Submitted by Ubirajara Cruz (ubirajara.cruz@gmail.com) on 2017-06-28T15:36:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Cristine_Silva.pdf: 1455504 bytes, checksum: c7937fd1676f70c2df463a31589cabee (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2017-06-29T16:37:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Cristine_Silva.pdf: 1455504 bytes, checksum: c7937fd1676f70c2df463a31589cabee (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T16:37:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Cristine_Silva.pdf: 1455504 bytes, checksum: c7937fd1676f70c2df463a31589cabee (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O melanoma apresenta grande importância na oncologia veterinária por ser um tumor invasivo, altamente metastático e pouco responsivo ao tratamento quimioterápico convencional. Impulsionadas pela resistência neoplásica aos fármacos, as pesquisas com produtos naturais tem recebido atenção especial nos últimos anos, pois esses são promissores agentes para prevenção e tratamento do câncer. Assim, o objetivo do trabalho foi avaliar a atividade citotóxica dos óleos essenciais de Origanum vulgare, Origanum majorana e Rosmarinus officinalis e dos extratos hidroalcóolicos de Origanum vulgare, Schinus terenbithifolius, Eugenia uniflora e Bauhinia forficata frente à linhagem celular de melanoma murino B16F10 e de rim bovino - MBDK (Madin Darby Bovine Kidney), além de fazer uma retrospectiva de melanomas em cutâneos em cães atendidos no HCV. Os óleos essenciais foram obtidos através de arraste de vapor em Clevenger, sendo testados nas concentrações de 6,25 a 0,024 mg.mL-1 e os extratos hidroalcóolicos através de rotaevaporador, sendo testados nas concentrações de 6,25 a 0,02 mg mL-1. As diluições dos óleos e dos extratos foram distribuídas em placas de 96 poços, sob as monocamadas de células das linhagens B16F10 e MDBK, que foram incubadas por 24 e 48 horas, em 37°C com atmosfera úmida e 5% de CO2. A viabilidade celular foi avaliada pelo ensaio MTT e a leitura feita em espectrofotômetro (540nm) em dois tempos (24 e 48 horas). Todos os óleos avaliados foram efetivos em inibir as células de melanoma, porém não houve diferença significativa entre eles e entre suas concentrações, assim como em relação a citotoxicidade na linhagem MDBK. As concentrações efetivas e não tóxicas dos óleos essenciais de O. majorana e O. vulgare foram 490 e 245 μg.mL-1. O óleo de R. officinalis, apresentou elevada toxicidade nas concentrações efetivas nas células B16F10. Os compostos majoritários identificados foram 1-8 cineol, canfora e α-pinene, no óleo essencial de R. officinalis; 4-terpineol, 4-carene e 5-isopropyl-2-methylbicyclo no óleo essencial de O. majorana e γ-terpineno, 4-terpineol e hidroxy-p-cymene no óleo essencial de O. vulgare. Os extratos avaliados apresentaram atividade antiproliferativa em células tumorais e normais dependente do tempo e da dose, tendo maiores porcentagens de inibição celular em 48 horas do que em 24. Os extratos hidroalcóolicos de B. forficata, E. uniflora e O. vulgare em 48 horas, apresentaram os melhores resultados antiproliferativos em células de melanoma, uma vez que atingiram moderada atividade inibitória nas células B16F10 em concentrações com baixa toxicidade para as células MDBK. O extrato de S. terebinthifolius não exibiu atividade satisfatória nas células tumorais, quando cruzadas as concentrações efetivas e tóxicas. Assim, conclui-se que os óleos essenciais de O. majorana e de O. vulgare e os extratos hidroalcóolicos de Origanum vulgare, Eugenia uniflora e Bauhinia forficata apresentam melhor atividade antiproliferativa in vitro em células de melanoma, quando comparados ao óleo essencial R. Officinalis e o extrato hidroalcóolico de S. terebinthifolius,e representam promissoras fontes de estudo para o desenvolvimento de novos fármacos antineoplásicos. Os melanomas cutâneos são frequentes na rotina do HCV, estando o seu comportamento biológico relacionado principalmente com o tamanho do tumor e a presença de metástases. / Melanoma has great importance in veterinary oncology due to their capacity of invasion, highly metastatic and poorly responsive to conventional chemotherapy treatment. Powered by neoplastic drug resistance, researches of natural products have received special attention in recent years, probably because they are promising agents for the prevention and treatment of cancer. The objective of the study was to evaluate the cytotoxic activity of essential oils of Origanum vulgare, Origanum majorana and Rosmarinus officinalis and the hydroalcoholic extracts of Origanum vulgare, Schinus terenbithifolius, Eugenia uniflora and Bauhinia forficata against the cell line of murine melanoma B16F10 and kidney