Les travaux présentés dans ce mémoire traitent de la conception des chaînes éditoriales Numériques XML : des logiciels de production documentaire qui outillent la rédaction de et l'assemblage de ces fragments pour former des documents. fragments La publication des documents s'opère par transformation de fragments XML en documents numériques aux formats standards. La composition des fragments permet d'instrumenter la rééditorialisation documentaire soit l'usage de contenus existants dans la rédaction de documents originaux. La production de documents rééditorialisés implique une modification de la représentation logique des documents de la forme classique d'arbre à celle de graphe de fragments liés entre eux. Ces travaux s'intéressent aux limites rencontrées lorsque la complexité du graphe devient un frein à la production de documents cohérents.Nous avons élaboré une théorie pour la conception des chaînes éditoriales qui s'appuie sur deux approches complémentaires s'articulant autour de la figure de l'atelier - soit l'environnement d'écriture des fragments - pour accompagner les rédacteurs dans l'édition de graphes complexes.La première approche est une articulation interne à l'atelier. Nous proposons de modéliser des fragments pragmatiques dont l'enjeu est d'assister les rédacteurs dans la gestion des fragments tout en enregistrant l'activité sur le graphe. Ces fragments participent à la documentarisation de l'activité puisqu'ils produisent et mettent à jour une documentation des actions opérées sur le graphe.La seconde approche est une articulation externe à l'atelier. Nous proposons de structure rle graphe documentaire dans plusieurs ateliers en fonction des projets éditoriaux (projets de documents à publier) et auctoriaux (projets d'organisation de la production). L'enjeu est d'éclater le graphe dans plusieurs ateliers afin d'en simplifier la perception et donc la manipulation.Nous avons participé aux développements de la suite Scenari afin d'expérimenter notre approche théorique. Les modèles de fragments pragmatiques de la tâche, du fragment commenté, et les responsabilités et cycles de vie sur les fragments ont été développés afin de documentariser l'activité. Les ateliers calques et fragments proxys ont été conçus afin de structurer le graphe. Nos expérimentations nous ont permis de synthétiser une méthodologie pour la conception de chaînes éditoriales exploitant des graphes complexes. Nos travaux se concluent sur une réflexion épistémologique sur la recherche technologique et plus particulièrement sur ses modalités de validité. / This thesis deals with the design of digital XML publishing chains : document production software which allows writing fragments and composing them in order to publish documents. Document publication is computed by transforming XML fragments into digital documents in standard formats. The composition of the fragments allows the repurposing of existing contents into new documents.The writing of repurposed documents involves a change in the logical representation ofdocuments from the classical form of the tree to a graph of linked fragments. This work is dedicated to the limitations encountered when the complexity of the graph becomes an obstacleto the writing of consistent documents.We developed a theory for the design of publishing chains which is based on two complementary approaches around the concept of the writing workspace - the space where the authors write the fragments - to assist writers in the editing of complex graphs.The first approach is internal to the workspace. We propose to model pragmatic fragments intended to assist authors in fragment management while recording graph activity.These fragments are involved in the activity documentarisation since they produce and maintaina documentation of the actions performed on the graph.The second approach is external to the workspace. We propose to structure the graph asseveral workspaces based on publishing and authorial projects. The challenge is to distribute the graph over several workspaces in order to simplify their perception and handling.We participated in the development of Scenari in order to experiment our theoretical approach. The pragmatic fragment models of the task, of the commented fragment, and of there sponsibilities and life cycles on fragments were developed to document the activity. The layerworkspaces and proxy fragments were designed to structure the graph. Our experiments allowed us to summarize a methodology for designing publishing chains which handle complex graphs. Our work is concluded with an epistemological approach in order to qualify and evaluate this technological research.

