La qualité nutritionnelle de la mangue se construit du champ à la mise sur le marché. Outre le stade de maturité à la récolte, les facteurs environnementaux comme l'irrigation en pré-récolte, ou la température de stockage en post-récolte peuvent avoir une incidence sur la composition du fruit. Les caractéristiques physico-chimiques de la mangue sont également reliées à sa réponse aux espèces réactives d'oxygène (ERO) générées naturellement par la maturation, mais aussi par les contraintes externes (stress abiotiques), avec une incidence directe sur la durée de vie commerciale et la qualité du fruit. Ce travail de thèse a pour objectifs d'évaluer les effets relatifs du stade de récolte, du déficit hydrique ou de la conservation au froid (7 et 12 °C) sur la capacité de réponse de la mangue Cogshall aux ERO et sa capacité de synthèse en caroténoïdes et en polyphénols, composés impliqués dans la qualité nutritionnelle et participant avec l'ascorbate à la régulation du stress oxydatif. L'identification des caroténoïdes et composés phénoliques de la mangue Cogshall, a permis (i) d'approfondir les connaissances existantes sur le cultivar et (ii) de disposer d'un référentiel pour évaluer l'impact des paramètres abiotiques étudiés. La maturation induit un stress oxydatif majeur, mais il est montré que le potentiel de régulation du stress oxydatif lié aux conditions environnementales est partiellement lié au stade de maturité. À la récolte à un stade vert-mature, le déficit hydrique appliqué se traduit par une augmentation du stress oxydatif, avec des teneurs plus élevées en H2O2 et des teneurs en ascorbate plus importantes pour les fruits les plus précoces, une synthèse des teneurs en composés phénoliques marquée. En revanche après maturation, le stress associé à la crise respiratoire estompe les tendances observées quel que soit le stade de récolte. La voie de biosynthèse des caroténoïdes est modulée par le déficit hydrique avec une accumulation marquée d'acide abscissique. Le stockage à basse température pendant 14 jours favorise le stress oxydatif. Après maturation à 20 °C, le stade de récolte et de la température appliquée vont moduler le métabolisme des mangues. Les fruits précoces stockés à basses températures ont les teneurs en caroténoïdes les plus faibles et une capacité de réponse peu développée aux ERO alors que des fruits plus avancés ont un système de défense plus actif et une meilleure accumulation des caroténoïdes. Enfin, les corrélations entre les descripteurs de qualité classiques et la composition des fruits mettent évidence des relations assez robustes entre teneurs en sucres et extrait sec soluble et caroténoïdes majoritaires et angle de teinte, mais montrent aussi des décalages entre caroténoïdes totaux et angle de teinte, entre acidité titrable et acides organiques, quand les fruits sont conservés au froid. / The construction of mango nutritional quality begins in the field and ends on the shelf. In addition to the ripening stage at harvest, environmental factors such as irrigation and post-harvest storage temperature can influence fruit composition. The physico-chemical properties of mango are also related to its response to reactive oxygen species (ROS) that are naturally generated during ripening, as well as to external constraints (abiotic stress), which have a direct impact on shelf life and fruit quality. The aim of this thesis is to evaluate the effects of harvest stage, water deficit and cold storage (7 and 12 °C) on the response ability of Cogshall mango towards ROS and on its ability to synthesize carotenoids and phenolics compounds involved in nutritional quality and that contribute, with ascorbate, to the regulation of oxidative stress. The identification of carotenoids and phenolics from Cogshall mango made it possible to: (i) expand existing knowledge about this cultivar; and (ii) assess reference data in order to evaluate the influence of the abiotic parameters studied.Ripening induces a major oxidative stress, but it was shown that the regulation potential for oxidative stress linked to environmental conditions was, in part, driven by harvest stage. At harvest for the green-mature stage, the water deficit applied resulted in an increase in oxidative stress, with higher H2O2 and ascorbate contents for the earliest fruits, accompanied by a pronounced increase in phenolic content. However, after ripening, the stress linked to the respiration crisis eliminates the trends observed at harvest, regardless of the stage. The carotenoid pathway was modulated by water deficit with a marked accumulation of abscisic acid. Cold storage for 14 days encourages oxidative stress. After ripening at 20 °C, both harvest stage and storage temperature will modulate mango metabolism. Early fruits stored at low temperatures had low carotenoid contents and low ROS scavenging capacities, whereas later fruits had a more active defense system and a better accumulation of carotenoids. Finally, correlations between classic quality descriptors and fruit composition provided strong relationships between sugar contents and dry soluble extract and between major carotenoid contents and hue angle. However, discrepancies were observed between total carotenoids and hue angle and between titratable acidity and organic acid contents when fruits were kept in cold storage.