veal - MBDK (Madin Darby bovine Kidney), and make a retrospective of skin melanomas in dogs treated at the HCV. ). The essential oils were obtained by dragging a water steam by using a Clevenger apparatus, and they were tested at concentrations from 6.25 to 0.024 mg.mL-1 and hydroalcoholic extracts through rotaevaporator being tested at concentrations of from 6.25 to 0.02 mg mL -1. Dilutions of oils and extracts were distributed in 96-well plates in cell monolayers of MDBK and B16F10 lines which were incubated for 24 and 48 hours at 37°C in humid atmosphere, 5% CO2. Cell viability was assessed by MTT assay and the result was analyses using a spectrophotometer (540nm) in two stages (24 and 48 hours). All oils tested were effective in inhibiting melanoma cells, but there was no significant difference between them and between their concentrations, as well as in relation to cytotoxicity in MDBK line. Effective and non-toxic concentrations of the essential oil of O. majorana and O. vulgare were 490 and 245 μg.mL-1. The essential oil of R. officinalis showed high toxicity at effective concentrations in B16F10 cells. The majors compounds identified were 1-8 cineol, camphor and α-pinene in essential oil of R. officinalis; 4-terpineol, 4-Carene and 5-isopropyl-2-methylbicyclo in essential oil of O. majorana and γ-terpinene, 4-terpineol and Hydroxy-p-cymene in essential oil of O. vulgare. The extracts tested showed antiproliferative activity on tumor and normal cells dependent on time and dose, with higher percentages of cellular inhibition at 48 hours than at 24 hours. The hydroalcoholic extracts of B. forficata E. uniflora and O. vulgare showed, in 48 hours, the best anti-proliferative outcome in melanoma cells, once they reached moderate inhibitory activity on B16F10 cells at concentrations with lower toxicity to MDBK cells. The extract of S. terebinthifolius did not exhibited satisfactory activity in tumor cells, when crossed the effective and toxic concentrations. Thus, it is concluded that the essential oil of O. majorana and O. vulgare and the hydroalcoholic extracts of Origanum vulgare, Eugenia uniflora and Bauhinia forficata have better antiproliferative activity in vitro in melanoma cells, when compared to the essential oil R. officinalis and the hydroalcoholic extract of S. terebinthifolius and they represent a promising study sources for the development of new anticancer drugs. Cutaneous melanomas are common in routine HCV, being your biological behavior mainly related with tumor size and metastasis.

Introdução: a incidência dos melanomas permanece em ascensão em diversos países. Os nevos melanocíticos podem ser seus precursores ou marcadores de risco. A radiação ultravioleta é o principal fator de risco ambiental para o seu desenvolvimento. Estudos com nevos irradiados mostram que a radiação ultravioleta B (UVB) pode causar alterações morfológicas e bioquímicas semelhantes às de um melanoma in situ. As metaloproteinases da matriz (MMP) são enzimas proteolíticas e, particularmente, as MMP-2 e –9 (gelatinases A e B) parecem estar associadas à invasão tumoral, à formação de metástases e de neoangiogênese em melanomas. O objetivo do presente estudo é avaliar os efeitos da UVB nas expressões imunoistoquímicas de MMP-2 e –9 nas diferentes linhagens celulares de nevos melanocíticos. Métodos: quarenta e dois nevos melanocíticos tiveram suas metades irradiadas com dose de 2 DEM (dose eritematosa mínima) de UVB e foram excisados uma semana após. As expressões imunoistoquímicas das MMP-2 e -9 foram comparadas, quanto à sua intensidade, por três avaliadores diferentes entre os lados irradiados e não irradiados em queratinócitos, melanócitos de epiderme e derme superior, células endoteliais e fibroblastos. Os dados foram analisados pelo teste t pareado para as diferenças de expressão e pelo ICC para avaliação da homogeneidade entre as respostas dos observadores. Resultados: com relação à expressão imunoistoquímica de MMP-2, todas as linhagens celulares mostraram aumento no lado irradiado, especialmente os melanócitos epidérmicos. Quanto à MMP-9, somente nos queratinócitos, não se observou aumento de expressão do lado irradiado, ficando essa evidente nas demais linhagens celulares avaliadas. Conclusões: A UVB na dose de 2 DEM aumenta a expressão imunoistoquímica das MMP-2 e –9 em quase todas as linhagens celulares dos nevos melanocíticos avaliados até uma semana após a irradiação, com exceção feita queratinócitos, com a MMP-9. / Background: the incidence of melanoma continues to increase in several countries. Melanocytic nevi may represent precursors or risk indicators of cutaneous melanoma. Ultraviolet radiation is the main environmental risk factor in their development. Studies