La chimie des thiols est un outil puissant et polyvalent pour la préparation de polymères et de matériaux fonctionnels. La fonction thiol est cependant incompatible avec la polymérisation radicalaire. Au cours de cette thèse, l'évaluation de fonctions thiocarbonyl et thioester en tant que groupements protecteurs de thiols lors de polymérisations radicalaires contrôlées a montré que le groupement xanthate, ou dithiocarbonate, est un excellent groupement protecteur. Des copolymères polythiol linéaires bien définis ont ainsi pu être synthétisés à partir d'un monomère méthacrylate portant une fonction xanthate. Les polythiols pouvant conduire à des réactions de réticulation via la formation de ponts disulfure, des séquences monotopes de déprotection par aminolyse et fonctionnalisation des polythiols via différentes réactions thiol-X ont ensuite été mises au point. Les monomères fonctionnels xanthate ont ensuite été mis à profit pour synthétiser des polymères branchés. L'aminolyse d'une partie des xanthates avant la polymérisation permet en effet d'obtenir des monomères thiol et ainsi d'introduire du transfert aux thiols lors de la polymérisation. Les polymères branchés fonctionnels obtenus présentent des viscosités plus faibles, ainsi qu'une structure plus compacte, que leurs analogues linéaires. / Thiol chemistry is a versatile and powerful tool for the preparation of functional polymers and materials. However, thiols are incompatible with radical polymerization. In this thesis, thiocarbonyl and thioester moieties were evaluated as thiol protecting groups for controlled radical polymerizations. The xanthate, or dithiocarbonate, moiety proved to be the best all-around protecting group, and well-defined polythiol copolymers were prepared from a methacrylate monomer carrying a xanthate moiety. As polythiol are prone to gel formation due to the formation of disulfide bridges, one-pot deprotection and functionalization were carried out via aminolysis and subsequent functionalization with different thiol-X reactions. The functional monomer carrying a xanthate group was then used to prepare branched polymers. Partial aminolysis of the xanthate moieties leads to monomers carrying a thiol group, which introduced transfer to thiol during the polymerization. The functional branched polymers obtained have lower viscosities and a more compact structure than their linear analogues.

L’ingénierie tissulaire est un domaine pluridisciplinaire visant l’élaboration de prothèses biologiques autologues. Dans cette stratégie, la fabrication de structures, appelées scaffolds, utilisées pour la culture cellulaire est nécessaire. Nous avons développé plusieurs méthodes de fabrication de ces structures tridimensionnelles. La première méthode (solvant casting/particulate leaching out) utilisant une solution de polymère et des particules sphérolisées de glucose comme porogène, permet l’obtention de structures possédant des pores sphériques et bien interconnectés. Nous avons montré que ces scaffolds sont biocompatibles et que leurs propriétés mécaniques en compression peuvent être ajustées. La seconde méthode, l’electrospinning, permet la fabrication de membranes fibreuses biocompatibles, dont le diamètre des fibres peut être contrôlé (de 800 nm à plusieurs micromètres). La troisième méthode de fabrication consiste à tricoter des fils de suture, élaborant ainsi des matrices hautement poreuses, dont le comportement en traction est similaire, dans sa forme, à celui d’un tendon ou d’un ligament. En couplant le procédé de tricotage et celui d’electrospinning, il est possible de construire des scaffolds, où des microfibres alignées sont déposées sur la surface des structures tricotées. Ce procédé innovant autorise un ensemencement cellulaire facile et efficace des scaffolds et nous avons montré que les cellules s’orientent spontanément selon la direction des fibres, imitant ainsi la morphologie des tendons et des ligaments. Dans une future utilisation, dans un bioréacteur appliquant de la traction-torsion cyclique, les microfibres vont pouvoir transmettre les déformations aux cellules et stimuler la synthèse de la matrice extracellulaire / Tissue engineering is a pluridisciplinary domain aiming at elaborating biological autologous prosthesis. In this strategy, the fabrication of structures, called scaffolds, used for cell culture is necessary. We developed several fabrication techniques of these three-dimensional