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Avaliação do diagnóstico laboratorial de melioidose no Ceará

Lima, Leoniti Dantas Queiroz 30 January 2017 (has links)
Made available in DSpace on 2019-03-30T00:11:52Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-01-30 / Melioidosis is an emerging highly lethal infectious disease caused by Burkolderia pseudomallei, whose worldwide distribution is expanding. Its detection at Brazil is underestimated, although the country is already considered endemic. Ceará presents 94% of the cases diagnosed at Brazil. Potentially mimicking and with laboratory confirmatory diagnosis, its detection is made difficult by the lack of knowledge of health professionals and adequate laboratory structure. This study analyzed the capacity diagnostic of melioidosis at the state of Ceará. The laboratory network of the city of Fortaleza was analyzed through structured questionnaires of the capacity diagnostics: identified microorganisms; specimens analyzed; transport and storage of sample; processing and identification of bacteria; waste disposal; registration and notification of data. Another stage analyzed the diagnosis of confirmed cases of the disease in the period of 2003 to 2016: general characteristics of the cases, diagnostic criteria, diagnostic method used, time of diagnosis, clinical aspects of the cases, laboratories and hospitals in the occurrence of clinical cases. The study showed that only four of the nine laboratories evaluated have identified B. pseudomallei. The VITEK 2 automated system that has bacterial detection capability is used by seven laboratories. There is no attempt to reisolate the bacteria on suspected contamination plaques in seven laboratories, which may hinder the routine identification of B. pseudomallei. Twenty nine cases of melioidosis were diagnosed between 2003 and 2015. The microbiological diagnosis was made in 86% (25) of clinical cases and 14% (4) according to clinical-epidemiological criteria. The VITEK 2 automated method was responsible for 82% (22) of the bacterial identification. Fifty two percent of the cases diagnosed in Ceará between years 2003 to 2016 occurred after death. The State of Ceará doesn¿t have adequate diagnostic capacity to detect melioidosis in laboratories. It is necessary to improve the laboratory structure and develop strategies that facility the knowledge of the disease by health professionals, especially physicians and microbiologists. Keywords: Burkholderia pseudomallei; melioidosis; diagnosis. / Melioidose é uma doença infecciosa emergente e de elevada letalidade, causada pela Burkolderia pseudomallei cuja distribuição mundial encontra-se em expansão. Sua detecção no Brasil é subestimada, embora o país já seja considerado endêmico. O Ceará apresenta 94% dos casos diagnosticados no Brasil. Potencialmente mimetizadora e com diagnóstico confirmatório laboratorial, sua detecção é dificultada pela falta de conhecimentos dos profissionais de saúde e de estrutura laboratorial adequada. Esse estudo analisou a capacidade de diagnóstico da melioidose no Ceará. A rede laboratorial da cidade de Fortaleza foi analisada através de questionários estruturados sobre a capacidade de diagnóstico: microrganismos identificados; espécimes analisados; transporte e armazenamento de amostra; processamento e identificação de bactérias; descarte de cepas; registro e notificação de dados. Outra etapa analisou o diagnóstico dos casos confirmados da doença entre o período de 2003 a 2016: características gerais dos casos, critério diagnóstico, método diagnóstico utilizado, tempo do diagnóstico, aspectos clínicos dos casos, laboratórios e hospitais de ocorrência dos casos clínicos. O estudo evidenciou que somente quatro dos nove laboratórios avaliados já identificaram a B. pseudomallei. O sistema automatizado VITEK 2, que possui capacidade de detecção da bactéria, é utilizado por sete laboratórios. Não há tentativa de reisolamento de bactérias em placas suspeitas de contaminação em sete laboratórios, o que pode dificultar a identificação rotineira de B. pseudomallei. Vinte e nove casos de melioidose foram diagnosticados entre o período de 2003 e 2015. O diagnóstico microbiológico ocorreu em 86% (25) dos casos clínicos e 14% (4) por critério clínico-epidemiológico. O método automatizado VITEK 2 foi responsável por 82% (22) da identificação da bactéria. Cinquenta e dois por cento dos casos diagnosticados no Ceará, entre os anos de 2003 e 2016, ocorreram após o óbito. O Estado do Ceará não apresenta capacidade diagnóstica adequada para detectar melioidose em seus laboratórios. Há necessidade de melhorar a estrutura laboratorial e desenvolver estratégias que facilitem o conhecimento da doença pelos profissionais de saúde, especialmente médicos e microbiologistas. Palavras-chave: Burkholderia pseudomallei; melioidose; diagnóstico.
