Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2002. / Bibliogr. Publié aussi en version électronique.

Zugl.: Berlin, Freie Univ., Diss., 2009

Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR.

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-03T12:11:26Z No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-03T12:11:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Klebsiella pneumoniae é um patógeno Gram-negativo da família Enterobacteriaceae, frequentemente associado às infecções. Isolados clínicos de K. pneumoniae usualmente apresentam resistência a classe dos beta-lactâmicos, devido a produção de carbapenemase do tipo KPC. Além da resistência a todos os beta-lactâmicos disponíveis, a KPC possui alta capacidade de disseminação, pois tem sido descrita em plasmídios associados à transposons (Tn4401). Foi descrita inicialmente nos EUA, e atualmente se tornou uma ameaça global. A sua primeira descrição no Brasil ocorreu em 2006 e desde então sua incidência tem crescido significativamente. Assim, o objetivo desse trabalho foi analisar o polimorfismo genético, determinar o perfil de resistência a antimicrobianos, identificar o plasmídio carreador e a região flanqueadora do gene blaKPC de 165 amostras de K.pneumoniae produtoras de KPC provenientes de doze estados Brasileiros (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ e SC) no período de 2006 a 2010. A confirmação da produção de KPC e identificação da variante alélica foram realizadas por PCR e sequenciamento. A susceptibilidade aos antimicrobianos foi determinada através de difusão em ágar (CLSI, 2011) e determinação da CIM por Etest® (ANVISA N°1/2010). PFGE e MLST foram utilizados para a análise epidemiológica. Avaliação da região flanqueadora do gene blaKPC foi realizada através de PCR para detecção do Tn4401. A identificação do plasmídio carreador do gene blaKPC foi realizada através de extração plasmidial (Kado e Liu, 1981) e hibridização (Sambrook e Russel, 2001). As amostras foram recuperadas principalmente a partir de sangue (39%) e urina (37%), e todas as cepas produziram KPC-2. Foi observada resistência a ciprofloxacina (95,7%), sulfametoxazol/trimetoprima (84,2%), amicacina (34%) e gentamicina (57%), fosfomicina (7,8%), polimixina B (11%) e tigeciclina (38%). A maioria das cepas se mostrou multirresistente, sendo três resistentes a todas as classes de antimicrobianos testadas. Através de PFGE, encontramos 28 grupos clonais, sendo três mais prevalentes: grupo A (40,6%- ES, RJ, SC e CE); grupo C (23% - CE, DF, MG, GO, PE e RJ); grupo Q (9,7%- AL, ES, DF e PI). Através de MLST, também se observou 28 clones, mostrando boa correlação. Os grupos clonais A/KpRj, C e Q foram designados por MLST como ST437, ST11 e ST340 respectivamente. Através de análise filogenética, observamos três complexos clonais entre nossas amostras: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 e CC758-840. O CC11 apresenta grande importância epidemiológica, pois inclui dois STs que têm desempenhado papel de destaque em relação à disseminação do gene blaKPC: ST258 e ST11 (encontrado em nosso trabalho). O gene blaKPC-2 foi encontrado associado ao Tn4401, isoforma “a” em todas as amostras, e associado à plasmídios em 95,3% das amostras. Desses plasmídios, 92% eram de 40kb (IncN) e 8% de 55kb (IncL/M). Dessa forma, acreditamos que em nosso país esteja ocorrendo a disseminação do gene blaKPC tanto devido a dispersão de um mesmo plasmídio de aproximadamente 40kb do grupo de IncN entre cepas de diferentes STs, como também a disseminação de um mesmo complexo clonal (CC11), onde os clones A-KpRJ/ST437 e C/ST11 tem desempenhado importante. / Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative pathogen belonging to Enterobacteriaceae family, often associated with infections. Clinical isolates of K. pneumoniae usually show resistance to beta-lactams, due to production of KPC-type carbapenemase. In addition to resistance to all beta-lactams available, this carbapenamase has high capacity to spread, since it has been described in plasmids associated with transposons (Tn4401). KPC was first described in the U.S., and nowadays is considered a global threat. The first description of KPC in Brazil occurred in 2006 and since then its incidence has greatly increased. Thus, the objective of this study was to analyze the genetic polymorphism, determine the antimicrobial resistance profile, and identify the carrier plasmid and the flanking region of the blaKPC gene of 165 KPC-producing K.pneumoniae from twelve Brazilian states (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ and SC) in the period of years 2006 to 2010. Confirmation of KPC production and identification of the allele variant were performed by