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A taxonomic revision of the Eumeta bagworms (Lepidoptera: Tineioidea, Psychidae) of Taiwan, with special reference to the variation and asymmetry in male morphologyOng, Ui-ka 04 February 2010 (has links)
There is a great challenge to deal with psychid taxonomy due to the sexual dimorphism and conservative morphology of male. The genus Eumeta is widely distributed among Asia, Australia and Africa, with taxa resembling each other in morphological aspects. This historical confusion was originated from misidentification of type specimen and difficulty of specimen vouchering. Previous studies also recorded Eumeta of Taiwan, but taxa still uncertain actually. In present study, reared specimens were used to acquire morphology of different development and larval case style, and corroborated each other with barcode of life. As the results, Eumeta minuscula and E. variegata were confirmed in Taiwan. A highly variation of male morphology with genitalia asymmetry were described. Additionally, the male 8th tergite and sternite were suggested valuable for species identification. Having examined the type series specimen and original description, 13 species distributed in orient were grouping. Except E. minuscula and E. crameri were smaller and identifiable, a mass of ambiguous species included E. variegata, E. maxima, E. layardi, E. japonica, E. pryeri, E. sikkima, E. wallacei, E. javanica, E. wallacei var. bougainvillea, E. formosicola and E. kiushiuana were defined as E. variegata species-complex, and then revised this complex mainly with Taiwanese specimens.
Due to the morphological variety of whole examination involving with those of Taiwan, 8 species were treated as junior synonym of E. variegata, excluding E. japonica, E. javanica and E. kiushiuana that remain undetermined because the types
have not examined. Preliminary result of molecular work also supported this treatment as well, except an individual of China (Yunnan) that more information is needed.
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Patterns of Genetic Variation in Rosette-Brachyglottis are Inconsistent with Current Species DelimitationMillar, Timothy Robert January 2014 (has links)
Brachyglottis (Asteraceae) is a genus of approximately 30 species in the Brachyglottidinae, a recently recognised sub-tribe of tribe Senecioneae. Within Brachyglottis is a clade of five species of rosette-forming herbs: B. bellidioides, B. haastii, B. lagopus, B. southlandica and B. traversii. A sixth species, B. saxifragoides, has recently been synonymised with B. lagopus. The rosette-Brachyglottis have historically been recognised as a taxonomically problematic group because species overlap in both morphology and geographical distribution.
A recent molecular study of rosette-Brachyglottis using AFLP data indicated that genetic distances among populations of rosette-Brachyglottis in the South Island appear to be correlated with geographical distance between populations rather than taxonomic identification. This is problematic as the currently described rosette-Brachyglottis species have overlapping ranges which implicitly hypothesises reproductive barriers other than geographic distance.
We conducted an investigation into the species delimitation of rosette-Brachyglottis with the aim of answering two related questions: Does the current delimitation of rosette-Brachyglottis accurately reflect patterns of genetic similarity? Do the patterns of genetic structure in rosette-Brachyglottis support the presence of multiple biological species?
A total of 46 populations of rosette-Brachyglottis were represented in this study. Herbarium specimens collected from these populations were identified following the taxonomic treatment of Allan (1961). Twenty one discrete and numerical morphological characters were measured from herbarium specimens including those collected for this study and previously collected herbarium specimens. Morphological dissimilarity of 354 herbarium specimens was investigated by performing a PCoA on Gower’s pairwise morphological distances among individuals. The pattern of genetic similarity was explored using DNA fragment length variation in nine markers for 273 individuals and this resulted in a total 177 unique alleles. Bayesian clustering analysis was performed on this data set using STRUCTURE, in addition, pairwise genetic distances were calculated among individuals and populations using Jaccard and Nei’s dissimilarity coefficient’s respectively. Jaccard genetic distances among individuals were analysed using PCoA and Nei’s genetic distances among populations were analysed using a Neighbour-Net analysis. The relationship between pairwise genetic and geographic distances among populations was analysed using a combination of linear regression and a Mantel Test.
The pattern of morphological similarities among specimens was generally congruent with the currently delimited species in rosette-Brachyglottis. However, many morphologically intermediate specimens confound the recognition of distinct morphological entities. Comparison of patterns of genetic similarity and the current morphologically-based species delimitation showed that the delimitation does not accurately reflect the genetic structure of rosette-Brachyglottis. Furthermore, patterns of genetic dissimilarity did not indicate discrete genetic groups at the individual or population levels. The finding of incongruence between patterns of genetic and morphological similarity and absence of morphologically or genetically discrete groups suggests that rosette-Brachyglottis are best considered a single, yet morphologically diverse, biological species. In addition genetic structure within this species appears to be primarily driven by geographical isolation.
