Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-08T16:54:37Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 978738 bytes, checksum: e276249e195666bea77a1d9e97cb4580 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-08T16:54:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 978738 bytes, checksum: e276249e195666bea77a1d9e97cb4580 (MD5) Previous issue date: 2015-07-02 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A produtividade da soja depende da fotossíntese gerada pelas folhas, de modo que qualquer fator que interfira em sua área foliar poderá afetar a produção. A soja é uma planta que suporta determinado nível de redução de área foliar sem que haja decréscimo significativo do rendimento de grãos. No entanto, essa perda depende do estádio em que a desfolha ocorre. Dentre os agentes que causam desfolhamento na cultura da soja estão os insetos desfolhadores, os quais podem causar danos durante praticamente todo o ciclo de vida da cultura; e doenças, sendo a principal a ferrugem asiática que provoca desfolhamento no sentido da base para o ápice. Uma das vantagens frente a esses estresses bióticos é a variabilidade existente entre as cultivares, pois algumas características podem ser vantajosas e influenciar na reação da planta a perda de área foliar. Todos esses fatores vão influenciar os componentes de rendimento que formam a produtividade da planta. Assim, o estudo do efeito ambiental, torna-se fundamental. Nesse sentido, o objetivo desses estudos foram: I - avaliar o efeito de níveis de desfolha contínua, nos estádios vegetativo e reprodutivo, em cultivares de soja com diferentes características agronômicas; II - simular o progresso da ferrugem asiática em cultivares de soja por meio da retirada de trifólios e % de desfolha no sentido da base para o ápice em três estádios reprodutivos; III - avaliar a divergência genética de cultivares de soja no verão e inverno com base em caracteres agromorfológicos e marcadores moleculares e IV - analisar a influência da coleta de vagens com 1, 2 e 3 grãos para formação da geração seguinte e seu respectivo efeito nas frequências do número de grãos por vagem, bem como a associação dos componentes de rendimento pela análise de trilha. Pelos resultados do primeiro experimento observou se que a desfolha teve efeito negativo em todos os componentes de rendimento das cultivares, com maior decréscimo quando ocorre no estádio reprodutivo. A desfolha contínua, a partir de 16,7%, tanto no estádio vegetativo como no reprodutivo diminuiu significativamente a produtividade da soja. Independentemente das características agronômicas, como tipo de crescimento, grupo de maturidade e forma do folíolo, o efeito do estresse por desfolhamento em cultivares vii de soja é semelhante no verão, no inverno, porém as cultivares com maior grupo de maturidade menor redução na produção. Em relação a desfolha simulando a ferrugem asiática, conforme elevou-se a intensidade de desfolha no sentido da base para o ápice nos estádios reprodutivos estudados (R3, R5, R6) há decréscimo linear na produtividade da planta. A simulação de danos por ferrugem asiática por meio dos níveis desfolha das cultivares, independentemente da metodologia estudada, evidenciou a severidade na redução da área foliar e seu consequente reflexo negativo na produtividade. A dissimilaridade genética entre as cultivares a partir de caracteres agromorfológicos varia de acordo com a época de cultivo. Por meio dos marcadores moleculares foi demonstrada variabilidade genética entre os genótipos estudados, com resultados diferentes dos agrupamentos formados a partir dos caracteres agronômicos. Dessa forma, tanto os dados fenotípicos, quanto os moleculares, mostraram-se ferramentas informativas na caracterização da divergência existente entre as cultivares de soja. Independentemente do número de grãos (1, 2 ou 3) das vagens selecionadas em F4, a frequência do número de grãos nas vagens das plantas da geração seguinte não é modificada. Nos dois ambientes estudados (Casa de vegetação e campo) as vagens com 2 e 3 grãos tiveram efeito direto e positivo na produtividade. / Soybean yield depends on mainly the photosynthesis generated by the leaves, so that any factor that interferes in their leaf area can affect production. The soybean is a plant that supports determined reduction of leaf area level without significant decrease of yield. However, this loss depends on the stage at which defoliation occurs. Among the agents that cause defoliation of soybean are the defoliating insects, which can cause damage during the entire crop cycle; and diseases, being the main the soybean rust that causes defoliation from the bottom to the top, when environmental conditions are favorable. One of the advantages in relation this biotic stress is the variability among the cultivars because some traits may be advantageous and influence on plant response to loss of leaf area. All these factors will influence the yield components that make up the plant yield. Thus, the study of the environmental effect is essential. In this sense, the objective of the studies were: I - Evaluate the effect of continuous defoliation levels in vegetative and reproductive stages in soybean cultivars with different agronomic traits; II - Simulate the progress of Asian rust in soybean cultivars by removal of trefoliolate leaves and of defoliation percentage towards the bottom to the top in three reproductive stages; III - To assess the genetic diversity of soybean cultivars in summer and winter through agromorphological traits and molecular markers and IV - to analyze the influence of the pods collection with 1, 2 and 3 seeds to training the next generation and their respective effects on frequencies the number of seeds per pod, as well the association of yield components by path analysis. Through of results of the first experiment was observed that the defoliation has a