Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-10T16:17:20Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4372950 bytes, checksum: 0fa4d8beeadcf2be448d4d389bde28b9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T16:17:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 4372950 bytes, checksum: 0fa4d8beeadcf2be448d4d389bde28b9 (MD5) Previous issue date: 2002-07-05 / Para avaliar o efeito da oscilação genética em populações sob seleção com diferentes tamanhos efetivos e comparar a seleção utilizando os valores genéticos preditos pelo BLUP Clássico, que utiliza matriz de parentesco calculada através dos coeficientes de parentesco, e o BLUP Marcadores, que utiliza matriz de similaridade genética calculada por meio de marcadores moleculares, foram simulados dados utilizando-se o programa GENESYS. A partir de um genoma de 2000 centimorgans de comprimento, constituído por 15 pares de cromossomos autossômicos, com 200 locos quantitativos polialélicos (8 alelos), e permitindo apenas efeitos aditivos dos genes, simulou-se uma população-base, com uma única característica quantitativa com herdabilidade 0,10. A partir desta população foi construída uma população inicial e em seguida foram formadas as populações de seleção, num total de seis, correspondendo a dois tamanhos efetivos de população (18,18 e 66,66) e três sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados para reprodução (Reprodutores Acasalados Aleatoriamente, Exclusão de Irmãos Completos e Exclusão de Irmãos Completos e Meio-Irmãos). A seleção foi praticada durante 20 gerações consecutivas, com base na Seleção Individual (SI), nos valores genéticos preditos pelo BLUP Clássico (BLUP) e pelo BLUP Marcadores (BLUPM) com 1, 10 e 30 repetições. Para se obter a matriz de similaridade genética utilizada no BLUP Marcadores foram usados 100 marcadores moleculares do tipo microssatélite (SSR – Simple Sequence Repeat), por meio de um coeficiente de similaridade correspondente à distância euclideana média para dados quantitativos. Para avaliar os efeitos da oscilação genética, nas diferentes estruturas de populações sob seleção, utilizou-se o valor fenotípico nos diferentes tamanhos efetivos, número de repetições e sistemas de acasalamento. Já para comparar os diferentes métodos de seleção utilizou-se apenas as populações com tamanho efetivo de 66,66 e média de 30 repetições, avaliando-se os seguintes parâmetros: valor fenotípico médio, endogamia média, perdas e ganhos pela fixação de alelos desfavoráveis e favoráveis, variância genética aditiva e limite da seleção. Observou-se grande variação nos valores fenotípicos obtidos pelos métodos ao longo das 20 gerações de seleção em função da oscilação genética, principalmente para a seleção baseada nos valores genéticos preditos pelo BLUP e BLUPM, e para as populações com tamanho efetivo menor (18,18). Este fato sugere que em programas de melhoramento, independente do método de seleção, os resultados são grandemente influenciados pela oscilação genética, que é responsável por grandes variações nos ganhos genéticos, e que em estudos de comparação de metodologias de seleção, utilizando simulação, deve-se trabalhar com a média de grande número de repetições. No estudo de comparação dos métodos de seleção, observou-se que os ganhos obtidos ao longo das 20 gerações de seleção foi maior para o BLUP em relação ao BLUPM, e este foi superior à SI. Entretanto, quando se considerou o ganho obtido apenas nas cinco primeiras gerações, o BLUPM apresentou ganhos semelhantes ao BLUP e estes superiores à SI. A fixação de alelos aumentou ao longo das 20 gerações, independente do método de seleção, provocando aumento da endogamia, redução na variância genética aditiva e redução no limite da seleção. A SI levou a menores taxas de fixação de alelos e o BLUPM e o BLUP foram os que apresentaram maiores taxas de fixação de alelos. A partir da sexta geração o BLUPM passou a fixar mais alelos desfavoráveis que o BLUP, prejudicando sua eficiência em promover ganhos genéticos. Os diferentes sistemas de acasalamento dos reprodutores selecionados não levaram a grandes diferenças em ganho genético para os métodos baseados no BLUP ao longo das 20 gerações de seleção. Com relação à endogamia média, os sistemas que excluem o acasalamento entre irmãos, ou seja, os tipos de acasalamento de mínimo parentesco, proporcionaram menores taxas. / Data were simulated using Genesys program to evaluate genetic drift effects on populations under selection with different effective sizes and to compare selection using genetic values predicted by classical BLUP, and BLUP markers that utilizes genetic similarity matrix calculated by molecular markers. It was simulated a one trait base population, considering only additive gene effects, with heritability value of 0,10, from a 2000 centimorgans length genome constituted by 15 pairs of autosomic chomosomes, with 200 polialelic quantitative loci (8 alleles) . Fom this population it was built na initial population and then, six selection populations with two effective population sizes (18,8 and 66,66) and three different mating systems for selected bulls: random mating, full sibs excluded, half-sibs excluded.Selection