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Perfil diferencial sérico de paciente em tratamento para melioidose : um estudo de caso

Neto, José Baptista de Sant'Ana 31 January 2018 (has links)
Made available in DSpace on 2019-03-30T00:18:47Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2018-01-31 / Melioidosis is a non-contagious infectious disease caused by the Gram-negative bacterium Burkholderia pseudomallei, with a greater number of cases occurring mainly in Northeast of Thailand and North of Australia, already in Brazil it permeates all the State of Ceará although its extension is not known with precision in the country. It can evolve asymptomatically, acutely with sepsis until chronification. It mimics numerous other diseases, which due to lack of clinical and laboratory knowledge are erroneously identified. In view of its high morbidity and mortality aggravated when it occurs with risk factors such as diabetes mellitus, which is especially potentiating the disease, the need for an efficient diagnosis is necessary, where time is the main obstacle, given the delay in generating - a result is obtained by the commonly used assays. Being the mass spectrometry and its other approaches, tool of improvement of the results, having great prominence that refers to the sensitivity, precision and speed of analysis, allowing the identification of thousands of proteins, through the analysis of qualitative - quantitative differential expression of protein profiles in different samples. Therefore, from this scenario, the elaboration of this study is justified when it is necessary to add another analytical method, which improves the laboratory diagnosis and consequently broadens the research options, which aim to subsidize clinical management, in the form of a characteristic protein profile of the disease, supporting better approaches to allow the correct and early diagnosis of melioidosis. The cross-sectional study led to a protein profile from a clinical serum sample, confirmed for melioidosis, obtained at different moments of the pharmacotherapeutic follow-up, elucidating a possible protein panel for this infection, through a differential analysis of the proteins expressed through the technique ESI-TOF/MS. Differentially expressed acute-chronic phase proteins were detected. It was concluded that the technique used here was useful to detect a protein profile of interest in the clinical course, aiming to reduce the response time to the therapeutic approach, however, more studies are needed as more patients to investigate other expressed proteins, as well as from the perspective of the pathogen, further expanding knowledge and improving databases that involve melioidosis. Keywords: Melioidosis. Biomarkers. Mass Spectrometry. / A melioidose é uma doença infecciosa não contagiosa causada pela bactéria Gram-negativa Burkholderia pseudomallei, com maior número de casos ocorrendo principalmente no Nordeste da Tailândia e Norte da Austrália. Já no Brasil permeia todo o estado do Ceará, embora não se saiba com precisão sua extensão no país. Pode evoluir de forma assintomática, aguda, comumente com sepse, até a cronificação. Mimetiza inúmeras outras doenças,que, por falta de conhecimento clínico-laboratorial, são erroneamente identificadas. Diante de sua alta morbidade e mortalidade, agravadas quando ocorrida com fatores de risco, como diabetes mellitus, principal potencializador da doença, a necessidade de uma diagnose eficientes e faz necessária, em que o tempo é o principal obstáculo, haja vista a demora de gerar-se um resultado através dos ensaios comumente utilizados. A espectrometria de massas e suas demais abordagens são ferramentas de aperfeiçoamento dos resultados, destacando-se o que se refere à sensibilidade, precisão e velocidade de análise. Essa técnica permite a identificação de milhares de proteínas, por meio da análise da expressão diferencial qualitativo-quantitativa dos perfis proteicos em diferentes amostras. Portanto, a partir desse cenário, a elaboração deste estudo se justifica pela necessidade de adicionar mais um método analítico, que melhore a diagnose laboratorial e, consequentemente, amplie as opções de investigação, que visam subsidiar o manejo clínico, na forma de um perfil proteico característico da doença, suportandomelhores abordagens para permitir o diagnóstico correto e precoce da melioidose. O estudo transversal suscitou em um perfil proteico, oriundo de uma amostra clínica de soro, confirmada para melioidose, obtida em momentos distintos do seguimento farmacoterapêutico, elucidando possível painel proteico para essa infecção, através de análise diferencial das proteínas expressas por meio da técnica de ESI-TOF/MS. Foram detectadasproteínas de fase agudo-crônicadiferencialmente expressas. Conclui-se, então, que a técnica aqui utilizada foi útil na detecção de perfil proteico de interesse para conduta clínica, visando reduzir o tempo de resposta à abordagem terapêutica. Entretanto, mais estudos são necessários, commaior número de pacientes, para investigar outras proteínas expressas, comotambém, pela perspectiva do patógeno, para que se possa expandir ainda mais o conhecimento e melhoraros bancos de dados que envolvem melioidose. Palavras-chaves: Melioidose. Biomarcadores. Espectrômetro de Massas.
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Caracterização fenotípica e genotípica, sensibilidade a antimicrobianos e detecção de genes de virulência de cepas clínicas e ambientais de Burkholderia pseudomallei

Bandeira, Tereza de Jesus Pinheiro Gomes January 2011 (has links)