negative effect on all yield components of cultivars with greater decrease when occurs on the reproductive stage. It was noted also that the continuous defoliation, from 16.7% in both the vegetative as well as on the reproductive stage significantly decreased soybean yield. Regardless of the agronomic traits, such as growth type, maturity group and leaf shape, the effect of stress by defoliation on soybean cultivars is similar in summer, but in winter, the cultivars with greater maturity group have higher performance. Regarding defoliation simulating the Asian rust, according increased the defoliation intensity from the bottom to the top during the reproductive stages studied (R3, R5, R6) there is a linear ix decrease in plant yield. The damage simulation of Asian rust through defoliation levels on the cultivars, independent of the study methodology, showed the severity in reducing the leaf area and its consequent negative impact on yield. The genetic dissimilarity between cultivars from agromorphological traits varies according on the growing season. Through of molecular markers was demonstrated genetic variability between genotypes, with results different of the clusters formed from the agronomic traits. Thus, both the phenotypic and molecular data, proved to be informative tools to characterize the existing diversity between the soybean cultivars. And finally, regardless of the number of seeds (1, 2 or 3) per pods selected in F4, the frequency of the number of seeds in the pods of the next generation plants is not modified. In both study environment (greenhouse and field) the pods with 2 and 3 seeds had a direct and positive effect on yield.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-29Bitstream added on 2014-06-13T19:33:26Z : No. of bitstreams: 1 oliveira_lz_me_jabo.pdf: 921703 bytes, checksum: a718a5abe40d58b514f5d9794b51f351 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O objetivo do presente trabalho foi estudar a divergência genética entre árvores matrizes de Tabebuia caraiba (Mart.) Bur. no município de Macapá, no Estado do Amapá, por meio de caracteres biométricos de flores, frutos, sementes e processo germinativo. A divergência genética foi avaliada pela análise de agrupamento, através do método de Ward, K-means e pelo algoritmo de Tocher, obtidos a partir da matriz de dissimilaridade pela Distância Euclidiana. Para verificação da importância relativa de cada variável para a divergência genética utilizou-se a análise de Componentes Principais. As 119 árvores matrizes foram distribuídas em 21 grupos no método de Ward e 23 grupos para o algoritmo de Tocher. O método K-means auxiliou na exclusão de 11 caracteres pouco discriminatórios. Dos caracteres mais importantes para a divergência genética, destacam-se o comprimento do fruto, largura do fruto, comprimento da ala maior da semente, massa de matéria seca da semente, largura do cotilédone, largura da folha e massa de matéria seca da plântula. Há variabilidade entre as árvores matrizes de T. caraiba quanto aos caracteres avaliados e o estudo da divergência possibilita a identificação de árvores matrizes para a colheita de sementes, que subsidiem programas de conservação genética / The objective of this work was to study the genetic diversity among trees of Tabebuia caraiba (Mart.) Bur. at city of Macapá, Amapá State, by means of biometric characters of flowers, fruits, seeds and germination process. Genetic divergence was assessed by cluster analysis by Ward method, K-means algorithm and the Tocher, obtained from the matrix of the Euclidean Distance. To verify the relative importance of each variable to the genetic divergence we used the Principal Component analysis. The 119 selected trees were divided into 21 groups in the method of Ward and 23 groups for the algorithm Tocher. The K-means method aided in the exclusion of 11 characters less discriminatory. Among the most important traits for genetic divergence, we highlight the fruit length, fruit width, length of greater wing of the seed dry weight of seed, cotyledon width, leaf width and dry weight of seedlings. There is variability among the trees of T. caraiba about the traits and the study of divergence allows the identification of mother trees for seed collection, programs that support conservation genetics

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-06-29Bitstream added on 2014-06-13T20:14:45Z : No. of bitstreams: 1 sarti_dgp_me_jabo.pdf: 1198848 bytes, checksum: e40b6d98807223ccf77d3505c485e6ec (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho objetivou a avaliação da divergência genética entre linhagens e cultivares de soja com resistência ao nematóide de cisto (NCS) através de marcadores moleculares do tipo microssatélite, a fim de identificar genótipos similares e grupos heterogêneos. Foram utilizadas 30 cultivares de soja e 10 genótipos em geração F8, todos resistentes ao NCS. As análises foram realizadas com 12 iniciadores, a saber: Satt185, Satt308, Satt187, Satt070, Satt009, Satt129, Satt154, Satt152, Satt175, Satt045, Satt162 e Satt163. As análises de dissimilaridade foram realizadas através do complemento dos coeficientes de Coincidência Simples e de Rogers e Tanimoto. Os agrupamentos foram realizados pelos Métodos de Otimização de Tocher, Vizinho mais Próximo, Vizinho mais Distante, Ward, Ligação Média Dentro de Grupo, UPGMA e WPGMA. Em adição, foram feitas as projeções no plano bi e tridimensional. Os resultados mostraram coeficientes de dissimilaridade de Coincidência Simples e de Rogers e Tanimoto com médias de 0,36 e 0,5, respectivamente. Foram observados genótipos mais semelhantes e grupos mais divergentes, na maioria das vezes concordando com as respectivas fontes de resistência. Os resultados dos diferentes métodos aglomerativos confirmaram a existência de uma estrutura natural de agrupamento em função da similaridade genética entre os genótipos. Entretanto, o