Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Aline Mequita (alinealmeida@bce.unb.br) on 2016-06-24T18:27:56Z No. of bitstreams: 1 2016_LucasFerreiraLimaSobreiraRolim.pdf: 1375633 bytes, checksum: 7877d3b06fc8444119945fdaabed81ff (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-06-29T23:00:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_LucasFerreiraLimaSobreiraRolim.pdf: 1375633 bytes, checksum: 7877d3b06fc8444119945fdaabed81ff (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T23:00:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_LucasFerreiraLimaSobreiraRolim.pdf: 1375633 bytes, checksum: 7877d3b06fc8444119945fdaabed81ff (MD5) / A região do Cerrado é uma das mais importantes quanto ao cultivo da soja (Glycine max) no Brasil. Em 2014/2015, 28 milhões de hectares foram cultivados com esse grão no Cerrado. Um dos fatores responsáveis pela expansão da soja é a sua capacidade de nodular e fixar nitrogênio eficientemente em simbiose com bactérias do gênero Bradyrhizobium que foram recomendadas na forma de inoculantes contendo ao menos uma de quatro estirpes (CPAC7, CPAC15, SEMIA 587 e 29W), resultando em uma economia anual de cerca de 8 bilhões de dólares. Ao serem introduzidas e estabelecidas nos solos do Cerrado, essas bactérias podem competir pelos sítios de infecção nodular nas raízes com as estirpes utilizadas no inoculante. As populações estabelecidas podem ser mais competitivas e menos eficientes na fixação biológica de nitrogênio (FBN). Essa competição com populações estabelecidas capazes de nodular a soja pode gerar dúvidas quanto ao benefício da reinoculação. Portanto, estudos que elucidem a ocupação por diferentes estirpes vêm sendo desenvolvidos utilizando ferramentas analíticas em nível molecular, incluindo a espectrometria de massa por ionização e dessorção a laser assistida por matriz - tempo de voo (MALDI-TOF MS). Dessa forma, o objetivo do presente estudo foi implementar uma biblioteca de MALDI-TOF MS, no intuito de aplicar uma metodologia rápida e eficaz para identificação diferenciada das estirpes capazes de nodular a soja. Após a construção dessa Biblioteca foi realizado foi realizado um estudo no sexto ano de um ensaio de longa duração que consistiu na introdução de bradirizobios em um solo de primeiro cultivo. Avaliando a capacidade competitiva e a ocupação nodular nesse experimento. A biblioteca suplementar foi validada estatisticamente e se mostrou eficaz na distinção das estirpes de Bradyrhizobium. A técnica de MALDI-TOF MS foi bem sucedida na identificação de isolados de campo em nível de estirpes. A reinoculação garantiu a persistência na ocupação nodular das estirpes CPAC 7 e CPAC 15 avaliadas. A estirpe CPAC 15 é mais competitiva que as demais. A ausência de reinoculação abre espaço para a infecção de bactérias oportunistas que não são provenientes dos inoculantes. __________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado region is one of the most important in the production of soybeans (Glycine max) in Brazil. In 2014/2015, 28 million hectares were planted with this crop in the Cerrado. One of the factors responsible for the expansion of soybean is its ability of nodulating and fixing nitrogen efficiently in symbiosis with Bradyrhizobium that was recomended as 4 strains (CPAC 7, CPAC 15, SEMIA 587 and 29W), resulting in annual savings of about 8 billion dollars. To be introduced and established in Cerrado soils, these bacteria can compete for nodular infection sites in the roots with the strains used in the inoculant. Established populations can be more competitive and less efficient in biological nitrogen fixation (BNF). This competition with established populations that nodulates soybean may raise doubts as to the benefit of re-inoculation. Therefore, studies elucidating the occupation by different strains have been developed, using analytical tools in molecular level, including mass spectrometric ionization and desorption by matrix assisted laser - time of flight ( MALDI-TOF MS ). Thus the objective of this work was to build, implement and validate an additional library of MALDI-TOF MS, in order to ensure the differentiated identification of strains capable of nodule soybeans and identify through this technique strains from the soybean nodules, originating in the sixth year of a long-term trial that introduce bradirhizobias on a soil. In order to assess the competitiveness and nodular occupation in this experiment seeking to determine their impact on the response of these crops to re-inoculation. The additional library was statistically validated and proved effective in distinguishing strains of Bradyrhizobium. MALDI-TOF MS technique was successful in identifying field level isolated strains. The re-inoculation ensures persistence in nodular occupation of strains CPAC 7 and CPAC 15. The strain CPAC 15 is more competitive than the others. The absence of re-inoculation makes room for the infection of opportunistic bacteria that are not from the inoculants.

