Patógenos associados a aves migratórias podem causar doenças em aves domésticas. As aves de subsistência são possíveis fontes de disseminação destes patógenos pela ausência de biossegurança na criação e pelo contato com aves silvestres. A região do Parque Nacional da Lagoa do Peixe (PNLP), no Rio Grande do Sul, se caracteriza como um importante sítio de aves migratórias. Devido a isto, é possível uma interface entre aves migratórias e aves de subsistência criadas na região. A influenza aviária (AI) é a principal doença associada a aves migratórias que afeta o sistema respiratório, sendo estas os principais disseminadores do vírus. Estudos prévios indicam que há risco de introdução de um vírus de AI de alta patogenicidade (HPAIV) na região. Porém, o padrão e impacto do espalhamento deste patógeno na região é desconhecido, visto a ausência de relatos. Cabe ressaltar que outras enfermidades respiratórias, como a Doença de Newcasle (ND) e a micoplasmose por Mycoplasma gallisepticum (MG), também são associadas a aves migratórias e podem causar doenças em aves domésticas. Neste contexto, o objetivo deste trabalho é realizar um inquérito epidemiológico de doenças respiratórias associadas a aves migratórias em aves de subsistência e propor um modelo de espalhamento de HPAIV na região do PNLP. Com esta finalidade, realizamos uma avaliação (i) da presença de anticorpos contra AI, ND e MG nas aves de subsistência por ELISA, (ii) da presença dos agentes de AI e ND por RT-PCR em tempo real nas aves de subsistência, (iii) dos possíveis fatores de risco associados aos patógenos e (iv) das consequências da introdução de HPAIV na região através de um modelo matemático de espalhamento. Nas propriedades de aves de subsistência amostradas da região, foi detectada a presença de anticorpos contra AI, ND e MG na frequência de 4,2%, 87,5% e 58,3%, respectivamente. Todas as amostras foram negativas no RT-PCR em tempo real realizado para AI e ND. A avaliação de fatores de risco foi possível nas propriedades soropositivas para ND e MG, possibilitando realizar-se a primeira análise de fatores de risco para estes agentes em aves de subsistência no Brasil. Para ND, o risco foi maior nas propriedades nas quais os criadores adotam a prática de reposição própria para manter a criação (PR=1,64; 95% IC: 1,11 – 2,42). Além disso, o aumento na distância das granjas em relação ao estuário da Laguna do Peixe diminui o risco para ND (PR=0,94; 95% IC: 0,90 – 0,99). Já para MG, foram considerados fatores de risco a prática de confinar as aves (PR = 3,40, 95% IC: 1,93 – 5,99) e a interação entre a “troca de aves ou ovos com outros produtores e vizinhos possuírem aves” (PR = 2,16, 95% IC: 1,24 – 3,76). Nas simulações da modelagem matemática de espalhamento de HPAIV na região, a maioria das propriedades se tornaria infectada até o 30º dia de infecção. Além disso, na média das simulações, a infecção atingiria em torno de 80 a 90% das propriedades, alcançando até 30 km de distância do caso índice. Os resultados indicam a circulação de patógenos associados a aves migratórias na região do PNLP. Devido à detecção destes nas aves de subsistência, estas podem ser consideradas sentinelas destes agentes na região. Além disso, os dados obtidos incrementam o conhecimento sobre o espalhamento e a dinâmica dessas doenças em propriedades com aves de subsistência, bem como sobre os indicadores de risco para ocorrência. Estes dados podem ser utilizados para o estabelecimento de medidas de biossegurança e de manejo adequados para este tipo de criação e de programas de monitoria visando à contenção da disseminação de patógenos. / Pathogens associated with migratory birds can cause disease in domestic birds. Backyard poultry are possible source of pathogens dissemination due to the lack of biosecurity measures and the contact with wild birds. The region of Lagoa do Peixe National Park (PNLP), in Rio Grande do Sul state, Brazil, is characterized as an important site for migratory birds. Thus, it is a possible interface place for migratory and backyard birds. Avian influenza (AI) is the most important respiratory disease associated with migratory birds, the main virus disseminating agents. Previous studies have indicated a risk for introduction of higly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) in PNLP region. However, the impact and spreading pattern of AI virus in this region is unknown due to the lack of disease reports. It is noteworthy that other respiratory diseases, such Newcastle Disease (ND) and micoplasmosis due to Mycoplasma gallisepticum (MG), are also associated with migratory birds and can cause disturbances in domestic poultry. In this context, the aims of this work are to perform an epidemiological survey of respiratory diseases associated with migratory birds in backyard poultry and to propose a model of HPAIV spreading in PNLP region. For this, it was evaluated (i) the presence of antibodies against AI, ND and MG in backyard poultry by ELISA, (ii) the presence of AI and ND virus in backyard poultry by real time RT-PCR, (iii) the potential risk factors associated with these pathogens, and (iv) the consequences of HPAIV introduction in PNLP region using a mathematical model of virus spreading. In the sampled properties, frequency of antibodies against AI, ND and MG were 4.2%, 87.5% and 58.3%, respectively. All samples were negative for AI and ND in real time RT-PCR analysis. The first evaluation of risk factors associated to ND or MG in backyard poultry from Brazil was performed in this work. For ND, the risk was increased in the properties in which farmers used their own replacement poultry to restock their flock (PR=1.64; 95% CI: 1.11–2.42). Furthermore, the increasing distance of the household flock to the “Laguna do Peixe” estuary is associated with decreasing NDV seropositivity (PR=0.94; 95% CI: 0.90 – 0.99). For MG, seropositivity was significantly associated with bird confinement (PR = 3.40, 95% CI: 1.93 – 5.99) and with interaction between “poultry/egg exchange and neighbors have poultry” (PR = 2.16, 95% CI: 1.24 – 3.76). In the simulations from the mathematical model of HPAIV spreading in PNLP region, most of the properties of this region would become infected up to 30 days outbreak beginning. Moreover, the infection would affect about 80 to 90% of the properties from the region, reaching up to 30 km distance from the index case. The results showed the circulation of pathogens associated with migratory birds in PNLP region. Since these pathogens were detected in backyard poultry, these birds can be considered sentinels for these agents in this region. Additionally, the data obtained improve the knowledge on spreading and dynamics of these diseases in properties with backyard poultry, as well as on potential risk factors. The set of these results can be useful to development of adequate biosecurity procedures for backyard flocks and surveillance programs to avoid pathogen dissemination.