emprego de mais de um método de agrupamento pode ser recomendado devido às diferenças entre as metodologias. Alguns métodos mais comumente utilizados como o Vizinho Mais Distante, Ward, WPGMA e UPGMA foram considerados adequados ao agrupamento de genótipos no presente estudo, apresentando coincidência de resultados, inclusive em relação às genealogias dos genótipos analisados. As projeções no plano... / The present work aimed the evaluation of the genetic divergence among soybean lines and cultivars, resistant to cyst nematode (NCS). Therefore microsatellite molecular markers were used, with the objective of identify similar genotypes and heterogeneous groups. There were used 30 soybean cultivars and 10 genotypes in F8 generation, all of them resistant to NCS. The analyses were made using 20 primers (Satt185, Satt308, Satt187, Satt070, Satt009, Satt129, Satt154, Satt152, Satt175, Satt045, Satt162 and Satt163). The dissimilarity analyses were made through the complement of Simple Coincidence and Rogers and Tanimoto Coefficients. Clusters were performed by the following methods: Tocher Optimization, Single Linkage, Complete Linkage, Ward, Average Link Within a Group, UPGMA and WPGMA. In addition, the bi and tridimensional plan projections were made. The results showed average values of 0,36 and 0,5 in the Simple Coincidence and Rogers and Tanimoto dissimilarity coefficients, respectively. Most similar genotypes and most divergent groups were found, usually according to the respective resistant sources. Results of the different cluster methods confirmed a group’s structure according to genotypes similarity. However, the use of many clustering methods should be recommended, because of their methodology differences. Some of the most used methods, like Complete Linkage, Ward, WPGMA and UPGMA, were considered adequate for clustering the genotypes in this case. There were observed coincidence of results confirming the genotypes genealogies. The plan projections were not satisfactory for these analyses, showing high distortion and stress. The results combination can be useful in the parental choice for crosses of Soybean Breeding Programs.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:31:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-06-01Bitstream added on 2014-06-13T19:41:57Z : No. of bitstreams: 1 messetti_avl_dr_botfca.pdf: 1122280 bytes, checksum: 539d4ccf859c8ac755f6adba3eeb14de (MD5) / Este trabalho foi desenvolvido com os objetivos de avaliar a divergência genética de 12 populações de girassol do Banco de Germoplasma da EMBRAPA /Soja de Londrina por meio de técnicas multivariadas; divulgar tópicos recentes e interessantes das técnicas multivariadas que não são explorados nos trabalhos científicos de melhoramento de plantas e orientar a escolha de populações para cruzamentos nos programas de melhoramento genético da cultura de girassol. O modelo experimental constitui-se de delineamento bloco casualizado envolvendo 12 variedades de girassol avaliadas sob cinco caracteres morfoagronômicos. Por meio da análise univariada foi verificada diferença significativa (p<0,05) dos tratamentos para todos caracteres. A aplicação dos componentes principais permitiu a redução bidimensional, com a explicação de 82,5% da variação total. O número de componentes foi avaliado pelo critério de Kaiser e critério Scree-test. A visualização da divergência genética proporcionada pelos escores das duas primeiras variáveis canônicas, evidenciaram grupos geneticamente diferentes. Ambas técnicas apontaram concordância nos resultados. Com base nas estimativas da distância Mahalanobis e distância euclideana foi realizada a análise de agrupamento adotando-se três algoritmos hierárquicos. Para determinar o número de grupos adotou-se o dendrograma, a análise do nível de fusão e a análise do comportamento de similaridade. Para validação utilizou-se o critério de Wilks dentro de cada grupo e gráficos multivariados auxiliaram na interpretação dos resultados. Pode-se concluir pela existência da divergência genética, detectando-se quatro grupos geneticamente diferentes e caracterizado pelos escores médios. / The objective of this work was to evaluate genetic divergence in 12 sunflower populations from EMBRAPA/ Londrina Soybean Germplasm Bank, using multivariate techniques, to discuss recent and interesting topics related to the multivariate techniques donþt found in plant improvement scientific papers, and to offer guidelines on how to choose populations for sunflower genetic improvement crossing programs. The experiment included a totally block casualized design, with twelve sunflower varieties, evaluated according to 5 morphoagronomics traits. The univariate analysis showed a significant difference (p<0,05) among treatments for all the traits. Application of main components allowed for a bi-dimensional reduction, with 82,5% of the total variation. The number of components were evaluated by the Kaiser and Scree-test criteria. Genetic divergence visualization provided by the two first canonical variables showed genetically different groups. Both techniques showed the same results. Based on Mahalanobis and Euclidean distance estimates, a clustering analysis was carried out using three hierarchicals algorithms. A dendrogram, a fusion level analysis and a similarity behavior analysis were conducted to determine the number of groups. Validation used the Wilks criteria inside each group, while multivariate graphs helped with data interpretation. Results from this study showed genetic divergence in four groups characterized by average/mean scores.

