Thesis (Ph. D.)--Ohio State University, 2005. / Title from first page of PDF file. Document formatted into pages; contains xv, 122 p.; also includes graphics. Includes bibliographical references (p. 117-122). Available online via OhioLINK's ETD Center

Thesis (Ph. D.)--Ohio State University, 2006. / Title from first page of PDF file. Includes bibliographical references (p. 114-129).

L’autisme et la déficience mentale sont deux syndromes neuro-développementaux impliquant des facteurs génétiques. Notre travail a consisté à rechercher de nouveaux gènes candidats ou facteurs de susceptibilité chez 106 patients atteints d’autisme et 68 de déficience mentale non syndromique sporadique.Nous avons observé une association entre l’allèle 4 d’un marqueur microsatellite GXAlu localisé en 17q11.2 dans l’intron 27b du gène NF1 et des patients atteints de déficience mentale non-syndromique.Nous avons contribué à la mise en évidence d’une augmentation d’expression du transcrit NLGN4X, chez un patient autiste avec un retard mental non-syndromique présentant une mutation dans le promoteur du gène NLGN4X.L’étude de la région 22q13 par MLPA, nous a permis de mettre en évidence une délétion de novo d’au moins 1Mb chez un patient autiste.Les variations de nombre de copies (CNV) ont été étudiées chez des autistes par QPCR. Nous avons identifié 27 variations réparties sur 17 gènes parmi les 36 explorés. Les CNV observés dans les gènes ITGA6, TAGLN3, HOXA1, DLG4 et UBE2C sont intéressants en raison de l’implication de ces gènes dans le développement cérébral ou la fonction neuronale.L’ensemble de ces résultats nécessite des expériences complémentaires de validation. / Autism and mental retardation are two neurodevelopmental syndromes involving genetic factors. Our work consists in finding new candidate genes or susceptibility factors. 106 autistic patients and 68 sporadic non-syndromic mentally retardated patients were studied.We have shown an association between allele 4 of a microsatellite marker GXAlu locasized in 17q11.2, in intron 27b of the NF1 gene and patients with non-syndromic mental retardation.We contributed to the study on the NLGN4X gene. We demonstrated an increase of expression of NLGN4X transcript, in an autistic patient with non-syndromic mental retardation linked to a mutation in the NLGN4X gene promoter.We study the 22q13 region with MLPA method, we have demonstrated a deletion de novo of at least 1Mb in an autistic patient.The copy number variations (CNV) have been investigated in an autistic population by QPCR. We identified 27 variations on 17 genes among the 36 investigated. The CNV observed in ITGA6, TAGLN3, HOXA1, DLG4 and UBE2C genes are interesting because of the involvement of these genes in brain development or neuronal function.These results require further experiments for validation.

In this thesis, population level variation is elucidated for Atlantic salmon living in the chalk streams of southern England – a unique and unusual habitat – as well as in immediately surrounding regions. Salmon in these chalk streams have yet to be robustly investigated, despite individual populations standing out from neighbouring populations in several previous studies. This thesis attempts to identify how different they are and the reasons for it. Then, this thesis also investigates the effect of this distinction on their internal population structure, as well as the current and future trajectory. A panel of microsatellite markers from the SALSEA-merge project were used to complete four studies of population structure in Atlantic salmon. In the first study, which served primarily, as a training exercise, a multi-national baseline was used to identify the origins of salmon recolonising the river Mersey in northwest England. Fish entering the Mersey originated from multiple sources, with the greatest proportion (45–60%) assigning to rivers in the geographical region just north of the Mersey, including Northwest England and the Solway Firth. The number of fish originating from proximal rivers to the west of the Mersey was lower than expected. The results suggested that the recolonisers were straying in accordance with the predominantly clockwise gyre present in the eastern Irish Sea. In the second study, the relationship of salmon in the chalk streams of southern England to salmon outside this