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Utilização do silício no manejo da queima foliar em capim-limão [Cymbopogon citratus (D.C.) Stapf / Use of silicon in the management of leaf blight in lemongrass Cymbopogon citratus (D.C) Stapf

Diniz, Lylian Perla 07 April 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T12:44:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1170731 bytes, checksum: 8fa8d5e7c7a1c08025f6dd08f23b2327 (MD5) Previous issue date: 2014-04-07 / Lemongrass [Cymbopogon citratus (D.C) Stapf.] is a medicinal plant of economic importance in pharmaceutical, perfumery, cosmetics and agriculture. The leaf blight caused by Curvularia andropogonis, is a major disease that causes damage to this species. Three experiments were carried out, both in terms of vegetation house and one in the laboratory, were conducted with the objective of quantifying the efficiency of alternative products the basis of silicon in handling, mycelial growth and sporulation of C. andropogonis. In experiments conducted in house of vegetation were quantified variables associated with the progress of the disease: the severity during the half of the duration of the epidemic (Y 50 ), the final severity (Y max ), the area under the curve of progress of the disease (AUDPC). In experiments conducted in the laboratory were quantified variables area under the curve of the mycelial growth (AUMGC) and sporulation. The experiments and the treatments evaluated were: Test 1 (E1): silicate of potash (1% ); extract of E. arvense; silicate of Ca and Mg ; Silicea 12CH (airway); Silicea 12CH (via soil) and witness (water + alcohol, via soil and air); In experiment 2 it was evaluated the same treatments in E1, except the bordeaux mixture, adding the treatments silicate of Ca and Mg and Ca and Mg silicate + Silicea 12 CH (via soil), while maintaining the control. In (3) evaluated if: Silicea 12CH; Silicea 30CH; extract of E. arvense (1:5); extract of E. arvense (1:10); silicate of potassium (0.5 %) and silicate of potassium (1%) and witness (PDA). The severity of the disease and the mycelial growth rate were evaluated weekly and in the range of two days, respectively. The experiment has been installed in a completely randomized design with three (E1) and five repetitions (E2 and E3). The severity of the disease and the mycelial growth rate were evaluated weekly and in the range of two days, respectively. The experiments were installed in a completely randomized design with three (E1) and five repetitions (E2 and E3). The data were submitted to analysis of variance (ANOVA), and the averages were compared by Fisher's LSD test at 5% probability. By Comparing the results of the treatment. Ensay1, potassium silicate resulted lower severity (5.16 %) to 59 days (Y 50 ) after transplanting compared to treatment Silicea12CH applied via soil (12.03 % ), but did not reduce the severity of 87 days (Y max ), compared to the untreated control. The other treatments for Y 50 and Y max did not differ statistically between themselves. For the variable AUDPC treatments silicate of potash (365.8), extract of E. arvense (365.8) and Silicea 12CH applied airway (462,2) demonstrated significant effect when compared to the control plots (704,8). The other treatments did not differ from control. The extract of horsetail (Equisetum arvense), potassium silicate and Silicea 12CH (airway) demonstrated effect on disease management. In trial 2 - comparing treatments for the Y50 was no significant difference between the control (12.38%) and potassium silicate treatments (1.88%), horsetail extract (3.10%), Ca and Mg silicate (4.90%) and Ca Mg silicate + Silicea 12 CH (the soil) (2.90%). Regarding the maximum severity (Ymax) all treatments differed from the control which resulted in higher severity (58.13%) at 93 days after transplanting. The AUDPC Witness (631) differed from all treatments except the Silicea 12CH applied to the soil (384). Only the potassium silicate treatment (94), horsetail extract (121) and Ca and Mg silicate (268) differed significantly from the treatment Silicea 12CH via soil as the AUDPC variable. In test 3 - the horsetail extract and potassium silicate showed significant effect on mycelial growth and sporulation of C. andropogonis, either inhibiting or stimulating. The extract of Equisetum arvense and potassium silicate were efficient in the management of leaf blight of lemon grass in greenhouse conditions. / O capim-limão [Cymbopogon citratus (D.C) Stapf.] é planta medicinal de importância econômica na indústria farmacêutica, de perfumaria, cosméticos e na agricultura. A queima foliar, causada por Curvularia andropogonis, é uma das principais doenças que causam danos a esta espécie. Três experimentos, dois em casa de vegetação e um em laboratório, foram realizados com o objetivo de quantificar a eficiência de produtos alternativos à base de silício no manejo, crescimento micelial e esporulação de C. andropogonis. Nos experimentos em casa de vegetação, foram quantificadas variáveis associadas ao progresso da doença: a severidade durante a metade da duração da epidemia (Y50), a severidade final (Ymáx) e a área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD). Nos experimentos em laboratório, foram quantificadas as variáveis: área abaixo da curva do crescimento micelial (AACCM) e a esporulação. Os experimentos e os tratamentos avaliados foram: Ensaio 1 (E1): silicato de potássio (1%); extrato de cavalinha; calda bordalesa; Silicea 12CH (via aérea); Silicea 12CH (via solo) e testemunha (água + álcool, via solo e aérea); no ensaio 2, avaliaram-se os mesmos tratamentos de E1, exceto a calda bordalesa, acrescentando os tratamentos silicato de Ca e Mg e silicato de Ca e Mg + Silicea 12 CH (via solo) e mantendo a testemunha. No ensaio (3), foram avaliados: Silicea 12CH; Silicea 30CH; extrato de cavalinha (1:5); extrato de cavalinha (1:10); silicato de potássio (0,5%) e silicato de potássio (1%) e testemunha (meio BDA). A severidade da doença e a taxa de crescimento micelial foram avaliadas semanalmente e no intervalo de dois dias, respectivamente. Os experimentos foram instalados em delineamento inteiramente casualizado com três (E1) e cinco repetições (E2 e E3). Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias, comparadas pelo teste de Fisher LSD a 5% de probabilidade. Cotejando os resultados do Ensaio-1, observou-se que o tratamento silicato de potássio resultou em menor severidade (5,16%) aos 59 dias (Y50) após o transplantio, em comparação com o tratamento Silicea12CH aplicado via solo (12,03%), porém não houve redução da severidade aos 87 dias (Ymáx), comparado à testemunha. Os demais tratamentos, quanto a Y50 e Ymáx, não diferiram estatisticamente entre si. Com relação à variável AACPD, os tratamentos silicato de potássio (365,8), extrato de cavalinha (365,8) e Silicea 12CH aplicado via aérea (462,2) causaram efeito significativo quando comparados à testemunha (704,8); os demais tratamentos não diferiram desta. O extrato de cavalinha (Equisetum arvense), o silicato de potássio e a Silicea 12CH (via aérea) demonstraram efeito no manejo da doença. No ensaio 2, comparando os tratamentos quanto à Y50, houve diferença significativa entre a testemunha (12,38%) e os tratamentos silicato de potássio (1,88%), extrato de cavalinha (3,10%), silicato de Ca e Mg (4,90%) e silicato de Ca e Mg + Silicea 12 CH (via solo) (2,90%). Quanto à severidade máxima (Ymáx), todos os tratamentos diferiram da testemunha, que resultou em maior severidade (58,13%) aos 93 dias após o transplantio. A AACPD da testemunha (631) diferiu de todos os tratamentos, exceto da Silicea 12CH aplicada via solo (384). Apenas os tratamentos silicato de potássio (94), extrato de cavalinha (121) e silicato de Ca e Mg (268) diferiram significativamente do tratamento Silicea 12CH aplicado via solo quanto à variável AACPD. No ensaio 3, o extrato de cavalinha e o silicato de potássio demonstraram efeito significativo no crescimento micelial e na esporulação de C. andropogonis, seja inibindo-os, seja estimulando-os. O extrato de Equisetum arvense e o silicato de potássio foram eficientes no manejo da queima foliar de capim-limão em condições de casa de vegetação.