BANDEIRA, Tereza de Jesus Pinheiro Gomes. Caracterização fenotípica e genotípica, sensibilidade a antimicrobianos e detecção de genes de virulência de cepas clínicas e ambientais de Burkholderia pseudomallei. 2011. 151 f. Tese (Doutorado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2011. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-07-08T16:20:33Z No. of bitstreams: 1 2011_tese_tjpgbandeira.pdf: 2968543 bytes, checksum: 7ca158d99b2739cf86254cd483a4ca24 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-07-10T10:59:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_tese_tjpgbandeira.pdf: 2968543 bytes, checksum: 7ca158d99b2739cf86254cd483a4ca24 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-10T10:59:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_tese_tjpgbandeira.pdf: 2968543 bytes, checksum: 7ca158d99b2739cf86254cd483a4ca24 (MD5) Previous issue date: 2011 / Melioidose E UMA Doença infecciosa causada túmulo POR Burkholderia pseudomallei, um bacilo Gram-Negativo ENCONTRADO nenhum sozinho e na Água. A Doença endêmica e No Sudeste Asiático e hiperendêmica nenhum norte da Austrália, Onde a letalidade permanece com UMA taxa de 21%. No Brasil, è considerada UMA Doença emergente desde Marco de 2003. N.os ULTIMOS Oito Anos, 12 Casos ocorreram no Estado do Ceará e hum notificado Pelo Governo Holandês, POR SE TRATAR de hum turista Que Morreu de melioidose, APOS Visita ao Ceará. Em Razão da Ocorrência Clínica de melioidose e faça Isolamento de B. pseudomallei nenhum Ambiente do Estado do Ceará, Este Trabalho objetivou Estudar como cepas Clínicas e Ambientais de B. pseudomallei isoladas sem Estado não PERÍODO de 2003 a 2011, visando a identificar como cepas POR MÉTODOS fenotípicos e moleculares, determinar o Perfil de sensibilidade contra cinco Agentes antimicrobianos (amoxicilina / clavulanato, Ceftazidima, imipenem, doxicilina e sulfametoxazol / trimetoprim), Realizar uma genotipagem das cepas Pela amplificação aleatória de DNA polimórfico - Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), detectar o tipo de virulência Três Sistema de Secreção gene (TTSS), ALÉM de avaliar OS Aspectos clínico-epidemiológicos Que caracterizaram uma Emergência Desta Doença no Brasil. TODAS como 20 cepas (dez Clínicas e dez Ambientais) de B. pseudomallei FORAM precisamente identificadas Tanto Pela Metodologia VITEK2 ® Quanto Pelô sequenciamento da Região 16S fazer DNA, mostraram Resultado Negativo nenhum teste de assimilação de L-arabinose, e exibiram-se Positivas parágrafo fazer a detecção de genes de virulência TTSS. Como Concentrações inibitórias Mínimas (CIM), obtidas POR microdiluição los caldo Müeller-Hinton, demonstraram Opaco de Todos os Isolados (100%) sensíveis FORAM AO imipenem, à doxicilina e AO sulfametoxazol-trimetoprim, não entanto, parágrafo amoxicilina / clavulanato e Ceftazidima, um FOI sensibilidade de 80 e 90%, respectively. A Técnica de RAPD evidenciou UMA Variabilidade genética de 63% empreendedorismo como cepas de B. pseudomallei oriundas do Estado do Ceará, como cais Quais d'Orsay FORAM Agrupadas in Tres aglomerados Diferentes. Este Trabalho decerto contribuirá par o Conhecimento das Características fenotípicas e genotípicas das cepas de B. pseudomallei isoladas nenhuma Ceará e da atualização da Vigilância epidemiológica dos Casos de melioidose ocorridos no Estado, ALÉM de contribuir para à Conscientização dos Órgãos de Saúde competentes Pará a Inclusão fazer Ceará Como zona endêmica parágrafo ESTA enfermidade.
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Aspectos fenotí­picos de amostras de Burkhoderia pseudomallei isoladas de uma microepidemia do municí­pio de Tejuçuoca-Ce / Characterization phenotypic of three strains clinical of Burkholderia pseudomallei isolated in Ceara, Brazil

Virginio, Camila Gomes January 2005 (has links)
VIRGINIO, Camila Gomes. Aspectos fenotípicos de amostras de burkholderia pseudomallei isoladas de uma microepidemia no municípios de Tejuçuoca-CE. 2005. 136 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2005. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-04T13:45:00Z No. of bitstreams: 1 2005_dis_cgvirgínio.pdf: 7687643 bytes, checksum: d6c0e4ff2f09282d3738c27cd4b0bc8f (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T13:40:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2005_dis_cgvirgínio.pdf: 7687643 bytes, checksum: d6c0e4ff2f09282d3738c27cd4b0bc8f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T13:40:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2005_dis_cgvirgínio.pdf: 7687643 bytes, checksum: d6c0e4ff2f09282d3738c27cd4b0bc8f (MD5) Previous issue date: 2005 / Burkholderia pseudomallei is a Gram-negative non-fermentative bacilli, environmental saprophyte able to cause melioidosis on men and animals. The disease is considered endemic in several countries, especially in Thailand and Australia. The bacteria was isolated and identified for the first time in Brazil, february 2003, from four children that lived in a place called Tejuçuoca, Ceará. This work consists of the phenotypic characterization of 3 strains of B. pseudomallei isolated from the patients from Tejuçuoca. The main aim of this study is to compare the data from these samples with the ones from the literature. It was assessed: the colonies morphology in different culture mediums, assimilation of L-arabinose, manual and semi-automatized biochemical tests in API 20NE, antibacterial sensitivity test and diagnosis by PCR, from bacterial cultures. In the obtained results, it was observed the morphological pattern of B. pseudomallei in blood agar, chocolate, Ashdown, Mac Conkey, CLED and trypticase soy agar. The strains 1 and 3 were classified as mucoid and the strain 2 as wrinkled. The three strains had shown the usual phenotypic patterns of B. pseudomallei as much in biochemical manual tests: motility, growth at 42°C, positive oxidase and resistance to polimixin B, as in the API 20NE Diagnosis Kit. In this last one, there was difference in the esculin test among the strains, when the reading