Submitted by Jean Medeiros (jeanletras@uepb.edu.br) on 2017-03-20T12:38:16Z No. of bitstreams: 1 PDF - Silmara Chaves de Souza.pdf: 14719856 bytes, checksum: 942ba44676fe8c8a24488354c5e17317 (MD5) / Approved for entry into archive by Secta BC (secta.csu.bc@uepb.edu.br) on 2017-03-22T15:19:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 PDF - Silmara Chaves de Souza.pdf: 14719856 bytes, checksum: 942ba44676fe8c8a24488354c5e17317 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T15:19:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Silmara Chaves de Souza.pdf: 14719856 bytes, checksum: 942ba44676fe8c8a24488354c5e17317 (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Knowledge of the genetic diversity available in the sisal germplasm collection is essential for breeding programs, so it is imperative to obtain as much information as the characteristics related to the species. Morphoagronomic and molecular data when analyzed mainly together are determinants for studies of genetic divergence between accessions. The objective of this study was to evaluate the genetic divergence present in the Agave accessions of the Embrapa Cotton Germplasm Active Collection by means of morphoagronomic and molecular data. Thirty-seven Agave accessions were kept in the experimental field in Monteiro-PB and the following characteristics were evaluated: leaf number (NFO), plant height (ALT), leaf length (CFO), leaf weight , Dry weight (PFIF), dry fiber weight (PFIS), fiber length (CFI), presence of border spikes (PEB), tillering (PF) and resistance to folding (DR). Ten ISSR (Inter Sample Sequence Repeat) oligonucleotides were used for molecular analyzes. The data were interpreted as qualiquantitative for the morphoagronomic and qualitative binary characters for the molecular markers. The agronomic data were submitted to analysis of variance and the means comparison was done by the Scott-Knott test at 5% probability. The dissimilarity measurements were obtained by Gower distance for the morphoagronomic data and by the Jaccard coefficient for the molecular data. The sum of the matrices of dissimilarity of the morphoagronomic and molecular data was made; and the grouping was done by the hierarchical UPGMA method and Tocher optimization. The agronomic characteristics presented high genetic variability among the sisal accessions. IAC accesses were the ones that presented the least distance between them, indicating a possible narrow genetic base and high degree of kinship. Hybrids Kenya and RN as the most similar accesses and the access Tatuí 2 the most divergent, being indicated for possible crossings. The results obtained in this study will support the crop improvement program, which may allow the appearance of superior materials. / O conhecimento da diversidade genética disponível na coleção de germoplasma de sisal é fundamental para os programas de melhoramento, para tanto é imprescindível se obter o máximo de informações quanto às características relacionadas à espécie. Dados morfoagronômicos e moleculares quando analisados principalmente em conjunto são determinantes para estudos de divergência genética entre acessos. Objetivou-se, com este trabalho, avaliar a divergência genética presente nos acessos de Agave da Coleção Ativa de Germoplasma da Embrapa Algodão por meio de dados morfoagronômicos e moleculares. Trinta e sete acessos de Agave são mantidos no campo experimental em Monteiro-PB e foram avaliadas quanto as seguintes características: número de folhas (NFO), altura da planta (ALT), comprimento de folha (CFO), peso da folha (PFO), peso da mucilagem fresca (PMF), peso da mucilagem seca (PMS), peso da fibra fresca (PFIF), peso da fibra seca (PFIS), comprimento da fibra (CFI), presença de espinhos nas bordas (PEB), perfilhamento (PF) e resistência ao dobramento (RD). Dez oligonucleotídeos ISSR (Inter Sample Sequence Repeat) foram utilizados para as análises moleculares. Os dados foram interpretados como qualiquantitativos para os caracteres morfoagronômicos e qualitativos binários para os marcadores moleculares. Os dados agronômicos foram submetidos à análise de variância e a comparação de médias foi feita pelo teste de Scott-Knott a 5% de probabilidade. As medidas de dissimilaridade foram obtidas por meio da distância de Gower para os dados morfoagronômicos e pelo coeficiente de Jaccard para os dados moleculares. Foi feita a soma das matrizes de dissimilaridade dos dados morfoagronômicos e moleculares; e o agrupamento foi feito pelo método hierárquico UPGMA e de otimização de Tocher. As características agronômicas apresentaram elevada variabilidade genética entre os acessos de sisal. Os acessos IAC foram os que apresentaram menor distância entre si, indicando possível base genética estreita e alto grau de parentesco. Os Híbridos Quênia e RN como os acessos mais similares e o acesso Tatuí 2 o mais divergente, sendo indicados para possíveis cruzamentos. Os resultados obtidos neste estudo darão suporte ao programa de melhoramento da cultura, podendo possibilitar o aparecimento de materiais superiores.

O caranguejo de água doce Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 apresenta uma considerável variabilidade morfológica, aliada a uma ampla distribuição geográfica e ocupação de ambientes costeiros e continentais. Tal variabilidade tem gerado, em alguns casos, dúvidas quanto à delimitação da espécie. O presente trabalho tem como objetivo averiguar se as populações de T. fluviatilis apresentam divergências morfológicas e genéticas compatíveis com o nível intraespecífico avaliando-se a hipótese de validade deste táxon. Para isto, foi realizada a análise da variabilidade genética entre as populações e uma revisão taxonômica. O material analisado foi obtido por meio de coletas, visitas e empréstimos de coleções carcinológicas do Brasil. Foram analisados caracteres descritos na literatura e obtidas sequências parciais dos genes mitocondriais 16S rRNA e citocromo c oxidase subunidade I (COI). Dentre os caracteres morfológicos analisados alguns tiveram muita variação, enquanto outros se mostraram bem informativos para alguns grupos. O resultado da análise molecular mostrou a formação de clados internos com altas