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les réelles opportunités de croissance dont bénéficient les marchés liés à l'utilisation de fibres végétales en tant que renfort dans les matériaux composites sont intimement liées aux performances concurrentielles de ces fibres par rapport à celles de fibres de verre en particulier l’allégement, l’amortissement et l’isolation thermique. Dans l'industrie de la fibre de chanvre, le rouissage est le premier traitement appliqué aux plantes afin de faciliter la séparation des fibres de la partie ligneuse centrale de la tige. Ce traitement est actuellement réalisé de manière empirique en champ conduisant à l’obtention de fibres de qualité variable (couleur, morphologie, microstructure, composition biochimique, propriétés thermiques et mécaniques) ce qui constitue un frein à leur utilisation plus large dans des composites hautes performances. Par conséquent, la maîtrise du rouissage est primordiale. L’objectif de ce travail de thèse est de développer une approche globale de cette étape-clé de la production des fibres de chanvre en combinant à la fois l’étude du mécanisme biologique du rouissage, celle des caractéristiques intrinsèques des fibres et celle des émissions gazeuses et des odeurs associées à l’étape de rouissage. Différents items ont été particulièrement examinés :- L’influence de la durée du rouissage et de la période de récolte sur les caractéristiques intrinsèques des fibres de chanvre (couleur, morphologie, composition biochimique, microstructure, propriétés mécaniques, propriétés thermiques).- L’évolution des émissions de composés organiques volatils (COV) et de l'odeur lors du rouissage en champ.- La dynamique temporelle des densités de population des communautés bactériennes et fongiques pendant le rouissage- L'impact du rouissage en champ (climat méditerranéen) et du rouissage accéléré (conditions contrôlées en laboratoire) sur les propriétés microstructurales, thermiques et mécaniques d’un biocomposite polypropylène/fibre de chanvre / The natural fibres are increasingly used as reinforcements in polymer composites due to their challenging performances compared to conventional fibres in term of good specific mechanical properties, damping and thermal insulation. In the hemp industry, the retting is an upstream processing applied to the plants in order to facilitate the separation of fibres from the central woody part of the stem. This treatment is currently carried out in an empirical way in the fields that leads to a large variability in the hemp fibres instrinsic characteristics (color, morphology, biochemical composition, microstructure, thermal and mechanical properties) which limit their large use in high-performance composites. Therefore, controlling retting treatment is a crucial step. The aim of this thesis is to develop a global approach to this key step in the production of hemp fibers by combining the study of the biological mechanism of retting, the intrinsic characteristics of fibers and that of emissions volatile organic compounds and odors associated with the retting step. Different items were particularly examined:- The influence of retting duration and harvest period on the intrinsic characteristics of hemp fibers (color, morphology, biochemical composition, microstructure, mechanical and thermal properties).- The evolution of Volatile Organic Compounds (VOCs) and odors of hemp stems during field retting- Temporal dynamics of population densities of bacterial and fungal communities during retting- The impact of field retting (Mediterranean climate) and accelerated retting (controlled conditions in the laboratory) on the microstructural, thermal and mechanical properties of a polypropylene / hemp fibers biocomposite

La fusariose de l'épi est une maladie grave des cultures céréalières du Québec. Il a été établi que la quantité de résidus de culture laissée par le travail du sol et l'application de glyphosate pouvaient augmenter l'intensité de cette maladie. L'objectif de cette étude était de déterminer l'effet du glyphosate, appliqué sur un précédent cultural de soya, sur l'intensité de la fusariose du blé et de l'orge et la production d'inoculum de Fusarium graminearum selon trois travaux du sol : labour à l'automne, travail réduit du sol au printemps et semis direct. L'expérience a été répétée sur deux années (2007-2008), à deux stations expérimentales localisées au Québec. Généralement, l'application de glyphosate n'a pas influencé significativement l'intensité de la fusariose ou la production d'inoculum de F. graminearum, quel que soit le travail du sol exécuté. En revanche, l'effet du cultivar était fortement significatif. Ce dernier facteur, combiné aux conditions climatiques et à l'inoculum aérien de F. graminearum présent au-dessus des parcelles, serait davantage associé à l'intensité de la maladie que l'application de glyphosate.