O trabalho foi realizado com objetivo de avaliar possíveis efeitos alelopáticos dos extratos de três espécies de Braquiaria: B. decumbens, B. Humipicola e B. Brizantha cv. Marandu, em dois níveis (A = 2,3ml e B = 4,6ml/gerbox e A = 8,2ml e B = 16,4ml/vaso) sobre as leguminosas forrageiras: Centrosema pubescens, Calopogonium musunoides, Macrotyloma axillare cv. Guatá e Stylosanthes guianensis. Os efeitos alelopáticos dos extratos foram avaliados em laboratório quanto às porcentagem de plântulas normais, anormais, sementes mortas e duras. Em casa-de-vegetação foram avaliadas a germinação o crescimento, as produções de matéria seca da parte aérea, raízes e nódulos. Os dados obtidos permitiram as conclusões: 1) Os extratos das braquiárias diminuíram a germinação das sementes das leguminosas 2) Os extratos das braquiárias, principalmente da B. decumbens, apresentaram efeito alelopático, estimulando as produções de matéria seca da parte aérea, das raízes e dos nódulos do C. Mucunoides. 3) As espécies de braquiária estudadas apresentaram potencial alelopático, que varia de acordo com as espécies de leguminosas avaliadas / not available

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo794_1.pdf: 3152169 bytes, checksum: cc4e181b062470e2d6d2fd6689e4f9eb (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Um estudo genômico comparativo foi realizado mediante localização in situ de oligonucleotídeos com padrão de microssatélites [(AG)8, (AAG)5, (ACC)5, (CTC)5 e (TGA)6] e dos domínios RT dos retrotransposons Ty1-copia-like e Ty3-gypsy-like, ao longo dos cromossomos de Glycine max, Phaseolus vulgaris, P. lunatus, Vigna unguiculata e V. radiata. Os oligonucleotídeos apresentaram-se em grande proporção nos genomas analisados, porém houve variação em quantidade, organização e distribuição ao longo dos cromossomos. Na análise genômica de soja, observou-se números e tamanhos (30 a 454 pb) de sítios de repetições variáveis localizados, principalmente, em regiões de alta a moderada densidade gênica, por vezes associados a genes e elementos transponíveis. A associação da FISH e análise in silico ressaltou uma distribuição diferencial não aleatória dos oligonucleotídeos, podendo estar preferencialmente associados à heterocromatina ou à eucromatina. Os domínios RT de Ty1-copia-like e Ty3-gypsy-like foram amplificados em V. unguiculata, sendo a sequência de Ty1-copia-like menos homogênea. As análises filogenéticas enfatizaram a origem monofilética dos referidos domínios RT. A FISH evidenciou a presença de sinais dispersos e pericentroméricos, utilizando ambos retroelementos, com algumas divergências interespecíficas. Em algumas espécies, tais marcações estavam associadas a DNAr 5S e 45S, bem como localizadas em regiões heterocromáticas, enfatizando uma distribuição preferencial nos genomas estudados. Os microssatélites e retrotransposons são apontados como importantes componentes dos genomas em espécies do clado Phaseoloids (tribo Phaseoleae), propiciando uma discussão sobre o potencial estrutural e funcional dessas sequências repetitivas

Os inoculantes contendo microrganismos fixadores de nitrogênio promovem uma grande economia nos sistemas agrícolas em adubação nitrogenada. Para que os produtos inoculantes cheguem ao mercado apresentando os atributos mínimos exigidos pela legislação, faz-se necessário um eficiente controle de qualidade. Neste sentido, este trabalho objetivou comparar as metodologias de análise de inoculantes para leguminosas e desenvolver novas metodologias para serem usadas em controle de qualidade de produtos inoculantes para gramíneas. Para tanto, analisaram-se 12 amostras de inoculantes para leguminosas - sete líquidos e cinco turfosos - e uma amostra de inoculante para gramíneas. Foram comparadas com a legislação as metodologias de diluição seriada por meio de diferentes tipos de diluentes e formas de agitação dos tubos, e diferentes métodos de inoculação em placa. Também foi analisada a sobrevivência dos microrganismos inoculados em semente de soja e milho até 96h após a inoculação, e a utilização de esferas de vidro como alternativa às sementes de soja para ser utilizadas em testes de sobrevivência. O tempo de 10s em vórtex mostrou-se mais vantajoso para ser utilizado na metodologia de diluição seriada. Não houve variação significativa entre os diluentes utilizados, logo, a água destilada mostra-se como alternativa mais prática. A técnica de gota apresentou-se como mais eficiente, devido à ausência de diferença entre os métodos de inoculação. As esferas de vidro e as sementes de soja não representaram diferença real no número de células viáveis recuperadas. Observou-se uma queda no número de bactérias inoculadas em sementes de soja e milho após 6h de armazenamento. Desse modo, as metodologias de diluição seriada, inoculação em placa e análise de sementes inoculadas podem ser otimizadas para o controle de qualidade de inoculantes, tornando os procedimentos laboratoriais mais práticos para o operador. / Inoculants containing N-fixer microorganisms generate huge economy for agricultural systems