Patógenos associados a aves migratórias podem causar doenças em aves domésticas. As aves de subsistência são possíveis fontes de disseminação destes patógenos pela ausência de biossegurança na criação e pelo contato com aves silvestres. A região do Parque Nacional da Lagoa do Peixe (PNLP), no Rio Grande do Sul, se caracteriza como um importante sítio de aves migratórias. Devido a isto, é possível uma interface entre aves migratórias e aves de subsistência criadas na região. A influenza aviária (AI) é a principal doença associada a aves migratórias que afeta o sistema respiratório, sendo estas os principais disseminadores do vírus. Estudos prévios indicam que há risco de introdução de um vírus de AI de alta patogenicidade (HPAIV) na região. Porém, o padrão e impacto do espalhamento deste patógeno na região é desconhecido, visto a ausência de relatos. Cabe ressaltar que outras enfermidades respiratórias, como a Doença de Newcasle (ND) e a micoplasmose por Mycoplasma gallisepticum (MG), também são associadas a aves migratórias e podem causar doenças em aves domésticas. Neste contexto, o objetivo deste trabalho é realizar um inquérito epidemiológico de doenças respiratórias associadas a aves migratórias em aves de subsistência e propor um modelo de espalhamento de HPAIV na região do PNLP. Com esta finalidade, realizamos uma avaliação (i) da presença de anticorpos contra AI, ND e MG nas aves de subsistência por ELISA, (ii) da presença dos agentes de AI e ND por RT-PCR em tempo real nas aves de subsistência, (iii) dos possíveis fatores de risco associados aos patógenos e (iv) das consequências da introdução de HPAIV na região através de um modelo matemático de espalhamento. Nas propriedades de aves de subsistência amostradas da região, foi detectada a presença de anticorpos contra AI, ND e MG na frequência de 4,2%, 87,5% e 58,3%, respectivamente. Todas as amostras foram negativas no RT-PCR em tempo real realizado para AI e ND. A avaliação de fatores de risco foi possível nas propriedades soropositivas para ND e MG, possibilitando realizar-se a primeira análise de fatores de risco para estes agentes em aves de subsistência no Brasil. Para ND, o risco foi maior nas propriedades nas quais os criadores adotam a prática de reposição própria para manter a criação (PR=1,64; 95% IC: 1,11 – 2,42). Além disso, o aumento na distância das granjas em relação ao estuário da Laguna do Peixe diminui o risco para ND (PR=0,94; 95% IC: 0,90 – 0,99). Já para MG, foram considerados fatores de risco a prática de confinar as aves (PR = 3,40, 95% IC: 1,93 – 5,99) e a interação entre a “troca de aves ou ovos com outros produtores e vizinhos possuírem aves” (PR = 2,16, 95% IC: 1,24 – 3,76). Nas simulações da modelagem matemática de espalhamento de HPAIV na região, a maioria das propriedades se tornaria infectada até o 30º dia de infecção. Além disso, na média das simulações, a infecção atingiria em torno de 80 a 90% das propriedades, alcançando até 30 km de distância do caso índice. Os resultados indicam a circulação de patógenos associados a aves migratórias na região do PNLP. Devido à detecção destes nas aves de subsistência, estas podem ser consideradas sentinelas destes agentes na região. Além disso, os dados obtidos incrementam o conhecimento sobre o espalhamento e a dinâmica dessas doenças em propriedades com aves de subsistência, bem como sobre os indicadores de risco para ocorrência. Estes dados podem ser utilizados para o estabelecimento de medidas de biossegurança e de manejo adequados para este tipo de criação e de programas de monitoria visando à contenção da disseminação de patógenos. / Pathogens associated with migratory birds can cause disease in domestic birds. Backyard poultry are possible source of pathogens dissemination due to the lack of biosecurity measures and the contact with wild birds. The region of Lagoa do Peixe National Park (PNLP), in Rio Grande do Sul state, Brazil, is characterized as an important site for migratory birds. Thus, it is a possible interface place for migratory and backyard birds. Avian influenza (AI) is the most important respiratory disease associated with migratory birds, the main virus disseminating agents. Previous studies have indicated a risk for introduction of higly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) in PNLP region. However, the impact and spreading pattern of AI virus in this region is unknown due to the lack of disease reports. It is noteworthy that other respiratory diseases, such Newcastle Disease (ND) and micoplasmosis due to Mycoplasma gallisepticum (MG), are also associated with migratory birds and can cause disturbances