structures. The first technique (solvent casting/particulate leaching out), involving a polymer solution and spherolized glucose particles, allows the elaboration of scaffolds, owing spherical and well interconnected pores. We showed that the scaffolds are biocompatible and that their mechanical properties in compression can be adjusted. The second technique, electrospinning, leads to the elaboration of biocompatible fibrous membranes whose fiber diameter can be controlled from 800 nm to several micrometers. The third technique of scaffold fabrication proceeds by the elaboration of knitted scaffolds from suture threads. The knitted scaffolds are highly porous and their tensile behavior is similar, in its shape, to the ligaments and tendons stress-strain curves. Using knitting and electrospinning, it has been possible to fabricate knitted scaffolds where aligned microfibers are deposited on their surface. This innovative process allows an easy and efficient cell seeding and we showed that cells are orientated along the fibers, mimicking thus tendons and ligaments morphology. In the future, theses scaffolds will be used in a bioreactor where cyclic traction and torsion will be applied. The aligned microfibers will be able to fully transmit the deformation to the cells, stimulating by this mean the extracellular matrix synthesis

La psychiatrie est une spécialité médicale qui vise à fournir un diagnostic et à traiter des troubles mentaux. Malgré des classifications internationalement reconnues, la catégorisation des patients selon des critères diagnostiques reste problématique. Les catégories actuelles peinent à prendre en compte l'hétérogénéité interindividuelle, les difficultés de délimitations des syndromes et l'influence sur les symptômes de nombreux facteurs dans l'histoire individuelle ou dans l'environnement. La recherche en psychiatrie nécessite une amélioration de la description des comportements, des syndromes ou des dysfonctionnements associés aux troubles psychiatriques. À cette fin, nous proposons OntoPsychia, une ontologie pour la psychiatrie, divisée en deux modules : les facteurs sociaux et environnementaux des troubles mentaux, et les troubles mentaux. L'utilisation d'OntoPsychia associée à des outils dédiés permettra la prise en compte des facteurs sociaux et environnementaux, la représentation de la comorbidité et une proposition de consensus autour des catégories descriptives des troubles psychiatriques. Dans un premier temps, nous avons développé les deux modules ontologiques selon deux méthodes différentes. La première propose une analyse de comptes rendus d'hospitalisation, tandis que la deuxième propose un alignement de différentes classifications psychiatriques, pour répondre au besoin de consensus. Dans un deuxième temps, nous avons développé un cadre méthodologique pour valider la structure et la sémantique des ontologies. / Psychiatry is a medical speciality that aims at providing diagnosis and treating mental disorders. Despite internationally acknowledged criteria leading to diagnostic categories, most psychiatric disorders are syndromes with common symptoms or dimensions between these diagnostic categories. In addition, the analysis of the prevalence and incidence of social and environmental risk factors of diseases is crucial to understand and treat them and might have significant impacts on policy decisions (therapeutic as well as the length or the cost of hospitalisation). This overlap between diagnoses and the heterogeneity within the defined diagnoses stresses the need to improve our capability to detect, to quantify the behaviour and to model the symptoms and the social and environmental risk factors associated to psychiatric disorders. To that end, we propose OntoPsychia, an ontology for psychiatry, divided in two modules: social and environmental factors of mental disorders and mental disorders. OntoPsychia associated with dedicated tools will help to perform semantic research in Patient Discharges Summaries (PDS), to represent comorbidity, to reach a consensus on descriptive categories of mental disorders. In a first step, we developed two ontological modules using two different methods. The first proposes an analysis of PDS, while the second proposes an alignment of psychiatric classifications to meet the need for consensus. In a second step, we have developed a methodological framework to validate the structure and semantics of ontologies.

