Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-17T15:40:26Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 497087 bytes, checksum: 1f9ead9346b35a8730251c22a505e93c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-17T15:40:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 497087 bytes, checksum: 1f9ead9346b35a8730251c22a505e93c (MD5) Previous issue date: 2005-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho objetivou testar se a distribuição normal de probabilidade representa adequadamente a distribuição dos dados de parâmetros avaliados nas características de interesse econômico, em populações sob seleção. Para tal, foi simulado por meio do programa GENESYS 2004, um genoma suíno, 2 com duas características, uma de baixa (h 0,15) e outra de alta (h 0,60) herdabilidade, B e A, respectivamente. Após a simulação de uma população base, foi construída uma população inicial, onde se iniciou o processo seletivo com os diversos métodos de seleção em estudo: individual (IND), por meio do BLUP (BLUP) e assistida por gene candidato (CAS). Foram realizados os Testes de Lilliefors e Kolmogorov-Smirnov a fim de verificar a normalidade dos dados para os valores fenotípicos e para os valores genotípicos. Além destes, foram realizados estudos suplementares, visando comparar os ganhos genéticos observados aos ganhos genéticos esperados calculados nas amostras. Para as duas características estudadas (baixa e alta herdabilidade), os parâmetros populacionais observados foram semelhantes. As médias observadas aumentaram com o passar das gerações, sendo o BLUP o que apresentou os maiores valores e a CAS os menores valores. O coeficiente de endogamia aumentou com o passar das gerações. A seleção assistida por genes candidatos foi o método que apresentou os maiores valores de endogamia. A IND apresentou menor queda nas variâncias observadas e maior limite de seleção ao final do processo seletivo. Os três métodos de seleção estudados não influenciaram os parâmetros descritos. As estatísticas dos testes realizados apresentaram-se não significativos para os valores fenotípicos da característica B (baixa herdabilidade), independente do método de seleção. Exceção foi observada para a repetição número 5 da 20a geração, na população submetida à seleção pelo BLUP. Semelhante ao ocorrido para a característica B; os testes estatísticos realizados para a característica A, apresentaram-se na maioria não significativos. Para os valores genotípicos da característica B, observou-se significância nos Testes de Lilliefors e Kolmogorov-Smirnov para algumas repetições dentro das gerações amostradas e para todas as repetições dentro das gerações amostradas, respectivamente. O mesmo foi observado para a característica A. Os tipos de métodos de seleção aplicados nas populações não influenciaram nas soluções dos testes. No estudo suplementar visando comparar os ganhos genéticos observados aos ganhos genéticos esperados, observou-se que aqueles apresentaram valores muito diferentes destes, apesar da distribuição de probabilidade dos dados avaliados, em sua maioria, seguirem a distribuição normal. Para IND e BLUP, todos ganhos genéticos observados foram maiores que os ganhos genéticos esperado. Já, para CAS, em algumas amostras o ganho genético observado foi superior e, em outras não. Concluímos assim, neste trabalho, que: os resultados apresentados pelos Testes de Lilliefors e Kolmogorv-Smirnov, concordam com a suposição de que a distribuição de probabilidade dos dados paramétricos é a normal e os ganhos genéticos observados ou reais são maiores que os ganhos genéticos esperados quando se utilizam os métodos de seleção individual e seleção pelo BLUP. / This work objective to test if the normal distribution of probability constitutes adequate representation of the distribution of usually evaluated parameters data’s in the characteristics of economic interest, in populations under selection. In order to accomplish this task, a swine genome was simulated (GENESYS 2004), with two characteristics: a low (h 2 0,15) and a high (h 0,60) heritability, B and A, respectively. After the population base simulation, was constructed an initial population, where the selective process with the diverse methods in study had beginning: individual selection (IND), BLUP (BLUP) and candidate gene selection (CAS). It was carried through by means of statistical package SAEG, the Test of Lilliefors and the Test of Kolmogorov- Smirnov in order to verify the normality of the evaluated parameters: phenotypic value and genotypic value. In addition, supplemental studies had been carried to compare the observed genetic gain with waited genetic gain calculated in the samples. For the two studied characteristics (low and high heritability), the observed population parameters had been similar. The observed averages had increased with passing the generations. BLUP presented the biggest values xiiiand the CAS the lesser values. The inbreeding coefficient increased with passing of the generations. The CAS was the method that presented the biggest values of inbreeding coefficient. The IND presented the lesser decreased in observed variances and the bigger selection limited of final of selective process. The three studied methods of selection had not influenced the described parameters. The statistical tests showed not significant for the fenotípicos values of the characteristic B (low heritability), independent of the selection method. Exception was observed for the repetition number 5 of 20a generation, in the population submitted to BLUP. Similar to occur for the characteristic B, the statistical tests for the characteristic A had been presented in the majority not significant. For the genotypic values of the characteristic B, significance was observed in the Tests of Lilliefors and Kolmogorov-Smirnov for some repetitions inside the generations and for all repetitions inside the generations, respectively. The same it is observed for the characteristic A. The different methods of selection submitted in the populations had not influenced in the solutions of the tests. In the supplemental study to compare the observed genetic gain with the waited genetic gain, it was observed that those had presented different values of these, despite the distribution of probability of the evaluated data to be normal distribution. For IND and BLUP, all observed genetic gain had been greaters that the waited genetic gain. But, for CAS, in some samples the observed genetic gain was superior and, in others not. We conclude in this work, that: the results presented for the Tests of Lilliefors and Kolmogorv-Smirnov, agree to the assumption of that the distribution of probability of the parametric data is the normal one and the observed or real genetic gain are greaters that the waited genetic gain when the methods of individual selection and selection for the BLUP are used.