region was elucidated. Salmon from all five chalk streams in southern England with major salmon populations were found to all be genetically distinct from these neighbours and statistically less genetically diverse than salmon in southwest England and France. The reasons for this were relatively low immigration and a history of low effective population size. In the third study, the extent of population structure of salmon between the chalk streams and within one chalk stream, the river Frome, was explored. The results suggested these salmon were divided into three groups, i.e. 1) the Frome & Piddle, 2) the Avon and 3) the Test & Itchen. A significant pattern of isolation by distance between salmon in these five rivers was also identified. Historic samples from the Avon were assigned to the contemporary three groups. Surprisingly, most of these fish assigned to the Frome and Piddle group. Within the river Frome, further sub-structure was identified over two separate years of sampling. Salmon from 2009 comprised three genetic groups, and salmon in 2011 comprised just two. In the fourth study, historic scale samples were used to assess the current trajectory of genetic diversity and effective population size of salmon populations across Scotland, England, Wales and France. The majority of samples greater than 30 years old proved ineffective using the SALSEA panel. However, data was compiled from samples from eight rivers ranging from the Tweed in Scotland to the Scorff in France and from 1972 to 2012. Contrary to our hypothesis, most populations showed increases in allelic richness. Populations from one chalk stream show the steepest temporal decline in genetic diversity, which we speculate is partly due to the low immigration into the region. Effective population size proved difficult to determine using a number of methods and no robust pattern was identified. Together these studies indicate that low immigration of salmon into the chalk streams appears to be key to their low genetic diversity and genetic distinction. Low immigration may also have enabled marked within-river population structure and the current negative trajectory of genetic diversity. The implications for general understanding of Atlantic salmon population structure across their range, and for the conservation of this species are discussed.

Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-21T23:15:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_FelipeAokiGoncalves.pdf: 4019040 bytes, checksum: f74776a8e1e4eb45c987837446b58d50 (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - As datas da capa e da página de rosto estão diferentes (uma está fevereiro e outra abril/2018) - Na capa, excluir o texto "Dissertação apresentada..." - Na página de rosto falta o cabeçalho da universidade - No Resumo e no Abstract faltam as palavras-chave e Keywords. Em caso de dúvidas entre em contato pelo email repositoriounesp@reitoria.unesp.br. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-23T13:48:49Z (GMT) / Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-27T00:34:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4850341 bytes, checksum: d57d8babaceaadcbca57c2bb4fd7152e (MD5) / Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - Erro de grafia/digitação no título da capa e na página de rosto. O termo "Tillandsia aeranthos (Lois.)" está sem a letra D. Observe que o arquivo digital deve estar idêntico ao trabalho impresso. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-27T16:27:13Z (GMT) / Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-28T08:53:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4851233 bytes, checksum: 00282da22e9621485fa889dc2eeab49a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) Previous issue date: 2018-05-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O continente sul-americano é o mais biodiverso da Terra, sendo palco da interação de complexos processos climáticos e geológicos que moldaram sua biota de forma muito heterogênea. Um crescente numero de estudos estudos de filogeografia de especies Sul Americanos tem auxiliado no entendimento das respostas evolutivas envolvidas em tal diversificação. A família Bromeliaceae é caracterizada por extensa radiação adaptativa, apresenta heterogeneidade de estratégias reprodutivas e padrões distintos de fluxo gênico e