L'abscission prématurée des aiguilles constitue un problème majeur pour l'industrie de l'arbre de Noël dans les provinces Atlantiques du Canada. Les objectifs de cette étude étaient donc de déterminer: 1) l'effet de l'éthylène endogène et exogène sur l'abscission des aiguilles, 2) l'effet de l'utilisation d'inhibiteurs de l'activité de l'éthylène sur l'abscission des aiguilles, 3) l'activité des cellulases associées à l'éthylène et l'abscission des aiguilles, 4) l'interaction entre l'éthylène et la variabilité génotypique, et 5) l'effet de l'éthylène sous des conditions de perte d'eau réduite. Nos résultats ont démontré que l'éthylène est impliqué comme signal d'abscission pour les aiguilles du sapin baumier. Il a été constaté que l'évolution de l'éthylène endogène a augmenté à des taux variant de 10,5 à 20,0 (j.L-g"lh"' suivie immédiatement de l'abscission complète des aiguilles. Selon la concentration utilisée, l'apport exogène d'ethylene a réduit la durée de rétention des aiguilles de 30 à 70%. En absence d'éthylène exogène, l'inhibition de l'éthylène avec AVG ou 1-MCP a retardé respectivement l'abscission des aiguilles de 113 et 73%. D'autre part, l'éthylène a stimulé l'activité des cellulases. Les branches ne démontrant aucun signe d'abscission ont eu une activité cellulase de 0,4 unité alors que les branches induites par l'éthylène exogène et endogène ont eu une activité respective de 4,6 et 3,1 unités. Les génotypes ayant une faible durée de rétention de leurs aiguilles ont libéré 50% plus d'éthylène et ont réagi à l'éthylène exogène plus tôt que les génotypes possédant une durée de rétention élevée de leurs aiguilles. Enfin, le contrôle de la perte d'eau a significativement retardé l'abscission induite par l'éthylène. Ainsi, l'exposition des branches à 90% d'humidité ou à une température de 5°C a diminué la perte d'eau, l'évolution de l'éthylène et l'abscission des aiguilles. Le stockage des branches à une humidité de 90% a été particulièrement efficace augmentant de plus de 3 fois la durée de rétention des aiguilles. Il est ainsi suggéré que le sapin baumier réagisse à de faibles stress hydriques en libérant de l'éthylène. Une exposition de courte durée à l'éthylène est toutefois bénéfique alors qu'une exposition continuelle stimule les enzymes hydrolytiques qui culminent en l'abscission des aiguilles.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / La lutte contre la faim est un défi majeur en Afrique subsaharienne. En effet, 24,1 % de sa population souffre de sous-alimentation, et la malnutrition touche plus d'un tiers des enfants de moins de cinq ans. Malgré le fait que la production de fruits et légumes ne cesse de croitre, le problème ne s'améliore pas, car les producteurs d'Afrique subsaharienne font faces à des grosses pertes. Plusieurs solutions sont proposées et déployées pour réduire ces pertes, notamment l'utilisation d'emballages de protection. Cette étude vise à analyser la rentabilité de l'emballage notamment l'emballage biosourcé pour la réduction des pertes des fruits et légumes durant le transport pour le cas de Ouganda. Un état de l'art des pertes de fruits et légumes en Afrique Sub-Saharienne est proposé. Il s'agit précisément d'identifier les causes des pertes, les conséquences, les différentes solutions déployées rencontrées dans la littérature et la cartographie des solutions d'emballage utilisées pour la réduction des pertes. A l'aide de la cartographie des acteurs de la chaîne de valeur des fruits et légumes, de leurs influences pour l'adoption d'emballages et une analyse multicritère avec la méthode MACBETH, nous déterminons quel acteur pourrait acheter des emballages. Cette analyse est basée sur quatre critères, qui ont été sélectionnés après consultation d'experts et d'acteurs de la chaîne de valeur Ougandaise. Les résultats montrent que les distributeurs et les collecteurs sont les plus favorables à l'adoption d'emballages pour la protection des fruits et légumes destinés à la consommation locale. À partir des résultats de l'analyse multicritère, un modèle pour évaluer la rentabilité de l'emballage a été proposé. Il s'agira de déterminer le prix du nouvel emballage en fonction de son efficacité. Nous introduirons Efficience Économique Relative de l'Emballage (EERE) qui