PCR and sequencing. The antimicrobial susceptibility was determined by agar diffusion (CLSI, 2011) and MIC determination by Etest® (ANVISA 1/ 2010). PFGE and MLST were used for epidemiological analysis. Evaluation of flanking region surrounding the blaKPC gene was performed by PCR for the detection of Tn4401. The identification of the plasmid carrying the blaKPC gene was performed by plasmid extraction (Kado and Liu, 1981) and hybridization (Sambrook and Russell, 2001). The isolates were mainly recovered from blood (39%) and urine (37%), and all strains produced KPC-2. Resistance was observed to ciprofloxacin (95,7%), sulfamethoxazole/trimethoprim (84.2%), amikacin (34%), gentamicin (57%), fosfomycin (7.8%), polymyxin B (11%) and tigecycline (38%). Most of the strains showed multidrug resistant pattern, and three of them were resistant to all classes of antimicrobials tested. By PFGE, we found 28 clonal groups, three being the most prevalent: group A (40.6% - ES, RJ, SC and EC), group C (23% - CE, DF, MG, GO, RJ and EP); group Q (9.7% - AL, ES, DF and PI). By MLST, we also found 28 profiles, showing good consistency between these two methodologies. The clonal group A/KpRj, C and Q were designated by MLST as ST437, ST11 and ST340 respectively. Phylogenetic analysis showed three clonal complexes: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 and CC758-840. The CC11 has great epidemiological importance, because it includes two STs that have been playing a prominent role in the spread of the blaKPC gene: ST258 and ST11 (found in our work). The blaKPC-2 gene was found associated with Tn4401, isoform "a" in all samples, and associated with plasmids in 95.3% of them. Of these plasmids, 92% had 40kb belonging to the IncN group and 8% had 55kb (IncL/M). Thus, we believe that our country is experiencing the spread of the gene blaKPC both associated with the dispersion of a single plasmid of approximately 40kb of the IncN group among strains of different STs, but also by the spread of the same clonal complex (CC11), where the clones A-KpRJ/ST437 and C/ST11 has played an important role.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-12T12:15:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1816313 bytes, checksum: c4290f186027bed900c1adff1f3a742c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T12:15:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1816313 bytes, checksum: c4290f186027bed900c1adff1f3a742c (MD5) Previous issue date: 2001-12-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A identificação morfo-tintorial e bioquímica de 21 isolados de Klebsiella provenientes de amostras de dietas enterais artesanais revelou que 15 deles pertenciam a espécie K. pneumoniae e seis a K. oxytoca. A sorotipagem de K. pneumoniae identificou cinco isolados do sorotipo K5, um do sorotipo K4 e os demais não foram sorotipados pelos antissoros dos grupos K1 a K6. Os resultados das análises por RAPD e da região espaçadora 16S-23S do rDNA mostraram um polimorfismo acentuado entre os isolados de K. pneumoniae e um polimorfismo menor entre os isolados de K. oxytoca. O fragmento de DNA, de 1420 pb, gerado pela amplificação da região 16S do rDNA foi digerido por oito endonucleases de restrição e resultou padrões de RFLP idênticos para todos os isolados. As análises por RAPD e por PCR da região espaçadora do rDNA mostraram-se apropriadas para avaliar a diversidade genética entre estes isolados. A resistência a pelo menos dois antibióticos foi verificada em todos os isolados de Klebsiella e maior prevalência de resistência foi verificada aos antibióticos amoxacilina e ampicilina. Os isolados que apresentaram resistência a um maior número de antibióticos pertenciam a espécie K. pneumoniae provenientes, principalmente, do hospital B. A produção de β-lactamase de espectro ampliado não foi verificada em nenhum dos isolados avaliados. Observou-se que a freqüência de colônias mucóides entre as estirpes foi baixa (23,8%) e que a produção de cápsula foi verificada, microscopicamente, somente nas estirpes, cujas colônias apresentaram aspecto mucóide. K. pneumoniae apresentou maior adesão em células Caco-2 e HEp-2 enquanto K. oxytoca apresentou adesão expressiva apenas em células Caco-2. Porém, a invasão de K. pneumoniae foi constatada nas três linhagens de células eucarióticas, apesar dos índices terem sido baixos em relação aos de adesão. Somente os isolados da espécie K. pneumoniae apresentaram adesão e invasão nas células HEp-2. De uma forma geral, os índices de adesão e invasão foram maiores entre os isolados do hospital A. Nas condições usadas neste estudo, os isolados de Klebsiella não apresentaram atividade hemolítica, de fosfolipase e produção de enterotoxina