estrutura genética. Tillandsia aeranthos (Lois.) L.B. Smith é uma bromeliácea epífita que habita matas ciliares por toda região dos Pampas. Sua ocorrência em densas populações ao longo de ambientes geograficamente distintos a torna um bom modelo para a estudos sobre a influência de fatores geoclimáticos e ecológicos no padrão de distribuição da variabilidade genética e decorrentes processos de especiação ou manutenção da integridade da espécie. Esta dissertação foi dividida em dois manuscritos a fim de fornecer dados e análises úteis para a compreensão da evolução desta espécie neotropical. No Capítulo 1 foi realizada a amplificação heteróloga em Tillandsia aeranthos e Tillandsia recurvata de marcadores microssatélites nucleares previamente desenvolvidos para outras espécies de Bromeliaceae. Conjuntos de sete e seis marcadores apresentaram índices satisfatórios de polimorfismos em T. aeranthos e T. recurvata, respectivamente. A análise dos dados em duas populações de 20 indivíduos de cada espécie apresentou resultados compatíveis com sistemas reprodutivos distintos de cada espécie: fecundação cruzada predominante em T. aeranthos e auto-fecundação predominante em T. recurvata. No Capítulo 2 investigamos os padrões de variabilidade e estrutura genética e sistema reprodutivo de Tillandsia aeranthos ao longo da distribuição geográfica da espécie. Um total de 203 indivíduos de 13 localidades foi analisado a partir de sete marcadores microssatélites nucleares; 12 indivíduos tiveram 13 regiões universais plastidiais sequenciadas; e 74 indivíduos com 543 flores foram submetidos a experimentos de polinização manual. Os dados de microssatélites nucleares apontam altos níveis de diversidade genética em T. aeranthos (HE=0,806; HO=0,745) apesar de todas as regiões plastidiais sequenciadas terem sido monomórficas, sem diferenciação haplotípica. Foi observada também baixa diferenciação populacional (FST=0,031) sem correlação significativa entre as distâncias genéticas e geográficas das populações (isolamento-por-distância). Sinais moderados de eventos recentes de gargalo genético foram detectados em somente quatro das 13 populações, indicando que a maior parte das populações apresentou estabilidade demográfica durante o último máximo glacial. Os experimentos de manipulação polínica evidenciaram auto-incompatibilidade total em T. aeranthos. Em conclusão, os resultados demonstram altos níveis de diversidade genética e estabilidade demográfica na espécie, com fluxo gênico ocorrendo sem barreiras geográficas evidentes dentro da área de ocorrência de Tillandsia aeranthos. / South America is the most biodiverse subcontinent of the planet, bearing interactions between complex geoclimatic processes that heterogeneously molded its biota. An increasing number of Phylographic studies in South American species have helped us to understand the evolutionary responses that gradually formed such great biodiversity. Bromeliaceae is a family of herbaceous plants characterized by extreme adaptive radiation, its species present a wide range of reproductive strategies and distinct patterns of gene flow and genetic structure. Tillandsia aeranhos (Lois.) L.B. Smith is an epiphyte that inhabits mainly riparian forests of the Pampas biome. It occurs in dense populations across distinct habitats and topographic profiles, which makes it a good model species in studies about the influence of geo-climatic and ecologic factors over patterns of genetic variability and structure, as well as subsequent evolutionary processes of speciation or species cohesion maintenance. This dissertation presents two manuscripts aiming to provide data and analysis that will allow a better comprehension of T. aeranthos evolutionary history. In Chapter 1, we performed cross-amplifications of several nuclear microsatellite loci developed for other bromeliad species in Tillandsia aeranthos and T. recurvata. Sets of seven and six markers amplified satisfactorily and were polymorphic in T. aeanthos an T. recurvata respectively. The following analysis were carried in two populations of 20 individuals for each species and results were in accordance to opposite breeding sytems of each species: predominant cross-pollination in T. aeranthos and predominant self-pollination in T. recurvata. In Chapter 2, we investigated patterns of genetic diversity, phylogeographic