with nitrogen fertilization. In order to make inoculant products reach the market with the minimum attributes established in legislative determination, it is necessary to perform a good quality control. Therefore, this study aimed to compare methods of analysis of legume inoculants and to develop new methods that can be applied in the quality control of grasses inoculant products. Accordingly, 12 samples of legume inoculants were analyzed – seven liquid and five peaty – along with one sample of grass inoculant. The serial dilution methods were compared to those determined by the legislature, using different types of diluent, tube agitation, and plate inoculation methods. It was also evaluated the survival rate of microorganisms inoculated in soy and corn seeds up to 96h after inoculation, and the use of glass spheres as an alternative for soy seeds in survival tests. Using a vortex for 10s showed the most gainful results for use in serial dilution methods. There was no significant variation between the diluents used, so the distilled water was considered the most convenient alternative. The drop plate technique was the most efficient due to the lack of difference between inoculation methods. The glass spheres and soy seeds did not show actual difference in number of viable cells recovered. There was a reduction in number of bacteria inoculated in soy and corn seeds after 6h of storage. As a result, the methods for serial dilution, plate inoculation, and evaluation of inoculated seeds can be optimized for quality control of inoculants, allowing more convenient laboratory procedures for the operators.

Os inoculantes contendo microrganismos fixadores de nitrogênio promovem uma grande economia nos sistemas agrícolas em adubação nitrogenada. Para que os produtos inoculantes cheguem ao mercado apresentando os atributos mínimos exigidos pela legislação, faz-se necessário um eficiente controle de qualidade. Neste sentido, este trabalho objetivou comparar as metodologias de análise de inoculantes para leguminosas e desenvolver novas metodologias para serem usadas em controle de qualidade de produtos inoculantes para gramíneas. Para tanto, analisaram-se 12 amostras de inoculantes para leguminosas - sete líquidos e cinco turfosos - e uma amostra de inoculante para gramíneas. Foram comparadas com a legislação as metodologias de diluição seriada por meio de diferentes tipos de diluentes e formas de agitação dos tubos, e diferentes métodos de inoculação em placa. Também foi analisada a sobrevivência dos microrganismos inoculados em semente de soja e milho até 96h após a inoculação, e a utilização de esferas de vidro como alternativa às sementes de soja para ser utilizadas em testes de sobrevivência. O tempo de 10s em vórtex mostrou-se mais vantajoso para ser utilizado na metodologia de diluição seriada. Não houve variação significativa entre os diluentes utilizados, logo, a água destilada mostra-se como alternativa mais prática. A técnica de gota apresentou-se como mais eficiente, devido à ausência de diferença entre os métodos de inoculação. As esferas de vidro e as sementes de soja não representaram diferença real no número de células viáveis recuperadas. Observou-se uma queda no número de bactérias inoculadas em sementes de soja e milho após 6h de armazenamento. Desse modo, as metodologias de diluição seriada, inoculação em placa e análise de sementes inoculadas podem ser otimizadas para o controle de qualidade de inoculantes, tornando os procedimentos laboratoriais mais práticos para o operador. / Inoculants containing N-fixer microorganisms generate huge economy for agricultural systems with nitrogen fertilization. In order to make inoculant products reach the market with the minimum attributes established in legislative determination, it is necessary to perform a good quality control. Therefore, this study aimed to compare methods of analysis of legume inoculants and to develop new methods that can be applied in the quality control of grasses inoculant products. Accordingly, 12 samples of legume inoculants were analyzed – seven liquid and five peaty – along with one sample of grass inoculant. The serial dilution methods were compared to those determined by the legislature, using different types of diluent, tube agitation, and plate inoculation methods. It was also evaluated the survival rate of microorganisms inoculated in soy and corn seeds up to 96h after inoculation, and the use of glass spheres as an alternative for soy seeds in survival tests. Using a vortex for 10s showed the most gainful results for use in serial dilution methods. There was no significant variation between the diluents used, so the distilled water was considered the most convenient alternative. The drop plate technique was the most efficient due to the lack of difference between inoculation methods. The glass spheres and soy seeds did not show actual difference in number of viable cells recovered. There was a reduction in number of bacteria inoculated in soy and corn seeds after 6h of storage. As a result, the methods for serial dilution, plate inoculation, and evaluation of inoculated seeds can be optimized for quality control of inoculants, allowing more convenient laboratory procedures for the operators.