was practised for 20 generations based on individual selection (IS), on predicted genetic values (BLUP) and on BLUP markers (BLUPM), with 1, 10 and 30 replicates.The similarity genetic matrix was obtained by considering 100 molecular markers of microsatelite type (SSR – Simple Sequence Repeat), through a similarity coefficient correspondent to an average euclydiane distance for quantitative traits. To evaluate genetic drift effects in the different population structures under selection, it was used the phenotypic values in the different effective sizes, replicate numbers and mating systems. To compare different selection methods, only effective populations size of 66,66 and an average of 30 replicates were used. The following parameters were estimated: average phenotypic value, average inbreeding, gains and losses due to fixation of favorable and unfavorable alleles, additive genetic variance and selection limit. For 20 generations, it was observed, due to genetic drift, a great difference in phenotypic values obtained by the three different methods, mainly for selection based on breeding values predicted by BLUP and BLUPM, and for populations with smaller effective size (18,18). This suggests that in genetic improvement programs, independent of selection methods, genetic drift effects are important and that when comparing selection methodologies by simulated data the average of a great number of replicates must be used. In the selection method comparison it was observed that genetic gains, in twenty generations of selection, were greater for BLUP than for BLUPM and this one was superior to IS. BLUP and BLUPM had similar gains when it was considered only the fisrt five generations of selection. Alleles fixation increased along the twenty generations no matter which selection method was considered, resulting in an increased inbreeding, a reduction in the additive genetic variance and in the selection limit. Individual selection presented the smallest rates of allele fixation. From the sixth generation on, more unfavorable alleles were fixed by BLUPM than by BLUP, decreasing its efficiency in promoting genetic gains. When selection was based on BLUP, in 20 generations of selection studied, there were no great differences among the different mating systems. Systems that excluded full sibs matings presented the smallest rates of average inbreeding. / Tese importada do Alexandria

A ararinha-azul (Cyanopsitta spixii) é uma das aves mais ameaçadas do mundo e está extinta na natureza. Estudos estão sendo realizados para o manejo e conservação em cativeiro para futura reintrodução. Microssatélites são marcadores moleculares úteis para estimar parentesco entre indivíduos. Esse dado pode ser utilizado para minimizar os efeitos deletérios da endogamia e a perda de diversidade genética do plantel do programa de reprodução em cativeiro, recomendando pares reprodutivos. O presente estudo teve como objetivos identificar microssatélites polimórficos específicos para acessar o nível de diversidade genética da espécie e estimar o parentesco entre pares de aves para auxiliar o manejo genético da população. O genoma de um indivíduo foi parcialmente sequenciado na plataforma 454 GS FLX (Roche). Foram desenhados 25 pares de primers, sendo 20 para dinucleotídeos e cinco para tetranucleotídeos. Dezenove microssatélites puderam ser amplificados e foram testados quanto ao nível de polimorfismo em 12 indivíduos selecionados. Desses, 14 microssatélites foram polimórficos. Também foram usados dados de microssatélites heterólogos nas análises. Dois microssatélites apresentaram desvio do equilíbrio de Hardy-Wenberg e cinco microssatélites foram excluídos devido à presença de desequilíbrio de ligação. A probabilidade de exclusão de paternidade quando um parental é conhecido foi de 94,8% e a probabilidade de identidade foi de 0,00000793. A riqueza alélica média foi de 2,49 alelos por microssatélite, confirmando a baixa diversidade genética da espécie. Alguns alelos já foram perdidos no plantel atual em cativeiro. A população tem valor de índice de parentesco médio similar àquela de, no mínimo, primos de primeiro grau e alguns dos fundadores são muito aparentados. Alguns potenciais casais com baixo índice de parentesco r podem vir a ser importantes para o programa de reprodução em cativeiro. / Spix\'s macaw (Cyanopsitta spixii) is one of the most endangered birds of the world and is extinct in the wild. Several coordinated studies are being conducted for its management and conservation in captivity for future reintroduction. Microsatellites are useful markers to estimate relatedness between individuals. This information can be used to minimize the deleterious effects of inbreeding and loss of genetic diversity of captive birds, recommending less closely related pairs for the breeding program. The present study aims to identify specific polymorphic microsatellites to assess the levels of genetic variability of the species and the genetic relatedness among birds for the genetic management of the population. The partial genome of an individual was sequenced on a 454 GS FLX (Roche) platform. Twenty-five pairs of primers were designed, being 20 for di- and five