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Diverzita druhového komplexu Micrasterias papillifera / M. radiosa (Desmidiales) / Diversity of the Micrasterias papillifera / M. radiosa (Desmidiales) species complexTrumhová, Kateřina January 2016 (has links)
This Master's thesis deals with diversity within the Micrasterias papillifera/ M. radiosa (Desmidiales) species complex. Both species are inhabitants of endangered biotops, like peat-bogs and, like other desmids, are used for biomonitoring. Many described varieties for both of them can be found in taxonomic literature, but their morphology is overlapping and revision of this species complex seemed to be necessary. All strains were isolated from peat-bogs and lakes across Europe and my dataset was properly completed by strains from algal collections. Results of phylogenetic analysis of sequences for ITS and psaA showed, that the real intraspecific diversity of Micrasterias papillifera Brébisson ex Ralfs was overestimated. Although I could find a little intraspecific diversity within the ‚papillifera' lineage in the phylogenetic tree based on ITS sequences, it did not correspond with a morphology of isolates. M. papillifera possess unexpected morphological plasticity and also some isolates designated as Micrasterias radiosa Ralfs were present in this lineage. On the contrary, there were only a few isolates in the lineage ‚radiosa'. This species seems to be relatively rare and probably has limited distribution. Both species are morphologically well delimited from each other on the basis of several characters...
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ANÁLISE CROMOSSÔMICA COMPARATIVA ENTRE POPULAÇÕES DE Apareiodon affinis (Actinopterygii: Characiformes: Parodontidae)Coelho, Karina de Almeida 28 February 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Basic and molecular cytogenetic studies were carried out in Apareiodon affinis (Parodontidae) of five populations: Passa Cinco River, Ipeúna – SP; Piracicaba River, Piracicaba – SP; Paraná River (lake of the Itaipu dam - Santa Helena – PR) all belong to Upper Paraná River hidrografic system and; two localities of the Paraguay
River drainage, Cuiabá River, Cuiabá - MT and, Paraguay River, Cáceres - MT. The conventional analysis showed that the three populations of the Upper Paraná River system have 2n = 54 chromosomes to males and 2n= 55 chromosomes to females.
Those differences in the chromosome number are due to by presence of sex chromosome system showing female heterogamety ZZ/ZW1W2 type. The karyotypic formula and fundamental number (FN) for these three populations was 50 m/sm + 4 st. FN = 108 to males and; 49 m/sm + 6 st, FN = 110 to females. The sex chromosomes Z was characterized as the largest metacentric, while the chromosome
W1 and W2 appears to be subtelocentrics and have half the size of the Z chromosome. In turn, the population of the Cuiabá River, Cuiabá – MT have 2n = 54 chromosome to males and females, karyotypic formula 42 m/sm + 2 st + 10 a and FN = 98 and; the Paraguay River population show 2n = 54 chromosomes and no heteromorphic sex chromosomes system and, karyotypic formula 36 m/sm + 2st + 16
a. Fluorescence in situ hybridizations (FISH) com 18S and 5S ribosomal DNAs were performed in the different populations of A. affinis, resulting in (i) a single metacentric chromosome pair bearing 5S rDNA sites for the samples on the Upper Paraná River, (ii) a heteromorphic situation of a chromosome metacentric and one acrocentric for the population of the Cuiabá River and; (iii) a acrocentric pair bearing 5S rDNA sites for the population of the Paraguay River. The 18S rDNA was found in the terminal
region of the long arm of a subtelocentric pair in all populations. This situation is considered a sinapomorfic feature in Parodontidae when compared with the sister group Anostomidae. FISH with pPh2004 satellite DNA was also performed in all the populations of this study showing positive hybridization in differential sites: 3-4 pairs
all m/sm in the Upper Paraná River samples and; 6-8 st/a pairs in the Paraguay River samples. Thus, the cytogenetic differences observed between Upper Paraná and Paraguay Rivers populations is possible to affirm the occurrence of a high karyotipic differentiation in gene flow restriction. Lower cytogenetic differentiation can be observed also when compared samples from the same river system. Thus, is
possible to state that A. affinis of the Upper Paraná River population is divergent and should have their taxonomic condition reviewed. / Estudos citogenéticos básicos e moleculares foram realizados em cinco
populações de Apareidon affinis (Parodontidae): Rio Passa Cinco, Ipeúna – SP; Rio Piracicaba, Piracicaba – SP; Rio Paraná (lago da represa de Itaipu – Santa Helena – PR) pertencentes ao sistema hidrográfico do Alto Rio Paraná e duas populações da bacia do alto Rio Paraguai, rio Cuiabá, Cuiabá - MT e rio Paraguai, Cáceres - MT. A