divergências genéticas entre eles, tanto para o gene 16S quanto para o COI. Além disso, a espécie T. petropolitanus foi alocada entre os clados reconhecidos morfologicamente como T. fluviatilis. Tais estruturações genéticas, aliada ao polimorfismo morfológico, mostraram claramente que a espécie reconhecida morfologicamente como T. fluviatilis não forma um grupo monofilético, podendo ser considerada um complexo de espécies, que precisa de ajustes taxonômicos consideráveis. / The freshwater crab Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 presents a considerable morphological variability, as well as a wide geographical distribution and occupancy of coastal and continental environments. Such variability has generated, in some cases, doubts concerning the species delimitation. The present work aims to investigate whether the populations of T. fluviatilis exhibit morphological and genetic divergence compatible with the intraspecific level, assessing the hypothesis of validity of this taxon. Therefore, we have performed the analysis of genetic variability among populations and a taxonomic revision. The material analyzed was obtained from field expeditions, visits and loans from carcinological collections. We analyzed morphological characters described in the literature as well as obtained partial sequences of the 16S rRNA and cytochrome c oxidase subunit I (COI) mitochondrial genes. Some morphological characters analyzed had a wide variation, while others were well informative for some groups. The results of molecular analysis showed the formation of internal clades with high genetic divergence among them, both for 16S and COI. Moreover, the species T. petropolitanus was allocated among clades recognized morphologically as T. fluviatilis. Such genetic structuration and morphological polymorphism clearly indicate that the species morphologically recognized as T. fluviatilis does not form a monophyletic group. Therefore, it must be considered as a species complex, which claims for huge taxonomic adjustments.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-15T20:31:31Z No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:37:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-16T18:53:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-16T18:53:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese- Andrea Barroso Amancio.pdf: 2390424 bytes, checksum: df03118f893148e49b2f4f70ca6a3198 (MD5) Previous issue date: 2011-11-17 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.)S.A. Mori, is a native forest species from rain forest mainly used for timberspecificallyfor producing mainstays, poles and fenceposts andalso ship factories. The species components are fungicide and antimicrobial and antioxidant chemicals. This work evaluated diversity and genetic structure of natural populations of E. coriacea, using ninemicrosatellite loci developedthrough an enriched genomic library. Of the 96 positive clones sequenced, 81 contained repetitive sequences, of which 49 (65%) were appropriate for design of primers in the flanking regions and 24 sequences were selected for primer pair design using the Software Primer 3. Twelve microsatellite primersamplifiedand were polymorphic, being nine used to estimategenetic parameters of six populations of matamatá-amarelo as follows: Highway BR-429, Rondônia-RO (n=31), Federal University of AmazonasState(UFAM) -Manaus-AM (n=36), Adolpho Ducke Reserve, Manaus-AM (n=32), Experimental Farm of the Federal University of AmazonasState(UFAM), Coari-AM (n=33), Santa Helena Farm and Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) and Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). There is a great genetic variability for the genotypes of E. coriacea, with mean of 16,2 allelesper loci andtotal diversity(HT) equal to0,77. Nine loci presented 14 common alleles and 30 intemediate-frequency alleles, 102allelesscattered among population, being 41 private, 47 sporadical and 14 spread out. The observed estimates ofheterozygosity (HO) were smaller than 0,5 for most loci,varying from 0,07 (Ec15) to 0,75 (Ec36). The expected estimates of heterozyigosity(HE) varied from 0,13 (Ec15) to 0,92 (Ec24). The values of HOwere smaller than the values of HEin most loci, except lociEc37 in Rondôniapopulation. Differences between HOand HEfor most loci indicate deficiency of heterozygote. The Fischer test showed that 85,2% of loci do not join the HWEthe populations. The coefficients of inbreeding(f) varied between populations, being largerinDuckeReserve (0,53) andsmaller inUFAM (0,29), with mean of0,4, showing inbreeding in populations. The number of alleles for all loci was larger for the Maués population (105) and smaller in Rondônia (54). The high index for diversity estimated byHEe HOwere similar to most populations, varying between 0,33/0,44 (HO/HE) and 0,46/0,83 (HO/HE), being the HOsmaller in Rondônia population and larger in UFAM and Parintins andHEsmaller in theRondôniapopulation and larger forMaués. The AMOVA xix detected 87,5% of total variation inside populations and 12,5%. Genetic differentiation was detected (FST) between populations of Parintins and Maués (0,018),followed by UFAM andDucke Reserve (0,030), certainly dueto the high gene flow(Nm=13,4; 8,1, respectively). This relation was confirmed by dendrogram of genetic distances of NEI (1978), which shows two groups, one formed by formed by UFAM/Reserva Ducke and Parintins/Maués populations, followed by Rondônia andCoari, asdetected bythe STRUCTURE Program.The Mantel test showed relation between geographic and geneticdistance, showing distance isolation. The results indicate that nine microsatellite loci were efficient in evaluating geneticdiversity in six populations ofE. coriacea, showing that most genetic variation is found inside populations and the mild genetic structure was found between populations, being explained by distance