termoestável, assim como do sideróforo aerobactina. A inoculação intraperitoneal em camundongos sadios e imunodeprimidos com estirpes selecionadas de Klebsiella para a determinação da DL 50 não promoveu a morte dos animais, até uma concentração de 10 7 células por inoculação. Quando camundongos foram alimentados com dietas enterais ou ração não se observou a presença de colônias típicas de Klebsiella na análise de amostras do fígado, baço, coração, rim e pulmão dos animais. Entretanto, em amostras de fígado e pulmão dos camundongos dos grupos que receberam drogas imunodepressoras e, ou antimicrobiana, alimentados ou não com dieta enteral contaminada com 6 x 10 9 UFC/animal de Klebsiella, a presença de colônias típicas foi constatada. Em animais que receberam somente a dieta contaminada, a translocação de Klebsiella também foi observada. A análise do perfil genético, por RAPD, de isolados recuperados desses órgãos revelou similaridades com os padrões de bandas de DNA das estirpes de Klebsiella administradas aos animais, via oral. A presença de Klebsiella no fígado de camundongos que não receberam fonte exógena de Klebsiella, mas que receberam a combinação de medicamentos, sugere que estirpes da microbiota intestinal autóctone foram capazes de translocar quando houve uma depressão do sistema imunológico e uma descontaminação seletiva, promovidas pelo corticóide e antibiótico, respectivamente. A colonização por Klebsiella, proveniente das dietas enterais, no intestino também foi facilitada quando medicamentos imunodepressores e antimicrobianos foram utilizados. / Biochemical testing and microscopic observations of stained cells were used to identify 21 Klebsiella isolates from hospital enteral formulae. Fifteen of the isolates were identified as K. pneumoniae and six as K. oxytoca. Serotyping of K. pneumoniae identified five isolates belonging to serological group K5 and one to serological group K4 while the rest could not be identified using the antisera in serological groups K1 through K6. Results of RAPD analysis and of the 16S-23S rDNA intergenic spacer revealed accentuated polymorphism among the K. pneumoniae isolates and a lesser polymorphism among the K. oxytoca isolates. The 1420 bp DNA fragment generated by amplification of the 16S rDNA region digested with eight restriction endonucleases resulted in identical RFLP patterns for all isolates. RAPD and PCR analyses of the rDNA intergenic spacer were shown to be appropriate tools for evaluating genetic diversity among the isolates. Resistance to at least two antibiotics was observed in all Klebsiella isolates, with greater prevalence of resistance to amoxacillin and ampicillin. K. pneumoniae isolates presented resistance to the greatest number of antibiotics, xiiespecially those isolated from Hospital B. Broad-spectrum β-lactamase production was not observed in any isolate. Presence of mucous was infrequent (6.7%) and capsule production was only observed among the isolates that presented moderate to intense mucous production. Adhesion and invasion were observed in Caco-2 and HEp-2 cells, but not in VERO cells. Only K. pneumoniae isolates adhered to and invaded HEp-2 cells. No hemolysin activity, phospholipase activity, thermostable enterotoxin production or aerobactin siderophore production were observed under the conditions used in this study. Selected Klebsiella isolates were inoculated intraperitoneally in healthy and immunodepressed mice to determine LD 50 but did not prove lethal, demonstrating the avirulence of the isolates. When mice were given enteral formula or animal feed, no typical Klebsiella colonies were observed in liver, spleen, heart, and kidney or lung samples. However, typical colonies were observed in liver and lung samples from animals that received immunodepressant and/or antimicrobial drugs, regardless of whether or not the animals received enteral formula contaminated with 6 x 10 9 CFU Klebsiella per animal. In animals that only received the contaminated formula, translocation was also observed. Genetic profile analysis of isolates retrieved from these organs by RAPD revealed similarities to the DNA band patterns of the Klebsiella strains administered orally to the animals, confirming pathogen translocation. Presence of Klebsiella in livers of mice that did not receive an external source of Klebsiella but that received a combination of medications suggests that autochthonous intestinal microbial strains are able to translocate when the immunological system is depressed as well as a selective decontamination promoted by corticoids and antibiotics, respectively. Intestinal colonization by Klebsiella isolated from enteral formula was also immunodepressant and antimicrobial medications were used.