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-18T11:16:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 410609 bytes, checksum: 7fec8323c331702cef17f030fbf1eef4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-18T11:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 410609 bytes, checksum: 7fec8323c331702cef17f030fbf1eef4 (MD5) Previous issue date: 2001-03-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Como o objetivo do melhoramento animal é o aumento da freqüência dos alelos favoráveis relacionados com características de importância econômica, os melhores indivíduos são selecionados, de forma a transmitir esses alelos favoráveis às gerações futuras. Para este objetivo, vários métodos de seleção foram propostos e aperfeiçoados, como a seleção individual, o índice de seleção e a seleção baseada na melhor predição linear não-viesada, BLUP. Porém, nos últimos anos, avanços observados na biotecnologia têm indicado revolução nas metodologias de seleção. Isto é feito pela seleção assistida por marcadores (MAS) e seleção por genes candidatos (CGS). Apesar da seleção ser importante ferramenta, o tempo e a necessidade de animais e laboratórios que aumentam os custos, se tornam fatores limitantes, dificultando a realização de alguns trabalhos. Assim, pesquisadores utilizam técnicas de simulação, permitindo a obtenção de grande volume de dados em um curto período de tempo, sem os elevados custos de animais e de laboratórios. Este trabalho visou verificar, na condição de dez marcas moleculares polimórficas, uma característica quantitativa de herdabilidade baixa (0,10), durante 20 gerações; os desempenhos dos métodos de seleções tradicionais (individual e baseada no BLUP), dos métodos de seleções moleculares (assistida por marcadores moleculares e por genes candidatos) e da combinação dos dois (associação da seleção individual e a assistida por marcadores), na tentativa de apresentar a superioridade dos métodos de seleção moleculares. Foi simulado um genoma (GENESYS 2000) composto de 200 locos. Seis populações-base de 1000 animais cada (500 machos e 500 fêmeas) foram criadas, a partir do mesmo genoma, com alterações nos efeitos aditivos (aleatórios no intervalo de –1,258 a 1,258, fixados nos valores -2 e 2 e fixado nos valores -5 e 5) dos genes próximos aos marcadores, e da transformação dos marcadores em candidatos. Para cada população base, foi construída uma população inicial, na qual teve início o processo de avaliação genética. Os parâmetros avaliados foram: ganho fenotípico, porcentagem de homozigotos, variância genética aditiva, porcentagem de alelos desfavoráveis e favoráveis fixados e limite de seleção. Com o uso do BLUP, obtiveram -se, para os três grupos de efeitos aditivos dos genes, os maiores ganhos fenotípicos, após as 20 gerações simuladas. À medida que se fixaram os valores dos efeitos aditivos moleculares dos (seleção genes, o assistida desempenho por dos marcadores métodos e seleção de seleção por genes candidatos), melhorou, sendo superior as respostas dos métodos de seleção tradicionais até a quinta geração. Em todas as respostas analisadas, as variâncias genéticas aditivas decresceram, sendo que, a maior queda foi observada quando foram usados métodos de seleção moleculares. Os resultados das porcentagens de locos fixados com alelos desfavoráveis e favoráveis, mostraram que os métodos de seleção moleculares foram semelhantes para os grupos de efeitos aditivos dos genes e superiores aos demais métodos tanto na fixação dos locos com alelos favoráveis quanto desfavoráveis. Conclui-se que os métodos de seleção tradicionais são melhores que os de seleção moleculares, durante 20 gerações, sem genes de grande efeito aditivo. Entretanto, aumentando o efeito aditivo dos genes, os métodos de seleção moleculares são as melhores opções até cinco gerações.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-10T16:17:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4372950 bytes, checksum: 0fa4d8beeadcf2be448d4d389bde28b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T16:17:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4372950 bytes, checksum: 0fa4d8beeadcf2be448d4d389bde28b9 (MD5) Previous issue date: 2002-07-05 / Para avaliar o efeito da oscilação genética em populações sob seleção com diferentes tamanhos efetivos e comparar a seleção utilizando os valores genéticos preditos pelo BLUP Clássico, que utiliza matriz de parentesco calculada através dos coeficientes de parentesco, e o BLUP Marcadores, que utiliza matriz de similaridade genética calculada por meio de marcadores moleculares, foram simulados dados utilizando-se o programa GENESYS. A partir de um genoma de 2000 centimorgans de comprimento, constituído por 15 pares de cromossomos autossômicos, com 200 locos quantitativos polialélicos (8 alelos), e permitindo apenas efeitos aditivos dos genes, simulou-se uma população-base, com uma única característica quantitativa com herdabilidade 0,10. A partir desta população foi construída uma população inicial e em seguida foram formadas as populações de seleção, num total de seis, correspondendo a dois tamanhos efetivos de população (18,18 e 66,66) e três sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados para reprodução (Reprodutores Acasalados Aleatoriamente, Exclusão de Irmãos Completos e Exclusão de Irmãos Completos e Meio-Irmãos). A seleção foi praticada durante 20 gerações consecutivas, com base na Seleção Individual (SI), nos valores genéticos preditos pelo BLUP Clássico (BLUP) e pelo BLUP Marcadores (BLUPM) com 1, 10 e 30 repetições. Para se obter a matriz de similaridade genética utilizada no BLUP Marcadores foram usados 100 marcadores moleculares do tipo microssatélite (SSR – Simple Sequence Repeat), por meio de um coeficiente de similaridade correspondente à distância euclideana média para dados quantitativos. Para avaliar os efeitos da oscilação genética, nas diferentes estruturas de populações sob seleção, utilizou-se o valor fenotípico nos diferentes tamanhos efetivos, número de repetições e sistemas de acasalamento. Já para comparar os diferentes métodos de seleção utilizou-se apenas as populações com tamanho efetivo de 66,66 e média de 30 repetições, avaliando-se os seguintes parâmetros: valor fenotípico médio, endogamia média, perdas e ganhos pela fixação de alelos desfavoráveis e favoráveis, variância genética