Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2018-03-27T18:48:03Z No. of bitstreams: 1 2017 - Tays Araujo Camilo.pdf: 3555895 bytes, checksum: 8b6818596f8654186472296bc3b528aa (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-27T18:48:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 - Tays Araujo Camilo.pdf: 3555895 bytes, checksum: 8b6818596f8654186472296bc3b528aa (MD5) Previous issue date: 2017-03-07 / CNPq / Infectious Bronchitis Virus (vBIG) is a highly contagious viral agent among the species Gallus gallus, being considered one of the pathologies that most affects small and lare world poultry producers. Vaccination as a form of prevention to this disease, has not been effective, due to the great genetic variability found. As in the world, in Brazil there are already several studies characterizing the genetic variability found in this virus. In Rio de Janeiro, poultry farming suffers from the disease, but there is no recent study to analyze the genetic variability of the strains found, as a way of supporting epidemiological studies that may help in the future, in the choice of Protocols. The objective of this study was to characterize the S1 gene of the Chicken Infectious Bronchitis virus (vBIG) in chickens farms in the southern region of Rio de Janeiro, as well as to evaluate the genetic variability of the S1 gene in a BIG outbreak on a farm Of laying hens of the northern region of. Tissue samples were collected from animals presenting BIG-compatible clinical signs, such as weight loss, respiratory problems and low productivity. Samples of collected tissues were stored in solution of RNA Later and formalin 10% buffered for molecular and histopathological diagnoses, respectively. In order to perform the molecular analyzes, RNA extraction techniques, as well as RT-PCR (Reverse Transcriptase, Polymerase Chain Reaction), real-time PCR (RT-qPCR), Nested PCR (RT-nPCR), and Sequencing of some samples collected. For the histopathological analyzes, cleavage and preparation of microscopy slides were performed. The results obtained from the sequencing were compared to the sequence of the Ma5 vaccine strain as reference strain, in addition to other sequences deposited on GenBank, exhibiting a variable identity percentage of 72.41% to 100%. Among the samples from each farm, there was variability, even within the same bird. All sequences analyzed were described as genotype 1, belonging to strains 1 and 11; In the comparison of amino acids, there were changes in the hypervariable regions of the virus in the sequences classified as BR-1, being able to explain the low cross-protection that have been occurring in Brazilian plants. These results demonstrated the importance of virus identification, since it becomes an important tool in epidemiological surveillance and in the elaboration of efficient vaccine protocols. / O v?rus da Bronquite Infecciosa das Galinhas (vBIG) ? um agente viral altamente contagioso entre a esp?cie Gallus gallus, sendo considerado uma das patologias que mais acomete a avicultura mundial. A vacina??o como forma de preven??o a esta doen?a, n?o tem sido eficaz, devido a grande variabilidade gen?tica encontrada. Assim como no mundo, no Brasil tamb?m j? existem diversos estudos caracterizando a variabilidade gen?tica encontrada neste v?rus. No Rio de Janeiro, a cria??o av?cola sofre com a doen?a, por?m ainda n?o existe um estudo recente com o objetivo de analisar a variabilidade gen?tica das cepas encontradas, como uma forma de apoio a estudos epidemiol?gicos, que possam auxiliar no futuro, na escolha de protocolos vacinais mais adequados. Este estudo teve como objetivo realizar a caracteriza??o molecular do gene S1 do v?rus da Bronquite Infecciosa das Galinhas (vBIG) em granjas de frangos de corte na regi?o Sul fluminense, como tamb?m avaliar a variabilidade gen?tica do gene S1 em um surto de BIG em uma granja de poedeiras da regi?o Norte fluminense. Foram realizadas coletas de tecidos dos animais que apresentavam sinais cl?nicos compat?veis com BIG, como perda de peso, problemas respirat?rios e baixa produtividade. Amostras de tecidos coletados foram armazenadas em solu??o de RNA Later e formalina 10% tamponada para os diagn?sticos molecular e histopatol?gico, respectivamente. Para realiza??o das an?lises moleculares foram utilizadas t?cnicas de extra??o de RNA, bem como RT-PCR (?Reverse Transcriptase, Polymerase Chain Reaction?), PCR em tempo real (RT-qPCR), ?Nested? PCR (RT-nPCR), e sequenciamento de algumas amostras coletadas. Para as an?lises histopatol?gicas foram realizadas clivagem e elabora??o de l?minas de microscopia. Os resultados obtidos do sequenciamento foram comparados a sequ?ncia da cepa vacinal Ma5, como cepa refer?ncia, al?m de outras sequencias depositadas no GenBank, apresentando um percentual de identidade vari?vel de 72,41% a 100%. Dentre as amostras de cada granja, houve variabilidade, at? mesmo dentro de uma mesma ave. Todas as sequencias analisadas foram descritas como gen?tipo 1, pertencentes as linhagens 1 e 11; Na compara??o de amino?cidos, houve mudan?as nas regi?es hipervari?veis do v?rus nas sequ?ncias classificadas como BR-1, podendo explicar a baixa prote??o-cruzada que v?m ocorrendo nos plant?is brasileiro. Estes resultados demonstraram a import?ncia da identifica??o g?nica do v?rus, pois se torna uma ferramenta importante na vigil?ncia epidemiol?gica e em elabora??es de protocolos vacinais que sejam eficientes.