BRAGA, J.M. Prevalência e sensibilidade antimicrobiana de escherichia coli e klebsiella pneumoniae isoladas de infecções nosocomiais no hospital regional norte em sobral/ce e detecção genética de blatem, blashv blactx-m e blages em espécimes produtores de betalactamase de espectro estendido (esbl). 2016. 101f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) – Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2016. / Submitted by Mestrado Ciências da Saúde (ppgcsufcsobral@gmail.com) on 2017-05-25T14:15:01Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2017-05-26T18:41:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T18:41:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) Previous issue date: 2016-12-01 / Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae are Gram-negative bacilli account for a significant portion of infections in hospitals. Its importance has increased due to increased production of beta-lactamases of extended spectrum (ESBL). These enzymes are produced by some Gram negative bacilli and mediate resistance to beta-lactams, such as cephalosporins and aztreonam. In these pathogens, the majority of the ESBL identified are TEM, SHV and CTX-M types. This study aimed to analyze the prevalence and antimicrobial susceptibility of E. coli and K. pneumoniae isolated from nosocomial infections in North Regional Hospital in Sobral/CE, Brazil, from March 2015 to March 2016, and to detect blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM and blaGES genes of isolates which exhibited ESBL phenotype. A total of 245 isolates (132 E. coli and 113 K. pneumoniae) were analyzed. Of these, 145 (59.1%) had ESBL phenotype and 44 were characterized genetically by presence of blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM and blaGES genes. The rates of E.coli and Klebsiella pneumoniae ESBL producers were 49.2% and 70.8%, respectively. This research revealed that ESBL-producing E. coli strains were more sensitive to meropenem (100%), amikacin (96.9%), colistin (90.8%) and tigecycline (90.8%), and more resistant to ampicillin (100%), ceftriaxone (100%) and cefepime (96.9%). On the other hand, K. pneumoniae ESBL producers were more sensitive to colistin (100%), amikacin (96.2%) and meropenem (93.7%), and more resistant to ceftriaxone (100%), ceftazidime (100%), cefepime (98.7%) and ampicillin (98.7%). The blaCTX-M gene was detected in 14 (31.8%) isolates, blaTEM and blaSHV genes were detected both in 3 specimens (6.8%), the blaGES gene was detected in only one isolate (2.2%), while blaKPC and blaVIM genes were not detected. Our findings show high levels of resistance to beta-lactam antibiotics, as well as increasing linear trend for ESBL production by the studied species. The gene with the highest detection rates among the isolates was blaCTX-M gene, which is certainly the most important ESBL gene today. We detected one strain of Klebsiella pneumoniae harboring blaGES and blaCTX-M genes, being of our knowledge the first report in Brazil, which demonstrates the great potential for worldwide spread of resistance genes between Gram-negative bacillus. / Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae são bacilos Gram-negativos responsáveis por uma parcela significante de infecções em ambiente hospitalar. Sua importância aumentou devido ao surgimento de espécimes produtoras de betalactamases de espectro estendido (ESBL). Essas enzimas são produzidas por alguns bacilos Gram-negativos e conferem resistência aos betalactâmicos, como cefalosporinas e aztreonam. Nesses patógenos, a maioria das ESBL identificadas é do tipo TEM, SHV e CTX-M. Este estudo teve como objetivo analisar a prevalência e a sensibilidade antimicrobiana de E.coli e K. pneumoniae isoladas de infecções nosocomiais do Hospital Regional Norte, Sobral/CE, Brasil no período de março de 2015 a março de 2016, assim como realizar a detecção dos genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM e blaGES nos isolados que exibiram fenótipo ESBL. No total, 245 isolados (132 E. coli e 113 K. pneumoniae) foram analisados. Destes, 145 (59,1%) apresentaram fenótipo ESBL e 44 foram