aditiva e limite da seleção. Observou-se grande variação nos valores fenotípicos obtidos pelos métodos ao longo das 20 gerações de seleção em função da oscilação genética, principalmente para a seleção baseada nos valores genéticos preditos pelo BLUP e BLUPM, e para as populações com tamanho efetivo menor (18,18). Este fato sugere que em programas de melhoramento, independente do método de seleção, os resultados são grandemente influenciados pela oscilação genética, que é responsável por grandes variações nos ganhos genéticos, e que em estudos de comparação de metodologias de seleção, utilizando simulação, deve-se trabalhar com a média de grande número de repetições. No estudo de comparação dos métodos de seleção, observou-se que os ganhos obtidos ao longo das 20 gerações de seleção foi maior para o BLUP em relação ao BLUPM, e este foi superior à SI. Entretanto, quando se considerou o ganho obtido apenas nas cinco primeiras gerações, o BLUPM apresentou ganhos semelhantes ao BLUP e estes superiores à SI. A fixação de alelos aumentou ao longo das 20 gerações, independente do método de seleção, provocando aumento da endogamia, redução na variância genética aditiva e redução no limite da seleção. A SI levou a menores taxas de fixação de alelos e o BLUPM e o BLUP foram os que apresentaram maiores taxas de fixação de alelos. A partir da sexta geração o BLUPM passou a fixar mais alelos desfavoráveis que o BLUP, prejudicando sua eficiência em promover ganhos genéticos. Os diferentes sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados não levaram a grandes diferenças em ganho genético para os métodos baseados no BLUP ao longo das 20 gerações de seleção. Com relação à endogamia média, os sistemas que excluem o acasalamento entre irmãos, ou seja, os tipos de acasalamento de mínimo parentesco, proporcionaram menores taxas. / Data were simulated using Genesys program to evaluate genetic drift effects on populations under selection with different effective sizes and to compare selection using genetic values predicted by classical BLUP, and BLUP markers that utilizes genetic similarity matrix calculated by molecular markers. It was simulated a one trait base population, considering only additive gene effects, with heritability value of 0,10, from a 2000 centimorgans length genome constituted by 15 pairs of autosomic chomosomes, with 200 polialelic quantitative loci (8 alleles) . Fom this population it was built na initial population and then, six selection populations with two effective population sizes (18,8 and 66,66) and three different mating systems for selected bulls: random mating, full sibs excluded, half-sibs excluded.Selection was practised for 20 generations based on individual selection (IS), on predicted genetic values (BLUP) and on BLUP markers (BLUPM), with 1, 10 and 30 replicates.The similarity genetic matrix was obtained by considering 100 molecular markers of microsatelite type (SSR – Simple Sequence Repeat), through a similarity coefficient correspondent to an average euclydiane distance for quantitative traits. To evaluate genetic drift effects in the different population structures under selection, it was used the phenotypic values in the different effective sizes, replicate numbers and mating systems. To compare different selection methods, only effective populations size of 66,66 and an average of 30 replicates were used. The following parameters were estimated: average phenotypic value, average inbreeding, gains and losses due to fixation of favorable and unfavorable alleles, additive genetic variance and selection limit. For 20 generations, it was observed, due to genetic drift, a great difference in phenotypic values obtained by the three different methods, mainly for selection based on breeding values predicted by BLUP and BLUPM, and for populations with smaller effective size (18,18). This suggests that in genetic improvement programs, independent of selection methods, genetic drift effects are important and that when comparing selection methodologies by simulated data the average of a great number of replicates must be used. In the selection method comparison it was observed that genetic gains, in twenty generations of selection, were greater for BLUP than for BLUPM and this one was superior to IS. BLUP and BLUPM had similar gains when it was considered only the fisrt five generations of selection. Alleles fixation increased along the twenty generations no matter which selection method was considered, resulting in an increased inbreeding, a reduction in the additive genetic variance and in the selection limit. Individual selection presented the smallest rates of allele fixation. From the sixth generation on, more unfavorable alleles were fixed by BLUPM than by BLUP, decreasing its efficiency in promoting genetic gains. When selection was based on BLUP, in 20 generations of selection studied, there were no great differences among the different mating systems. Systems that excluded full sibs matings presented the smallest rates of average inbreeding. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-07-04T11:57:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1293528 bytes, checksum: 47d9776b74c0c859048316152da9a722 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-04T11:57:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1293528 bytes, checksum: 47d9776b74c0c859048316152da9a722 (MD5) Previous issue date: 2001-08-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Para avaliar o efeito de tipos de acasalamento entre reprodutores escolhidos para pais da geração seguinte em populações selecionadas, em longo prazo, foram utilizados dados simulados por meio do programa GENESYS. A partir de um genoma constituído por 20 pares de cromossomos autosssômicos, com 250 loci quantitativos e dialélicos, e permitindo apenas efeitos aditivos de genes, simulou-se uma população-base, com característica quantitativa de herdabilidade 0,10. Com essa população foi obtida uma população inicial, que deu origem às populações de seleção, nas quais os indivíduos escolhidos foram acasalados, em todas as gerações, segundo um dos tipos de acasalamento: acasalamentos preferenciais de meios -irmãos e irmãos completos, acasalamentos preferenciais entre meios-irmãos, acasalamentos ao acaso, exclusão de acasalamentos entre irmãos completos e exclusão de acasalamentos de meios-irmãos e irmãos completos. As populações selecionadas com base na melhor predição linear não-viesada (BLUP) do valor genético tiveram, no estudo dos tipos de acasalamento, a seguinte estrutura de dados: valores de razão sexu al (d): 10, 20, 25 e 50, para