L'Analyse de Cycle de Vie (ACV) a été explicitement employée, dans le cadre législatif en Europe et aux Etats-Unis afin de quantifier les bénéfices de filières biocarburants vis-à-vis des objectifs de réduction d'émissions des gaz à effet de serre (GES) et d'indépendance énergétique. Nous investiguons, au cours de cette thèse, la concordance du développement des biocarburants avancés (éthanol lignocellulosique, Biomass to Liquids - BTL, EMHV/HVO à partir de microalgues) avec ces objectifs par le biais de deux travaux indépendants. Le premier est une méta-analyse (synthèse de littérature) des études ACV appliquées aux filières de biocarburants avancés. Dans cette partie de la thèse, en utilisant des méthodes économétriques, nous identifions et quantifions les facteurs qui impactent le plus les résultats d'émissions de GES au long du cycle de vie des produits étudiés et calculons l'intervalle de confiance pour ces résultats. Le deuxième travail est une ACV conséquentielle et prospective illustrée par une étude de cas concernant l'introduction du BTL en France. Nous avons adapté un modèle prospectif de type TIMES pour la réalisation d'évaluations environnementales. De cette façon, nous prenons en compte des mécanismes économiques à l'origine d'impacts sur d'autres systèmes de la production de biocarburants. Ainsi, nous contribuons aux développements méthodologiques autour de l'ACV conséquentielle et prospective avec des discussions sur la définition de l'unité fonctionnelle, la définition des frontières du système, l'inclusion d'aspects dynamiques dans la caractérisation d'impacts, l'utilisation de scénarios (différents contextes politiques et économiques) et la réalisation des analyses de sensibilité sur les frontières du système pour mettre en évidence les limites du modèle utilisé.

Un des enjeux de la filière bovine est la maîtrise et la prédiction de la tendreté de la viande, critère important pour les consommateurs. Inscrite dans le programme européen ProSafeBeef, ma thèse avait pour objectif de mieux prédire la tendreté par méta-analyse à partir des caractéristiques biochimiques du muscle. Pour cela, mon travail de thèse s'est appuyé sur la base de données BIF-Beef regroupant des données individuelles issues de plusieurs programmes de recherche, allant de l'animal à la viande en passant par la carcasse et le muscle. Une première méta-analyse a montré que le muscle Semitendinosus (ST) est de type plus rapide glycolytique que le Longissimus thoracis (LT) chez les mâles entiers et les femelles mais pas chez les mâles castrés. Après avoir identifié par une approche par classe de tendreté les caractéristiques musculaires associées à la tendreté, nous avons montré que ces caractéristiques sont différentes entre muscles et types d'animaux. Dans le muscle LT des taurillons, la surface moyenne des fibres musculaires est la variable qui joue le principal rôle sur la tendreté sensorielle où elle explique 2% de la variabilité des notes de tendreté. Principalement dans le muscle ST, les teneurs en collagène total et insoluble et l'activité enzymatique du métabolisme glycolytique expliquent au plus 6% chacun de la variabilité de la force de cisaillement. Malgré ces faibles parts de variabilité expliquée de la tendreté, ces conclusions validées sur un grand volume de données sont importantes pour préparer de nouveaux projets visant à compléter cette démarche en prenant en compte d'autres caractéristiques telles que des biomarqueurs génomiques.