L'ingénierie tissulaire vise à réparer les tissus endommagés et à récupérer les fonctions biologiques correspondantes. Afin de restaurer un tissu endommagé tel que le système nerveux, la conception et la fabrication de nouveaux types d’échafaudages tissulaires sont nécessaires. Dans ce travail, nous avons développé plusieurs techniques de microfabrication pour le polyfluorure de vinylidène (PVDF), un fluoropolymère thermoplastique, non réactif et piézoélectrique, qui peut être utilisé pour la culture cellulaire et l'ingénierie tissulaire. Nous avons tout d'abord étudié l'adhésion et la croissance cellulaire sur des substrats en PVDF avec des motifs micro et nanométriques en utilisant différentes techniques de fabrication telles que la micro-photolithographie, la lithographie douce, l’impression par microcontact, etc. L'influence de la micro-structuration sur les activités piézo-électriques du PVDF a été caractérisée par différentes méthodes d'analyses de surface (FTIR, XRD). Par la suite, nous avons effectué une étude systématique sur la fabrication de nanofibres de PVDF et leur compatibilité avec la culture cellulaire. Enfin, nous avons démontré la possibilité de doper ces nanofibres avec des nanoparticules magnétiques ce qui les rends excitables à distance par un champ magnétique / Tissue engineering aims at repairing damaged tissues and recovering the lost or degraded biological functions with artificial scaffolds. In order to meet the requirement for more complex functionality such as peripheral nerve reconstruction, new types of scaffold materials are needed. In this work, we developed several micro- and nanofabrication techniques to pattern polyvinylidene fluoride (PVDF), a highly non-reactive, piezoelectric, thermoplastic fluoropolymer, which can serve as new constituents for advanced tissue engineering. We first studied the feasibility of PVDF patterning using conventional photolithography, soft lithography and microcontact printing. The fabricated patterns were systematically characterized by surface analysis techniques (FTIR, XRD) and used for cell culture studies. Then, we developed a study on electrospinning of PVDF nanofibers. Our results showed that the fabricated PVDF nanofibers were compatible with cell-based assays. Finally, we doped electrospun PVDF nanofibers with magnetic nanoparticles, which should make them excitable with a remote magnetic field

Non-invasive remote detection of cardiac and blood displacements is an important topic in cardiac telemedicine. Here we propose kinocardiography (KCG), a non-invasive technique based onmeasurement of body vibrations produced by myocardial contraction and blood flow through thecardiac chambers and major vessels. KCG is based on ballistocardiography and seismocardiographyand measures 12 degrees-of-freedom (DOF) of body motion. The integral of kinetic energy (iK)and maximum Power (Pmax) obtained from the linear and rotational SCG/BCG signals, was computedover the cardiac cycle, and used as a marker of cardiac mechanical function. We showedthat KCG metrics show high repeatability, can be computed on 50 Hz and 1 kHz SCG/BCG signalsindifferently, that most of the metrics were highly similar when computed on different sensors,and with less than 5% of error when computed on record length longer than 60 s. Finally, weshow that KCG metrics allow detecting dobutamine-induced haemodynamic changes with a highaccuracy and present a major improvement over single axis ballistocardiography or seismocardiography.These results suggest that KCG may be a robust and non-invasive method to monitorcardiac inotropic activity. / La détection à distance et non invasive des déplacements cardiaques et sanguins est un sujet important en télémédecine. Nous proposons ici la kinocardiographie (KCG), une technique non invasive basée sur mesure des vibrations corporelles produites par la contraction du myocarde et par le flux sanguin au travers des cavités cardiaques et des principaux vaisseaux sanguins. La KCG est basée sur la balistocardiographie et la seismocardiographie et mesure 12 degrés de liberté (DOF) de mouvement corporel. L'intégrale de l'énergie cinétique (iK) et la puissance maximale (Pmax) obtenue à partir des signaux SCG / BCG linéaire et rotationnel, a été calculée au cours du cycle cardiaque, et sont utilisées comme marqueur de la fonction mécanique cardiaque. Ce travail montre que les métriques KCG sont caractérisées par une répétabilité élevée, peuvent être calculées sur des signaux SCG / BCG à 50 Hz et à 1 kHz indifféremment, que la plupart des métriques étaient très similaires lorsqu'elles étaient calculées sur différents capteurs, et avec moins de 5% d'erreur lors du calcul sur une longueur d'enregistrement supérieure à 60 s. Enfin ce travail montre que les métriques KCG permettent de détecter les changements hémodynamiques induits par la dobutamine avec précision et présentent une amélioration majeure par rapport à la balistocardiographie à un seul axe ou à la seismocardiographie. Ces résultats suggèrent que la KCG peut être une méthode robuste et non invasive pour surveiller l'activité inotrope du coeur. / Doctorat en Sciences de l'ingénieur et technologie / La défense publique a eu lieu le 05/05/2021. Cet upload remplace l'upload pécédent et contient les derniers commentaires du jury après la défense publique. / info:eu-repo/semantics/nonPublished