os quais foramselecionados, por geração, os seguintes números de machos (N m ): 10, 5, 4 e 2, respectivamente. Esses valores originaram, respectivamente, os tamanhos efetivos de população (N e ): 36,36; 19,05; 15,38; e 7,84, bem como as intensidades de seleção dos machos (i m ): 2,23; 2,49; 2,56; e 2,82. O número de fêmeas selecionadas por geração foi constante e igual a 100. Cada casal produziu seis descendentes, totalizando 600 indivíduos por geração. Para estudo comparativo dos m étodos de seleção individual e baseada no BLUP, simulou-se um genoma com características idênticas às do genoma do primeiro estudo, a partir do qual se obteve uma população-base, com característica de herdabilidade 0,10. As populações selecionadas apresentaram, desta vez, a seguinte estrutura de dados: valores de razão sexual (d): 10 e 50 e números correspondentes de machos selecionados (N m ): 10 e 2, por geração. O número de fêmeas selecionadas, por geração, foi de 100 e a intensidade de seleção das fêmeas (i f ): 1,09. Todas as populações tiveram 600 indivíduos por geração. Em ambos os estudos, a seleção foi conduzida por 50 gerações consecutivas, com 20 repetições por geração, para reduzir os efeitos de flutuação gênica. Os parâmetros genéticos avaliados em todas as populações, ao longo das gerações, foram: valores fenotípicos médios; consangüinidade média; perdas, em percentagem, por fixação de alelos desfavoráveis; e limite da seleção. Observaram -se os maiores valores fenotípicos nos tipos de acasalamento excluindo acasalamentos entre irmãos, que foram os mais efetivos em controlar a endogamia, em todas as gerações, embora não tivessem impedido seu aumento e acúmulo. Quanto menor a razão sexual, melhor o desempenho de todos os tipos de acasalamento, e também o dos métodos de seleção, no sentido de proporcionar maiores valores para o fenótipo, menores aumentos nos valores da consangüinidade e das perdas por fixação, bem como decréscimos mais suaves no limite da seleção, em todas as gerações. Dentre os métodos de seleção, o BLUP forneceu melhores resultados de valores fenotípicos até, pelo menos, 30 gerações, a partir da primeira geração, em cada valor de razão sexual, em todos os tipos de acasalamento; porém, acarretou maior endogamia, maiores perdas por fixação e queda mais acentuada nos valores do limite da seleção. Verificou-se, contudo, que o nível de endogamia em todas as populações, no decorrer das gerações, foi mais afetado pelos valores de razão sexual do que pelos métodos de seleção e tipos de acasalamento propostos. / In order to evaluate the effect of mating designs, in selected populations, for a long term result, it was used simulated data. A base population with quantitative trait of heritability of 0,10 was simulated from a genome, which consisted of 20 pairs of autosomal chromosomes with 250 diallelic quantitative loci, with only additive effects of gene. An initial population was obtained from the former one that generated the populations of selection, in which the selected individuals were mated in all generations, according to one of the mating: mating allowed for full and half sibs, mating allowed among half sibs, random mating, excluding full sibs mating and excluding half and full sibs mating. The selected populations based on the best linear unbiased prediction (BLUP) of breeding value had, in the study of mating designs, the following data structure: mating ratio values (d): 10, 20, 25, and 50, for which has been selected, by generation, the following numbers of males (N m ): 10, 5, 4 and 2, respectively. These data generated, in sequence, the population sizes (N e ): 36,36; 19,05; 15,38 and 7,84, and also the male selection intensity (i m ): 2,23, 2,49, 2,56, and 2,82. The number of female selected by generation, was constant and equal 100. Each femaleproduced six offspring, totalizing six hundred animals by generation. In order to study the comparison between methods of phenotypic selection and based on BLUP, a genome with the identical trait from the former one was simulate d, resulting in a base-population, in which the quantitative trait also has heritability of 0,10. The selected populations presented at this time, had the following data structure: mating ratio values (d): 10 and 50, and corresponding numbers of selected males (N m ): 10 and 2, by generation. The number of selected females, by generation, was 100 and the female selection was (i f ): 1,09. All the populations had six hundred individuals by generation. In both studies, the selection was made by 50 consecutive generations, with 20 replications by generation in order to reduce the genetic drift effects. The genetic parameters evaluated in all populations, along the generations, were: average phenotypic values, average inbreeding, percentage loss by fixation of unfavorable alleles and selection limit. It was observed the greatest phenotypic values for the mating designs excluding those between sibs, which were the most efficient in the inbreeding controlling, in all generations, although they didn’t avoid their increasing and accumulation. The less the mating ratio, the best will be the performance of all mating designs and also the selection methods, in order to provide greater phenotypic values, and lower increase in inbreeding values and losses by fixation, and slighter decreases in the selection limit, in all generations. Among the selection methods, the BLUP provided better results of phenotypic values in at least 30 generations, from the beginning, to each mating ratio level, in all kinds of mating designs. However, it resulted in higher inbreeding, more loss by fixation and an accentuated reduction in the limit selection values. It was observed, however, that the inbreeding level in all populations, during the generations, was more affected by the mating ratio values, and in lower extension by the selection methods and mating designs proposed. / Dissertação importada do Alexandria

