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Meningite meningocócica no município de São Paulo no período de 1968 - 1974: aspectos epidemiológicos / Meningococcal meningitis in the city of São Paulo from 1968 to 1974: epidemiological aspectsIversson, Lygia Busch 08 October 1975 (has links)
O autor fez um estudo epidemiológico sobre a meningite meningocócica no município de São Paulo durante o período de janeiro de 1971 a junho de 1974. Durante esse período duas epidemias de moléstia ocorreram na área estudada. A primeira se iniciou em julho de 1971 e foi causada pelo meningococo sorogrupo C. Os primeiros casos da segunda epidemia, determinada pelo meningococo sorogrupo A, foram observados em abril de 1974, ocasião em que a primeira epidemia ainda não havia terminado. O número total de casos confirmados notificados ao Departamento Regional da Saúde da Grande são Paulo foi de 4.431. Os maiores coeficientes de morbidade foram observados: durante os meses frios; nos distritos sanitários da periferia do município, onde vive a população de menor poder aquisitivo; nos latentes. Durante os dois primeiros meses das duas epidemias, houve uma diferença significante nos grupos etários mais atingidos pela moléstia. Enquanto na primeira epidemia o grupo dos latentes foi mais atingido, na segunda epidemia grande número de casos ocorreu entre os adolescentes e adultos jovens (15-24 anos). A letalidade decresceu de 15,0por cento durante o período pré-epidêmico de 1968-1970 para 7,9por cento no periodo epidêmico de 1971-1974. Foi observada uma variação sazonal da letalidade no sentido inverso ao da morbidade. O autor considera que as migrações populacionais possam ter representado um papel importante na eclosão das epidemias e sugere uma investigação futura nesse sentido. No início do trabalho foi feita uma revisão bibliográfica sobre vacinação antimeningocócica, uma vez que a mesma parece ser o meio mais eficaz para a profilaxia da moléstia, ao lado de diagnóstico precoce e adequado atendimento médico-hospitalar. / The author has made an epidemological study of meningococal meningitis in the municipality of São Paulo, Brazil (population in 1970 - 5.931.935 inhabitants) during the period ranging from january 1971 to june 1974. Two outbreaks of meningococal meningitis occurred during this period in the area under study. The first one began in ju1y 1971, due to serogroup C neisseria meningitidis; the second one began in april 1974, when the first outbreak wasn\'t yet finished. It was caused by serogroup A neisseria meningitidis. The total number of cases reported to Great São Paulo Health Department through the time of the investigation, was 4.431. The attack rates were higher during the colder months. Peripheric districts, where a population of lower social class lives, had the majority of the cases. Infants were at greatest risk. There was, however, significant difference in the age of groups affected by the disease in the first month of both epidemics. lhe group of infants was more affected in the first epidemic than in the second where the disease occurred mostly among adolescents and young adults (15 to 24 years). The case-fatality ratios (deaths/cases) dscreased from 15 per cent (pre-epidemic period of 1968-1970) to 7,9 per cent (epidemic period of 1971-1974). There was a seasonal variation in the case-fatality ratio during the epidemic period: in colder months it decreased and in hotter months it increased. According to the author, the internal population migrations may have played a significant part in causing these epidemics and an investigation in this respect may throw a new light on the problem. Before starting her survey the author did a bibliographic revision on the subject of antimeningococcal vaccination, since it seems to be the most effective way for the prevention of the disease, together with an early diagnosis and adequate medical and hospital assistance.
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Caracterização molecular de cepas de meningococo circulantes no Rio Grande do Sul e detecção de Neisseria meningitidis por PCR em tempo realWeidlich, Luciana January 2008 (has links)
Neisseria meningitidis é o agente mais prevalente entre os casos de meningite bacteriana, acompanhados de altas taxas de letalidade, causando também outras doenças invasivas. Os objetivos deste estudo foram: caracterizar as cepas de N. meningitidis de pacientes com doença meningocócica no Rio Grande do Sul (RS), de 2003 a 2005, assim como determinar a diversidade de tipos de PorA e avaliar uma técnica de PCR em tempo real para detectar o DNA de N. meningitidis em amostras clínicas. Alguns isolados e amostras clínicas foram caracterizados por MLST e tipagem de PorA, e amostras clínicas foram amplificados por uma técnica de PCR em tempo real utilizando como alvo o gene bexA. Este estudo demonstrou alta prevalência de algumas linhagens hipervirulentas e emergência de algumas delas, incluindo as linhagens W135:P1.5,2:complexo ST-11, e C:P1.22,14-6:complexo ST-103. Estas linhagens são provavelmente responsáveis pelos aumentos de incidência dos sorogrupos W135 e C observados no período. Os complexos clonais mais prevalentes foram os complexos ST-32, ST-103, ST-11, ST-41/44. Os tipos de PorA mais encontrados para o sorogrupo B foram P1.19,15, P1.7,16, e P1.18-1,3, representando uma distribuição de tipos de PorA diferente de outros estados do Brasil, o que tem implicações na escolha e na eficácia de vacinas baseadas em OMPs. A caracterização detalhada e precisa das cepas de meningococo é um elemento importante