caracterizados geneticamente quanto à detecção dos genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM e blaGES. As taxas de produção de ESBL por E.coli e K. pneumoniae foram 49,2% e 70,8%, respectivamente. Essa pesquisa revelou que E.coli produtoras de ESBL foram mais sensíveis ao meropenem (100%), amicacina (96,9%), colistina (90,8%) e tigeciclina (90,8%), e mais resistentes à ampicilina (100%), ceftriaxona (100%) e cefepima (96,9%). Já K. pneumoniae produtoras de ESBL foram mais sensíveis à colistina (100%), amicacina (96,2%) e meropenem (93,7%), e mais resistentes à ceftriaxona (100%), ceftazidima (100%), cefepima (98,7%) e ampicilina (98,7%). O gene blaCTX-M foi detectado em 12 (27,2%) isolados, os genes blaTEM e blaSHV foram detectados em 3 espécimes cada um (6,8%), o gene blaGES foi detectado em apenas um isolado (2,2%), enquanto os genes blaKPC e blaVIM não foram detectados. Nossos achados revelam altos índices de resistência aos betalactâmicos, assim como tendência linear crescente para produção de ESBL pelas espécies estudadas. O gene com maiores taxas de detecção entre os isolados foi o gene blaCTX-M que, certamente, é o gene ESBL mais importante clinicamente na atualidade. Nós detectamos um isolado de Klebsiella pneumoniae contendo o gene blaGES e blaCTX-M, sendo do nosso conhecimento o primeiro relato no Brasil, o que demonstra o grande potencial de disseminação mundial de genes de resistência entre bacilos Gram-negativos.

Made available in DSpace on 2014-11-18T16:06:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 69898.pdf: 2105551 bytes, checksum: 65da981b8abb9d10633ef76ca3b773c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-05T15:54:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carolina_tavares_ioc_mest_2014.pdf: 2105551 bytes, checksum: 65da981b8abb9d10633ef76ca3b773c0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-11-18 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A produção de carbapenemases do tipo KPC tem se tornado um importante mecanismo de resistência aos carbapenemas na família Enterobacteriaceae. Embora seja descrita predominantemente em Klebsiella pneumoniae, a enzima KPC também tem sido encontrada em diferentes espécies de Enterobacteriaceae. Contudo, pouco se sabe sobre a epidemiologia da disseminação do gene blaKPC-2 nestas outras espécies. No Brasil, a enzima KPC foi relatada inicialmente em K. pneumoniae no Recife, em 2006, mas atualmente já se encontra disseminada pelo país, onde sua incidência tem aumentado significativamente. Portanto, o objetivo desse trabalho foi realizar a caracterização molecular de amostras brasileiras produtoras de KPC pertencentes a diferentes espécies de Enterobacteriaceae (excluindo K. pneumoniae), isoladas de diferentes estados brasileiros no período de 2009 a 2011. O perfil de resistência foi avaliado por difusão em ágar e E-test. A variante alélica de blaKPC, assim como a participação do transposon Tn4401 e a análise da presença de outros genes de beta-lactamases (TEM, SHV e CTX-M) foram realizadas por PCR e sequenciamento. Análise plasmidial e hibridação foram realizadas para determinar o ambiente genético do gene blaKPC. Para a tipagem molecular foi realizado PFGE e MLST (somente para Escherichia coli) Foram encaminhadas ao Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar da Fundação Oswaldo Cruz, 83 amostras produtoras de KPC-2 (correspondendo as espécies: Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Pantoea agglomerans, Providencia stuartii, Citrobacter freundii, Klebsiella oxytoca, Morganella morganii e Serratia marcescens) provenientes de 9 estados das regiões sudeste, nordeste e centro-oeste do país. Em amostras KPC positivas, foram encontrados altos percentuais de resistência à maioria dos antimicrobianos testados, inclusive tigeciclina (36,1% não sensíveis) e polimixina B (16,5%). As espécies mais resistentes foram E. aerogenes, E. cloacae, C. freundii e K. oxytoca. A associação de KPC com outras beta-lactamases foi encontrada em 53% das amostras (45,8% produtoras de TEM, 6% produtoras de SHV e 22,9% produtoras de CTX-M). O gene blaKPC-2 foi