virais. Os resultados obtidos nos diferentes métodos de biologia molecular foram comparados entre si e com a técnica padrão de isolamento viral em ovos embrionados, verificando-se que o RT-PCR-ELISA revelou-se tão específico quanto as técnicas de isolamento viral e Nested-PCR, porém foi menos sensível do que esses mesmos métodos na detecção do VBI. A técnica de RT-PCR-ELISA, utilizada pela primeira vez para o VBI, demonstrou o potencial de se constituir uma alternativa viável para um diagnóstico direto mais rápido e específico do VBI. / Abstract: A molecular biology method for the detection of avian infectious bronchitis virus (IBV) was developed combining the reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) with the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Firstly, the analytical specificity and sensitivity of RT-PCR-ELISA, RT-PCR and Nested-RT-PCR were assessed. The specificity of these methods were confirmed since only IBV was detected, while other heterologous avian viral pathogens such as pneumovirus (Group B), Newcastle disease virus (LaSota strain) and gumboro disease virus (Lukert strain) were not detected by these techniques. The sensitivity of these methods was established, indicating that the RT-PCR-ELISA was about ten times more sensitive than conventional RT-PCR, while Nested-PCR was a hundred more sensitive than RT-PCR and ten times more sensitive than PCR-ELISA. The RT-PCR-ELISA and the two molecular biology methods were also applied for the detection of IBV strains H-120 and A034, in lung and tracheal tissue samples collected from experimentally infected chickens. The results of these different methods were also compared with the standard diagnostic technique, the virus isolation in chicken embryonated eggs, showing that RT-PCR-ELISA was as specific as virus isolation and Nested-PCR, however it was less sensitive than these methods for the IBV detection. The RT-PCR-ELISA, applied for the first time for IBV detection and direct diagnosis in tissue samples, can be potentially applied as an useful alternative for the rapid and specific diagnosis of IBV. / Mestre

A Bronquite Infecciosa das Aves (BIG) é uma das doenças respiratórias aviárias de maior impacto na avicultura mundial. No Brasil, as estirpes BR-I (GI-11) e Massachusetts (GI-1) são as mais prevalentes nos planteis avícolas. O presente estudo teve como objetivos desenvolver reações de semi-nested PCR para o diagnóstico das estirpes BR-I e Mass, em amostras brasileiras obtidas durante o período de 2016 e 2017. Foram desenvolvidas duas reações de semi-nested PCR tendo como alvo a subunidade 1 do gene S, específicas para as estirpes BR-I e Mass. O limiar de detecção foi de 104 cópias de DNA/µL nas duas reações (3,76fg/µL na reação exclusiva de BR-I; e 5,58fg/µL e 5,57fg/µL na reação duplex de BR-I e Mass, respectivamente). Posteriormente, foram avaliados 572 pools de órgãos procedentes das 5 regiões do Brasil. Dentre estas amostras, 62,24% foram positivas para Coronavírus, sendo o alvo desta reação a região 3UTR. A reação de semi-nested PCR específica detectou a estirpe BR-I em 84,83% das amostras positivas para Coronavírus. A reação de semi-nested PCR duplex detectou 65,44% das amostras positivas para a estirpe BR-I; 7,35% positivas para a estirpe Mass e co-infecção da estirpe BR-I com Mass em 17,65% das amostras. Após a análise dos controles positivos (vacinas Mass e BR-I) no BLASTn, do resultado do sequenciamento dos produtos de PCR, da análise filogenética, da similaridade de nucleotídeos e a dedução em aminoácidos, foi confirmado o agrupamento esperado das sequências detectadas pelas reações PCR dirigidas para a estirpe BR-I ou Mass. Estes resultados confirmaram a presença predominante da estirpe BR-I, e em menor número, da estirpe Mass nos planteis avícolas do Brasil. As reações desenvolvidas no presente estudo serão valiosas no diagnóstico e na monitoria da doença. / Avian Infectious Bronchitis (IB) is one of the avian respiratory diseases with the greatest impact on poultry farming worldwide. In Brazil, strains BR-I (GI-11) and Massachusetts (GI-1) are the most prevalent in poultry flocks. The present study aimed to develop semi-nested PCR reactions for the diagnosis of IBV BR-I and Mass strains, in Brazilian samples obtained during the period of 2016 and 2017. Two semi-nested PCR reactions targeting the 1 subunit of the S gene were developed, specific for BR-I and Mass strains. The detection threshold was 104 copies of DNA/µL in both reactions (3,76fg/µL in the exclusive BR-I reaction; and 5,58fg/µL and 5,57fg/µL in the duplex reaction of BR-I and Mass, respectively). Subsequently, 572 organ pools from the 5 regions of Brazil were evaluated. Among these samples, 62,24% were positive for Coronavirus, being the target of this reaction the 3UTR region. The specific semi-nested PCR reaction detected the BR-I strain in 84,83% of the Coronavirus positive samples. The duplex semi-nested PCR reaction detected 65,44% of the samples positive for the BR-I strain, 7,35% positive for Mass strain, and co-infection of the BR-I and Mass strain in 17,65% of the samples. After the analysis of the positive controls (Mass and BR-I vaccines) in BLASTn, the result of the sequencing of the PCR products, phylogenetic analysis, nucleotide similarity and amino acid deduction, was confirmed the expected clustering of the sequences detected by the PCR reactions directed to BR-I and Mass strains. These results confirm the predominant presence of the BR-I strain, and to a lesser extent, the Mass strain in Brazilian poultry flocks. The reactions developed in the present study will be valuabe in the diagnosis and monitoring of the disease.

