Beavers are members of Castoridae - the family of large rodents characterized by a robust skull of sciuromorphic type, a sciurognathous mandible, dentition with a tendency to hypsodoncy and incisives by uniserial microstructure. The aim of the thesis is a detailed morphometric analysis of the fossil material of beavers coming from the early Miocene (MN 3a) locality Ahníkov I, II in the Czech Republic. In the numerous material comprising 388 fragmentary specimens, all belonging to the genus Steneofiber, two distinct species were distinguished, attributed here as - Steneofiber eseri (the larger form) and Steneofiber aff. dehmi (the smaller form). Their taxonomy, systematics and assumed position within existing phylogenetic models were discussed. Key words: Castoridae, Steneofiber, Czech republic, Ahníkov, MN 3, early Miocene

Die in der vorliegenden Arbeit verwendeten wissenschaftlichen Namen und die vorgenommenen nomenklatorischen Handlungen sollen nicht für nomenklatorische Zwecke im Rahmen des International Code of Zoological Nomenclature (ICZN) berücksichtigt werden. Die Namen der neu beschriebenen Taxa wurden daher in Einvernehmen mit der Prüfungskommission in Anführungszeichen gesetzt. Um die Namen und nomenklatorischen Handlungen nach den Bestimmungen des ICZN verfügbar zu machen, erfolgt eine separate Publikation der Dissertation in abgeänderter Ausführung im European Journal of Taxonomy. The scientific names and nomenclatural acts in this paper are not to be considered for nomenclatural purposes as defined by the International Code of Zoological Nomenclature (ICZN). All newly established names are therefore written in quotation marks. In order to make these names officially available, a separate publication based on this dissertation is being published in the European Journal of Taxonomy. / Die vorliegende Arbeit stellt eine umfassende Revision der Grabwespengattung Sphex (Hymenoptera: Sphecidae) für die afroropische Faunenregion sowie Madagaskar und die umliegenden Inseln dar. Die Ergebnisse basieren auf dem Studium von knapp 4000 aus dem Untersuchungsgebiet stammenden, genadelten Exemplaren von Sphex aus 16 international bedeutsamen Museumssammlungen. Insgesamt werden 46 Taxa behandelt, bei 16 von ihnen handelt es sich um Erstbeschreibungen. Für ihre systematische Einordnung wurden sieben neue Artengruppen postuliert, von denen einige höchstwahrscheinlich auch in weiteren biogeografischen Regionen vertreten sind. Es wurde ein dichotomer Bestimmungsschlüssel für alle nachgewiesenen Arten und Unterarten der Afrotropis angefertigt, außerdem erfolgt für jedes Taxon eine detaillierte Darstellung der wichtigsten morphologischen Merkmale sowie eine geografische Repräsentation der Verbreitung. In Kombination mit den morphologischen Daten konnte unter Zuhilfenahme von Methoden zur Extraktion und Sequenzierung von DNA außerdem zum ersten Mal eine Phylogenie innerhalb der Gattung Sphex erstellt werden. / A revision of the genus Sphex (Hymenoptera: Sphecidae) for the Afrotropical realm, Madagascar and the surrounding islands is presented. Results are based on the study of approximately 4000 pinned individuals from 16 international museum collections. Forty-six taxa are treated, 16 of which are described for the first time. Seven new species groups are proposed, dichotomous identification keys which include all known Sphex species and subspecies from Sub-Saharan Africa are created, detailed redescriptions and images of morphological characters are provided and geographical distributions of all taxa are depicted in maps. Using a combination of morphological data and genetic sequences obtained from some of the specimens, the first hypothesis for an intrageneric phylogeny of Sphex is proposed.

Up to date, three species of the genus Flavopimpla have been known from Vietnam, of which two species were described as new on the basis of the material collected from the country, viz. F. lanugo Pham, Broad & Wägele, 2013 from Xuan Son NP, Phu Tho Province and F. vinhcuuensis Pham, Broad & Wägele, 2013 from Phu Ly, Dong Nai Province. Resulted from recent field survey, one species Flavopimpla nigromaculata (Cameron) is recorded for the first time from the country and included to the previous key to already known Flavopimpla species of Vietnam. In addition, the distribution range of F. lanugo is extended northwards. / Cho đến nay, 3 loài thuộc giống ong cự Flavopimpla đã được ghi nhận ở Việt Nam, trong đó hai loài được miêu tả gần đây dựa trên các mẫu vật thu được trong nước bao gồm F. lanugo Pham, Broad & Wägele, 2013 ở Vườn Quốc gia Xuân Sơn, tỉnh Phú Thọ và F. vinhcuuensis Pham, Broad & Wägele, 2013 ở Phủ Lý, tỉnh Đồng Nai. Dựa trên các chuyến khảo sát gần đây, loài Flavopimpla nigromaculata (Cameron) được ghi nhận lần đầu tiên cho khu hệ côn trùng Việt Nam và được đưa vào khóa định loại tới loài của giống này đã có trước đây. Bên cạnh đó, vùng phân bố của loài F. lanugo cũng được ghi nhận mở rộng về phía bắc.