with irradiated nevi show that ultraviolet B (UVB) radiation can cause morphological and biological alterations similar to those of a melanoma in situ. Matrix metalloproteinases (MMP) are proteolytic enzymes, and MMP-2 and -9 (gelatinase A and B) in particular, appear to be involved with tumour invasion, the formation of metastases and neoangiogenesis in melanomas. This study aims to evaluate the effects of UVB radiation on the immunohistochemical expression of MMP–2 and –9 in different cell lines from melanocytic nevi. Methods: one half of each of the forty-two melanocytic nevi used in the study was irradiated with 2 MEDs (Minimal Erythema Dosis) of UVB radiation and excised one week later. Three different observers were given the task of comparing the intensity of the immunohistochemical expression of the MMP –2 and –9 on the irradiated and nonirradiated sides of keratinocytes, melanocytes from the epidermis and upper dermis, endothelial cells and fibroblasts. The collected data were analysed using the paired t test for differences in expression and ICC in order to assess the homogeneity of the evaluations made by the observers. Results: in relation to the expression of MMP–2, all the cell lines showed an increase on the irradiated sides, especially the epidermal melanocytes. Regarding MMP-9, while no significant increase in its expression in keratinocytes was noted on the irradiated side, significant increases were observed in the remaining lines. Conclusions: UVB radiation at 2 MEDs increases the immunohistochemical expression of MMP –2 and –9 in almost all evaluated cell lines up to one week after irradiation, with the exception of MMP-9 in keratinocytes.

Introdução: a incidência dos melanomas permanece em ascensão em diversos países. Os nevos melanocíticos podem ser seus precursores ou marcadores de risco. A radiação ultravioleta é o principal fator de risco ambiental para o seu desenvolvimento. Estudos com nevos irradiados mostram que a radiação ultravioleta B (UVB) pode causar alterações morfológicas e bioquímicas semelhantes às de um melanoma in situ. As metaloproteinases da matriz (MMP) são enzimas proteolíticas e, particularmente, as MMP-2 e –9 (gelatinases A e B) parecem estar associadas à invasão tumoral, à formação de metástases e de neoangiogênese em melanomas. O objetivo do presente estudo é avaliar os efeitos da UVB nas expressões imunoistoquímicas de MMP-2 e –9 nas diferentes linhagens celulares de nevos melanocíticos. Métodos: quarenta e dois nevos melanocíticos tiveram suas metades irradiadas com dose de 2 DEM (dose eritematosa mínima) de UVB e foram excisados uma semana após. As expressões imunoistoquímicas das MMP-2 e -9 foram comparadas, quanto à sua intensidade, por três avaliadores diferentes entre os lados irradiados e não irradiados em queratinócitos, melanócitos de epiderme e derme superior, células endoteliais e fibroblastos. Os dados foram analisados pelo teste t pareado para as diferenças de expressão e pelo ICC para avaliação da homogeneidade entre as respostas dos observadores. Resultados: com relação à expressão imunoistoquímica de MMP-2, todas as linhagens celulares mostraram aumento no lado irradiado, especialmente os melanócitos epidérmicos. Quanto à MMP-9, somente nos queratinócitos, não se observou aumento de expressão do lado irradiado, ficando essa evidente nas demais linhagens celulares avaliadas. Conclusões: A UVB na dose de 2 DEM aumenta a expressão imunoistoquímica das MMP-2 e –9 em quase todas as linhagens celulares dos nevos melanocíticos avaliados até uma semana após a irradiação, com exceção feita queratinócitos, com a MMP-9. / Background: the incidence of melanoma continues to increase in several countries. Melanocytic nevi may represent precursors or risk indicators of cutaneous melanoma. Ultraviolet radiation is the main environmental risk factor in their development. Studies with irradiated nevi show that ultraviolet B (UVB) radiation can cause morphological and biological alterations similar to those of a melanoma in situ. Matrix metalloproteinases (MMP) are proteolytic enzymes, and MMP-2 and -9 (gelatinase A and B) in particular, appear to be involved with tumour invasion, the formation of metastases and neoangiogenesis in melanomas. This study aims to evaluate the effects of UVB radiation on the immunohistochemical expression of MMP–2 and –9 in different cell lines from melanocytic nevi. Methods: one half of each of the forty-two melanocytic nevi used in the study was irradiated with 2 MEDs (Minimal Erythema Dosis) of UVB radiation and excised one week later. Three different observers were given the task of comparing the intensity of the immunohistochemical expression of the MMP –2 and –9 on the