nos estudos da epidemiologia, biologia populacional e evolução do meningococo, e fornece informações para o desenvolvimento de estratégias de controle da doença. Os resultados de sensibilidade (96%) e especificidade (97%) alcançados pela PCR para N. meningitidis, testando 186 amostras clínicas, foram adequadas para a sua utilização como método de confirmação de casos de meningite por meningococo, excluindo a etapa de extração de DNA das amostras clínicas, o que diminui o custo da reação. / Neisseria meningitidis is the most prevalent agent among bacterial meningitis cases, with high fatality rates and also causing other invasive diseases. The aims of this study were: to characterize N. meningitidis strains causing invasive disease in Rio Grande do Sul (RS), during 2003 to 2005, as well as to determine the diversity of PorA VR types; and to evaluate a real time PCR assay to detect N. meningitidis DNA in clinical specimens. To achieve that, isolates and clinical specimens were characterized by MLST and PorA VR typing, and clinical specimens were amplified by real time PCR using target sequence from gene bexA. This study demonstrated high prevalence of some hypervirulent lineages and emergence of new ones, including the lineages W135:P1.5,2:ST-11 complex, and C: P1.22,14-6:ST-103 complex. These lineages are probably responsible for the increasing incidence of serogroups C and W135 observed. The most prevalent clonal complexes were ST-32, ST-103, ST-11 e ST-41/44 complexes. The most prevalent PorA VR types found for serogroup B were P1.19,15, P1.7,16, and P1.18-1,3, representing a different distribution of PorA types if compared to other states of Brazil. The different distribution of PorA VR types in RS has implications in vaccine design and efficacy. Detailed and accurate meningococcal characterization is an important element in studies of meningococcal epidemiology, population biology, and evolution and provides information for the design of control strategies. Good sensitivity (96%) and specificity (97%) were achieved for N. meningitidis PCR, testing 186 specimens. The method is appropriate to be used for confirmation of cases of meningococcal meningitis, and eliminating the DNA purification step reduces reaction costs.
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Epidemiologia da doença meningocócica no Rio Grande do Sul, caracterização molecular e da resistência à penicilina em isolados de Neisseria meningitidisBaethgen, Ludmila Fiorenzano January 2007 (has links)
Infecções por Neisseria meningitidis são uma importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo devido à habilidade do patógeno em provocar epidemias e até pandemias. Por ser capaz de se recombinar geneticamente existe uma grande variabilidade de tipos circulantes que podem diferir de acordo com a população atingida e localização geográfica. Por isso os objetivos deste estudo foram: avaliar a epidemiologia da doença meningocócica (DM) em pacientes do Rio Grande do Sul (RS), caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de N. meningitidis utilizando métodos convencionais e propor um novo método de tipagem para o estudo de surtos, bem como avaliar sua susceptibilidade à penicilina. Para isso foi realizado um estudo retrospectivo de coorte em 2.215 casos de DM notificados entre 1995 a 2003 no RS. Foi observada uma redução de quase 50% dos casos durante o período e a taxa de letalidade foi de 22%. Ainda assim, uma incidência marcante continua sendo observada mesmo depois do final do período epidêmico, em 1999, onde as faixas etárias de crianças entre 1 e 4 anos e menores de 1 ano representam juntas quase 55% dos casos notificados, com uma média de incidência de 11,3/100.000 hab e 31.3/100.000 hab, respectivamente. A maioria dos casos foi atribuída ao sorogrupo B (69,8%), que aumentou significativamente. Também foi observada uma diminuição significativa dos casos pelo sorogrupo C. Os fenótipos B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 e B:NT:P1.3 representam quase 50% de todos os isolados sorotipados. Cinqüenta e seis isolados obtidos de pacientes do RS, durante o primeiro ano não-epidêmico, somados a 20 isolados dos estados de Santa Catarina e Paraná, Dinamarca e França foram genotipados por Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram identificados 20 Sequence Types (STs) distintos, dos quais 8 foram caracterizados como tipos novos, encontrados somente no RS. ST-33 (27%) e ST-259 (18%) foram os tipos mais freqüentes, ambos pertencentes ao complexo clonal ST-32/ET-5. Os casos ST-259 do RS demonstraram uma maior tendência de desfecho de casos fatais. Não foram encontrados isolados ST-259 entre os controles geográficos ou em outros estudos previamente realizados no Brasil. Nossos resultados sugerem que estes dois clones observados durante todo o período de estudo, somados à emergência do ST-103 contribuem para a manutenção da alta incidência da DM no RS. Quase 18% dos isolados apresentaram suscetibilidade reduzida à penicilina. A presença de suscetibilidade reduzida ou plena à penicilina associada ao clone ST-461 foi estatisticamente significativa (P=0,017) quando comparada à resistência nos demais clones. Nenhum isolado demonstrou atividade para a ß-lactamase. Também foi padronizado um novo método de genotipagem, chamado de Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) que apresentou um excelente poder discriminatório, de baixo custo operacional e de fácil execução e interpretação, que poderá ser utilizado em estudos de surtos da DM, assim que seja validado. / Neisseria meningitidis