análise convencional mostrou que nas três populações do sistema alto rio Paraná apresenta 2n = 54 cromossomos para machos e 2n = 55 cromossomos para fêmeas. Esta diferença de número cromossômico é resultado da presença do sistema de cromossomos sexuais múltiplo com heterogamia feminina, do tipo ZZ/ZW1W2. A fórmula cromossômica e número fundamental para estas três populações foi 50 m/sm + 4 st, NF = 108 para machos e; 49 m/sm + 6 st, NF = 110 para fêmeas. O cromossomo sexual Z é caracterizado por ser o maior cromossomo metacêntrico do complemento, enquanto os cromossomos W1 e W2 são subtelocêntricos com metade do tamanho do cromossomo Z. A população do rio Cuiabá, por sua vez, possui 2n = 54 cromossomos para machos e fêmeas, fórmula cromossômica 42 m/sm + 2 st + 10 a e; NF = 98 e a população do rio Paraguai não apresenta heteromorfismo de cromossomos sexuais e fórmula cariotípica 36 m/sm + 2 st + 16 a. Hibridização in situ fluorescente (FISH) com DNAs ribossomais 18S e 5S foram realizadas nas
diferentes populações de A. affinis, resultando em apenas um par cromossômico metacêntrico marcado com DNAr 5S para as populações do Alto Rio Paraná, uma situação heteromórfica com um cromossomo metacêntrico e um acrocêntrico para a população do rio Cuiabá e; um par acrocêntrico para a população do rio Paraguai. O DNAr 18S foi localizado na região terminal do braço longo de um par cromossômico
subtelocêntrico, de todas as populações estudadas podendo ser considerado uma característica sinapomórfica para a família, quando comparada com o grupo irmão Anostomidae. FISH com DNA satélite pPh2004 isolado de Parodon hilarii também foi realizada nas populações dos sistemas hidrográficos do alto rio Paraná e bacia do
rio Paraguai, evidenciando hibridação positiva em sítios diferenciais: 3 – 4 pares marcados, todos m/sm com divergência populacional no Alto Rio Paraná e, 6 – 8 pares marcados, também com divergência para as populações do rio Paraguai, em sua maioria acrocêntricos. Assim, levando em consideração as diferenças cromossômicas entre Alto Rio Paraná e Rio Paraguai é possível afirmar a existência a de uma alta diferenciação cariotípica entre as populações dos diferentes sistemas
hidrográficos em isolamento de fluxo gênico. Diferenciação menor também pode ser constatada quando comparadas as localidades de um mesmo sistema hidrográfico. Deste modo, é possível afirmar que as populações de A. affinis do Alto Rio Paraná são divergentes, possibilitando que sua condição taxonômica seja revista.
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INFERÊNCIAS SOBRE A BIOLOGIA EVOLUTIVA DE Astyanax serratus E Astyanax laticeps (TELEOSTEI, CHARACIDAE) ATRAVÉS DE MORFOMETRIA, CITOGENÉTICA E GENÉTICA MOLECULAR COMPARADASchleger, Ieda Cristina 19 February 2016 (has links)
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Previous issue date: 2016-02-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The family Characidae (Characiformes) is the most diverse in number of species among Neotropical fish. Many genera of this family, for no to present evidence of monophyly, are considered Incertae Sedis, such as Astyanax. This genus of fish groups popularly known as lambari, comprises 155 valid species. Astyanax serratus is considered endemic of the Iguaçu River, where is largely distributed. Astyanax laticeps occurs in coastal basins of the coastal region of Uruguay, south and southeast Brazil. These species are morphologically similar and are included in the complex A. scabripinnis. The purpose of this study was to determine A. serratus and A. laticeps are the same species in synonymy, or form distinct evolutionary units, but cryptic. Therefore, was used morphometric analysis, including measurements of body proportions relative to length of the body and of the head, counting number of teeth, cusps and fins. Cytogenetic analysis consisted in chromosome preparations conventional Giemsa staining, localization of constitutive heterochromatin by C-banding method, detection of nucleolar organizer regions (NORs) by impregnation with silver nitrate (Ag-NORs) and fluorescent in situ hybridization using DNA probes ribosomal (rDNA) 5S and 18S. The sequences used as DNA barcode, were obtained by partial amplification of cytochrome c oxidase I (COI) gene and the genetic distance calculated by the method of Kimura 2-parameters (K2P). The results of morphometric analysis revealed pre-jaw with two series of teeth, presence of hooks on anal and pelvic fins of males, elongated body with a humeral spot with narrow anteroventral extension in both species. Cytogenetic showed the same diploid number of 50 chromosomes, including the first pair of large metacentric chromosomes