isolation, possibly associate to mating patterns and population demography. / O matamatá-amarelo, Eschweilera coriacea (DC.) S.A. Morié uma espécie florestal nativa da região tropical, utilizada principalmente na indústria madeireira para a fabricação de postes, mourões e esteios, além de ser utilizado em construções navais. A espécie apresenta constituintes com atividades farmacológicas antifúngicas e anti microbianas e compostos químicos que podem atuar como agentes antioxidantes. Este trabalho avaliou a diversidade e estrutura genética de populações naturais de E. coriacea, usando nove locos microssatélites desenvolvidos por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. Dos 96 clones positivos sequenciados, 81 apresentaram sequências repetidas, dos quais 49 (65%) foram apropriadas para o desenho dos primers nas regiões flanqueadas, e 24 sequencias foram selecionadas para os desenhos dospares de primers usando o Programa Oligo Explorer.Doze primers microssatélites amplificaram e foram polimórficos, dos quais nove foram usados para estimar os parâmetros genéticos de seis populações de matamatá-amarelo sendo: ao longo daRodovia BR-429, Rondônia-RO (n=31), Fragmento Florestal da Universidade Federal do Amazonas (UFAM) -Manaus-AM (n=36), Reserva Adolpho Ducke, Manaus-AM (n=32), Fazenda Experimental da UFAM, Coari-AM (n=33), Fazenda Santa Helena e Ilha de Vera Cruz, Maués-AM (n=35) e Vila Amazônia, Parintins-AM (n=35). Existe alta variabilidade genética para os genótipos de E. coriacea, com média de 16,2 alelos por locos e diversidade total (HT) igual a 0,77. Os nove locos apresentaram 14 alelos comuns e 30 alelos intermediários, 102 alelos raros, sendo 41 privados, 47 esporádicos e 14 difundidos.As estimativas de heterozigosidade observadas (HO) foram menores que 0,5 para maioria dos locos, variando de 0,07 (Ec15) a 0,75 (Ec36). As heterozigosidades esperadas (HE) variaram de 0,13 (Ec15) a0,92 (Ec24). Os valores de HOforam inferiores aos valores de HEna maioria dos locos, com exceção doslocos Ec37 na população de Rondônia. Diferenças claras entre HOe HEpara maioria dos locos indicam deficiências de heterozigotos. O teste exato de Fisher revelou que 85,2% dos locos não aderem o EHW no conjunto de populações. Os coeficientes de endogamia (f) variaram entre populações, sendo maior na Reserva Ducke (0,53) e menor na UFAM (0,29), com média de 0,4, evidenciando endogamia nas populações. O número de alelos para todos os locos foi maior nas populações de Maués (105) e menor em Rondônia (54). Os altos índices de diversidade estimados pelasHEe HOforam semelhantes para a maioria das populações, variando entre 0,33/0,44 (HO/HE) a 0,46/0,83 (HO/HE), sendo a HOxvii menor na população de Rondônia e maiores na UFAM e Parintins e HEmenor para a população de Rondônia e o maior para Maués. A AMOVA detectou 87,5 % do total da variação dentro das populações e 12,5%. Detectou-se baixa diferenciação genética (FST) entre as populações Parintins e Maués (0,018), seguida da UFAM e Reserva Ducke (0,030), certamente devido ao alto fluxo gênico (Nm=13,4; 8,1, respctivamente). Este relacionamento foi confirmado pelo dendrograma de distância genética deNEI (1978), o qual evidencia dois grupos, um formado pelas populações de UFAM/Reserva Ducke e Parintins/Maués, e o segundo por Rondônia e Coari, assim como detectado peloPrograma STRUCTURE. Oteste de Mantel revelou relação entre distância geográfica e distância genética, indicando isolamento por distância. Os resultados indicam que os nove locos microssatélites foram eficientes em avaliar a diversidade genética nas seis populações de E. coriacea, mostrando que a maior parte da variação genética é encontrada dentro das populações e que a moderada estrutura genética encontrada entre, pode ser explicada pelo isolamento por distância, possivelmente associada aos padrões de reprodução e demografia da população.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-02T13:08:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Marcileia S. Souza.pdf: 1088069 bytes, checksum: 91eb662c19983ecff2646f7798e569ea (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-02T13:08:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Marcileia S. Souza.pdf: 1088069 bytes, checksum: 91eb662c19983ecff2646f7798e569ea (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-02T13:08:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Marcileia S. Souza.pdf: 1088069 bytes, checksum: 91eb662c19983ecff2646f7798e569ea (MD5) Previous issue date: 2017-12-04 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The multivariate discriminant analysis methods aim to identify the populations in which an individual should belong, admitting previously, that the individual composes one of the evaluated populations. Methods based on linear discriminant functions have been used in predictive studies of diversity in genetic improvement, when the data are quantitative phenotype. However, this type of analysis presupposes the multinormality of populations. The objective of this study was to evaluate the effectiveness of the non-parametric discriminant methodologies of the middle neighbor and k-Nearest Neighbour in the predictive study of diversity in genetic improvement, when applied to quantitative variables, in order to satisfactorily (re) classify the genotypes in their respective populations defined a priori. Two sets of data were used: i) 83 pupunha matrices, previously allocated in three primitive races, for seven variables of the fruit; ii) 122 clones of coffee trees, previously allocated among three botanical varieties, for ten agronomic characteristics. The non-parametric methods of the middle neighbor and the k-Nearest Neighbour were evaluated under various scenarios, according to possible combinations between non-parametric analysis technique x genetic distance measure x k x probability a priori of the genotypes belonging to the