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-01T19:32:30Z No. of bitstreams: 1 2017_JamileMendesdeSouza.pdf: 1897459 bytes, checksum: dab45c6dc6c6b6a66aaa43b62141d549 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-21T23:40:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_JamileMendesdeSouza.pdf: 1897459 bytes, checksum: dab45c6dc6c6b6a66aaa43b62141d549 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-21T23:40:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_JamileMendesdeSouza.pdf: 1897459 bytes, checksum: dab45c6dc6c6b6a66aaa43b62141d549 (MD5) Previous issue date: 2017-06-21 / Trabalho realizado com apoio do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Embrapa Gado de Corte, Embrapa Cerrados e Universidade de Brasília (UnB). / As pastagens, no sistema produtivo brasileiro, ocupam uma grande e significativa área, com mais de 190 milhões de hectares de pastagens tropicais tanto naturais quanto plantadas e que servem como fonte de alimento para o rebanho brasileiro que possui cerca de 214 milhões de cabeças, sendo esse, o segundo maior rebanho comercial do mundo. Estas pastagens são em grande parte compostas por gramíneas e leguminosas forrageiras e são essenciais para a produção e qualidade da carne e leite bovinos. O uso de Stylosanthes (leguminosa) vem crescendo no Brasil devido seu valor nutricional, além disso, apresenta grande potencial em recuperação de pastagens e áreas degradadas devido à fixação de nitrogênio, tornando-a capaz de crescer em regiões muito arenosas, sendo muito resistente à seca. Porém, problemas como manejo inadequado, ausências de adubações periódicas e problemas bióticos, têm prejudicado áreas que são destinadas à pecuária. Além desses problemas, recentemente, tem-se observado em campos experimentais e naturais da Embrapa, sintomas típicos daqueles causados por agentes de etiologia viral. Diante do exposto, o presente trabalho teve como objetivo geral estudar a diversidade e caracterizar molecularmente e biologicamente os vírus que estão infectando leguminosas forrageiras da espécie Stylosanthes guianensis no Brasil. Resultados preliminares obtidos via sequenciamento de nova geração (NGS) em duas amostras sintomáticas de Stylosanthes guianensis, oriundas da Embrapa Gado de Corte, detectou a presença de três novos vírus pertencentes à família Potyviridae. Simultaneamente, foi feita a montagem dos contigs e então, desenvolvidas ferramentas de detecção por RT-PCR com primers específicos em que uma região genômica, correspondente a 3’UTR, CP e NIb, foi amplificada e sequenciada pelo método Sanger. A partir do consenso do NGS, foram realizadas análises filogenéticas comparativas de nucleotídeos e também de aminoácidos das proteínas virais com base na poliproteína. Essas análises demonstraram que estes vírus potencialmente representam dois novos gêneros dentro da família e foram tentativamente nomeados como Stylosanthes mosaic associated virus 1 (StyMaV 1), Stylosanthes mosaic associated virus 2 (StyMaV 2) e Stylosanthes mosaic associated virus 3 (StyMaV 3). As próximas etapas do estudo desses patógenos envolverão a produção de clones infecciosos que permitirão uma melhor compreensão da interação entre esses novos membros da família Potyviridae e suas hospedeiras, assim como, possibilitar a busca de resistência genética em plantas forrageiras. / In Brazil forage crops occupie a large and significant area, with more than 190 million hectares of tropical pastures both natural and planted and serving as a food source for the Brazilian cow herds that has about 214 million animals, this is the second largest commercial herd in the world. These pastures are largely composed of grasses and forage legumes and are essential for the production and quality of bovine meat and milk. The use of Stylosanthes (legume) has been increasing in Brazil its nutritional value, in addition, it presents great potential in the recovery of pastures and degraded areas due to the nitrogen fixation, being able to grow in very sandy regions, being very resistant, management problems, absences from accidents and biological problems, have impaired areas that are destined to livestock. Besides the problems, recently, it has observed in experimental and natural fields of Embrapa, typical symptoms caused by agents of viral etiology. In view of the above, the present work had as general objective to study the diversity and to characterize molecularly and biologically the viruses that are infecting forage legumes of the species Stylosanthes guianensis in Brazil. Preliminary results obtained through new generation sequencing (NGS) in two symptomatic samples of Stylosanthes guianensis, from the Embrapa Gado de Corte, detected a new presence of new genes in the Potyviridae family. At the same time, the contacts were assembled and RT-PCR detection tools with specific primers were developed in a genomic region, corresponding to 3’UTR, CP and NIb, amplified and sequenced by the Sanger method. From the consensus of the NGS, comparative phylogenetic analyzes of nucleotides and also of amino acids of the viral proteins based on the polyprotein were made. (StyMaV 1), Stylosanthes mosaic associated virus 2 (StyMaV 2) and Stylosanthes mosaic associated virus 3 (StyMaV 3). The pathogen study stages involve the production of infectious clones that allow a better understanding of the interaction between the new members of the Potyviridae family and their hosts, as well as, make possible a search of genetic resistance in forage plants.