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-03Bitstream added on 2014-06-13T21:06:41Z : No. of bitstreams: 1 pavan_be_dr_jabo.pdf: 555012 bytes, checksum: 6771bf1cd4aa062169ce23e64b07875c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Objetivo deste trabalho foi a identificação das formas de competição em testes de progênies de eucalipto e a influencia desta nos parâmetros genéticos e na seleção. Foram usados dados de dois testes de progênies de polinização aberta de eucalipto, instalados no delineamento em blocos casualizados. O experimento 1 (EXP1) foi constituído por quatro testemunhas (clones) e 49 progênies e o experimento 2 (EXP2) por 44 progênies, ambos com seis repetições e parcelas lineares de 10 plantas. Em três idades (aos 2, 4 e 7 anos para o EXP1 e aos 3, 5 e 7 anos para o EXP2), avaliou-se o crescimento em altura (ALT), o diâmetro à altura do peito (DAP) e o volume comercial de madeira com casca (VOL), analisando-se os dados pela metodologia REML/BLUP. Para VOL aos sete anos de idade foi feita a análise de covariância para identificação da competição e suas formas através de sete covariáveis: índice de competição de Hegyi (IC), auto-competição (AT), alo-competição (AL), média da autocompetição (MAT), média da alocompetição (MAL) e media aritmética dos quatro (M4) e oito vizinhos mais próximos (M8). O efeito dessas covariáveis foi estudado individualmente e em todas as suas possíveis combinações, avaliando-se as alterações em todos os componentes de variância. Ainda aos sete anos foi efetuada a seleção para os três caracteres, com e sem o auxílio de covariáveis de competição e, para VOL, em todas as idades, foi simulada a seleção com e sem o auxilio de covariáveis de competição, comparando-se os parâmetros genéticos e a eficiência da seleção precoce em relação à idade adulta. A auto-competição parece causar menor variabilidade genética e erro entre parcelas, já a alo-competição interfere de forma oposta. A rotina de análise que apresentou melhores resultados foi a que incluiu as covariáveis MAT/IC. A competição intergenotípica causa... / The aim in this study was to identify the forms of competition in eucalyptus progeny tests and their influence on genetic parameters and selection. Data from two progeny tests of open pollinated families of eucalyptus were used. The plants were set up in a randomized plot design, in which experiment 1 (EXP1) comprised four control (clones) and 49 families and experiment 2 (EXP2) comprised 44 families. Both experiments consisted of six replications and linear plots of 10 plants. At three ages (2, 4 and 7 years old for EXP1 and 3, 5 and 7 years old for EXP2), growth was assessed in terms of height (H), diameter at breast height (DBH) and commercial volume of wood with bark (VOL). The data were analyzed using the REML/BLUP methodology. For VOL at seven years old, covariance analysis was performed to identify the competition and its forms, through seven covariables: Hegyi competition index (HCI), autocompetition (AUT), allocompetition (AL), mean autocompetition (MAT), mean allocompetition (MAL) and arithmetic mean of the closest four (M4) and eight (M8) neighbors. The effect from these covariables was studied singly and in all possible combinations, and the changes to all variance components were evaluated. Selection for three characteristics with or without the aid of competition covariables was also done after seven years old. For VOL, at all ages, selection with or without competition covariables was simulated by comparing the genetic parameters and early selection efficiency in relation to mature age. Autocompetition seemed to cause less genetic variability and error between plots, while allocompetition had the opposite effect. The analysis routine that presented the best results was the one that included the MAT and HCI covariables. Intergenotype competition caused selection bias among the eucalyptus open pollinated families and might have given rise to incorrect choice of genetic... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:39Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002-01-31Bitstream added on 2014-06-13T19:59:29Z : No. of bitstreams: 1 silva_glm_me_ilha.pdf: 203923 bytes, checksum: e21b04a78900de2d1a49b1afed03c08c (MD5) / Dados de crescimento em pesagens mensais e bimestrais de bovinos da raça Guzerá, nascidos e/ou criados no período de 1977 a 2000, pertencentes ao rebanho da Fazenda de Ensino e Pesquisa do Câmpus de Ilha Solteira, UNESP, situada no município de Selvíria-MS, foram analisados visando a avaliação dos touros que foram utilizados nesse período. Tal avaliação foi feita por três procedimentos estatísticos: Diferença predita (DEP), Provável valor genético (PVG) e BLUP(Melhor estimador linear não viciado). Através do DEP e do BLUP, obteve-se classificação praticamente idêntica. Já a classificação pelo método PVG foi distinta das demais. / Data of growth in monthly and bimonthly of bovines of Guzera race, born and grown from 1977 to 2000, belonging to flock of farm of teaching and research of Campus of Ilha Solteira, UNESP, located in Selviria MS city, was analyzed certifying get the selection of bulls. The evaluation of bulls was done by three statistical procedures, Predicted Difference (PD), Probable Genetic Value (PGV) and Best linear unbiased prediction (BLUP). The ranking of the bulls by BLUP and PD were pretty much the same. Although, when PGV was used, the ranking was different of the other methods.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T19:09:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 372842 bytes, checksum: 12b29825980afde297d6a985988fe93c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T19:09:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 372842 bytes, checksum: 12b29825980afde297d6a985988fe93c (MD5) Previous issue date: 2005-02-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Foram simulados quatro distintos tipos de populações por meio do programa GENESYS com os objetivos de: verificar a influência do número de genes e do tamanho da população na estimação de componentes de variância e na predição de valores genéticos; verificar a adequabilidade do modelo infinitesimal como pressuposição nas análises genéticas; comparar as metodologias clássica e Bayesiana na análise genética de dados selecionados; e verificar a influência do nível de informação a priori ao utilizar metodologia Bayesiana. Dois processos seletivos foram aplicados por 10 gerações a partir da população-base formada por 120 (população pequena) ou por 2.400 indivíduos com registros (população grande): Seleção ao Acaso e Seleção Fenotípica. Foi considerado que dois diferentes números de genes governavam a característica sob seleção, para cada tamanho de população: 900 ou 10 pares de locos. Para as populações pequenas, foram realizadas 500 repetições de cada processo seletivo e para as populações grandes, 300 repetições. Na análise Bayesiana, três níveis de informação a priori foram considerados: não- informativo, pouco informativo e informativo. Os componentes de variância foram estimados utilizando-se somente a população-base, somente a população da 10a geração após seleção ou todas as populações, desde a população-base até a 10a geração após seleção. Os valores genéticos foram preditos para