Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-14T19:43:24Z No. of bitstreams: 2 dissertação versão para a biblioteca.pdf: 4074295 bytes, checksum: abf9a36b18c09033c4015a9d40796eb3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-14T19:43:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertação versão para a biblioteca.pdf: 4074295 bytes, checksum: abf9a36b18c09033c4015a9d40796eb3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-03-13 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / In terms of diversity of amphibians, the Neotropics is unmatched, occurring approximately 2,065 species, more than any other region on the planet. Only for South America are recognized 95% of this diversity (1,959). The Brazil is the richest amphibians country in diversity in the planet with 946 species described and frogs the most diverse group with 350 species to Amazon. Several biogeographic theories try to explain this great diversity, using of molecular markers, morphology, species diversity, ethology, modeling, among others. The genus Pristimantis contains more than 470 species, divided into 11 groups. The species in this study, Pristimantis fenestratus belongs to Pristimantis conspicillatus group with over 33 species. This study aimed to investigate the existence of cryptic species within P. fenestratus in eastern Amazonia and observe the effect of rivers Trombetas, Jatapu, Tapajós and Xingu in the distribution of genetic diversity within P. fenestratus. Were sequenced 114 individuals of P. fenestratus for the mitochondrial 16S rDNA, 62 sequences gene Cytochrome Oxidase subunit I (COI) of mtDNA and 84 sequences from nuclear gene tyrosinase. One hundred and thirty-two males were measured for Principal Component Analysis (PCA) and discriminant function analysis (DFA). The population structure analysis for all concatenated genes, revealed strong structure in the main interfluve formed by the major tributaries of the Amazon River. The Maximum Likelihood trees, to the concatenated mitochondrial genes and the nuclear gene, showed a consistent topology with the groups found by BAPS, separating the groups in clades with high bootstrap support. The genetic distance p unadjusted pairwise groups ranged between 2-11% for the 16S gene, whereas in the groups ranged from 1-2%. The ACP showed no separation in morphometric space between locations. AFD presented only 52% accurate to classify individuals according to their genetic grouping of BAPS, features that support a complex of species within P. fenestratus. The analysis of the divergence time showed a basal division between two groups for both the 16S gene (rDNA) and tyrosinase (nDNA), during the middle Miocene. Based on these results, we suggest a new species for the genus Pristimantis, supported by molecular evidence (16S) and morphological characters that distinguishes it from P. fenestratus the type locality and other species of P. conspicillatus group. These results show that Pristimantis fenestratus has a strong structuring between the Amazon interfluvia with high genetic divergence between them. His conservative morphology does not enable us to find morphometric differences between the locations analyzed, although results (morphological and molecular) provides evidence that the species may be masking a complex of species and taxonomic revision is needed to resolve this taxonomic problem. / Em termos de diversidade de anfíbios, a região Neotropical é inigualável, ocorrendo aproximadamente 2.065 espécies, mais do que em qualquer outra região no planeta. Só para a América do Sul são reconhecidos 95% dessa diversidade (1.959). O Brasil é o país mais rico em espécies de anfíbios do planeta com 946 descritas e os anuros, o grupo mais diverso, com 350 espécies para a Amazônia. Várias teorias biogeográficas tentam explicar essa grande diversidade, utilizando-se de marcadores moleculares, morfologia, diversidade de espécies, etologia, modelagem, dentre outras. O gênero Pristimantis contem mais de 470 espécies, divididas em 11 grupos. A espécie deste estudo, Pristimantis fenestratus, pertence ao grupo Pristimantis conspicillatus, com mais de 33 espécies. Este trabalho teve por objetivos investigar a existência de espécies crípticas dentro de P. fenestratus na Amazônia Oriental e observar o efeito dos rios Trombetas, Jatapu, Tapajós e Xingu na distribuição da diversidade genética dentro de P. fenestratus. Para isso foram sequenciados 114 indivíduos de P. fenestratus para o gene mitocondrial 16S DNAmt, 62 sequências do gene Citocromo Oxidase sub-unidade I (COI) do DNAmt e 84 sequências do gene nuclear tirosinase. Cento e trinta e dois machos foram medidos para Análise de Componentes Principais (ACP) e Análise de Função Discriminante (AFD). A análise de estruturação populacional para todos os genes concatenados, revelou forte estruturação nos principais interflúvios formados pelos grandes tributários do Rio Amazonas. As árvores de Máxima Verossimilhança, para os genes mitocondriais concatenados e o gene nuclear, apresentou uma topologia concordante com os grupos encontrados pela análise Bayesiana de agrupamentos biológicos, separando os agrupamentos em clados com alto suporte de Bootstrap. A distância genética p par a par não corrigida entre os grupos variou de 2-11% para o gene 16S, enquanto que dentro dos grupos variou de 1-2%. A ACP não mostrou uma separação no espaço morfométrico entre as localidades. A AFD apresentou somente 52% de acurácia para classificar os indivíduos de acordo com seu agrupamento genético pelo BAPS, características que corroboram um complexo de espécies crípticas dentro de P. fenestratus. A análise do tempo de divergência mostrou uma divisão basal entre dois grupos, tanto para o gene 16S (DNAmt) e tirosinase (nDNA), durante o médio Mioceno. Com base nestes resultados, sugerimos uma nova espécie para o gênero Pristimantis, apoiada por evidências moleculares (gene 16S) e caracteres morfológicos que a distingue de P. fenestratus da localidade tipo e de outras espécies do grupo P. conspicillatus. Estes resultados mostram que Pristimantis fenestratus apresenta uma forte estruturação entre os interflúvios amazônicos com alta divergência genética entre eles. Sua morfologia conservadora não nos permitiu encontrar diferenças morfométricas entre as localidades analisadas, no entanto estes resultados (morfológicos e moleculares) disponibilizam evidências de que a espécie pode estar mascarando um complexo de espécies e uma revisão taxonômica é necessária para resolver esse problema.