tetra-nucleotide microsatellites. Nineteen microsatellites were amplified and tested in 12 selected individuals. Fourteen microsatellites were polymorphic. Heterologous microsatellites were also used in the analyses. Two microsatellites were not in Hardy-Weinberg equilibrium and five presented linkage disequilibrium. Exclusion paternity probability when one parental is known was 94.8% and identity probability was 0.00000793. Mean allele richness was 2.49 alleles per microsatellite, confirming the low genetic diversity of the species. The current captive population has lost some alleles. The mean relatedness among individuals was, at least, similar to the one between first cousins and some founders are very closely related. Based on the relatedness index, some unrelated potential couples can become important for the captive program.

Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dayane Molin.pdf: 2944692 bytes, checksum: a8d299024aefbd42062cb84bd7720a9d (MD5) Previous issue date: 2012-02-23 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Paraná / The wide variability in corn is due to the numerous landraces, important genotypes for breeding programs, because they constitute a source of genetic variability in the exploration of new genes of economic interest. The objectives were to analyze the genetic diversity between landraces from Rio Grande do Sul and Paraná through the analysis of polymorphism generated by RAPD, microsatellite (SSR) and AFLP markers; cluster these genotypes through estimates of genetic similarity and establish possible relationships between genetic similarity and the sampling sites of the landraces. PCR reactions for each marker were optimized through specific protocols being used: 30 RAPD primers, 47 SSR primers pairs and 25 combinations of primers for the EcoRI + MseI for the AFLP marker. The amplified fragments (RAPD and SSR) were visualized in agarose gel at 2 and 3 %, respectively, through horizontal electrophoresis run for approximately 4 h at 80 V. The AFLP amplification products were resolved on a polyacrylamide gel (6 %) submitted to a vertical electrophoresis run for 3 h 30 min at 80 W (1500 V). Genotyping of the varieties of corn with the RAPD marker amplified 409 fragments with a polymorphism average rate of 81.9 %. The SSR generated 134 fragments with 78.3 % of polymorphism. On the other hand, the AFLP amplified 1889 fragments with a polymorphism average rate of only 40.3 %. The polymorphic fragments were submitted to analysis of genetic similarity using the Jaccard coefficient and UPGMA clustering method individually and jointly for all markers. The coefficient mean of similarity was 57 % for RAPD, 56 % for SSR, 74 % for the AFLP and 69 % for the joint analysis. The dendrograms obtained from RAPD and SSR showed 8 different groups, while the dendrogram obtained from AFLP and the joint analysis formed six and seven groups, respectively. In general, the correlations between the similarity matrices were low, but between the AFLP and combined analysis was 96 %. Results revealed a wide genetic variability among landraces. The RAPD and SSR had the highest average rates of polymorphism and AFLP showed the highest rates of genetic similarity among landraces. In general, the markers used were effective tools for sampling the genetic diversity and cluster varieties according to the sampling sites, although they have differential capacity to reveal polymorphism as well as to cluster the landraces. / A ampla variabilidade existente em milho deve-se às inúmeras variedades crioulas, genótipos importantes para o melhoramento, pois constituem fonte de variabilidade genética na prospecção de novos genes de interesse econômico. Os objetivos deste trabalho foram analisar a diversidade genética existente entre acessos de milho crioulo oriundos do Rio Grande do Sul e do Paraná a partir da análise do polimorfismo gerado pelos marcadores RAPD, microssatélite (SSR) e AFLP; realizar o agrupamento destes genótipos através das estimativas da similaridade genética e estabelecer possíveis relações entre a similaridade genética e os locais de coleta das variedades crioulas. As reações de PCR para cada marcador foram otimizadas através de protocolos específicos, sendo utilizados: 30 primers RAPD, 47 pares de primers SSR e 25 combinações de primers EcoRI + MseI para o marcador AFLP. Os fragmentos amplificados (RAPD e SSR) foram visualizados em gel de agarose a 2 e 3 %, respectivamente, através de corrida eletroforética horizontal por aproximadamente 4 h a 80 V. Os produtos da amplificação do AFLP foram resolvidos em gel de poliacrilamida (6 %) submetidos à corrida eletroforética vertical por 3 h e 30 minutos a 80 W (1500 V). A genotipagem das variedades de milho com o marcador RAPD amplificou 409 fragmentos com índice médio de polimorfismo de 81,9 %. O SSR gerou 134 fragmentos com 78,3 % de polimorfismo. Por outro lado, o AFLP amplificou 1889 fragmentos com índice médio de polimorfismo de apenas 40,3 %. Os fragmentos polimórficos foram submetidos às análises de similaridade genética através do coeficiente de Jaccard e de agrupamento pelo método UPGMA individualmente e conjuntamente para os marcadores. O