Ce mémoire présente les résultats d'une recherche zooarchéologique portant sur deux occupations d'un site du début de la colonisation à Baie-Saint-Paul (XVIIe-XVIIIe siècle). L'analyse de leurs assemblages fauniques, totalisant 1175 restes osseux, a démontré le caractère diamétralement opposé des deux occupations. Le site d'habitation des goudronniers a révélé une exploitation des ressources sauvages visant à suppléer un élevage déficient et fournir un revenu d'appoint par le commerce des fourrures. Pour sa part, le site de la ferme établie par le Séminaire de Québec a révélé une alimentation basée sur les produits de l'élevage, mais supplée par la chasse de gibier disponible dans les environs immédiats du site. La différence d'exploitation faunique soulignée par l'étude zooarchéologique du site de la ferme du Bas-de-la-Baie a également permis de confirmer le rôle central de l'élevage pour les sites ruraux de la vallée laurentienne tout en soulignant leur variabilité, visible au sein de l'élevage et dans l'apport supplémentaire fourni par la chasse et la pêche. / This Master's thesis presents the results of a zooarchaeological study based on two occupations of a single site dating to the beginning of the colonization of Baie-Saint-Paul (17th-18th centuries). An analysis of the faunal assemblage, a total of 1175 animal bones, has shown the opposite characters of the occupations. The "tar makers'" habitation site reveals the exploitation of wild ressources to make up for deficient animal rearing, as well as the skinning of wild game to provide a supplementary income through the fur trade. The farm established by the Séminaire de Québec reveals an alimentation based on farm produce, augmented by the hunting of wild species from the immediate environment. The zooarchaeological study of the Bas-de-la-Baie farm site also confirms the central role of breeding for rural sites in the St. Lawrence Valley, while underlining their diversity, in which farming, hunting and fishin played complementary roles.

La Baie de Marennes Oléron, première zone Européenne d’ostréiculture, est exposée aux apports de contaminants métalliques provenant de la Charente et la Seudre, dont les apports en eau et particules se font directement dans la baie, mais également par la Gironde dont les apports sont indirects et tributaires des forçages hydrologiques et météorologiques. Un réseau de surveillance (2006-2007) a été mis en place sur le fleuve Charente et sur la Seudre afin de déterminer leurs flux bruts métalliques dissous (<0,2µm) et particulaires. En raison d’un faible débit moyen annuel, les flux métalliques de la Seudre sont négligeables. En Charente, les concentrations dissoutes et particulaires en Cd et Cu sont semblables ou supérieurs à celles de la Garonne, représentant des flux spécifiques supérieurs à ceux de la Garonne. La réactivité des ETM dans les estuaires de la Gironde et de la Charente, dans la zone littorale et dans la Baie de Marennes Oléron a été documentée à partir d’une vingtaine de campagnes océanographiques et d’un suivi mensuel (2007) sur la partie sud de la Baie de Marennes Oléron. En Gironde, les concentrations dissoutes totales en Cd, V et U le long des gradients turbides et salins sont représentées essentiellement (>90%) par la fraction labile. En revanche, 30-70% de Co dissous et 50-60% de Cu dissous sont fortement complexés. Les 15 campagnes sur l’estuaire de la Gironde en conditions hydrologiques et saisonnières très contrastées ont permis de documenter la distribution et la spéciation des ETM et de proposer un modèle de calcul des flux nets annuels dissous des ETM exportés en zone littorale. En couplant des mesures ADCP à des prélèvements géochimiques à l’embouchure de la Gironde pendant un cycle tidal et pour différentes conditions hydrologiques, nous avons déterminé les flux résiduels en ETM particulaires au cours d’un cycle tidal. La mise en relation de ces résultats avec un modèle hydro-sédimentaire a permis d’estimer les flux nets en ETM particulaires de la Gironde pour l’année 2007. Pour tracer le transfert des particules de la Gironde dans la Baie de Marennes Oléron nous avons utilisé les rapports élémentaires de la fraction résiduelle des particules et analysé le panache turbide de la Gironde par imagerie satellite. Ces deux approches indépendantes suggèrent que 50% à 75% de la masse totale de MES véhiculées annuellement dans la