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Towards a functional analysis of African Xanthomonas oryzae pv. oryzae TALomes : identification of a novel virulence strategy / Vers une analyse fonctionnelle du TALome des souches Africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae : identification d'une nouvelle stratégie de virulence

Tran, Tuan Tu 10 December 2015 (has links)
Vers une analyse fonctionnelle du TALome des souches Africaines de Xanthomonas oryzae pv. oryzae : identification d’une nouvelle stratégie de virulence. Les bactéries du genre Xanthomonas injectent à l’intérieure de la cellule hôte des effecteurs de type TAL (Transcription Activator-Like) qui agissent comme des facteurs de transcription spécifiques à l’aide d’un nouveau domaine de liaison à l’ADN qui est programmable. La bactérie pathogène du riz Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) contient un nombre important de gènes TAL (de 9 à 16) dans leur génome. Tandis que un ou deux de ces gènes codent des facteurs de virulence majeurs, la contribution relative de chacun des autres gènes TALs à la pathogénie de Xoo reste encore obscure. Afin d’élucider cela, le génome complet de trois souches Africaines de Xoo a été analysé à l’aide de la technologie de séquençage PacBio. Une analyse phylogénétique des trois TALomes combinée à des prédictions de cibles des TAL in silico montre que les TALomes Africains sont très conservés et génétiquement distants des correspondants asiatiques. Les gènes TAL individuels des souches Africaines de Xoo MAI1 et BAI3 ont été sous-clonés via une nouvelle méthode d’analyse à moyen débit dans un vecteur d’expression compatible avec des tests de pathogénie. Un test systématique de « gain de virulence » de la fonction de chacun des 11 haplotypes TAL a été réalisé en les introduisant dans la souche de Xoo X11-5A qui est peu virulente et ne contient naturellement pas de TALs, révélant Tal2 comme un nouveau facteur de virulence majeur dans les souches Africaines de Xoo. La prédiction in-silico des cibles de Tal2 dans le promoterome de riz associée à des expériences de QRT-PCR ont mis en évidence deux cibles de virulence candidates de Tal2, OsTFX1 qui code un facteur de transcription de type bZIP déjà rapporté comme gène de sensibilité S commun à différentes souches Asiatiques de Xoo, et Os09g39810 (aussi appelé ici OsERF#123), qui code pour un facteur de transcription de la famille des protéines de type « ethylene response factor ». Des test de pathogénie ont confirmé l’induction spécifique de ce dernier obtenue à l’aide de TAL artificiels confère une sensibilité accrue du riz aux souches africaines de Xoo. Des expériences de type 5’-RACE ont montré que Tal2 induisait l’expression d’un transcrit alternatif caractérisé par une séquence « leader » plus longue. Nous faisons l’hypothèse que l’accumulation de ce transcrit alternatif spécifique de Tal2 interfère avec la fonction endogène de ce facteur de transcription de type ERF, dont nous montrons qu’elle est potentiellement impliquée dans l’induction des réponses de défense de la plante.Un autre axe de recherche de cette thèse a été d’initier la caractérisation des bactérioses du riz au Vietnam, qui est l’un des plus grands exportateurs de riz au monde. Tandis que la bactériose vasculaire due à Xoo a été rapportée plusieurs fois dans ce pays, une description formelle de la bactériose à stries foliaires causée par X. oryzae pv. oryzicola faisait défaut. Ici, nous avons confirmé l’occurrence de la BLS au Nord du Vietnam à l’aide d’une PCR-multiplexée. L’échantillonnage a également montré que les deux pathovars étaient présents dans cette région et parfois retrouvés sur la même feuille. Des analyses de la dynamique des populations de Xo et l’analyse fonctionnelle des TALomes serviront de base pour établir de nouvelles stratégies de lutte contre les xanthomonads infectant le riz au Vietnam. / Towards a functional analysis of African Xanthomonas oryzae pv. oryzae TALomes : identification of a novel virulence strategy Bacterial plant-pathogenic Xanthomonas translocate Transcription Activator-Like (TAL) effectors into plant cells to function as specific plant transcription factors via a novel programmable DNA-binding domain. Rice-pathogenic Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) strains contain multiple TAL genes (from 9 to 16) in their genome. While one or two act as major virulence factors, the relative contribution of each of the other members to Xoo pathogenicity remains unclear. To address that question, three African Xoo TALome have been analyzed using whole genome PacBio sequencing data. A phylogenetic analysis of the three TALomes combined to TAL targets in-silico predictions showed that African TALomes are highly conserved and genetically distant from Asian ones.Individual TAL genes from African Xoo strains MAI1 and BAI3 were directly sub-cloned via a self-developing medium-throughput approach into an expression vector suitable for pathogenicity analysis. A systematic “gain-of-virulence” analysis of the function of each of the 11 TAL effector clusters was assessed in Xoo strain X11-5A which has low virulence and is naturally devoid of TAL genes, revealing Tal2 as a novel major virulence factor in African Xoo. In-silico prediction for Tal2 binding sites in the rice promoterome and qRT-PCR analysis highlighted two virulence targets for Tal2, i.e. OsTFX1, which encodes a bZIP transcription factor previously known as a common susceptibility S gene targeted by Asian Xoo, and Os09g39810 (also referred to as OsERF#123), which encodes a putative transcription factor of the ethylene response factor family. Pathogenicity assays further confirmed that designer TALE-mediated specific induction of Os09g39810 confers higher susceptibility of rice to African strains of Xoo. 5’-RACE experiments showed that Tal2 induces the transcription of an alternative Os09g39810 transcript characterized by a longer leader sequence. We hypothesize that accumulation of this Tal2-specific transcript interferes with the endogenous function of this ERF-encoding gene, which is potentially involved with the induction of defense responses. Another project was to initiate the characterization of bacterial diseases of rice in Vietnam, one of the biggest rice exporting country over the world. While the occurrence of bacterial blight which is due to Xoo, was documented in several reports in this country, there was no formal description of bacterial leaf streak which is due to X. oryzae pv. oryzicola. Here, we attempted to confirm the presence of BLS in North Vietnam by using multiplex-PCR assay. The survey also indicated that both pathovars appear in this area and eventually in the same leaf samples. Further analysis of Xo populations dynamic and functional analysis of TALomes will be useful to infer novel strategies to control rice-pathogenic Xanthomonads in this country in the future.