encontrado associado a uma estrutura parcial do transposon Tn4401 com diferentes isoformas. Todas as amostras apresentaram o gene blaKPC-2 inserido em plasmídios de vários tamanhos e grupos de incompatibilidade Observamos grande diversidade genética entre todas as espécies estudadas, mas encontramos, para algumas espécies, a presença de alguns grupos clonais prevalentes em determinados estados. A maioria das amostras de E. aerogenes pertenciam ao grupo clonal A e foram isoladas no DF e GO persistindo por 11 meses, sugerindo a possibilidade de um surto. Dessa forma, este estudo demonstrou a disseminação do gene blaKPC-2 em 9 Enterobacteriaceae de diferentes regiões do Brasil, incluindo espécies nas quais o gene não havia sido previamente descrito, como P. agglomerans e P. Stuartii. Evidenciou ainda as diversas ferramentas moleculares que o gene blaKPC-2 se beneficia para disseminar entre espécies de Enterobacteriaceae / The production of Klebsiella pneumonia e carbapenemase ( KPC ) - type enzymes has become an important mechanism of carbapenem resistance in the Family Enterobacteriaceae. Although it is predominantly d escribed in Klebsiella pneumoniae , the KPC enzyme h as also been found in different species of Enterobacteriaceae . Moreover , little is known about the epidemiology of the dissemination of bla KPC gene in other Enterobacteriaceae species . In Brazil, KPC was i nitially described in K. pneumoniae in Recife, state of Pernambuco, in 2006, but currently this enzyme is already d isseminated throughout the country, where its incidence has increased significantly. Thus, this study aimed to perform the molecular characte rization of KPC - producing brazilian isolates belonging to different species of Enterobacteriaceae (non - K. pneumoniae ) originated from different Brazilian states between 2009 and 2011. The resistance profile was evaluated by disc - diffusion method and E - test . The allelic variant of the bla KPC gene, as well as the participation of Tn 4401 and the presence of other beta - lactamase genes (TEM, SHV and CTX - M) were analyzed by PCR and genome sequencing. Plasmid analysis and hibridization were used to determine the g enetic environment of the bla KPC gene. Molecular typing was done by PFGE and MLST (only for Escherichia coli ). Eighty three unique clinical isolates of Enterobacteriaceae KPC - 2 - producers were referred to the Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar f rom Fundação Oswaldo Cruz , corresponding to 9 different species ( Enterobacter aerogenes , Enterobacter cloacae , Escherichia coli , Pantoea agglomerans , Providencia stuartii , Citrobacter freundii , Klebsiella oxytoca , Morganella morganii and Serratia marcescen s ) isolated from 9 states located in northeast, southeast and central regions of Brazil . High resistance rates towards most of the antimicrobial agents tested, including tigecycline (36.1% nonsusceptible) and polymyxin B (16.5%) were detected. E. aerogenes , E. cloacae , C. freundii and K. oxytoca were the most resistant species. The association of the bla KPC - 2 gene with other beta - lactamase genes was found in 53% of the isolates (45.8% producing TEM, 6% producing SHV and 22.9% producing CTX - M). The bla KPC - 2 gene was found associated with a partial Tn 4401 structure with different isoforms. All of the isolates had the bla KPC - 2 gene inserted within plasmids of different sizes and incompatibility groups. We found great clonal diversity among all of the studied sp ecies, but we found the presence of a few prevalent clonal groups in some regions. The majority of E. aerogenes isolates belonged to clonal group A, isolated from the central regions of Brazil (GO and DF), persisting for 11 months, suggesting the possibili ty of an outbreak. Therefore, this study demonstrated the dissemination of the bla KPC - 2 gene among different Enterobacteriaceae in Brazil, includingspecies in which this gene was not previously reported, such as P. agglomerans and P. stuartii . The study al so showed the different molecular tools in which the bla KPC - 2 gene benefits to disseminate between Enterobacteriaceae.