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:37:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_paula_finger.pdf: 729110 bytes, checksum: fe15bb22f0abb92bf1b2938fd6dcdfc9 (MD5) Previous issue date: 2011-12-19 / The chickens infectious bronchitis (IB) is a highly contagious viral disease which causes predominantly respiratory lesions manifested clinically and invariably by sneezing and tracheo-bronchial rales, which may lead to more severe signs, with a decrease in fertility and reduction of eggs production. The infectious bronchitis virus (IBV) encodes four major structural proteins: N (nucleocapsid protein), S (spike protein), E (envelope protein) and M (membrane protein) being the S protein is cleaved into S1 and S2. The 1 subunit (S1) is found exposed in the viral envelope, which makes it an important or main inducer of neutralizing antibodies against the IBV, the main target for the host s immune system. The variations in two regions of the envelope s S1 subunit, called hypervariables regions, may originate to new serotypes. The IBV s mutation and recombination capacity and the selection pressure exerted by the prolonged use of live vaccines contribute to the appearance of a wide variety of serotypes and subtypes of IBV. The objective of this study was to express, in Pichia pastoris, the gene that encodes the surface protein S1 of IBV strain M41 and, in Escherichia coli, to express the S1 of the synthetic gene designed from consensus sequences of national and international field samples, as an interesting alternative for the production of antigen that can be used for monitoring vaccination of birds and also an antigen that is suitable for the use in serological diagnostic. The cloning and expression of glycoprotein S1 in both heterologous expression systems was successfully performed. The process of expression using E. coli was simple and quick when compared to the use of P. pastoris. The P. pastoris was able to express the entire S1; however, it showed difficulty in secreting the glycoprotein. The results will be evaluated for use in immunodiagnostic kit for monitoring the disease in poultry, being more affordable than the ones existing currently. / A bronquite infecciosa das galinhas (IB) é uma enfermidade viral altamente contagiosa que causa predominantemente lesões respiratórias que se manifestam clinicamente e invariavelmente por espirros e estertores tráqueo-bronquiolares, podendo levar a sinais mais severos, com diminuição na fertilidade e redução da produção de ovos. O vírus da bronquite infecciosa das galinhas (IBV) codifica quatro proteínas estruturais importantes: N (proteína do nucleocapsídeo), S (proteína de superfície), E (proteína do envelope) e M (proteína da membrana), sendo a proteína S subdividida em S1 e S2. A subunidade 1 (S1) encontra-se exposta no envelope viral, o que torna-a um importante, ou principal, indutor da produção de anticorpos neutralizantes frente ao IBV, sendo o principal alvo para o sistema imune do hospedeiro. As variações em duas regiões da subunidade S1 do envelope, chamadas regiões hipervariáveis, podem dar origem a novos sorotipos. A capacidade de mutação e recombinação de IBV e a pressão de seleção exercida pelo uso prolongado de vacinas vivas contribuem para o aparecimento de uma grande variedade de sorotipos e subtipos de IBV. O objetivo deste trabalho foi expressar em Pichia pastoris o gene que codifica a proteína de superfície S1 da estirpe M41 do IBV e, em Escherichia coli, expressar a S1 de um gene sintético elaborado a partir de sequências consenso de amostras de campo nacionais e internacionais, como uma alternativa interessante para a produção de antígeno que possa ser utilizado para monitoramento vacinal das aves e também um antígeno que seja adequado para utilização em diagnóstico sorológico. A clonagem e a expressão da glicoproteína S1 em ambos os sistemas heterólogos de expressão foi realizada com sucesso. O processo de expressão usando E. coli foi rápido e simples quando comparado ao uso da P. pastoris. A P. pastoris foi capaz de expressar a S1 inteira, porém, apresentou dificuldade em secretar a glicoproteína. Os resultados obtidos deverão ser avaliados para uso em Kit de imunodiagnóstico para monitoramento da enfermidade na avicultura, sendo de custo mais acessível do que os existentes no mercado.