populations. The genotype allocation was compared in the different scenarios and the one obtained by Anderson's discriminant functions (considered standard) from the global apparent error rates (TEA) of classification of the individuals in the respective populations. The GENES software was used. The nonparametric methods were effective to classify the genotypes in their respective populations when compared with Anderson's discriminant analysis method. There were no significant differences between Euclidean distances measurements. The Gower distance provided apparent error rates different from the other studied distances. The method of discriminant analysis of the k-Nearest Neighbour proved to be adequate for populations whose genetic divergence within is smaller. The middle neighbor method, however, classifies the genotypes better in populations where there is greater inter- or intra-population diversity. / Os métodos multivariados de análises discriminantes visam identificar as populações nas quais um indivíduo deva pertencer, admitindo previamente, que o indivíduo compõe uma das populações avaliadas. Métodos baseados em funções discriminantes lineares têm sido usados nos estudos preditivos da diversidade no melhoramento genético, quando os dados são fenotípicos quantitativos. Entretanto, este tipo de análise pressupõe a multinormalidade das populações. Objetivou-se avaliar a efetividade das metodologias de análise discriminante não paramétricas do vizinho médio e dos k-vizinhos mais próximos no estudo preditivo da diversidade no melhoramento genético, quando aplicadas à variáveis quantitativas, de modo a classificar satisfatoriamente os genótipos em suas respectivas populações definidas a priori. Dois conjuntos de dados foram utilizados: i) 83 matrizes de pupunha, previamente alocadas em três raças primitivas, para sete variáveis do fruto; ii) 122 clones de cafeeiro, previamente alocados entre três variedades botânicas, para dez variáveis agronômicas. Avaliou-se os métodos não paramétricos do vizinho médio e dos k-vizinhos mais próximos sob vários cenários, conforme combinações possíveis entre técnica de análise não paramétrica x medida de distância genética x valor de k x probabilidade a priori dos genótipos pertencerem as populações. Comparou-se a alocação dos genótipos nos diferentes cenários e com aquela obtida pelas funções discriminantes de Anderson (considerada padrão) a partir das taxas de erro aparente globais (TEA) de classificação dos indivíduos nas respectivas populações. Utilizou-se o software GENES. Os métodos não paramétricos foram efetivos para classificar os genótipos em suas respectivas populações quando comparados com o método de análise discriminante de Anderson. Não houve diferenças significativas entre as medidas de distâncias Euclidianas. A distância de Gower proporcionou taxas de erro aparente diferente das demais distâncias estudadas. O método de análise discriminante dos k vizinhos mais próximos mostrou ser adequado para populações cuja divergência genética dentro é menor. Já o método do vizinho médio classifica melhor os genótipos em populações em que haja maior diversidade inter ou intrapopulacional.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-08T15:11:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Leilane Lamarao Oliveira.pdf: 1394464 bytes, checksum: f708586afafbe56417e40bccdffcf56f (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2018-03-08T15:12:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Leilane Lamarao Oliveira.pdf: 1394464 bytes, checksum: f708586afafbe56417e40bccdffcf56f (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-08T15:12:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Leilane Lamarao Oliveira.pdf: 1394464 bytes, checksum: f708586afafbe56417e40bccdffcf56f (MD5) Previous issue date: 2017-07-27 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The objective of this work was to quantify the genetic divergence of potential C. canephora parents, aiming to develop progenies that associate the best traits of the Conilon and Robusta botanical varieties to the expression of the hybrid vigor. For this, ten morphological and productive characteristics of 130 clones of Conilon and Robusta botanical varieties and their intervarietal hybrids were evaluated over two years, considering an experiment in a randomized block design with four replicates of four plants per plot. For selection of parents, the main components technique was used associated with reference points obtained from the average of each botanical variety. The first two main components allowed the separation of the botanical varieties with a representation of the variability contained in the original data of 76% in the first year and 69% in the second year. Although the significance of the genotype x years interaction was significant, there was little difference in the grouping from one year to the next, which is associated with the higher repeatability estimates observed in this study. It was observed that crosses with the 16-1-81I, 13-1-61I and 11-1-42I parents of the botanical variety Robusta and with the 167I, 890P and 1048I parents of the Conilon botanical variety presented greater potential for obtaining selection gains. / O objetivo deste trabalho foi predizer a divergência genética entre matrizes de Coffea canephora das variedades botânicas Conilon e Robusta visando desenvolver progênies que associem as melhores características à expressão do vigor do híbrido. Para isso, foram avaliados dez componentes de produção de 130 clones das variedades botânicas Conilon, Robusta e de híbridos intervarietais, ao longo de dois anos, em delineamento de blocos casualizados com quatro repetições de quatro plantas por parcela. Para seleção de genitores foi utilizada a técnica de componentes principais associada a pontos referenciais obtidos a partir da média de cada variedade botânica. Os dois primeiros componentes principais permitiram a separação das variedades botânicas e dos híbridos intervarietais com uma representação da variabilidade contida nos dados originais de 76% no primeiro ano e 69% no segundo ano. Apesar da significância da interação genótipo x anos, observou-se pouca diferença no agrupamento ao longo do tempo, o que está associado às maiores estimativas de repetibilidade observadas nesse estudo. Observou-se que as matrizes 16-1-81I, 13-1-61I e 11-1-42I da variedade botânica Robusta e as matrizes 167I, 890P e 1048I da variedade botânica Conilon apresentaram maior potencial para a obtenção de ganhos com a seleção.