permettra de comparer le nouvel emballage aux emballages existants sur le marché. Ce modèle nous permet d'effectuer une étude de cas sur la banane en Ouganda. Cette étude de cas a permis de déterminer les paramètres tels que l'efficacité et le pourcentage investis par l'acteur pour l'achat de l'emballage. / The fight against hunger is a major challenge in sub-Saharan Africa. Indeed, 24.1% of its population is undernourished, and malnutrition affects more than a third of children under five. Even though fruit and vegetable production continues to grow, the problem is not improving, as producers in sub-Saharan Africa are facing large losses. Several solutions are proposed and deployed to reduce these losses, including the use of protective packaging. This study aims to analyze the cost-effectiveness of packaging, particularly biobased packaging, in reducing losses of fruits and vegetables during transport in the case of Uganda. A state-of-the-art of fruit and vegetable losses in Sub-Saharan Africa is proposed. It is precisely to identify the causes of losses, the consequences, the different solutions deployed meet in the literature and the mapping of packaging solutions used for the reduction of losses. With the help of the mapping of actors in the value chain of fruits and vegetables, their influences on the adoption of packaging, and a multi-criteria analysis with the MACBETH method, we determine which actor could buy packaging. This analysis is based on four criteria selected after consultation with experts and stakeholders in the Ugandan value chain. The results show that distributors and collectors are the most favorable to the adoption of packaging to protect vegetables for local consumption. Based on the results of the multi-criteria analysis, a model to assess the cost-effectiveness of packaging was proposed. The aim is to determine the price of the new packaging according to its efficiency. We will introduce the EERE which will allow us to compare the new packaging to existing packaging on the market. This model allows us to conduct a case study on bananas in Uganda. This case study allowed us to determine a seeming solution for parameters such as efficiency and the percentage invested by the actor for the purchase of the packaging.

Malgré le fait que la coloration de l'aubier par les champignons de bleuissement affecte seulement l'esthétique du bois sans altérer ses propriétés, elle abaisse sa valeur marchande et freine son exportation, causant des pertes financières importantes à l'industrie forestière. L'utilisation de souches albinos (non pigmentées) de champignons de bleuissement est une approche de lutte biologique prometteuse permettant de traiter les billots immédiatement après la coupe. L'objectif principal de ce projet de doctorat était donc de développer une souche albinos d'une espèce à croissance rapide, le Ceratocystis resinifera, afin de l'utiliser comme agent biologique de protection du bois contre le bleuissement. À partir d'ascospores de C. resinifera, nous avons réussi à isoler une souche albinos que nous avons nommée Kasper. Le potentiel de Kasper à prévenir le bleuissement du bois a été testé et comparé à celui de Cartapip-97, un agent de lutte biologique disponible sur le marché pour prévenir le bleuissement des billots de pin tordu et de pin rouge. Lors d'essais en laboratoire, Kasper a réduit jusqu'à 94.4% le bleuissement de billots d'épinette blanche, soit plus efficacement que Cartapip-97. Lors de quatre essais effectués sur le terrain dans la région de Québec, Kasper a permis de réduire jusqu'à 80% le bleuissement de billots d'épinette noire. Dans tous les cas, l'albinos de C. resinifera a été plus efficace que Cartapip-97 à l'exception d'un seul essai. Ces résultats suggèrent que des souches albinos dérivées du champignon C. resinifera pourraient être une source additionnelle d'agents de lutte biologique contre le bleuissement du bois. Pour s'assurer de l'innocuité environnementale de Kasper, des tests ont été effectués pour évaluer le pouvoir pathogène de ce dernier et de souches sauvages de C. resinifera sur des plants de conifères et de feuillus. C. resinifera a démontré un pouvoir pathogène parfois négligeable, parfois relativement élevé selon les conditions. Cependant, nous