coeficiente médio de similaridade foi de 57 % para o RAPD; 56 % para o SSR; 74 % para o AFLP e 69 % para a análise conjunta. Os dendogramas obtidos a partir do RAPD e SSR mostraram 8 grupos distintos, enquanto que o dendograma obtido a partir do AFLP e da análise conjunta formaram 6 e 7 grupos, respectivamente. De maneira geral, as correlações entre as matrizes de similaridade foram baixas, porém entre o AFLP e a análise conjunta foi de 96 %. Os resultados revelaram ampla variabilidade genética entre os acessos de milho crioulo. Os marcadores RAPD e SSR apresentaram os maiores índices médios de polimorfismo e o AFLP demonstrou maiores índices de similaridade genética entre os acessos crioulos. De maneira geral, os marcadores utilizados foram ferramentas eficientes para amostrar a diversidade genética e agrupar as variedades de acordo com os locais de coleta, embora possuam capacidade diferencial de revelar polimorfismo bem como para agrupar os acessos crioulos de milho.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The conservation of forest species requires the prior knowledge of genetic parameters belonging to the population, to help to design strategies for this purpose. This study aimed to evaluate genetic parameters and suggest indicators of sustainability in populations of Schinus terebinthifolius Raddi. aiming the conservation and maintenance of diversity in this species. In analysis of the study area, were selected 20 descriptors, and these suggested 20 indicators of sustainability for the area. Tender vegetal leaves were sampled in five populations located on the shores and islands of São Francisco River, and the material collected from 15 individuals for each population. In the DNA extraction it was used tender leaves of individuals and 2% CTAB method. We applied 20 primers of 10 bases of arbitrary sequence in amplification, the products were separated in agarose gel at 1% submitted to horizontal electrophoresis, stained with ethidium bromide and visualized in ultraviolet light. The presence and absence of bands were used to construct a binary matrix for the analysis of genetic parameters. In each population the percentage of polymorphic loci ranged from 32.92% to 45.34%. The average gene diversity of Nei was 0.37. The total genetic variation observed, 63.60% corresponded to variation among populations, and 36.40% within populations. The gene flow (Nm) estimated was 0.28. Thus the conclusion is the populations are genetically isolated, and analyzed the genetic parameters can be used as indicators of sustainability of the area. / A conservação de espécies florestais requer o conhecimento prévio de parâmetros genéticos pertencentes às populações, para se traçar estratégias para este fim. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar parâmetros genéticos e sugerir indicadores de sustentabilidade em populações de Schinus terebinthifolius Raddi. visando à conservação e manutenção da diversidade nesta espécie. Em análise da área de estudo, foram selecionados 20 descritores, e destes sugeridos 20 indicadores de sustentabilidade da área. As amostragens foram realizadas em cinco populações localizadas nas margens e ilhas do Rio São Francisco, sendo coletado material de 15 indivíduos para cada uma das populações. Na extração do DNA, empregou-se folhas tenras dos indivíduos e o método CTAB 2%. Foram usados 20 oligonucleotídeos de 10 bases de sequência arbitrária nas amplificações, cujos produtos foram separados em gel de agarose 1% submetidos à eletroforese horizontal, corados com brometo de etídio e visualizados em luz ultravioleta. A presença e a ausência de bandas foi usada para a construção de uma matriz de binária para a análise dos parâmetros genéticos. Em cada população a porcentagem de locos polimórficos variou de 32,92 a 45,34%. A diversidade média gênica de Nei foi de 0,37. Da variação genética total observada, 63,60% correspondeu à variação entre as populações; e, 36,40% dentro das populações. O fluxo gênico (Nm) estimado foi de 0,28. Desta forma conclui-se que as populações encontram-se isoladas geneticamente e os parâmetros genéticos analisados podem ser utilizados como indicadores de sustentabilidade da área.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The conservation of forest species requires the prior knowledge of genetic parameters belonging to the population, to help to design strategies for this purpose. This study aimed to evaluate genetic parameters and suggest indicators of sustainability in populations of Schinus terebinthifolius Raddi. aiming the conservation and maintenance of diversity in this species. In analysis of the study area, were selected 20 descriptors, and these suggested 20 indicators of sustainability for the area. Tender vegetal leaves were sampled in five populations located on the shores and islands of São Francisco River, and the material collected from 15 individuals for each population. In the DNA extraction it was used tender leaves of individuals and 2% CTAB method. We applied 20 primers of 10 bases of arbitrary sequence in amplification, the products were separated in agarose gel at 1% submitted to horizontal electrophoresis, stained with ethidium bromide and visualized in ultraviolet light. The presence and absence of bands were used to construct a binary matrix for the analysis of genetic parameters. In each population the percentage of polymorphic loci ranged from 32.92% to 45.34%. The average gene diversity of Nei was 0.37. The total genetic variation observed, 63.60% corresponded to variation among populations, and 36.40% within populations. The gene flow (Nm) estimated was 0.28. Thus the conclusion is the populations are genetically isolated, and analyzed the genetic parameters can be used as indicators of sustainability of the area. / A conservação de espécies florestais requer o conhecimento prévio de parâmetros genéticos pertencentes às populações, para se traçar estratégias para este fim. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar parâmetros genéticos e sugerir indicadores de sustentabilidade em populações de Schinus terebinthifolius Raddi. visando à conservação e manutenção da diversidade nesta espécie. Em análise da área de estudo, foram selecionados 20 descritores, e destes sugeridos 20 indicadores de sustentabilidade da área. As amostragens foram realizadas em cinco populações localizadas nas margens e ilhas do Rio São Francisco, sendo coletado material de 15 indivíduos para cada uma das populações. Na extração do DNA, empregou-se folhas tenras dos indivíduos e o método CTAB 2%. Foram usados 20 oligonucleotídeos de 10 bases de sequência arbitrária nas amplificações, cujos produtos foram separados em gel de agarose 1% submetidos à eletroforese horizontal, corados com brometo de etídio e visualizados em luz ultravioleta. A presença e a ausência de bandas foi usada para a construção de uma matriz de binária para a análise dos parâmetros genéticos. Em cada população a porcentagem de locos polimórficos variou de 32,92 a 45,34%. A diversidade média gênica de Nei foi de 0,37. Da variação genética total observada, 63,60% correspondeu à variação entre as populações; e, 36,40% dentro das populações. O fluxo gênico (Nm) estimado foi de 0,28. Desta forma conclui-se que as populações encontram-se isoladas geneticamente e os parâmetros genéticos analisados podem ser utilizados como indicadores de sustentabilidade da área.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-30T15:17:06Z No. of bitstreams: 1 Tese - Juan D. V. Fajardo.pdf: 1097421 bytes, checksum: 1917d39a17d14e35ca1fed4547529859 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-30T15:17:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Juan D. V. Fajardo.pdf: 1097421 bytes, checksum: 1917d39a17d14e35ca1fed4547529859 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-11-30T15:17:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Juan D. V. Fajardo.pdf: 1097421 bytes, checksum: 1917d39a17d14e35ca1fed4547529859 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-30T15:17:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Juan D. V. Fajardo.pdf: 1097421 bytes, checksum: 1917d39a17d14e35ca1fed4547529859 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The guaraná (Paullinia cupana var. Sorbilis (Mart.) Ducke) is a native plant valued by Amazonian peoples, especially by Sateré-Maue tribe in northern Amazon region on the border with the state of Pará. Research shows that guaraná has stimulating and therapeutic properties that make it an important input for chemical refrigerants, pharmaceutical, and cosmetics. The aim of the study was to evaluate genetic, estimate variance components for morphological characteristics, and production of guaraná progenies. In the experiment conducted in the city of Maués-Am / EMBRAPA were evaluated 36 progenies brothers guaraná means in experimental design of randomized blocks with two replications and six plants per plot for agronomic characters and fruit yield (g.plant-1.year-1) arranged in two rows of three plants, spaced 5 m x 5 m. The analysis of quantitative character production (g.plant-1.year-1) was based on the average production over six years. The average of the best individual production was 28,355 g.plant-1.year-1, which is ten times higher than the state average productivity. Progenies have enough genetic diversity for selection of progeny and senior individuals with controlled crossings or intercross could generate a base population with high productivity and sufficient genetic diversity increases the likelihood of recovery of superior genotypes. / O guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis (Mart.) Ducke) é uma planta nativa valorizada pelos povos Amazônicos, especialmente pela tribo Sateré- Maué no norte da região Amazônica, na fronteira com o estado do Pará. As pesquisas mostram que o guaraná tem propriedades estimulantes e terapêuticas o que o tornam um importante insumo para as indústrias químicas de refrigerantes, farmacêuticas, e cosméticos. O objetivo do estudo foi avaliar valores genéticos, estimar componentes de variância para caracteres morfoagronômicos, e da produção de progênies de guaranazeiro. No experimento conduzido na cidade de Maués-Am/EMBRAPA, foram avaliadas 36 progênies de meios irmãos de guaranazeiro em delineamento experimental de blocos ao acaso com duas repetições e seis plantas por parcela para os caracteres agronômicos e produção de frutos (g.planta-1.ano-1) dispostas em duas fileiras de três plantas, no espaçamento de 5 m x 5 m. A análise do caráter quantitativo Produção (g.planta-1.ano-1) foi baseado na média da produção ao longo de seis anos. A média da produção do melhor indivíduo foi de 28.355 g.planta-1.ano-1, que é dez vezes maior do que a produtividade média estadual. As progênies apresentam diversidade genética suficiente para a seleção de progênies e de indivíduos superiores que com cruzamentos controlados ou intercruzamentos poderiam gerar uma população base com alta produtividade e diversidade genética suficiente aumentando a probabilidade de recuperação de genótipos superiores.