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Characterization of corn inbred lines for disease resistance / Caracterização de linhagens de milho para resistência a doenças

Saito, Belisa Cristina [UNESP] 03 March 2017 (has links)
Submitted by BELISA CRISTINA SAITO null (belisasaito@gmail.com) on 2017-04-20T18:20:53Z No. of bitstreams: 1 Tese Belisa Saito.pdf: 1868613 bytes, checksum: 40d639682537f01c2cc01e7a92791445 (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-25T17:59:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 saito_bc_dr_ilha.pdf: 1868613 bytes, checksum: 40d639682537f01c2cc01e7a92791445 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-25T17:59:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 saito_bc_dr_ilha.pdf: 1868613 bytes, checksum: 40d639682537f01c2cc01e7a92791445 (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O milho é uma das culturas mais extensamente cultivadas em todo mundo. A incidência e a severidade de doenças têm aumentado significativamente nos últimos anos acarretando perdas no rendimento e afetando a qualidade dos grãos. Muitos trabalhos têm sido desenvolvidos na tentativa de identificar híbridos resistentes às principais doenças que acometem a cultura do milho, mas poucos são os relatos de estudos com linhagens. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi: 1) identificar linhagens resistentes e susceptíveis com base na área abaixo da curva de progresso de doenças (AACPD) para os sintomas de ferrugem tropical (TR), ferrugem polissora (SR), cercosporiose (GLS), helmintosporiose (NLB), mancha marrom (PBS) e mancha branca (PLS); 2) identificar linhagens resistentes e suscetíveis com base nos parâmetros de adaptabilidade e estabilidade fenotípica para os sintomas de cercosporiose, helmintosporiose, mancha marrom e mancha branca; 3) identificar as melhores datas de semeadura, com a maior ocorrência das doenças, para fins de avaliação de linhagens e outros genótipos para resistência. Cinquenta linhagens, derivadas de populações com grãos flint e dent, foram avaliadas em blocos casualizados com três repetições, aos 45, 60, 75 e 90 dias após a semeadura em duas épocas, para medição da AACPD. Para a análise de adaptabilidade e estabilidade, 41 linhagens foram avaliadas em blocos casualizados com três repetições, 30 dias após o florescimento feminino, em onze épocas de semeadura, usando o método de análise de regressão. Foram atribuídas notas de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 e 9 correspondendo a 0, 1, 10, 20, 30, 40, 60, 80 e > 80% de área foliar com sintomas de doença. Para a AACPD, a análise de variância conjunta foi significativa para TR, SR, GLS e PLS e a interação linhagens x épocas foi significativa para ferrugem tropical e polissora. Para GLS e NLB as 41 linhagens foram classificadas como resistentes, sendo que as maiores severidades de doenças ocorreram nas semeaduras entre Junho e Setembro. As linhagens IVF1-3, IVF1-7, IVF1 -9, IVF1-10, IVF1 -11, IVF1 -25, IVF1-230, IVD1-2, IVD1 -2-1, IVD1-3, IVD1-9, IVD1 -12, 2F, 3F, 6F, 9F, 10F, 4C, 2D e 7D foram classificadas como resistentes para as doenças estudadas, sendo indicadas para o desenvolvimento de sintéticos. Para a mancha marrom e mancha branca, as semeaduras de Abril, Junho, Julho e Agosto apresentaram maiores severidades de doenças. As linhagens IVD1-9, IVD1-10, 7D, 10D e 2F podem ser indicadas no desenvolvimento de sintéticos resistentes. / Corn is one of the most widely cultivated crops in the worldwide. The incidence and severity of diseases affecting crops have increased significantly in the past years, leading to yield losses and affecting grain quality. Many studies have been carried out with the attempt to identify hybrids that are resistant to the main diseases, but few reports have studied inbred lines. Therefore, the objectives of this study were: 1) identify resistant and susceptible inbred lines based on the area under disease progress curve (AUDPC) for tropical rust, southern rust, gray leaf spot, northern leaf blight, physoderma brown spot and phaeosphaeria leaf spot; 2) identify resistant and susceptible inbred lines based on adaptability and stability parameters for symptoms of gray leaf spot (GLS), northern leaf blight (NLB), physoderma brown spot (PBS) and phaeosphaeria leaf spot (PLS); 3) identify the best planting dates, with the highest occurrence of diseases, for the purpose of evaluating inbred lines and other genotypes for resistance. For AUDPC, fifty inbred lines, derived from populations with flint and dent grains, were evaluated in randomized block designs with three replications, at 45, 60, 75 and 90 days after planting in two seasons. For the analysis of adaptability and stability, forty-one inbred lines were evaluated in randomized blocks with three replications, 30 days after silking, in eleven planting dates, using regression analysis method. The scale of scores from 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 and 9 corresponding to 0, 1, 10, 20, 30, 40, 60, 80 and > 80% of leaf area with disease symptoms was used. For AUDPC, the joint analysis of variance was significant for TR, SR, GLS and PLS, while the interaction inbred lines x environments, was significant for TR and SR. For GLS and NLB, forty-one inbred lines were classified as resistant and the highest severities of diseases occurred in planting dates between June and September. The inbred lines IVF1-3, IVF1-7, IVF1 -9, IVF1-10, IVF1 -11, IVF1 -25, IVF1-230, IVD1-2, IVD1 -2-1, IVD1-3, IVD1-9, IVD1 -12, 2F, 3F, 6F, 9F, 10F, 4C, 2D and 7D were classified as resistant to the diseases studied and are indicated to produce synthetics. For PBS and PLS, the plating dates of April, June, July and August showed higher disease severity. The inbred lines IVD1-9, IVD1-10, 7D,10D and 2F may be indicated to produce synthetics.
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Produtividade da soja sob influência de ocorrência natural de Septoria glycines Hemmi e Cercospora kikuchii (Matsu. & Tomoyasu) Gardner com e sem controle químico. / Soybean yield under the effect of natural occurence of septoria glycines hemmi and cercospora kikuchii (matsu. & tomoyasu) gardner diseases with and without chemical control.