Dans les essais cliniques randomisés (ECR) en cancérologie, un critère de substitution est une mesure biologique utilisée à la place d’un critère cliniquement pertinent pour le patient, par exemple la survie globale (SG), qui doit permettre de prédire l’effet attendu du traitement. Des critères alternatifs à la SG, par exemple la survie sans progression, sont de plus en plus fréquemment utilisés en tant que critère de jugement principal dans les ECR. En pratique cependant, les capacités de substitution à la SG de ces critères ne sont pas systématiquement évaluées. Nous avons dressé un état des lieux des critères de substitution validés en cancérologie à partir d’une revue systématique de la littérature. Par la suite, nous avons évalué par une approche méta-analytique des critères de substitution dans le contexte des sarcomes des tissus mous en situation avancée et du cancer du sein en situation adjuvante. Les résultats n’ont pas permis de définitivement valider de critères de substitution à la SG dans ces indications. La SG doit donc rester le critère de jugement principal des ECR, même si certains critères alternatifs restent informatifs dans des évaluations plus précoces (phase II, analyse de futilité), sous réserve que les données de survie continuent à être recueillies. Ce travail fournit des informations clés pour le développement des ECR en cancérologie afin notamment de sélectionner au mieux les critères de jugement de l’efficacité thérapeutique. / In cancer randomized controlled trials (RCT), a surrogate endpoint is intended to substitute a clinically relevant endpoint, e.g. overall survival (OS), and it is supposed to predict treatment effect. Alternative endpoints, for example progression-free survival, are increasingly being used in place of OS as primary efficacy endpoints in RCTs. In practice however, the surrogate properties of these endpoints are not systematically assessed. We performed a systematic literature review to identify surrogate endpoints validated in oncology. We next conducted MAs to evaluate surrogate endpoints in two cancer settings: advanced soft-tissue sarcoma and adjuvant breast cancer. Results could not definitely validate surrogate endpoints in these indications. OS must remain the primary efficacy endpoint in these settings, even though alternative endpoints may provide valuable input in earlier phase studies (phase II trials, futility analyses). This work provides key information for the design of cancer RCTs, in particular for the choice of primary endpoints to assess treatment efficacy.

La crise financière de 2007-2008 a eu un impact massif sur les finances publiques dans un grand nombre de pays du monde. Elle a incité les gouvernements à mettre en œuvre des plans de relance et à approuver des plans de sauvetage financiers pour y remédier et conduit à une crise des dettes publiques et des déficits publics dans la plupart des pays avancés. L'objectif de notre thèse est triple. Il s'agit dans un premier temps, d'éclairer la réponse budgétaire à la crise financière de 2007-2008 concernant la dette publique, le déficit public et la croissance économique en sept pays dans la zone euro et de mettre en lumière les politiques d'ajustement budgétaire qui ont suivi cette crise. Dans un deuxième temps, nous exposerons les principaux déterminants du multiplicateur budgétaire (qui mesure l'effet du déficit public sur la croissance économique). Et analyserons cet effet en cas d’ajustement budgétaire par une méta-analyse et méta-régression sur des valeurs existantes dans la littérature concernant la taille de ce multiplicateur. Dans un troisième temps, nous étudierons l'impact de l'ajustement budgétaire après la crise financière sur la croissance économique et la dette publique en France. Nous réaliserons donc une analyse de causalité entre les trois variables (la dette publique, la croissance économique et le déficit public) prises deux par deux pour la période 1980-2014. L'effet de la crise sera considéré en prenant en compte un point de rupture (break point) sur la courbe de chaque série temporelle et en comparant par la suite les deux séries qui seront déduites. / The financial crisis of 2007-2008 had a massive impact on public finances in many countries of the world. It urged the governments to implement recovery plans and to approve financial rescue packages to redress them and that led to a crisis of public debt and public deficits in most developed countries. The aims of our thesis are: firstly, to clarify the fiscal response to the 2007-2008 financial crisis on public debt, deficit and economic growth in seven countries in the euro area and highlight the policies of fiscal adjustment that followed the crisis. Secondly, to e present the main determinants of the fiscal multiplier (which measures the effect of the deficit on economic growth). And analyze this effect in the case of fiscal adjustment by a meta-analysis and meta-regression on the existing values in the literature regarding the size of the multiplier. Thirdly, we study the impact of fiscal adjustment following the financial crisis on economic growth and public debt in France. We realize a causal analysis between the three variables (public debt, economic growth and public deficit) taken two by two for the period 1980-2014. The effect of the crisis is studied taking into account the break point on the curve of each time series and then comparing the two deducted semi-series.