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Botânica, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-11-03T16:52:59Z No. of bitstreams: 1 2017_RaqueldeCastroPires.pdf: 2820771 bytes, checksum: 11cf27dee35647b3af642e064a9a1245 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-01-05T21:41:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_RaqueldeCastroPires.pdf: 2820771 bytes, checksum: 11cf27dee35647b3af642e064a9a1245 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-05T21:41:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_RaqueldeCastroPires.pdf: 2820771 bytes, checksum: 11cf27dee35647b3af642e064a9a1245 (MD5) Previous issue date: 2018-01-05 / Grande parte das espécies da família Leguminosae se associa simbioticamente com bactérias fixadoras de nitrogênio pertencentes às classes α- e β-proteobacteria, conhecidas como rizóbios. Nesse trabalho foi estudada a associação simbiótica em dois gêneros de leguminosas, Mimosa e Stryphnodendron: o primeiro é notório pelo amplo sobre sua capacidade conhecimento de nodulação, ao passo que, pouco se sabe sobre as interações simbióticas envolvendo Styphnodendron. Os objetivos deste estudo foram avaliar a influência dos diferentes tipos de solo na associação simbiótica entre espécies do gênero Mimosa e bactérias fixadoras de nitrogênio, e investigar a nodulação do gênero Stryphnodendron em simbiose com rizóbios. No capítulo I, foi realizado um experimento com seis espécies de Mimosa em solos oriundos de três diferentes locais com características contrastantes. Nos dois solos mais ácidos e menos férteis as plantas de Mimosa se associaram com bactérias do gênero Paraburkholderia, enquanto que no solo mais fértil e com pH tendendo para neutro se associaram com Rhizobium. Fatores edáficos como pH e fertilidade, parecem favorecer a predominância de determinados tipos de rizóbio, enquanto que as espécies de plantas estudadas parecem ter baixa especificidade no estabelecimento da associação simbiótica. No capítulo II, foram selecionadas dez espécies representativas das três principais linhagens do gênero Stryphnodendron, a fim de revelar quais espécies são capazes de nodular e quais seriam os rizóbios associados. Sementes dessas espécies foram plantadas em seu solo de origem para avaliação da nodulação e os isolados obtidos foram identificados por meio da sequência do gene 16S rRNA. Das dez espécies avaliadas, oito mostraram-se capazes de nodular e distintas bactérias pertencentes aos gêneros Bradyrhizobium, Rhizobium e Paraburkholderia foram encontradas em associação simbiótica com as espécies de Stryphnodendron, revelando novas relações planta-bactéria e ampliando o conhecimento sobre a nodulação em espécies de leguminosas tropicais. / Most species of the family Leguminosae are able to form a symbiotic association with nitrogen fixing bacteria belonging to the α- and β-proteobacteria classes, which are known as rhizobia. In this work the symbiotic associations in two legume genera, Mimosa and Stryphnodendron were investigated: the first one is notorious for the knowledge accumulated about its nodulation capacity, whereas little is known about the symbiotic interactions related toStyphnodendron. The goals of this study were to investigate the influence of different types of soil on the symbiotic association of Mimosa and rhizobia, and the nodulation of the genus Stryphnodendron with nitrogen-fixing bacteria. In chapter I, a greenhouse experiment was carried out with trap plants using seeds of six species of Mimosa and soils from three different locations with contrasting characteristics. In the two most acidic and less fertile soils, Mimosa plants were associated with bacteria of the genus Paraburkholderia, whereas in the more fertile soil with pH tending towards neutral plants were associated with Rhizobium. Edaphic factors such as pH and fertility influenced the presence of certain rhizobia types, while the species of plants studied appear to have low specificity in the establishment of its symbiotic relationships. In chapter II, ten species, representative of the three main lineages of the genus Stryphnodendron,were selected, in order to reveal which species are capable to nodulate and identify the associated rhizobia. Seeds of these species were planted in their origin soil for nodulation evaluation and the isolates obtained were identified by sequencing the 16S rRNA gene. Of ten species evaluated, eight were able to nodulate and distinct bacterias belonging to the genera Bradyrhizobium, Rhizobium e Paraburkholderia were found in symbiotic association with species of Stryphnodendron, revealing new plant-bacteria interactions and expanding the knowledge about nodulation in tropical legume species.