The genus Megarhyssa (Hymenoptera: Ichneumonidae: Rhyssinae) is reviewed from Vietnam for the first time, with three new country records, M. belluliflava, M. jezoensis, and M. hainanensis. In addition, the distribution range of M. praecellens, previously reported from Sapa, Lao Cai Province (North Vietnam), is extended to the South. A key to four already known Vietnamese species of this genus is provided with illustrated figures. / Đây là lần đầu tiên giống ong cự Megarhyssa (Hymenoptera: Ichneumonidae: Rhyssinae) được xem xét về mặt phân loại học ở Việt Nam với ba loài ghi nhận mới cho khu hệ côn trùng trong nước bao gồm M. belluliflava, M. jezoensis và M. hainanensis. Thêm vào đó, loài M. praecellens vốn trước đây được ghi nhận tại Sapa, tỉnh Lào Cai (Bắc Việt Nam), nay được ghi nhận lần đầu tại khu vực Tây Nguyên. Bài báo cũng đưa ra khóa định loại có hình minh họa bốn loài đã biết thuộc giống Megarhyssa ở Việt Nam

L’étude des champignons endophytes, ainsi que celle des autres composants du microbiote des plantes, a fortement bénéficié du développement des techniques de séquençage à haut débit à la fin des années 2000. Ces progrès technologiques ont notamment permis la popularisation du métabarcoding, une approche servant à identifier les composants de la biodiversité et d’étudier leur distribution au sein d’échantillons environnementaux grâce à leur contenu en ADN. L’abondance des données produites, ainsi que la standardisation de la préparation des échantillons permises par ces techniques de séquençage ont modifié en profondeur la perception de l’ampleur de la diversité fongique. Cependant, les préceptes de l’endophytologie fongique restent majoritairement dictés par les études basées sur les mises en culture bien qu’elles ne parviennent, comme l’ont démontré les études moléculaires, qu’à récolter une partie de la diversité fongique. Les techniques de séquençage à haut débit ne sont pas sans biais elles aussi puisqu’elles tendent à majorer les estimations de la biodiversité même avec les analyses les plus poussées. Les objectifs principaux de cette thèse étaient tout d’abord de développer une approche analytique rigoureuse afin d’estimer de façon conservatrice la biodiversité associée aux données issues du pyroséquençage 454; puis, de développer une meilleure compréhension de la structure de l’endomycobiote des arbres en milieu forestier tout en remettant en question les conclusions des études basées sur les mises en culture. La surestimation de la biodiversité est essentiellement liée à la conservation de séquences erronées qui participent à la formation du nombre important de singletons et doubletons généralement observés avec les techniques de séquençage à haut débit. Trois sources d’erreurs prédominent: la formation de chimères, la substitution de nucléotides lors de l’amplification et les erreurs de séquençage. Nous avons posé l’hypothèse que la sélection d’un sous fragment du code-barres moléculaire fongique, basée sur des propriétés particulières, pourrait si ce n’est identifier formellement ces séquences comme erronées, du moins limiter leur effet sur l’estimation de la biodiversité. Le fragment que nous avons considéré se compose du résidu de la petite sous-unité ribosomique (pSSU) situé à la suite de l’amorce ITS1F, et de l’espaceur transcrit interne 1 (ITS1). Nous avons montré qu’utiliser ce fragment pour analyser les données permet d’améliorer la sensibilité de la détection des chimères. La substitution de nucléotides ainsi que les erreurs de séquençage sont des phénomènes rares, et les séquences erronées sont donc faiblement représentées et relativement similaires à des séquences réelles et abondantes. Nous avons donc posé l’hypothèse qu’inclure le pSSU, dont la variabilité est plus faible que celle de l’ITS1, puisse étouffer l’impact de ces erreurs. Les séquences potentiellement erronées ont été regroupées avec les séquences réelles et abondantes dont elles déviaient, permettant ainsi de réduire la formation des singletons et des doubletons. Suite à cela, nous avons donc développé une méthode afin d’extraire directement le fragment pSSU-ITS1 des amplicons du code-barres fongique. À partir de l’endomycobiote d’un unique sapin baumier que nous avons analysé afin d’évaluer notre traitement de données dans notre premier chapitre, nous avons observé qu’utiliser le fragment pSSU-ITS1 en lieu et place de seulement l’ITS1 n’affecte pas les conclusions sur la structure de la communauté des champignons endophytes. Bien qu’il faille le considérer dans le cadre d’un échantillonnage limité, nous avons évalué, semble-t-il pour la première fois, l’ampleur de la diversité des champignons endophytes recueillis dans un arbre à un moment donné et extrapolé cette richesse à 2 536 ± 73 mOTUs. Nous