infections are an important cause of morbidity and mortality worldwide because of the pathogen ability to cause epidemics and pandemics. The recombination ability results in a large variability of circulating types that can differ depending on the infected population and geographic localization. Considering these aspects, the aims of this study were: to evaluate meningococcal disease epidemiology affecting patients from the state of Rio Grande do Sul (RS), phenotypic and genotypic characterization of N. meningitidis isolates, using conventional methods and standardizing a new method for outbreak study; and evaluation of penicillin susceptibility. A retrospective cohort study was carried out among 2,215 meningococcal disease (MD) cases reported from 1995 to 2003 in RS, Brazil. A reduction of almost 50% in the overall incidence was observed, and the case-fatality rate during this period was 22%. Even so, high incidence of MD continued to be observed after the epidemic period which ended in 1999. The age group of 1-4 years old and infants under 1 year of age represent together almost 55% of the reported cases with a mean incidence of 11.3/100,000 pop and 31.3/100,000 pop, respectively. The majority of cases were caused by N. meningitidis serogroup B (69.8%), which increased significantly. There was a significant decrease in serogroup C cases. The phenotypes B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 and B:NT:P1.3 represented almost 50% of all serotyped cases. Fifty-six isolates obtained from RS patients during the first non-epidemic year 2000 plus 20 isolates from other southern Brazilian states (Santa Catarina and Paraná), Denmark and France were typed by Multilocus Sequence Typing (MLST). Twenty different Sequence Types (STs) were identified, 8 of them found only in RS. ST-33 (27%) and ST-259 (18%) were the most frequent, both belonging to the ST-32/ET-5 complex. The ST-259 cases showed a trend towards higher risk of fatal outcome. ST-259 isolates were not detected among geographic controls or in other studies carried out in Brazil. Our data suggest that these two clones wich occurred over the entire study period and the emergence of the ST-103 isolates contributed to the continued high incidence of MD in RS. Almost 18% of isolates presented moderate resistance to penicillin. The decreased susceptibility or complete resistance to penicillin associated to ST-461 clone was statistically significant (P=0,017) when compared to the other clones. None of the isolates have showed ß-lactamase activity. We standardized a new genotyping method, called Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) that shows high discriminatory power, lower costs, easy performance and interpretation, which may be used in MD outbreaks, after its validation.
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Epidemiologia da doença meningocócica no Rio Grande do Sul, caracterização molecular e da resistência à penicilina em isolados de Neisseria meningitidisBaethgen, Ludmila Fiorenzano January 2007 (has links)
Infecções por Neisseria meningitidis são uma importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo devido à habilidade do patógeno em provocar epidemias e até pandemias. Por ser capaz de se recombinar geneticamente existe uma grande variabilidade de tipos circulantes que podem diferir de acordo com a população atingida e localização geográfica. Por isso os objetivos deste estudo foram: avaliar a epidemiologia da doença meningocócica (DM) em pacientes do Rio Grande do Sul (RS), caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de N. meningitidis utilizando métodos convencionais e propor um novo método de tipagem para o estudo de surtos, bem como avaliar sua susceptibilidade à penicilina. Para isso foi realizado um estudo retrospectivo de coorte em 2.215 casos de DM notificados entre 1995 a 2003 no RS. Foi observada uma redução de quase 50% dos casos durante o período e a taxa de letalidade foi de 22%. Ainda assim, uma incidência marcante continua sendo observada mesmo depois do final do período epidêmico, em 1999, onde as faixas etárias de crianças entre 1 e 4 anos e menores de 1 ano representam juntas quase 55% dos casos notificados, com uma média de incidência de 11,3/100.000 hab e 31.3/100.000 hab, respectivamente. A maioria dos casos foi atribuída ao sorogrupo B (69,8%), que aumentou significativamente. Também foi observada uma diminuição significativa dos casos pelo sorogrupo C. Os fenótipos B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 e B:NT:P1.3 representam quase 50% de todos os isolados sorotipados. Cinqüenta e seis isolados obtidos de pacientes do RS, durante o primeiro ano não-epidêmico, somados a 20 isolados dos estados de Santa Catarina e Paraná, Dinamarca e França foram genotipados por Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram identificados 20 Sequence Types (STs) distintos, dos quais 8 foram caracterizados como tipos novos, encontrados somente no RS. ST-33 (27%) e ST-259 (18%) foram os tipos mais freqüentes, ambos pertencentes ao complexo clonal ST-32/ET-5. Os casos ST-259 do RS demonstraram uma maior tendência de desfecho de casos fatais. Não foram encontrados isolados ST-259 entre os controles geográficos ou em outros estudos previamente realizados no Brasil. Nossos resultados sugerem que estes dois clones observados durante todo o período de estudo, somados à emergência do ST-103 contribuem para a manutenção da alta incidência da DM no RS. Quase 18% dos isolados apresentaram suscetibilidade reduzida à penicilina. A presença de suscetibilidade