ne connaissons pas encore la nature des insectes vecteurs de C. resinifera, bien que cela semble peu probable que se soient des scolytes primaires capables d'attaquer des arbres sains. Nous n'avons donc pas pu conclure sur le risque de l'application opérationnelle de Kasper. Une étude sur la génétique et la structure des populations de C. resinifera a aussi été réalisée pour évaluer le risque d'utiliser Kasper à la grandeur du Canada et de perturber l'écologie de populations locales au cas où Kasper proviendrait d'une population génétiquement distincte des autres populations canadiennes. L'ADN de 129 isolats de C. resinifera provenant de neufs sites à travers le Canada a été amplifié avec 13 amorces qui ont généré 108 marqueurs RAPD (19 polymorphes, 54 allèles rares et 35 monomorphes). Les analyses de la fréquence allélique de ces marqueurs ont révélé une faible diversité génétique (//s = 0.045) ainsi qu'une différentiation génétique (OST= 27.4%) entre les populations de l'Est et celles de l'Ouest du Canada. La différentiation suggère la présence d'une barrière reproductive géographique située dans les Prairies canadiennes où la présence de plante-hôtes y est plus restreinte. Cependant, selon les analyses, cette barrière ne serait pas complètement impénétrable. / Sapstain of wood caused by ophiostomatoid fungi does not affect the structural properties of wood but, since it alters its appearance, it nevertheless reduces the value of wood products, thereby inducing considerable financial losses to the wood products industry. The application of albino strains derived from sapstain fungi is a promising biological control strategy against sapstain of wood. Therefore, the main objective of this Ph.D project was to develop an albino strain of an aggressive saspstain fungus, such as Ceratocystis resinifera, to prevent sapstain in freshly felled logs. We recovered an albino strain, named Kasper, from ascospores of C. resinifera and we tested its potential in preventing sapstain and compared its performance with an albino strain of O. piliferum, commercially available under the trade name Cartapip 97 as a biological control agent against sapstain on lodgepole pine and red pine logs. In a laboratory trial, Kasper reduced sapstain of white spruce logs up to 94.4% and was more efficient than Cartapip-97. In field trials conducted in an area north of Québec City, Kasper reduced sapstain of black spruce up to 80%. In three out of four field trials, Kasper was significantly more efficient than Cartapip-97 in reducing sapstain development. The exception was encountered in a 2003 trial conducted in a sawmill yard where Kasper did not reduce sapstain. These results suggest albino strains derived from C. resinifera might be an additional source of potential biocontrol agents against sapstain. To ensure the environmental innocuousness of large-scale applications of Kasper, we tested the pathogenicity of both wild-type and albino strains of C. resinifera in five greenhouse trials and in one field trial. This fungus showed weak to moderate pathogenic ability depending on conditions. However, we cannot conclude about the risk of using Kasper as a protective agent on logs since the nature of its insect vectors still remains unknown, although it is suspected to be fungal feeding insects that rarely attack healthy living trees. The development of a biological control agent derived from C. resinifera should include an assessment of the genetic variability and population structure of this fungus. This type of study, which is required for registration issues in countries such as Canada, would also help prevent the introduction of new genetic material into local populations, if Kasper were found to be genetically distinct. DNA of 129 isolates of C. resinifera from nine Canadian populations was amplifïed with 13 primers that generated 108 RAPD markers. The analysis of allelic frequencies showed an overall low genetic diversity among isolates (//s = 0.045). A notable genetic differentiation (OST= 27.4%) was nevertheless observed between Eastern and Western populations. This barrier of gene flow may resuit from the absence of host and intensive agriculture across the Great Plains but analysis suggested that this barrier is not totally impenetrable.