avons confirmé dans notre second chapitre que les champignons endophytes présentent une certaine spécificité de tissu puisque l’endomycobiote des branches de sapins baumiers se divise selon le type de tissu considéré plutôt que de former une entité ubiquitaire uniformément répartie dans l’ensemble des branches. Enfin, dans notre dernier chapitre, nous avons montré que les mécanismes impliqués dans la colonisation de la plante hôte par les champignons endophytes se révèlent d’une complexité et d’une dynamique plus importantes que le processus d’accumulation passive suggéré par les études basées sur les mises en culture: les quatre dernières cohortes d’aiguilles de sapins baumiers que nous avons étudiées présentaient une diversité relativement conservée, mais des communautés différentes. / As for the studies of other members of the plant microbiota, fungal endophytology has vastly benefited from the development of High Throughput Sequencing techniques in the late 2000s. This technological progress has notably allowed for the popularization of metabarcoding, i.e. a DNA-based approach to identify biodiversity components from environmental samples and study the community composition and distribution. The massive production of data, and the standardization in the sample preparations associated with such methods, have deeply modified the perception of the extent of the fungal biodiversity. Yet fungal endophytology precepts remain largely inherited from culture-dependent methods which have been shown to yield a more fractioned portion of the biodiversity than the molecular-based approach, as many fungi are not amenable to standard culturing. HTS techniques are not without drawbacks either as they tend to inflate the biodiversity estimates even with state of the art analysis. The main goals of this thesis were first to develop a more rigorous approach to analyse data obtained from 454 pyrosequencing, one of the original HTS techniques, in order to estimate conservatively the biodiversity; and then to develop a better understanding of the structure of forest trees endomycobiota and challenge earlier conclusions based on culture-dependent methods. Inflation of the biodiversity is mostly due to remaining undetected erroneous sequences partially forming the large number of singletons and doubletons generally observed with HTS based studies. Three sources of error are significant: PCR chimeras, PCR single base substitutions, and sequencing error. Here we hypothesized that the selection of a sub-region of the fungal barcode displaying particular characteristics might, if not formally assess erroneous sequences as such, at least limit their impact on the estimation of the diversity. We thus considered a fragment composed of the partial ribosomal small sub-unit immediately following the ITS1F primer in addition of the ITS1 sub-locus (pSSU-ITS1). We showed that basing the analysis on the pSSU-ITS1 fragment enhances the sensitivity of chimera detection. As PCR single base substitutions and sequencing errors remain rare events, spurious sequences are rare too and somewhat similar to true abundant sequences. We hypothesized that the presence of the pSSU, whose variability is lower than that of the ITS1 sub-locus, might buffer these errors. Putative rare spurious sequences were grouped with the true abundant sequences they deviated from, thus reducing the proportion of singletons and doubletons. We then developed an approach to readily extract this pSSU-ITS1 fragment from fungal ITS amplicons. We observed from the endomycobiota of a single balsam fir that we produced to test our data treatment in the first chapter that considering the pSSU-ITS1 fragment did not alter the conclusions on the structure of the fungal endophytic community from ITS1 analysis. While it has to be considered with appropriate reservations due to the limited sampling, we also estimated, for the first time to the best of our knowledge, the extent of the fungal endophyte biodiversity harboured by a single tree at a precise time with an extrapolation of 2 536 ± 73 mOTUs. In the second chapter on the endomycobiota present in the different tissue types of balsam fir branches, we confirm that some tissue specificity is exhibited by fungal endophytes as our results suggest that the aerial endomycobiota of balsam fir trees might be fractioned in distinct communities depending on the tissue types. Finally, in the third chapter, we reveal that the mechanisms of colonization of the host plant by fungal endophytes might be more complex and dynamic that the suggested passive accumulation hinted by culture-dependent methods. The last four cohorts of needles from balsam fir sampled displayed relatively similar diversities, but harboured distinct communities.