in relation to the others complements, the same karyotype formula (4m + 24sm + 6st + 16a) and even fundamental number (84). The markings of 5S rDNA coincide in the centromeric region of chromosome 19 pair and were evidenced multiple sites of 18S rDNA, located in the telomeric regions of the chromosomes in both species analyzed. The Ag-NORs showed to be coincident with 18S sites in most cases. The distribution of constitutive heterochromatin blocks occurred preferentially in the centromeric and terminals regions of chromosomes, coincident with the location of ribosomal sites and Ag-NORs in telomeric regions. The analysis of DNA barcode through the COI gene revealed an interspecific genetic divergence to 0.2%, a rate below the threshold considered for the separation of fish species (2%). These different levels of analysis suggest that A. serratus and A. laticeps are synonymous species, increasing the occurrence of A. laticeps for the Iguaçu River basin and enhancing the hypothesis of fauna sharing, caused by tectonic activities of crystalline shield. The interspecifc variations found in the mapping of constitutive heterochromatin, Ag-NORs and 18S rDNA are common in Astyanax and derived of events no robertsonian, while the differences may reflect the vicariant process, with geographic isolation of watersheds and gene flow restriction among the population of the Iguaçu River and coastal populations. / A Família Characidae (Characiformes) é a mais diversa em número de espécies entre os peixes neotropicais. Muitos gêneros dessa Família, por não apresentarem evidências de monofiletismo, são considerados como Incertae Sedis, como é o caso de Astyanax. Este gênero agrupa peixes popularmente conhecidos como lambaris, sendo composto por 155 espécies válidas. Astyanax serratus é considerada endêmica do Rio Iguaçu, onde está amplamente distribuída. Astyanax laticeps ocorre nas bacias costeiras da região litorânea do Uruguai, sul e sudeste brasileiro. Estas espécies são morfologicamente semelhantes e estão incluídas no complexo Astyanax scabripinnis. O objetivo do presente estudo foi verificar se A. serratus e A. laticeps constituem uma mesma espécie, em sinonímia, ou formam unidades evolutivas distintas, mas crípticas. Assim, foi empregada análise morfométrica, incluindo medições das proporções corporais em relação ao comprimento do corpo e da cabeça, contagem do número de dentes, cúspides e de raios nas nadadeiras. A análise citogenética consistiu em preparações cromossômicas com coloração convencional por Giemsa, localização de heterocromatina constitutiva pelo método de bandamento C, detecção das regiões organizadoras de nucléolos por impregnação com nitrato de prata (Ag-RONs) e hibridação in situ fluorescente com sondas de DNA ribossomal (rDNA) 5S e 18S. As sequências utilizadas como DNA barcode foram obtidas através da amplificação parcial do gene citocromo c oxidase I e a distância genética calculada pelo método Kimura 2 Parâmetros (K2P). Os resultados da análise morfométrica revelaram pré-maxilar com duas séries de dentes, presença de ganchos nas nadadeiras anal e pélvicas de machos, corpo alongado, com uma mancha umeral com prolongamento anteroventral estreito em ambas as espécies. A citogenética evidenciou mesmo número diplóide, de 50 cromossomos, incluindo o primeiro par de cromossomos metacêntricos de grande porte em relação aos demais do complemento, mesma fórmula cariotípica (4m + 24sm + 6st + 16a) e mesmo número fundamental (84). As marcações de rDNA 5S coincidiram na região centromérica do par cromossômico 19 e foram evidenciados sítios múltiplos de rDNA 18S, localizados nas regiões teloméricas dos cromossomos em ambas as espécies analisadas. As Ag-RONs mostraram-se coincidentes com os sítios de 18S na maioria dos casos. A distribuição dos blocos de heterocromatina constitutiva ocorreu preferencialmente nas regiões centroméricas e terminais dos cromossomos, coincidentes com a maioria dos sítios ribossomais e das Ag-RONs nas regiões teloméricas. A análise do DNA barcode através do gene COI revelou uma divergência genética interespecífica de 0,2%, índice abaixo do considerado limiar para a separação de espécies de peixes (2%). Estes diferentes níveis de análise sugerem que A. serratus e A. laticeps são espécies sinônimas, ampliando a ocorrência de A. laticeps para a bacia do Rio Iguaçu e reforçando a hipótese de compartilhamento de fauna, provocado pelas atividades tectônicas do escudo cristalino. As variações interespecíficas encontradas no mapeamento de heterocromatina constitutiva, Ag-RONs e rDNA 18S são comuns em Astyanax e derivam de eventos não robertsonianos, mas também podem refletir um processo de vicariância, com o isolamento geográfico das bacias hidrográficas e restrição de fluxo gênico entre a população do rio Iguaçu e populações litorâneas.