reduzida ou plena à penicilina associada ao clone ST-461 foi estatisticamente significativa (P=0,017) quando comparada à resistência nos demais clones. Nenhum isolado demonstrou atividade para a ß-lactamase. Também foi padronizado um novo método de genotipagem, chamado de Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) que apresentou um excelente poder discriminatório, de baixo custo operacional e de fácil execução e interpretação, que poderá ser utilizado em estudos de surtos da DM, assim que seja validado. / Neisseria meningitidis infections are an important cause of morbidity and mortality worldwide because of the pathogen ability to cause epidemics and pandemics. The recombination ability results in a large variability of circulating types that can differ depending on the infected population and geographic localization. Considering these aspects, the aims of this study were: to evaluate meningococcal disease epidemiology affecting patients from the state of Rio Grande do Sul (RS), phenotypic and genotypic characterization of N. meningitidis isolates, using conventional methods and standardizing a new method for outbreak study; and evaluation of penicillin susceptibility. A retrospective cohort study was carried out among 2,215 meningococcal disease (MD) cases reported from 1995 to 2003 in RS, Brazil. A reduction of almost 50% in the overall incidence was observed, and the case-fatality rate during this period was 22%. Even so, high incidence of MD continued to be observed after the epidemic period which ended in 1999. The age group of 1-4 years old and infants under 1 year of age represent together almost 55% of the reported cases with a mean incidence of 11.3/100,000 pop and 31.3/100,000 pop, respectively. The majority of cases were caused by N. meningitidis serogroup B (69.8%), which increased significantly. There was a significant decrease in serogroup C cases. The phenotypes B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 and B:NT:P1.3 represented almost 50% of all serotyped cases. Fifty-six isolates obtained from RS patients during the first non-epidemic year 2000 plus 20 isolates from other southern Brazilian states (Santa Catarina and Paraná), Denmark and France were typed by Multilocus Sequence Typing (MLST). Twenty different Sequence Types (STs) were identified, 8 of them found only in RS. ST-33 (27%) and ST-259 (18%) were the most frequent, both belonging to the ST-32/ET-5 complex. The ST-259 cases showed a trend towards higher risk of fatal outcome. ST-259 isolates were not detected among geographic controls or in other studies carried out in Brazil. Our data suggest that these two clones wich occurred over the entire study period and the emergence of the ST-103 isolates contributed to the continued high incidence of MD in RS. Almost 18% of isolates presented moderate resistance to penicillin. The decreased susceptibility or complete resistance to penicillin associated to ST-461 clone was statistically significant (P=0,017) when compared to the other clones. None of the isolates have showed ß-lactamase activity. We standardized a new genotyping method, called Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) that shows high discriminatory power, lower costs, easy performance and interpretation, which may be used in MD outbreaks, after its validation.
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Caracterização molecular de cepas de meningococo circulantes no Rio Grande do Sul e detecção de Neisseria meningitidis por PCR em tempo realWeidlich, Luciana January 2008 (has links)
Neisseria meningitidis é o agente mais prevalente entre os casos de meningite bacteriana, acompanhados de altas taxas de letalidade, causando também outras doenças invasivas. Os objetivos deste estudo foram: caracterizar as cepas de N. meningitidis de pacientes com doença meningocócica no Rio Grande do Sul (RS), de 2003 a 2005, assim como determinar a diversidade de tipos de PorA e avaliar uma técnica de PCR em tempo real para detectar o DNA de N. meningitidis em amostras clínicas. Alguns isolados e amostras clínicas foram caracterizados por MLST e tipagem de PorA, e amostras clínicas foram amplificados por uma técnica de PCR em tempo real utilizando como alvo o gene bexA. Este estudo demonstrou alta prevalência de algumas linhagens hipervirulentas e emergência de algumas delas, incluindo as linhagens W135:P1.5,2:complexo ST-11, e C:P1.22,14-6:complexo ST-103. Estas linhagens são provavelmente responsáveis pelos aumentos de incidência dos sorogrupos W135 e C observados no período. Os complexos clonais mais prevalentes foram os complexos ST-32, ST-103, ST-11, ST-41/44. Os tipos de PorA mais encontrados para o sorogrupo B foram P1.19,15, P1.7,16, e P1.18-1,3, representando uma distribuição de tipos de PorA diferente de outros estados do Brasil, o que tem implicações na escolha e na eficácia de vacinas baseadas em OMPs. A caracterização detalhada e precisa das cepas de meningococo é um elemento importante nos estudos da epidemiologia, biologia populacional e evolução do meningococo, e fornece informações para o desenvolvimento de estratégias de controle da doença. Os resultados de sensibilidade (96%) e especificidade (97%) alcançados pela PCR para N. meningitidis, testando 186 amostras clínicas, foram adequadas para a sua utilização como método de confirmação de casos de meningite por meningococo, excluindo a etapa de extração de DNA das amostras clínicas, o que diminui o custo da reação. / Neisseria meningitidis is the most prevalent agent among bacterial meningitis cases, with high fatality