baie proviennent de la Gironde et transitent majoritairement par le Pertuis de Maumusson. Les résultats inédits obtenus à partir des mesures in situ et d’expérimentations de désorption ont permis de proposer un bilan annuel des flux métalliques des différentes formes de Cd et Cu intégrant la Baie de Marennes Oléron. Près de 61% des apports totaux en Cd dans la Baie de Marennes Oléron sont issus des apports dissous de la Charente alors que 60% des apports totaux en Cu sont représentés par le transfert de particules de la Gironde. / The Marennes-Oléron Bay, Europe’s major oyster production zone, receives direct particle and water inputs by the Charente and the Seudre Rivers. The bay is also indirectly influenced by inputs from the Gironde Estuary, depending on hydrological and meteorological forcing. Fluvial trace metal inputs via the Charente and Seudre Rivers were evaluated during 2006-2007. Trace metal fluxes in the Seudre River were negligible due to its low mean annual freshwater discharge. Dissolved (<0.2µm) and particulate Cd and Cu concentrations and specific fluxes in the Charente River were similar or higher than those in the Garonne River. The reactivity of trace metals in the Gironde/Charente Estuaries, in the coastal zone and in the Marennes-Oléron Bay was investigated by 20 oceanographic campaigns and by a monthly monitoring (2007) of the Southern Marennes-Oléron Bay. The major parts (>90%) of total dissolved Cd, V and U concentrations along the turbidity and the salinity gradients were present in the labile fraction. In contrast, 30-70% of dissolved Co concentrations and 50-60% of dissolved Cu were strongly-bound to dissolved complexes. Based on 15 dissolved trace metal profiles, we evaluated the variability of dissolved trace metal distributions and speciation in the Gironde Estuary and proposed an empirical model for the estimation of dissolved trace metal annual net fluxes exported to the coastal ocean. Coupling ADCP measurements with geochemical data obtained at the Gironde Estuary mouth during entire tidal cycles and for contrasting conditions, we determined the residual particulate trace metal daily net fluxes. Comparison of our results with a hydro-sedimentary model allowed estimating the particulate trace metal net fluxes of the Gironde Estuary at the annual scale for 2007. Characteristic trace metal ratios in the residual particulate fraction of SPM and sediment were identified to trace particle transfer from the Gironde to the Marennes-Oléron Bay. This approach and the study of the shape of the turbid plume by satellite imaging suggest that the Gironde Estuary contributes 50-75% of the total annual SPM inputs into the bay via the Maumusson inlet. Based on these original results and combining in situ measurements and desorption experiments we proposed an annual budget of Cd and Cu fluxes into the Marennes-Oléron Bay. Dissolved Cd fluxes of the Charente Estuary accounted for ~61% of the total Cd inputs into the Marennes Oléron Bay, while ~60% of the total Cu inputs were transported by the particles from the Gironde Estuary.

La présente étude traite de la contamination par les hydrocarbures, des sédiments superficiels de différentes stations réparties sur deux sites : la baie de Skikda (située en Méditerranée) et l'oued Saf-Saf (dans sa partie aval) qui se jette dans cette baie. Cette contamination a été étudiée des points de vue répartition géographique, origine et nature des hydrocarbures extraits. Les teneurs en hydrocarbures trouvées sont légèrement plus élevées dans le site oued Saf-Saf (278 mg.kg-1sed. sec), que dans le site mer (200 mg.kg-1sed. sec).Comparativement à d'autres études effectuées en mer Méditerranée, nos résultats témoignent d'un niveau moyen de contamination. L'identification des principales origines des hydrocarbures présents dans les sédiments des deux sites, a été effectuée en utilisant plusieurs indices relatifs aux hydrocarbures saturés et aux hydrocarbures aromatiques polycycliques.Les valeurs de ces indices ont permis de mettre en évidence plusieurs origines pour les hydrocarbures aussi bien dans le site oued Saf-Saf, que dans le de la baie de Skikda (origines biogènes naturelles terrestre et/ou marine, origines pyrolytiques naturelle ou pétrolière et origines pétrolières). Une étude statistique a fait l'objet d'une seconde partie de ce travail, à l'aide d'une série d'analyses et de tests univariés (ANOVA, Tukey et Dunnett appliqués aux périodes, puis aux stations pour chacune des 5 caractéristiques étudiées), bivariés (étude des corrélations) et multivariés (MANOVA, ACP et analyse hiérarchique). Ces tests ont été appliqués aux données des deux sites d'études et ont permis de confirmer les résultats obtenus dans la première partie du travail. / The present study treats with the contamination by hydrocarbons, with superficial sediments of various stations repartee on two sites : the bay of Skikda (situated in the Mediterranean Sea) and the Saf-Saf oued (in its part downstream) with flows into this bay.This contamiation was studied by point of view geographical distribution, origin and nature of hydrocarbons extracts. The contents in found hydrocarbons are slightly more raised in the Saf-Saf oued (278 mg.kg-1sed. dry), that in the site sea (200 mg.kg-1 sed. dry). Compared with other studies made in the Mediterranean Sea, our results testify of an average level of contamination. The identification of the main origins of hydrocarbons presents in sediments of both sites, was made by using several indications relative to hydrocarbons saturated and in aromatic polycyclic hydrocarbons. The values of these indications allowd to highlight several origins for hydrocarbons as well in the Saf-Saf oued, as in Skikda bay (originate biogenic natural terristerial and/or marine, originate natural or oil pyrolytic and oil origins). A statistical study made the object of a second part of this work, by means of series of analysisesand of one-various tests (ANOVA, Tukey and Dunnett applied to periods, then to the stations for each of 5 characteristics), two-various (study of the correlations) and several-various (MANOVA, ACP and hierarchical analysis). These tests were applied to the data of both sites of studies and allowed to confirm the results obtained in the first part of the work.

L'étude sur le potentiel de bioaccumulation des mollusques comme bioindicateur est un effort important à appliquer rigoureusement dans les régions tropicales. Cette thèse présente les résultats de notre enquête pendant deux ans (2012-2013) dans 4 sites côtiers de la baie de Nha Trang de la province de Khanh Hoa (Viet Nam). L'étude a utilise des méthodes d'analyse appropriées pour déterminer la pollution en métaux lourds des sédiments et interpréter la capacité de bioaccumulation de ces métaux lourds dans plusieurs types de mollusques pour la proposer des bioindicateur et évaluer les risques lies a la consommation de ces mollusques provient des substances toxiques. Les résultats de cette étude ont démontré que la concentration de métaux lourds comme Cr, Cd, Cu et Zn ne présent pas les effets biologiques. Un traitement des résultats sur le choix d'une espece comme bioindicateurs, y compris Laternula anatine, Glauconome virens, Katelysia hiantina et Geloina coaxans en terme de bioaccumulation BSAF de métal dans leurs tissus. Les facteurs de bioaccumulation conduisant au choix d'un espèce particulière, la quelle K.hiantina pourrait être le meilleur indicateur de la pollution par les métaux. / The study on the potential bioaccumulation of mollusks as bioindicator is an important effort that contributes to the findings of method in monitoring pollution in an environment of tropical regions. This thesis reports the results of our investigation of heavy metals in mollusks and sediment samples collected from four coastal sites of different environmentally background in Nha Trang bay and adjacent areas, Khanh Hoa province, Viet Nam during 2 years from 2012 to 2013. The study used suitable analyzing methods update to find the bioaccumulation capacity of trace metals in marine ecosystems, evaluation of the bioavailability of potentially toxic substances on human health risks and available for predicting the environmental fat and effects of pollutions. Results from this study demonstrated that the 5 metals As, Cr, Cd, Cu and Zn concentrations of sediments were acceptable or moderate biological effects. These studied mollusk species including Laternula anatine, Glauconome virens, Katelysia hiantina and Geloina coaxans have high potential factors in term of metal BSAF in their tissues. They have served as good bioindicator organisms, in which K.hiantina might be the best indicator of metal pollution as it is high presence, abundance and wide geographical distribution in the study area.