Submitted by SEBASTIÃO SOARES DE OLIVEIRA NETO null (neto.soliver@gmail.com) on 2017-08-14T19:21:28Z No. of bitstreams: 1 Oliveira Neto, S. S. - Dissertação.pdf: 1803281 bytes, checksum: e617e725a28292660d7b2535bb1546b1 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-08-22T16:48:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 oliveiraneto_ss_me_bot.pdf: 1803281 bytes, checksum: e617e725a28292660d7b2535bb1546b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-22T16:48:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 oliveiraneto_ss_me_bot.pdf: 1803281 bytes, checksum: e617e725a28292660d7b2535bb1546b1 (MD5) Previous issue date: 2017-07-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A mamoneira (Ricinus communis L.) é uma oleaginosa da família das Euforbiáceas que disseminou-se por varias regiões do mundo devido a sua fácil propagação e adaptação. O principal produto negociado no mercado internacional é o óleo de rícino e o Brasil é o segundo maior fornecedor desse produto. O melhoramento vegetal visando à obtenção de novas cultivares e híbridos de mamoneira é primordial para o sucesso econômico da cultura, pois, o plantio de materiais mais produtivos, resistentes à doenças e que permitem o uso de mecanização traz maior retorno econômico para os produtores. O objetivo do presente estudo foi realizar a caracterização agromorfológica, avaliar a divergência genética e a reação ao mofo cinzento de 58 acessos de mamoneira coletados em diferentes regiões do Brasil. Realizou-se a criação de um banco de sementes de mamoneiras selvagens através de coletas em diversas regiões do Estado de São Paulo, Sul de Minas Gerais e na capital do Rio Grande do Norte. As sementes foram levadas para o Departamento de Produtividade e Melhoramento Vegetal da Faculdade de Ciências Agronômicas (FCA) em Botucatu – SP para beneficiamento e realização de testes preliminares (vigor, germinação e teor de óleo). Os acessos pré-selecionados foram semeados e caracterizados através de 31 descritores morfológicos. Foram coletados racemos desses materiais para testar a reação e a resistência ao mofo cinzento da mamoneira no Laboratório de Entomologia e Fitopatologia da Embrapa Meio Ambiente em Jaguariúna-SP conforme metodologia específica. Os dados obtidos nas avaliações foram submetidos à análise de variância, análise de similaridade pelo método hierárquico do vizinho mais próximo e análise de componentes principais. A maior porcentagem de germinação (98,67%) foi obtida pelos acessos BTC5, SAP1 e SBS2. Foram selecionados como fonte de resistência ao mofo cinzento da mamoneira, os acessos SM2, SAP4, SM1, SBS2, SJC2, BOIT1, CBJ1, BOF2, BTC5 e CJ4. O acesso BOC1 foi considerado o mais divergente. Os acessos SM2, SM1, SBS2, CJ4, BTC4, CJ3, CJ1, CBJ1, CJ6, SAP2, SAP1 e SAP4 possuem características agromorfológicas de interesse comercial e são promissores para constituírem uma coleção de germoplasma em programas de melhoramento genético da mamoneira. / Castor bean (Ricinus communis L.) is an an Euphorbiaceae family oilseed that has spread to various regions of the world due to its easy propagation and adaptation. Brazil is the second largest castor oil supplier, the main product traded in the international market. Plant breeding to generate cultivars and hybrids more productive, resistant to diseases, allowing the use of mechanization of castor bean can drive this crop for the economic success, generating producer's profit. Our aim was to perform the agro-morphological characterization, evaluate genetic divergence and gray mold reaction of 58 accessions of castor bean collected in different regions of Brazil. A wild castor bean seed bank was created through collections in several São Paulo State regions, South of Minas Gerais and in the capital of Rio Grande do Norte. Processing and preliminary tests (vigor, germination and oil content) were performed at the Department of Productivity and Plant Breeding from Faculty of Agronomic Sciences (FCA) in Botucatu, SP, Brazil. Preselected accessions were sown and characterized by 31 morphological descriptors. Castor bean racemes were tested to gray mold reaction and resistance in the Laboratory of Entomology and Phytopathology, Embrapa Meio Ambiente in Jaguariúna-SP, Brazil. Variance analysis, similarity by the nearest neighbor hierarchical method and principal components analysis was performed on all data obtained. BTC5, SAP1 and SBS2 showed the highest germination percentage (98.67%). SM2, SAP4, SM1, SBS2, SJC2, BOIT1, CBJ1, BOF2, BTC5 and CJ4 were selected as the resistance source of the castor bean gray mold while BOC1 was the most divergent. SM2, SM1, SBS2, CJ4, BJC4, CJ3, CJ1, CBJ1, CJ6, SAP2, SAP1 and SAP4 have agro-morphological characteristics of commercial interest and they are promising to constitute a germplasm collection in castor bean breeding programs.