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Variabilidade genética e morfológica em populações de Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 (Brachyura, Trichodactylidae) no Brasil / Genetic and morphological variability in populations of Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 (Brachyura, Trichodactylidae) at Brazil.Carvalho, Edvanda Andrade Souza de 29 October 2013 (has links)
O caranguejo de água doce Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 apresenta uma considerável variabilidade morfológica, aliada a uma ampla distribuição geográfica e ocupação de ambientes costeiros e continentais. Tal variabilidade tem gerado, em alguns casos, dúvidas quanto à delimitação da espécie. O presente trabalho tem como objetivo averiguar se as populações de T. fluviatilis apresentam divergências morfológicas e genéticas compatíveis com o nível intraespecífico avaliando-se a hipótese de validade deste táxon. Para isto, foi realizada a análise da variabilidade genética entre as populações e uma revisão taxonômica. O material analisado foi obtido por meio de coletas, visitas e empréstimos de coleções carcinológicas do Brasil. Foram analisados caracteres descritos na literatura e obtidas sequências parciais dos genes mitocondriais 16S rRNA e citocromo c oxidase subunidade I (COI). Dentre os caracteres morfológicos analisados alguns tiveram muita variação, enquanto outros se mostraram bem informativos para alguns grupos. O resultado da análise molecular mostrou a formação de clados internos com altas divergências genéticas entre eles, tanto para o gene 16S quanto para o COI. Além disso, a espécie T. petropolitanus foi alocada entre os clados reconhecidos morfologicamente como T. fluviatilis. Tais estruturações genéticas, aliada ao polimorfismo morfológico, mostraram claramente que a espécie reconhecida morfologicamente como T. fluviatilis não forma um grupo monofilético, podendo ser considerada um complexo de espécies, que precisa de ajustes taxonômicos consideráveis. / The freshwater crab Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 presents a considerable morphological variability, as well as a wide geographical distribution and occupancy of coastal and continental environments. Such variability has generated, in some cases, doubts concerning the species delimitation. The present work aims to investigate whether the populations of T. fluviatilis exhibit morphological and genetic divergence compatible with the intraspecific level, assessing the hypothesis of validity of this taxon. Therefore, we have performed the analysis of genetic variability among populations and a taxonomic revision. The material analyzed was obtained from field expeditions, visits and loans from carcinological collections. We analyzed morphological characters described in the literature as well as obtained partial sequences of the 16S rRNA and cytochrome c oxidase subunit I (COI) mitochondrial genes. Some morphological characters analyzed had a wide variation, while others were well informative for some groups. The results of molecular analysis showed the formation of internal clades with high genetic divergence among them, both for 16S and COI. Moreover, the species T. petropolitanus was allocated among clades recognized morphologically as T. fluviatilis. Such genetic structuration and morphological polymorphism clearly indicate that the species morphologically recognized as T. fluviatilis does not form a monophyletic group. Therefore, it must be considered as a species complex, which claims for huge taxonomic adjustments.