rates and also causing other invasive diseases. The aims of this study were: to characterize N. meningitidis strains causing invasive disease in Rio Grande do Sul (RS), during 2003 to 2005, as well as to determine the diversity of PorA VR types; and to evaluate a real time PCR assay to detect N. meningitidis DNA in clinical specimens. To achieve that, isolates and clinical specimens were characterized by MLST and PorA VR typing, and clinical specimens were amplified by real time PCR using target sequence from gene bexA. This study demonstrated high prevalence of some hypervirulent lineages and emergence of new ones, including the lineages W135:P1.5,2:ST-11 complex, and C: P1.22,14-6:ST-103 complex. These lineages are probably responsible for the increasing incidence of serogroups C and W135 observed. The most prevalent clonal complexes were ST-32, ST-103, ST-11 e ST-41/44 complexes. The most prevalent PorA VR types found for serogroup B were P1.19,15, P1.7,16, and P1.18-1,3, representing a different distribution of PorA types if compared to other states of Brazil. The different distribution of PorA VR types in RS has implications in vaccine design and efficacy. Detailed and accurate meningococcal characterization is an important element in studies of meningococcal epidemiology, population biology, and evolution and provides information for the design of control strategies. Good sensitivity (96%) and specificity (97%) were achieved for N. meningitidis PCR, testing 186 specimens. The method is appropriate to be used for confirmation of cases of meningococcal meningitis, and eliminating the DNA purification step reduces reaction costs.
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Meningite meningocócica no município de São Paulo no período de 1968 - 1974: aspectos epidemiológicos / Meningococcal meningitis in the city of São Paulo from 1968 to 1974: epidemiological aspectsLygia Busch Iversson 08 October 1975 (has links)
O autor fez um estudo epidemiológico sobre a meningite meningocócica no município de São Paulo durante o período de janeiro de 1971 a junho de 1974. Durante esse período duas epidemias de moléstia ocorreram na área estudada. A primeira se iniciou em julho de 1971 e foi causada pelo meningococo sorogrupo C. Os primeiros casos da segunda epidemia, determinada pelo meningococo sorogrupo A, foram observados em abril de 1974, ocasião em que a primeira epidemia ainda não havia terminado. O número total de casos confirmados notificados ao Departamento Regional da Saúde da Grande são Paulo foi de 4.431. Os maiores coeficientes de morbidade foram observados: durante os meses frios; nos distritos sanitários da periferia do município, onde vive a população de menor poder aquisitivo; nos latentes. Durante os dois primeiros meses das duas epidemias, houve uma diferença significante nos grupos etários mais atingidos pela moléstia. Enquanto na primeira epidemia o grupo dos latentes foi mais atingido, na segunda epidemia grande número de casos ocorreu entre os adolescentes e adultos jovens (15-24 anos). A letalidade decresceu de 15,0por cento durante o período pré-epidêmico de 1968-1970 para 7,9por cento no periodo epidêmico de 1971-1974. Foi observada uma variação sazonal da letalidade no sentido inverso ao da morbidade. O autor considera que as migrações populacionais possam ter representado um papel importante na eclosão das epidemias e sugere uma investigação futura nesse sentido. No início do trabalho foi feita uma revisão bibliográfica sobre vacinação antimeningocócica, uma vez que a mesma parece ser o meio mais eficaz para a profilaxia da moléstia, ao lado de diagnóstico precoce e adequado atendimento médico-hospitalar. / The author has made an epidemological study of meningococal meningitis in the municipality of São Paulo, Brazil (population in 1970 - 5.931.935 inhabitants) during the period ranging from january 1971 to june 1974. Two outbreaks of meningococal meningitis occurred during this period in the area under study. The first one began in ju1y 1971, due to serogroup C neisseria meningitidis; the second one began in april 1974, when the first outbreak wasn\'t yet finished. It was caused by serogroup A neisseria meningitidis. The total number of cases reported to Great São Paulo Health Department through the time of the investigation, was 4.431. The attack rates were higher during the colder months. Peripheric districts, where a population of lower social class lives, had the majority of the cases. Infants were at greatest risk. There was, however, significant difference in the age of groups affected by the disease in the first month of both epidemics. lhe group of infants was more affected in the first epidemic than in the second where the disease occurred mostly among adolescents and young adults (15 to 24 years). The case-fatality ratios (deaths/cases) dscreased from 15 per cent (pre-epidemic period of 1968-1970) to 7,9 per cent (epidemic period of 1971-1974). There was a seasonal variation in the case-fatality ratio during the epidemic period: in colder months it decreased and in hotter months it increased. According to the author, the internal population migrations may have played a significant part in causing these epidemics and an investigation in this respect may throw a new light on the problem. Before starting her survey the author did a bibliographic revision on the subject of antimeningococcal vaccination, since it seems to be the most effective way for the prevention of the disease, together with an early diagnosis and adequate medical and hospital assistance.