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:02:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo893_1.pdf: 4194750 bytes, checksum: db25c32a6384a62bbed9cd11a9087dcb (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com o objetivo de estudar a variabilidade genética entre os acessos de melancia do Banco Ativo de Germoplasma de Cucurbitáceas para o Nordeste Brasileiro (Petrolina PE, Brasil), um levantamento no acervo resultou na localização de 753 acessos (agricultura tradicional, espécies do centro de origem e variedades comerciais) e 300 linhagens (produtos do melhoramento) com dados de passaporte. Destes, 291 foram avaliados quanto à variabilidade genética, com 16 primers DAF e 11 primers ISSR, incluindo dois acessos de melão (Cucumis melo) como grupo externo. Os dados foram analisados no programa NTSYS para a estimativa do coeficiente de similaridade de Jaccard e na obtenção dos dendrogramas pelo método UPGMA. As análises dos dados dos marcadores DAF e ISSR revelaram altos índices de polimorfismo (65,3% e 76,9%, respectivamente). Os marcadores DAF foram pouco informativos na separação dos acessos em grupos, não correspondendo com a taxonomia do gênero Cucumis e Citrullus, porém indicam que há variabilidade expressiva entre os acessos coletados na agricultura tradicional do Nordeste brasileiro, inclusive, mostrando divergência entre os grupos de linhagens analisadas. Os marcadores ISSR revelaram boa precisão na separação das diferentes espécies, sendo determinantes na identificação de polimorfismo e agrupamento dos acessos e linhagens de melancia. Constatou-se grande porcentagem de variação dentro dos quatro conjuntos de germoplasma do banco (76,7%), inclusive identificando que os produtos do melhoramento apresentaram 87,4% de variação dentro dos três grupos de linhagens. Esses resultados indicam que o banco agrega germoplasma muito promissor para dar suporte a programas de melhoramento de melancia no Nordeste Brasileiro. Espacialmente, a maior porcentagem de variação foi encontrada nos acessos coletados dentro de cada Estado (86,1%) e de municípios (76,2%) ou grupos de municípios próximos (73,1%) indicando que há necessidade imperiosa de continuar o resgate de germoplasma de melancia da agricultura tradicional nos Estados e municípios ou grupos de municípios não contemplados nesta pesquisa

Em estudos de divergência genética por métodos multivariados, a distância euclidiana é a medida de distância mais amplamente utilizada e essa distância é a mais recomendada quando as unidades de cálculos são escores de componentes principais, como é o caso da análise AMMI (additive main effects and multiplicative interaction analysis). Tal análise permite a obtenção de estimativas mais precisas das respostas genotípicas e possibilita a análise da divergência genética por métodos aglomerativos. A análise dos modelos AMMI combina, num único modelo, componentes aditivos para os efeitos principais (genótipos e ambientes) e componentes multiplicativos para os efeitos da interação genótipos × ambientes. Os melhoristas de plantas compreendem que a interação genótipos × ambientes é de suma importância para a obtenção de variedades superiores e as estimativas de dissimilaridade atendem aos objetivos do melhorista, por quantificarem e informarem sobre o grau de semelhança ou de diferença entre pares de indivíduos. Entretanto, quando o número de indivíduos é grande, torna-se inviável o reconhecimento de grupos homogêneos pelo exame visual das estimativas de distância. Portanto, é importante proceder à análise de agrupamentos, obter dendrogramas por meio de métodos hierárquicos e posteriormente, analisar os grupos formados. A fim de determinar e classificar os grupos formados na clusterização hierárquica foram utilizados comandos específicos do programa computacional R que desenha no dendrograma os retângulos de cada grupo e os numera. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi analisar a divergência genética via modelo AMMI, utilizando-se de técnicas multivariadas e reamostragem \"bootstrap\". / In studies of genetic diversity using multivariate approaches, the Euclidean distance is the most common measure used. This method is recommended when data are scores of principal components, such as in AMMI analysis (additive main effects and multiplicative interaction analysis). The AMMI method allows obtaining more precise estimates for genotypic results and also permits the use of genetic diversity analysis by using agglomerative approaches. Furthermore, this method combines additive components for the main effects (genotypes and environments) and multiplicative components for genotypes x environment interaction effects in a unique model. Plant breeders understand the importance of genotype and environment interaction to obtain superior varieties and the dissimilarity estimation meets breeders\" objectives since it quantifies and determines the similarity or the divergence between pairs of individuals. However, when the number of individuals is large it is unfeasible to recognize the group homogeneity by using a visual analysis of the distances estimation. Therefore, is important to use cluster analysis to obtain dendograms based on hierarchical methods and then analyze the groups obtained. In order to determine and classify the obtained groups from hierarchical cluster analysis specifics commands in the R software were used which shows in the dendrogram rectangles and numbers for each group. In this way, the objective of this work was to analyze the genetic divergence through AMMI model, by using multivariate approaches and \"bootstrap\" resampling.