Le traitement au froid en post-récolte (TPR) des ananas (Ananas comosus. (L). M) destiné à ralentir la sénescence des fruits, induit « le brunissement interne de l'ananas » (BI). Afin d'étudier des gènes susceptibles de discriminer les variétés tolérantes, une comparaison entre des fruits frais ou soumis au TPR a été réalisée pour 4 variétés d'ananas différant par leur tolérance au BI. D'après les résultats, en réponse au TPR l'absence de symptômes de BI est associée à une « tolérance membranaire » et à une faible activité de la polyphenol oxydase. L'étude de l'activité de la phenylalanine ammonia-lyase et de l'ascorbate peroxidase a révélé que le froid induit une stimulation de l'activité de ces enzymes chez une variété sensible au BI. L'étude du catabolisme protéique a montré que la tolérance des fruits au BI était liée : à la sous-expression du gène d'une protéase à cystéine, et à une sur-expression de gènes codant une cystatine et une protéase à acide aspartique, dont l'ADNc a été caractérisé et cloné pour la première fois chez l'ananas. L'expression différentielle de ces gènes indique qu'ils pourraient être utilisés pour le criblage par PCR de variétés dans les programmes d'améliorations de l'ananas pour la résistance au BI / Pineapple fruits (Ananas comosus. (L). M) require postharvest chilling treatment (PCT) in order to extend the postharvest fruit quality during shipping exportation. However PCT induces an injury known as blackheart (BH), or fruit browning, which is characterized by the appearance of brown spots in the flesh. This work has focused on the study of the development of BH physiopathy in the context of postharvest treatment in 4 pineapple varieties differing in their resistance to BH. Results showed that BH was associated with high membrane tolerance, low activity of polyphenol oxidase and absence of the related isoforms. Under chilling stress, the activities of both phenylalanine ammonia-lyase and ascorbate peroxidase were enhanced in the BH susceptible variety. Various genes involved in protein catabolism under abiotic stress were also studied. BH resistance was shown to be linked to the down-regulation of a major cystein protease and to the up-regulation of cystatin, the natural inhibitor of cystein protease. An aspartic acid protease, isolated and sequenced for the first time in pineapple, was also studied. Opposed to cystein protease, the expression and activity of the aspartic acid protease was directly related to BH resistance. Taken together, the results gathered by this work suggest that these genes could provide useful molecular markers for PCR variety screening in breeding programs aimed at improving pineapple BH resistance

L’acide ascorbique (AsA) est un antioxydant essentiel à la fois pour l’homme et les végétaux. L’AsA provenant des plantes représente la source principale de vitamine C dans l’alimentation quotidienne. Au-delà de son impact nutritionnel, augmenter la teneur en AsA dans le fruit de tomate serait susceptible d’influencer la qualité des fruits après la récolte, en termes de conservation mais également de résistance à des pathogènes. Bien que le métabolisme de l’AsA soit bien caractérisé, les mécanismes impliqués dans sa régulation restent jusqu'à présent peu compris. Des études récentes menées sur des feuilles d’Arabisdopsis thaliana montrent que certaines protéines seraient capables de réguler la teneur en AsA, en agissant au niveau transcriptionnel ou post-transcriptionnel. A ce jour, ce type de régulation n’a pas été encore décrit chez les fruits. Dans ce but, une approche de génétique directe a été développée afin d’étudier les mécanismes impliqués dans la régulation de la teneur en AsA et ceci dans le fruit de tomate (Solanum lycopersicum). L’analyse d’une population de mutants EMS de tomate Micro-Tom a permis l’identification de lignées de mutants présentant des teneurs en AsA de 2,5 à 4 fois plus importantes que celles observées dans les fruits de tomate sauvage. La caractérisation de ces lignées a conduit à des résultats prometteurs pour l’étude de la qualité des fruits après la récolte. Une stratégie de NGS-mapping a permis l’identification des mutations causales responsables du phénotype AsA observé. Ainsi, le criblage de mutants EMS a permis la découverte de nouvelles protéines inattendues, permettant de confirmer au niveau moléculaire l’existence d’une interaction directe en la signalisation lumineuse et la régulation de la voie de biosynthèse de l’AsA. / The ascorbic acid (AsA) is an essential antioxidant in both plants and humans. Plant-derived AsA is the major source of vitamin C in the human diet. In addition to its effect on tomato nutritional value, increasing tomato AsA content would likely affect postharvest storage and resistance to pathogens of the fruit. While AsA metabolism is well characterized, the mechanisms involved in its regulation remain poorly understood. Recent studies in Arabidopsis leaves indicate that few regulatory proteins can regulate this pathway at transcriptional and post-transcriptional levels. Still nothing equivalent has been described in fruits. In that aim, a forward genetic approach has been carried out to investigate the regulation of AsA in tomato (Solanum lycopersicum) fruit. The screening of an EMS tomato mutant population in the miniature cultivar Micro-Tom for identifying mutant lines with AsA-enriched fruits was done. Among the 500 M2 mutant families screened, four mutant lines with higher AsA content ranging from 2.5 to 4 fold were selected. These mutant lines have been characterized for postharvest traits quality and showed promising results. A method based on NGS-mapping allowed the identification of the putative AsA-enriched related gene. Thus, the screening of EMS mutants led to original findings such as the discovery of new unexpected proteins regulating AsA in plants, and particularly in fruits. Our work confirms at the molecular level the direct interaction between light signaling component and the regulation of the AsA biosynthesis pathway.