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2015. / Submitted by Cristiane Mendes (mcristianem@gmail.com) on 2015-07-02T16:21:18Z No. of bitstreams: 1 2015_ClementeBatistaSoaresNeto.pdf: 1949706 bytes, checksum: e806a939393067e1f694a06679036bbf (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2015-08-18T13:38:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_ClementeBatistaSoaresNeto.pdf: 1949706 bytes, checksum: e806a939393067e1f694a06679036bbf (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-18T13:38:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_ClementeBatistaSoaresNeto.pdf: 1949706 bytes, checksum: e806a939393067e1f694a06679036bbf (MD5) / Solos ultramáficos são caracterizados por apresentaram baixa disponibilidade de nutrientes e altos teores de metais pesados, incluindo o níquel. As leguminosas, como Mimosa spp., estão entre os vegetais que ocorrem naturalmente em áreas com esse tipo de solo. Para fixarem nitrogênio essas plantas se associam simbioticamente com bactérias diazotróficas, incluindo as beta-proteobactérias. O objetivo desse estudo foi avaliar a ocorrência, caracterizar e identificar bactérias diazotróficas noduladoras em simbiose com plantas do gênero Mimosa no maciço ultramáfico de Barro Alto-Goiás. Para tal, foram coletadas amostras de nódulos de Mimosa sommians e Mimosa clausenii, dos quais foi feito o isolamento das bactérias presentes nos nódulos em meio YMA. Foram obtidos setenta e oito isolados, caracterizados por meio de análises morfológicas, moleculares e bioquímicas. O sequenciamento do gene 16S RNAr mostrou que 54 isolados eram pertencentes ao gênero Burkholderia e seis a Pseudomonas. Não foi possível obter as sequências completas desse gene para 18 isolados. Somente nove isolados, incluindo as seis Pseudomonas, foram capazes de solubilizar fosfato em meio com fosfato de cálcio. Não houve solubilização em meio com fosfato de alumínio por nenhum dos isolados Os isolados não apresentaram tolerância ao Ni. Trinta e oito isolados foram capazes de produzir sideróforos e todos produziram o fitormônio AIA, variando de 8,7 a 54,1 μg/mL. Entre as enzimas avaliadas, todos os isolados produziram celulases, lípases e pectinases, enquanto nenhum isolado produziu urease, lipase e xilanase. Os testes de nodulação em meio Jensen com M. pudica e vasos com substrato (areia e carvão) com Phaseolus vulgaris mostraram a capacidade de nodulacão por Burkholderia. Porém, apesar de nodularem o feijoeiro, os isolados não foram eficientes em fixar o nitrogênio atmosférico em simbiose com essa planta. Os isolados de Pseudomonas spp. não apresentaram capacidade para formação de nódulos nas condições testadas. Entretanto, os genes nodC e nifH, avaliados por meio de PCR, se mostraram presentes nos isolados W14 e W24 pertencentes ao gênero Pseudomonas. Esses resultados apontam a ocorrência de betaproteobactérias pertencentes ao gênero Burkholderia em solos ulltramáficos associados à Mimosa spp. Apesar de também terem sido isoladas de nódulos, para bactérias do gênero Pseudomonas, ainda permanece a necessidade de outros estudos sobre sua capacidade simbiótica. Os isolados apresentaram potencial para diversas características de importância agrícola e poderão ser prospectados para sua utilização em programas de recuperação de áreas degradadas. / Ultramafic soils are characterized by low nutrient availability and high levels of heavy metals, including nickel. Legume plants, such as Mimosa spp., are among plants that occur naturally in areas with this type of soil. To fix nitrogen symbiotically these plants are associated with diazotrophic bacteria, including beta-proteobacteria. The aim of this study was to evaluate the occurrence, characterize and identify bacteria in symbiosis with nodulating nitrogen fixing plants from the genus Mimosa from the ultramafic massif of Barro Alto - Goiás. Samples were collected from nodules of Mimosa sommians and Mimosa clausenii from which the isolation of bacteria on YMA medium was made. Seventy-eight isolates were obtained and characterized by means of morphological, molecular and biochemical analyses. The sequencing of the gene 16S rRNA showed that 54 isolates belonged to the genus Burkholderia and six to Pseudomonas. It was not possible to get the complete sequences of the 16S rRNA gene for the 18 remaining isolates. Only nine isolates, including six Pseudomonas, were able to solubilize phosphate in medium containing calcium phosphate. There was no dissolution in medium with aluminum phosphate. The isolates showed no tolerance to Ni. Thirty-eight strains were able to produce siderophores and all produced the phytohormone IAA, ranging from 8.7 to 54.1 μg / mL. Among the evaluated enzymes, all isolates produced cellulases, lipases and pectinases, while none were able to