The 21st century brought tremendous changes in technologies, sweeping away every aspect of daily life, from social to private life, from education to professional world, at a breakneck pace. Medical science has not been spared by this colossal wave of changes: e-health, e-patients, e-physicians and e-medical students have already made their first appearance in the routine medical practice. Surgical robots, 3D printing, Artificial-Intelligence based imaging, smartwatches, wearable sensors are already used to improve diagnosis, personalize treatments and monitor patients’ health. Ballistocardiography (BCG) and seismocardiography (SCG) are ancient techniques which estimate the mechanical performance of the heart through measuring myocardial contraction-induced vibrations transmitted to the skin surface. They made their first appearance into clinic at the beginning of the 20th century to help in the diagnosis of cardiovascular diseases, but their popularity drastically declined in the middle of the 70s and they never had their place in clinical practice: cumbersome and complex equipment, ambiguity in the signal interpretation, unclear understanding of the physiological genesis of the signal, the advent of high-performing technologies (cardiac MRI, echocardiography) are a few of the reasons for their clinical failure. Thanks to the tremendous improvements in technologies, these techniques of the past came back to the medical world as wearable biosensors, first holding the promise of a remote and continuous monitoring of the cardiovascular status. Displacement, velocity and acceleration of blood mass flowing into cardiac chambers and main extracardiac vessels are recorded for each heartbeat along three cardinal axes and in two dimensions, a linear and a rotational one, by the renewed BCG and SCG, with 6 degrees-of-freedom (6D-BCG and 6D-SCG). By applying the Newtonian principles to the recorded signals, signal processing algorithms automatically compute the kinetic energy (KE) and its temporal integral (iK) for each cardiac cycle. This work first analyzed the influence of normal and pathological respiration as well as the effects of sympathetic overactivity on the genesis of the 6D-BCG and 6D-SCG signals and the iK parameters; secondary, it tested the usefulness of 6D-BCG and 6D-SCG techniques in the detection of cardiac dysfunction and hemodynamic impairment during acute myocardial infarction and reperfusion in an animal model for acute coronary syndrome. While breathing normally mildly affects cardiac iK parameters, pathological respiration profoundly alters them. During a sustained end-expiratory apnea, as it happens in patients suffering from central sleep apnea, the iK generated within a contractile cycle acutely increases at the end of the apnea, strictly depending on the magnitude of sympathetic activity; inspiring against a resistance, as it happens in patients suffering from obstructive sleep apnea, acutely increases the cardiac iK and this surge is related to the acute external force afterloading the left ventricle. So, whether it is a central apnea or an obstructive one, myocardial mechanical function as expressed in terms of iK is profoundly impaired, suggesting the myocardium is enduring a sustain endeavor during these pathological respirations. During an experimental acute myocardial infarction, in a context of mechanical ventilation without major respiratory events, iK parameters drastically drop during coronary occlusion and does not improve during reperfusion, along with systemic blood pressures and cardiac output, thus holding the promise to continuously monitor the cardiac contractile function and the hemodynamic profile both during acute coronary occlusion and reperfusion. Renewed and wearable 6D-BCG and 6D-SCG may prove useful in the detection and continuous monitoring of cardiac dysfunction and hemodynamic impairment in patients suffering from sleep disordered breathing and may be used in the mid-long-term follow-up of patients with myocardial dysfunction of ischemic origin. There is still a lot of work to do before validating these renewed technologies in the practice of cardiovascular medicine, but evidences are there to consider them as next generation medical devices. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished

L’explosion de la demande en données a imposé de nouvelles exigences en terme de débit de transmission qui sont de plus en difficiles à satisfaire sans accroître considérablement les consommations énergétiques dans les centres de données, points névralgiques des réseaux de télécommunications. Dans ce contexte, la photonique silicium est considérée comme la solution la plus adaptée pour répondre de ces problématiques en remplaçant les interconnexions métalliques par des liaisons optiques à base de silicium. Le modulateur électro-optique constitue l’un des composants clés de ces liaisons optiques. Cependant, la centrosymétrie du silicium empêche l’exploitation de l’effet Pockels, un phénomène d’optique non linéaire très efficace dans la conception de modulateurs à très grande bande passante et à faible consommation énergétique. Cette limitation peut être néanmoins contournée lorsque des contraintes mécaniques sont appliquées au silicium de façon à briser sa symétrie d’inversion. Plusieurs travaux théoriques et expérimentaux ont alors été entrepris récemment pour mettre en évidence et quantifier l’effet Pockels induit par contraintes dans le silicium. Mais la nature semi-conductrice du silicium rend l’analyse de l’effet Pockels profondément complexe et cela a soulevé une controverse quant