A ararinha-azul (Cyanopsitta spixii) é uma das aves mais ameaçadas do mundo e está extinta na natureza. Estudos estão sendo realizados para o manejo e conservação em cativeiro para futura reintrodução. Microssatélites são marcadores moleculares úteis para estimar parentesco entre indivíduos. Esse dado pode ser utilizado para minimizar os efeitos deletérios da endogamia e a perda de diversidade genética do plantel do programa de reprodução em cativeiro, recomendando pares reprodutivos. O presente estudo teve como objetivos identificar microssatélites polimórficos específicos para acessar o nível de diversidade genética da espécie e estimar o parentesco entre pares de aves para auxiliar o manejo genético da população. O genoma de um indivíduo foi parcialmente sequenciado na plataforma 454 GS FLX (Roche). Foram desenhados 25 pares de primers, sendo 20 para dinucleotídeos e cinco para tetranucleotídeos. Dezenove microssatélites puderam ser amplificados e foram testados quanto ao nível de polimorfismo em 12 indivíduos selecionados. Desses, 14 microssatélites foram polimórficos. Também foram usados dados de microssatélites heterólogos nas análises. Dois microssatélites apresentaram desvio do equilíbrio de Hardy-Wenberg e cinco microssatélites foram excluídos devido à presença de desequilíbrio de ligação. A probabilidade de exclusão de paternidade quando um parental é conhecido foi de 94,8% e a probabilidade de identidade foi de 0,00000793. A riqueza alélica média foi de 2,49 alelos por microssatélite, confirmando a baixa diversidade genética da espécie. Alguns alelos já foram perdidos no plantel atual em cativeiro. A população tem valor de índice de parentesco médio similar àquela de, no mínimo, primos de primeiro grau e alguns dos fundadores são muito aparentados. Alguns potenciais casais com baixo índice de parentesco r podem vir a ser importantes para o programa de reprodução em cativeiro. / Spix\'s macaw (Cyanopsitta spixii) is one of the most endangered birds of the world and is extinct in the wild. Several coordinated studies are being conducted for its management and conservation in captivity for future reintroduction. Microsatellites are useful markers to estimate relatedness between individuals. This information can be used to minimize the deleterious effects of inbreeding and loss of genetic diversity of captive birds, recommending less closely related pairs for the breeding program. The present study aims to identify specific polymorphic microsatellites to assess the levels of genetic variability of the species and the genetic relatedness among birds for the genetic management of the population. The partial genome of an individual was sequenced on a 454 GS FLX (Roche) platform. Twenty-five pairs of primers were designed, being 20 for di- and five tetra-nucleotide microsatellites. Nineteen microsatellites were amplified and tested in 12 selected individuals. Fourteen microsatellites were polymorphic. Heterologous microsatellites were also used in the analyses. Two microsatellites were not in Hardy-Weinberg equilibrium and five presented linkage disequilibrium. Exclusion paternity probability when one parental is known was 94.8% and identity probability was 0.00000793. Mean allele richness was 2.49 alleles per microsatellite, confirming the low genetic diversity of the species. The current captive population has lost some alleles. The mean relatedness among individuals was, at least, similar to the one between first cousins and some founders are very closely related. Based on the relatedness index, some unrelated potential couples can become important for the captive program.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:59:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_marcia_vaz_ribeiro.pdf: 3498598 bytes, checksum: 7e2417006373e96bad648e6cfe508c8a (MD5) Previous issue date: 2008-07-08 / Maytenus ilicifolia Mart. ex Reis., popularly known as espinheira-santa, is an autochthonous specie belonging to Celastraceae family. Presents high medicinal value for treatment of ulcers, chronicle gastritis, dyspepsia and indigestion. Due its medicinal importance, have been an increase of extractivism in natural populations. So, this specie is priority for conservation, to avoid the risk of genetic erosion. The tissue culture is important because allows massive production of plants free from pathogenic agents and genetically uniforms. The in vitro establishment is the first phase of the micro propagation process, where the