a população-base e para a 10a geração após seleção, considerando, porém, diferentes conjuntos de dados no processo de predição. A Porcentagem de Erro entre os componentes de variâncias estimados e os reais foi utilizada para comparar as metodologias, assim como as diferentes populações e gerações analisadas. Os valores genéticos, por sua vez, foram comparados por meio do Quadrado Médio do Desvio, da Porcentagem de indivíduos Selecionados em Comum entre os 15% melhores indivíduos e pela Correlação de Ordem entre os valores reais e preditos. Conforme os resultados obtidos, pôde-se concluir que quando a característica é governada por elevado número de genes, os componentes de variância genética aditiva e ambiental são satisfatoriamente estimados em populações selecionadas grandes ou pequenas pelas metodologias usuais, desde que os registros de todos os indivíduos e a matriz completa de parentesco sejam conhecidos. Por outro lado, quando a característica é governada por reduzido número de genes, estimativas menos acuradas do componente de variância genética aditiva são obtidas em populações grandes e, caso as informações de parentescos e registros anteriores sejam desconhecidos, o erro na estimação desse componente aumenta consideravelmente, em populações grandes ou pequenas. Verificou-se também que os valores genéticos são superestimados sob seleção fenotípica quando os registros de todos os indivíduos e a matriz completa de parentesco são incluídos nas análises, independentemente do tamanho da população. A queda na acurácia é ainda mais acentuada quando a característica é governada por reduzido número de genes, sendo a classificação correta dos indivíduos também prejudicada. A inclusão do registro de todos os indivíduos, assim como da matriz de parentesco completa beneficiam a classificação adequada dos indivíduos. Verificou-se também que o modelo infinitesimal não é adequado para ser utilizado como pressuposição nas análises genéticas quando a característica é governada por poucos genes, independentemente do tamanho da população. Ao comparar as metodologias REML e Bayesiana verificou-se que, em geral, essas metodologias produzem resultados bastante semelhantes na estimação dos componentes de variância. Para análises com menor quantidade de dados, no entanto, estimativas mais acuradas são obtidas ao se utilizar priors informativos por meio da análise Bayesiana. Concluiu-se também que a acurácia na predição dos valores genéticos, assim como a classificação dos indivíduos não são alteradas pelo nível de informação a priori das análises Bayesianas, cujos resultados também se assemelham aos da metodologia EBLUP. / Four different population types were simulated using GENESYS program with the following objectives: to verify the influence of the number of genes and the population size on variance component estimation and on breeding values prediction; to verify the infinitesimal model as an appropriate assumption on genetic analyses; to compare the classic and Bayesian methodologies on the genetic analysis of selected data; and to verify the influence of a priori information level in Bayesian methodology. Two selective processes were applied for 10 generations starting from base population formed by 120 (small population) or by 2,400 individuals with records (large population): Random Selection and Phenotypic Selection. It was considered that two different numbers of genes governed the trait under selection, for each population size: 900 or 10 pairs of loci. Five hundred repetitions of each selective process for small populations and three hundred repetitions were accomplished for large populations. On Bayesian analysis, three a priori information levels were considered: no-informative, slightly informative and informative. Variance components were estimated using only base population, only population of the 10 th generation after selection or all of populations, from base population up to 10 th selection generation. Breeding values were predicted for base population and for 10 th selection generation, considering, however, different groups of data on the prediction process. Error Percentage between estimated and real variance components was used to compare the methodologies, as well as the different populations and generations analyzed. Genetic values were compared using Average Square Deviation, Percentage of Common Individuals selected among the 15% better individuals and Rank Correlation among predicted and real values. According to the results, it was concluded that when the trait is xgoverned by high number of genes, the genetic additive and environmental variance component are well estimated by usual methodologies in large or small selected populations, since data of all animals and complete relationship matrix are known. On the other hand, when the trait is governed by reduced number of genes, less accurate estimates of additive genetic variance are obtained in large populations and, when relationship information and previous data are unknown, estimate errors of that component increase considerably, in large or small populations. It was also verified that breeding values are overestimated under phenotypic selection when data of all individuals and complete relationship matrix are included on analyses, independently of population size. Accuracy decrease is more accentuated when the trait is governed by reduced number of genes, being the correct classification of individuals also affected. The inclusion of all data, as well as complete relationship matrix benefit the appropriate classification of individuals. It was also verified that the infinitesimal model is not appropriate to be used as assumption in genetic analyses when the trait is governed by few genes, independently of population size. When comparing REML and Bayesian methodologies, it was verified that, in general, these methodologies produce similar results on variance components estimation. However, when analyses are performed with smaller amount of data, informative priors using Bayesian analysis yields more accurate estimates. Finally, accuracy of breeding values prediction, as well as the rank of individuals are not changed by a priori information level on Bayesian analyses, whose results are also similar to the EBLUP methodology.