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Caracterização molecular de cepas de meningococo circulantes no Rio Grande do Sul e detecção de Neisseria meningitidis por PCR em tempo realWeidlich, Luciana January 2008 (has links)
Neisseria meningitidis é o agente mais prevalente entre os casos de meningite bacteriana, acompanhados de altas taxas de letalidade, causando também outras doenças invasivas. Os objetivos deste estudo foram: caracterizar as cepas de N. meningitidis de pacientes com doença meningocócica no Rio Grande do Sul (RS), de 2003 a 2005, assim como determinar a diversidade de tipos de PorA e avaliar uma técnica de PCR em tempo real para detectar o DNA de N. meningitidis em amostras clínicas. Alguns isolados e amostras clínicas foram caracterizados por MLST e tipagem de PorA, e amostras clínicas foram amplificados por uma técnica de PCR em tempo real utilizando como alvo o gene bexA. Este estudo demonstrou alta prevalência de algumas linhagens hipervirulentas e emergência de algumas delas, incluindo as linhagens W135:P1.5,2:complexo ST-11, e C:P1.22,14-6:complexo ST-103. Estas linhagens são provavelmente responsáveis pelos aumentos de incidência dos sorogrupos W135 e C observados no período. Os complexos clonais mais prevalentes foram os complexos ST-32, ST-103, ST-11, ST-41/44. Os tipos de PorA mais encontrados para o sorogrupo B foram P1.19,15, P1.7,16, e P1.18-1,3, representando uma distribuição de tipos de PorA diferente de outros estados do Brasil, o que tem implicações na escolha e na eficácia de vacinas baseadas em OMPs. A caracterização detalhada e precisa das cepas de meningococo é um elemento importante nos estudos da epidemiologia, biologia populacional e evolução do meningococo, e fornece informações para o desenvolvimento de estratégias de controle da doença. Os resultados de sensibilidade (96%) e especificidade (97%) alcançados pela PCR para N. meningitidis, testando 186 amostras clínicas, foram adequadas para a sua utilização como método de confirmação de casos de meningite por meningococo, excluindo a etapa de extração de DNA das amostras clínicas, o que diminui o custo da reação. / Neisseria meningitidis is the most prevalent agent among bacterial meningitis cases, with high fatality rates and also causing other invasive diseases. The aims of this study were: to characterize N. meningitidis strains causing invasive disease in Rio Grande do Sul (RS), during 2003 to 2005, as well as to determine the diversity of PorA VR types; and to evaluate a real time PCR assay to detect N. meningitidis DNA in clinical specimens. To achieve that, isolates and clinical specimens were characterized by MLST and PorA VR typing, and clinical specimens were amplified by real time PCR using target sequence from gene bexA. This study demonstrated high prevalence of some hypervirulent lineages and emergence of new ones, including the lineages W135:P1.5,2:ST-11 complex, and C: P1.22,14-6:ST-103 complex. These lineages are probably responsible for the increasing incidence of serogroups C and W135 observed. The most prevalent clonal complexes were ST-32, ST-103, ST-11 e ST-41/44 complexes. The most prevalent PorA VR types found for serogroup B were P1.19,15, P1.7,16, and P1.18-1,3, representing a different distribution of PorA types if compared to other states of Brazil. The different distribution of PorA VR types in RS has implications in vaccine design and efficacy. Detailed and accurate meningococcal characterization is an important element in studies of meningococcal epidemiology, population biology, and evolution and provides information for the design of control strategies. Good sensitivity (96%) and specificity (97%) were achieved for N. meningitidis PCR, testing 186 specimens. The method is appropriate to be used for confirmation of cases of meningococcal meningitis, and eliminating the DNA purification step reduces reaction costs.