Les espèces fongiques du genre Melampsora sont responsables de la rouille du peuplier, maladie importante en populiculture. La définition et la reconnaissance de ces espèces sont essentielles pour assurer des prises de décision rapides et efficaces en cas d’introduction ou de propagation de ces pathogènes. Tout d’abord, cette thèse fait le bilan de 170 ans de descriptions taxonomiques pour les espèces du genre Melampsora identifiées sur peuplier. L’analyse des publications scientifiques met en évidence le problème de la définition du terme ‘espèce’ au sein du genre Melampsora ainsi que les difficultés de reconnaissance pour les espèces et formes spéciales définies avec des critères taxonomiques traditionnels. Ensuite, le potentiel de 14 gènes mitochondriaux est évalué pour leur utilisation en tant que code-barres génétique, un outil de taxonomie moléculaire utilisé pour différencier les espèces. Seulement 3 des 14 gènes étudiés in silico présentent toutes les caractéristiques d’un code-barres génétique idéal. Évalués in vivo, aucun gène mitochondrial n’apparait meilleur que les loci ribosomaux déjà utilisés en taxonomie moléculaire pour le règne fongique. Puis, l’étude par code-barres génétique des différentes espèces du genre Melampsora identifiées sur les peupliers de la section Populus confirme ces résultats. Le locus ribosomique correspondant à l’espaceur interne transcrit (ITS) apparait comme le code-barres génétique le plus performant pour différencier les espèces et formes spéciales du complexe Melampsora populnea. De plus, cette étude a permis de révèler la distance génétique existante entre différentes espèces jusqu’à maintenant considérées comme synonymes, ainsi que de nombreuses erreurs d’identification au sein des herbiers nationaux canadiens. Ces résultats soulignent la nécessité d’une approche moléculaire, complémentaire à la taxonomie actuelle, pour permettre une définition plus robuste des espèces fongiques responsables de la rouille du peuplier. Enfin, l’étude de concordance généalogique de 4 régions génétiques indépendantes (ADN ribosomique, ADN mitochondrial et 2 gènes nucléaires codants) permet de définir les barrières existantes entre ces espèces au niveau phylogénétique. Les résultats de cette étude indiquent une probable coévolution entre les espèces du genre Melampsora et leur hôte écidien confirmant l’importance de l’identité de cet hôte dans la délimitation naturelle des espèces responsables de la rouille du peuplier. / Poplar rust species, belonging to the genus Melampsora, are considered the most important poplar disease. In case of introduction and/or propagation of these pathogens, species definition and recognition are critical steps in determining rapid and efficient management options. First, this thesis work reviewed 170 years of taxonomical descriptions for Melampsora species identified on poplar. This analysis of peer-reviewed publications showed uncertainties in the Melampsora species concept and difficulties in species and formae speciales recognition using traditional taxonomical criteria. Despite the development of molecular tools, recognition at the species level and evolutionary relationships among poplar Melampsora taxa remain obscure. Thus, 14 mitochondrial genes were evaluated as potential DNA barcodes, a recent popular molecular taxonomic tool proposed to identify species. Assessed in silico, only 3 out of the 14 genes showed all characteristics for an optimal DNA barcode. Moreover, biological validation indicated that no single mitochondrial gene gave a better taxonomic resolution than ribosomal loci, regions already widely used in fungal molecular taxonomy. A molecular approach, applied to Melampsora species identified on poplars from the botanical section Populus, confirms these previous results. A DNA barcode obtained from the ribosomal internal transcribed spacer (ITS) sequence provided the most accurate results for identifying and resolving taxa among Melampsora populnea, a taxonomical challenging species complex found on white poplars. Moreover, this DNA barcode approach provided evidence for genetic distance between two different species considered as synonymous and highlighted species misidentifications in specimens from Canadian national herbaria. These results confirmed the need for a molecular approach, in complement to previous taxonomical descriptions, to achieve a robust species definition among the poplar rusts. Finally, phylogenetic species boundaries were defined using genealogical concordance of four independent gene regions (ribosomal DNA, mitochondrial DNA, and 2 nuclear coding genes). The phylogenetic relationships revealed a potential co-evolution between Melampsora species and their alternate host (aecial host) and confirmed the importance of this criterion in natural poplar rust species delineation.