structure and breeding system in T. aeranthos across most of its geographic distribution. Altogether, 203 individuals were analyzed from seven microsatellite markers; 12 individuals were analyzed from 13 chloroplast regions; and controlled pollinatin experiments were carried in 74 individuals bearing 543 flowers. Nuclear microsatellite data suggests very high levels of genetic diversity (HE=0,806; HO=0,74). Contrastingly, all chloroplast regions were monomorphic, with no haplotype differentiation. Genetic structure was very low (FST=0,031)) and isolation-by-distance hypothesis was refuted. Moderated signs of recent bottleneck events were detected in four out of 13 populations, suggesting that most populations were demographically stable since the last glacial maximum. Controlled pollination experiments showed complete self-incompatibility in T. aeranthos. In conclusion, our results sow high levels of genetic diversity and demographic stability in the species, with gene flow occurring freely without evidence of geographic barriers across the species geographic distribution. / FAPESP: 2016/03777-4 / FAPESP: 2014/15586-6

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-05Bitstream added on 2014-06-13T19:13:01Z : No. of bitstreams: 1 leite_dc_me_jabo.pdf: 1227082 bytes, checksum: 7596e93ea3e5948f3529db795c099964 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A produção de açúcar por hectare constitui o foco principal dos programas de melhoramento de cana-de-açúcar e depende tanto da produção da cana colhida no campo como da concentração de açúcar (sacarose) contida no colmo. O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores microssatélites genômicos e funcionais associados aos componentes de produção (altura, diâmetro, peso e número de colmos), produtividade e parâmetros de qualidade em cana-de-açúcar (Brix, Fibra, Pol%Cana), com base em uma progênie proveniente do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046 ambos do Programa de Melhoramento Cana IAC. O mapa de ligação foi composto por 175 marcadores em dose única distribuídos em 58 grupos de ligação (GL) com cobertura de 1525 centiMorgans e distância média entre os marcadores de 8,71 centiMorgans. O comprimento dos grupos de ligação variou de 1 a 72 centiMorgans. Os 58 GL deram origem a 9 grupos de homologia. Com os marcadores em dose única foi feita uma análise de marca simples para a identificação de QTLs putativos associados as medidas fenotípicas obtidas em cana planta e cana soca. No total foram detectadas 69 (25%) associações marcador/característica fenotípica (P<0.05) das quais, 32 (46%) em cana planta, 37 (54%) cana soca e 6 (9%) em ambos os ciclos. Estas associações foram derivadas de 47 locos de microssatélites. Para os componentes de produção e produtividade foram encontradas 38 associações e duas em ambos os ciclos (planta e soca) enquanto para os parâmetros de qualidade foram detectadas 22 associações e duas em ambos os ciclos. Para os marcadores derivados de seqüências expressas, algumas associações mostraram uma relação entre a função do gene do qual o marcador foi derivado com à característica fenotípica associada. Para estas associações, apesar dos marcadores terem apresentado... / Sugar production per hectare is the main focus of sugarcane breeding programs and depends on the sugarcane production harvest in the field and the sugar content (sucrose) of the stalk juice. The objective of the present work was to identify genomic and functional microsatellites markers associated to yield components (height, diameter, weight and stalk number), productivity and quality parameters (Brix, Fibre, Pol%Cane) in a progeny derived from a cross of the elite clone IACSP95-3018 and the variety IACSP93-3046, both from the IAC Sugarcane Breeding Program. The genetic map was composed by 175 single dose markers distributed onto 58 linkage groups (LG). The map coverage was 1525 centiMorgans with an average distance between markers of 8.71 centiMorgans (cM) and length of the LG ranging from 1 to 72 cM. The 58 LG gave rise to 9 homology groups. Single marker trait association analysis was performed with the single dose markers to identify putative QTLs associated with the phenotypic measures obtained at plant cane and ratoon cane. A total of 69 (25%) maker/trait associations (P<0.05) was detected, of which, 32 (46%) at plant cane, 37 (54%) at ratoon cane and 6 (9%) at both cycles. These associations were derived from 47 microsatellite loci. For the yield components and productivity 38 associations was found and 2 at both cycles while for the quality parameters 22 associations were detected and 2 at both cycles. For the EST derived markers, some associations showed a relation between the function of de gene of which it was derived with the phenotypic trait. For such associations, although the marker effects were low, it is probable that these markers contribute to the respective phenotypic trait