L'Analyse de Cycle de Vie (ACV) a été explicitement employée, dans le cadre législatif en Europe et aux Etats-Unis afin de quantifier les bénéfices de filières biocarburants vis-à-vis des objectifs de réduction d'émissions des gaz à effet de serre (GES) et d'indépendance énergétique. Nous investiguons, au cours de cette thèse, la concordance du développement des biocarburants avancés (éthanol lignocellulosique, Biomass to Liquids - BTL, EMHV/HVO à partir de microalgues) avec ces objectifs par le biais de deux travaux indépendants. Le premier est une méta-analyse (synthèse de littérature) des études ACV appliquées aux filières de biocarburants avancés. Dans cette partie de la thèse, en utilisant des méthodes économétriques, nous identifions et quantifions les facteurs qui impactent le plus les résultats d'émissions de GES au long du cycle de vie des produits étudiés et calculons l'intervalle de confiance pour ces résultats. Le deuxième travail est une ACV conséquentielle et prospective illustrée par une étude de cas concernant l'introduction du BTL en France. Nous avons adapté un modèle prospectif de type TIMES pour la réalisation d'évaluations environnementales. De cette façon, nous prenons en compte des mécanismes économiques à l'origine d'impacts sur d'autres systèmes de la production de biocarburants. Ainsi, nous contribuons aux développements méthodologiques autour de l'ACV conséquentielle et prospective avec des discussions sur la définition de l'unité fonctionnelle, la définition des frontières du système, l'inclusion d'aspects dynamiques dans la caractérisation d'impacts, l'utilisation de scénarios (différents contextes politiques et économiques) et la réalisation des analyses de sensibilité sur les frontières du système pour mettre en évidence les limites du modèle utilisé. / Life Cycle Assessment (LCA) has been used in legislative texts in Europe and in the United States to quantify the benefits of biofuel production in terms of greenhouse gas (GHG) emissions reductions and energy security. In this thesis, we propose two independent approaches to investigate the compliance of advanced biofuels (cellulosic ethanol, Biomass to liquids - BTL, microalgae FAME/HVO) production with these objectives. The first one is a meta- analysis (literature synthesis) of LCA studies concerning advanced biofuels. Using econometric methods, we are able to identify and quantify the main factors impacting GHG emission LCA results. Also, we estimate a confidence interval for these results for each type of advanced biofuel in question. The second part of this work is a consequential and prospective LCA illustrated by a case study about the introduction of BTL technology in France. A long-term TIMES-type energy model was adapted for environmental evaluations in order to capture impacts occurring in affected systems through economic mechanisms. We contribute, with this work, for a proper systematization of consequential and prospective LCA. We discuss the functional unit and system boundaries definitions, the use of dynamic impact characterization factors, the use of scenarios (different political and economical contexts) and the exploration of the system's boundaries to bring attention to the limits of the model employed.

Les technologies actuelles permettent d’explorer le génome entier pour y découvrir des variants génétiques associés aux maladies. Cela implique des outils bioinformatiques adaptés à l’interface de l’informatique, des statistiques et de la biologie. Ma thèse a porté sur l’exploitation bioinformatique des données génomiques issues de la cohorte GRIV du SIDA et du projet international IHAC (International HIV Acquisition Consortium). Posant les prémices de l'imputation, j’ai d’abord développé le logiciel SUBHAP. Notre équipe a montré que la région HLA était essentielle dans la non progression et le contrôle de la charge virale et cela m’a conduit à étudier le phénotype non-progresseur non « elite ». J’ai ainsi révélé un variant du gène CXCR6 qui, en dehors du HLA, est le seul résultat identifié par approche génome-entier et répliqué. L’imputation des données du projet IHAC (10000 patients infectés et 15000 contrôles) a été réalisée et des premières associations sont en cours d’exploration. / Nowadays with the newest technologies, the entire genome can be explored to uncover genetic variants which may be linked to diseases. This requires bioinformatics tools which are adequate for studies which are at the border between computing, statistics and biology. My thesis work focused on the bioinformatical analysis of genomic data from the GRIV AIDS cohort and from the IHAC (International HIV Acquisition Consortium) project. I first laid the foundation for imputation work by developing the SUBHAP software. Our team showed that the HLA region was essential in non-progression and viral charge control. This led me to study the non progressor non elite phenotype. Thus, I uncovered a variant of the CXCR6 gene which is, apart from HLA, the only result identified with a GWAS approach so far and which has been reproduced. The imputation of data from the IHAC project (10000 infected patients and 15000 control subjects) was also performed and the first associations are now being studied.