Les dommages causés par les pathogènes des plantes sont une menace redoutable pour l’environnement, la diversité, ainsi que pour une partie considérable des ressources naturelles forestières et agronomiques telles que les arbres, les plantes et les récoltes. Les endroits situés à proximité des ports d’importation pour le commerce international et des sites de décharge de déchets verts sont considérés comme étant à risque pour l’introduction d’organismes exotiques et indésirables tels que des insectes, des phytopathogènes et des plantes envahissantes. Bien qu’il existe plusieurs méthodes développées et validées selon des standards établis visant à détecter certains genres préoccupants ou espèces ciblées, la plupart d’entre elles sont mal adaptées aux analyses à grande échelle ou sont limitées en ce qui concerne le nombre d’organismes différents pouvant être détectés simultanément. L’objectif principal de ce projet était de développer une méthode de détection nouvelle, plus rapide, à haut débit, hyper sensible et couvrant de plus grandes superficies afin de contribuer à l’amélioration des méthodes de dépistage et de lutte contre les phytopathogènes et les espèces envahissantes. Le projet a tiré avantage d’enquêtes en entomologie d’envergure nationale et préétablies par l’Agence Canadienne d’Inspection des Aliments en réutilisant les liquides de préservation provenant de pièges à insectes. Ces pièges, en plus de pièges à spores et de pièges à granules de pollen issus du butinage par des abeilles, ont été utilisés pour recueillir des échantillons environnementaux à travers le Canada. Le développement d’un pipeline bio-informatique adapté aux types d’organismes recherchés a permis de supporter et d’analyser efficacement les grandes charges de données produites par la plateforme de séquençage de nouvelle génération (SNG) Ion Torrent. De plus, la conception d’amorces de fusion a conféré un pouvoir de multiplexage significatif aux analyses. Le pipeline intégré au métabarcodage a permis d’effectuer la biosurveillance d’entités phytopathogènes fongiques et oomycètes, de plantes envahissantes ainsi que de localiser des régions géographiques d’intérêt où des organismes indésirables ont été trouvés. Les résultats suggèrent l’existence de pathosystèmes entre des insectes xylophages et des maladies fongiques n’ayant jamais été reportés auparavant. De plus, certains pathogènes fongiques et leurs plantes hôtes ont été trouvés dans les échantillons de granules de pollen, et les espèces de plantes identifiées par SNG corroboraient avec l’identification visuelle des plantes ayant été effectuée sur le terrain. Certains des résultats obtenus par métabarcodage ont été validés avec des tests qPCR spécifiques à certaines espèces cibles, ce qui a confirmé le pouvoir et la sensibilité de cette nouvelle méthode. Par exemple, de minimes quantités de propagules d’espèces de Phytophthora spp. ont été obtenues. Plusieurs espèces faisant partie de genres préoccupants ont été détectées, dont les champignons phytopathogènes Heterobasidion annosum s.s., H. abietinum/H. parviporum, Leptographium spp., Ophiostoma spp., Gremmeniella spp. et Geosmithia spp. et les oomycètes phytopathogènes Peronospora spp., Pythium spp. et Phytophthora spp. Ces résultats prometteurs indiquent que des organismes de réglementation de partout dans le monde pourraient ajouter cette méthode de métabarcodage à leur boîte à outils servant à faire la biosurveillance et la détection d’espèces réglementées. Dans le cas où des zones nécessitant des enquêtes approfondies étaient localisées selon les résultats de métagénomique, des tests qPCR ou tout autre test validé demeurent essentiels, surtout lorsqu’il s’agit d’identifier des espèces critiques comme des ravageurs réglementés. En outre, comme les technologies de séquençage évoluent continuellement, elles produisent des données dont la qualité s’améliore constamment, et ce, à moindre coût. Par conséquent, il est anticipé que la qualité des bases de données sur lesquelles repose le métabarcodage se perfectionne du même coup, permettant également d’augmenter la capacité de résolution de la nouvelle méthodologie décrite. / Damage caused by plant pathogens represents a devastating threat to the environment, diversity, and a significant part of natural forest and agronomic resources such as trees, plants, and crops. Areas that are in close proximity to international trade ports and green waste disposal facilities are considered high-risk introduction sites for exotic and unwanted organisms such as insects, phytopathogens, and invasive plants. Although there are many standard methods developed to detect numerous specific genera of concern or target species, most are ill-suited for large-scale screening, or are limited in the number of different organisms that can be assessed at a time. The main objective of this project was to develop a new detection method which is fast, high-throughput, highly sensitive, and targets vast survey areas, in