irradiated and nonirradiated sides of keratinocytes, melanocytes from the epidermis and upper dermis, endothelial cells and fibroblasts. The collected data were analysed using the paired t test for differences in expression and ICC in order to assess the homogeneity of the evaluations made by the observers. Results: in relation to the expression of MMP–2, all the cell lines showed an increase on the irradiated sides, especially the epidermal melanocytes. Regarding MMP-9, while no significant increase in its expression in keratinocytes was noted on the irradiated side, significant increases were observed in the remaining lines. Conclusions: UVB radiation at 2 MEDs increases the immunohistochemical expression of MMP –2 and –9 in almost all evaluated cell lines up to one week after irradiation, with the exception of MMP-9 in keratinocytes.

Introdução: a incidência dos melanomas permanece em ascensão em diversos países. Os nevos melanocíticos podem ser seus precursores ou marcadores de risco. A radiação ultravioleta é o principal fator de risco ambiental para o seu desenvolvimento. Estudos com nevos irradiados mostram que a radiação ultravioleta B (UVB) pode causar alterações morfológicas e bioquímicas semelhantes às de um melanoma in situ. As metaloproteinases da matriz (MMP) são enzimas proteolíticas e, particularmente, as MMP-2 e –9 (gelatinases A e B) parecem estar associadas à invasão tumoral, à formação de metástases e de neoangiogênese em melanomas. O objetivo do presente estudo é avaliar os efeitos da UVB nas expressões imunoistoquímicas de MMP-2 e –9 nas diferentes linhagens celulares de nevos melanocíticos. Métodos: quarenta e dois nevos melanocíticos tiveram suas metades irradiadas com dose de 2 DEM (dose eritematosa mínima) de UVB e foram excisados uma semana após. As expressões imunoistoquímicas das MMP-2 e -9 foram comparadas, quanto à sua intensidade, por três avaliadores diferentes entre os lados irradiados e não irradiados em queratinócitos, melanócitos de epiderme e derme superior, células endoteliais e fibroblastos. Os dados foram analisados pelo teste t pareado para as diferenças de expressão e pelo ICC para avaliação da homogeneidade entre as respostas dos observadores. Resultados: com relação à expressão imunoistoquímica de MMP-2, todas as linhagens celulares mostraram aumento no lado irradiado, especialmente os melanócitos epidérmicos. Quanto à MMP-9, somente nos queratinócitos, não se observou aumento de expressão do lado irradiado, ficando essa evidente nas demais linhagens celulares avaliadas. Conclusões: A UVB na dose de 2 DEM aumenta a expressão imunoistoquímica das MMP-2 e –9 em quase todas as linhagens celulares dos nevos melanocíticos avaliados até uma semana após a irradiação, com exceção feita queratinócitos, com a MMP-9. / Background: the incidence of melanoma continues to increase in several countries. Melanocytic nevi may represent precursors or risk indicators of cutaneous melanoma. Ultraviolet radiation is the main environmental risk factor in their development. Studies with irradiated nevi show that ultraviolet B (UVB) radiation can cause morphological and biological alterations similar to those of a melanoma in situ. Matrix metalloproteinases (MMP) are proteolytic enzymes, and MMP-2 and -9 (gelatinase A and B) in particular, appear to be involved with tumour invasion, the formation of metastases and neoangiogenesis in melanomas. This study aims to evaluate the effects of UVB radiation on the immunohistochemical expression of MMP–2 and –9 in different cell lines from melanocytic nevi. Methods: one half of each of the forty-two melanocytic nevi used in the study was irradiated with 2 MEDs (Minimal Erythema Dosis) of UVB radiation and excised one week later. Three different observers were given the task of comparing the intensity of the immunohistochemical expression of the MMP –2 and –9 on the irradiated and nonirradiated sides of keratinocytes, melanocytes from the epidermis and upper dermis, endothelial cells and fibroblasts. The collected data were analysed using the paired t test for differences in expression and ICC in order to assess the homogeneity of the evaluations made by the observers. Results: in relation to the expression of MMP–2, all the cell lines showed an increase on the irradiated sides, especially the epidermal melanocytes. Regarding MMP-9, while no significant increase in its expression in keratinocytes was noted on the irradiated side, significant increases were observed in the remaining lines. Conclusions: UVB radiation at 2 MEDs increases the immunohistochemical expression of MMP –2 and –9 in almost all evaluated cell lines up to one week after irradiation, with the exception of MMP-9 in keratinocytes.