Les objectifs de ma thèse étaient d'analyser les avantages et les inconvénients de l'approche bayésienne et développer leur utilisation dans le contexte de l'évaluation médico-économique. Deux projets ont été développés en utilisant l'approche bayésienne. Le premier projet était une revue systématique de la littérature et méta-analyse en réseaux pour estimer l'efficacité et la tolérance mirabegron 50 mg par rapport aux autres traitements anti-muscarinique dans la gestion de l’hyperactivité vésicale. Une revue de littératures a permis d’identifier les données puis des modèles à effet fixes et effet aléatoires ont été utilisés. Le deuxième projet est le développement de la méthode de calibration bayésienne pour estimer les probabilités de transition d’un modèle de Markov dans la maladie de Parkinson. Une étude de simulation a été effectuée pour comparer les résultats de l'approche bayésienne et l'approche classique. Toutes les analyses ont été effectuées en utilisant les logiciels libres WinBUGS et R. Résultats: La méta-analyse bayésienne en réseaux est un outil très utile pour gérer la comparaison directe et indirecte de traitements. la calibration Bayésiennes, les résultats de l’approche bayésiens sont distribués de façon similaire par rapport aux résultats de l'étude de référence.Conclusion: En comparaison avec l’approche classique, l’approche bayésienne à une meilleure base mathématique et philosophique, offre une plus grande flexibilité, et fournit des résultats sous une forme plus naturelle et intuitive. L'utilisation de l'approche bayésienne devrait se poursuivre et se développer dans le domaine de l'économie de la santé. / The objectives of this thesis were to review and develop the use of Bayesian approach in the context of heath economic evaluation. Methods: Two projects of health economics were developed to assess the benefit of Bayesian approach in health economics. The first project was a systematic literature review and mixed treatment comparison to estimate the relative efficacy and safety of mirabegron compared to antimuscarinics treatments in the management of over active bladder (OAB). The second project was the development of Bayesian calibration method to estimate the transition probabilities from cost-effectiveness model. A simulation study was performed to compare the results of Bayesian approach and classical approach. All the analyses were performed using free software WinBUGS and R.Results: The Bayesian approach is widely used in health economic evaluation and it is accepted tool to analyse the data from most of health technology agencies (e.g. HAS, NICE). The Bayesian mixed treatment comparison found to be a very useful framework to handle the comparison of treatments using the information from direct and indirect treatment comparison. The Bayesian calibration method provided results similarly distributed compared to the results of reference study (i.e. simulation study). Conclusion:Bayesian approach has better mathematical and philosophical foundation, offers greater flexibility, and provides results in a more natural and intuitive form. The use of Bayesian approach is expected to continue and grow in the field of health economics and outcomes research, because failing of frequentist to reply to some difficult question and due to the development of high-power computers.

Les implications financières pour les acheteurs dans les fusions et acquisitions (F & A) ont été un sujet de fascination pour les chercheurs et les praticiens pendant des décennies. Malgré des recherches académique et commerciales approfondies visant à déterminer si et comment les acquéreurs obtiennent des résultats financiers à court et à long terme à la suite des fusions et acquisitions, la clarté de notre compréhension de ces questions demeure difficile à déterminer. Cette thèse de doctorat cherche à apporter plus de clarté à ces questions en examinant les interactions complexes entre plusieurs aspects clés des fusions et acquisitions. Le chapitre 1 examine comment l’expérience des acquéreurs influe sur le rendement à long terme au moyen de décisions clés avant et après la transaction et comment cette influence indirecte diffère dans les contextes nationaux et transfrontaliers. Le chapitre 2 explore les configurations des caractéristiques des transactions et des acquéreurs ainsi que les mécanismes de gouvernance d’entreprise des acquéreurs correspondant aux rendements anormaux cumulés des acquéreurs positifs (CAR). Le chapitre 3 étudie les effets interactifs entre les institutions formelles des pays d’accueil, les caractéristiques des acquéreurs et les mécanismes de gouvernance d’entreprise de l’acquéreur CAR. Enfin, le chapitre 4 examine l’influence des reportages d’affaires sur l’acquéreur CAR. / Financial implications for buyers in mergers and acquisitions (M&A) have been a topic of fascination with academics and practitioners for decades. Despite extensive business research dedicated toward investigating whether and how acquirers perform financially in the short and long terms following M&A, so far, the clarity of our understanding about these issues remains elusive. This doctoral thesis seeks to bring more clarity to these questions by examining complex interactions among several key aspects of M&A. Chapter 1 investigates how acquirer experience influences long-term performance through key pre- and post-transaction decisions and how such indirect influence differs in domestic and cross-border contexts. Chapter 2 explores the configurations of deal and acquirer characteristics as well as acquirer corporate governance mechanisms corresponding to positive acquirer cumulative abnormal returns (CAR). Chapter 3 investigates the interactive effects among host countries’ formal institutions, acquirer characteristics and corporate governance mechanisms on acquirer CAR. Finally, Chapter 4 examines the influence of business news reports on acquirer CAR.