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. / Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.

Orientador: Hélio José Montassier / Banca: Clarice Weins Arns / Banca: Adolorata Aparecida Bianco Carvalho / Resumo: A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença infecciosa que está amplamente disseminada entre as criações avícolas brasileiras e é uma das enfermidades virais que mais têm causado perdas econômicas na atualidade. Portanto, a rápida detecção e identificação do agente causal são imprescindíveis para que medidas eficazes de controle sejam prontamente tomadas. Para tanto, é necessário que os métodos de diagnóstico empregados sejam sensíveis, específicos, rápidos e também de baixo custo. Nesse contexto, a técnica de RTPCR em tempo real abordada no presente estudo permitiu a amplificação de duas regiões de hipervariabilidade do gene S1 de 17 estirpes diferentes do vírus da BIG (VBI), que foram testadas, mas não foi capaz de amplificar nenhum dos RNAvírus heterólogos analisados (vírus da doença de Newcastle, pneumovírus aviário e vírus da doença de Gumboro). Com essa mesma técnica foi possível fazer a diferenciação em grupos geneticamente distintos, de estirpes do VBI através de análises das curvas de dissociação de fragmentos amplificados a partir das regiões de hipervariabilidade gênica I e II do gene S1. A RT-PCR em tempo real desenvolvida apresentou maior sensibilidade na detecção do VBI em amostras teciduais, quando comparada à técnica padrão de Isolamento Viral em ovos embrionados de galinha... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The avian infectious bronchitis virus (IBV) is an infectious disease widely spread in Brazilian commercial poultries where causes significant economical losses. Rapid and accurate diagnosis of the IBV strain involved in a field outbreak is necessary to establish an effective control of this disease. The real-time RT-PCR performed in this study to amplify two hypervariable regions of S1 gene, was able to detect 17 IBV strains, e.g., nine reference strains (including Massachussets, Connecticut, JMK, SE 17 and Iowa serotypes) and eight Brazilian field isolates, whilst non-related avian viral pathogens such as Newcastle disease virus, Avian Pneumovirus and Gumboro disease virus were not detected. The differentiation between IBV strains was accomplished using the melting curve analysis of the amplified fragments corresponding to the hypervariable regions I and II of S1 gene. The real-time RT-PCR developed here showed a higher rate of IBV detection in tissue samples of experimentally infected chickens, when compared to the goldstandard technique of Viral Isolation in embryonated chicken eggs, and the same rate of detection was found for the conventional RT-PCR... (Complete abstract, click electronic access below) / Mestre

The first aim of this research was to determine the prevalence of IBV in broilers within the Canterbury province, New Zealand, in late winter and to search for associations with management or environmental factors. The second aim was to study how ambient stressors affect the immune system in birds, their adaptive capacity to respond, and the price that they have to pay in order to return to homeostasis. In a case control study, binary logistic regression analyses were used to seek associations between the presence of IBV in broilers and various risk factors that had been linked in other studies to the presence of different avian pathogens: ambient ammonia, oxygen, carbon dioxide, humidity and litter humidity. Pairs of sheds were selected from ten large broiler farms in Canterbury. One shed (case) from each pair contained poultry that had a production or health alteration that suggested the presence of IBV and the other was a control shed. Overall, IBV was detected by RT-PCR in 50% of the farms. In 2 of the 5 positive farms (but none of the control sheds) where IBV was detected there were accompanying clinical signs that suggested infectious bronchitis (IB). Ambient humidity was the only risk factor that showed an association (inverse) with the prevalence of IBV (p = 0.05; OR = 0.92). It was concluded within the constraints of the totally enclosed management systems described, that humidity had an influence on the presence of IBV, but temperature, ammonia, carbon dioxide, oxygen or litter humidity had no effect. In another study environmental temperatures were changed in order to affect the biological function and adaptive capacity of chickens following infection with IBV. The 'affective states' of the animal were assessed by measuring levels of corticosterone (CORT) in plasma and tonic immobility (TI). It was found that low (10 +/- 2°C) and high (30 +/- 2°C) temperatures exacerbated the respiratory signs and lesions in birds infected with IBV as compared to those housed at moderate (20 +/- 2°C) temperatures. The chickens housed at high temperatures showed significantly decreased growth, a higher proportion of hepatic lesions (principally haemorrhages) and a longer tonic immobility period, but there was no significant alteration in the plasma levels of CORT. The birds housed at low temperatures developed a higher proportion of heart lesions (hydropericardium, ventricular hypertrophy) and had significantly higher levels of plasma CORT than birds housed under moderate and/or high temperatures. The specific antibody response to IBV decreased in birds housed under high temperatures. Interestingly the birds housed at high temperatures developed significantly higher levels of haemagglutinin antibodies to sheep red blood cells (SRBC) than those birds housed under low or moderated temperatures. Cell mediated immunity was not significantly affected by heat or cold stress in the first 13 days of treatment but at 20 days the levels of interferon gamma in the birds subjected to low temperatures were lower than in the high temperature group. In other trials, the exogenous administration of low physiological doses of oral CORT (as compared to high pharmacological doses typically used in such experiments) to birds resulted in suppression or enhancement of the immune response depending on duration of treatment and/or dose and nature of the antigen. To our knowledge, this is the first study to show that exogenous CORT can produce an enhancement in the immune response in chickens. iv In conclusion, environmental stressors such as high or low temperatures do affect the physiology of the fast-growing broiler. The adjustments the birds have to make to maintain homeostasis impacts on the course of common infectious diseases, such as IB, that normally is mild in the New Zealand poultry industry. The administration of exogenous CORT showed that this hormone may be part of the physiological stress response and acts as a messenger to prepare the immune system for potential challenges (e.g., infection).

Orientador: Hélio José Montassier / Banca: Adolorata Aparecida Bianco Carvalho / Banca: Clarice Weins Arns / Banca: Geraldo Aleixo da Silva Passos Júnior / Banca: Liana Brentano / Resumo: As respostas imunes inatas e adquiridas, incluindo-se aí tanto as mediadas por fatores humorais como celulares normalmente induzidas após a infecção ou vacinação com o vírus da BI (VBI), são caracterizadas por sua grande complexidade e por aspectos relevantes que ainda são pouco conhecidos, no que tange aos elementos capazes de exercer uma ou mais ações efetoras contra esse patógeno e que culminassem na restrição da replicação viral, seguido de sua eliminação do organismo hospedeiro e também no impedimento de lesões mais severas. Isso posto, foi formulado o presente estudo com o fito principal de fazer a avaliação das respostas imunes humorais e celulares em diferentes intervalos pós-desafio com o VBI de aves previamente vacinadas ou não, realizando-se a mensuração de anticorpos no soro e na lágrima, e a quantificação da expressão de genes relacionados às respostas imunes na superfície traqueal, a fim de correlacionar tais parâmetros com o estado de proteção ao desafio. Os resultados demonstraram que os aumentos significativos nos níveis de anticorpos lacrimais dos isótipos IgG e IgA nas aves previamente vacinadas e também na expressão dos genes relacionados às respostas imunes, sobretudo o CD8, a Granzima A e o IFNg foram correlacionados negativamente com um ou mais parâmetros de alterações patológicas traqueais. Constatou-se também, que a memória das respostas imunes humorais e cito-mediadas conferida por uma única vacinação contra a BI no primeiro dia de idade é dependente da dose vacinal administrada / Abstract: Avian infectious bronchitis virus (IB) is a worldwide infectious disease which causes significant economic losses in poultry industry. The innate and acquired immune responses, including whether there mediated by both cellular and humoral factors that are induced after infection or vaccination with IB virus (IBV) are characterized by their higher complexity and for the relevant aspects that are still poorly known, with respect to the elements able to exercise one or more actions against the pathogen and that culminate in the restriction of its propagation and also on your clearance of the host organism. So, this project was formulated with the main done to make the evaluation of cellular and humoral