Martins, Mônica Cagnin 19 August 2003 (has links)
A ocorrência das doenças de final de ciclo causadas pelos fungos Septoria glycines e Cercospora kikuchii é facilmente observada no campo. Entretanto, são necessárias informações precisas sobre a quantificação de danos e perdas na produtividade, bem como, a definição da melhor época para aplicação de fungicidas. A falta de um método padrão de quantificação visual pode levar a estimativas imprecisas da severidade das mesmas, induzindo a conclusões erradas. Com os objetivos de elaborar e validar uma escala diagramática para a quantificação das doenças de final de ciclo da soja, avaliar o efeito dessas doenças sobre a produtividade, identificar o melhor estádio fenológico da cultura para o controle dessas doenças, verificar a relação entre a severidade dessas doenças e a produtividade e avaliar os efeitos das mesmas sobre a duração e absorção da área foliar sadia das plantas de soja, foram instalados experimentos na Fazenda Areão (ESALQ/USP), localizada em Piracicaba - SP. Utilizou-se o cultivar de soja MG/BR - 46 (Conquista), considerado suscetível a essas doenças, adotando-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, no esquema fatorial 2 x 3 (dois fungicidas: benomyl e tebuconazole e três momentos fenológicos de pulverização: R4, R5.3 e R6) com três tratamentos adicionais (testemunha, pulverização quinzenal de benomyl e pulverização quinzenal de tebuconazole), repetidos três vezes. Determinou-se a severidade dessas doenças; o número de vagens e de sementes por planta; a massa de 1000 sementes e a produtividade. Para quantificação da severidade dessas doenças foi elaborada uma escala diagramática a partir de folhas coletadas em campo, apresentando diferentes níveis de severidade. A área de cada folha e sua correspondente severidade foram determinadas e, seguindo-se a "Lei do Estímulo de Weber-Fechner", elaborou-se a escala com os níveis de severidade de doença: 2,4; 15,2; 25,9; 40,5 e 66,6%. A validação foi realizada por nove avaliadores, sem experiência na avaliação das doenças de final de ciclo, os quais estimaram a severidade de 30 folíolos de soja com sintomas destas doenças. A precisão das avaliações variou de acordo com o avaliador (0,84<R 2 <0,65), bem como a acurácia (0,00<a<3,40; 0,90<b<1,29), não ocorrendo erro sistemático na superestimativa ou subestimativa da doença entre os avaliadores. Com base nos resultados obtidos em três safras agrícolas consecutivas (1999/2000, 2000/2001 e 2001/2002), pôde-se concluir que: a) a escala diagramática desenvolvida é adequada para a quantificação da severidade das doenças de final de ciclo em soja; b) as doenças de final de ciclo, quando em severidade inferior a 10%, não afetam o número de vagens e sementes produzidos por planta mas, causam redução na produtividade da soja; c) os fungicidas benomyl e tebuconazole podem ser utilizados no controle dessas doenças; d) não foi possível determinar a época fenológica mais adequada para a pulverização de fungicidas, que proporcionasse aumentos na produtividade da soja; e) em severidade dessas doenças abaixo de 10%, não existe relação entre esta variável, a massa de 1000 sementes e a produtividade; f) a absorção da área foliar sadia é a variável que melhor expressa a relação entre a severidade dessas doenças e a produtividade da soja. / The occurrence of late season leaf diseases caused by the fungus Septoria glycines and Cercospora kikuchii is easily identified in field. However, there is a need of precise information to quantify the damage and yield losses as well as to define the best occasions for fungicide applications. The lack of a standardized visual method may lead to inaccurate estimates of their severity, inducing inexact conclusions. With the purposes: to elaborate and validate a diagrammatic scale to assess late season leaf soybean diseases; to evaluate the effect of theses diseases on yield; to identify the best soybean growth stages for chemical control; to verify the relation between severity of theses diseases and yield and to evaluate the effect of theses diseases on healthy leaf area duration and healthy leaf area absorption, were installed field experiments at Fazenda Areão (ESALQ/USP), in Piracicaba - SP. The soybean cultivar MG/BR - 46 (Conquista), susceptible to both diseases was sown in a complete randomized blocks design in factorial 2 x 3 (two fungicides: benomyl and tebuconazole and three application stages: R4, R5.3 e R6) and three extra treatments (control without application, fortnightly application of benomyl and fortnightly application of tebuconazole), at three replications. The severity, the pod number per plant, the seed number per pod, the mass of 1,000 seed and yield were determined. To quantify the severity of these diseases it was elaborated a diagrammatic scale, from leaves collected in the field presenting different levels of severity. The area of each leaf and its correspondent severity were determined, and following the "Stimulus Law by Weber-Fechner" a scale was elaborated with the severity levels: 2.4, 15.2, 25.9, 40.5 and 66.6%. The validation was carried out by nine appraisers, without previous practice in assessing late season leaf diseases, who estimate the severity on 30 leaflets of soybean with disease symptoms. The evaluation precision varied according to the appraiser (0.84<R 2 <0.65), as well as the accuracy (0.00<a<3.40; 0.90<b<1.29), do not occurring systematic mistakes in the super or underestimation of the disease among the appraisers. Based on the obtained results in three consecutive crop seasons (1999/2000, 2000/2001 e 2001/2002), it was possible to conclude that: a) the developed diagrammatic scale is appropriate to quantify the late season leaf diseases severity of soybean; b) the late season leaf diseases, when in severity below 10%, do not affect the number of pod and seeds per plant but cause reduction of yield; c) the fungicides benomyl and tebuconazole may be used to control these diseases; d) it was not possible to determine the most appropriate growth stage for fungicide application, which result in yield gain; e) under severity below 10% there are not relation between this variable and the mass of 1,000 seed and yield; f) the healthy leaf area absorption is the variable which most express the relation between the severity of this diseases and the soybean yield.
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Produtividade da soja sob influência de ocorrência natural de Septoria glycines Hemmi e Cercospora kikuchii (Matsu. & Tomoyasu) Gardner com e sem controle químico. / Soybean yield under the effect of natural occurence of septoria glycines hemmi and cercospora kikuchii (matsu. & tomoyasu) gardner diseases with and without chemical control.