order to contribute in the improvement of the methods for screening and battling of phytopathogens and invasive species. Spore traps, insect traps, and honeybee-foraged pollen clusters were used to collect environmental samples across Canada. The project took advantage of entomology surveys conducted by the Canadian Food Inspection Agency by reusing preservative fluids from those insect traps. The development of a bioinformatics pipeline customized for the types of organisms screened allowed for the handling and efficient analysis of the large data loads produced with the Ion Torrent next-generation sequencing (NGS) platform. Additionally, the design of fusion primers conferred the analyses a significant multiplexing power. Integrating the pipeline to metabarcoding allowed for the biosurveillance of fungal and oomycete phytopathogens, as well as invasive plants, and pinpointing geographical regions of concern where unwanted species were found. Results suggest the existence of wood-boring insects and fungal diseases pathosystems never previously reported. In addition, certain fungal pathogens and their plant hosts were detected from the pollen cluster samples, and the plants species identified by NGS corroborated the records of the visual plant inspections performed in the field. Some of the metabarcoding results were validated with some species-specific qPCR assays, which confirmed the power and the sensitivity of this new method. For example, very low levels of some Phytophthora species propagules could be detected. Multiple species within genera of concern were identified, including the plant pathogenic fungi Heterobasidion annosum s.s., H. abietinum/H. parviporum, Leptographium spp., Ophiostoma spp., Gremmeniella spp., and Geosmithia spp., and the oomycetes Peronospora spp., Pythium spp., and Phytophthora spp. These promising results indicate that regulatory agencies across the world could combine our new metabarcoding approach to their regulated species monitoring and detection toolbox for biosurveillance and screening. In the case where areas requiring further inquiries are pinpointed based on the metagenomics results, qPCR or alternate validated assays remain essential, especially to resolve the identification of critical species such as regulated pests. Furthermore, given that constantly evolving sequencing technologies yield increasing quality data continually, and at reduced costs, it is anticipated that the quality of the databases on which metabarcoding relies will improve at the same time, therefore increasing the resolving capacity of the new method described.

La plupart des êtres vivants habitent des environnements dont les facteurs biotiques et abiotiques varient selon une échelle spatiale ou temporelle. Cette hétérogénéité environnementale joue un rôle important sur les processus adaptatifs des organismes. Dans ce contexte, les microorganismes sont des modèles avantageux pour tester les théories évolutives et sont également des sujets d’intérêt en écologie. L’objectif principal de cette thèse est d’apporter un éclairage sur l’adaptation des microorganismes aux environnements complexes, expérimentaux et naturels. D’abord, nous avons rassemblé dans une revue de littérature les connaissances acquises concernant les mécanismes moléculaires adaptatifs des microorganismes aux variations environnementales. Les stratégies adaptatives sont associées à la prédictibilité des variations environnementales et comprennent notamment la mémoire, l’anticipation cellulaire, la stratégie de minimisation des risques et le sauvetage évolutif. Ce chapitre a mis en avant l’opportunité d’appliquer des techniques d’ingénierie moléculaire et des expériences en conditions contrôlées pour étudier l’adaptation des microorganismes à leur environnement naturel et l’effet des interactions biotiques sur leur fitness. Ainsi, pour répondre à cet objectif, nous avons optimisé la mesure de la fitness en expérience de compétition chez l’espèce de levure bourgeonnante non domestiquée Saccharomyces paradoxus en marquant plus de 500 souches regroupant les principales lignées Nord-Américaines SpB, SpC et SpC*, par des code-barres moléculaires uniques. L’insertion n’ayant pas eu d’impact sur la croissance des souches, nous avons démontré que cette collection est fonctionnelle pour la méthode de Bar-seq et permet de détecter la fitness des souche individuelles ainsi que la fitness moyenne des lignées dans différentes conditions expérimentales. Par la suite, afin d’étudier l’adaptation locale chez S. paradoxus et l’effet des facteurs biotiques sur la fitness des lignées SpB, SpC et SpC*, nous avons réalisé une expérience de compétition avec les souches à code-barre de la collection dans un sol naturel.. Notre étude montre un effet de la communauté microbienne sur la différence de fitness relative entre les lignées ainsi qu’une potentielle adaptation locale chez SpC dont les souches locales ont une meilleure fitness que les souches distantes du