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3353732 bytes, checksum: c5790f6e05ae09dfbd6df05a41f56053 (MD5) Previous issue date: 2009-08-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The first part of this work involved the development and genetic mapping of a new battery of microsatellites for Eucalyptus derived from ESTs. Screening of 232 microsatellites derived from ESTs was carried out using a panel of 12 individuals corresponding to the parents used for population development in the Genolyptus project. Among the successfully amplified loci, 78% were polymorphic and showed complete inter-specific transferability. Thirty six loci were selected for mapping based on the amplicon size (< 400 pb), repeat motif and positive BLAST with interesting genes in public databases. With the objective of mapping, 36 loci were evaluated with regard to polymorphism and segregation in a reference segregating population derived from a cross between E. grandis x E. urophylla. The proportion of loci segregating in a fully informative configuration was about 40% lower than the one seen for microsatellites derived from genomic-enriched libraries. In spite of a relatively lower genetic information content, these loci are interesting for mapping, as they correspond to genes, allowing comparative mapping and potential co-location with QTL. Among the informative loci, 20 were successfully mapped in the particular reference mapping population. These mapped loci were characterized for polymorphism information content. Although EST derived microsatellites are generally less informative than those derived from non coding genomic regions they can be effectively used for individual identification, paternity analysis, evaluation of genetic diversity, certification of controlled crosses, genetic mapping and marker-assisted selection. In the second part of this work the coincidence in QTL detection was investigated by comparing the position and magnitude of effect of QTLs for wood and growth properties in three partially connected segregating populations of Eucalyptus spp. in two contrasting environments (Guanhães-MG and Guaíba-RS) over 3,000 km apart in a north-south latitude gradient. The families studied were: (E. camadulensis) x (E. urophilla x E. globulus), C1 x UGL, (E. dunnii x E. grandis) x (E. urophylla x E. globulus), DG x U2, and (E. dunnii x E. grandis) x (E. uropyilla), DG x UGL. Microsatellite markers flanking QTLs mapped in previous studies in these three families in Guaíba-RS were selected for the coincidence study. These markers were mapped using different sets of individuals from the same three families planted in Guanhães-MG. QTLs for eight quantitative traits related to wood and growth properties were studied. Two QTL (height and depth of pilodyn penetration, i.e. wood density) were detected in common for the two environments in the UGL parent (cross C1 x UGL); two (lignin content and pulp yield) in parents DG and U2 respectively (cross DG x U2) and four QTLs (two for diameter at breast height, one for height and one for volume), two of them colocalized with QTLs for biologically correlated traits (r > 0.8), in the parent UGL (cross DG x UGL). Furthermore, three QTLs (diameter at breast height, height and pilodyn penetration depth) located on linkage group 6 of the parent UGL were stable across the different genetic backgrounds and environments. Results indicate that QTLs of major effect for wood property traits are consistently detected in contrasting environments and/or different genetic backgrounds, suggesting that environmental variability and genetic background did not have a detectable impact on the action of the genes or genomic regions underlying these QTL, while other QTLs