Mônica Cagnin Martins 19 August 2003 (has links)
A ocorrência das doenças de final de ciclo causadas pelos fungos Septoria glycines e Cercospora kikuchii é facilmente observada no campo. Entretanto, são necessárias informações precisas sobre a quantificação de danos e perdas na produtividade, bem como, a definição da melhor época para aplicação de fungicidas. A falta de um método padrão de quantificação visual pode levar a estimativas imprecisas da severidade das mesmas, induzindo a conclusões erradas. Com os objetivos de elaborar e validar uma escala diagramática para a quantificação das doenças de final de ciclo da soja, avaliar o efeito dessas doenças sobre a produtividade, identificar o melhor estádio fenológico da cultura para o controle dessas doenças, verificar a relação entre a severidade dessas doenças e a produtividade e avaliar os efeitos das mesmas sobre a duração e absorção da área foliar sadia das plantas de soja, foram instalados experimentos na Fazenda Areão (ESALQ/USP), localizada em Piracicaba - SP. Utilizou-se o cultivar de soja MG/BR - 46 (Conquista), considerado suscetível a essas doenças, adotando-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, no esquema fatorial 2 x 3 (dois fungicidas: benomyl e tebuconazole e três momentos fenológicos de pulverização: R4, R5.3 e R6) com três tratamentos adicionais (testemunha, pulverização quinzenal de benomyl e pulverização quinzenal de tebuconazole), repetidos três vezes. Determinou-se a severidade dessas doenças; o número de vagens e de sementes por planta; a massa de 1000 sementes e a produtividade. Para quantificação da severidade dessas doenças foi elaborada uma escala diagramática a partir de folhas coletadas em campo, apresentando diferentes níveis de severidade. A área de cada folha e sua correspondente severidade foram determinadas e, seguindo-se a “Lei do Estímulo de Weber-Fechner”, elaborou-se a escala com os níveis de severidade de doença: 2,4; 15,2; 25,9; 40,5 e 66,6%. A validação foi realizada por nove avaliadores, sem experiência na avaliação das doenças de final de ciclo, os quais estimaram a severidade de 30 folíolos de soja com sintomas destas doenças. A precisão das avaliações variou de acordo com o avaliador (0,84<R 2 <0,65), bem como a acurácia (0,00<a<3,40; 0,90<b<1,29), não ocorrendo erro sistemático na superestimativa ou subestimativa da doença entre os avaliadores. Com base nos resultados obtidos em três safras agrícolas consecutivas (1999/2000, 2000/2001 e 2001/2002), pôde-se concluir que: a) a escala diagramática desenvolvida é adequada para a quantificação da severidade das doenças de final de ciclo em soja; b) as doenças de final de ciclo, quando em severidade inferior a 10%, não afetam o número de vagens e sementes produzidos por planta mas, causam redução na produtividade da soja; c) os fungicidas benomyl e tebuconazole podem ser utilizados no controle dessas doenças; d) não foi possível determinar a época fenológica mais adequada para a pulverização de fungicidas, que proporcionasse aumentos na produtividade da soja; e) em severidade dessas doenças abaixo de 10%, não existe relação entre esta variável, a massa de 1000 sementes e a produtividade; f) a absorção da área foliar sadia é a variável que melhor expressa a relação entre a severidade dessas doenças e a produtividade da soja. / The occurrence of late season leaf diseases caused by the fungus Septoria glycines and Cercospora kikuchii is easily identified in field. However, there is a need of precise information to quantify the damage and yield losses as well as to define the best occasions for fungicide applications. The lack of a standardized visual method may lead to inaccurate estimates of their severity, inducing inexact conclusions. With the purposes: to elaborate and validate a diagrammatic scale to assess late season leaf soybean diseases; to evaluate the effect of theses diseases on yield; to identify the best soybean growth stages for chemical control; to verify the relation between severity of theses diseases and yield and to evaluate the effect of theses diseases on healthy leaf area duration and healthy leaf area absorption, were installed field experiments at Fazenda Areão (ESALQ/USP), in Piracicaba - SP. The soybean cultivar MG/BR - 46 (Conquista), susceptible to both diseases was sown in a complete randomized blocks design in factorial 2 x 3 (two fungicides: benomyl and tebuconazole and three application stages: R4, R5.3 e R6) and three extra treatments (control without application, fortnightly application of benomyl and fortnightly application of tebuconazole), at three replications. The severity, the pod number per plant, the seed number per pod, the mass of 1,000 seed and yield were determined. To quantify the severity of these diseases it was elaborated a diagrammatic scale, from leaves collected in the field presenting different levels of severity. The area of each leaf and its correspondent severity were determined, and following the “Stimulus Law by Weber-Fechner” a scale was elaborated with the severity levels: 2.4, 15.2, 25.9, 40.5 and 66.6%. The validation was carried out by nine appraisers, without previous practice in assessing late season leaf diseases, who estimate the severity on 30 leaflets of soybean with disease symptoms. The evaluation precision varied according to the appraiser (0.84<R 2 <0.65), as well as the accuracy (0.00<a<3.40; 0.90<b<1.29), do not occurring systematic mistakes in the super or underestimation of the disease among the appraisers. Based on the obtained results in three consecutive crop seasons (1999/2000, 2000/2001 e 2001/2002), it was possible to conclude that: a) the developed diagrammatic scale is appropriate to quantify the late season leaf diseases severity of soybean; b) the late season leaf diseases, when in severity below 10%, do not affect the number of pod and seeds per plant but cause reduction of yield; c) the fungicides benomyl and tebuconazole may be used to control these diseases; d) it was not possible to determine the most appropriate growth stage for fungicide application, which result in yield gain; e) under severity below 10% there are not relation between this variable and the mass of 1,000 seed and yield; f) the healthy leaf area absorption is the variable which most express the relation between the severity of this diseases and the soybean yield.
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Pouvoir pathogène et résistance : implication des toxines dans l’interaction carotte-Alternaria dauci / Resistance and pathogenicity : how toxins are involved in the carrot-Alternaria dauci interaction

Courtial, Julia 18 April 2019 (has links)
La brûlure foliaire causée par Alternaria dauci est la maladie foliaire la plus dommageable pour les cultures de carottes, entravant la récolte mécanique. Seuls des cultivars partiellement résistants sont connus et commercialisés, mais leurs niveaux de résistance sont insuffisants. Les mécanismes de la résistance quantitative des plantes aux agents pathogènes sont mal caractérisés. Nous avons choisi d'étudier ces mécanismes dans l'interaction A. dauci-carotte. Auparavant, plusieurs résultats expérimentaux convergents ont montré que la résistance aux toxines fongiques entre en jeu dans cette interaction. Les tests de toxicité effectués avec des suspensions cellulaires de carotte ont révélé une corrélation entre la résistance des carottes à A.dauci et la résistance des cellules de carotte aux exsudats du champignon. Ces résultats nous ont incités à étudier les toxines impliquées dans le pouvoir pathogène d'A. dauci et afin de pouvoir étudier la réponse de la plante à celles –ci. En utilisant les profils HPLC de la phase organique d'exsudats de différentes souches de champignons, nous avons découvert une corrélation entre la production de toxines et l’agressivité de ces souches suggérant que la production de toxines joue un rôle majeur dans l’interaction A. dauci-carotte. Nous avons effectué l'extraction, la purification et la caractérisation de l'une des molécules candidates que nous avons nommé aldaulactone. Nous avons démontré sa toxicité grâce à un nouveau protocole de quantification de cellules mortes et vivantes. Un transcriptome d’A. dauci et une étude de l’expression des gènes en fonction de la production d’aldaulactone ont été utilisées pour étudier sa voie de biosynthèse. / Alternaria leaf blight, caused by the necrotrophic fungus Alternaria dauci, is the most damaging foliar disease of carrots, especially because it hampers leaf-pull harvesting. Only partially – and insufficiently – resistant cultivars exist. In general, partial resistance mechanisms are poorly understood, so we chose to study them in this interaction. Previous results obtained in the lab highlighted a correlation between plant resistance to the fungus and plant cell resistance toward fungal toxins. It was also shown using carrot cell suspensions that fungal exudates’ toxicity was only present in the organic phase. These results led us to better characterize the toxins produced by A. dauci, in order to get a deeper understanding of carrot cell resistance mechanisms toward those toxins. HPLC analysis of the exudates from different fungal strain uncovered a correlation between toxin production and the aggressiveness of the fungal strains, suggesting that toxin production is an important component of said aggressiveness. We extracted, purified and characterize one of these candidates, and named it aldaulactone. Using a new image analysis protocol, we demonstrated the toxicity of Aldaulactone on carrot cell suspensions. Transcriptomic data from Alternaria dauci were used to explore the biosynthesis pathway of Aldaulactone. Candidate Genes were selected and their level of expression compared with aldaulactone production in various A. dauci cultures.