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Phylogenetic systematics and taxonomic review of the snakes of the tribe Philodryadini Cope, 1886 (Dipsadidae: Xenodontinae) / Sistemática filogenética e revisão taxonômica das serpentes da tribo Philodryadini Cope, 1886 (Dipsadidae: Xenodontinae)Salgar, Juan Camilo Arredondo 01 July 2019 (has links)
The tribe Philodryadini is constituted by a rich group of neotropical snakes that are highly diverse ecologically and morphologically. Currently, 24 species compose the tribe, and are recognized as common components of the ophidian diversity in several regions of South America. The species of Philodryadini exhibit two great geographical distribution patterns, with most species occurring in the lowlands of the cis-Andean region of the American continent, while another not so diverse group is distributed in the trans-Andean region of the central and southern Andes, in Ecuador, Peru and Chile. The richness of the tribe and its evolutionary relationships has varied greatly in recent years, mainly due to the recent formulation of diverse phylogenetic hypotheses based on molecular evidence. In the same way, in recent years many taxonomic complexes have been studied and the taxonomic status of several species has been clarified. However, many questions about the status of some complexes and phylogenetic relationships within the tribe are still unknown. To understand the evolutionary relationships between Philodryadini and the other Xenodontinae tribes we performed a phylogenetic analysis including molecular evidence of a representative sample of all tribes of the subfamily. Simultaneously, we evaluated the relationships within Philodryadini using DNA sequences from the vast majority of the species of the tribe described so far. Likewise, we performed a taxonomic revision of the tribe species, using a combination of morphological and molecular evidence. Our phylogenetic analyzes revealed that the tribe Philodryadini is a non-monophyletic group, and is currently composed of two different lineages of unrelated xenodontine snakes. To provide a phylogenetic structure that reflected the relations of the tribes in the interior of the subfamily, we erected a new tribe and a new genus to accommodate the group of species that constituted a completely different radiation of xenodontine snakes from the Andes. Within Philodryadini (sensu stricto), we recognize a particular pattern of diversification, with a first clade, composed of two groups , closely related to the clade that contains the type species of Philodryadini. To best represent the pattern of evolutionary diversification within the tribe, we restructured its generic composition by resurrecting the genera Chlorosoma and Xenoxybelis. Additionally, with our taxonomic revision we resolve the taxonomic status of three species complexes and recognize four taxa previously located in the synonymy of Philodryas. With our study, the relationships within Philodryadini are now better understood and their diversity is currently consisted of three genera and 24 species. / A tribo Philodryadini é composta por um rico grupo de serpentes neotropicais altamente diversas ecológica e morfologicamente. Na atualidade, 24 espécies fazem parte da tribo, sendo amplamente reconhecidas como um dos componentes comuns da diversidade de ofídio-fauna de América do Sul. As espécies que fazem parte de Philodryadini apresentam dois grandes padrões de distribuição geográfica, sendo que a grande maioria das espécies ocorrem nas terras baixas da região cis-Andina do continente americano, enquanto que um outro grupo não tão diverso distribui-se na região trans-Andina dos Andes centrais e do Sul, no Equador, Peru e Chile. O conhecimento da diversidade da tribo e das suas relações evolutivas tem variado muito nos últimos anos, principalmente pela recente formulação de diversas hipóteses filogenéticas baseadas em evidência de biologia molecular. Do mesmo jeito, muitos complexos taxonômicos têm sido abordados recentemente e o status taxonômico de várias espécies esclarecido. No entanto, ainda se desconhecem muitas questões sobre o status de alguns complexos e as relações filogenéticas do interior da tribo. Para entender as relações evolutivas entre Philodryadini e as demais tribos de Xenodontinae realizamos uma análise filogenética incluindo evidência molecular de uma amostra representativa de todas as tribos da subfamília. Simultaneamente, avaliamos as relações ao interior de Philodryadini empregando sequências de ADN da grande maioria das espécies da tribo descritas até o momento. De igual forma, realizamos uma revisão taxonômica das espécies da tribo, empregando uma combinação de variáveis morfológicas e moleculares. As nossas análises filogenéticas mostraram que a tribo Philodryadini é um grupo não monofilético, estando na atualidade composto por duas linhagens diferentes de serpentes xenodontineas não relacionadas. Para fornecer uma estrutura filogenética que refletisse as relações das tribos no interior da subfamília, erigimos uma nova tribo e um gênero novo para acomodar o grupo de espécies que constituem uma radiação completamente diferente de serpentes xenodontineas dos Andes. Já no interior de Philodryadini (sensu stricto), reconhecemos um padrão de diversificação particular, com um primeiro clado, composto por dois grupos (as cobras cipó e as cobras de focinho afiado da Amazônia), estreitamente relacionado com o clado que contem a espécie tipo de Philodryadini. Pra melhor representar o padrão de diversificação evolutivo no interior da tribo, reestruturamos a sua composição genérica ao ressuscitar os gêneros Chlorosoma e Xenoxybelis. Adicionalmente, com a nossa revisão taxonômica reconhecemos o status taxonômico de três complexos de espécies e reconhecemos a validade de quatro táxons previamente localizadas na sinonímia de Philodryas. Com o nosso estudo, as relações no interior da tribo Philodryadini ficaram melhor resolvidas e a sua diversidade ficou constituída por três gêneros e 24 espécies.