detected only in one of the environments are possibly under strong environmental interaction. These novel results are relevant, given that they provide target regions for marker assisted selection within families and starting point for association genetics studies. / No primeiro capítulo desta tese, foi desenvolvido e geneticamente mapeado um novo conjunto de microssatélites para Eucalyptus spp. derivados de EST (Expressed Sequence Tag). Foi feita uma triagem de 232 microssatélites derivados de EST utilizando-se um painel de 12 indivíduos correspondendo aos parentais das populações segregantes do projeto Genolyptus. Dentre os locos amplificados com sucesso, 78% foram polimórficos e apresentaram um nível elevado de transferibilidade interespecífica. Trinta e seis locos foram selecionados para mapeamento com base no tamanho dos segmentos amplificados (< 400 pb), motivos de repetição e BLAST positivo com genes de interesse em bancos públicos de dados. Com o objetivo de mapeamento, os 36 locos foram avaliados quanto ao polimorfismo e a segregação em uma população de referência envolvendo os parentais E. grandis x E. urophylla, verificando-se que a quantidade de locos totalmente informativos foi cerca de 40% menor quando comparados com microssatélites derivados de bibliotecas genômicas enriquecidas. Apesar da menor hipervariabilidade estes locos são interessantes para mapeamento, pois correspondem a regiões gênicas, possibilitando mapeamento comparativo e potencial colocalização de genes com QTLs. Dos locos em configuração informativa de segregação, 20 foram mapeados com sucesso. Estes locos mapeados foram caracterizados quanto ao seu conteúdo de informação para análise genética. Embora os microssatélites derivados de EST sejam menos polimórficos que os microssatélites derivados de sequências não codificantes, ainda assim eles podem ser utilizados com eficiência na discriminação de indivíduos, estudos de parentesco, avaliação de diversidade genética, mapeamento genético e seleção assistida por marcadores. O segundo capítulo teve como objetivo a verificação da coincidência de detecção de QTLs por meio da comparação da posição genômica e magnitude de efeito de QTLs para características silviculturais de crescimento e de qualidade da madeira em amostras de descendentes de três famílias segregantes de Eucalyptus spp. em dois locais experimentais contrastantes (Guanhães- MG e Guaíba- RS). As famílias estudadas foram: (E. camadulensis) x (E. urophilla x E. globulus), C1 x UGL, (E. dunii x E. grandis) x (E. urophilla x E. globulus), DG x U2, e (E. dunii x E. grandis) x (E. urophilla), DG x UGL. Primeiramente foram selecionados marcadores microssatélites flanqueantes e internos às regiões de QTL mapeados em experimentos anteriores para estas três famílias oriundas do ambiente de Guaíba-RS. Posteriormente mapeou-se estes marcadores utilizando-se diferentes indivíduos destas mesmas três famílias oriundos do ambiente de Guanhães-MG. Foram estudados QTLs para oito características quantitativas relacionadas com desempenho silvicultural e qualidade da madeira. Detectou-se dois QTLs (altura e profundidade de penetração do Pilodyn) em comum para os dois ambientes, no genitor UGL da família C1 x UGL; dois QTLs (teor de lignina e rendimento depurado) nos genitores DG e U2 respectivamente, do cruzamento DG x U2 e quatro QTLs (dois para diâmetro à altura do peito, um para altura e um para volume) no genitor UGL, do cruzamento DG x UGL, sendo que dois destes se colocalizaram com QTLs para características biologicamente correlacionadas (r > 0,8). Ainda, três QTLs (diâmetro à altura do peito, altura e profundidade de penetração do Pilodyn) localizados no grupo de ligação 6 do genitor UGL se mostraram estáveis entre os diferentes backgrounds genéticos e ambientes. Os resultados indicam que QTLs de maior efeito para características de qualidade da madeira são detectados em ambientes contrastantes e/ou entre diferentes backgrounds genéticos, sugerindo que a variabilidade ambiental e de background genético não teve impacto detectável sobre a expressão dos genes presentes nestes QTLs. Estes resultados inéditos para Eucalyptus são relevantes, pois fornecem regiões alvo interessantes para a seleção assistida dentro de famílias via seleção para QTLs ou ainda como ponto de partida para estudos de genética de associação.