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Characterization of corn inbred lines for disease resistance /

Saito, Belisa Cristina. January 2017 (has links)
Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Resumo: O milho é uma das culturas mais extensamente cultivadas em todo mundo. A incidência e a severidade de doenças têm aumentado significativamente nos últimos anos acarretando perdas no rendimento e afetando a qualidade dos grãos. Muitos trabalhos têm sido desenvolvidos na tentativa de identificar híbridos resistentes às principais doenças que acometem a cultura do milho, mas poucos são os relatos de estudos com linhagens. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi: 1) identificar linhagens resistentes e susceptíveis com base na área abaixo da curva de progresso de doenças (AACPD) para os sintomas de ferrugem tropical (TR), ferrugem polissora (SR), cercosporiose (GLS), helmintosporiose (NLB), mancha marrom (PBS) e mancha branca (PLS); 2) identificar linhagens resistentes e suscetíveis com base nos parâmetros de adaptabilidade e estabilidade fenotípica para os sintomas de cercosporiose, helmintosporiose, mancha marrom e mancha branca; 3) identificar as melhores datas de semeadura, com a maior ocorrência das doenças, para fins de avaliação de linhagens e outros genótipos para resistência. Cinquenta linhagens, derivadas de populações com grãos flint e dent, foram avaliadas em blocos casualizados com três repetições, aos 45, 60, 75 e 90 dias após a semeadura em duas épocas, para medição da AACPD. Para a análise de adaptabilidade e estabilidade, 41 linhagens foram avaliadas em blocos casualizados com três repetições, 30 dias após o florescimento feminino, em onze épocas de semeadura, us... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor
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Novas fontes de resistência em meloeiro a Liriomyza sativae, Acidovorax avenae e Alternaria spp. / New sources of resistance in melon to Liriomyza sativae, Acidovorax avenae and Alternaria spp.

Costa, Jose Maria da 24 February 2017 (has links)
Submitted by Socorro Pontes (socorrop@ufersa.edu.br) on 2017-07-04T13:48:44Z No. of bitstreams: 1 JoseMC_TESE.pdf: 3634440 bytes, checksum: 6ac32b0fb28add3a21ce28608edd3cdf (MD5) / Approved for entry into archive by Vanessa Christiane (referencia@ufersa.edu.br) on 2017-07-04T16:47:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JoseMC_TESE.pdf: 3634440 bytes, checksum: 6ac32b0fb28add3a21ce28608edd3cdf (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-04T16:57:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JoseMC_TESE.pdf: 3634440 bytes, checksum: 6ac32b0fb28add3a21ce28608edd3cdf (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objective of the present work was to identify sources of resistance in melon accessions to Liriomyza sativae; Alternaria spp., and Acidovorax avenae. Two experiments were performed in a greenhouse and in the Laboratory of Applied Entomology (UFERSA) in a completely randomized design, with ten replicates, each plant being a plot. In the first experiment 38 accessions and two hybridswere evaluated. The infestation was held in cages coated with antiophidic screen. The second experiment was performed with the accessions that revealed to be promising and some were susceptible in the first trial. In the evaluations, the number of mines, larvae, pulps and adult flies were determined. In some materials, leaf colorimetry, number, size of stomata and trichomes were analyzed. The accessions AM 55 and Nantais Oblong as well as the Ruthenium hybrid are resistant to Liriomyza sativa. The number of mines, larvae and adult flies correlated negatively with the number of trichomes and positively with the size of the stomata. Regarding the Alternaria leaf blight, fifty-eight accessions were initially evaluated in a randomized block design (DBC) with three replications under field conditions. In a second experiment, twelve accessions were also evaluated under field conditions, in both tests the evaluations were accomplished 50 days after the transplanting, as far as the severity and incidence of plants with Alternaria. It was concluded that there is variability in the germplasm of melon for reaction to the Alternaria leaf blight, being the accessions C-AC-04, C-AC-08, C-AC-26, C-AC-31, I 162, I 173 e MR-1 with lower severity averages and incidence of diseased plants, being evaluated as promising for use in breeding programs of melon for resistance to the pathogen. For the reaction to A. avenae, fifty accessions were evaluated in greenhouse and in field conditions. There has been accomplished inoculations with bacterial suspension in the concentration os 1,0 x 108 UFC ml-1. There were evaluated leaves (in a controlled environment), leaves and fruits (in field) with bacteriose symptoms. The C-AC-12 accession has intermediate resistance Acidovorax avenae / Os objetivos do presente trabalho foram: identificar fontes de resistência em acessos de meloeiro a Liriomyza sativae, Alternaria spp. e Acidovorax avenae. Dois experimentos foram realizados em casa de vegetação e no Laboratório de Entomologia Aplicada da (UFERSA) em delineamento inteiramente casualizado, com dez repetições, sendo cada planta uma parcela. No primeiro experimento foram avaliados 38 acessos e dois híbridos de meloeiro. A infestação foi realizada em gaiolas revestidas com tela antiafídica. O segundo experimento foi realizado com os acessos que se mostraram promissores e alguns suscetíveis no primeiro ensaio. Nas avaliações, determinou-se o número de minas, larvas, pupários e moscas adultas, em alguns materiais fez-se analise de colorimetria das folhas, número, tamanho de estômatos e tricomas. Os acessos AM 55 e Nantais Oblong bem como o híbrido Rutênio são resistentes a Liriomyza sativae. O número de minas, larvas e moscas adultas correlacionaram negativamente com o número de tricomas e positivamente com o tamanho dos estômatos. Com relação a mancha de alternaria, inicialmente foram avaliados 58 acesso sem delineamento em blocos casualizados (DBC) com três repetições em condições de campo. Em um segundo experimento, foram avaliados 12 acessos também em condições de campo, em ambos os ensaios as avaliações foram realizadas aos 50 dias pós o transplantio, quanto a severidade e incidência de plantas com alternariose.Concluiu-se que, existe variabilidade no germoplasma de meloeiro para reação a mancha de alternaria, sendo os acessos C-AC-04, C-AC-08, C-AC-26, C-AC-31, I 162, I 173 e MR-1 com menores médias de severidade e incidência de plantas doentes, sendo avaliados como promissores para uso em programas de melhoramento genético do meloeiro visando resistência ao patógeno. Para a reação a A. avenae, foram avaliados 50 acessos de meloeiro em estufa e em condições de campo. Realizou-se inoculações com suspensão bacteriana na concentração de1, 0 x 108 UFC ml-1.Avaliou-se folhas (em ambiente controlado), folhas e frutos (em campo) com os sintomas da bacteriose. O acesso C-AC-12 possui resistência intermediaria a Acidovorax avenae / 2017-07-04