was carried out with 48 hours, which did not change on the final identification. All of the three strains were unable to metabolize the carbohydrate L-arabinose, when tested in minimum medium salts and API 20NE, which is a characteristic of virulent strains of B. pseudomallei and is also used to differ this species from B. thailandensis, that is able to use the carbohydrate. The three isolates had shown a poor sensitivity pattern from disk diffusion on TSA, which were resistant to gentamicin, cefalotin, ciprofloxacin (one strain presented intermediate resistance) and sulfa-trimethoprim; two strains presented intermediate sensitivity to ceftriaxone. All of them were sensitive to piperacilin-tazobactam, ticarcilin-clavulanate, ceftazidime, imipenem, tetracycline and chloramphenicol. A modified extraction protocol based on phenol-chloroform was used to obtain DNA and later to test it by PCR, which had shown a 718 bp product, what also confirmed the diagnosis of the organisms by molecular method. The study confirms the presence of B. pseudomallei in Brazil with similar phenotype to that described in the international literature. / A Burkholderia pseudomallei é um bacilo Gram-negativo não-fermentador, saprófita ambiental capaz de causar melioidose em homens e animais. A doença é considerada endêmica em diversos países, entre os quais destacam-se Tailândia e Austrália. Em fevereiro de 2003, ocorreu no Brasil, o primeiro isolamento e identificação da bactéria em quatro crianças da localidade de Tejuçuoca, Ceará. Este trabalho consiste na caracterização fenotípica de 3 amostras de B. pseudomallei originárias dos pacientes do município de Tejuçuoca, com o propósito de comparar os dados obtidos de tais amostras com os dados da literatura. Foram avaliados: morfologia das colônias em diferentes meios de cultivo, assimilação de L-arabinose, testes bioquímicos manuais e em sistema semi-automatizado API 20NE, teste de sensibilidade antibacteriano e diagnóstico por PCR, a partir de cultivos bacterianos. Nos resultados obtidos, foi observado o padrão morfológico característico de B. pseudomallei em ágar sangue, chocolate, Ashdown, Mac Conkey, CLED e tripticase soja. As amostras 1 e 3 foram classificadas como mucóides e a amostra 2 como rugosa. As três amostras apresentaram os padrões fenotípicos característicos de B. pseudomallei tanto nos testes bioquímicos manuais: motilidade, crescimento à 42ºC, oxidase positiva e resistência à polimixina B, como no Kit Diagnóstico API 20NE. Neste último, houve diferença na esculina entre as amostras, o que não interferiu no resultado final de identificação, quando a leitura foi realizada com 48h. Todas as três amostras foram incapazes de assimilar o carboidrato L-arabinose, quando testadas em meio sais mínimo e API 20NE, característica de amostras virulentas de B. pseudomallei e utilizada também para diferenciar esta espécie da B. thailandensis, que é capaz de assimilar este carboidrato. O padrão de sensibilidade resultante do TSA em disco difusão apresentado pelas três amostras foi o característico da espécie B. pseudomallei. Os isolados foram resistentes à gentamicina, cefalotina, ciprofloxacina (1 amostra apresentou resistência intermediária) e sulfa-trimetoprim; 2 amostras apresentaram sensibilidade intermediária à ceftriaxona. Todas as três amostras foram sensíveis à piperacilina-tazobactam, ticarcilina-ácido clavulânico, ceftazidima, imipenem, tetraciclina e cloranfenicol. Com o protocolo fenol-clorofórmio modificado de extração de DNA, a PCR apresentou banda de 718 pb, o que confirmou o diagnóstico da bactéria também por método molecular. O estudo confirma a presença da B. pseudomallei em território brasileiro, com fenotipagem semelhante à descrita na literatura internacional.
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Efeito da prometazina combinada aos antibióticos clássicos frente à forma planctônica e ao biofilme de Burkholderia pseudomallei / Effect of prometazine combined to classic antibiotics in the planktonic and biofilm form of Burkholderia pseudomallei

Vasconcelos, David Caldas 13 November 2015 (has links)
VASCONCELOS, D. C. Efeito da prometazina combinada aos antibióticos clássicos frente à forma planctônica e ao biofilme de Burkholderia pseudomallei. 2015. 84 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-01-20T14:13:27Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_dcvasconcelos.pdf: 2600778 bytes, checksum: 517035433406fc9bf380fa7e591e303e (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-01-20T14:13:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_dcvasconcelos.pdf: 2600778 bytes, checksum: 517035433406fc9bf380fa7e591e303e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-20T14:13:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_dcvasconcelos.pdf: 2600778 bytes, checksum: 517035433406fc9bf380fa7e591e303e (MD5) Previous issue date: 2015-11-13 / Among the defense mechanisms employed by Burkholderia pseudomallei are the expression of efflux pumps such as BpeAB-OprB, AmrAB-OprA and BpeEF-OprC, which are responsible for resistance to aminoglycosides, macrolides, fluoroquinolones and sulfonamides. It is therefore necessary to find adjuvants able to minimize this resistance. In this context, the phenothiazines stand out for inhibiting those pumps. This study evaluated the in vitro inhibitory activity of promethazine alone or in combination with amoxicillin, amoxicillin/clavulanate, erythromycin, sulfamethoxazole/trimethoprim, ciprofloxacin or gentamicin against B. pseudomallei in planktonic and biofilm form. The structure of B. pseudomallei biofilm, with and without addition of promethazine, was also investigated. The sensitivity was evaluated by the broth microdilution test. The minimum inhibitory concentration (MIC) was 0.78 mg / mL and the minimum