Submitted by Paulo Henrique Jorge (paulohj@ibb.unesp.br) on 2016-09-21T21:22:43Z No. of bitstreams: 1 Tese Paulo.pdf: 2340897 bytes, checksum: 4d1a3bab6d4520ebb58d8720feafa105 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-09-22T18:14:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 jorge_ph_me_bot.pdf: 2340897 bytes, checksum: 4d1a3bab6d4520ebb58d8720feafa105 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-22T18:14:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jorge_ph_me_bot.pdf: 2340897 bytes, checksum: 4d1a3bab6d4520ebb58d8720feafa105 (MD5) Previous issue date: 2016-02-25 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A pirapitinga, Piaractus brachypomus (Characiformes, Serrasalmidae), é um peixe de ocorrência na bacia Amazônica e uma das principais espécies nativas utilizadas para a produção em aquicultura. O principal objetivo deste estudo foi realizar o sequenciamento do transcriptoma de P. brachypomus por meio de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e, em seguida, caracterizar um conjunto de marcadores microssatélites para esta espécie. Além disso, marcadores microssatélites polimórficos foram usados para realizar a análise da variabilidade genética em estoques cultivados de pirapitinga. O sequenciamento do transcriptoma foi realizado por meio da tecnologia 454/Roche, que resultou em 3.696 contigs não reduntantes (nr). Destes 2.568 genes com correspondência no banco de proteínas (nr) foram caracterizados nas categorias de Gene Ontology (GO), sendo que 2.075 sequências (80,8%) foram anotadas em termos GO. Dos 30 loci de microssatélites, após o processo validação, 8 loci de microssatélites demonstraram polimorfismo. A análise desses marcadores polimórficos em estoques cultivados revelou que as pisciculturas do Norte apresentaram uma maior variabilidade genética (riqueza de alelos e heterozigosidade) do que as Pisciculturas do Sudeste. Além disso, os resultados da AMOVA demonstraram que a maior variação estava presente dentro das populações (62,5%). Entretanto, quando comparado os grupos de acordo com a origem (Selvagem, Pisciculturas do Norte e Pisciculturas do Sudeste), foi verificada uma variação considerável (31,76%) entre os grupos. Estes dados foram corroborados com os valores de Fst, pois houve alta estruturação genética entre os estoques cultivados e a população selvagem, bem como também entre as Pisciculturas do Norte e do Sudeste. A estratégia de sequenciamento do transcriptoma por NGS se demonstrou eficaz na prospecção de marcadores moleculares, além de gerar um alto volume de recursos genéticos para serem explorados em diversas áreas da biologia. Os microssatélites gerados nesse estudo são importantes ferramentas para serem empregadas no manejo genético de estoques de reprodutores cultivados, o que poderá aumentar a produtividade em sistemas de produção e gerar um alto valor agregado do pescado com qualidade genética. / The pirapitinga, Piaractus brachypomus (Characiformes, Serrasalmidae), is a fish that occurrs in the Amazon basin and it is considered as one of the main native species used for production in aquaculture in South America. The main objectives of this study were: 1) to perform the transcriptome sequencing of P. brachypomus through Next Generation Sequencing (NGS) and then characterize a set of microsatellite markers for this species; 2) to apply microsatellite polymorphic markers for analysis of genetic variability in cultured stocks of pirapitinga. The transcriptome sequencing was carried out through the Roche/454 technology, which resulted in 3,696 non-redundant (nr) contigs. Of these total, 2,568 genes had similarity in the protein database nr (Genbank) and were characterized in the categories of Gene Ontology (GO), with 2,075 sequences (80.8%) annotated in GO terms. After the validation process of 30 microsatellite loci, 8 microsatellite markers showed polymorphism. The analysis of these polymorphic markers in cultured stocks revealed that the Northern fish farms had a higher genetic diversity (allele richness and heterozygosity) than the Southeastern fish farms. In addition, the AMOVA results demonstrated the highest variation present within the populations (62.5%). However, when comparing the groups according to the geographic distribution (Wild, North Fish farms and fish farms in the Southeast), it was observed a considerable variation (31.76%) among the groups. The Fst values showed there is a genetic structure among the broodstocks analyzed. Microsatellites generated by transcriptome sequencing in this study are important tools to be used in the genetic management of cultivated breeding stocks, as well to identify different gene banks, which might provide a basis for a genetic pre-breeding program in pirapitinga. / FAPESP: 2014/05732-2