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Micobiota e análise de deoxinivalenol e zearalenona em amostras de trigo em diferentes etapas do cultivo. / Mycobiota and analysis of deoxynivalenol and zearalenone in wheat samples at different harvest stages.Queiroz, Lorena Carnielli 29 August 2018 (has links)
Dentre os desafios do cultivo de trigo, encontram-se as doenças fúngicas e a presença de micotoxinas. Estima-se que as perdas anuais nesse setor sejam bilionárias. Além dos prejuízos econômicos, há preocupações quanto a segurança alimentar humana e animal. Com o objetivo de avaliar a micobiota e a ocorrência de micotoxinas em diferentes estádios de maturação do trigo foram realizados estudos morfológicos, utilizando métodos morfológicos clássicos e moleculares, identificação do perfil genotípico dos fungos produtores de tricotecenos, por PCR em tempo real e determinação de deoxinivalenol (DON) e zearalenona (ZEA), utilizando a Cromatografia Líquida de Alta Eficiência acoplada à Espectrometria de Massas (LC-MS/MS). Os dados obtidos também foram correlacionados com os fatores climatológicos. Os resultados revelaram a predominância do gênero Fusarium nas amostras das duas safras, seguido de Alternaria e Epicoccum. A atividade de água média para os dois anos foram, 0,608 e 0,886, consecutivamente. Dentro do gênero Fusarium constatou-se predomínio do complexo de espécies Fusarium graminearum (CEFG), identificando F. graminearum sensu stricto, F. meridionale, F. cortaderiae e F. austroamericanum. Os genótipos dos isolados foram, na sua maioria, 15-ADON para F. graminearum s.s, seguido de NIV para as espécies F. meridionale, F. cortaderiae e F. austroamericanum e 3-ADON para as duas últimas. Por PCR em tempo real, a determinação do genótipo nos grãos de trigo nas safras 2014/15 e 2015/16 demonstraram predomínio de 100% e 93% para 15-ADON, respectivamente. A quantificação de DNA dos isolados do CEFG demostrou que o perfil 15-ADON foi responsável por mais de 95% nas duas safras, com valores irrisórios, menores que 3% para 3-ADON e NIV. Os níveis de contaminação pela micotoxina DON nas amostras foi de 100% nas duas safras, com valores variando entre 24,3 a 5530 μg/kg. Para ZEA os valores foram 30% e 96%, nas duas coletas consecutivas, variação entre 26,0 a 4360 μg/kg. Ambas as micotoxinas foram detectadas em concentrações acima do limite estabelecido pela legislação brasileira, 3000 μg/kg para DON e 400 μg/kg para ZEA. Os fatores climáticos obtiveram uma correlação positiva tanto na contaminação fúngica quanto no acúmulo de micotoxinas. Este estudo forneceu novas informações sobre a micobiota natural do trigo brasileiro, em diferentes etapas do cultivo, demonstrando a contaminação por DON e alta frequência de ZEA em amostras do provindas do Paraná. / The fungal diseases and the presence of mycotoxins in cereals cause annually, billionaire losses. In addition, there are concerns about human and animal food safety. Due to the wheat culture relevance in feed and foodstuff, the present work aimed to evaluate mycobiota and the occurrence of mycotoxins in different wheat maturation stages. In order to achieve these objectives, morphologic studies using classic and molecular methods, genotype profile and DNA quantification from trichothecene producers, by real-time PCR and determination of deoxynivalenol (DON) and zearalenone (ZEA), using High Performance Liquid Chromatography coupled to Mass Spectrometry (LC-MS/MS), were done. The obtained data were also correlated with the climatic factors. The results showed the predominance of the genus Fusarium followed by Alternaria and Epicoccum. The average water activity over two years were 0.608 and 0.886, consecutively. Within the genus Fusarium, it was identified a predominance of the Fusarium graminearum species complex (FGSC), identifying F. graminearum sensu stricto, F. meridionale, F. cortaderiae and F. austroamericanum. The genotypes of the isolates were 15-ADON for F. graminearum s.s, followed by NIV for the F. meridionale, F. cortaderiae and F. austroamericanum and 3-ADON for F. cortaderiae and F. austroamericanum. In real-time PCR, the determination of genotype in wheat grains in the 2014/15 and 2015/16 harvests showed a predominance of 100% and 93% for 15-ADON, respectively. The DNA quantification of the FGSC isolates showed that the 15-ADON profile was responsible for more than 95% in both harvests. The levels of DON mycotoxin contamination in the samples were 100%, with values ranging from 24.3 to 5530 μg/kg. For ZEA the values were 30% and 96%, in the two consecutive collections, ranging from 26,0 to 4360 μg/kg. Both mycotoxins were detected in concentrations above the limit established by Brazilian legislation, 3000 μg / kg for DON and 400 μg/kg for ZEA. The climatic factors obtained a positive correlation both in the fungal contamination and in the accumulation of mycotoxins. This study provided new information on the Brazilian native mycobiota to different stages of cultivation, demonstrating contamination by DON and high frequency of ZEA in samples from Paraná.