biofilm elimination concentration (MBEC) was 0.78 to 3.12 mg / mL for promethazine. Moreover, the association with promethazine significantly reduced the MIC values for erythromycin, trimethoprim / sulfamethoxazole, gentamicin and ciprofloxacin, whereas the MBEC values of all antibiotics tested significantly declined in combination with promethazine (p <0.05). Through electron and confocal microscopy, we found that promethazine was able to disrupt the biofilm matrix, possibly facilitating penetration of antibiotics. Therefore, this study demonstrates the inhibitory activity of promethazine against B. pseudomallei and its synergistic effect with traditional antibiotics against biofilms. / Dentre os mecanismos de resistência demonstrados por Burkholderia pseudomallei, há o destaque para expressão de bombas de efluxo do tipo BpeAB-OprB, AmrAB-OprA e BpeEFOprC, que são responsáveis pela resistência a aminoglicosídeos, macrolídeos, fluoroquinolonas e sulfonamidas. Torna-se assim necessária a busca por adjuvantes capazes de minimizar essa resistência. Neste contexto, destacam-se as fenotiazinas, que inibem tais bombas. O presente estudo visou avaliar a atividade inibitória in vitro da prometazina isolada e em combinação com amoxicilina, amoxicilina/clavulanato, eritromicina, sulfametoxazol/trimetoprim, ciprofloxacina e gentamicina frente à forma planctônica e ao biofilme de B. pseudomallei. Foi investigada ainda a estrutura do biofilme de B. pseudomallei, com e sem adição de prometazina. A concentração inibitória mínima (CIM) foi de 0,78 mg / mL e a concentração eliminatória mínima em biofilme (CEMB) foi de 0,78 a 3,12 mg/mL para prometazina. Ademais, a associação com prometazina reduziu significativamente os valores de CIM para eritromicina, sulfametoxazol/trimetoprim, gentamicina e ciprofloxacina, enquanto que os valores de CEMB para todos os antibióticos testados apresentaram diminuição significativa em combinação com prometazina (p<0.05). Por meio de técnicas de microscopia confocal e eletrônica, observou-se que a prometazina foi capaz de desestruturar a matriz do biofilme, possivelmente auxiliando a penetração dos antibióticos. Deste modo, o presente estudo mostrou a atividade inibitória da prometazina ante a B. pseudomallei e seu efeito sinérgico com antibióicos clássicos frente aos biofilmes.
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Burkholderia pseudomallei no estado do Ceará : caracterização de reservárias / Burkholderia pseudomallei in the state of Ceará : characterization of research

Rolim, Dionne Bezerra January 2009 (has links)
ROLIM, Dionne Bezerra. Burkholderia pseudomallei no estado do Ceará : caracterização de reservárias. 2009. 156 f. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) – Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-05-18T13:23:34Z No. of bitstreams: 1 2009_ tese_dbrolim.pdf: 3141910 bytes, checksum: 3afbdab5e7f63e729d72f0de548bd1f4 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-05-18T13:27:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_ tese_dbrolim.pdf: 3141910 bytes, checksum: 3afbdab5e7f63e729d72f0de548bd1f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-18T13:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_ tese_dbrolim.pdf: 3141910 bytes, checksum: 3afbdab5e7f63e729d72f0de548bd1f4 (MD5) Previous issue date: 2009 / Melioidosis, a disease caused by the Gram-negative bacteria Burkholderia pseudomallei, is endemic in southeast Asia and in Australia and shows a sporadic distribution in other parts of the world. The disease has been described in the Americas, it is an emergent illness in Brazil, as human cases are well documented in Ceará state. This research aims to better understand the ecology of the bacteria. The study was carried out by means of an environmental search for B. Pseudomallei in the ground of the cities Tejuçuoca and Banabuiú and by a epidemiological surveillance on the local rural population. For the environmental study, soil samples were collected monthly from the surface down to 40 cm depth from January to December 2007. Five sampling sites in each municipality were chosen near to the homes of people who had melioidosis. For the serological study, serum samples of 321 inhabitants of those areas were collected, and an inquiry was taken that included data about demography, previous illnesses and activities related to exposition to water and soil. Serological titers were determined by means of an immunoenzymatic test, using microplates adsorbed with filtered antigen of B. Pseudomallei. The bacteria was found in the soil of Tejuçuoca and Banabuiú municipalities in 4.3% (26/600) of the samples. Both regions show similar geoclimatic and environmental aspects, such as soil and vegetation, rainfall index, and temperatures. Detection of B. Pseudomallei occurred in tropical semi-arid climate, with low annual pluviometric index and a shrubby “caatinga” vegetation, showing an influence of local factors enabling the survival and multiplication of the microorganism. Epidemiological surveillance showed 51.27% (161/327) for the IgM isotype and 58.49% (186/317) for IgG isotype. Frequency of IgM titers was higher among children than adults, while IgG frequency raised with age. There was a significant association between agricultural occupations and IgM (44.15%, p<0.005) and IgG titers (44.15%, p<0.005) and between construction workers and IgG titers (84.6%, p=0.005). Most samples with high titers showed reactivity to the 33 and 45 kD bands, which correspond to the polysaccharide O of the liposaccharide chain of the bacteria. / A melioidose, uma enfermidade causada pelo bacilo Gram-negativo, Burkholderia pseudomallei, é endêmica no sudeste da Ásia e na Austrália e tem distribuição esporádica em outras partes do mundo. A doença é descrita nas Américas, sendo