in domestic poultry. In this context, the aims of this work are to perform an epidemiological survey of respiratory diseases associated with migratory birds in backyard poultry and to propose a model of HPAIV spreading in PNLP region. For this, it was evaluated (i) the presence of antibodies against AI, ND and MG in backyard poultry by ELISA, (ii) the presence of AI and ND virus in backyard poultry by real time RT-PCR, (iii) the potential risk factors associated with these pathogens, and (iv) the consequences of HPAIV introduction in PNLP region using a mathematical model of virus spreading. In the sampled properties, frequency of antibodies against AI, ND and MG were 4.2%, 87.5% and 58.3%, respectively. All samples were negative for AI and ND in real time RT-PCR analysis. The first evaluation of risk factors associated to ND or MG in backyard poultry from Brazil was performed in this work. For ND, the risk was increased in the properties in which farmers used their own replacement poultry to restock their flock (PR=1.64; 95% CI: 1.11–2.42). Furthermore, the increasing distance of the household flock to the “Laguna do Peixe” estuary is associated with decreasing NDV seropositivity (PR=0.94; 95% CI: 0.90 – 0.99). For MG, seropositivity was significantly associated with bird confinement (PR = 3.40, 95% CI: 1.93 – 5.99) and with interaction between “poultry/egg exchange and neighbors have poultry” (PR = 2.16, 95% CI: 1.24 – 3.76). In the simulations from the mathematical model of HPAIV spreading in PNLP region, most of the properties of this region would become infected up to 30 days outbreak beginning. Moreover, the infection would affect about 80 to 90% of the properties from the region, reaching up to 30 km distance from the index case. The results showed the circulation of pathogens associated with migratory birds in PNLP region. Since these pathogens were detected in backyard poultry, these birds can be considered sentinels for these agents in this region. Additionally, the data obtained improve the knowledge on spreading and dynamics of these diseases in properties with backyard poultry, as well as on potential risk factors. The set of these results can be useful to development of adequate biosecurity procedures for backyard flocks and surveillance programs to avoid pathogen dissemination.

Patógenos associados a aves migratórias podem causar doenças em aves domésticas. As aves de subsistência são possíveis fontes de disseminação destes patógenos pela ausência de biossegurança na criação e pelo contato com aves silvestres. A região do Parque Nacional da Lagoa do Peixe (PNLP), no Rio Grande do Sul, se caracteriza como um importante sítio de aves migratórias. Devido a isto, é possível uma interface entre aves migratórias e aves de subsistência criadas na região. A influenza aviária (AI) é a principal doença associada a aves migratórias que afeta o sistema respiratório, sendo estas os principais disseminadores do vírus. Estudos prévios indicam que há risco de introdução de um vírus de AI de alta patogenicidade (HPAIV) na região. Porém, o padrão e impacto do espalhamento deste patógeno na região é desconhecido, visto a ausência de relatos. Cabe ressaltar que outras enfermidades respiratórias, como a Doença de Newcasle (ND) e a micoplasmose por Mycoplasma gallisepticum (MG), também são associadas a aves migratórias e podem causar doenças em aves domésticas. Neste contexto, o objetivo deste trabalho é realizar um inquérito epidemiológico de doenças respiratórias associadas a aves migratórias em aves de subsistência e propor um modelo de espalhamento de HPAIV na região do PNLP. Com esta finalidade, realizamos uma avaliação (i) da presença de anticorpos contra AI, ND e MG nas aves de subsistência por ELISA, (ii) da presença dos agentes de AI e ND por RT-PCR em tempo real nas aves de subsistência, (iii) dos possíveis fatores de risco associados aos patógenos e (iv) das consequências da introdução de HPAIV na região através de um modelo matemático de espalhamento. Nas propriedades de aves de subsistência amostradas da região, foi detectada a presença de anticorpos contra AI, ND e MG na frequência de 4,2%, 87,5% e 58,3%, respectivamente. Todas as amostras foram negativas no RT-PCR em tempo real realizado para AI e ND. A avaliação de fatores de risco foi possível nas propriedades soropositivas para ND e MG, possibilitando realizar-se a primeira análise de fatores de risco para estes agentes em aves de subsistência no Brasil. Para ND, o risco foi maior nas propriedades nas quais os criadores adotam a prática de reposição própria para manter a criação (PR=1,64; 95% IC: 1,11 – 