Made available in DSpace on 2016-03-15T14:15:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 222.pdf: 7280517 bytes, checksum: 5c1c665cf2ba85668951a0c1daaafd4e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014 / O Parque Nacional Serra da Capivara (PNSC) é um ambiente propício para o desenvolvimento e conservação de grande número de espécies endêmicas da caatinga, além de ser uma região de importância ímpar, pois é o maior sítio arqueológico do Brasil. A água nesta região é escassa e o contato das pessoas e seus animais domésticos e de criação com os animais silvestres faz com que aumente a possibilidade de circulação de possíveis patógenos, possibilitando a emergência de doenças tanto no homem quanto em animais. Este trabalho teve como objetivo analisar a presença e circulação de bactérias potencialmente enteropatogênicas e zoonóticas na região do Parque Nacional Serra da Capivara, localizado no sudeste do Estado do Piauí Brasil. Coletas de amostras de água, fezes humanas e de animais silvestres e de criação foram realizadas em diferentes regiões no interior e no seu entorno,durante as idas ao campo, computando um montante de 170 amostras coletadas. (...) Não foi possível o isolamento de amostras do gênero Campylobacter, importante enteropatógeno de impacto para a Saúde Pública. O percentual de resistência das amostras a pelo menos uma das drogas testadas foi de 71 por cento sendo mais representativos para os fármacos: penicilina, cefoxitina e tetraciclina. A vigilância dos sorovares de Salmonella em ambientes aquáticos constitui um importante elemento para o monitoramento de infecções humanas e animais. / Neste estudo foram identificados 11sorovares de Salmonella: Worthington, Panama, Brooklyn, Glasgow, Braenderup, Isangi, Grumpensis, Rubislaw, Miami, Cerro, Thompson e duas amostras identificadas como Salmonella enterica subsp. houtenae. Quando analisadas quanto ao seu perfil filogenético, observou-se 14 clones distintos. Isolados com mesma origem clonal circulam em diferentes pontos de coletas no interior e entorno do Parque Nacional Serra da Capivara. Os dados obtidos neste estudo são relevantes para a Saúde Pública, pois contribuem para o monitoramento ambiental a partir do conhecimento da epidemiologia dos enteropatógenos circulantes no ambiente, impactando animais e a população que habita na região do PNSC. / The National Park Serra da Capivara (PNSC) is a proper environment for the developmentand conservation of a great number of species of the caatinga and endemic species, it is also aregion of singular importance for being the largest archaeological site in Brazil. The water inthis region is scant and the contact of people and of their animal whether they are pets or forbreeding, with the wild animals incresases the probability of circulation of pathogens, makingit possible for the appearance of deseases in men and in other animals. This study had theobjective of analisyng the presence and circulation of bacterias potencially enteropathenogenic and zoonotic in the region of the National Park Serra da Capivara ,located in the southeast of the state of Piaui Brazil. Water samples, feces of humans and ofbreeding and wild animals were collected in different regions inside and in the surroundings of the PNSC, during trips to the field mounting up to 170 samples collected. Five Hundredand twenty two isolated were obtained to the following genus/species of the family Enterobacteriaceae: Escherichia coli (32.6 percent); Enterobacter spp. (22.8 percent); Klebsiella spp (11.8 percent); Salmonella spp (10 percent), Citrobacter spp. (9.2 percent) amongst others. The isolation of thesample of the genus Campylobacter, important enteropathogen of public health impact, wasnot possible. The percentage of resistence of the samples to, at least, one of the drugs testedwas from 71 percent and the percentages of resistence were more representative for the drugs: penicilin, cefoxitin and tetracyclin. The surveillance of Salmonella serovars in aquatic environment constitutes an important element for the monitoring of animal and humaninfections. (AU)^ien / In this study 11 different Salmonella serovars were identified: Worthington, Panama, Brooklyn, Glasgow, Braenderup, Isangi, Grumpensis, Rubislaw, Miami, Cerro, Thompson and 2 samples identified as S. enterica subsp. houtenae. When analysed accordingto their filogenetic profile, they produced 14 different clones. Isolate samples with sameclonal origen circulate in distinct points of collect inside and in the surroundings of the PNSC. The data obtained in this study are relevant for public health, because they contribute to the environmental monitoring based on epidemiology knowledge of the enteropathogens circuling in the environment, causing impact on the animals and in the population living in the area of the PNSC. (AU)^ien