RESUMO Alfonso Castro, H. L. Caracterização molecular de dengue tipo 3 isolados no Brasil e no Paraguai. 2010. 105f. Dissertação (Mestrado). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. O vírus da dengue (DENV), pertencente ao gênero Flavivirus da família Flaviviridae, é a arbovirose de maior impacto em saúde pública na atualidade. A infecção com qualquer do quatro sorotipos de dengue (DENV-1, -2, -3 e -4) pode ser assintomática ou causar doença febril (DF) que pode evoluir para uma forma mais grave, e algumas vezes fatais, caracterizada por derrame capilar, trombocitopenia. A introdução do DENV-3, genótipo III, nas Américas coincidiu com um aumento no número de casos graves da doença. Este vírus causou uma grande epidemia em 2002 no Rio de Janeiro e posteriormente se espalho em todas as regiões do pais, chegando inclusiva ao Paraguai. Diversos estudos filogenéticos e evolutivos foram realizados com o DENV-3 nas Américas, mas utilizando sequências genômicas parciais. Neste trabalho temos por objetivo analisar o relacionamento filogenético e evolutivo de DENV-3 isolados no Brasil e no Paraguai analisando a sequência genômica completa. A sequência de vírus isolados no Brasil (n=9) e no Paraguai (n=3) foram comparadas com 527 sequências depositadas no GenBank. As 12 cepas virais isoladas no Brasil e no Paraguai pertencem ao grupo americano do genótipo III. Analisando a árvore filogenética dos DENV-3 observamos três genótipos e diversas linhagens, sub-linhagens e clados dentro de cada genótipo. A distância genética entre os genótipos foi de 7,3 a 7,5%, entre as linhagens de 3,2 a 5,3%, entre as sub-linhagens 2,5 a 3,2% e entre os clados de 1,0 a 1,9%. A taxa evolutiva dos vírus variou entre 1,2x10-4 a 8,2x10-4 subs/sitio/ano. O ancestral comum do genótipo I teria surgido entre 1849-1945, do genótipo II entre 1916-1960, e do genótipo III entre 1876-1923. Os diferentes grupos genéticos apresentam motif de aminoácidos característicos. Estes dados serão de grande utilidade para uma melhor caracterização dos DENV-3 em futuras epidemias e, inclusive, poderão ser utilizados para seleção de candidatos a vacina. / ALFONSO CASTRO, H. L. Molecular characterization of dengue type 3 isolated in Brazilian and Paraguay. 2010. 105f. Dissertation (Master). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. Infections of humans with dengue viruses (DENV), which belong to the genus Flavivirus(family, Flaviviridae), can be subclinical or cause illnesses ranging from a mild, flu-like syndrome with rash (dengue fever [DF]) to a severe and some times fatal disease, characterized by capillary leakage, thrombocytopenia, and sometimes hypovolemic shock (hemorrhagic dengue fever [DHF/DSS]). DENV are classified in four immunological distinct serotypes: DENV-1 to 4. Recently, a dramatically increase of DHF/DSS cases in the Americas have bee see, and this increase coincided with the introduction of the dengue virus type 3, genotype III. This virus causes a great epidemic in 2002 in the city of Rio de Janeiro and later, the virus spread in Paraguay. Phylogenetics and evolutionary studies have bee carried out with DENV-3 isolated worldwide, but using sequences partial genomic. In this work, we have analyzed the genetic diversity of DENV-3 of Brazilian and Paraguayan isolated, analyzing the complete sequences genomic. The Brazilian (n=9) and Paraguayan (n=3) isolated, were compared with 527 sequences deposited in the GeneBank. Theses isolated, belong to the American group of the genotype III. The phylogenetic analysis of complete genome of the DENV-3, confirmed the existence of three known genotypes and suggested the presence of other groups within each genotype named of the lineages, sub-lineages and clades. The genetic distance among the genotypes were of 7,3 to 7,5%, among the lineages of 3,2 to 5,3%, among the sub-lineages of 2,5 to 3,2% and among clades of 1,0 to 1,9%. The evolutionary rates of the viruses varied among 1,2x10-4 to 8,2x10-4 s/s/y. The age of the ancestral common more recent of the genotype I, possibly are among 1849-1945, the ancestral common of the genotype II, among 1916-1960 and the ancestral common more recent of the genotype III, among 1876-1923. The different genetic groups present motif of amino acids. These data could provide information for a better understanding of the evolution of theses viruses, and even for selection of candidate vaccine