immune responses at different intervals post-immunization or postchallenge with IBV poultry previously vaccinated or not, performing the measurement of antibodies in serum or tears and quantitation of the expression of genes related to immune responses in tracheal surface, correlating these parameters with the protection against IBV. The results showed that both significative increase of IgG and IgA isotypes in tears of previously vaccinated chickens and the expression levels of genes related to immune responses, especially CD8, Granzyme A and IFN g were negatively correlated with one or more parameters of pathological lesions at trachea. Moreover, we found that the immune memory conferred by vaccination against BI on the first day of age is dependent on vaccine dose administered / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-26Bitstream added on 2014-06-13T20:48:10Z : No. of bitstreams: 1 okino_ch_dr_jabo.pdf: 2216742 bytes, checksum: fe4b5f21894b32b436b973278d8ed733 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As respostas imunes inatas e adquiridas, incluindo-se aí tanto as mediadas por fatores humorais como celulares normalmente induzidas após a infecção ou vacinação com o vírus da BI (VBI), são caracterizadas por sua grande complexidade e por aspectos relevantes que ainda são pouco conhecidos, no que tange aos elementos capazes de exercer uma ou mais ações efetoras contra esse patógeno e que culminassem na restrição da replicação viral, seguido de sua eliminação do organismo hospedeiro e também no impedimento de lesões mais severas. Isso posto, foi formulado o presente estudo com o fito principal de fazer a avaliação das respostas imunes humorais e celulares em diferentes intervalos pós-desafio com o VBI de aves previamente vacinadas ou não, realizando-se a mensuração de anticorpos no soro e na lágrima, e a quantificação da expressão de genes relacionados às respostas imunes na superfície traqueal, a fim de correlacionar tais parâmetros com o estado de proteção ao desafio. Os resultados demonstraram que os aumentos significativos nos níveis de anticorpos lacrimais dos isótipos IgG e IgA nas aves previamente vacinadas e também na expressão dos genes relacionados às respostas imunes, sobretudo o CD8, a Granzima A e o IFNg foram correlacionados negativamente com um ou mais parâmetros de alterações patológicas traqueais. Constatou-se também, que a memória das respostas imunes humorais e cito-mediadas conferida por uma única vacinação contra a BI no primeiro dia de idade é dependente da dose vacinal administrada / Avian infectious bronchitis virus (IB) is a worldwide infectious disease which causes significant economic losses in poultry industry. The innate and acquired immune responses, including whether there mediated by both cellular and humoral factors that are induced after infection or vaccination with IB virus (IBV) are characterized by their higher complexity and for the relevant aspects that are still poorly known, with respect to the elements able to exercise one or more actions against the pathogen and that culminate in the restriction of its propagation and also on your clearance of the host organism. So, this project was formulated with the main done to make the evaluation of cellular and humoral immune responses at different intervals post-immunization or postchallenge with IBV poultry previously vaccinated or not, performing the measurement of antibodies in serum or tears and quantitation of the expression of genes related to immune responses in tracheal surface, correlating these parameters with the protection against IBV. The results showed that both significative increase of IgG and IgA isotypes in tears of previously vaccinated chickens and the expression levels of genes related to immune responses, especially CD8, Granzyme A and IFN g were negatively correlated with one or more parameters of pathological lesions at trachea. Moreover, we found that the immune memory conferred by vaccination against BI on the first day of age is dependent on vaccine dose administered