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A Systematic Study of the Pteris cadieri ComplexChao, Yi-Shan 26 January 2010 (has links)
Hybridization is an important mechanism in diversification. It often makes taxonomy difficult. Lack of strong supported intrageneric classification in genus Pteris (Pteridaceae) could be caused by natural hybridization. Most hybridization documnted in Pteris was based on limited evidence. This study focuses on Pteris cadieri complex, the taxon with putative hybridization. The species complex displayed significant morphological variation and was associated with hybrid origin.
Reproductive biology revealed variation in spore number per sporangium, spore size, spore shape and apogamous reproduction, which imply its hybrid origin. Cytology analysis using chromosome counting and flow cytometry identified diploids, triploids, and tetraploids. CpDNA and nuclear DNA supported that Pteris cadieri complex is hybrid origin: paternal and maternal lineages were inferred and 11 taxa were identified. Furthermore, comparing materials form Hainan and Taiwan, , it is clear that the species complex is composed by taxa arisen from multiple hybridization. Systematic inconsistency existed between chloroplast and nuclear phylogenies in Pteris impled that other taxa might have involved in hybridization events, in addition to the Pteris cadieri complex. Hybridization may be very common in Pteris. To infer intrageneric taxonomy of Pteris, effect of reticulate evolution should never be neglected.
Finally, based on morphological and evolutionary traits, the taxonomy of Pteris cadieri complex is revised. There are Pteris cadieri Christ, Pteris dimorpha Copel. var. dimorpha, Pteris dimorpha var. plumbea (Christ) Y.-S. Chao, H.-Y. Liu & W.-L. Chiou, Pteris grevilleana Wall. ex Agardh var. grevilleanan, Pteris grevilleana Wall. ex Agardh var. ornata Alderw., and Pteris hainanensis Ching.
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Variabilidade genética e morfológica em populações de Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 (Brachyura, Trichodactylidae) no Brasil / Genetic and morphological variability in populations of Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 (Brachyura, Trichodactylidae) at Brazil.Edvanda Andrade Souza de Carvalho 29 October 2013 (has links)
O caranguejo de água doce Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 apresenta uma considerável variabilidade morfológica, aliada a uma ampla distribuição geográfica e ocupação de ambientes costeiros e continentais. Tal variabilidade tem gerado, em alguns casos, dúvidas quanto à delimitação da espécie. O presente trabalho tem como objetivo averiguar se as populações de T. fluviatilis apresentam divergências morfológicas e genéticas compatíveis com o nível intraespecífico avaliando-se a hipótese de validade deste táxon. Para isto, foi realizada a análise da variabilidade genética entre as populações e uma revisão taxonômica. O material analisado foi obtido por meio de coletas, visitas e empréstimos de coleções carcinológicas do Brasil. Foram analisados caracteres descritos na literatura e obtidas sequências parciais dos genes mitocondriais 16S rRNA e citocromo c oxidase subunidade I (COI). Dentre os caracteres morfológicos analisados alguns tiveram muita variação, enquanto outros se mostraram bem informativos para alguns grupos. O resultado da análise molecular mostrou a formação de clados internos com altas divergências genéticas entre eles, tanto para o gene 16S quanto para o COI. Além disso, a espécie T. petropolitanus foi alocada entre os clados reconhecidos morfologicamente como T. fluviatilis. Tais estruturações genéticas, aliada ao polimorfismo morfológico, mostraram claramente que a espécie reconhecida morfologicamente como T. fluviatilis não forma um grupo monofilético, podendo ser considerada um complexo de espécies, que precisa de ajustes taxonômicos consideráveis. / The freshwater crab Trichodactylus fluviatilis Latreille, 1828 presents a considerable morphological variability, as well as a wide geographical distribution and occupancy of coastal and continental environments. Such variability has generated, in some cases, doubts concerning the species delimitation. The present work aims to investigate whether the populations of T. fluviatilis exhibit morphological and genetic divergence compatible with the intraspecific level, assessing the hypothesis of validity of this taxon. Therefore, we have performed the analysis of genetic variability among populations and a taxonomic revision. The material analyzed was obtained from field expeditions, visits and loans from carcinological collections. We analyzed morphological characters described in the literature as well as obtained partial sequences of the 16S rRNA and cytochrome c oxidase subunit I (COI) mitochondrial genes. Some morphological characters analyzed had a wide variation, while others were well informative for some groups. The results of molecular analysis showed the formation of internal clades with high genetic divergence among them, both for 16S and COI. Moreover, the species T. petropolitanus was allocated among clades recognized morphologically as T. fluviatilis. Such genetic structuration and morphological polymorphism clearly indicate that the species morphologically recognized as T. fluviatilis does not form a monophyletic group. Therefore, it must be considered as a species complex, which claims for huge taxonomic adjustments.
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