2,42). Além disso, o aumento na distância das granjas em relação ao estuário da Laguna do Peixe diminui o risco para ND (PR=0,94; 95% IC: 0,90 – 0,99). Já para MG, foram considerados fatores de risco a prática de confinar as aves (PR = 3,40, 95% IC: 1,93 – 5,99) e a interação entre a “troca de aves ou ovos com outros produtores e vizinhos possuírem aves” (PR = 2,16, 95% IC: 1,24 – 3,76). Nas simulações da modelagem matemática de espalhamento de HPAIV na região, a maioria das propriedades se tornaria infectada até o 30º dia de infecção. Além disso, na média das simulações, a infecção atingiria em torno de 80 a 90% das propriedades, alcançando até 30 km de distância do caso índice. Os resultados indicam a circulação de patógenos associados a aves migratórias na região do PNLP. Devido à detecção destes nas aves de subsistência, estas podem ser consideradas sentinelas destes agentes na região. Além disso, os dados obtidos incrementam o conhecimento sobre o espalhamento e a dinâmica dessas doenças em propriedades com aves de subsistência, bem como sobre os indicadores de risco para ocorrência. Estes dados podem ser utilizados para o estabelecimento de medidas de biossegurança e de manejo adequados para este tipo de criação e de programas de monitoria visando à contenção da disseminação de patógenos. / Pathogens associated with migratory birds can cause disease in domestic birds. Backyard poultry are possible source of pathogens dissemination due to the lack of biosecurity measures and the contact with wild birds. The region of Lagoa do Peixe National Park (PNLP), in Rio Grande do Sul state, Brazil, is characterized as an important site for migratory birds. Thus, it is a possible interface place for migratory and backyard birds. Avian influenza (AI) is the most important respiratory disease associated with migratory birds, the main virus disseminating agents. Previous studies have indicated a risk for introduction of higly pathogenic avian influenza virus (HPAIV) in PNLP region. However, the impact and spreading pattern of AI virus in this region is unknown due to the lack of disease reports. It is noteworthy that other respiratory diseases, such Newcastle Disease (ND) and micoplasmosis due to Mycoplasma gallisepticum (MG), are also associated with migratory birds and can cause disturbances in domestic poultry. In this context, the aims of this work are to perform an epidemiological survey of respiratory diseases associated with migratory birds in backyard poultry and to propose a model of HPAIV spreading in PNLP region. For this, it was evaluated (i) the presence of antibodies against AI, ND and MG in backyard poultry by ELISA, (ii) the presence of AI and ND virus in backyard poultry by real time RT-PCR, (iii) the potential risk factors associated with these pathogens, and (iv) the consequences of HPAIV introduction in PNLP region using a mathematical model of virus spreading. In the sampled properties, frequency of antibodies against AI, ND and MG were 4.2%, 87.5% and 58.3%, respectively. All samples were negative for AI and ND in real time RT-PCR analysis. The first evaluation of risk factors associated to ND or MG in backyard poultry from Brazil was performed in this work. For ND, the risk was increased in the properties in which farmers used their own replacement poultry to restock their flock (PR=1.64; 95% CI: 1.11–2.42). Furthermore, the increasing distance of the household flock to the “Laguna do Peixe” estuary is associated with decreasing NDV seropositivity (PR=0.94; 95% CI: 0.90 – 0.99). For MG, seropositivity was significantly associated with bird confinement (PR = 3.40, 95% CI: 1.93 – 5.99) and with interaction between “poultry/egg exchange and neighbors have poultry” (PR = 2.16, 95% CI: 1.24 – 3.76). In the simulations from the mathematical model of HPAIV spreading in PNLP region, most of the properties of this region would become infected up to 30 days outbreak beginning. Moreover, the infection would affect about 80 to 90% of the properties from the region, reaching up to 30 km distance from the index case. The results showed the circulation of pathogens associated with migratory birds in PNLP region. Since these pathogens were detected in backyard poultry, these birds can be considered sentinels for these agents in this region. Additionally, the data obtained improve the knowledge on spreading and dynamics of these diseases in properties with backyard poultry, as well as on potential risk factors. The set of these results can be useful to development of adequate biosecurity procedures for backyard flocks and surveillance programs to avoid pathogen dissemination.