site d’échantillonnage du sol. Ainsi, ces travaux de doctorat démontrent l’importance de réaliser des expériences dans des microcosmes naturels afin d’appréhender les facteurs influençant potentiellement l’histoire évolutive des microorganismes, comme les interactions biotiques et l’adaptation locale chez S. paradoxus. / Most organisms inhabit environments whose biotic and abiotic factors vary on a spatial or temporal scale. This environmental heterogeneity plays an important role in the evolutionary and adaptive processes. In this context, microorganisms are relevant models for testing evolutionary theories and are also subjects of interest in ecology. The main objective of this thesis is to shed light on the adaptation of microorganisms to complex, experimental and natural environments. As a first step, we gathered in a literature review the knowledge gained about the adaptive molecular mechanisms of microorganisms to environmental variations. The adaptive mechanisms are closely associated with the predictability of environmental changes and comprise memory, cellular anticipation, bethedging and evolutionary rescue. This chapter highlighted the opportunity to apply molecular engineering techniques and experiments under controlled conditions to study the adaptation of microorganisms to their natural environment and the effect of biotic interactions on their fitness. Thus, to meet this objective, we have optimized the measure of fitness in competitive experience in a non-domesticated yeast species, Saccharomyces paradoxus, by tagging with unique molecular barcodes more than 500 strains within the North American lineages SpB, SpC and SpC*. This collection has been shown to be functional for the Bar-seq method and allows to measure the fitness of individual strain as well as the average fitness of the lineages in different experimental conditions. Finally, in order to study the local adaptation in S. paradoxus and the effect of biotic interactions on the fitness of the SpB, SpC and SpC* lineages, we performed a competition experiment with the barcoded strains in a natural soil. We quantified the relative fitness of S. paradoxus strains and lineages and assessed the effect of the microbial community using control soil whose community was partially eliminated. To test the local adaptation of strains, the effect of their localization and their substrate on their fitness was analyzed. Our study shows i) a potential local adaptation in SpC whose local strains have a better fitness than the distant strains and ii) an effect of the microbial community on the relative fitness variation between the lineages. Thus, this thesis demonstrates the importance of performing experiments in natural microcosms in order to understand the which factors potentially influence the evolutionary history of microorganisms, such as biotic interactions and local adaptation in S. paradoxus.

Der zentrale Aspekt der Arbeit ist die Entwicklung einer Taxonomie, die eine wissenschaftliche Analyse und Beschreibung aller Arten von Computer-, Bildschirm- oder Videospielen zulässt. Untersucht werden dazu die folgenden Punkte: – die historische Entwicklung der Spiele von ludischen und narrativen Konzepten hin zu explorativen – die Elemente des Computerspiels und die Kontextuierung der Zusammenhänge – die Entwicklung der 2D-Spielewelten hin zu dreidimensionalen Räumen – ein Ansatz einer Kategorisierung der Vertreter unter neuen Kategorien.:I Einleitung 1 Motivation und Zielsetzung 2 Aufbau der Arbeit II Ludisch oder narrativ? Eine zweidimensionale Frage? 1 Einführung 2 Analyseansatz am konkreten Beispiel 3 Begriffsdefinition narrativ 4 Begriffsdefinition ludisch 5 Schema der Entwicklung des Computerspiels 6 I. Epoche, Gründerzeit 1950 – 1979 7 II. Epoche, Sturm und Drang 1980 – 1988 8 III. Epoche, Neudefinition 1989 – 2000 9 Auswertung III Explorativ. Die dritte Dimension. 1 Überleitung 2 Begriffsdefinition explorativ 3 Zusammenhang von Cyberspace und virtuellen Welten IV Eine Taxonomie des Computerspiels 1 Einführung 2 Elemente des Computerspiels 3 Klassifikation des Computerspiels 4 Ansatz einer Kategorisierung der Computerspielklassen V Schlussbetrachtung 1 Zusammenfassung 2 Ausblick VI Glossar VII Quellenangaben 1 Monographien und wissenschaftliche Ausarbeitungen 2 Artikel 3 Webseiten 4 Studien 5 Abbildungsverzeichnis