produce urease, lipase and xylanase. Nodulation tests in Jensen medium with M. pudica and potts with substrate (sand and coal) with Phaseolus vulgaris showed nodulation capacity by Burkholderia. But despite the capacity to nodulate common bean they were not efficient to fix atmospheric nitrogen in symbiosis with the plant. Isolates of Pseudomonas spp. showed no ability for nodule formation in the tested conditions. However, nodC and nifH genes, assessed by PCR, were present in the isolates W14 and W24. These results indicate the presence of beta-proteobacteria of the genus Burkholderia in ultramafic soils associated with Mimosa spp. Although bacteria from the genus Pseudomonas have also been isolated from nodules, further studies of their symbiotic ability remains needed. The isolates showed potential for several traits of agricultural importance and may be prospected to be used in restoration of degraded areas.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O objetivo do estudo foi avaliar a qualidade nutricional das silagens arbustivo-arbÃreo adaptadas ao semiÃrido nordestino brasileiro, alÃm de incluir algumas das espÃcies estudadas como aditivos na silagem de capim-elefante com funÃÃo de melhorar as caracterÃsticas fermentativas e as caracterÃsticas quÃmico-bromatolÃgicas das silagens. A coleta das forrageiras e a confecÃÃo das silagens foram realizados no Setor de Forragicultura da Universidade Federa do Cearà (UFC) e as analises quÃmico-bromatolÃgica realizadas no LaboratÃrio de NutriÃÃo Animal da UFC. O primeiro experimento consistiu na avaliaÃÃo da composiÃÃo quimico-bromatolÃgica das silagens de forrageiras leguminosas arbustivas-arbÃreas adaptadas à Caatinga. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualisado com seis tratamentos e quatro repetiÃÃes os quais consistiam nas silagens de Jurema Preta, SabiÃ, Algaroba, JucÃ, leucena e gliricidia. Como silos experimentais foram utilizados mini silos com dimensÃes de 0,10m de diÃmetro por 0,35 de altura, com densidade do material ensilado em torno de 600 kg/m com base em matÃria natural. Para silagens das espÃcies leguminosas arbustivas-arbÃreas o perÃodo para abertura das silagens foi de 42 dias apÃs a confecÃÃo das mesmas, tempo suficiente para fermentaÃÃo anaerÃbia do material. Foi analisada composiÃÃo quÃmico-bromatolÃgica das silagens das espÃcies forrageiras para verificar quais silagens confeccionadas a partir de leguminosas possuÃam boas caracterÃsticas quÃmico-bromatolÃgicas e quais possuÃam melhor potencial para produÃÃo de silagem. Todas as silagens, exceto a do SabiÃ, apresentaram boa composiÃÃo quÃmico-bromatolÃgica, especialmente com bons teores de proteÃna bruta e fibra em detergente neutro e digestibilidade in vitro, demonstrando potencial para um bom consumo e aproveitamento do volumoso. No segundo experimento foi avaliada a inclusÃo do Sabià e Jurema Preta na silagem de capim elefante. O experimento e as anÃlises a exemplo do primeiro foi realizada nos mesmos locais. Os tratamentos consistiram na inclusÃo de 0; 10; 20 e 30% da jurema e/ou Sabià nas silagens de capim-elefante. Nas silagens de capim-elefante com nÃveis crescentes de inclusÃo do Sabià e Jurema Preta, alÃm das avaliaÃÃes quimico-bromatolÃgicas foram calculada perdas resultantes do processo de ensilagem (perdas por efluentes, gases e perdas totais). As silagens de capim elefante com nÃveis de inclusÃo do Sabià e Jurema Preta reduziram as perdas de efluentes influenciados pelos nÃveis de adiÃÃo, porÃm a silagem de capim elefante adicionada de Sabià apresentou um aumento de perdas gasosas e perdas totais. Quanto à composiÃÃo quÃmico-bromatolÃgica das silagens com adiÃÃo das leguminosas, observaram-se melhorias nas caracterÃsticas fermentativas com relaÃÃo à diminuiÃÃo das perdas por efluentes, alÃm de melhorar suas caracterÃsticas quÃmico-bromatolÃgica em funÃÃo da inclusÃo das forrageiras. / The objective of the study was to evaluate the nutritional quality of silage shrub-tree adapted to semi-arid northeastern Brazil, and includes some of the species studied as additives in elephant grass silage with function improve fermentation characteristics and chemical, qualitative characteristics of silages. The collection of forage and silage production were performed in the Forage Section of the Federal University of Ceara and the analysis bromatological performed in the Laboratory of Animal Nutrition of the Federal University of Ceara. The first experiment was to evaluate the chemical composition of the silages of forage legume adapted to arboreal-shrubby Caatinga. The experimental design was a completely randomized design with four replications and six treatments which consisted of the silages jurema preta, sabia, algaroba, jucÃ, leucaena and gliricidia. As experimental silos were used mini silos with dimensions of 0.10 m in diameter by 0.35 tall, with ensiled material density around 600 kg/m based on natural. For silages of leguminous shrub-tree period for opening the silage was 42 days after the making thereof, sufficient time for the anaerobic fermentation