Made available in DSpace on 2015-06-12T14:01:14Z (GMT). No. of bitstreams: 2 54.pdf: 1028475 bytes, checksum: d2d42ea5ee44212711e7935436caa735 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Nas últimas quatro décadas espécies de Campylobacter spp. têm sido reconhecidas como patógenos emergentes e despontaram como importantes agentes de gastrenterites de origem alimentar em várias partes do mundo. No Brasil, cabe aos órgãos normatizadores e à Vigilância Sanitária assegurar o cumprimento das legislações a fim de garantir a segurança dos alimentos comercializados e preservar a saúde do consumidor. O objetivo deste estudo foi verificar a ocorrência das espécies termofílicas de Campylobacter em 30 amostras de carcaças resfriadas de frango adquiridas no comércio do Município do Rio de Janeiro. A preparação das amostras e o isolamento de colônias suspeitas de Campylobacter spp. foram realizados de acordo com os protocolos descritos no Compendium of Methods for the Microbiological Examination of Foods, APHA. A confirmação de Campylobacter spp. foi feita pelo teste de aglutinação em látex e a diferenciação das espécies foi realizada pela bioquímica convencional e pela abordagem molecular. Foi proposto, neste estudo, a utilização da Duplex PCR para amplificar os genes 16S rRNA e o gene da oxirredutase, para a detecção das espécies do gênero Campylobacter e da espécie C. jejuni respectivamente. O plaqueamento direto das amostras, utilizando meios de cultivo seletivos, foi mais eficiente no isolamento de Campylobacter spp. do que a etapa de enriquecimento seletivo. / During the last four decades, different species of Campylobacter spp. have been recognized as emerging pathogens and important agents of gastroenteritis from food source worldwide. In Brazil, health authorities are responsible for the surveillance of foods in order to preserve the health of the population. The aim of this study was to determine the proportion of thermophilic Campylobacter species among 30 chilled chicken carcasses samples purchased in the Rio de Janeiro City. Sample preparation and isolation of suspected Campylobacter spp. colonies were performed according to the protocols described in the Compendium of Methods for the Microbiological Examination of Foods, APHA. Campylobacter spp. confirmation was performed with the latex agglutination test and species differentiation was carried out through biochemistry tests and molecular approach. A Duplex-PCR approach has been proposed through amplification of 16S rRNA and oxidoreductase genes, for the detection of the genera Campylobacter and C. jejuni respectively. Direct plating of samples using selective culture media, was more efficient for the isolation of Campylobacter spp. then the selective enrichment step. We detected the presence of Campylobacter spp. in 21 samples (70%), six (28,6%) from slaughterhouses, eight (38,1%) from supermarkets and seven (33,3%) from street markets. Two (9,6%) out of 21 isolates were identified as C. coli, 18 (85,7%) as C. jejuni and one isolate showed after 7 days an ambiguous result by biochemical tests. Duplex PCR confirmed the biochemical results for C. coli and detected 19 (90,48%) C. jejuni after 4 hours. Our results suggest that the implementation of rapid and reliable methods for the detection of this food pathogen in poultry may contribute for the improvement of food surveillance systems and public health surveillance.

Made available in DSpace on 2016-03-10T13:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 paola_silva_ioc_dout_2015.pdf: 5954809 bytes, checksum: 02b143793e3dbd017a0d95c668d3108c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A primeira detecção do vírus Influenza A (H1N1)pdm09 no Brasil aconteceu em maio de 2009, e foi seguida de uma extensa disseminação por toda a população brasileira, com grande impacto em morbidade e mortalidade. Para entender a dinâmica molecular do Influenza A (H1N1)pdm09 no país, a presente tese reuniu sete trabalhos que abordaram a análise filogenética deste agente viral durante e após o período pandêmico (2009 a 2014) e buscou indentificar polimorfismos virais associados à virulência e à resistência ao antiviral Oseltamivir (OST). Para isso, as metodologias realizadas foram o sequenciamento dos genes de hemaglutinina (HA) e neuraminidase (NA) utilizando a metodologia de Sanger e a metodologia de pirosequenciamento para detectar polimorfismos de base única (SNPs). Nossos resultados revelaram a circulação de nove grupos filogenéticos ao longo dos cinco anos do estudo, indicando uma substituição temporal dos grupos e ocasionalmente uma estratificação geográfica. No entanto, nenhum dos grupos filogenéticos identificados foram associados com um pior prognóstico da infecção por influenza. Ao contrário do que foi observado em estudos anteriores, as mutações K-15E e Q310H no gene HA não se associaram ao aumento de virulência, mesmo na infecção de indivíduos imunocomprometidos. Por outro lado, polimorfismos no resíduo 222 da HA, que caracterizaram a presença de quasispecies virais, mostraram uma forte associação com a gravidade da infecção, especialmente em gestantes. Nesta tese, também realizamos a vigilância de marcadores de resistência no gene NA. Entre as amostras analisadas encontramos sete vírus com a mutação H275Y e dois com S247N, esses marcadores estão relacionados com a diminuição de sensibilidade ao antiviral OST Entre as amostras resistentes, a grande maioria foi detectada na região Sul do Brasil, em pacientes que não receberam OST. Isto sugere uma possível transmissão sustentada do vírus resistentes no país. Embora variantes H275Y resistentes apresentem baixa aptidão viral, a propagação deste vírus pode ocorrer com o ganho de mutações permissivas nos genes HA ou NA. No Brasil, o vírus que circulam desde 2011 apresentaram mutações V241I e N369K no gene NA, que foram, teoricamente, associadas a uma maior aptidão viral da variante resistente. Diante disso, cinco anos após a pandemia observamos que o vírus A (H1N1)pdm09 está estabelecido na população humana com várias substituições genéticas quando comparado com a sequencia da cepa vacinal A/California/07/2009. A maioria destas substituições parecem não ocasionar uma maior gravidade da infecção, e esta pode ser atribuída a outros fatores, tais como fatores genéticos do hospedeiro. Por fim, considerando o risco de surgimento e disseminação de vírus resistentes é importante reforçar o monitoramento viral e também realizar estudos para novas drogas antivirais / The Influenza A (H1N1)pdm09 virus was first detecte d in May 2009 in Brazil and later resulted in an extensive spread throughout the Brazilian pop ulation with a severe impact on morbidity