Le cacao et le café sont les produits agricoles les plus échangés dans le monde. Ils subissent de nombreuses transformations post-récolte au niveau des pays producteurs (tropicaux) avant d'être exportés. Les procédés de traitements post-récolte diffèrent d'un pays à l'autre voire d'un agriculteur à l'autre. La transformation technologique du cacao en fèves marchandes et des grains de café en café vert nécessite un processus primaire de manutention. Ces pratiques participent et influencent, en général, la qualité marchande et organoleptique des produits destinés à la transformation. Notre hypothèse de travail est que les différents procédés de transformation post-récolte appliqués sur le café et le cacao ont une influence sur la structure des communautés microbiennes. L'objectif principal était de pouvoir mesurer cet effet en réalisant l'analyse globale des communautés microbienne en utilisant un outil de biologie moléculaire, la PCR-DGGE (Amplification par PCR couplée à l'électrophorèse sur gel en gradient dénaturant). Cette technique a été associée au séquençage afin d'identifier les espèces microbiennes majoritaires. Cette étude a montré que les communautés microbiennes associées aux grains de café et aux fèves de cacao varient au cours des différentes étapes pour chaque type de traitement post-récolte appliqué.Notre approche a permis de discriminer les voies de traitements, et l'origine géographique du café Camerounais et Indonésien. Notamment, nous avons montré que l'origine géographique et l'espèce de café utilisée ont un impact sur l'écologie microbienne du café moins important par rapport à celui du procédé. L'application au cacao nous a permis de relier l'analyse globale de l'écologie microbienne (DGGE) à l'analyse des composés volatils (SPME-GC-MS) afin de discriminer les différents traitements post-récolte. Des micro-fermentations ont été réalisées avec des souches microbiennes isolées du cacao (L. fermentum, A. pasteurianus, P. kudriavzevii et P. mashurica) dans le but d‘identifier l'origine des composés volatils détectés sur le cacao fermenté. Notre étude a contribué à montrer que la fermentation combinée à une courte durée de stockage avant fermentation est le procédé qui permet d'obtenir des fèves contenant plus de composés aromatiques désirables sur le cacao. Une analyse statistique a permis de combiner les résultats des deux types d'analyses (écologie microbienne et composés aromatiques) et de créer des relations entre les espèces détectées et les composés volatils présents. Les profils aromatiques identifiés ont permis d'envisager l'utilisation des souches testées comme starters de culture pour la fermentation du cacao. / Cocoa and coffee are the most traded agricultural commodities in the world. They undergo many post-harvest transformations in producing countries (tropical) before being exported. Post-harvest processes differ from one country to another and from one production site to another. The technological transformation of cocoa on commercial beans and of coffee to green coffee requires a primary process handling. These practices play a crucial role in global and organoleptic quality of the products that will be processed. Our work hypothesis isthat different post-harvest processing applied to coffee and cocoa have an influence on the structure of microbial communities. The main objective was to measure this effect by performing a global analysis of microbial ecology using a molecular biology tool (PCR-DGGE, PCR amplification coupled to denaturing gradient gel electrophoresis). This technique allows variations in microbial communities to be detected and the main microbial species to be identified by sequencing.Our approach permitted to discriminate treatments, and the geographical origin of Cameroonian and Indonesian coffees. Notably, we showed that geographical origin and coffee species have a minor impact on the structure of the microbial communities when compared to the type of process used (wet or dry).By applying the approach to cocoa, we could link the global analysis of microbial ecology (PCR-DGGE) to the analysis of volatile compounds (SPME-GC-MS) to discriminate the different post-harvest treatments. Micro-fermentation were carried out with strains isolated from cocoa (L. fermentum, A. pasteurianus, P. kudriavzevii and P. mashurica) in order to identify the origin of the volatile compounds detected in the fermented cocoa. This study contributed to to show that fermentation combined with a short storage duration before fermentation is the best method to obtain cocoa beans with more desirable aromatic compounds. The statistical analysis was used to combine the results of the two types of analyzes (microbial ecology and aromatic compounds) and get relations between the detected microbial species and volatile compounds. The identified aromatic profiles prompted us to consider the use of the tested microbial strains as starter culture for cocoa fermentation.