Submitted by Marco Antonio Oliveira da Silva (maosilva@ipen.br) on 2016-08-26T11:30:14Z No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2016-08-26T11:30:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Diversos estudos de serpentes têm mostrado que algumas substâncias componentes de seus venenos possuem eficiência na atividade antitumoral nos ensaios realizados em laboratório em células in vitro e in vivo. O veneno da cascavel Crotalus vegrandis possuem atividades neurotoxica, miotoxica e hemorrágica. A crotoxina simile é um importante componente desse veneno sendo formada por uma proteína que possui uma unidade ácida (Crotapotina) ligada a uma subunidade básica (PLA2). Devido ao fato de existirem poucos estudos relativos ao veneno de Crotalus vegrandis, torna-se necessário o isolamento e a caracterização de suas biomoléculas e uma maior investigação do seu potencial e sua eficácia como agente terapêutico contra células tumorais. No presente trabalho, foi realizado o isolamento e a caracterização da crotoxina simile de Crotalus vegrandis, bem como seu efeito citotóxico em células L929 e B16F10. Realizou-se o cultivo dessas células em placas com 96 poços, para, então, serem colocadas em contato direto com diferentes frações do veneno purificado de Crotalus vegrandis por um tempo total de 48 horas. Para efeitos de comparação realizou-se o mesmo ensaio com frações do veneno purificado da cascavel brasileira Crotalus durissus terrificus. Para a avaliação da viabilidade celular o tratamento com as frações do veneno purificado de Crotalus vegrandis e Crotalus durissus terrificus, realizou-se os ensaios com MTT. Os resultados mostraram uma atividade de grande toxicidade para ambos os venenos em células tumorais B16F10 e pouca toxicidade para as células normais L929. Ainda nos ensaios comparativos com os dois venenos, verificou-se que, para uma dada concentração, as frações do veneno de Crotalus vegrandis possuem uma maior eficiência que qualquer concentração do veneno de Crotalus durissus terrificus, havendo uma maior especificidade para as células B16F10. A crotoxina símile isolada do veneno de Crotalus vegrandis apresentou atividade citotóxica mais preponderante na linhagem celular tumoral B16F10, após 48 horas concentrações de 250 e 125 ug/mL. / Dissertação (Mestrado em Tecnologia Nuclear) / IPEN/D / Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares - IPEN-CNEN/SP

Τα πεπτίδια, είτε ως πρωτεϊνικά θραύσματα είτε ως φυσικές οντότητες, χαρακτηρίζονται από την ακολουθία τους και από τα λειτουργικά τους χαρακτηριστικά. Ο σκοπός αυτής της Διδακτορικής Διατριβής είναι η ανάπτυξη μιας μεθοδολογίας εξόρυξης δεδομένων για μοναδικά tags και πεπτιδικά/πρωτεϊνικά χαρακτηριστικά του ανθρώπινου πρωτεώματος καθώς επίσης η ανάλυση και η εφαρμογή αυτών των βιολογικών δεδομένων σε πρωτεϊνες που σχετίζονται με τον καρκίνο. Δημιουργήθηκε μια αποθήκη αρχείων η οποία περιέχει μοριακά βάρη με ακρίβεια 0.01 Da που συνδέονται με τις αντίστοιχες πεπτιδικές ακολουθίες ανθρώπινων πρωτεϊνών της Swiss-Prot βάσης. Αυτές οι πρωτεϊνες διασπάστηκαν εξαντλητικά παρέχοντας ανεξαρτησία στις πεπτιδικές ακολουθίες από άλλες μεθόδους που βασίζονται στην ενζυματική διάσπαση. Από αυτήν την αποθήκη δεδομένων, διαχωρίστηκαν τα μοριακά βάρη που είναι μοναδικά και φτάνουν μέχρι τα 10 kDa καθώς και οι μοναδικές πεπτιδικές ακολουθίες (μέχρι 10 kDa). Στα πλαίσια της αξιοποίησης των δεδομένων εξόρυξης για την ταυτοποίηση των πρωτεϊνών, αναπτύχθηκε μια ευρέως διαθέσιμη διαδικτυακή εφαρμογή όπου γίνεται η αντιστοίχιση των μοριακών βαρών υψηλής ανάλυσης με πεπτίδια και πρωτεϊνες. Μια ακόμη διαδικτυακή εφαρμογή