and mortality. To understand the molecular dynamic of ( H1N1)pdm09 virus in Brazil this thesis grouped seven papers which approached the phylogenetic reco nstruction of the virus during and after the pandemic period (2009 to 2014) and the genomic iden tification of viral polymorphisms associated with virulence or antiviral resistance to Oseltamivir (O ST). For this, we performed genome sequencing, focusing especially on the hemagglutinin (HA) and n euraminidase (NA) genes using conventional Sanger sequencing and PyroMark 96ID to detect singl e nucleotide polymorphisms (SNPs). Our results showed that in Brazil nine (H1N1)pdm09 phylogenetic groups circulated along the five years of the study, indicating a temporal repl acement of groups and ocasionally a geographic stratification. However, no phylogenetic group seem ed to be associated with a worse clinical outcome. The increased virulence observed in previous studie s with a 2009 group bearing the genetic markers K-15E and Q310H was not confirmed in our analyses, even evaluating an immunocompromised population. On the other hand, polymorphysms at pos ition 222 of HA gene, which characterized the presence of viral quasispecies, showed an associati on with increased virulence in brazilian samples, especially in pregnant women. In this study we also performed surveillance of resistance markers at the NA gene. From the analysed samples we found sev en viruses with H275Y and two with S247N mutation, that diminish the sensibility to oseltami vir (OST). Among the resistant samples, the large majority was detected in the Southern region of Bra zil in patients that did not receive OST. This suggests a possible sustained transmission of resis tant virus in the country. Although resistant H275Y variants have low viral fitness, the spread of this virus can occur with the gain of permissive mutati ons in the HA or NA genes. In Brazil, viruses circulati ng since 2011 presented mutations V241I and N369K in the NA gene, which were theoretically associated with greater viral fitness. Five years after the pandemic we observed that A (H 1N1)pdm09 is established in the population with genetic substitutions in all gene s egments when compared to the vaccine strain A/California/07/2009. We demonstrated that the majo rity of those substitutions did not increase the severity of infection. The worst clinical outcomes may be attributed to other factors, such as genetic host factors. Finally, considering the risk of emer gence and spread of resistant viruses it is importa nt to strengthen viral surveillance and also carry out studies for new antiviral drugs

OCADAQUE, Crister José. Aspectos clínicos e epidemiológicos de pneumonias infantis associadas aos quatro tipos de vírus para influenza em Fortaleza-CE. 2016. 103 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2016. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T11:26:05Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-09T12:04:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_cjocadaque.pdf: 1569940 bytes, checksum: bc55859f7cca818d6f776db743ba6e35 (MD5) Previous issue date: 2016 / Pneumonia are public health problems worldwide, especially in children younger than five years old. Human parainfluenza virus (HPIV-1, 2 and 3) are common agents of pneumonia, little was know about the involvement of HPIV-4 due to difficulties of isolation in cell culture, the absence of antigens specific for this virus in panels routine detection of respiratory viruses, and are associated only with cases of mild respiratory infections. The aim of this study is to describe the clinical and epidemiological profile of pneumonia caused by four types of HPIV in the study population, from January 2013 to December 2014. To this end, nasopharyngeal aspirates of 542 children under five treated at Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), who were diagnosed with pneumonia, were subjected to RT-PCR for the detection of HPIV-1, 2, 3 and 4. These samples had been previously analyzed by indirect immunofluorescence for respiratory syncytial virus (RSV), influenza (A and B), adenovirus, and HPIV (1, 2 and 3). The HPIV were detected in 165 cases, followed by RSV (136), adenovirus (34) and influenza (30). Clinical and epidemiological characteristics of pneumonia by HPIV were analyzed in 104 samples with isolated infection with one of four types of HPIV. The HPIV most frequently detected, in descending order, were the HPIV-3 types (64.42%), HPIV-4 (19.23%), HPIV-1 (14.42%) and HPIV-2 (1.92 %). The HPIV-4 was the most associated with co-infection. The HPIV-4 was the only HPIV whose circulation was associated with the rainy season of two years of study (p <0.0001). The HPIV-3 and HPIV-1 had a circulation peak associated with the dry season. The HPIV are frequent agents of pneumonia in children younger than five years in the city of Fortaleza. / As pneumonias são problemas de saúde publica mundial, especialmente em crianças menores que cinco anos de idade. Os vírus parainfluenza (VPI-1, 2 e 3) são agentes frequentes de pneumonia, pouco se conhecendo sobre a participação do VPI-4 devido a dificuldades do seu isolamento em cultura de células, a ausência de antígenos específicos para este vírus nos painéis de rotina de detecção dos vírus respiratórios, além de serem relacionados apenas a casos de infecções respiratórias leves. O objetivo do presente estudo é descrever o perfil epidemiológico e clínico das pneumonias causadas pelos quatro tipos de VPI na população de estudo, no período de janeiro de 2013 a dezembro de 2014. Para tanto, aspirados nasofaríngeos de 542 crianças de até cinco anos atendidas no Hospital Infantil Albert Sabin (HIAS), que receberam o diagnóstico de pneumonia, foram submetidos à RT-PCR para a detecção dos VPI-1, 2 e 3 e 4. Estas amostras tinham sido analisadas anteriormente por imunofluorescência indireta para vírus sincicial respiratório (VSR), influenza (A e B), adenovírus e VPI (1, 2 e 3). Os VPI foram detectados em 165 casos, seguido de VSR (136), adenovírus (34) e influenza (30). As características clínicas e epidemiológicas de pneumonias pelos VPI foram analisadas em 104 amostras que apresentaram infecção isolada por um dos quatro tipos de VPI. Os VPI mais frequentemente detectados, em ordem decrescente, foram os tipos VPI-3 (64,42%), VPI-4 (19,23%), VPI-1(14,42%) e VPI-2 (1,92%). O VPI-4 foi o mais associado a co-infecções. O VPI-4 foi o único VPI cuja circulação esteve associada à estação chuvosa dos dois anos de estudo (p<0,0001). O VPI-3 e o VPI-1 apresentaram pico de circulação associado à estação seca. Os VPI são agentes frequentes de pneumonias em crianças menores que cinco anos na cidade de Fortaleza.