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Epidemiologia da doença meningocócica no Rio Grande do Sul, caracterização molecular e da resistência à penicilina em isolados de Neisseria meningitidisBaethgen, Ludmila Fiorenzano January 2007 (has links)
Infecções por Neisseria meningitidis são uma importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo devido à habilidade do patógeno em provocar epidemias e até pandemias. Por ser capaz de se recombinar geneticamente existe uma grande variabilidade de tipos circulantes que podem diferir de acordo com a população atingida e localização geográfica. Por isso os objetivos deste estudo foram: avaliar a epidemiologia da doença meningocócica (DM) em pacientes do Rio Grande do Sul (RS), caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de N. meningitidis utilizando métodos convencionais e propor um novo método de tipagem para o estudo de surtos, bem como avaliar sua susceptibilidade à penicilina. Para isso foi realizado um estudo retrospectivo de coorte em 2.215 casos de DM notificados entre 1995 a 2003 no RS. Foi observada uma redução de quase 50% dos casos durante o período e a taxa de letalidade foi de 22%. Ainda assim, uma incidência marcante continua sendo observada mesmo depois do final do período epidêmico, em 1999, onde as faixas etárias de crianças entre 1 e 4 anos e menores de 1 ano representam juntas quase 55% dos casos notificados, com uma média de incidência de 11,3/100.000 hab e 31.3/100.000 hab, respectivamente. A maioria dos casos foi atribuída ao sorogrupo B (69,8%), que aumentou significativamente. Também foi observada uma diminuição significativa dos casos pelo sorogrupo C. Os fenótipos B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 e B:NT:P1.3 representam quase 50% de todos os isolados sorotipados. Cinqüenta e seis isolados obtidos de pacientes do RS, durante o primeiro ano não-epidêmico, somados a 20 isolados dos estados de Santa Catarina e Paraná, Dinamarca e França foram genotipados por Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram identificados 20 Sequence Types (STs) distintos, dos quais 8 foram caracterizados como tipos novos, encontrados somente no RS. ST-33 (27%) e ST-259 (18%) foram os tipos mais freqüentes, ambos pertencentes ao complexo clonal ST-32/ET-5. Os casos ST-259 do RS demonstraram uma maior tendência de desfecho de casos fatais. Não foram encontrados isolados ST-259 entre os controles geográficos ou em outros estudos previamente realizados no Brasil. Nossos resultados sugerem que estes dois clones observados durante todo o período de estudo, somados à emergência do ST-103 contribuem para a manutenção da alta incidência da DM no RS. Quase 18% dos isolados apresentaram suscetibilidade reduzida à penicilina. A presença de suscetibilidade reduzida ou plena à penicilina associada ao clone ST-461 foi estatisticamente significativa (P=0,017) quando comparada à resistência nos demais clones. Nenhum isolado demonstrou atividade para a ß-lactamase. Também foi padronizado um novo método de genotipagem, chamado de Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) que apresentou um excelente poder discriminatório, de baixo custo operacional e de fácil execução e interpretação, que poderá ser utilizado em estudos de surtos da DM, assim que seja validado. / Neisseria meningitidis infections are an important cause of morbidity and mortality worldwide because of the pathogen ability to cause epidemics and pandemics. The recombination ability results in a large variability of circulating types that can differ depending on the infected population and geographic localization. Considering these aspects, the aims of this study were: to evaluate meningococcal disease epidemiology affecting patients from the state of Rio Grande do Sul (RS), phenotypic and genotypic characterization of N. meningitidis isolates, using conventional methods and standardizing a new method for outbreak study; and evaluation of penicillin susceptibility. A retrospective cohort study was carried out among 2,215 meningococcal disease (MD) cases reported from 1995 to 2003 in RS, Brazil. A reduction of almost 50% in the overall incidence was observed, and the case-fatality rate during this period was 22%. Even so, high incidence of MD continued to be observed after the epidemic period which ended in 1999. The age group of 1-4 years old and infants under 1 year of age represent together almost 55% of the reported cases with a mean incidence of 11.3/100,000 pop and 31.3/100,000 pop, respectively. The majority of cases were caused by N. meningitidis serogroup B (69.8%), which increased significantly. There was a significant decrease in serogroup C cases. The phenotypes B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 and B:NT:P1.3 represented almost 50% of all serotyped cases. Fifty-six isolates obtained from RS patients during the first non-epidemic year 2000 plus 20 isolates from other southern Brazilian states (Santa Catarina and Paraná), Denmark and France were typed by Multilocus Sequence Typing (MLST). Twenty different Sequence Types (STs) were identified, 8 of them found only in RS. ST-33 (27%) and ST-259 (18%) were the most frequent, both belonging to the ST-32/ET-5 complex. The ST-259 cases showed a trend towards higher risk of fatal outcome. ST-259 isolates were not detected among geographic controls or in other studies carried out in Brazil. Our data suggest that these two clones wich occurred over the entire study period and the emergence of the ST-103 isolates contributed to the continued high incidence of MD in RS. Almost 18% of isolates presented moderate resistance to penicillin. The decreased susceptibility or complete resistance to penicillin associated to ST-461 clone was statistically significant (P=0,017) when compared to the other clones. None of the isolates have showed ß-lactamase activity. We standardized a new genotyping method, called Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) that shows high discriminatory power, lower costs, easy performance and interpretation, which may be used in MD outbreaks, after its validation.