A resistência antimicrobiana e fatores de virulência são importantes mecanismos de sobrevivência das bactérias, através deles elas se tornaram capazes de escapar da ação das adversidades do ambiente. O presente trabalho teve como objetivo principal analisar os fatores de virulência e genes de resistência de isolados de Klebsiella sp. e sua participação na manutenção de populações bacterianas resistentes em pontos na Laguna de Tramandaí. As amostragens foram realizadas em agosto de 2014 e janeiro de 2015 em quatro pontos distintos com diferentes graus de impacto ambiental. Foram analisados 272 isolados bacterianos das amostras de água da laguna de Tramandaí. Estes isolados foram submetidos a testes bioquímicos e microbiológicos para identificação e foram encontrados 37 isolados de Klebsiella sp. Estes isolados foram submetidos a testes de susceptibilidade antimicrobiana por disco-difusão, análise fenotípica de fatores de virulência e genes de resistência e pesquisa de genes de resistência (blaCTX-M, blaSHV, blaTEM) através de PCR e similaridade através do ERIC-PCR. Através da análise por MALDI-TOF, os 37 isolados foram identificados como quatro K. oxytoca, seis K. pneumoniae e 27 K. variicola. Todos os isolados foram suscetíveis a imipenem, ertapenem, piperacilina/tazobactam e polimixina B Ampicilina e amoxacilina foram os antimicrobianos com maior índice de resistência, o gene blashv foi o mais encontrado dentre os genes pesquisados. Todos os isolados apresentaram cápsula polissacarídica, 56,7% dos isolados apresentaram fímbrias do tipo 1, 56,7% demonstraram serem capazes de produzir biofilmes, 78,4% foram capazes de inativar os fatores bactericidas do soro e 81,1% sintetizaram sideróforos. A análise por ERIC-PCR e MALDI-TOF geraram dendrogramas de alta heterogeneidade e baixos índices de similaridade, indicando que diferentes populações de Klebsiella estão se mantendo naquele ambiente. Ficou evidenciado neste estudo, através dos isolados encontrados e suas características genéticas e fenotípicas de resistência bacteriana, que eles podem estar contribuindo para a manutenção e disseminação da resistência aos antimicrobianos no ambiente. / Antimicrobial resistance and virulence factors are important mechanisms for the survival of bacteria, through which they have become capable of escaping from the adversities of the environment. The present work had as main objective to analyze the virulence factors and resistance genes of Klebsiella sp. And its participation in the maintenance of resistant bacterial populations in points in Tramandaí Lagoon. Samplings were carried out in August 2014 and January 2015 at four different points with different degrees of environmental impact. A total of 272 bacterial isolates from the Tramandaí lagoon water samples were analyzed. These isolates were submitted to biochemical and microbiological tests for identification and 37 isolates of Klebsiella sp. These isolates were submitted to antimicrobial susceptibility tests by disc-diffusion, phenotypic analysis of virulence factors and and resistance gene (blaCTX-M, blaSHV, blaTEM) search by PCR and similarity through ERIC-PCR. Through the use of MALDI-TOF, the 37 isolates were identified as four of K. oxytoca, six of K. pneumoniae and 27 of K. variicola. All the isolates were suscetible to imipenem, ertapenem, piperacilin/tazobactam e polimixin B Ampicillin and amoxicillin were the most resistant antimicrobials, the blaSHV gene was the most found among the genes studied. All isolates presented a polysaccharide capsule, 56.7% of the isolates had type 1 fimbriae, 56.7% were able to produce biofilms, 78.4% were able to inactivate serum bactericidal factors and 81.1% synthesized siderophores. Analysis by ERIC-PCR and MALDI-TOF generated dendrograms with high diversity and low similarity indexes, indicating that different populations of Klebsiella are remaining in that environment. It was evidenced in this study, through the isolates found and their genetic and phenotypic characteristics of bacterial resistance that they may be contributing to the maintenance and dissemination of antimicrobial resistance.

Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR.