A caracterização e o entendimento da diversidade e estrutura genética de acessos armazenados em bancos de germoplasma é importante para a sua efetiva utilização em programas de melhoramento. Neste trabalho, 192 acessos japoneses de arroz pertencentes ao Banco de Germoplasma do Departamento de Genética da ESALQ/USP foram caracterizados por 23 descritores agromorfológicos (13 variáveis contínuas e dez variáveis categóricas) e 24 marcadores microssatélites (12 SSRs genômicos e 12 EST-SSRs). As variáveis contínuas que apresentaram maior contribuição para a variabilidade entre os acessos foram avaliadas novamente em um segundo experimento para considerar os efeitos de interação genótipo por ano na diversidade. Os acessos apresentaram variabilidade para ambos os tipos de variáveis, e o tipo de variável utilizada na avaliação e a interação genótipo por ano implicaram em diferentes padrões de agrupamento entre os acessos, sendo que o agrupamento mais consistente foi o realizado considerando todas as variáveis e os dois anos agrícolas. Os 24 marcadores microssatélites detectaram um total de 181 alelos, 38 dos quais foram exclusivos. A média do número de alelos por loco foi de 7,54 e a diversidade gênica foi de 0,59 para os SSRs genômicos e de 0,46 para os EST-SSRs. As análises caracterizaram os acessos japoneses como 98,4% pertencentes à subespécie Japônica. A resposta dos acessos para estresse por frio na germinação foi avaliada em três experimentos; I: os 192 acessos e três testemunhas tolerantes foram avaliados sob duas condições: 13ºC por 28 dias (estresse por frio) e 28ºC por sete dias (condições ótimas); II: dezessete acessos selecionados entre os que apresentaram melhores desempenhos na temperatura de 13ºC foram avaliados juntamente com as três testemunhas em gradiente de temperatura de 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC para estudar a interação genótipo por temperatura; III: os genótipos do experimento II foram avaliados para germinação e estabelecimento inicial de plântulas a 15ºC em areia. A diminuição da temperatura teve efeito significativo no desempenho dos acessos, e a interação genótipo por temperatura foi significativa para comprimento do coleóptilo e índice de velocidade de germinação. Entre os acessos estudados foi observada variação genética para as características relacionadas com a germinação em baixa temperatura e encontraram-se acessos com reduções nos comprimentos de coleóptilo e radícula devido ao frio comparáveis com a das testemunhas, embora com velocidade de crescimento menor, inclusive em temperatura ótima. Uma coleção nuclear constituída por 52 acessos e representativa da diversidade fenotípica e molecular observada nos 192 acessos foi obtida. / Germplasm characterization and the knowledge of its diversity and population structure are important to effective utilization of genetic resources in breeding programs. In this work, 192 Japanese rice accessions maintained at Germplasm Bank of Genetics Department at ESALQ/USP were characterized using 23 agromorphological descriptors (13 continuous and ten categorical variables) and 24 SSR markers (12 genomic SSRs and 12 EST-SSRs). The continuous variables presenting more contribution in the divergence among accessions were evaluated again in a second harvest year to account interaction between genotype and year in the diversity. Japanese accessions presented variability for continuous and categorical variables and the type of variable and the genotype by year interaction resulted in a different pattern of clustering of accessions. The most consistent cluster was that considering both continuous and categorical variables and the two harvest years. A total of 181 alleles were detected by the microsatellite markers, 38 of them were private. Allele per locus mean was 7.54 and gene diversity was 0.59 for genomic SSRs and 0.46 for EST-SSRs. Accessions were classified as 98.4% belonging to japonica subspecies. Accessions response to cold stress at the germination was evaluated in three experiments; I: 192 accessions and three coldtolerant controls were evaluated under two conditions: 13ºC during 28 days (cold stress) and 28ºC during seven days (optimal temperature); II: seventeen accessions selected among those presenting better performance in the first experiment were evaluated along with three cold-tolerant controls under five temperatures: 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC to study genotype by temperature interaction; III: germination and plantule initial development in sand at 15ºC of genotypes used in the second experiment were evaluated. It was detected variability among the accessions to germination under cold stress. Temperature decrease had significant effect for germination velocity index and coleoptile and radicle length, and the interaction between genotype and temperature was significant for germination velocity index and coleoptile length. The accessions presented genetic variability for cold tolerance germination and accessions presenting coleoptile and radicle reductions due to cold comparable with cold-tolerant controls were detected. A core collection containing 52 accesions representing the phenotypic and molecular diversity of the 192 accessions was obtained.

A manga (Mangifera indica L.) é uma fruta tropical de origem no continente asiático e umas das principais frutas comercializadas no mundo. A mangicultura apresenta potencial para expandir ainda mais a comercialização de frutos e derivados principalmente, com qualidades para exportação. A produção mundial em média é de 27 milhões de toneladas. Os programas de melhoramento de mangueira necessitam desenvolver cultivares que apresentem o maior número de características agronômicas agregadas. O conhecimento da variabilidade e estrutura genética é almejado pelos melhoristas uma vez que a espécie é perene e apresenta longo o período para obtenção de novas cultivares. Neste trabalho, 151 acessos de mangueira foram analisados quanto a diversidade e estrutura genética do banco de germoplasma. Foram desenvolvidos 23 marcadores microssatélites para caracterização do banco de germplasma de mangueira. Os locos microssatélites apresentaram alto poder informativo para estudos populacionais e observaram-se médias da heterozigosidade esperada de He=0,655, heterozigosidade observada de Ho=0,496 e de PIC = 0,621. Posteriormente a partir dos dados moleculares foram estimados a diversidade e estrutura genética dos 151 acessos e observaram-se 144 alelos com média de 7,2 alelos por loco com amplitude entre 2 e 12 alelos, e uma diversidade gênica média de 0,689. Em todas as simulações estatísticas utilizadas houve consistência em se agrupar os acessos em dois grupos, um grupo formado pelos acessos brasileiros e outro com os acessos norte americanos e os novos híbridos. Uma coleção nuclear foi formada com 30 acessos conseguindo manter 100% dos alelos considerando a diversidade molecular dos 151 acessos de mangueira. Para disponibilizar mais informações ao banco de germoplasma de mangueira da EMBRAPA, 103 acessos contendo informações de 20 locos microssatélites e médias de 48 características agromorfológicas foram avaliadas em conjunto pelo método de otimização de Tocher e formaram-se 23 grupos, onde mais de 50% dos acessos formaram 22 grupos; destes, 10 grupos foram formados por acesso único. Com a finalidade de gerar mais informações para programas de melhoramento da mangueira, um teste de atribuição foi realizado a partir dos dados moleculares e fenotípicos qualitativos, em que também os acessos foram agrupados em dois grandes grupos. / The mango (Mangifera indica L.) is a tropical fruit of Asiatic origin and one of the main fruits traded worldwide. The mango crop presents a potencial for further expansion of fruits and derivative trades mainly export qualities. The average world production is 26 million tons. Breeding programs need to develop mango cultivars having the highest aggregate number of agronomic traits. Knowledge of both the genetic variability and structure is aimed by mango culture breeders due to perennial species as well as to the long period of time to obtain new cultivars. In this study, the genetic diversity and structure of the germplasm bank in 151 acessions of mango were analyzed. At first, 23 microsatellite markers were developed in order to extract molecular information from bank germplasm. It was possible to detect that the SSR loci were highly informative in the studied population. Averages were obtained of He = 0.655, Ho = 0.496 and PIC = 0.621. Next, with the molecular data it was possible to estimate the genetic diversity and structure of the 151 acessions as well as observe 144 alleles with an average of 7.2 per locus with amplitude between 2 and 12 alleles; the average gene diversity was 0.689. In all simulations there were consistent statistic analyzes enabling the clustering cultivars in two groups. A group was formed by Brazilian landraces and a second group was formed by North American landraces and Brazilian new hybrids. A core collection of 30 acessions was able to keep 100% of the alleles representing the molecular diversity of 151 mango cultivars. To provide more information to the Embrapa germplasm mango tree, 103 acessions containing information from 20 microsatellite loci and average of 48 agronomic traits were assessed together by the method of Tocher and formed 23 groups. Twenty two groups were formed by more than 50% of acessions while 10 groups were formed by a single acession each. An interactive test was conducted from molecular and qualitative phenotype data which resulted in two consistent clusters.

O mapeamento associativo em soja tem sido recentemente utilizado como alternativa para o mapeamento de locos envolvidos no controle de características quantitativas em plantas. Dentre as vantagens, a técnica possibilita explorar a variabilidade genética disponível em bancos de germoplasma, permitindo maior resolução para a identificação de novos locos e alelos envolvidos no controle de características quantitativas. Um painel associativo composto por 89 genótipos provenientes de diversas regiões do mundo foi caracterizado em relação a 20 características fenotípicas e 114 marcadores moleculares microssatélites. Foram identificados 905 alelos, com média de 7,94 alelos/loco além de ampla variabilidade fenotípica, incluindo materiais mais produtivos em relação às testemunhas comerciais. Para associação entre marcadores e fenótipos, foi utilizada a abordagem de modelo linear misto (MLM), o qual incorpora informações de estrutura populacional e parentesco. Dos 114 marcadores utilizados, 78 foram responsáveis por 285 associações significativas com base nos diferentes métodos de correção para múltiplos testes, sendo 29 marcadores associados a uma única característica. As características produtividade de grãos, massa de 100 sementes, teor de óleo e teor de proteína foram associadas a 36 marcadores, sendo 30% destas associações previamente descritas na literatura. Algumas destas associações foram selecionadas para verificar o efeito alélico sobre o genótipo observado, gerando informações preliminares para a aplicação futura de seleção assistida por marcadores (SAM). O tamanho dos blocos de ligação foram estimados em ~20 cM (r2 < 0,05) e ~2 cM (r2 < 0,1), sugerindo a necessidade de 140 ou 1.300 marcadores para saturação completa do genoma no caso do painel associativo analisado. Os resultados obtidos deverão ser investigados futuramente a fim de confirmar as associações em diferentes populações. / Association mapping has recently been used in soybean as an alternative to linkage mapping of loci controlling quantitative traits. Among the advantages, the technique allows to explore the genetic diversity available in germplasm banks, which may result in greater resolution for the identification of new loci and alleles. An association panel comprising 89 genotypes from different regions of the world was characterized with using 20 phenotypic traits and 114 microsatellite markers. A total of 905 alleles were identified, with an average of 7.94 alleles / locus, besides a wide phenotypic variability, including more productive genotypes when compared to the commercial checks. Association between markers and phenotypes was performed using a mixed linear approach (MLM), which incorporates information regarding population structure and kinship. Among the 114 markers used, 78 were responsible for 285 significant associations based on different criteria to correct for multiple tests, and 29 markers were associated with a single trait. Seed yield, 100 seeds weight, oil and protein content were associated with 36 markers, with 30% of these associations previously reported in the literature. Some of these associations were selected to determine the allelic effects over the traits, in order to generate preliminary data for marker assisted selections (MAS). Estimated size of haplotype blocks were ~20 cM (r2 <0.05) and ~2 cM (r2 <0.1), suggesting that 140 or 1,300 markers would be necessary to cover the association panel\'s genome. Future studies should confirm marker-trait associations here found using different populations.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T16:09:00Z No. of bitstreams: 1 Carla Sibere Nogueira Ribeiro.pdf: 1627886 bytes, checksum: d308c35b334df86939e3a2810d83adf2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T16:09:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carla Sibere Nogueira Ribeiro.pdf: 1627886 bytes, checksum: d308c35b334df86939e3a2810d83adf2 (MD5) Previous issue date: 2008-08-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Cotton (G. hirsutum L.) has the most important natural textile fiber in the world. The Gossypium remainders in Pernambuco state are in risk of disappearing due to ecological and agricultural process. The study of species in situ, about they genetic and morphological characteristics gives support in order to find and implement preservation options. The aims of this work was characterize the genetic variability of G. hirsutum e G. barbadense accesses of Sertão, Agreste and Zona da Mata of Pernambuco state by morphological and molecular marks. On the in situ study were evaluated 82 accesses in the 29 counties during expedition in 2005 and 2006 by interview and observation about morphological and phenological characters, and condition of conservation. The identified plants uses were: medical, ornamental and for confection of lamp wick. The genetic erosion risk observed were: change and loss of cultural human habit, animal pastry and environmental depredate. In the molecular study was used fifteen pair of microssatelites primers in order to evaluate the allelic frequency, genetic diversity and genetic distance by Nei statistical. The average of heterozygosis expected (He) that correspond the genetic diversity was 0.321, it was biggest for upland cotton (0.481). For the three studied biomes on the Sertão and the Agreste where predominate of the upland cottonthe He had highest value, 0.548 e 0.444, respectively. The average of inbreeding index was 0.806, highest for G. barbadense (0.968). Cluster shoed an interspecific hybrid between G. barbadense and G. hirsutum (PE 0553). On the morphological characterization ex situ were evaluated 38 morphological characters and nine fiber characters of 72 Gossypium accesses PE0553 (G. barbadense), PE0516 (upland cotton) and PE0524 (moco cotton) were the most morphological divergent and showedmore variability for studied characters. The majority of accesses of three types of cotton shoed good index for fiber being what herbaceous cotton were better about fiber uniformity, reflectance, resistance and percentage of fiber. The information obtained on morphological and molecular cauterization Gossypium genus on Pernambuco state showed high genetic diversity that should be conserving in order gives genes to breeding programs. / O algodoeiro (G. hirsutum L.) possui a mais importante fibra têxtil natural no mundo. Os remanescentes de Gossypium no Estado de Pernambuco correm sérios riscos de desaparecerem em decorrência de fatores ecológicos e agrícolas. O estudo das espécies in situ, em relação suas características genéticas e morfológicas, contribui potencialmente à implantação de medidas de manejo e preservação de espécies naturalizadas. O presente trabalho teve por objetivo caracterizar a variabilidade genética de acessos de G.hirsutum e G. barbadense do Agreste, Sertão e Zona da Mata do Estado de Pernambuco, por meio de marcadores morfológicos e moleculares. No estudo in situ, avaliou-se os 82 acessos durante expedições em 29 municípios nos anos 2005 e 2006, investigando-se por entrevistas e observações, sobre caracteres morfológicos, fenológicos e de conservação. Os usos das plantas identificados foram: medicinal, asséptico, ornamental e confecção de pavios de lamparina. Os riscos de erosão genética constatados foram: mudança e abandono de hábitos culturais, pastejo e depredação do ambiente. Na análise molecular, utilizou-se quinze pares de primers microssatélites para avaliar freqüências alélicas, diversidade genética e distância entreos genótipos pelas estatísticas de Nei. A heterozigosidade média esperada (He), que correspondem a diversidade genética, foi 0,321, sendo mais alta para o algodoeiro mocó (0,481). Considerando-se os três biomas estudados, no Sertão e no Agreste, locais em que predominou algodoeiro mocó, tiveram os maior valore de He, 0,548 e 0,444, respectivamente. O coeficiente de endogamia média foi de 0,806, tendo sido mais elevado em G. barbadense (0,968). O agrupamento revelou um híbrido interespecífico entre G. barbadense e G. hirsutum (PE 0553). Na caracterização morfológica ex situ, avaliou-se 38 caracteres morfológicos e nove caracteres de fibra, de 72 acessos de Gossypium. Dos três tipos de algodoeiros caracterizados, constatouse maior diversidade morfológica nos acessos de algodoeiro mocó. Os acessos PE0553 (G. barbadense), PE0516 (algodoeiro herbáceo) e PE0524 (algodoeiro mocó) foram os mais divergentes morfologicamente, apresentando maior variabilidade nos descritores avaliados. A maioria dos acessos dos três tipos de algodoeiros revelaram índices satisfatórios de características intrínsecas de fibra, sendo que os algodoeiros herbáceos foram superiores em relação ao índice de uniformidade de fibra, reflectância,resistência e percentagem de fibra. As informações obtidas na caracterização molecular e morfológica mostraram elevada diversidade genética nos acessos de Gossypium, no Estado de Pernambuco, que deve ser conservada para servir de fonte de genes para os programas de melhoramento genético.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-07T18:00:48Z No. of bitstreams: 1 Eva Maria Rodrigues Costa.pdf: 711267 bytes, checksum: a86bd11ae168a3d37f4a02c1f445907c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-07T18:00:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eva Maria Rodrigues Costa.pdf: 711267 bytes, checksum: a86bd11ae168a3d37f4a02c1f445907c (MD5) Previous issue date: 2010-02-24 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The genetic divergence assessement provides important information for breeding programs. In the present study, the genetic diversity among lines from Embrapa Mid-North’s Cowpea Germoplasm Active Bank (BAG) was evaluated morphoagronomically 57 cowpea lines. The experiment was carried out in august/2009. Field plots were arranged in a randomized block design with three replicates containing 57 of cowpea lines. The lines The behaviour of accessions was evaluated by univariate and multivariate analyses, with dissimilarities obtained by the generalized distance of Mahalanobis (D2) and the grouping technique by the UPGMA method. The genetic distances between pairs of lines ranged from 1.21 to 221.35. The lines IT89KD-245 indicated as the most divergent should through quantitative characteristics be included as parental in intercross programs. Were formed four groups by UPGMA method. The characteristics which most contributed to genetic divergence were total weight of a hundred grain (49.7 %), length of the pod (16.7 %), length of the grain (12.0 %) and number of grains per pod (9.7 %). The lines were studied to verify the efficiency of dissimilarity measures and to discriminate genotypes, based on 26 multicategoric variables. The lines IT98K-491-4 e IT00K- 898-5; IT99K-494-6 e IT98K-131-2; IT99K-718-6 e IT89KD-245; IT99K-494-6 e IT97K-568-14 e IT98K-128-3 e IT99K-718-6 confirming these genotypes as the most similar among the evaluated for quality characteristics. Based in these characteristics the lines formed eleven groups by Tocher method. Through analyzing morphoagronomical traits were possible identify genetic divergence among lines studies. Were evaluated by SSR marker 32 african lines cowpea using 10 SSR locos that generating 24 polymorphic bands. The data matrix was analyzed by UPGMA (Unweighted Pair Group using mathematical averages) using NTSYs 2.1 program. The accessions were distributed in eight clusters, and the lines IT00K-1217-2 e IT00K-718-6; IT99K-316-2, IT98K-205-8 e IT98K-506-1; IT98K-1111-1, IT00K-491-7, IT93K-625 e IT96D-610; IT97K-568-18 e T89KD-260; IT99K-1060, IT00K-1263-2 e IT00K-1263-1, presented high similarity to each other. The average polymorphism information content (PIC) was 0.2552, in the range of 0.0587 - 0.4188 for VM36 and VM39 locos. The lines IT87D-1627 was confirmed as the most divergent of all, could be use as parental in crosses for purposes. The SSR results of the underscore their potential in elucidating patterns of germplasm diversity of cowpea from Embrapa Mid- North’s BAG. / A avaliação da divergência genética fornece informações importantes aos programas de melhoramento. Com o objetivo de caracterizar a diversidade genética entre linhagens de feijão-caupi do Banco Ativo de Germoplasma (BAG), da Embrapa Meio-Norte, foram caracterizados morfoagronomicamente 57 linhagens. O plantio foi realizado em agosto de 2009. O experimento foi em blocos ao acaso, com três repetições, contendo 57 linhagens. As linhagens foram avaliadas por meio de análise univariada e multivariada, com dissimilaridade obtida por meio da distância de Mahalanobis (D2), e utilizando o método de agrupamento UPGMA. As distâncias entre os pares formados pelas linhagens, oscilou entre 1,21 a 221,35. A linhagem IT89KD-245 foi considerada a mais divergente entre os genótipos estudados por meio das características quantitativas, podendo ser indicado como parental em programas que envolvem cruzamentos. Foram formados quatro grupos pelo método UPGMA. As características que mais contribuíram para a divergência foram: peso de cem grãos (49,7 %), comprimento da vagem (16,7 %), comprimento do grão (12,0 %) e número de grãos por vagem (9,7 %). As linhagens foram avaliadas através das medidas de dissimilaridade com base em 26 variáveis multicategóricas. As linhagens IT98K-491-4 e IT00K-898-5; IT99K-494-6 e IT98K-131-2; IT99K-718-6 e IT89KD-245; IT99K-494-6 e IT97K-568-14 e IT98K-128-3 e IT99K-718-6 foram as mais similares através dos caracteres qualitativos. Baseado nestas características foram formados onze grupos entre as linhagens estudadas pelo método de Tocher. Através da caracterização morfoagronômica foi possível quantificar a divergência genética presente nas linhagens estudadas. Foram caracterizadas por meio de marcadores SSR 32 linhagens africanas de feijão-caupi, que geraram 24 bandas polimórficas, a partir de 10 locos de microssatélites. Os resultados obtidos foram analisados pelo método UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmatic Mean) com o auxílio do programa NTSYs versão 2.1. O dendrograma gerado apresentou oito grupos de linhagens. As linhagens IT00K-1217-2 e IT00K-718-6; IT99K-316-2, IT98K-205-8 e IT98K-506-1; IT98K-1111-1, IT00K-491-7, IT93K-625 e IT96D-610; IT97K-568-18 e T89KD-260; IT99K-1060, IT00K-1263-2 e IT00K-1263-1 apresentaram alta similaridade entre si. O conteúdo de informação polimórfica (PIC) médio para os dez marcadores microssatélites foi de 0,2552, com valores variando entre 0,0587 para o loco VM36 e 0,4188 para o loco VM39. A linhagem IT87D-1627 foi considerada a mais divergente, devendo assim, ser indicada para programas de hibridação para a obtenção de populações segregantes e, possivelmente, de genótipos superiores. Os resultados dos marcadores SSR, confirmam o seu potencial na caracterização da diversidade genética em germoplasma de feijão caupi.

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / O meloeiro (Cucumis melo L.) à uma das hortaliÃas de maior relevÃncia no mundo. Dada suas peculiaridades, como seu ciclo curto e plantio escalonado, o controle fitossanitÃrio da cultura à prejudicado, sendo gasto todos os anos grande volume de defensivos agrÃcolas para controlar a mosca minadora (Liriomyza sativae Blanchard) no meloeiro, que, desde 2000, aparece como a praga chave da cultura. O controle genÃtico, dentre as medidas de controle, à a alternativa ideal para contornar os danos causados por esse inseto. Com isso, objetivou-se com esse trabalho: Avaliar uma coleÃÃo de germoplasma de Cucumis melo L. quanto à resistÃncia à mosca minadora (Liriomyza sativae); identificar acessos resistentes e correlacionar as variÃveis analisadas dentro e entre os experimentos de campo e de gaiola.. Foram testados, em campo e em gaiola, 58 genÃtipos de meloeiro quanto a resistÃncia à mosca minadora, sendo 49 acessos do Banco Ativo de Germoplasma de MelÃo da Embrapa HortaliÃas (BrasÃlia-DF), cinco acessos do Banco de Germoplasma de CucurbitÃceas para o Nordeste Brasileiro e quatro hÃbridos comerciais. O trabalho foi dividido em dois experimentos: campo e gaiola. O experimento de campo foi realizado no Campo Experimental de Pacajus-CE da Embrapa AgroindÃstria Tropical (CNPAT), no perÃodo de dezembro de 2012 a fevereiro de 2013, em um delineamento inteiramente casualizado, com duas repetiÃÃes e seis plantas por parcela. O experimento nas gaiolas foi realizado nos laboratÃrios de Entomologia e de Melhoramento e Recursos GenÃticos Vegetais da Embrapa AgroindÃstria Tropical, em Fortaleza-CE, durante o perÃodo de marÃo a maio de 2013, em um delineamento inteiramente casualizado, com seis repetiÃÃes, sendo cada planta uma parcela Foram avaliadas as seguintes caracterÃsticas: no campo - nota subjetiva com base na infestaÃÃo e nÃmero de minas por folha; e, em gaiola - nÃmero de minas por folha, teor de clorofila e colorimetria das folhas. Os dados foram submetidos ao teste de Kruskal-Wallis. Para determinar o grau de relaÃÃo entre as variÃveis estudadas, calculou-se o coeficiente de correlaÃÃo de Pearson. Os resultados revelaram diferenÃa estatÃstica entre os acessos para todas as variÃveis estudadas. Os genÃtipos CNPH 11-282, CNPH 11-1072 e CNPH 11-1077 apresentaram resultados favorÃveis para resistÃncia em ambos os experimentos, portanto sÃo os mais indicados para pesquisas futuras em melhoramento com enfoque na introgressÃo da resistÃncia à L. sativae em meloeiro. / The melon (Cucumis melo L.) is one of the most important vegetables in the world. Given its peculiarities, as its short cycle and staggered planting, pest control culture is prejudiced, being spent every year large amounts of pesticides to control the miner fly (Liriomyza sativae Blanchard) in melon, which, since 2000, appears as the key pest. The genetic control among the control measures is the ideal medium to circumvent the damage caused by this insect alternative. Thus, the aim of this work to evaluate a collection of Cucumis melo L. germplasm for resistance to miner fly (Liriomyza sativae); resistant accessions to identify and correlate the variables within and between experiments and field cage in field and cage were tested 58 melon genotypes for resistance to leaf miner, 49 accesses the Active Germplasm Bank of melon Embrapa Vegetables, five accessions of the Germplasm Bank of Cucurbits for the Brazilian Northeast and four commercial hybrids. The work was divided into two experiments: field and cage. The field experiment was conducted at the Experimental Station of Pacajus â CE, of the Embrapa Tropical Agroindustry (CNPAT), from December 2012 to February 2013 in a completely randomized design with two replications and six plants per plot. The experiment was conducted in cages in the Laboratories of Entomology and of Plant Breeding and Genetic Resources, in Fortaleza, during the period March 2013 to ammonium in a completely randomized design with six replications, each plant, subjective score based on infestation and number of mines per leaf - in the field: a portion of the following characteristics were evaluated and cage - number of mines per leaf chlorophyll content of leaves and colorimetry. Data were submitted to Kruskal-Wallis test. To determine the degree of relationship between variables, we calculated the Pearson correlation coefficient. The results revealed statistically significant differences among accessions for all variables. Genotypes 16, 48 and 51 showed favorable results for resistance in both experiments, so are best suited for future research focusing on improving introgression of resistance in melon L. sativae.

A caracterização e o entendimento da diversidade e estrutura genética de acessos armazenados em bancos de germoplasma é importante para a sua efetiva utilização em programas de melhoramento. Neste trabalho, 192 acessos japoneses de arroz pertencentes ao Banco de Germoplasma do Departamento de Genética da ESALQ/USP foram caracterizados por 23 descritores agromorfológicos (13 variáveis contínuas e dez variáveis categóricas) e 24 marcadores microssatélites (12 SSRs genômicos e 12 EST-SSRs). As variáveis contínuas que apresentaram maior contribuição para a variabilidade entre os acessos foram avaliadas novamente em um segundo experimento para considerar os efeitos de interação genótipo por ano na diversidade. Os acessos apresentaram variabilidade para ambos os tipos de variáveis, e o tipo de variável utilizada na avaliação e a interação genótipo por ano implicaram em diferentes padrões de agrupamento entre os acessos, sendo que o agrupamento mais consistente foi o realizado considerando todas as variáveis e os dois anos agrícolas. Os 24 marcadores microssatélites detectaram um total de 181 alelos, 38 dos quais foram exclusivos. A média do número de alelos por loco foi de 7,54 e a diversidade gênica foi de 0,59 para os SSRs genômicos e de 0,46 para os EST-SSRs. As análises caracterizaram os acessos japoneses como 98,4% pertencentes à subespécie Japônica. A resposta dos acessos para estresse por frio na germinação foi avaliada em três experimentos; I: os 192 acessos e três testemunhas tolerantes foram avaliados sob duas condições: 13ºC por 28 dias (estresse por frio) e 28ºC por sete dias (condições ótimas); II: dezessete acessos selecionados entre os que apresentaram melhores desempenhos na temperatura de 13ºC foram avaliados juntamente com as três testemunhas em gradiente de temperatura de 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC para estudar a interação genótipo por temperatura; III: os genótipos do experimento II foram avaliados para germinação e estabelecimento inicial de plântulas a 15ºC em areia. A diminuição da temperatura teve efeito significativo no desempenho dos acessos, e a interação genótipo por temperatura foi significativa para comprimento do coleóptilo e índice de velocidade de germinação. Entre os acessos estudados foi observada variação genética para as características relacionadas com a germinação em baixa temperatura e encontraram-se acessos com reduções nos comprimentos de coleóptilo e radícula devido ao frio comparáveis com a das testemunhas, embora com velocidade de crescimento menor, inclusive em temperatura ótima. Uma coleção nuclear constituída por 52 acessos e representativa da diversidade fenotípica e molecular observada nos 192 acessos foi obtida. / Germplasm characterization and the knowledge of its diversity and population structure are important to effective utilization of genetic resources in breeding programs. In this work, 192 Japanese rice accessions maintained at Germplasm Bank of Genetics Department at ESALQ/USP were characterized using 23 agromorphological descriptors (13 continuous and ten categorical variables) and 24 SSR markers (12 genomic SSRs and 12 EST-SSRs). The continuous variables presenting more contribution in the divergence among accessions were evaluated again in a second harvest year to account interaction between genotype and year in the diversity. Japanese accessions presented variability for continuous and categorical variables and the type of variable and the genotype by year interaction resulted in a different pattern of clustering of accessions. The most consistent cluster was that considering both continuous and categorical variables and the two harvest years. A total of 181 alleles were detected by the microsatellite markers, 38 of them were private. Allele per locus mean was 7.54 and gene diversity was 0.59 for genomic SSRs and 0.46 for EST-SSRs. Accessions were classified as 98.4% belonging to japonica subspecies. Accessions response to cold stress at the germination was evaluated in three experiments; I: 192 accessions and three coldtolerant controls were evaluated under two conditions: 13ºC during 28 days (cold stress) and 28ºC during seven days (optimal temperature); II: seventeen accessions selected among those presenting better performance in the first experiment were evaluated along with three cold-tolerant controls under five temperatures: 11ºC, 13ºC, 15ºC, 17ºC e 28ºC to study genotype by temperature interaction; III: germination and plantule initial development in sand at 15ºC of genotypes used in the second experiment were evaluated. It was detected variability among the accessions to germination under cold stress. Temperature decrease had significant effect for germination velocity index and coleoptile and radicle length, and the interaction between genotype and temperature was significant for germination velocity index and coleoptile length. The accessions presented genetic variability for cold tolerance germination and accessions presenting coleoptile and radicle reductions due to cold comparable with cold-tolerant controls were detected. A core collection containing 52 accesions representing the phenotypic and molecular diversity of the 192 accessions was obtained.

O mapeamento associativo em soja tem sido recentemente utilizado como alternativa para o mapeamento de locos envolvidos no controle de características quantitativas em plantas. Dentre as vantagens, a técnica possibilita explorar a variabilidade genética disponível em bancos de germoplasma, permitindo maior resolução para a identificação de novos locos e alelos envolvidos no controle de características quantitativas. Um painel associativo composto por 89 genótipos provenientes de diversas regiões do mundo foi caracterizado em relação a 20 características fenotípicas e 114 marcadores moleculares microssatélites. Foram identificados 905 alelos, com média de 7,94 alelos/loco além de ampla variabilidade fenotípica, incluindo materiais mais produtivos em relação às testemunhas comerciais. Para associação entre marcadores e fenótipos, foi utilizada a abordagem de modelo linear misto (MLM), o qual incorpora informações de estrutura populacional e parentesco. Dos 114 marcadores utilizados, 78 foram responsáveis por 285 associações significativas com base nos diferentes métodos de correção para múltiplos testes, sendo 29 marcadores associados a uma única característica. As características produtividade de grãos, massa de 100 sementes, teor de óleo e teor de proteína foram associadas a 36 marcadores, sendo 30% destas associações previamente descritas na literatura. Algumas destas associações foram selecionadas para verificar o efeito alélico sobre o genótipo observado, gerando informações preliminares para a aplicação futura de seleção assistida por marcadores (SAM). O tamanho dos blocos de ligação foram estimados em ~20 cM (r2 < 0,05) e ~2 cM (r2 < 0,1), sugerindo a necessidade de 140 ou 1.300 marcadores para saturação completa do genoma no caso do painel associativo analisado. Os resultados obtidos deverão ser investigados futuramente a fim de confirmar as associações em diferentes populações. / Association mapping has recently been used in soybean as an alternative to linkage mapping of loci controlling quantitative traits. Among the advantages, the technique allows to explore the genetic diversity available in germplasm banks, which may result in greater resolution for the identification of new loci and alleles. An association panel comprising 89 genotypes from different regions of the world was characterized with using 20 phenotypic traits and 114 microsatellite markers. A total of 905 alleles were identified, with an average of 7.94 alleles / locus, besides a wide phenotypic variability, including more productive genotypes when compared to the commercial checks. Association between markers and phenotypes was performed using a mixed linear approach (MLM), which incorporates information regarding population structure and kinship. Among the 114 markers used, 78 were responsible for 285 significant associations based on different criteria to correct for multiple tests, and 29 markers were associated with a single trait. Seed yield, 100 seeds weight, oil and protein content were associated with 36 markers, with 30% of these associations previously reported in the literature. Some of these associations were selected to determine the allelic effects over the traits, in order to generate preliminary data for marker assisted selections (MAS). Estimated size of haplotype blocks were ~20 cM (r2 <0.05) and ~2 cM (r2 <0.1), suggesting that 140 or 1,300 markers would be necessary to cover the association panel\'s genome. Future studies should confirm marker-trait associations here found using different populations.

A manga (Mangifera indica L.) é uma fruta tropical de origem no continente asiático e umas das principais frutas comercializadas no mundo. A mangicultura apresenta potencial para expandir ainda mais a comercialização de frutos e derivados principalmente, com qualidades para exportação. A produção mundial em média é de 27 milhões de toneladas. Os programas de melhoramento de mangueira necessitam desenvolver cultivares que apresentem o maior número de características agronômicas agregadas. O conhecimento da variabilidade e estrutura genética é almejado pelos melhoristas uma vez que a espécie é perene e apresenta longo o período para obtenção de novas cultivares. Neste trabalho, 151 acessos de mangueira foram analisados quanto a diversidade e estrutura genética do banco de germoplasma. Foram desenvolvidos 23 marcadores microssatélites para caracterização do banco de germplasma de mangueira. Os locos microssatélites apresentaram alto poder informativo para estudos populacionais e observaram-se médias da heterozigosidade esperada de He=0,655, heterozigosidade observada de Ho=0,496 e de PIC = 0,621. Posteriormente a partir dos dados moleculares foram estimados a diversidade e estrutura genética dos 151 acessos e observaram-se 144 alelos com média de 7,2 alelos por loco com amplitude entre 2 e 12 alelos, e uma diversidade gênica média de 0,689. Em todas as simulações estatísticas utilizadas houve consistência em se agrupar os acessos em dois grupos, um grupo formado pelos acessos brasileiros e outro com os acessos norte americanos e os novos híbridos. Uma coleção nuclear foi formada com 30 acessos conseguindo manter 100% dos alelos considerando a diversidade molecular dos 151 acessos de mangueira. Para disponibilizar mais informações ao banco de germoplasma de mangueira da EMBRAPA, 103 acessos contendo informações de 20 locos microssatélites e médias de 48 características agromorfológicas foram avaliadas em conjunto pelo método de otimização de Tocher e formaram-se 23 grupos, onde mais de 50% dos acessos formaram 22 grupos; destes, 10 grupos foram formados por acesso único. Com a finalidade de gerar mais informações para programas de melhoramento da mangueira, um teste de atribuição foi realizado a partir dos dados moleculares e fenotípicos qualitativos, em que também os acessos foram agrupados em dois grandes grupos. / The mango (Mangifera indica L.) is a tropical fruit of Asiatic origin and one of the main fruits traded worldwide. The mango crop presents a potencial for further expansion of fruits and derivative trades mainly export qualities. The average world production is 26 million tons. Breeding programs need to develop mango cultivars having the highest aggregate number of agronomic traits. Knowledge of both the genetic variability and structure is aimed by mango culture breeders due to perennial species as well as to the long period of time to obtain new cultivars. In this study, the genetic diversity and structure of the germplasm bank in 151 acessions of mango were analyzed. At first, 23 microsatellite markers were developed in order to extract molecular information from bank germplasm. It was possible to detect that the SSR loci were highly informative in the studied population. Averages were obtained of He = 0.655, Ho = 0.496 and PIC = 0.621. Next, with the molecular data it was possible to estimate the genetic diversity and structure of the 151 acessions as well as observe 144 alleles with an average of 7.2 per locus with amplitude between 2 and 12 alleles; the average gene diversity was 0.689. In all simulations there were consistent statistic analyzes enabling the clustering cultivars in two groups. A group was formed by Brazilian landraces and a second group was formed by North American landraces and Brazilian new hybrids. A core collection of 30 acessions was able to keep 100% of the alleles representing the molecular diversity of 151 mango cultivars. To provide more information to the Embrapa germplasm mango tree, 103 acessions containing information from 20 microsatellite loci and average of 48 agronomic traits were assessed together by the method of Tocher and formed 23 groups. Twenty two groups were formed by more than 50% of acessions while 10 groups were formed by a single acession each. An interactive test was conducted from molecular and qualitative phenotype data which resulted in two consistent clusters.

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As fenofases de botão floral, antese floral, fruto maduro e imaturo foram avaliadas mensalmente. Os visitantes florais foram observados no período de floração e classificados em polinizadores ou pilhadores de néctar. As aves que consumiram os frutos foram registradas no período de maturação, sendo consideradas dispersoras de sementes as que engoliram os diásporos (arilo e sementes) inteiros. Foi verificado que as flores têm antese diurna, são morfologicamente hermafroditas, semelhantes no tamanho, formato e coloração, mas apresentam comportamento de flores funcionalmente femininas (produzem frutos) ou flores funcionalmente masculinas (produzem pólen), raramente hermafroditas. As flores funcionalmente femininas e masculinas produzem óvulos e pólen, e o estigma é receptivo. O ovário das flores funcionalmente masculinas não forma frutos. O pólen é fértil em ambos os morfotipos florais. Todavia, nas flores funcionalmente femininas não ocorre pólen em 37% das anteras e nas demais foi registrado apenas quatro grãos, em média. As flores funcionalmente masculinas e funcionalmente femininas ocorrem em diferentes plantas, caracterizando a espécie como funcionalmente dioica. Somente flores funcionalmente femininas e hermafroditas originaram frutos por polinização cruzada e geitonogamia, caracterizando autoincompatibilidade na espinheira-santa. O período reprodutivo ocorreu de junho, com a emissão dos botões florais, até fevereiro, com a maturação dos frutos. Os polinizadores são as moscas, com destaque para Lucilia eximia e Limnophora sp., e as vespas, com destaque para Brachygastra melifica, Polistes canadensis e uma espécie da família Tiphiidae. Oito espécies de aves consumiram diásporos, atuando como dispersoras, com destaque para Tangara sayaca, Elaenia sp. e Pipraeidea bonariensis. M. ilicifolia é uma espécie alógama, apresentando morfologia floral compatível com a polinização entomófila e generalista. As fenofases reprodutivas estão correlacionadas com a temperatura e o comprimento do dia, e o início da floração depende da latitude. Esta tese contribui para o avanço do conhecimento sobre a biologia reprodutiva de espinheira-santa, apresentando informações relevantes para a conservação e uso deste importante recurso genético. / Espinheira-santa (Maytenus ilicifolia) is a medicinal plant native in Brazil. It is used in the treatment of gastritis and gastric ulcers. To conserve the genetic variability of this species, 129 accessions from 15 municipalities of Rio Grande do Sul State, Brazil, are conserved in the Active Germplasm Bank of Espinheira-Santa by Embrapa Clima Temperado in partnership with the Instituto Federal Sul-rio-grandense. This thesis had the objective to contribute to the advancement of knowledge related to the reproductive biology of M. ilicifolia. Evaluations were made of floral biology, reproductive phenology, reproductive system, pollinators and seed dispersers. The phenophases of flower bud, floral anthesis, ripe and immature fruit were evaluated monthly. Floral visitors were observed in the period of flowering and were classified in pollinators or nectar scavengers. The birds consuming fruit were registered at the time of ripening, and those that swallowed the whole diasporas (aril and seeds) were considered dispersors of seeds. The flowers have diurnal anthesis, are morphologically hermaphrodites, they are similar in size, shape and coloration, but exhibit behavior of functionally female flowers (producing fruit), or functionally male flowers (producing pollen), rarely hermaphrodites. Both floral morphotypes produce ovules and pollen, and the stigma is receptive. The ovary of the functionally male flowers does not produce fruit. Pollen is fertile in both floral morphotypes. However, pollen was not present in 37% of the anthers in functionally female flowers, and only four grains were recorded on the other flowers.The functionally male and female flowers occur on different plants, characterizing this species as functionally dioecious. Only functionally female flowers pollinated with pollen from other flowers set fruit bycross-pollination and geitonogamy, characterizing autoincompatibility in espinheira-santa. The reproductive period occurred from June, with the emission of flower buds, until February, with the maturation of the fruit. The pollinators are the flies, mainly Lucilia eximia and Limnophora sp., and wasps, especially Brachygastra melifica, Polistes canadensis and a species of Tiphiidae family. Eight species of birds consumed diaspores, acting as dispersors, standing out the Tangara sayaca, Elaenia sp. and the Pipraeidea bonariensis. M. ilicifolia is an allogamous species, showing floral morphology compatible with entomophilous and generalist pollination. The reproductive phenophases are correlated with temperature and length of the day, and the beginning of bloom depends on the latitude. This thesis contributes to the advancement of knowledge of the reproductive biology of espinheira-santa, featuring relevant information to the conservation and use of this important genetic resource.