Submitted by Valquíria Barbieri (kikibarbi@hotmail.com) on 2018-05-09T22:31:51Z No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Jeane Cabral da Silva.pdf: 1522894 bytes, checksum: 08cb6741edc42ba4263103950ec48fc8 (MD5) / Approved for entry into archive by Jordan (jordanbiblio@gmail.com) on 2018-05-24T12:55:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Jeane Cabral da Silva.pdf: 1522894 bytes, checksum: 08cb6741edc42ba4263103950ec48fc8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-24T12:55:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISS_2014_Jeane Cabral da Silva.pdf: 1522894 bytes, checksum: 08cb6741edc42ba4263103950ec48fc8 (MD5) Previous issue date: 2014-02-25 / O Eucalyptus camaldulensis Dehnh destaca-se entre as espécies do seu gênero, devido a sua ampla plasticidade e seus multiprodutos. O sucesso de um programa de melhoramento genético depende do germoplasma disponível, fatores ambientais e metodologias de seleção. O presente estudo objetivou avaliar a variabilidade e diversidade genética de 132 progênies de Eucalyptus camaldulensis utilizando os métodos univariado e multivariado, instalados na região de Santo Antônio do Leverger – MT, localizado na Serra de São Vicente. Dessa forma, utilizaram-se metodologias para avaliar a variabilidade genética através dos parâmetros genéticos e as técnicas de agrupamentos. O trabalho foi dividido em dois capítulos. No primeiro utilizou-se análise univariada para avaliar os parâmetros genéticos e os ganhos com a seleção. Os resultados indicaram variabilidade genética para os caracteres analisados, especialmente para o caráter DAP. Os maiores ganhos genéticos foram encontrados através da seleção individual, quando comparados à seleção entre e dentro. Assim, esses resultados são importantes na sequência do programa de melhoramento da espécie na área de abrangência do estudo, no Estado de Mato Grosso. No segundo capítulo utilizou-se a análise multivariada para determinar a divergência genética entre as progênies pelo método de agrupamentos Tocher, através das distâncias de Mahalanobis e a Euclidiana. Os resultados mostraram-se eficazes para a alocação das progênies em grupos divergentes, bem como para a classificação das progênies selecionadas, facilitando as estratégias de melhoramento genético da espécie. / The Eucalyptus camaldulensis Dehnh stands out between the species of the genus, due to the wide plasticity and their multi-products. The success of the genetic improvement program depends of the available germplasm, environmental factors and methodologies selection. The present study was estimate to evaluate the genetic variability and diversity to 132 progenies of Eucalyptus camaldulensis using analyze the univariate and multivariate methods, installed in the Santo Antônio de Leverger region - Mt, located in the Serra de São Vicente. Such a way were used methodologies to assess genetic variability through genetic parameters and a grouping techniques. The work was divided into chapters. In the first chapter were used the analysis univariate to evaluate the genetic parameters and the gains with the selection. The results indicated genetic variability for the analyzed characters in particular to DAP. The higher genetic gains were found through the individual selection when compared among the selection between and within. So, these results are important for the sequence of the improvement of the specie in the studies amount area in Mato Grosso State. In the second chapter were used the multivariate analysis for determining the genetic divergence between progenies for a groups methodologies, through the distances Mahalanobis and the Euclidiana. The results proved more effective for the progenies allocation in various groups, just as well for the select progenies classification, facilitates the strategies of the genetic improvemnet of the specie.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-04-05T14:16:18Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Shayane_FINAL.pdf: 7778172 bytes, checksum: bef887b2265bc2ffe53c75c2c275d796 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-05T14:16:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Shayane_FINAL.pdf: 7778172 bytes, checksum: bef887b2265bc2ffe53c75c2c275d796 (MD5) Previous issue date: 2015-08-21 / IF Sertão - PE / Os sistemas de Descoberta de Conhecimentos em Bases de Dados (mais conhecidos como sistemas KDD) e métodos de Aprendizagem de Máquinas preveem situações, agrupam e reconhecem padrões, entre outras tarefas que são demandas de um mundo no qual a maioria dos serviços está sendo oferecido por meio virtual. Apesar dessas aplicações se preocuparem em gerar informações de fácil interpretação, rápidas e confiáveis, as extensas bases de dados utilizadas dificultam o alcance de precisão unida a um baixo custo computacional. Para resolver esse problema, as bases de dados podem ser reduzidas com o objetivo de diminuir o tempo de processamento e facilitar o seu armazenamento, bem como, guardar apenas informações suficientes e relevantes para a extração do conhecimento. Nesse contexto, Métodos de Seleção de Instâncias (MSIs) têm sido propostos para reduzir e filtrar as bases de dados, selecionando ou criando novas instâncias que melhor as descrevam. Todavia, aqui se aplica o Teorema do No Free Lunch, ou seja, a performance dos MSIs varia conforme a base e nenhum dos métodos sempre sobrepõe seu desempenho aos demais. Por isso, esta dissertação propõe uma arquitetura para selecionar o “melhor” MSI para uma dada base de dados (mais adequado emrelação à precisão), chamadaMeta-CISM (Metalearning for Choosing Instance SelectionMethod). Estratégias de meta-aprendizagem são utilizadas para treinar um meta-classificador que aprende sobre o relacionamento entre a taxa de acerto de MSIs e a estrutura das bases. O Meta-CISM utiliza ainda reamostragem e métodos de seleção de atributos para melhorar o desempenho do meta-classificador. A proposta foi avaliada com os MSIs: C-pruner, DROP3, IB3, ICF e ENN-CNN. Os métodos de reamostragem utilizados foram: Bagging e Combination (método proposto neste trabalho). Foram utilizados como métodos de seleção de atributos: Relief-F, CFS, Chi Square Feature Evaluation e Consistency-Based Subset Evaluation. Cinco classificadores contribuíram para rotular as meta-instâncias: C4.5, PART, MLP-BP, SMO e KNN. Uma MLP-BP treinou o meta-classificador. Os experimentos foram realizados com dezesseis bases de dados públicas. O método proposto (Meta-CISM) foi melhor que todos os MSIs estudados, na maioria dos experimentos realizados. Visto que eficientemente seleciona um dos três melhores MSIs em mais de 85% dos casos, a abordagemé adequada para ser automaticamente utilizada na fase de pré-processamento das base de dados. / The systems for Knowledge Discovery in Databases (better known as KDD systems) andMachine Learning methods predict situations, recognize and group (cluster) patterns, among other tasks that are demands