Made available in DSpace on 2011-05-04T12:36:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010 / A gripe aviária é considerada uma zoonose emergente e refere-se às condições causadas por um grupo de vírus influenza que afeta principalmente as aves. A gripe aviária foi considerada a principal candidata a se tornar a primeira pandemia de gripe do século. E essa ameaça invadiu o cotidiano de forma avassaladora. Ela não passou ilesa pelos meios de comunicação. O objetivo principal desse estudo foi investigar os processos de significação da gripe aviária, através de narrativas construídas pelos meios de comunicação. Diante do frenético espetáculo global de sentidos, procurou-se nas páginas noticiosas e na narrativa cinematográfica desvelar os processos de significação envolvendo a gripe aviária, valendo-se do método indiciário, da semiótica e da leitura isotópica. A leitura isotópica permitiu isolar as redes temáticas Ameaça , Ciência e Guerra . Em cada uma delas, discute-se como a ficção e a notícia atuam como vertente da realidade, compondo narrativas que formam um tecido no meio do qual nos situamos. A partir dos elementos figurativos que compõem a rede temática ameaça, foi observado como a gripe aviária se tornou tão visível nas páginas noticiosas e na narrativa cinematográfica que não houve questionamentos se ela realmente existia ou não. Na rede temática ciência , discute-se as respostas da ciência e da tecnologia diante dos riscos e incertezas da gripe aviária e como elas repercutiram nos meios de comunicação. Foi abordada ainda a multiplicidade de respostas diante da ameaça da gripe aviária e como a temática da guerra se revelou em direção às políticas de emergência. A gripe aviária invadiu o sistema imune de nossa cultura tecnológica. O fazer sentido da gripe aviária é um assunto cultural, mesmo se desempenhando nos domínios da tecnociência. Ela se espalhou pela governância, pelo âmbito midiático, pelo comércio e afetou nossas vidas. Como risco, ela se tornou real o suficiente para difundir um senso de urgência e justificar ações preventivas. / Bird flu is considered an emerging zoonosis and refers to conditions caused by a group of influenza viruses that primarily affects birds. Avian influenza was considered the leading candidate to become the century first pandemic of influenza. And that threat has invaded daily life in an overwhelming way. It did not get unharmed by the media. The main objective of this study was to investigate the processes of signification of avian influenza through narratives constructed by the media. Given the frenetic global spectacle of the senses, we tried in the newspapers and in the film narrative to reveal the processes of meaning involving avian flu, drawing on sing-based method, semiotics and isotopic analysis. Isotopic analysis allowed to isolate thematic frameworks, such as: Threat, Science and War. In each, we discuss how the news and fiction work as part of reality, composing narratives that form a fabric in the middle of which we stand. From the figurative elements that make up the thematic framework. Threat, it was observed how avian flu has become so visible in the newspapers and in the film narrative that there were questions if the epidemic really existed or not. The thematic framework Science discusses the responses of science and technology, facing the risks and uncertainties of avian influenza and how they reverberated in the media. It has also been addressed the multiplicity of responses to the threat of avian influenza and how the theme of War was revealed toward the politics of emergency. Bird flu has invaded the immune system of our technological culture. The making sense of avian influenza is a cultural matter, even if playing in the fields of science and technology. It spread to government, the scope of media, commerce and affected our lives. As risk, it has become real enough to spread a sense of urgency and justify preventive action.

Os vírus da influenza aviária têm provocado epidemias e pandemias através dos tempos, a pandemia mais devastadora que se tem notícia, a gripe espanhola em 1918, teve sua origem no vírus aviário do tipo A subtipo H1N1. Desde 2003 o vírus aviário do subtipo H5N1 infectou 442 pessoas e levou a morte 262. Além do aspecto de saúde os vírus da gripe aviária causam grande impacto econômico. O Brasil como maior exportador de frango do mundo tem muito a perder caso a gripe aviária chegue ao país. Devido às aves selvagens serem o reservatório natural influenza A, é que se faz necessário a execução do monitoramento. Apesar de existir programas de monitoramento contínuo de aves selvagens na Europa, EUA, Canadá, Japão entre outros, pouco foi feito no Brasil. Amostras coletadas de 671 aves foram testadas por meio das técnicas de GeneScan, PCR em tempo real e RT-PCR e Duplex Nested-PCR. / The avian influenza virus has caused epidemics and pandemics through the ages, the most devastating pandemic that we know, the Spanish flu in 1918, had its origin in the avian virus type A subtype H1N1. Since 2003 the avian virus subtype H5N1 has infected 442 people and led to death 262. Besides the health aspect of the avian influenza viruses cause major economic impact. Brazil as the largest exporter of chicken in the world has much to lose if bird flu reaches the country. Because wild birds are the natural reservoir of influenza A, is that it is necessary to implement the monitoring. Although programs exist for continuous monitoring of wild birds in Europe, USA, Canada, Japan and others, little has been done in Brazil. Samples collected from 671 birds were tested by GeneScan techniques, real-time PCR and RT-PCR and nested-PCR Duplex.