emergente no Brasil desde que casos em humanos são bem documentados no Estado do Ceará. Esta pesquisa pretendeu compreender melhor a ecologia da bactéria por meios da caracterização de suas reservárias. O estudo foi realizado em uma pesquisa ambiental de B. pseudomallei no solo dos Municípios de Tejuçuoca e Banabuiú e na realização de inquérito soro-epidemiológico para a população rural residente nesses locais. Para o estudo ambiental, foram coletadas amostras mensais de solo da superfície até 40 cm de profundidade durante o período de janeiro a dezembro do ano de 2007. Cinco sítios de coleta em cada município, delimitados na residência de pessoas que tiveram melioidose. Para a realização do estudo sorológico, foram coletadas amostras de soro de 321 residentes nessas áreas e efetivado inquérito, que incluiu informações sobre dados demográficos, história de doenças prévias e atividades com exposição relativas a solo e água. A determinação dos títulos sorológicos de anticorpos foi realizada mediante teste imunoenzimático, utilizando microplacas adsorvidas com antígeno filtrado de B. pseudomallei. A bactéria foi encontrada no solo dos Municípios de Tejuçuoca e Banabuiú em 4,3 % (26/600) das amostras investigadas. As duas regiões apresentaram aspectos geoclimáticos e componentes ambientais, como tipo de solo e vegetação, índice pluviométrico, temperatura similares entre si. A detecção de B. pseudomallei ocorreu em clima tropical semi-árido, com índice pluviométrico anual baixo e vegetação de caatinga arbustiva, demonstrando influência de fatores locais que facilitam a sobrevivência e multiplicação do microorganismo. O inquérito sorológico evidenciou 51, 27% (161/327) para oisotipo IgM e 58,49 % (186/317) para o isotipo IgG. A freqüência dos títulos de IgM foi maior em crianças do que em adultos, enquanto a freqüência de IgG aumentou com a idade. Houve associação significativa entre a ocupação em atividades de agricultura e os títulos de IgM (44.15%, p<0.005) e de IgG (44.15%, p<0.005) e entre trabalhadores de construção civil e os títulos de IgG (84.6%, , p=0.005). A maioria das amostras com títulos elevados mostrou reatividade com as banda na posição 33 a 45 kD que correspondem ao polissacarídeo O da cadeia do lipossacarídeo da bactéria.
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Identificação molecular de cepas clínicas e ambientais de Burkholderia pseudomallei, oriundas do estado do Ceará : análise baseada nas regiões 16S e 16S-23S do DNA ribossômico nuclear / Molecular identification of clinical and strains environmental Burkholderia pseudomallei, from the State of Ceará : based on analysis regions 16S and 16S-23S ribosomal DNA nuclear

Couto, Manuela Soares January 2009 (has links)
COUTO, Manuela Soares. Identificação molecular de cepas clínicas e ambientais de Burkholderia pseudomallei, oriundas do Estado do Ceará : análise baseada nas regiões 16S e 16S-23S do DNA ribossômico nuclear. 2099.0107 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2009. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-12-05T14:02:29Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_mscouto.pdf: 1672949 bytes, checksum: f161d01fb64b6c9b0e6980b0190093b1 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2013-12-05T14:03:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_mscouto.pdf: 1672949 bytes, checksum: f161d01fb64b6c9b0e6980b0190093b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-05T14:03:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_mscouto.pdf: 1672949 bytes, checksum: f161d01fb64b6c9b0e6980b0190093b1 (MD5) Previous issue date: 2009 / Melioidosis is a potentially fatal disease caused by the bacterium Burkholderia pseudomallei, considered emerging in Brazil since the first cases were reported in 2003, on State of Ceará. This study aimed to perform the molecular identification of 31 isolates of B. pseudomallei (26 clinical and 5 environmental) maintained in the culture collection of CEMM (Specialized Center for Medical Mycology), based on sequences 16S and 16S-23S rRNA. The DNA of these samples was extracted with the kit Wizard ® Genomic DNA Purification (Promega), quantified by spectrophotometry and stored at 4°C. The amplification of a fragment of 302 bp of 16S-23S rRNA specific to B. pseudomallei was performed by PCR reaction with primers Bp1 and Bp4. The sequencing of 16S and 16S-23S rRNA was performed by using of the kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). The phylogenetic tree of 16S rRNA and the sequence identity matrix and sequence difference count matrix based on the 16S-23S rRNA were generated by the program MEGA4, version 4.1. The results confirmed the identification of 15 strains of B. pseudomallei (5 clinical and 10 environmental), which represents 48.4% of the isolates analyzed in this study. The phylogenetic tree based on 16S rRNA shows that the clinical and environmental isolates of B. pseudomallei of State of Ceará are evolutionarily clustered with the strains B. pseudomallei MSHR346 (Australia), B. pseudomallei 1106a (Thailand), B. pseudomallei K96243 (Thailand), B. pseudomallei 1710b (Thailand) and B. pseudomallei 668 (Australia). Using the same extraction kit was possible to extract DNA from B. pseudomallei directly from clinical specimen (bronchoalveolar lavage), confirming a new case of melioidosis in Ubajara/CE. In this study, the use of PCR for amplification of a fragment of 302 bp of 16S-23S rRNA identified correctly B. pseudomallei, and to confirm the discrimination between B. pseudomallei and B. mallei, the sequencing of the 16S and 16S-23S rRNA genes was performed. The technique of PCR coupled with sequencing of 16S and 16S-23S rRNA resulted in a high sensitivity and specificity of detection of B. pseudomallei in this study. / A melioidose é uma doença potencialmente fatal causada pela bactéria Burkholderia pseudomallei, sendo considerada emergente no Brasil desde que os primeiros casos foram reportados em 2003, no Estado do Ceará. Este estudo pretendeu realizar a identificação molecular de 31 isolados de B. pseudomallei (cinco clínicos e 26 ambientais) mantidos na coleção de culturas do CEMM (Centro Especializado em Micologia Médica), com base nas sequências 16S e 16S-23S DNAr. O DNA destas amostras foi extraído com o kit Wizard® Genomic DNA Purification (Promega), quantificado por espectrofotometria e armazenado a 4ºC. A amplificação de um fragmento de 302 pb da região espaçadora 16S-23S DNAr específico para B. pseudomallei foi realizada por meio de reação de PCR com os primers Bp1 e Bp4. O sequenciamento das regiões 16S e 16S-23S DNAr foi realizado pelo método da terminação da cadeia pelo didesoxinucleotídeo, usando-se o kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). A árvore filogenética da região 16S DNAr e as matrizes sequência identidade e contagem de diferenças baseadas na região 16S-23S DNAr foram geradas pelo programa MEGA4, versão 4.1. Os resultados confirmaram a identificação de 15 cepas de B. pseudomallei (cinco clínicas e dez ambientais), o que corresponde a 48.4% dos isolados em estudo. A árvore filogenética baseada na região 16S DNAr demonstra que os isolados clínicos e ambientais de B. pseudomallei do Estado do Ceará são evolutivamente agrupados com as cepas B. pseudomallei MSHR346 (Austrália), B. pseudomallei 1106a (Tailândia), B. pseudomallei K96243 (Tailândia), B. pseudomallei 1710b (Tailândia) e B. pseudomallei 668 (Austrália). Com a utilização do mesmo kit de extração também foi possível extrair DNA de B. pseudomallei diretamente de espécime clínico (lavado brônquico), confirmando um novo caso de melioidose no Município de Ubajara/CE. Em nosso estudo, o uso da PCR para a amplificação de um fragmento de 302 pb da região 16S-23S DNAr identificou corretamente B. pseudomallei, sendo que para confirmar a discriminação entre B. pseudomallei e B. mallei, o sequenciamento das regiões 16S e 16S-23S DNAr foi realizado. A técnica de PCR aliada ao sequenciamento das regiões 16S e 16S-23S do DNA ribossômico nuclear resultaram em uma elevada sensibilidade e especificidade de detecção de B. pseudomallei neste estudo.
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Estudo epidemiológico do primeiro surto de melioidose no Brasil / Epidemiological study of the first outbreak of melioidosis in Brazil

Rolim, Dionne Bezerra January 2004 (has links)
ROLIM, Dionne Bezerra. Estudo epidemiológico do primeiro surto de melioidose do Brasil. 2004. 82 f. Dissertação (Mestrado em Saúde Pública) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2004. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-12-16T12:59:23Z No. of bitstreams: 1 2004_dis_dbrolim.pdf: 1239463 bytes, checksum: 739b80472e10a04a7fc8bbce9f58ba91 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2013-12-16T12:59:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2004_dis_dbrolim.pdf: 1239463 bytes, checksum: 739b80472e10a04a7fc8bbce9f58ba91 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-16T12:59:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2004_dis_dbrolim.pdf: 1239463 bytes, checksum: 739b80472e10a04a7fc8bbce9f58ba91 (MD5) Previous issue date: 2004 / The first melioidosis outbreak in Brazil happened when four adolescents presented a severe case of the disease, with pneumonia and sepsis, in a small rural community in the Northeast of Brazil, in February 2003. Burkolderia pseudomallei were identified through blood culture in one case, firstly using conventional methods and then confirmed by PCR. The diagnosis was presumptive in the other three cases. The preliminary epidemiological investigation identified the possible contributing factors: onset of the symptoms during the rainy season, exposure of the cases to the soil and water in leisure activities, presence of a river dam close to the residence, the area around the house had been exposed to heavy rain two days before the symptoms, and the house had dirt floor. The fact that the children got sick on the same day, points to a possible common and simultaneous exposure. The dam was identified as the most probable place of contamination, and the transmission mechanism might have happened through aspiration, inhalation or ingestion of water from the dam. The recent outbreak rises the important questioning about the existence of the disease in Brazil, and shows the need of a detailed environmental study to understand its occurrence. / O primeiro surto de melioidose no Brasil ocorreu quando quatro adolescentes apresentaram forma grave da doença, com pneumonia e sepse, numa pequena comunidade rural do Nordeste do Brasil, em fevereiro de 2003. Burkolderia pseudomallei foi identificada, em cultura de sangue em um caso, inicialmente por métodos convencionais e confirmado por amplificação de ácido nucléico (PCR). O diagnóstico foi presumível nos outros três casos. A investigação epidemiológica preliminar identificou os possíveis fatores contribuintes: início dos sintomas durante período chuvoso,exposição dos casos a solo e água em atividades de lazer, presença de barragem de um rio próximo ao domicílio, área ao redor do domicílio exposta a grande chuva dois dias antes dos sintomas e casa com piso de terra. O fato das crianças adoecerem no mesmo dia aponta para uma possível exposição comum e simultânea. A barragem foi identificada como o local mais provável da contaminação e o mecanismo de transmissão possivelmente pode ter ocorrido por aspiração, inalação ou ingestão de água da barragem. O recente surto levanta o questionamento sobre a existência da doença no Brasil e mostra a necessidade de estudo ambiental detalhado para compreender sua ocorrência.