à sa réelle existence dans le silicium contraint. En effet, l’influence des porteurs libres dans le silicium et aux interfaces engendrent un fort signal de modulation, noyant la signature de l’effet Pockels. Pour enrayer les effets de porteurs, la solution apportée par le travail de thèse a été d’étudier le signal de modulation à hautes fréquences (> 5 GHz). Plusieurs études hyperfréquences de l’effet Pockels ont donc été menées dans des structures photoniques en silicium contraint et seront présentées dans ce manuscrit de thèse. Les premières études ont été réalisées sur une plate-forme SOI et les résultats expérimentaux ont permis de mettre en évidence la présence d’un signal de modulation électro-optique à hautes fréquences et dont l’intensité dépend clairement de l’orientation cristallographique du silicium et de l’amplitude de la contrainte appliquée sur celui-ci. Sur la base d’un modèle théorique décrivant le tenseur de susceptibilité électrique du second ordre χ(²), un modèle multiphysique a été développé et a permis de décrire de manière très précise à la fois les résultats expérimentaux et la distribution spatiale du χ(²) dans des guides d’onde silicium contraints. Ces travaux ont également permis de montrer que les faibles intensités des champs électriques appliqués dans les guides d’onde silicium, dues à la distribution des porteurs, sont en grande partie responsable de la faible efficacité de modulation par effet Pockels. Une seconde étude a donc été menée sur une plate-forme SOI modifiée et permettant la conception de circuits électriques plus performants avec des champs électriques générés plus intenses. Les résultats expérimentaux obtenus montrent une amélioration d’un facteur 20 de l’efficacité de modulation par effet Pockels en comparaison des premières études. De plus, le modèle multiphysique a de nouveau permis de décrire ces résultats, renforçant donc davantage sa validité. L’ensemble de ces travaux ouvrent notamment comme perspectives la possibilité d’obtenir un diagramme de l’œil électro-optique dans la mesure où une contrainte plus importante est appliquée aux guides d’onde silicium. De plus, le modèle décrivant le tenseur de susceptibilité électrique du second ordre χ(²) peut également être exploité pour décrire le phénomène de génération de seconde harmonique en optique guidée dont l’existence reste encore ambiguë à l’heure actuelle. / The explosion of data demand imposed new requirements in terms of data transmission rate that are more and more difficult to meet without greatly increasing the power consumption in data centres, hot spots of telecommunications networks. In this context, silicon photonics is considered the most adapted solution to address these complex issues by replacing metallic interconnects by silicon-based photonic links. The electro-optic modulator is one major building block in such photonic links and ensure the conversion of data carried by an electric signal to an optical one. However, silicon being a centrosymmetric material, it cannot exhibit the Pockels effect, a very valuable optical nonlinear phenomenon used in most high-speed and low power consumption modulators. This limitation is nonetheless relaxed by applying deformations to the silicon lattice by means of stress in order to break its inversion symmetry. Numerous theoretical and experimental studies were reported to demonstrate and quantify the Pockels effect. But, the semiconductor nature of silicon tremendously complicate the analysis of the Pockels effect, which existence was questioned in strained silicon and source of controversy. Indeed, free carriers in silicon waveguides and at the interfaces induce a strong modulation signal, thereby screening Pockels effect. To stem the influence of free carriers, the work done in the thesis consisted in studying high frequency-based modulation signal (> 5 GHz). Various microwave studies were then performed in strained silicon photonic structures and will be presented in the following thesis manuscript. First studies were achieved on a SOI platform and the obtained experimental results demonstrated the presence of a weak high-frequency electro-optic modulation signal which intensity clearly depends on the silicon cristallographic direction and the level of stress applied to silicon. Based on a theoretical model describing the second-order nonlinear electric susceptibility χ(²), a multiphysic model has been developed and successfully described both experimental results and the spatial distribution of χ(²) within strained silicon waveguides. These studies also showed that the weak intensity of the applied electric fields, due to the free carriers distribution, are responsible for the weak measured Pockels-based modulation efficiencies. A second study has then been carried out on a modified SOI platform allowing the design of more efficient electric circuits inducing stronger electric fields. An improvement by a factor of 20 was observed on the obtained experimental results compared to the previous ones. Moreover, the multiphysic model could again describe those results, proving its reliability. As outlooks, electro-optic eye diagram of complex electric signals could be obtained at the condition of stronger stress applied to silicon waveguides. Furthermore, the model describing the second-order nonlinear susceptibility χ(²) can also be exploited to depict the second harmonic generation in strained silicon waveguides, which existence is still not clear for the moment.