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Complexo lixa e queima das folhas em coqueiro-anão : avaliação de germoplasma e estratégias de controle químico por cyproconazole / “Lixas” and leaf blight complex in dwarf coconut : germplasm evaluation and strategies for chemical control with cyproconazole

Silva, João Manoel da 31 August 2016 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The coconut palm (Cocos nucifera L.) is a perennial fruit with great economic importance in the Brazilian Northeast and is expanding to other regions. However, this culture is susceptible to various diseases, such as “lixagrande”, “lixapequena” and leaf blight. Although they are of great economic importance, are diseases difficult to control, especially for the high size of the plants. Through this study aimed to describe the relationship between the intensity of the complex sanding and leaf blight (CLQ) in dwarf coconut accession and evaluate the cyproconazole fungicide efficiency to control CLQ in green dwarf coconut tree under different modes (axillary and injection) dosages (0.3, 0.6 and 1.0 g a.i.) and frequency of application (bi-monthly and six-monthly). To test the control efficiency of cyproconazole front of the CLQ. Axillary application was made by the application in the axil of the leaf number 9 of the product diluted and injected by opening a hole in the stem to 20 cm from the ground with a mechanical drill and introduction of pure product in the above doses with a syringe. Was evaluated the incidence and severity in addition to the first leaf with leaf blight (PFQ). The temporal variation in the incidence and severity of disease during the study period was determined by the ratio of the values of the last evaluation (225 d) on the first (0 d). For chemical control with cyproconazole, the use of tree regression resulted in a model where a tree four terminal nodes explained 49% of the total variability of the data. This variability was explained by two factors selected for analysis, dose and mode of application, which contributed respectively with 35.5% and 13.5% of the total variability. It was found that there was a difference for all treatments in relation to control. The application modes differ, where injectable application obtained the best controls with lower levels of incidence and severity and higher levels of PFQ. Doses of 0.6 and 1.0 g a.i. were the most efficient independent of the frequency of application to the axillary and injection modes, respectively. There was no significant effect of frequency of application. In the second experiment were evaluated six dwarf coconut accessions conserved in active germplasm bank (BAG) of Embrapa-CPATC being: AAG (Dwarf Yellow-of the-Brazil-of-Gramame), AAM (Dwarf Yellow-of- Malaysia), stroke (Dwarf-Red-of-Cameroon), AVG (Dwarf-Red-of the-Brazil-of-Gramame, AVBJ (Dwarf-Green-of the-Brazil-of-Jiqui), and AVM (Dwarf-Red-of-Malaysia). the design was randomized blocks with six treatments (accessions) and five repetitions. Was carried out 11 monthly evaluationsfrom June 2015 to May 2016. Ofeach disease was evaluated incidence and severity. With the evaluation of BAG accesses a graphical representation expressed 95% of the variability of the data, and of this total, 72% associated with the axis 1 and 23% to the axis 2. the intensity of CLQ damage stroke access and AVBJ presented an intermediate behavior in relation the other accesses. AVG access followed by AVM tended to greater intensity of great sandpaper and the burning of leaves. A group of AAG and AAM tended to greater intensity of small sandpaper. Regarding the environment the intensity of great sandpaper was positively influenced by the temperature and the incidence of leaf burn negatively by rainfall. The small sandpaper was influenced by the relative humidity. / O coqueiro (Cocos nucifera L.) é uma frutífera perene com grande importância econômica no Nordeste brasileiro, e que vem se expandindo para outras regiões. Entretanto, esta cultura é suscetível a diversas doenças, como lixa grande, lixa pequena e queima das folhas. Embora sejam de grande importância econômica, são doenças de difícil controle, principalmente pelo porte alto das plantas. Por meio deste estudo objetivou-se descrever a relação entre a intensidade do complexo lixa e queima das folhas (CLQ) emacessos de coqueiro-anão e avaliar a eficiência do fungicida cyproconazole no controle do CLQ em coqueiro anão verde, sob diferentes modos (axilar e injetável), doses (0,3; 0,6 e 1,0 g i.a.) e frequência de aplicação (bimestral e semestral. A aplicação axilar foi realizada pela aplicação na axila da folha 9 do cyproconazole, e a injetável pela abertura de um furo no estipe a 20 cm do solo com uma furadeira mecânica e introdução do produto puro nas doses supracitadas com uma seringa. Também foram avaliadas incidência e severidade das doenças foliares, alémda primeira folha com queima (PFQ). A variação temporal na incidência e severidade das doenças no período avaliado foi determinada pela razão dos valores da última avaliação (225 d) em relação à primeira (0 d). Para o controle químico com cyproconazole, o uso da técnica de regressão em árvore resultou em um modelo, onde, uma árvore de quatro nós terminais explicou 49% da variabilidade total dos dados. Esta variabilidade foi explicada por dois fatores selecionados pela análise, dose e modo de aplicação, que contribuíram, respectivamente, com 35,5% e 13,5% da variabilidade total. Foi constatado que houve diferença para todos os tratamentos em relação às testemunhas. Os modos de aplicação diferiram, onde a aplicação injetável obteve os melhores controles com menores níveis de incidência e severidade e maiores níveis de PFQ. As doses de 0,6 e 1,0 g i.a. foram as mais eficientes independente da frequência de aplicação para os modos axilar e injetável, respectivamente. Não houve efeito significativo da frequência de aplicação.No segundo experimento foram avaliados seis acessos de coqueiro-anão conservados no banco ativo de germoplasma (BAG) da Embrapa-CPATC, sendo: AAG (Anão-Amarelo-do-Brasil-de-Gramame), AAM (Anão-Amarelo-da-Malásia), AVC (Anão-Vermelho-de-Camarões), AVG (Anão-Vermelho-do-Brasil-de-Gramame, AVBJ (Anão-Verde-do-Brasil-de-Jiqui), e AVM (Anão-Vermelho-da-Malásia). O delineamento foi em blocos casualizados com seis tratamentos (acessos) e cinco repetições. Foram realizadas 11 avaliações mensais de Junho de 2015 a Maio de 2016. De cada doença avaliada, foi avaliado incidência e severidade.Com a avaliação dos acessos do BAG uma representação gráficaexpressou 95% da variabilidade dos dados, sendo, deste total, 72% associados ao eixo 1 e 23%, ao eixo 2. A intensidade de danos do CLQ do acesso AVC e do AVBJ apresentou comportamento intermediário em relação aos demais acessos. O acesso AVG seguido pelo AVM apresentou tendência a maior intensidade da lixa grande e da queima das folhas. Um grupo composto por AAG e AAM apresentou tendência a maior intensidade da lixa pequena. Com relação ao ambiente a intensidade da lixa grande foi influenciada positivamente pela temperatura e a incidência da queima das folhas negativamente pela pluviosidade. A lixa pequena foi influenciada pela umidade relativa do ar. / São Cristóvão, SE