Les activités anthropiques ainsi que des phénomènes naturels sont à l’origine de risques avérés pour l’environnement. L'Indonésie est un pays archipélagique qui contient de nombreuses îles et régions côtières, où la croissance exponentielle des activités anthropiques a exposé l’environnement indonésien à de graves détériorations au cours des dernières décennies. Cette étude vise à explorer (qualitativement et quantitativement) les niveaux de contamination des sédiment de surface et du biote (P. Viridis, P. erosa,) au travers de deux sites atelier : la baie de Jakarta et la lagune de Segara Anakan (Java, Indonésie).Les méthodes de préparation des échantillon (extraction par solvant puis purification par chromatographie d’adsorption) suivies de l’analyse des extraits par GC/MS/MS ont été développées et qualifiées (linéarité, spécificité, reproductibilité).Les n-alcanes, HAP, PCBs et OCs sont détectés à des teneurs pouvant atteindre respectivement 1935 µg/kgPS, 916 µg/kg PS, 116,49 µg/kg PS, et 16,70 µg/kg PS, dans des sediments et 1739 µg/kg PS des HAPs et 24,79 µg/kg PS des OCs dans le biote. Les hydrocarbures, comme les HAPs sont majoritairement d’origine pétrolière (fuites, transport utilisation) même si la contribution pyrolytique est toujours présente.L’évaluation du risque environnemental a été réalisés pour les HAP, PCBS et et les OCs en utilisant les lignes directrices de la qualité des sédiments (RQS). Ces données peuvent servir de référence de base dans le cadre du programme de gestion intégrée des bassins versants impliquant la biodiversité, l'écologie de l'eau douce, et l'activité économique dans le domaine de cette étude. / Environmental problems can increase due to anthropogenic activities or natural phenomena. Indonesia is an archipelagic country that consists of many islands and coastal regions, where the growth of anthrophogenic and natural activities has exhibited severe environmental degradation in the past few decades. This study aims to explore (both qualitatively and quantitatively) the extent and sources of organic contaminants, i.e., n-alkanes in surface sediments; PAHs, PCBs and OCs in sediments and mussels, P. viridis from Jakarta Bay, North Jakarta, and P. erosa from the Segara Anakan Lagoon. Each protocol was continued with qualitative and quantitative analysis by GC-QQQ(triple-quadropole)/MS. Matrix interferences have been evaluated with proper samples with suitable yield of extraction and analysis. The n-alkanes, PAHs, PCBs and Organochlorin pesticides are detected in the highest levels in sediments, respectively 1935 µg/kg dw, 916 µg/kg dw, 116,49 µg/kg dw, and 16,70 µg/kg dw. In addition, the highest levels of PAHs (1739 µg/kg dw) and OCs levels (24,79 µg/kg dw) were found in biota. The source of hydrocarbons source, such the PAHs were generalelly petroleum source (transport utilization) although the pyrolytic are still present in sediments and biota. Environmental risk assessment from sediment quality guidelines (SQGs) were used to evaluate the probability risk in marine environments. Besides SQGs, sediments and mussels also in regard to the extent of the PAHs, PCBs and OCs (i.e. pp’-DDE) have been compared to other studies conducted at some polluted sites.

La thèse se propose d'étudier le phénomène de prise en glace saisonnière sur les littoraux et les espaces marins proches des Golfes de Botnie et de Riga (Mer Baltique), et l'impact de ces glaces marines hivernales sur leurs milieux physiques et humains. La problématique s'interroge donc sur les processus climato-maritimes responsables de l'embâcle et de la débâcle des glaces saisonnières et sur leurs conséquences environnementales, économiques et sociétales. L'intérêt de cette recherche réside en l'analyse comparative qu'elle engendre du fait de sa démarche à la fois environnementale et sociétale, à la charnière des questions de Nature et Sociétés propres à l'analyse géographique. L'étude des littoraux du fond de la Mer Baltique se concentre alors sur deux régions distinctes : celles d'Oulu en Finlande et de Riga en Lettonie. La comparaison de ces deux domaines politiquement, économiquement et culturellement différents est riche d'enseignement pour comprendre la diversité des réactions et des adaptations à la gestion de la contrainte naturelle imposée par ces phénomènes glaciels. Il s'agit donc, dans ce travail, d'analyser les caractéristiques glacielles de la Mer Baltique d'une part, et la diversité des formes d'occupation humaine et de l'adaptation des sociétés à ces phénomènes d'autre part. Enfin, il s'agit de s'interroger sur les incidences socio-économiques de la variabilité historique des conditions glacielles ainsi que celles du réchauffement climatique contemporain sur les activités traditionnelles et actuelles hivernales et sur la navigation maritime.