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-20T14:07:53Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lamartine Nogueira Gonzaga - 2017.pdf: 2017508 bytes, checksum: 1af67174911634205aaa1738758578cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-20T14:08:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lamartine Nogueira Gonzaga - 2017.pdf: 2017508 bytes, checksum: 1af67174911634205aaa1738758578cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-20T14:08:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lamartine Nogueira Gonzaga - 2017.pdf: 2017508 bytes, checksum: 1af67174911634205aaa1738758578cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-22 / Hymenaea stigonocarpa is classified as a priority for research and sustainable exploitation, with potential for fruit production. There is a phenotypic variation in the species that allows the distinction of three botanical varieties based on leaf characters. The present study aimed to characterize and evaluate the magnitude and distribution of the genetic variability of a germplasm collection of the species. The experimental material consisted of 336 accessions of 120 maternal families, from 24 subpopulations sampled in the Brazilian Cerrado. Plant height, stem diameter, number of branches and number of leaves were measured. Later, they were measured the morpho-agronomic variables: leaf length, leaf width, petiole length, petile diameter, leaf angle, leaflets angle and chlorophyll index. Growth dynamics and analysis of variance were performed to estimate genetic and statistical parameters and selection gain, for growth traits. Data from 113 progenies were used to estimate phenotypic and genetic correlation coefficients. It was also determined the relative importance of the variables for genetic divergence. The dynamics of growth were different in different periods, which is attributed to the formation of the root system in the initial phase of growth. The effects of progeny and subpopulation explain considerably part of the total variation, being significant between and, predominantly, not significant within subpopulations for the growth variables. The morpho-agronomic traits showed significant variation within subpopulations. The cluster analysis showed the formation of two distinct groups which corroborates a population study previously carried out with molecular markers. There is significant variation between subpopulations for growth trais, with possibility of selection for these variables. Based on morphological agronomic variables, the genetic variability is structured among subpopulations. Plants with high growth rates in height have a high growth rate of stem diameter. The variables petiole length (CP), petiole diameter (DP) and final stem diameter (DF) were the most determinant in the discrimination of accessions. / O jatobá-do-cerrado é uma espécie nativa do Cerrado, classificada como prioritária para a pesquisa e exploração sustentada em médio prazo, para produção de frutos. Há variação fenotípica na espécie que permite a distinção de três variedades por caracteres das folhas. O presente estudo teve como objetivo caracterizar e avaliar a magnitude e distribuição da variabilidade genética de uma coleção de germoplasma da espécie. O material experimental foi constituído por 336 acessos de 120 progênies maternas, de 24 subpopulações amostradas no Cerrado. Foram realizadas leituras das variáveis de crescimento: altura da planta, diâmetro do caule, número de ramificações e número de folhas. Posteriormente foram mensuradas as variáveis morfoagronômicas: comprimento do entrenó, comprimento do folíolo, largura do folíolo, comprimento do pecíolo, diâmetro do pecíolo, ângulo da folha, ângulo dos folíolos e índice de clorofila. Foi avaliada a dinâmica do crescimento e estimados componentes de variância para obtenção de parâmetros genéticos, estatísticos e ganho de seleção para os caracteres do crescimento. Dados de 113 progênies foram utilizados na estimativa de coeficientes de correlação. Foi determinada, ainda, a importância relativa das variáveis para a divergência genética. A dinâmica do crescimento foi diferente em períodos distintos, o que é atribuído à formação do sistema radicular na fase inicial de crescimento. Os efeitos de progênie e subpopulação explicam consideravelmente parte da variação total captada, sendo significativa entre e, predominantemente, não significativa dentro de subpopulações para as variáveis do crescimento. Com os caracteres morfoagronômicos houve significativa variação dentro de subpopulações. A análise de divergência por agrupamento mostrou a formação de dois grupos distintos o que corrobora estudo populacional realizado anteriormente com marcadores moleculares. Existe variação significativa entre subpopulações para os caracteres de crescimento, com possibilidade de seleção para estas variáveis. Há, com base em variáveis morfoagronômicas, estruturação da variabilidade genética entre subpopulações. Plantas com elevadas taxas de crescimento em altura apresentam elevada taxa de crescimento do diâmetro do caule. As variáveis avaliadas comprimento do pecíolo (CP), diâmetro do pecíolo (DP) e diâmetro final do caule (DF) foram as mais determinantes na discriminação dos acessos.