Submitted by Alexandre Sousa (alexandre.sousa@incqs.fiocruz.br) on 2014-08-01T14:25:54Z No. of bitstreams: 1 Tese Waldyr.pdf: 1037034 bytes, checksum: 0951d0a31dbee3d54d18141b2e411b8d (MD5) / Made available in DSpace on 2014-08-01T14:25:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Waldyr.pdf: 1037034 bytes, checksum: 0951d0a31dbee3d54d18141b2e411b8d (MD5) Previous issue date: 2014 / Rio de Janeiro. Secretaria de Estado de Desenvolvimento Regional, Abastecimento e Pesca / No presente trabalho, foi realizada uma revisão bibliográfica sobre o vírus influenza, enfatizando sua ação e correlacionando-o com as espécies aviárias, com enfoque diferenciado para os pombos domésticos (Columba livia domestica). Alguns aspectos tais como as condições ambientais, o estreito contato com o homem e a disseminação destas aves nos centros urbanos e em diferentes pontos do mundo, foram considerados. Durante o estudo da interação entre homens e pombos, outro agente patogênico mereceu atenção, por ocasião da revisão bibliográfica e por ser considerado o impacto financeiro causado na avicultura, o vírus da doença de Newcastle. Concomitante à revisão, foram analisadas 322 amostras de fezes de pombos, coletadas em praças públicas em várias áreas do município do Rio de Janeiro. Para tal análise foram utilizadas diferentes técnicas, tais como: inoculação em ovos embrionados, hemaglutinação, inibição da hemaglutinação e reação da polimerase em cadeia. As amostras testadas não apresentaram atividade hemaglutinante, bem como, não apresentaram positividade para a presença do vírus influenza e nem para o vírus da Doença de Newcastle, quando submetidas à prova de PCR. Com isto, pôde-se verificar a inexistência dos vírus na população de aves estudada, o que demonstrou não oferecer risco potencial para transmissão destas patologias, no presente momento. / In the present work, influenza was carried through a bibliographical revision on the virus, emphasizing its action and correlating it with the avian species, with approach differentiated for the domestic pigeons (Columba livia domestica). Some aspects such as the ambient conditions, the narrow contact with the man and the dissemination of these birds in the urban centers at different points of the world had been considered. During the study of the interaction between men and pigeons, another pathogenic agent had deserved attention, for occasion of the bibliographical revision, to caused financial impact in the poultry keeping, the virus of Newcastle disease. Concomitant to the bibliographical revision, 322 excrement samples had been analyzed of pigeons, collected in public squares in some areas of the city of Rio de Janeiro. For such analysis, different techniques had been used, such as: inoculation in embrionatted eggs, hemaglutination, inhibition of the hemaglutination and polymerase chain reaction. The tested samples had not presented hemaglutination activity, as well as, had not presented positivism for the presence of the virus influenza and nor for the Newcastle virus when submitted to the test of PCR. With this, the inexistence of the viruses in the studied population of birds could not be verified, what it demonstrated not to offer potential risk for transmission of these pathologies, in the present moment.

Os vírus da influenza aviária têm provocado epidemias e pandemias através dos tempos, a pandemia mais devastadora que se tem notícia, a gripe espanhola em 1918, teve sua origem no vírus aviário do tipo A subtipo H1N1. Desde 2003 o vírus aviário do subtipo H5N1 infectou 442 pessoas e levou a morte 262. Além do aspecto de saúde os vírus da gripe aviária causam grande impacto econômico. O Brasil como maior exportador de frango do mundo tem muito a perder caso a gripe aviária chegue ao país. Devido às aves selvagens serem o reservatório natural influenza A, é que se faz necessário a execução do monitoramento. Apesar de existir programas de monitoramento contínuo de aves selvagens na Europa, EUA, Canadá, Japão entre outros, pouco foi feito no Brasil. Amostras coletadas de 671 aves foram testadas por meio das técnicas de GeneScan, PCR em tempo real e RT-PCR e Duplex Nested-PCR. / The avian influenza virus has caused epidemics and pandemics through the ages, the most devastating pandemic that we know, the Spanish flu in 1918, had its origin in the avian virus type A subtype H1N1. Since 2003 the avian virus subtype H5N1 has infected 442 people and led to death 262. Besides the health aspect of the avian influenza viruses cause major economic impact. Brazil as the largest exporter of chicken in the world has much to lose if bird flu reaches the country. Because wild birds are the natural reservoir of influenza A, is that it is necessary to implement the monitoring. Although programs exist for continuous monitoring of wild birds in Europe, USA, Canada, Japan and others, little has been done in Brazil. Samples collected from 671 birds were tested by GeneScan techniques, real-time PCR and RT-PCR and nested-PCR Duplex.