La Baie du Mt-St-Michel est un milieu mégatidal dont le remplissage holocène a débuté il y a 8000 ans BP. La Baie présente aujourd'hui des environnements contrastés : une baie sensus stricto à l'Ouest, un système estuarien à l'Est, et un littoral sableux exposé aux houles au NE. A partir de données de sismique THR et de carottage, des architectures de remplissage différentes sont mises en évidence : progradante puis aggradante dans la baie, aggradante puis chenalisante dans le domaine estuarien et le long du littoral NE. L'ensemble des résultats permet d'établir un modèle de remplissage caractérisé par : un cortège transgressif de faible volume ; un cortège de haut niveau marin très développé ; une surface de ravinement tidale de grande extension, pouvant localement atteindre le substratum ; une surface de ravinement par la houle présente en marge de l'axe estuarien ; une préservation de séquences sédimentaires liée à une accommodation d'origine tidale dans l'axe estuarien, et d'origine eustatique sur les marges. A l'échelle du bassin, les disparités spatio-temporelles du potentiel de préservation des séquences sont très importantes. Dès que la vitesse de la transgression holocène diminue à partir de 6500 B.P., l'importance des facteurs locaux (hydrodynamisme, apports, morphologie du substratum) est mise en évidence. Les séquences préservées en marge de l'estuaire enregistrent des changements environnementaux interprétés comme le résultat de crises climatiques d'une périodicité de 1500 ans. Si l'origine de ces crises est incertaine (cycles de Bond, cycles tidaux long terme, combinaison des deux), leur rôle dans l'évolution des littoraux doit être considéré comme majeur.

Le phénomène de mélange magmatique est étudié à l'aide d'une double approche pétrologique et analogique. L'injection d'un nouveau magma dans un réservoir magmatique qui nous intéresse ici, représente le stade initial de mise en contact de deux magmas contemporains et contrôle les possibilités ultérieures d'homogénéisation. L'étude pétrologique porte sur deux intrusions cadomiennes du Nord du Massif Armoricain : (a) l'Intrusion de Coëtmieux-Fort La Latte (ICFL) présente une grande variété de structures syn-plutoniques (filons, enclaves microgrenues) alors que (b) l'Intrusion de Saint-Brieuc (ISB) est essentiellement constituée de produits , hybrides. Afin de prolonger les études antérieures sur l'injection (a) en trois dimensions dans des fluides newtoniens et (b) en deux dimensions (cellules de 'Hele Shaw) dans un milieu non-newtonien viscoplastique, des expériences analogiques d'injection d'eau dans un fluide non-newtonien viscoplastique (suspension d'argile) ont été réalisées dans un dispositif tridimensionnel. Les domaines d'existence des différents phénomènes et régimes d'écoulement en , sont déduits. Ils permettent de cerner les conditions de formation des structures géologiques notamment lorsqu'e(les sont planes. En conclusion, (a) dans l'ICFL la plupart des structures syn-plutoniques (y compris les enclaves) ont pu se former alors que le pluton avait atteint son site de cristallisation alors que (b) dans l'ISB, les interactions ont été plus précoces (plus haute température) et l'hybridation a eu lieu au cours de l'ascension du magma.

La baie du Mont Saint-Michel (France) est un espace littoral en perpétuelle évolution, naturelle, mais aussi socioéconomique. Le littoral - et particulièrement l'estran - de la baie, occupé diversement depuis des millénaires, est le support sur lequel les populations locales ont développé des techniques d'exploitation et des réseaux sociaux. Ce que nous considérons comme un système socioéconomique et politique local, fondé sur les activités " traditionnelles " (pêche à pied, conchyliculture, chasse, élevage ovin, etc.), est aujourd'hui bouleversé par l'intervention de facteurs extérieurs, liés à des changements globaux de gouvernance des littoraux et à l'appropriation de la baie par des occupants d'un genre nouveau, adeptes de nature sauvage et d'espaces préservés. Dans cette thèse, nous effectuons la description des différentes façons d'occuper l'estran de la baie, et des groupes d'exploitants anciens ou nouveaux, leur cohabitation, avant de procéder à l'analyse, à travers le spectre de l'application de " programmes " politiques de gestion et d'aménagement des littoraux fondés sur les critères du développement durable (particulièrement " Natura 2000 "), de la manière dont les groupes d'acteurs permanents du littoral, vont ou non, chercher à s'adapter ou à s'opposer à la définition de ces nouvelles normes de gestion, ces nouvelles activités et occupants, pour conserver leurs repères, leurs " droits d'usage ", leur organisation.