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Aspectos fenotÃÂpicos de amostras de Burkhoderia pseudomallei isoladas de uma microepidemia do municÃÂpio de TejuÃÂuoca-Ce. / Characterization phenotypic of three strains clinical of Burkholderia pseudomallei isolated in Ceara, Brazil

Camila Gomes Virginio 01 April 2005 (has links)
CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A Burkholderia pseudomallei à um bacilo Gram-negativo nÃo-fermentador, saprÃfita ambiental capaz de causar melioidose em homens e animais. A doenÃa à considerada endÃmica em diversos paÃses, entre os quais destacam-se TailÃndia e AustrÃlia. Em fevereiro de 2003, ocorreu no Brasil, o primeiro isolamento e identificaÃÃo da bactÃria em quatro crianÃas da localidade de TejuÃuoca, CearÃ. Este trabalho consiste na caracterizaÃÃo fenotÃpica de 3 amostras de B. pseudomallei originÃrias dos pacientes do municÃpio de TejuÃuoca, com o propÃsito de comparar os dados obtidos de tais amostras com os dados da literatura. Foram avaliados: morfologia das colÃnias em diferentes meios de cultivo, assimilaÃÃo de L-arabinose, testes bioquÃmicos manuais e em sistema semi-automatizado API 20NE, teste de sensibilidade antibacteriano e diagnÃstico por PCR, a partir de cultivos bacterianos. Nos resultados obtidos, foi observado o padrÃo morfolÃgico caracterÃstico de B. pseudomallei em Ãgar sangue, chocolate, Ashdown, Mac Conkey, CLED e tripticase soja. As amostras 1 e 3 foram classificadas como mucÃides e a amostra 2 como rugosa. As trÃs amostras apresentaram os padrÃes fenotÃpicos caracterÃsticos de B. pseudomallei tanto nos testes bioquÃmicos manuais: motilidade, crescimento à 42ÂC, oxidase positiva e resistÃncia à polimixina B, como no Kit DiagnÃstico API 20NE. Neste Ãltimo, houve diferenÃa na esculina entre as amostras, o que nÃo interferiu no resultado final de identificaÃÃo, quando a leitura foi realizada com 48h. Todas as trÃs amostras foram incapazes de assimilar o carboidrato L-arabinose, quando testadas em meio sais mÃnimo e API 20NE, caracterÃstica de amostras virulentas de B. pseudomallei e utilizada tambÃm para diferenciar esta espÃcie da B. thailandensis, que à capaz de assimilar este carboidrato. O padrÃo de sensibilidade resultante do TSA em disco difusÃo apresentado pelas trÃs amostras foi o caracterÃstico da espÃcie B. pseudomallei. Os isolados foram resistentes à gentamicina, cefalotina, ciprofloxacina (1 amostra apresentou resistÃncia intermediÃria) e sulfa-trimetoprim; 2 amostras apresentaram sensibilidade intermediÃria à ceftriaxona. Todas as trÃs amostras foram sensÃveis à piperacilina-tazobactam, ticarcilina-Ãcido clavulÃnico, ceftazidima, imipenem, tetraciclina e cloranfenicol. Com o protocolo fenol-clorofÃrmio modificado de extraÃÃo de DNA, a PCR apresentou banda de 718 pb, o que confirmou o diagnÃstico da bactÃria tambÃm por mÃtodo molecular. O estudo confirma a presenÃa da B. pseudomallei em territÃrio brasileiro, com fenotipagem semelhante à descrita na literatura internacional. / Burkholderia pseudomallei is a Gram-negative non-fermentative bacilli, environmental saprophyte able to cause melioidosis on men and animals. The disease is considered endemic in several countries, especially in Thailand and Australia. The bacteria was isolated and identified for the first time in Brazil, february 2003, from four children that lived in a place called TejuÃuoca, CearÃ. This work consists of the phenotypic characterization of 3 strains of B. pseudomallei isolated from the patients from TejuÃuoca. The main aim of this study is to compare the data from these samples with the ones from the literature. It was assessed: the colonies morphology in different culture mediums, assimilation of L-arabinose, manual and semi-automatized biochemical tests in API 20NE, antibacterial sensitivity test and diagnosis by PCR, from bacterial cultures. In the obtained results, it was observed the morphological pattern of B. pseudomallei in blood agar, chocolate, Ashdown, Mac Conkey, CLED and trypticase soy agar. The strains 1 and 3 were classified as mucoid and the strain 2 as wrinkled. The three strains had shown the usual phenotypic patterns of B. pseudomallei as much in biochemical manual tests: motility, growth at 42ÂC, positive oxidase and resistance to polimixin B, as in the API 20NE Diagnosis Kit. In this last one, there was difference in the esculin test among the strains, when the reading was carried out with 48 hours, which did not change on the final identification. All of the three strains were unable to metabolize the carbohydrate L-arabinose, when tested in minimum medium salts and API 20NE, which is a characteristic of virulent strains of B. pseudomallei and is also used to differ this species from B. thailandensis, that is able to use the carbohydrate. The three isolates had shown a poor sensitivity pattern from disk diffusion on TSA, which were resistant to gentamicin, cefalotin, ciprofloxacin (one strain presented intermediate resistance) and sulfa-trimethoprim; two strains presented intermediate sensitivity to ceftriaxone. All of them were sensitive to piperacilin-tazobactam, ticarcilin-clavulanate, ceftazidime, imipenem, tetracycline and chloramphenicol. A modified extraction protocol based on phenol-chloroform was used to obtain DNA and later to test it by PCR, which had shown a 718 bp product, what also confirmed the diagnosis of the organisms by molecular method. The study confirms the presence of B. pseudomallei in Brazil with similar phenotype to that described in the international literature.

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