Submitted by CAREN PAVANI null (caren_pavani@hotmail.com) on 2017-08-29T17:29:24Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao-POS-Caren-DEFINITIVO-V-2-HJM-AGO-23-17.pdf: 1281724 bytes, checksum: 16544949d05b1aee20711a16abcbfdac (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A lombada de seu trabalho só é necessária na versão impressa, para encadernação. Por favor, exclua a lombada da versão digital. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-08-29T18:44:21Z (GMT) / Submitted by CAREN PAVANI null (caren_pavani@hotmail.com) on 2017-08-29T18:51:55Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao-POS-Caren-DEFINITIVO-V-2-HJM-AGO-23-17.pdf: 1278516 bytes, checksum: 04ce7b2fc7a143ce39b6187b81ee676f (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-29T18:59:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pavani_c_me_jabo.pdf: 1278516 bytes, checksum: 04ce7b2fc7a143ce39b6187b81ee676f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T18:59:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pavani_c_me_jabo.pdf: 1278516 bytes, checksum: 04ce7b2fc7a143ce39b6187b81ee676f (MD5) Previous issue date: 2017-08-02 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Em plantéis avícolas, é frequente a ocorrência de doenças infecciosas respiratórias e dentre estas, destaca-se a Bronquite Infecciosa (BI), uma doença aguda e altamente contagiosa de aves. A BI é causada pelo vírus da bronquite infecciosa (VBI), cujo processo infeccioso geralmente provoca perdas econômicas significativas para as criações avícolas. A extensa variação genética, especialmente nas regiões hipervariáveis (HVRs) do gene S1, é uma das principais características da evolução do VBI, e resulta no surgimento de diversas variantes, que requerem um diagnóstico molecular que inclua a detecção dessas novas estirpes, como o genótipo brasileiro (BR-VBI), pois a detecção e identificação do agente etiológico são essenciais para o controle dessa enfermidade. Para tanto, é necessário que os métodos de diagnóstico empregados sejam sensíveis, específicos e de baixo custo. Foi então desenvolvida e avaliada neste estudo uma técnica de Nested-RT-PCR (BR-Nested-RT-PCR) utilizando um conjunto de oligonucleotídeos iniciadores desenvolvido dentro da região HVR3 do gene S1 de estirpes variantes brasileiras do VBI para a detecção e identificação de linhagens do genótipo brasileiro do VBI presentes em amostras biológicas de aves e comparada com a Nested-RT-PCR universal, utilizando oligonucleotídeos iniciadores universais para a mesma região do gene S1. Os resultados demonstraram que a técnica BR-Nested-RT-PCR apresentou uma elevada sensibilidade na detecção de estirpes do genótipo BR-I do VBI e não gerou produtos amplificados a partir de amostras de vírus heterólogos testados (vírus da doença de Newcastle, metapneumovírus aviário, reovírus e vírus da doença de gumboro), nem de estirpes do VBI classificadas em outros genótipos.). Ademais, quando foram comparadas as técnicas BR-Nested-RT-PCR com a técnica universal de Nested-RT-PCR foram obtidas boa concordância (k = 0,67), sensibilidade relativa de 85,4% e especificidade relativa de 81,6% para a detecção direta e identificação de estirpes do genótipo BR em amostras de campo. Em conclusão, a técnica de BR-Nested-RT-PCR desenvolvida no presente estudo, oferece uma opção de menor custo e menor complexidade do que a técnica de RT-PCR em tempo real para detectar e diferenciar estirpes do genótipo BR-I do VBI, sem comprometer a especificidade ou a sensibilidade, tendo, assim, o potencial de viabilizar a adoção de meios mais efetivos para o diagnóstico direto de estirpes do genótipo BR-I do VBI em amostras colhidas de aves mantidas em criações comerciais. / Infectious bronchitis (IB) is an acute and highly contagious disease of birds. IB is caused by infectious bronchitis virus (IBV), which usually results in significant economic losses for poultry farms. The extensive genetic variation, especially in the hypervariable regions (HVRs) of the S1 gene, is one of the main characteristics of the evolution of IBV, and results in the appearance of several variants that require a molecular diagnosis which includes the detection of these new strains, such as Brazilian I genotype (BR-I), since the detection and identification of the causative agent are essential for the control of the disease. Therefore, the diagnostic methods used must be sensitive, specific and inexpensive. A Nested-RT-PCR (BR-Nested-RT-PCR) technique was developed and evaluated in this study using a set of primers designed for the HVR3 region of the S1 gene for the detection and identification of Brazilian genotype strains of IBV present in biological samples from birds and compared with universal Nested-RT-PCR using universal primers for the same region of the S1 gene. The results demonstrated that the BR-Nested-RT-PCR technique had a high sensitivity to detect IBV strains from BR-I genotype and did not generate amplified products from heterologous virus samples tested (Newcastle disease virus, avian metapneumovirus, Reovirus and Gumboro disease virus), neither from IBV strains of other genotypes. In addition, the comparison between BR-Nested-RT-PCR techniques with the universal Nested-RT-PCR technique revealed good agreement (k = 0.67), relative sensitivity of 85.4% and relative specificity of 81.6 % for the direct detection and identification of BR-I genotype strains in field samples. In conclusion, the BR-Nested-RT-PCR technique developed in the present study offers a lower cost and less complex option than the real-time RT-PCR technique to detect and differentiate strains of the BR-I genotype of IBV without compromising specificity or sensitivity, and has the potential to provide a more effective mean for the direct diagnosis of BR-I IBV strains in samples collected from birds reared in commercial flocks. / CNPq: 132790/2015-7