En Manche, le golfe normano-breton se distingue par plusieurs particularités environnementales telles que la présence de structures hydrodynamiques tourbillonnaires autour des îles anglo-normandes, un des plus large estran européen en baie du Mont-Saint-Michel en raison d'un marnage exceptionnel, et de nombreuses activités humaines liées au tourisme, à la conchyliculture ou à la pêche artisanale. Au regard de son grand intérêt écologique et économique, le golfe constitue ainsi l'une des principales zones côtières pour laquelle des mesures coordonnées de gestion prenant en considération les impacts des activités humaines existantes est nécessaire. Dans ce contexte, afin d'évaluer l'impact des contraintes environnementales naturelles ou anthropiques sur la structure des communautés benthiques, deux systèmes à deux échelles spatiales différentes ont été étudiés : la communauté des sédiments grossiers à Glycymeris glycymeris du golfe normano-breton et l'estran de la baie du Mont-Saint-Michel. Les principales questions que nous avons traitées sont : (1) Comment les spécificités hydrodynamiques du golfe (i.e. structures ourbillonnaires) influencent la structure et la dynamique des communautés benthiques ? Quel est le rôle relatif des gradients environnementaux et de la conchyliculture sur les communautés benthiques de la baie ? Quel est le statut écologique de la baie ? A l'échelle du golfe, une très faible relation a été observée entre les cinq principales structures tourbillonnaires (i.e. Flamanville, Jersey, Guernesey, la baie de Saint-Brieuc et la baie du Mont-Saint-Michel) et la structure de la communauté des sables grossiers à G. glycymeris. La relative homogénéité de cette communauté est ainsi favorisée par la relative perméabilité des tourbillons et la distribution des espèces est plutôt contrôlée par la présence de fronts thermiques. Toutefois, des différences ont été observées dans les structures démographiques des principales espèces de bivalves (i.e. Paphia rhomboides, G. glycymeris et Timoclea ovata) entre les gyres, suggérant que la connectivité entre eux peut-être réduite. En dépit d'une élévation de la température d'environ 1,5°C au cours des 30 dernières années, une étude comparative de la distribution de quelques espèces entre nos données et des données acquises dans les années 70 ne met pas en évidence de profondes modifications à de rares exceptions près. A cette échelle, l'effet du réchauffement peut être associé aux perturbations induites par la pêche pour expliquer le déclin ou le développement des espèces. A l'échelle de la baie du Mont-Saint-Michel, les distributions des assemblages benthiques et des 4 principales espèces de bivalves (i.e. Abra alba, Cerastoderma edule, Macoma balthica et Spisula ovalis) suivent un gradient altitudinal conventionnel. Elles sont fortement contrôlées par des facteurs environnementaux naturels (i.e. hauteur sur l'estran, granulométrie) alors que la conchyliculture joue un rôle mineur : celle-ci favorise uniquement localement le développement d'espèces opportunistes, en particulier des oligochètes et des polychètes cirratulidae. La principale conséquence environnementale de la conchyliculture a vraisemblablement été l'introduction du gastéropode Crepidula fornicata qui régule fortement la production primaire au sein de la baie. L'analyse des structures démographiques des bivalves suggère que l'instabilité du sédiment influence fortement les patrons de recrutement de certaines espèces. Le statut écologique de la baie du Mont-Saint-Michel a été déterminé à partir de 6 indices biologiques développés dans le cadre de la Directive Cadre sur l'Eau (i.e. H', AMBI, BOPA, M-AMBI, UK index, DK index). La baie apparaît globalement classée dans un statut ‘bon' ou ‘fort' bien que les valeurs du statut écologique calculées par les différents indices puissent différer. Par exemple, dans un milieu soumis à de fortes contraintes environnementales naturelles qui influencent fortement la richesse spécifique ou les densités totales, la qualité de certains indices est altérée. Finalement, une carte des habitats de la baie a été dressée sur la base des cahiers d'habitats mise en place avec Natura 2000.