material. We analyzed chemical composition of silages of forage species to see which silages from legumes had good chemical, qualitative characteristics and which had better potential for silage production. All silages, except the sabia, showed good chemical composition, especially with good crude protein and neutral detergent fiber digestibility and in vitro, demonstrating the potential for a good intake and utilization of roughage. The second experiment evaluated the inclusion of sabia and jurema preta in elephant grass silage. The experiment and analyzes the example of the first was held in the same locations. Treatments were the inclusion of 0, 10, 20 and 30% of jurema and/or sabia in elephant grass silages. In elephant grass silages with increasing levels of sabia and jurema preta, plus reviews of chemical-bromatological characteristics were calculated losses of silage fermentation (losses effluent gases and total losses). The elephant grass silages with inclusion levels of sabia and jurema preta reduced effluent losses influenced by levels of addition, but the elephant grass silage added with sabia increased by gaseous losses and total losses. Regarding the chemical-bromatological composition of silages with addition of legumes, improvements were observed in fermentation characteristics in terms of decreasing the losses effluents, besides improving its features chemical-bromatological character due to the inclusion of forage.

Os inoculantes contendo microrganismos fixadores de nitrogênio promovem uma grande economia nos sistemas agrícolas em adubação nitrogenada. Para que os produtos inoculantes cheguem ao mercado apresentando os atributos mínimos exigidos pela legislação, faz-se necessário um eficiente controle de qualidade. Neste sentido, este trabalho objetivou comparar as metodologias de análise de inoculantes para leguminosas e desenvolver novas metodologias para serem usadas em controle de qualidade de produtos inoculantes para gramíneas. Para tanto, analisaram-se 12 amostras de inoculantes para leguminosas - sete líquidos e cinco turfosos - e uma amostra de inoculante para gramíneas. Foram comparadas com a legislação as metodologias de diluição seriada por meio de diferentes tipos de diluentes e formas de agitação dos tubos, e diferentes métodos de inoculação em placa. Também foi analisada a sobrevivência dos microrganismos inoculados em semente de soja e milho até 96h após a inoculação, e a utilização de esferas de vidro como alternativa às sementes de soja para ser utilizadas em testes de sobrevivência. O tempo de 10s em vórtex mostrou-se mais vantajoso para ser utilizado na metodologia de diluição seriada. Não houve variação significativa entre os diluentes utilizados, logo, a água destilada mostra-se como alternativa mais prática. A técnica de gota apresentou-se como mais eficiente, devido à ausência de diferença entre os métodos de inoculação. As esferas de vidro e as sementes de soja não representaram diferença real no número de células viáveis recuperadas. Observou-se uma queda no número de bactérias inoculadas em sementes de soja e milho após 6h de armazenamento. Desse modo, as metodologias de diluição seriada, inoculação em placa e análise de sementes inoculadas podem ser otimizadas para o controle de qualidade de inoculantes, tornando os procedimentos laboratoriais mais práticos para o operador. / Inoculants containing N-fixer microorganisms generate huge economy for agricultural systems with nitrogen fertilization. In order to make inoculant products reach the market with the minimum attributes established in legislative determination, it is necessary to perform a good quality control. Therefore, this study aimed to compare methods of analysis of legume inoculants and to develop new methods that can be applied in the quality control of grasses inoculant products. Accordingly, 12 samples of legume inoculants were analyzed – seven liquid and five peaty – along with one sample of grass inoculant. The serial dilution methods were compared to those determined by the legislature, using different types of diluent, tube agitation, and plate inoculation methods. It was also evaluated the survival rate of microorganisms inoculated in soy and corn seeds up to 96h after inoculation, and the use of glass spheres as an alternative for soy seeds in survival tests. Using a vortex for 10s showed the most gainful results for use in serial dilution methods. There was no significant variation between the diluents used, so the distilled water was considered the most convenient alternative. The drop plate technique was the most efficient due to the lack of difference between inoculation methods. The glass spheres and soy seeds did not show actual difference in number of viable cells recovered. There was a reduction in number of bacteria inoculated in soy and corn seeds after 6h of storage. As a result, the methods for serial dilution, plate inoculation, and evaluation of inoculated seeds can be optimized for quality control of inoculants, allowing more convenient laboratory procedures for the operators.