Au cours de ces dernières années, la sécurité des Systèmes d'Information (SI) est devenue une préoccupation importante, qui doit être prise en compte dans toutes les phases du développement du SI, y compris dans la phase initiale de l'ingénierie des exigences (IE). Prendre en considération la sécurité durant les premières phases du développement des SI permet aux développeurs d'envisager les menaces, leurs conséquences et les contre-mesures avant qu'un système soit mis en place. Les exigences de sécurité sont connues pour être "les plus difficiles des types d’exigences", et potentiellement celles qui causent le plus de risque si elles ne sont pas correctes. De plus, les ingénieurs en exigences ne sont pas principalement intéressés à, ou formés sur la sécurité. Leur connaissance tacite de la sécurité et leur connaissance primitive sur le domaine pour lequel ils élucident des exigences de sécurité rendent les exigences de sécurité résultantes pauvres et trop génériques. Cette thèse explore l'approche de l’élucidation des exigences fondée sur la réutilisation de connaissances explicites. Tout d'abord, la thèse propose une étude cartographique systématique et exhaustive de la littérature sur la réutilisation des connaissances dans l'ingénierie des exigences de sécurité identifiant les différentes formes de connaissances. Suivi par un examen et une classification des ontologies de sécurité comme étant la principale forme de réutilisation. Dans la deuxième partie, AMAN-DA est présentée. AMAN-DA est la méthode développée dans cette thèse. Elle permet l’élucidation des exigences de sécurité d'un système d'information spécifique à un domaine particulier en réutilisant des connaissances encapsulées dans des ontologies de domaine et de sécurité. En outre, la thèse présente les différents éléments d'AMAN-DA : (I) une ontologie de sécurité noyau, (II) une ontologie de domaine multi-niveau, (iii) des modèles syntaxique de buts et d’exigences de sécurité, (IV) un ensemble de règles et de mécanismes nécessaires d'explorer et de réutiliser la connaissance encapsulée dans les ontologies et de produire des spécifications d’exigences de sécurité. La dernière partie rapporte l'évaluation de la méthode. AMAN-DA a été implémenté dans un prototype d'outil. Sa faisabilité a été évaluée et appliquée dans les études de cas de trois domaines différents (maritimes, applications web, et de vente). La facilité d'utilisation et l’utilisabilité de la méthode et de son outil ont également été évaluées dans une expérience contrôlée. L'expérience a révélé que la méthode est bénéfique pour l’élucidation des exigences de sécurité spécifiques aux domaines, et l'outil convivial et facile à utiliser. / In recent years, security in Information Systems (IS) has become an important issue that needs to be taken into account in all stages of IS development, including the early phase of Requirement Engineering (RE). Considering security during early stages of IS development allows IS developers to envisage threats, their consequences and countermeasures before a system is in place. Security requirements are known to be “the most difficult of requirements types”, and potentially the ones causing the greatest risk if they are not correct. Moreover, requirements engineers are not primarily interested in, or knowledgeable about, security. Their tacit knowledge about security and their primitive knowledge about the domain for which they elicit security requirements make the resulting security requirements poor and too generic. This thesis explores the approach of eliciting requirements based on the reuse of explicit knowledge. First, the thesis proposes an extensive systematic mapping study of the literature on the reuse of knowledge in security requirements engineering identifying the different knowledge forms. This is followed by a review and classification of security ontologies as the main reuse form. In the second part, AMAN-DA is presented. AMAN-DA is the method developed in this thesis. It allows the elicitation of domain-specific security requirements of an information system by reusing knowledge encapsulated in domain and security ontologies. Besides that, the thesis presents the different elements of AMANDA: (I) a core security ontology, (II) a multi-level domain ontology, (III) security goals and requirements’ syntactic models, (IV) a set of rules and mechanisms necessary to explore and reuse the encapsulated knowledge of the ontologies and produce security requirements specifications. The last part reports the evaluation of the method. AMAN-DA was implemented in a prototype tool. Its feasibility was evaluated and applied in case studies of three different domains (maritime, web applications, and sales). The ease of use and the usability of the method and its tool were also evaluated in a controlled experiment. The experiment revealed that the method is beneficial for the elicitation of domain specific security requirements, and that the tool is friendly and easy to use.