Existem poucas informações relacionadas com a comparação de populações de soja derivadas de cruzamentos com diferentes níveis de divergência genética (DG). Os objetivos deste trabalho foram comparar o desempenho de duas populações de soja derivadas de genitores com baixa e alta DG. Foram realizados dois cruzamentos com genitores diferindo quanto à divergência genética baseada em marcadores moleculares AFLP: baixa DG (IAC-12 x IAC-100) e alta DG (EMBRAPA-60 x EMGOPA-315). Para cada cruzamento foram obtidas 100 progênies F2:3, que foram avaliadas experimentalmente em três ambientes e, posteriormente, selecionadas as 25 progênies mais produtivas. Em seguida foram obtidas 10 linhas puras F5:7 de cada uma das 25 progênies, originando aproximadamente 250 linha puras de cada cruzamento. No ano agrícola 2012/13 foram conduzidos os experimentos de avaliação, utilizando um delineamento em parcelas subdivididas, onde as progênies foram alocadas nas parcelas e as linhas puras dentro de progênies nas subparcelas, e as parcelas arranjadas em um látice balanceado 5x5 (seis repetições). As subparcelas foram constituídas de linhas de 2 m, espaçadas de 0,5 m, contendo 30 plantas após o desbaste. Os caracteres avaliados foram: número de dias para a maturação (DM), altura das plantas na maturação (AM), acamamento (AC) e produção de grãos (PG). A partir da análise de variância foram estimados os seguintes parâmetros para cada cruzamento: média geral, amplitude de variação das médias das linhas puras dentro de progênies, variância genética entre linhas puras dentro de progênies (?^2l/p ), variância fenotípica entre médias de linhas puras dentro de progênies (?^2/ F (l/p) ), coeficiente de herdabilidade entre médias de linhas puras (h ^2/X(l/p) ) e resposta esperada com seleção (Rs). Para todos os caracteres, as médias gerais foram maiores para o cruzamento de maior DG. Para PG, AM e DM as estimativas das variâncias genéticas entre linhas puras dentro de progênies F5:7 foram maiores no cruzamento de maior DG, bem como as amplitudes de variação das médias das linhas puras. Consequentemente, a resposta esperada com seleção entre médias de linhas puras dentro de progênies para PG foi 47,6% maior, em média, bem como a proporção de linhas puras de alta produção, para o cruzamento de maior DG. Os resultados deste trabalho indicam que o uso das medidas de divergência baseada em marcadores moleculares AFLP na escolha de genitores para cruzamentos pode ser uma ferramenta útil para reduzir o número de cruzamentos e, consequentemente, aumentar a eficiência da seleção para produção de grãos em soja. / There is limited information in relation to comparison of populations derived from crosses with different levels of genetic divergence (DG) in soybeans. This work was carried out to compare the performance of two soybean populations derived from parents with low and high DG. From two two-way crosses of soybeans with different levels of AFLP molecular marker genetic divergence (DG): low DG (IAC-12 x IAC-100) and high DG (EMBRAPA-60 x EMGOPA-315), one hundred F2:3 progenies were evaluated in three environments and then selected the 25 high yielding progenies. Ten inbred lines were derived in the generation F5:7 from each of 25 high yielding progeny giving rise to approximately 250 inbred lines for each cross. Evaluation trials were carried out in the 2012/13 growing season, using a split plot design, where progenies were allocated in the plots and inbred lines within progenies in the subplots, and plots arranged according to a 5x5 balanced lattice (six replications). Subplots consisted of 2 m rows spaced by 0.5 m, with 30 plants after thinning. The following traits were recorded: number of days to maturity (DM), plant height at maturity (AM), lodging (AC) and grain yield (PG). The following parameters were estimated: general mean, amplitude of variation of inbred lines within progenies means, genetic variance of inbred lines within progenies ( ?^2 l/p ), phenotypic variance on inbred lines within progenies mean basis ( ?^ 2 F(l/p) ), heritability coefficients on inbred line mean basis ( h ^2 X(l/p) ) and expected response to selection (Rs) on inbred line mean basis. For all traits, general means were higher for the high DG cross. For PG, AM and DM, genetic variance among inbred lines within F5:7 progenies were higher for the high DG cross, as well as the amplitude of variation of inbred line means. As a result, expected response to selection for grain yield (PG) was 47.6% higher, on average, as well as the proportion of high yielding inbred lines for the high DG cross. General results indicate that the use of genetically divergent parents based on AFLP molecular markers for choosing parents for crossings can be useful to reduce the number of crossings, and thus, to improve the efficiency of selection for grain yield in soybeans.