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: The pirapitinga, Piaractus brachypomus (Characiformes, Serrasalmidae), is a fish that occurrs in the Amazon basin and it is considered as one of the main native species used for production in aquaculture in South America. The main objectives of this study were: 1) to perform the transcriptome sequencing of P. brachypomus through Next Generation Sequencing (NGS) and then characterize a set of microsatellite markers for this species; 2) to apply microsatellite polymorphic markers for analysis of genetic variability in cultured stocks of pirapitinga. The transcriptome sequencing was carried out through the Roche/454 technology, which resulted in 3,696 non-redundant (nr) contigs. Of these total, 2,568 genes had similarity in the protein database nr (Genbank) and were characterized in the categories of Gene Ontology (GO), with 2,075 sequences (80.8%) annotated in GO terms. After the validation process of 30 microsatellite loci, 8 microsatellite markers showed polymorphism. The analysis of these polymorphic markers in cultured stocks revealed that the Northern fish farms had a higher genetic diversity (allele richness and heterozygosity) than the Southeastern fish farms. In addition, the AMOVA results demonstrated the highest variation present within the populations (62.5%). However, when comparing the groups according to the geographic distribution (Wild, North Fish farms and fish farms in the Southeast), it was observed a considerable variation (31.76%) among the groups. The Fst ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Resumo: A produção de açúcar por hectare constitui o foco principal dos programas de melhoramento de cana-de-açúcar e depende tanto da produção da cana colhida no campo como da concentração de açúcar (sacarose) contida no colmo. O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores microssatélites genômicos e funcionais associados aos componentes de produção (altura, diâmetro, peso e número de colmos), produtividade e parâmetros de qualidade em cana-de-açúcar (Brix, Fibra, Pol%Cana), com base em uma progênie proveniente do cruzamento entre o clone IACSP95-3018 e a cultivar IACSP93-3046 ambos do Programa de Melhoramento Cana IAC. O mapa de ligação foi composto por 175 marcadores em dose única distribuídos em 58 grupos de ligação (GL) com cobertura de 1525 centiMorgans e distância média entre os marcadores de 8,71 centiMorgans. O comprimento dos grupos de ligação variou de 1 a 72 centiMorgans. Os 58 GL deram origem a 9 grupos de homologia. Com os marcadores em dose única foi feita uma análise de marca simples para a identificação de QTLs putativos associados as medidas fenotípicas obtidas em cana planta e cana soca. No total foram detectadas 69 (25%) associações marcador/característica fenotípica (P<0.05) das quais, 32 (46%) em cana planta, 37 (54%) cana soca e 6 (9%) em ambos os ciclos. Estas associações foram derivadas de 47 locos de microssatélites. Para os componentes de produção e produtividade foram encontradas 38 associações e duas em ambos os ciclos (planta e soca) enquanto para os parâmetros de qualidade foram detectadas 22 associações e duas em ambos os ciclos. Para os marcadores derivados de seqüências expressas, algumas associações mostraram uma relação entre a função do gene do qual o marcador foi derivado com à característica fenotípica associada. Para estas associações, apesar dos marcadores terem apresentado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Sugar production per hectare is the main focus of sugarcane breeding programs and depends on the sugarcane production harvest in the field and the sugar content (sucrose) of the stalk juice. The objective of the present work was to identify genomic and functional microsatellites markers associated to yield components (height, diameter, weight and stalk number), productivity and quality parameters (Brix, Fibre, Pol%Cane) in a progeny derived from a cross of the elite clone IACSP95-3018 and the variety IACSP93-3046, both from the IAC Sugarcane Breeding Program. The genetic map was composed by 175 single dose markers distributed onto 58 linkage groups (LG). The map coverage was 1525 centiMorgans with an average distance between markers of 8.71 centiMorgans (cM) and length of the LG ranging from 1 to 72 cM. The 58 LG gave rise to 9 homology groups. Single marker trait association analysis was performed with the single dose markers to identify putative QTLs associated with the phenotypic measures obtained at plant cane and ratoon cane. A total of 69 (25%) maker/trait associations (P<0.05) was detected, of which, 32 (46%) at plant cane, 37 (54%) at ratoon cane and 6 (9%) at both cycles. These associations were derived from 47 microsatellite loci. For the yield components and productivity 38 associations was found and 2 at both cycles while for the quality parameters 22 associations were detected and 2 at both cycles. For the EST derived markers, some associations showed a relation between the function of de gene of which it was derived with the phenotypic trait. For such associations, although the marker effects were low, it is probable that these markers contribute to the respective phenotypic trait / Orientador: Dilermando Perecin / Coorientadora: Luciana Rossini Pinto / Banca: Silvana Aparecida Creste Dias de Souza / Banca: Sandra Helena Unêda Trevisoli / Mestre