. / Articular cartilage is made up of dense, connective tissue localized at the junction of several locations in the skeleton. It covers the surface of the joints to ensure that bones can move. It is an avascular tissue that is not innervated and is composed primarily of a single cell type, the chondrocyte, which synthesizes an abundant extracellular matrix (ECM). Osteoarthritis (OA), a degenerative disease of articular cartilage, is characterized by the degradation of the ECM, associated with increased secretion of matrix metalloproteinases (MMPs) and aggrecanases. In addition, the OA process induces chondrocyte dedifferentiation characterized at least in part by increased synthesis of type I collagen, an atypical isoform in articular cartilage. Moreover, due to the poor intrinsic healing capacity of articular cartilage, there is currently no treatment to restore the chondrocyte phenotype and, in the most advanced stages of OA, the joint must be replaced with a prosthesis, requiring surgery. Therefore, various drug and surgical treatments have been developed in an attempt to prevent the destruction of cartilage which, in light of their relative success, then lead to new, improved therapeutic strategies. One of the most promising approaches is the cartilage tissue engineering based on the procedure described by Brittberg using autologous chondrocyte implantation (ACI). Applied in the earliest stages of OA or chondral lesions, ACI is based on the use of chondrocytes from a healthy, non-bearing region of the diseased joint. The cells are then amplified in monolayer culture and then re-implanted in the lesion. However, amplification of autologous chondrocytes in two-dimensional culture mimics, at least in part, some of the characteristics of the OA process and is accompanied by cell dedifferentiation leading to the formation of nonfunctional fibrocartilage. The numerous pharmaceutical approaches and surgical techniques developed to repair cartilage lesions have revealed their limitations. Ideally, traumatic cartilage lesions should be treated earlier to prevent OA and postpone prosthetic surgery. In the interest of preventing OA, cartilage cell therapy has proven to be a pivotal approach for repairing damaged tissue. Cell therapy consists not only in filling the cartilage lesion with healthy chondrocytes, but also in reconstituting the structure, the physico-chemical properties and the functionality of the hyaline matrix. The transplantation of autologous chondrocytes is the foundation of cell therapy and cartilage tissue engineering and there have been several generations of ACI, each improving on the previous one. However, even the most recent ACI techniques are showing limitations and consequently, research efforts are now focused on improving this technique in order to obtain, after amplification, a differentiated and stable chondrocyte phenotype. This is to be achieved by using new types of biomaterials that can fill more important lesions, molecules and growth factors to better control the chondrogenic differentiation and more suitable cell sources that avoid morbidity at the donor site as it is the case with articular chondrocytes. Today, MSCs hold much promise for biomedical research because they are able to recapitulate many tissues, including cartilage. However, for future advances in the field of regeneration and tissue engineering it is important to know the exact nature of these cells. With this goal, in this work, we first fully characterized 4 categories of serum free amplified mesenchymal stem cells extracted from adipose tissue (AT), bone marrow (BM), dental pulp (DP) and Wharton’s jelly (WJ) of the umbilical cord. The cells were characterized in terms of efficiency of isolation, amplification kinetics and according to an extensive immunophenotyping using flow cytometry... [etc]