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Les bactérioses du riz dues à Xanthomonas oryzae au Burkina Faso : Diversité et identification de sources de résistance adaptées / Rice bacterial diseases due to Xanthomonas oryzae in Burkina Faso : diversity and identification of locally-adapted resistance sources

Wonni, Issa 07 October 2013 (has links)
La bactériose vasculaire du riz (BLB) et à stries foliaires (BLS) causées respectivement par Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) et X. oryzae pv. oryzicola (Xoc) sont deux maladies émergentes en Afrique de l'Ouest, suite à l'expansion de la culture du riz et à l'introduction de variétés à haut rendement au cours de ces dernières décennies. Trois nouvelles races de Xoo ont été caractérisées en Afrique dont on a montré, sur la base d'une analyse génétique, leur spécificité africaine. En revanche, une étude réalisée sur une dizaine de souches de Xoc isolées au Mali en 2003, démontre qu'elles sont apparentées à des souches de Xoc asiatiques. En Asie, plusieurs gènes de résistance à Xoo ont été identifiés et déployés dans les programmes de lutte contre BLB. Cependant aucun gène de résistance à Xoc n'a été encore identifié chez le riz. Les objectifs de notre étude étaient (i): d'implémenter les collections de souches de Xoo et Xoc Africaines disponibles mais incomplètes, à l'aide de nouvelles campagnes d'échantillonage réalisées de 2009 à 2012 dans différentes zones agroécologiques du Burkina Faso et du Mali, (ii) de déterminer la diversité génétique de ces souches, (iii) d'identifier et caractériser de nouvelles sources de résistance contre BLB et BLS au sein d'accessions de riz cultivées au Burkina Faso. Nos résultats ont montré que les souches africaines de Xoc sont hautement variables tant d'un point de vue génétique que du pouvoir pathogène. L'analyse par PCR de deux effecteurs de types III conservés (xopAJ et xopW) permet de différencier les souches de Xoc en deux groupes, xopAJ étant absent dans la majorité des souches et une insertion de 1050 bp étant détectée dans la séquence codante de xopW de certaines souches. Néanmoins, il apparait que la forte diversité génétique des Xoc n'est pas corrélée à leur origine géographique, ni à la période de collecte, ou à la nature de l'hôte. Les souches de Xoo caractérisées appartiennent toutes à la race A1 qui n'avait pas encore été signalée au Mali. Au regard de la diversité des souches et de leur évolution, il est important d'envisager un plan de surveillance épidémiologique à plus large échelle des populations de Xo dans les régions concernées en Afrique de l'Ouest. Enfin, nous avons montré que certaines variétés de riz cultivées au Burkina Faso présentent un phénotype de résistance spécifique des souches africaines de Xoo et ce, à tous les stades de développement de la plante. Ces données originales contrastent par rapport au phénotype des lignées de riz résistantes de référence (Xa4, xa5 et Xa7 efficaces uniquement au stade de tallage maximum). Eu égard à l'absence de gènes de résistance dans le riz efficaces contre Xoc, ces variétés qui constituent également une source de résistance efficaces contre la diversité des souches de Xoc africaines, offrent potentiellement un nouveau moyen pour assurer le contrôle du BLS au Burkina Faso et éventuellement dans d'autres pays Africains. / Bacterial Leaf Blight (BLB) and Bacterial Leaf Streak (BLS) diseases respectively caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and X. oryzae. pv oryzicola (Xoc) are two emerging diseases of rice in West Africa, due to the recent expansion of rice cultivation and introduction of improved rice varieties over the last decade. Three news Xoo races were characterized based on genetic analysis, demonstrating their african specificity. In contrast, a study achevied on about ten Xoc strains isolated in Mali in 2003, show that they are related to asian Xoc strains. In Asia, several R genes against Xoo have been identified and deployed in breeding program to control BLB. In contrast, no R gene against Xoc has been identified in rice. The objectives of this PhD thesis are to (i) complete the Xo collections of African isolates upon annual sampling operated from 2009 to 2012 in various agroecological areas of Burkina Faso and Mali, (ii) determine the genetic diversity of these strains , (iii) identify and characterize news sources of resistance genes to BLB and BLS within rice accessions cultivated in Burkina Faso.Our results showed that african Xoc are highly diverse genetically and phenotypically. PCR-based analyse of two conserved type III effector gene (xopAJ and xopW) differentiated two groups of Xoc strains, with xopAJ not detected in a majority of African Xoc strains and 1050 bp insertion detected in xopW gene for few strains. However, the high genetic diversity observed among the Xoc strains is not correlated to geographical origin, sampling data or host plant species. Xoo strains characterized belong all to race A1 previously reported by Gonzalez et al. (2007) in Burkina Faso. Given the diversity of X. oryzae strains and their evolution, it is essential to establish a large scale epidemiological monitoring of Xo populations in concerned regions in west Africa.At last, some accessions cultivated in Burkina Faso showed specific resistance to african Xoo strains at all plant development stages. These original data contrast with rice lines carring Xa4, xa5 and Xa7 resistance genes against BLB, which are only effective at maximun tillering stage.Given no sources of effective resistance genes against BLS is available in rice, these accessions which were also efficient against a set of Xoc strains representative of the diversity in Africa, represent a huge potential source for the control of BLS in Burkina Faso, and eventually in others african countries.

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