La résilience est un phénomène qui suscite l’optimisme face aux répercussions de l’adversité, ce qui aura engendré une certaine exaltation intellectuelle dans les écrits sur le sujet. Sa popularité aura pris de l’ampleur, au point où les progrès auront devancé la synthèse et l’intégration des connaissances sur le sujet (Cicchetti et Garmezy, 1993; Lemay, 2006; Luthar et Cushing, 1999). La pluralité des points de vue à l’égard de la résilience rend la compréhension du phénomène difficile et son opérationnalisation empreinte de défis conceptuels et méthodologiques. Dans ce contexte, les travaux de recherche proposés contribuent à fournir des réponses aux différents besoins de mise en commun, de synthèse et de rigueur méthodologique évoqués par les experts dans le domaine (voir Luthar, Cicchetti et Becker, 2000; Walsh, Dawson et Mattingly, 2010). La résilience étant un phénomène dont les manifestations sont influencées par le contexte, il est pertinent d’explorer le phénomène auprès d’une population se trouvant au carrefour de multiples enjeux développementaux. En effet, les étudiants universitaires, situés pour la plupart dans la période de la l’âge adulte émergeant, se trouvent en continuité avec l’adolescence et en transition vers l’âge adulte (Masten, Burt, Roisman, Obradovic, Long et Tellegen, 2004). Plusieurs enjeux sollicitent leur adaptation, tels que la pression de performance, la nécessité de faire des choix de vie déterminants, ou encore les difficultés financières. Ceux-ci génèrent chez les étudiants universitaires de la détresse psychologique et constituent un obstacle à la réussite dans leurs études. La présente thèse vise donc à proposer un modèle théorique de la résilience des étudiants universitaires. Pour ce faire, la démarche se réalise à travers deux études. La première étude consiste en une méta-analyse ayant pour but de relever les facteurs saillants dans l’étude et l’évaluation de la résilience des étudiants universitaires, à partir des recherches empiriques de nature quantitative sur le phénomène. La seconde étude a pour objectif de valider ledit modèle de résilience auprès d’un échantillon d’étudiants universitaires québécois. Les résultats qui découlent des deux études permettent de proposer un modèle théorique de la résilience et de structurer les différentes variables impliquées dans le phénomène de résilience sous cinq grands facteurs : les ressources personnelles, les processus sociaux, la résilience (facteur de second ordre), l’adversité, et les issues de l’adaptation. Pour la première fois à notre connaissance, un modèle de résilience est proposé en se fondant sur les principes de la modélisation par équations structurelles et sur les trois grandes perspectives théoriques de la résilience. De ce fait, le modèle permet également de mieux comprendre l’importance relative de chaque facteur. Les résultats démontrent que le facteur de résilience regroupe les ressources individuelles et sociales et qu’il agit à titre de médiateur de la relation entre l’adversité et les issues de l’adaptation. / Resilience is a phenomenon inspiring optimism towards consequences of adversity, hence writings on the subject flourished. The popularity was such that progress outdistanced synthesis and integration of knowledge on the subject (Cicchetti & Garmezy, 1993; Lemay, 2006; Luthar & Cushing, 1999). The plurality in points of view about resilience hinders its understanding and challenges its operationalization, conceptually and methodologically. In this context, the proposed research aims at responding to the different needs of consolidation, synthesis, and rigor, as suggested by experts in the field (see Luthar, Cicchetti, & Becker, 2000; Walsh, Dawson, & Mattingly, 2010). As resilience is a phenomenon embedded in its context, it is interesting to focus one’s interest on a population being at the crossroads of multiple developmental tasks. Indeed, most of university students are located in the phase of emerging adulthood, in continuity with adolescence and adulthood (Masten, Burt, Roisman, Obradovic, Long, & Tellegen, 2004). Moreover, many challenges use their adaptation capacities, such as performance pressure, the need to make life choices, or financial hardship. Those lead to psychological distress in university students and constitute an obstacle to academic achievement. The current thesis hence seeks to propose a theoretical model of university students’ resilience. To do so, two studies were conducted. The first study consists in a meta-analysis summarizing factors identified as relevant in the study and assessment of university students’ resilience, from previous empirical research. The second study aims at validating the said model with a sample of Quebec university students. Results emerging from the two studies make it possible to structure the variables involved in the resilience phenomenon under five main factors: personal resources, social processes, resilience (as a second order factor), adversity and results (i.e. consequences of adaptation). To our knowledge, this is the first model using structural equation modeling and integrating the three main theoretical perspectives of resilience, namely as a trait, process, or result. For this reason, the model contributes to the understanding of the relative importance of each factor. Results show that the resilience factor groups individual and social ressources and mediates the relationship between adversity and outcomes of adaptation.

Ce travail est conçu dans le panorama de développement rapide de grandes bases de données qui rassemblent des ensembles de résultats expérimentaux sur l’organisation anatomo-fonctionnelle du cerveau humain à différentes échelles; l’abondance d’informations demande un effort intra et interdisciplinaire pour les synthétiser de façon cohérente. Le but de cette thèse est de contribuer à cet effort de synthèse. Le travail suit deux chemins: intra disciplinaire pour relier et synthétiser les résultats produits par la communauté de l’imagerie cérébrale, avec une focalisation particulière sur les Réseaux de Repos et les Réseaux Cognitifs; inter-disciplinaire pour relier l’organisation anatomo-fonctionnelle du cortex cérébral (résultats en imagerie cérébrale), et les expressions des gènes révélées par les bases de données publiées très récemment sur le transcriptome humain.Cette thèse est organisée en trois parties: dans Partie I nous étudions l’organisation anatomo-fonctionnelle du cortex à partir des études d’imagerie cérébrale. Dans la Partie II, nous étudions les liens entre l’expression corticale des gènes et l’organisation anatomo-fonctionnelle du cortex, à la fois en termes de similitude topographique et de congruence de fonction, en se focalisant en particulier sur le traitement de l’information et la mémorisation. Dans la Partie III, nous présentons une plate-forme pour intégrer dans une même représentation les données d’imagerie cérébrale et d’expression génétique.En perspective, nous montrons comment notre approche pourrait donner des nouveaux points de vu au débat sur les maladies neurodégénératives et psychiatriques, et sur les modelés des dynamiques corticales. / This work is conceived in the present panorama of fast development of large databases gathering experimental results about the organization of the human brain at different scales. This abundance of information calls for an intra and inter-disciplinary effort aimed to synthesize this information in a coherent way.The aim of this thesis was to contribute to this effort for knowledge synthesis to better understand the multiscale organization of the cerebral cortex. The work followed two paths: an intra-disciplinary effort to bring together results produced by the brain imaging community with particular focus on Resting State and Task Based MRI experiments; an inter-disciplinary attempt to draw a link between the anatomo-functional organization of the cortex as emerging from brain imaging studies and the cortical patterns of gene expression as revealed by recently published atlases of the adult human brain transcriptome.The thesis is organized into three parts: In Part I studied the anatomo-functional organization of the human cortex starting from brain imaging studies. In Part II we studied the link between cortical gene expression and the anatomo-functional organization of the cortex both in term of their topography and in term of their function, focusing in particular on information processing and memory formation. In Part III we present a platform that we developed to favor knowledge integration between cognitive networks and gene expression databases.In perspective we show how our approach may provide new insights to the debate about neurodegenerative and psychiatric diseases on one hand, modeling of dynamical processes in different areas of the cortex on the other.