O caranguejo de água doce Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 apresenta uma considerável variabilidade morfológica, aliada a uma ampla distribuição geográfica e ocupação de ambientes costeiros e continentais. Tal variabilidade tem gerado, em alguns casos, dúvidas quanto à delimitação da espécie. O presente trabalho tem como objetivo averiguar se as populações de T. fluviatilis apresentam divergências morfológicas e genéticas compatíveis com o nível intraespecífico avaliando-se a hipótese de validade deste táxon. Para isto, foi realizada a análise da variabilidade genética entre as populações e uma revisão taxonômica. O material analisado foi obtido por meio de coletas, visitas e empréstimos de coleções carcinológicas do Brasil. Foram analisados caracteres descritos na literatura e obtidas sequências parciais dos genes mitocondriais 16S rRNA e citocromo c oxidase subunidade I (COI). Dentre os caracteres morfológicos analisados alguns tiveram muita variação, enquanto outros se mostraram bem informativos para alguns grupos. O resultado da análise molecular mostrou a formação de clados internos com altas divergências genéticas entre eles, tanto para o gene 16S quanto para o COI. Além disso, a espécie T. petropolitanus foi alocada entre os clados reconhecidos morfologicamente como T. fluviatilis. Tais estruturações genéticas, aliada ao polimorfismo morfológico, mostraram claramente que a espécie reconhecida morfologicamente como T. fluviatilis não forma um grupo monofilético, podendo ser considerada um complexo de espécies, que precisa de ajustes taxonômicos consideráveis. / The freshwater crab Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 presents a considerable morphological variability, as well as a wide geographical distribution and occupancy of coastal and continental environments. Such variability has generated, in some cases, doubts concerning the species delimitation. The present work aims to investigate whether the populations of T. fluviatilis exhibit morphological and genetic divergence compatible with the intraspecific level, assessing the hypothesis of validity of this taxon. Therefore, we have performed the analysis of genetic variability among populations and a taxonomic revision. The material analyzed was obtained from field expeditions, visits and loans from carcinological collections. We analyzed morphological characters described in the literature as well as obtained partial sequences of the 16S rRNA and cytochrome c oxidase subunit I (COI) mitochondrial genes. Some morphological characters analyzed had a wide variation, while others were well informative for some groups. The results of molecular analysis showed the formation of internal clades with high genetic divergence among them, both for 16S and COI. Moreover, the species T. petropolitanus was allocated among clades recognized morphologically as T. fluviatilis. Such genetic structuration and morphological polymorphism clearly indicate that the species morphologically recognized as T. fluviatilis does not form a monophyletic group. Therefore, it must be considered as a species complex, which claims for huge taxonomic adjustments.

RESUMO Alfonso Castro, H. L. Caracterização molecular de dengue tipo 3 isolados no Brasil e no Paraguai. 2010. 105f. Dissertação (Mestrado). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. O vírus da dengue (DENV), pertencente ao gênero Flavivirus da família Flaviviridae, é a arbovirose de maior impacto em saúde pública na atualidade. A infecção com qualquer do quatro sorotipos de dengue (DENV-1, -2, -3 e -4) pode ser assintomática ou causar doença febril (DF) que pode evoluir para uma forma mais grave, e algumas vezes fatais, caracterizada por derrame capilar, trombocitopenia. A introdução do DENV-3, genótipo III, nas Américas coincidiu com um aumento no número de casos graves da doença. Este vírus causou uma grande epidemia em 2002 no Rio de Janeiro e posteriormente se espalho em todas as regiões do pais, chegando inclusiva ao Paraguai. Diversos estudos filogenéticos e evolutivos foram realizados com o DENV-3 nas Américas, mas utilizando sequências genômicas parciais. Neste trabalho temos por objetivo analisar o relacionamento filogenético e evolutivo de DENV-3 isolados no Brasil e no Paraguai analisando a sequência genômica completa. A sequência de vírus isolados no Brasil (n=9) e no Paraguai (n=3) foram comparadas com 527 sequências depositadas no GenBank. As 12 cepas virais isoladas no Brasil e no Paraguai pertencem ao grupo americano do genótipo III. Analisando a árvore filogenética dos DENV-3 observamos três genótipos e diversas linhagens, sub-linhagens e clados dentro de cada genótipo. A distância genética entre os genótipos foi de 7,3 a 7,5%, entre as linhagens de 3,2 a 5,3%, entre as sub-linhagens 2,5 a 3,2% e entre os clados de 1,0 a 1,9%. A taxa evolutiva dos vírus variou entre 1,2x10-4 a 8,2x10-4 subs/sitio/ano. O ancestral comum do genótipo I teria surgido entre 1849-1945, do genótipo II entre 1916-1960, e do genótipo III entre 1876-1923. Os diferentes grupos genéticos apresentam motif de aminoácidos característicos. Estes dados serão de grande utilidade para uma melhor caracterização dos DENV-3 em futuras epidemias e, inclusive, poderão ser utilizados para seleção de candidatos a vacina. / ALFONSO CASTRO, H. L. Molecular characterization of dengue type 3 isolated in Brazilian and Paraguay. 2010. 105f. Dissertation (Master). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. Infections of humans with dengue viruses (DENV), which belong to the genus Flavivirus(family, Flaviviridae), can be subclinical or cause illnesses ranging from a mild, flu-like syndrome with rash (dengue fever [DF]) to a severe and some times fatal disease, characterized by capillary leakage, thrombocytopenia, and sometimes hypovolemic shock (hemorrhagic dengue fever [DHF/DSS]). DENV are classified in four immunological distinct serotypes: DENV-1 to 4. Recently, a dramatically increase of DHF/DSS cases in the Americas have bee see, and this increase coincided with the introduction of the dengue virus type 3, genotype III. This virus causes a great epidemic in 2002 in the city of Rio de Janeiro and later, the virus spread in Paraguay. Phylogenetics and evolutionary studies have bee carried out with DENV-3 isolated worldwide, but using sequences partial genomic. In this work, we have analyzed the genetic diversity of DENV-3 of Brazilian and Paraguayan isolated, analyzing the complete sequences genomic. The Brazilian (n=9) and Paraguayan (n=3) isolated, were compared with 527 sequences deposited in the GeneBank. Theses isolated, belong to the American group of the genotype III. The phylogenetic analysis of complete genome of the DENV-3, confirmed the existence of three known genotypes and suggested the presence of other groups within each genotype named of the lineages, sub-lineages and clades. The genetic distance among the genotypes were of 7,3 to 7,5%, among the lineages of 3,2 to 5,3%, among the sub-lineages of 2,5 to 3,2% and among clades of 1,0 to 1,9%. The evolutionary rates of the viruses varied among 1,2x10-4 to 8,2x10-4 s/s/y. The age of the ancestral common more recent of the genotype I, possibly are among 1849-1945, the ancestral common of the genotype II, among 1916-1960 and the ancestral common more recent of the genotype III, among 1876-1923. The different genetic groups present motif of amino acids. These data could provide information for a better understanding of the evolution of theses viruses, and even for selection of candidate vaccine

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 StefesonBM_TESE.pdf: 501527 bytes, checksum: 94d141004aa016dc604cc1543577c5ee (MD5) Previous issue date: 2015-03-20 / Melon (Cucumis melo L.) is a species economic importance to Brazilian northeast, especially in Mossoró-Assú agropolo. The study of genetic diversity allows in the preliminary selection of individuals with superior characteristics to produce hybrids with the high heterotic in breeding programs. The objective of this study was to evaluate the genetic divergence among 46 melon genotypes for 22 physicochemical and agronomic quantitative variables, evaluated by techniques artificial neural networks. Two experiments were conducted in Horta Experimental Department of Plant Sciences at the Universidade Federal Rural do Semi-Árido - UFERSA in the Mossoró, State of Rio Grande do Norte, in the periods 12/09/2006 to 05/12/2006 and 15/08/2007 to 17/10/2007. Through the techniques of artificial neural networks, was found four groups for both experiments, but also to average of two years. A discriminant analysis was used to check the consistency of groups formed and it was observed that considering the 22 variables, there was 100% hit, that is, for the discriminant function all genotypes were classified correctly. In addition was also observed distances between groups and group 1 was significantly distant from all other groups, more distant, genetically, Group 3. Group 2 are different with respect to group 3 and group similar to 4. The group 3 shows similarity to group 4. And so we suggest possible crosses between accessions 2, 13, 15, 16, 17, 27, 33, 36, 40, 43, 46 that would be most promising for new populations of work. Artificial neural networks have proved viable as a method of analysis of genetic divergence in melon and genetic divergence was found for all groups, and with that you can get new crossings in order to obtain improved populations / O meloeiro (Cucumis melo L.) é uma espécie de grande importância econômica para o nordeste brasileiro, em especial no agropólo Mossoró-Assú. O estudo da divergência genética possibilita uma seleção preliminar de indivíduos com características superiores para obtenção de híbridos com maior efeito heterótico para serem introduzidos em programas de melhoramento genético. O objetivo deste trabalho foi avaliar a divergência genética entre 46 acessos de meloeiro para 22 variáveis quantitativas físico-químicas e morfoagronômicas, avaliados por meio da aplicação das técnicas de Redes Neurais Artificiais. Foram conduzidos dois experimentos na Horta Experimental do Departamento de Ciências Vegetais da Universidade Federal Rural do Semi-árido - UFERSA, no município de Mossoró, Estado do Rio do Grande do Norte, nos períodos de 12/09/2006 a 5/12/2006 e de 15/08/2007 a 17/10/2007. Por meio das técnicas de Redes Neurais Artificiais, verificou-se a formação de quatro grupos para ambos os experimentos, como também para a média dos dois anos. Analisando os grupos constituídos das médias de 2006 e 2007. Em todos os grupos as variáveis do fruto foram as que obtiveram as maiores dispersões. Uma análise de discriminante foi utilizada para verificar a consistência dos grupos formados e observou-se que considerando as 22 variáveis houve 100% de acerto, isto é, para a função discriminante todos os acessos foram classificados corretamente. Adicionalmente também foi observada as distâncias entres os grupos, e o grupo 1 foi significativamente distante de todos os outros grupos, porém mais distante, geneticamente, do grupo 3. O grupo 2 é divergente em relação ao grupo 3 e similar ao grupo 4. O grupo 3 apresenta similaridade em relação ao grupo 4. E desta forma sugerimos possíveis cruzamentos entre os acessos 2, 13, 15, 16, 17, 27, 33, 36, 40, 43, 46 que seriam os mais promissores para novas populações de trabalho. As redes neurais artificiais se mostraram viáveis como método da análise da divergência genética no meloeiro e foi encontrada divergência genética para todos os grupos estudados, e com isso pode-se obter novos cruzamentos com o intuito de obter populações melhoradas