A bronquite infecciosa das galinhas (BIG) é uma doença altamente contagiosa causada por múltiplos genotipos/sorotipos do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV), um coronavirus do grupo 3. Embora classicamente associado ao trato respiratório, alguns tipos de IBV têm sido descritos com tropismo pelos rins e pelos tratos reprodutivos e entéricos, o IBV pode ser detectado em diversos tipos de tecidos, e também pode acometer aves de todas as idades. Este estudo tem como objetivo verificar a freqüência do IBV em amostras de diversos órgãos e conteúdo entérico de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, genotipar as amostras detectadas e estudar a diversidade molecular entre as amostras brasileiras de IBV. Um total de 844 pools de diversos órgãos e conteúdos entéricos provenientes de 200 lotes de avós, matrizes, poedeiras comerciais e frangos de corte, das regiões Sul, Sudeste, Centro-oeste e Nordeste do Brasil, colhidas durante o período de 2007 a 2009 foram testadas para a presença de IBV com um RT-PCR dirigido à região não traduzida 3′(3′UTR). As aves amostradas apresentaram sinais clínicos compatíveis com a BIG. Todas as amostras de IBV detectadas foram tipificadas utilizando uma RT-PCR dirigida ao gene de espícula do vírus. Dezenove amostras tipificadas como variante foram submetidas ao seqüenciamento parcial da região codificadora da subunidade S1 e à análise genealógica. Considerando os pools de órgãos e de conteúdo entérico, 45,50% foram positivos para a presença de IBV, dos quais, 84,63% pertencem ao genotipo Variante e 9,89% ao sorotipo/genotipo Massachusetts. Considerando os lotes, 73,50% foram positivos para IBV, sendo 77,55% variantes e 6,12% Massachusetts. A análise genealógica revelou quatro linhagens virais, todas agrupadas em um exclusivo grupamento de genotipo brasileiro. Estes resultados demonstram que o IBV está disseminado em todas as regiões avícolas brasileiras, com um predomínio massivo de genotipos não Massachusetts e uma elevada diversidade molecular, que deve ser levada em consideração para desenvolver medidas preventivas contra o IBV. / Infectious bronchitis (IB) is a highly contagious disease of poultry caused by multiple geno/serotypes of avian infectious bronchitis virus (IBV), a group 3 coronavirus. Though classically associated to the respiratory tract, IBV strains also have been described which harbor tropism for the kidneys and the reproductive and enteric tracts, and might be detected in multiple tissues and can also affect birds of all ages. This survey aimed to assess the frequency of in multiple organs and enteric content samples from grandparents, breeders, layers and broilers, to genotype the IBV strains detected and to study the molecular diversity amongst Brazilian IBV strains. A total of 844 pools of multiple organs and enteric contents from 200 flocks of grandparents, breeders, layers and broilers from the Southern, Southeastern, Central-Western and Northeastern Brazilian regions collected between 2007 and 2009 was screened for the presence of IBV with an RT-PCR target to the 3 untranslated region (UTR). The sampled birds presented symptoms compatible with IB. All IBV strains detected were then typed using an RT-PCR target to the spike gene of the virus. Nineteen strains type as variants were submitted to partial sequencing of the S1 coding region and genealogic analysis. Regarding the organs and enteric content pools, 45.50% were positive for the presence of IBV, from which 84.63% were variant and 9.89% Massachusetts. Taking into account the flocks, 73.50% were positive for IBV, being 77.55% variants and 6.12% Massachusetts. Genealogic analysis revealed four viral lineages, all grouped in an exclusive Brazilian genotype cluster. This results shown that IBV is widespread in all Brazilian poultry regions, with a massive predominance of non-Massachusetts genotypes and a high molecular diversity, which must be taken into account in order to develop preventive measures against IB.