αναπτύχθηκε για να προσφέρει την πληροφορία της μοναδικότητας των μοριακών βαρών και των πεπτιδικών ακολουθιών στο ανθρώπινο πρωτέωμα. Η εφαρμογή μπορεί να αναζητήσει μοναδικά πρωτεϊνικά θραύσματα που προκύπτουν από την εζυματική διάσπαση πρωτεϊνών και να προσφέρει την πληροφορία για όλα τα μοναδικά μοριακά βάρη και τις μοναδικές πεπτιδικές ακολουθίες που περιέχονται σε μια πρωτεϊνη. Πολλές φορές χρειάζεται η μαζική διαχείριση των πεπτιδίων από λίστες. Για το σκοπό αυτό, αναπτύχθηκε ένας web server ο οποίος διαχειρίζεται τις πεπτιδικές λίστες, αναλύοντας τα χαρακτηριστικά των πεπτιδίων και ομαδοποιώντας τα πεπτίδια σύμφωνα μα αυτά τα χαρακτηριστικά, ενώ οπτικοποιείται η ομαδοποίηση με την χρήση ενός java applet. Το PepServe είναι ένα χρήσιμο εργαλείο για την κατανόηση της κατανομής των πεπτιδικών χαρακτηριστικών για ένα σύνολο πεπτιδίων. Τέλος, αναλύθηκαν σύνολα πρωτεϊνών που σχετίζονται με διάφορες περιπτώσεις καρκίνων, για πεπτιδικά χαρακτηριστικά. Αυτή η ανάλυση έχει σκοπό την εύρεση πιθανών προτιμήσεων σε χαρακτηριστικά και την εύρεση μοναδικών tags των πρωτεϊνών που σχετίζονται με καρκίνους. Τα μοναδικά tags μπορούν να χρησιμοποιηθούν στην ανακάλυψη βιοδεικτών και την ανάπτυξη νεων φαρμάκων για την πιο αποτελεσματική διάγνωση και θεραπεία. / Peptides, either as protein fragments or as naturally occurring entities are characterized by their sequence and function features. The purpose of the present Ph.D. thesis is to develop a datamining method for unique tags and peptide/protein characteristics in the human proteome and to analyze and apply the derived biological data in cancer-related proteins. A file repository has been created, containing indexed information that relates molecular masses with an accuracy of 0.01 Da to the corresponding peptides existing in human proteins. These proteins have been deposited in a completely digested protein database (Swiss-Prot) providing independence from any specific enzyme/digestion method. From this repository, the unique molecular masses, ranging from 1 to 10 kDa, and the unique peptide sequences from all the possible sequence fragments (up to 10 kDa) have been mined. A publicly available web application has been developed which facilitates a high resolution mapping of measured molecular masses to peptides and proteins, irrespectively of the enzyme/digestion method used. Μulti-filtering may be applied in terms of measured mass tolerance, molecular mass and isoelectric point range as well as pattern matching to refine the results In addition, another publicly available web application has been developed that offers information concerning the uniqueness of molecular masses and peptide sequences in the human proteome. The application is able to search for unique protein fragments derived computationally from enzymatic digestion driven by certain enzymes. Furthermore, the application can list all the unique masses and peptides of a given protein. Through this application, researchers are able to find unique tags, either on a molecular mass level or on a sequence level. A web server has beed developed that manages peptide lists in terms of feature analysis as well as interactive clustering and visualization of the given peptides. PepServe is a useful tool towards understanding peptide feature distribution among a group of peptides. Finally, cancer-related proteins have been analyzed producing peptide features and peptide feature’s sequence uniqueness resulting in some feature preferences and peptide unique tags. These unique tags can be used in biomarker discovery, and novel drug development for an efficient diagnosis and treatment.