plant material used can vary according to the finality of the work. Studies evidence that genetic flux by seeds or pollen grains, and also the environment, mainly the habitats, has the potential to improve the genetic variability of populations from one locality. The objective of this work was to establish and evaluate the capacity of in vitro multiplication of M. ilicifolia plantlet, and also analyze by AFLP the genetic variability of 20 accessions collected in different localities from Rio Grande do Sul State. For the in vitro establishment previously disinfected seeds were inoculated in three different media: MS; MS + Active Coal (1g L-1) and MS + Vermiculite. The variables analyzed were plantlet height and root length. For the molecular analysis it was tested eight primers combinations. Values of genetic similarities were calculated by Simple-matching coefficient and used to generate a similarity dendrograma by UPGMA method. The analyzed variables showed significant differences. The greater media for plantlet height (5.06 cm) and root x length (3.4 cm) were obtained in the MS medium with Vermiculite. The morphological aspect of the roots must be considered, because the roots from plantlets germinated in MS medium was very fibrous and without root hairs, differently from plantlets germinated the MS medium + Vermiculite, were presented roots adequate for absorption of nutrients from the medium culture. The eight primers generate 455 eletrophoretical profiles, obtaining 100% of polymorphism. The primers E-ACC/M-CAA, E-ACG/M-CTA and E-ACG/M-CTC presented the greater number of eletrophoretical profile, 71 each, totalizing 46.80% of the total polymorphism. Dendrograma analysis showed a high coefficient of correlation (r = 0.94), demonstrating high representativity from the data of genetic similarity and those of groupings. By AMOVA it was verified that 89.33% of the total variability happened among individuals from the same population. Based on the discussed can be concluded that the more adequate medium for the in vitro establishment is the MS medium added of Vermiculite and AFLP molecular markers allow the characterization and genetic variability estimative of M. ilicifolia populations. / Maytenus ilicifolia Mart. ex Reis., popularmente conhecida como espinheira-santa, é uma espécie autóctone pertencente à família Celastraceae que apresenta alto valor medicinal para o tratamento de úlceras, gastrites crônicas, dispepsias e indigestão. Devido a sua importância medicinal, houve um aumento no extrativismo em populações naturais, tornando-a prioritária para a conservação, a fim de evitar o risco de erosão genética. A cultura de tecidos tem importante papel por proporcionar produção massiva de plantas, livres de agentes patogênicos e geneticamente uniformes, sendo o estabelecimento in vitro a primeira fase do processo de micropropagação, onde o material vegetal utilizado pode variar de acordo com a finalidade do estudo. Estudos evidenciam que o fluxo gênico por sementes ou dispersão de grãos de pólen, bem como o ambiente, principalmente o habitat, tem o potencial de aumentar a variabilidade genética de populações de uma mesma localidade. O objetivo deste trabalho foi estabelecer e avaliar a capacidade de multiplicação in vitro de plântulas de M. ilicifolia, bem como, analisar a variabilidade genética de 20 acessos coletados em diferentes localidades no estado do Rio Grande do Sul, através da técnica AFLP. Para o estabelecimento in vitro, sementes previamente desinfestadas foram inoculadas em três meios diferentes: MS; MS + Carvão Ativado (1g L-1) e MS + Vermiculita. As variáveis analisadas foram altura das plântulas e comprimento de raiz. Para a viii análise molecular foram testadas oito combinações de primers AFLP. Os valores de similaridade genética foram calculados pelo Simple-matching coefficient e utilizados para gerar o dendrograma de similaridade pelo método UPGMA. As variáveis analisadas apresentaram diferença significativa, onde as maiores médias para altura das plântulas (5,06 cm) e comprimento de raiz (3,4 cm), foram obtidas no meio MS acrescido de Vermiculita. Observou-se que o aspecto morfológico das raízes deve ser considerado, pois as raízes das plântulas germinadas em meio MS apresentaram-se bastante fibrosas e com ausência de pêlos radiculares, diferentemente das plântulas germinadas em meio MS + Vermiculita, onde apresentaram raízes adequadas para a absorção de nutrientes do meio de cultura. As oito combinações de primers geraram 455 perfis eletroforéticos, com 100% de polimorfismo. Os primers E-ACC/M-CAA, E-ACG/MCTA, E-ACG/M-CTC apresentaram o maior número de perfis eletroforéticos, 71 cada, totalizando 46,80% do polimorfismo total. Na análise do dendrograma foi observado um alto coeficiente de correlação (r = 0,94), demonstrando elevada representatividade dos dados de similaridade genética e os de agrupamento. Pela AMOVA verificou-se que 89,33% da variabilidade total ocorreu entre indivíduos da mesma população. Com base no exposto conclui-se que o meio mais adequado para o estabelecimento in vitro é o meio MS acrescido de Vermiculita e marcadores moleculares tipo AFLP permitem a caracterização e a estimativa da variabilidade genética de populações de M. ilicifolia.