L’intérêt porté au développement de la compréhension écrite et, par conséquent, aux facteurs qui affectent son succès ou son échec, ainsi qu’aux pratiques de classe permettant de l’améliorer, a donné lieu à une abondance de recherches. Notre recherche vise à contribuer à ces efforts en étudiant le rôle de « l’inférence », une composante de la compréhension de lecture d’ordre supérieur. À cette fin, notre recherche a consiste à examiner la génération d’inférences lors de la lecture en identifiant les types d’inférences produites ainsi que les stratégies utilisées pour leur production. La génération d’inférences et l’utilisation de stratégies par les participants sont aussi traitées, dans le cadre de cette thèse, des liens qu’elles entretiennent avec marqueurs de réussite en lecture, tels qu’évalués par les épreuves standardisées. Notre étude poursuit ces objectifs dans un contexte de langue seconde en étudiant les performances d’un échantillon de 28 élèves ayant l’arabe comme langue promière et le français comme langue seconde. Les participants devaient lire un texte informatif et un texte narratif en francais. Les données sur la génération d’inférences au moment de la lecture par les participants ont été recueillies à l’aide d’un protocol de réflexions introspectives à voix haute, tandis que les données sur l’utilisation de stratégies ont été recueillies à l’aide d’une combinaison de protocoles de réflexion à voix haute introspectifs et rétrospectifs. Les habilités liées aux facteurs de réussite en lecture ont été mesurées à l’aide du test WIAT. Enfin, grâce à un questionnaure administré à tous les participants, nous avons pu établir des corrélations entre les données ciblées par cette étude et des variables sociodémpgraphiques associées aux participants. Les résultats des analyses qualitatives ont permis de faire émerger une taxonomie composée de cinq catégories d'inférence : pronominale basée sur le texte, anaphorique basée sur le texte, logique basée sur le texte, logique basée sur les connaissances et informationnelle basée sur les connaissances. Les analyses ont également permis d’identifier les différents types d'inférences englobés dans chacune de ces cinq catégories. Pour générer ces inférences, les participants ont utilisé un ensemble de 14 stratégies : « utilisation des connaissances linguistiques », « utilisation de mots-indices », « utilisation du contexte », « liaison », « utilisation des connaissances du monde », « attribution de valeurs par défaut », « faire preuve d'empathie », « commenter », « analyser l'inférence », « suspendre le jugement », « analyser les alternatives », « utiliser l'inférence précédente », « activer l'introduction » et « comparer ». Les analyses quantitatives ont révélé une production d'inférences plus prononcée au cours de la lecture du texte narratif par rapport à la lecture du texte informatif, en particulier en ce qui concerne les inférences basées sur le texte par rapport aux inférences basées sur les connaissances antérieures. Il a été constaté que les compétences en compréhension écrite étaient liées à la génération d'inférences et à l'utilisation de stratégies lors en contexte de lecture d’un texte informatif, mais pas dans le contexte de la lecture du texte narratif. / Interest in understanding reading comprehension skill and, in consequence, the factors that affect its success or failure, as well as, ultimately, the viable practices to improve it have yielded an abundance of research. Our research has sought to contribute to these efforts through studying the role of ‘inferencing’, a higher-order reading comprehension skill. To this end, our research involved examining inference generation during reading by identifying the types of inferences produced as well as the strategies used for their production. Participants’ online inference generation and strategy use were, then, evaluated in relation to reading comprehension skill. Our study pursues these objectives in a second language context by involving the participation of a sample of 28 L1 Arabic primary-level students who speak French as a second language. Thus, the texts used were in French and targeted both narrative and informative comprehension. Data on participants’ online inference generation were gathered using introspective think-alouds, while data on strategy use were gathered using a combination of introspective and retrospective think-aloud protocols. Participants’ reading comprehension skill was measured using the WIAT test. Possible sociodemographic influencing factors were considered using a questionnaire. Results of qualitative analyses concluded a taxonomy comprised of five inference categories: text-based pronominal, text-based anaphoric, text-based logical, knowledge-based logical, and knowledge-based informational. Analyses also identified the different inference types encompassed in each of these five categories. To generate these inferences, participants employed a set of 14 strategies: ‘use of linguistic knowledge’, ‘use of clue words’, ‘use of context’, ‘binding’, ‘use of world knowledge’, ‘assigning default values’, ‘empathizing’, ‘commenting’, ‘analyzing the inference’, ‘suspending judgement’, ‘analyzing alternatives’, ‘using previous inference’, ‘activating introduction’ and ‘comparison’. Quantitative analyses revealed more pronounced inference performance during narrative compared to informative comprehension, particularly, in relation with text-based compared to knowledge-based inferences. Reading comprehension skill was found to relate to inference generation and strategy use during informative but not narrative comprehension.