of a world in which the most of the services is being offered by virtual ways. Although these applications are concerned in generate fast, reliable and easy to interpret information, extensive databases used for such applications make difficult achieving accuracy with a low computational cost. To solve this problem, the databases can be reduced aiming to decrease the processing time and facilitating its storage, as well as, to save only sufficient and relevant information for the knowledge extraction. In this context, Instances SelectionMethods (ISMs) have been proposed to reduce and filter databases, selecting or creating new instances that best describe them. Nevertheless, No Free Lunch Theorem is applied, that is, the ISMs performance varies according to the base and none of the methods always overcomes their performance over others. Therefore, this work proposes an architecture to select the "best"ISM for a given database (best suited in relation to accuracy), called Meta-CISM (Meta-learning for Choosing Instance SelectionMethod). Meta-learning strategies are used to train a meta-classifier that learns about the relationship between the accuracy rate of ISMs and the bases structures. TheMeta-CISM still uses resampling and feature selection methods to improve the meta-classifier performance. The proposal was evaluated with the ISMs: C-pruner, DROP3, IB3, ICF and ENN-CNN. Resampling methods used were: Bagging and Combination (method proposed in this work). The Feature SelectionMethods used were: Relief-F, CFS, Chi Square Feature Evaluation e Consistency-Based Subset Evaluation. Five classifiers contributed to label the meta-instances: C4.5, PART, MLP-BP, SMO e KNN. The meta-classifier was trained by a MLP-BP. Experiments were carried with sixteen public databases. The proposed method (Meta-CISM) was better than all ISMs studied in the most of the experiments performed. Since that efficiently selects one of the three best ISMs in more than 85% of cases, the approach is suitable to be automatically used in the pre-processing of the databases.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The common bean is a basic food of Brazilian diet, with great importance in many regions of the country because of economic and/or nutritional reasons. Genetic variability related to the grain yield, morphologic, phenologic and nutritional traits, and others, makes possible the use of genetic improvement and gain genetic can be maximized when adequate methodologies are used to obtain segregant populations and selection of lines. So, the purposes of this study were to evaluate the efficiency of the Genealogic and Single Seed Descent (SSD) methods in the obtained of segregating populations and evaluate direct selection, indirect selection, classical index (SMITH, 1936; HAZEL, 1943), base index (WILLIANS, 1962), parameter and weight free index (ELSTON, 1963), desired gains index (PESEK; BAKER, 1969), multiplicative index (SUBANDI et al., 1973) and rank summation index (MULAMBA; MOCK, 1978) in the identification of common bean families with higher grain yield, morphologic and phenologic desirable traits and higher calcium and iron contents in the seeds. For that, an amount of 272 families from F7 generation 136 families obtained by the Genealogic method with selection in segregant generations for grain yield, 136 families obtained by the SSD method, and 17 registered cultivars to be grown in Rio Grande do Sul state were evaluated in simple lattice model 17 x 17. Through the Genealogic method we obtained a higher number of families with high grain yield, early cycle and a lower general adaptation note (better adaptation). The SSD method was efficient by selection the higher grain yield, higher number of families with the lowest lodging grade (erect type), higher insertion height of first pod and higher calcium and iron contents in seeds. Correlations unfavorable to the interests of improvement were observed between the characters grain yield and height insertion of first pod and calcium and iron content in seeds. The classical index (SMITH, 1936; HAZEL, 1943), the base index (WILLIANS, 1962) and the multiplicative index (SUBANDI et al., 1973) can provide higher genetic progress common bean lines showing high similarity between the selected lines. / O feijão é um alimento básico na dieta dos brasileiros, com importância significativa em diversas regiões do país por razões econômicas e/ou nutricionais. Variabilidade genética com relação à produtividade de grãos, aos caracteres morfológicos, fenológicos e nutricionais possibilita a utilização do melhoramento genético e ganhos podem ser obtidos quando forem utilizadas metodologias adequadas na condução das populações segregantes e na seleção de linhagens. Desta forma, os objetivos deste trabalho foram avaliar a eficiência dos métodos Genealógico e Descendente de uma Única Semente (SSD) na condução das populações segregantes e avaliar a seleção direta, seleção indireta, índice clássico (SMITH, 1936; HAZEL, 1943), índice base (WILLIANS, 1962), índice livre de peso e parâmetros (ELSTON, 1963), índice baseado nos ganhos desejados (PESEK; BAKER, 1969), índice multiplicativo (SUBANDI et al., 1973) e índice baseado em soma de ranks (MULAMBA; MOCK, 1978) na identificação de famílias de feijão com maior produtividade de grãos, com caracteres morfológicos e fenológicos desejáveis e maior teor de cálcio e de ferro nas sementes. Para tanto, um total de 272 famílias em geração F7 - 136 famílias conduzidas pelo método Genealógico com seleção nas gerações segregantes para a produtividade de grãos e 136 famílias conduzidas pelo método SSD, além de 17 cultivares registradas para cultivo no Estado do Rio Grande do Sul, foram avaliadas em delineamento látice simples 17 x 17. Pelo método Genealógico se obteve maior número de famílias com alta produtividade de grãos, de ciclo precoce e com menor nota geral de adaptação (melhor adaptação). O método SSD foi eficiente para a seleção de maior número de famílias com as menores notas de acamamento (porte ereto), as maiores alturas de inserção de primeira vagem e os maiores teores de cálcio e de ferro nas sementes. Correlações desfavoráveis ao interesse do melhoramento foram observadas entre os caracteres produtividade de grãos, altura de inserção da primeira vagem e teores de cálcio e de ferro nas sementes. O índice clássico (SMITH, 1936; HAZEL, 1943), o índice base (WILLIANS, 1962) e o índice multiplicativo (SUBANDI et al., 1973) podem propiciar progresso genético superior na seleção de linhagens de feijão apresentando elevada coincidência entre as linhagens selecionadas.