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMariaAparecidaSVieira2010.pdf: 800058 bytes, checksum: 8dafcb160a1972a06f2d836a5f52d813 (MD5) Previous issue date: 2010-07-05 / Nasal carriage of Staphylococcus aureus methicillin-resistant (MRSA) is known to be a risk for subsequent infection. The MRSA carriers are an emergent and hidden reservoir in community and in the health-care environment. The aim of this investigation were to assess the prevalence and risk factors for MRSA nasal carriage in children attending emergency departments (ED) and Neonatal Intensive Care Units (NICU), and to describe the molecular features of such isolates. Methods: Nasal swabs were obtained from children less than 60 months of age attending ED, and from newborns of the four NICUs of Goiânia city, central Brazil, in 2007 and 2008. The definition of MRSA followed the CLSI criteria. Exposure variables to S. aureus and MRSA carriers were gathered through in-person interviews with mothers and hospital records. Univariate and multivariate logistic regression were performed to identify risk factors for S. aureus and MRSA carriage. Molecular typing was evaluated by pulsed field gel electrophoresis, staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) typing, and multilocus sequence type (MLST). Results: A total of 2,735 children were enrolled. At the ED (n=2.034), the prevalence respectively of nasal carriages for S. aureus and MRSA were 20% (n=408) and 0.2% (n=4). Among NICUs (total of infants = 701), the prevalence of nasal carriage ranged from 0.03% to 15.7% for S. aureus and, from 0.0% to 2.0% for MRSA. At the ED, MRSA carriage was independently associated with child-care attendance in the previous 6 months (OR=10.6; p=0.045) and congenital malformation (OR=26.8; p=0.002). All nasal carriers at NICUs were from private hospitals. Only length of hospitalization was associated with MRSA nasal carriage at NICUs (p=0.023). Among four MRSA nasal carrier at ED, one harbored SCCmec type III, and three SCCmec type IV. Among four children from at the NICUs two infants harbored SCCmec type III, and two SCCmec type IV. All MRSASCCmec type III were multidrug-resistants. Strains related to Pediatric/USA800 and Brazilian MRSA clones were detected in both, ED and NICUs. One MRSA cluster related to Western Australia/USA400 was detected in ED. Conclusions: Children visiting ED, especially those reporting day-care attendance, and neonates from NICUs may play a role in spreading MRSA in healthcare settings. The study suggests cross transmission of MRSA type III and type IV between ED and hospital environments. / Portador nasal de Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) é um preditor de infecção subseqüente. Portadores de MRSA são um reservatório oculto, emergente na comunidade e nos serviços de saúde. Os objetivos deste estudo foram avaliar a prevalência e fatores de risco do portador nasal por S. aureus e MRSA em crianças atendidas em Pronto Atendimento (PA) e admitidas em Unidades de Cuidado Intensivo Neonatal (UCINs) e descrever as características moleculares de tais isolados. Método: Swabs nasais foram obtidos de crianças menores de 60 meses atendidas em PA e de neonatos de quatro UCINs do município de Goiânia, Brasil, em 2007 e 2008. A definição de MRSA seguiu critérios definidos pelo CLSI. Variáveis de exposição para portadores de S. aureus e MRSA foram obtidas por meio de entrevistas com mães e registros hospitalares. Regressão logística multivariada foram realizadas para identificar fatores de risco. A tipagem molecular foi feita por meio de staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) typing, Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) e seqüenciamento de multilocus enzimáticos (MLST). Resultados: Um total de 2.735 crianças foi recrutado. No PA (n=2.034), as prevalências de portador nasal para S. aureus e MRSA foram de 20,1% (n=408) e de 0,2% (n=4), respectivamente. Nas UCINs (n= 701), a prevalência de portador nasal variou de 0,03% a 15,7% para S. aureus (n=64) e, de 0,0% a 2,0% para MRSA (n=4). No PA, o portador de MRSA foi independentemente associado à frequência de creche nos últimos 6 meses (OR=10,6; p=0,045) e malformação congênita (OR=26,8; p=0,002). Todos os portadores nasais de MRSA nas UCINs eram crianças internadas em hospitais privados e a única variável associada ao portador MRSA foi tempo de internação (p=0,023). Das quatro crianças portadores de MRSA no PA, uma portava SCCmec tipo III e, três, SCCmec tipo IV. Nas UCINs, duas crianças eram SCCmec tipo III e duas, SCCmec tipo IV. Todas as cepas SCCmec tipo III eram multidrogarresistentes (CLSI). Cepas MRSA relacionadas ao clones pediátrico/USA800 e epidêmico brasileiro foram detectados no PA e nas UCINs. Um cluster MRSA relacionado ao clone Western Australia/WA-1/ USA400 foi encontrado no PA. Conclusão: Crianças atendidas no pronto atendimento, especialmente aquelas que freqüentaram creche, e neonatos de UCINs apresentam potencial para disseminação de MRSA nos serviços de saúde. O estudo sugere transmissão cruzada de MRSA SCCmec tipo III e tipo IV entre serviços de emergência e hospitais.