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-04-24T17:27:26Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 344195 bytes, checksum: f00083004d6f88a28a8884775e1f79ba (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-24T17:27:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 344195 bytes, checksum: f00083004d6f88a28a8884775e1f79ba (MD5) Previous issue date: 1999-05-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este trabalho teve como propósito a obtenção de um conjunto de informações genéticas, capazes de oferecer subsídios importantes para o adequado planejamento e execução de programas de melhoramento genético do café Conillon (Coffea canephora Pierre). Para isso, as seguintes análises biométricas foram realizadas: estimação de parâmetros genéticos e ambientais; correlações fenotípicas, genotípicas e de ambiente; repetibilidade do caráter produção de grãos; análise discriminante para classificação de genótipos; e análise da divergência genética, na qual foram utilizados diversos métodos multivariados. Utilizaram-se dados relativos a um conjunto de características, algumas das quais avaliadas em apenas uma repetição, obtidas a partir de um experimento conduzido em blocos ao acaso, com 80 tratamentos e quatro repetições, a partir do qual foi possível a obtenção das variedades EMCAPA 8111, EMCAPA 8121 e EMCAPA 8131, as primeiras variedades clonais da espécie, obtidas e recomendadas no Brasil. As elevadas estimativas dos coeficientes de determinação genotípicos (H2) para todos os caracteres considerados nesta etapa, bem como a tendência dos valores obtidos nas estimativas das correlações genotípicas em superar, em magnitude, aqueles verificados nas correlações fenotípicas, indicam a predominância dos componentes de variação genéticos em relação aos ambientais. A seleção de indivíduos para o caráter produção de grãos, com base em quatro colheitas, ofereceu uma acurácia, estimada pelo coeficiente de determinação (R2), variando entre 65,32 e 81,59%, dependendo do método de estimação utilizado. A classificação original dos genótipos apresenta grande concordância com aquela obtida através da análise discriminante, com taxa de erro aparente de apenas 6,25%. Os genótipos ES 22, ES 25 e ES 92, pertencentes, respectivamente, às variedades EMCAPA 8111, EMCAPA 8121 e EMCAPA 8131, mostraram-se como os mais divergentes do grupo, sendo os dois primeiros os mais indicados para programas de cruzamentos visando a obtenção de híbridos heteróticos, considerando-se conjuntamente a divergência genética e o desempenho individual destes. Verificou-se a existência de expressiva dissimilaridade genética entre os genótipos componentes de cada variedade clonal estudada, indicando a adequada composição destas, com clones distribuídos em vários grupos dissimilares. Foram discutidas as implicações destas e outras informações no estabelecimento de programas eficazes de melhoramento genético para a espécie. / Biometric analysis in conillon coffee (Coffea canephora Pierre). Adviser : Tocio Sediyama. Committee members: Cosme Damião Cruz and Ney Sussumu Sakiyama. The purpose of this paper is to obtain a set of genetic information, capable of offering important support to adequate planning and carrying out of conillon coffee (Coffea canephora Pierre) breeding programs. Thus , the following biometric analyses were accomplished: genetic and environmental parameter estimations; phenotypic, genotypical and environmental correlations; repeatability of the character grain production; discriminating analysis for genotype classification; and analysis of genetic divergence, in which different multivariated methods were used. Information was used related to a set of traits, some of which submitted to only one repetition, obtained from an experiment arranged in randomized block design, with 80 treatments and 4 repetitions, which made possible to obtain the varieties EMCAPA 8111, EMCAPA 8121 and EMCAPA 8131.These were the first clonal varieties of the species, obtained and recommended in Brazil.The high estimates of the genotypical discriminating coefficient (H2) to all characters considered in this stage, as well as, the tendency of the values obtained in the genotypical correlation estimates, to overcome in magnitude, those verified in the phenotypical correlation, point out the predominance of the components of genetic variation in relation to those of enviromental variation. The selections of individual for the character grain production, based on 4 crops, presented an accuracy, estimated by the determination coefficient (R2), varying from 65.32 to 81.59%, depending on the estimation method used. The original classification of genotypes presents great agreement with that obtained through the discriminating analysis, with an apparent error ratio of only 6.25%. The genotypes ES 22, ES 35 and ES 92, belonging, respectively, to the varieties EMCAPA 8111, EMCAPA 8121 and EMCAPA 8131, showed to be the most divergent in the group,the first two being the most adequate for breeding programs to obtain hetereotic hybrids, also considering, the genetic divergence and their individual performance. Expressive genetic dissimilarity among the genotypic components of each clonal variety studied was observed, indicating their adequate composition, with clones distributed in various dissimilar groups. The implications of this and other information are dicussed related to the establishment of efficient breeding programs for the species.