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Avaliação da qualidade do sistema de vigilância epidemiológica no município do Rio de Janeiro, 1994 a 1996 / Evaluate the epidemiologic surveillance system in Rio de Janeiro city, period 1994-1996Wakimoto, Mayumi Duarte January 1997 (has links)
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Previous issue date: 1997 / O estudo teve como objetivo avaliar o Sistema de Vigilância Epidemiológica no Município do Rio de Janeiro. Foi utilizada a metodologia do CDC, que aponta sete características para avaliação de Sistemas de Vigilância: Simplicidade, Flexibilidade, Sensibilidade, Oportunidade, Representatividade, Aceiilidade e Valor Preditivo Positivo. Para análise das características do Sistema foram selecionadas duas doenças traçadoras: a Doença Meningocócica e as Hepatites Virais. Embora cada um destes agravos constitua um subsistema dentro do Sistema de V.E., foi possível a avaliação dos pontos críticos no fluxo de cada um deles e do sistema como um todo. O sistema foi analisado nos níveis local e central (estadual e municipal) por meio de entrevistas com os profissionais de saúde dos diferentes níveis e análise de documentos e bancos de dados do período (1994 a 1996) / The study aimed to evaluate the epidemiologic surveillance system in Rio de Janeiro city. The methodology used was developed by CDC, pointing out seven characteristics as tools for the evaluation: Simplicity, Flexibility, Sensitivity,
Representativeness, Timeliness, Acceptability and Predictive Value Positive. Two diseases were selected as tracers of the system: meningococcal disease and viral hepatitis. Although representing subsystems, they were helpful in showing critical points in the flow of surveillance system of each and as a whole.
The analysis comprised local and central levels (of the city and state of Rio de Janeiro), through interviews with health professionals, data and documental analysis of the period (1994 – 1996). Flow charts were drawn for each of the tracers according to the rules and comparatively, according to the results of the interviews with health professionals and authorities in different levels of the system. To perform the analysis different sources of information and criteria were used, such as: flow and elements of the system, recent inclusion of activities in the system, data and interview analysis of the characteristics and evaluation of the quality of data recorded in the epidemiological surveillance record. Concerning hepatitis surveillance, it´s recommended an improve in the timeliness and acceptability, so that the speed between steps can work better and all its elements be integrated. Meningococcal disease surveillance, was flexible, sensitive and showed a rapid
response and good acceptability. Results point to the need to improve the integration between the elements of the system, including local and central levels, health facilities, diagnosis laboratories, health professionals and community.
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Desenvolvimento e avaliação de modelo computacional para geração de alertas a partir de notificações de casos de meningite meningocócica / Development and evaluation of a computing model of alerts from meningococcal meningitis notification casesZaparoli, Wagner 24 November 2008 (has links)
INTRODUÇÃO: este trabalho apresenta a arquitetura de um sistema de emissão de alertas para surtos e epidemias em tempo real, baseado em notificações eletrônicas da meningite, e discute os resultados dos testes e simulações realizados. MÉTODOS: esse sistema foi desenvolvido em quatro etapas: Concepção, Análise, Construção e Teste/Simulações. A Concepção contemplou a elicitação de requisitos, a qual definiu o que o sistema deve fazer. A Análise se preocupou com a modelagem e especificação das regras que definem como o sistema deve trabalhar. A Construção abrangeu a transformação das regras definidas e modeladas em linguagem de programação. A última etapa, Teste/Simulação, foi responsável por garantir que o sistema construído estava em conformidade com os requisitos elicitados na etapa de Concepção. RESULTADOS: vários artefatos foram criados e algumas constatações foram verificadas nesta etapa. Sobre os artefatos podemos citar os requisitos, casos de uso, diagrama de classes, modelo físico de dados, casos de teste e programas. Sobre as constatações podemos citar o disparo de alertas nas simulações realizadas pelo sistema dois dias antes que o alerta feito pelas autoridades de saúde do Estado de São Paulo usando os procedimentos habituais. DISCUSSÃO e CONCLUSÃO: O sistema desenvolvido pode ser classificado como um Early Warning System. Nas simulações, observamos que em duas oportunidades ele conseguiu evidenciar ocorrência de surto antecipadamente ao método tradicional utilizado pelo Centro de Vigilância Epidemiológico de São Paulo. Comparando-o com sistemas semelhantes em produção, verificamos que esse sistema se diferencia ao emitir ativamente alertas de surtos em tempo real. / INTRODUCTION: this essay presents the architecture of an alert system for epidemics based on real-time electronic notification of meningococcal meningitis, and discusses the results of tests and simulations made. METHODS: this system was developed in four stages: Conception, Analysis, Construction and Test/Simulation. The Conception covered the requirements elicitation, which defined what the system should do. The Analysis involved the modeling and specification rules that defined how the system should work. The Construction covered the transformation of defined and modeled rules in programming language. The last stage, Test/Simulation, checked the system under known scenarios, comparing the timing of outputs with the Brazilian notification surveillance framework. RESULTS: many artifacts were made and some evidences were verified. About the artifacts we can mention the requirements, use cases, class diagram, physical data model, test cases, and algorithms. About the evidences we can mention the fast alert production in simulations of this system as compared with the current procedure in use by health authorities. DISCUSSION AND CONCLUSION: this system can be classified as an Early Warning System. In simulations we observed that in two opportunities, it managed to put in evidence outbreak occurrence in advance to the traditional used method by Epidemiological Surveillance Center of São Paulo. In comparison with the similar systems under operation, we note this system is distinguished from them in issuing real-time outbreak alerts.
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