Orientador: Reinaldo Marchetto / Banca: Saulo Santesso Garrido / Banca: Flávio Henrique da Silva / Banca: Clovis Ryuichi Nakaie / Banca: Hérida Regina Nunes Salgado / Resumo: YacG é uma pequena proteína membro da família dos zinc-fingers, descoberta em E. coli. Sua função biológica está ligada a inibição da atividade de DNA girase e ao metabolismo do stress em procariotos. YacG atua na inibição da atividade de DNA girase por um mecanismo bipartido, a região do domínio zinc-finger atua impedindo a ligação do DNA à subunidade B e a região c-terminal liga-se a subunidade A. Embora a literatura cite YacG como sendo um inibidor de DNA girase, nada foi observado a respeito da atividade de inibição de YacG de E.coli e de outras linhagens de micro-organismos frente a outras DNA topoisomerases e não foi realizado nenhum trabalho envolvendo fragmentos peptídicos desta proteína, e tampouco ensaios de inibição do crescimento celular por estes. Sendo assim YacG de Klebsiella pneumoniae foi obtida por expressão heteróloga e uma série de peptídeos derivados desta foram sintetizados pelo método de fase sólida. Os peptídeo sintéticos foram projetados de forma a manter a região zinc-finger nativa (YacGAG1), substituídos os resíduos de cisteína por serina (YacGAG4), alanina (YacGAG5), histidina (YacGAG6 e YacGAG8) e também sintetizada a sua região c-terminal (YacGAG7). Os ensaios de inibição da atividade de DNA girase pelos peptídeos sintéticos e proteína, mostraram que YacG, YacGAG4, YacGAG5 e YacGAG7 conseguem inibir a atividade desta enzima, ao contrario do fragmento nativo YacGAG1. Por outro lado YacGAG1 conseguiu inibir a atividade de Topoisomerase IIα humana juntamente com os demais peptídeos YacGAG4, YacGAG5 e YacGAG7 e proteína YacG. Os ensaios aqui apresentados corroboram com os dados apresentados na literatura onde a região c-terminal por si só é capaz de inibir a atividade de DNA girase. Os ensaios de anisotropia de fluorescência demonstraram que a interação dos peptídicos sintéticos com DNA girase se dá pela interação destes com... / Abstract: YacG belongs to zinc-finger's protein family discovered in E. coli. Its biological function is connected to the catalytic inhibition of DNA gyrase and stress metabolism in prokaryotes. This protein inhibits DNA gyrase (gyrase) through a bipartite mechanism where the zinc-finger domain prevents the DNA ligation to the B subunit (GyrB) and the C-terminal bindings to the A subunit (GyrA). Although it is classified as a gyrase inhibitor neither the inhibition activity of YacG from E. coli and other microorganisms against other DNA topoisomerases nor the biological activity of fragments in cellular assays has been evaluated until present. In this study, YacG from Klebsiella pneumoniae was obtained by heterologous expression and derivative peptides from this protein were synthesized by the solid-phase method. The synthetic peptides were designed to keep the native region of zinc-finger (YacGAG1), to substitute cysteines to serines (YacGAG4), to alanine (YacGAG5), to histidine (YacGAG6 and YacGAG8) and also having only the C-terminal region (YacGAG7). The inhibition assays of gyrase by the peptides and the native protein revealed that YacG, YacGAG4, YacGAG4 e YacGAG7 inhibited this enzyme and the human topoisomerase IIα (htopoIIα). However, the same was not observed for the native fragment YacGAG1, which inhibited only the htopoIIα. The results are in agreement with literature showing that solely the C-terminal region is able to inhibit the gyrase. The assays of fluorescence anisotropy indicated that these synthetic peptides interact with GyrA. Besides inhibiting the gyrase and the htopoIIα, these peptides also revealed bacteriostatic activity against gram-negative and gram-positive bacteria. A computational study by applying a molecular dynamics protocol highlighted the importance of residues I47, R46 and W40 from YacG in the process of molecular recognition and interaction with GyrB. The results... / Doutor

Resumo: Metaloproteinases presentes no veneno de serpentes são toxinas hemostaticamente ativas que interferem em diferentes níveis na cascata de coagulação e têm sido exploradas como ferramenta bioquímica nas pesquisas de coagulação, diagnósticos, modelos de inibidores de metaloproteinases e compreensão do mecanismo de ação de venenos. Estudos estruturais complementados por ensaios de docking molecular têm ajudado muito na compreensão de suas especificidades e mecanismo de ação. Assim, neste trabalho a metaloproteinase não-hemorrágica fibrinogenolítica da classe PI, isolada do veneno de Bothrops moojeni (BmooMP -I) foi cristalizada e sua estrutura resolvida a 1,76 Å de resolução. O íon zinco catalítico possui uma coordenação octaédrica formada por três histidinas canônicas (His 140 , His 144 e His 150 ) e por três moléculas de solvente. Uma comparação seqüencial e estudos estruturais indicaram que os motivos que compreendem os resíduos 153-164 e 167-176 possuem uma característica saliente, que diferencia as outras SVMPs hemorrágicas das não-hemorrágicas de classe PI, podendo estes motivos estarem diretamente envolvidos no desenvolvimento da atividade hemorrágica. Além do projeto principal, foram realizados estudos com a proteína endo-1,4-β-glicanase de Bacillus subtilis (Cel5A), que hidrolisa a ligação glicosídica β(1-4) do polímero de celulose. Esse polímero tem recebido grande atenção do meio acadêmico e industrial devido ao seu potencial na produção de açúcares solúveis, produtos químicos e biocombustíveis. Porém para o aproveitamento da biomassa celulósica é necessário a ação sinérgica do coquetel enzimático formado por endo-1,4-β-glicanases, celobiose-hidrolases ou exo-1,4-β-glicanases e β-glicosidases. Assim, o gene Cel5A constituído pelo domínio catalítico e o módulo de ligação à carboidratos (CBM) foi clonado... (resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Snake venom metalloproteinases are hemostatically active toxins that interfere in different levels on the blood coagulation cascade. Therefore, they have been extensively investigated as biochemical tools for coagulation studies and diagnostics, and as model for design of metalloproteinases inhibitors and understanding of venom action mechanism. Structural studies complemented by molecular docking experiments have been instrumental to shed light on the the stereo specificity and action of enzymes. In this study, a fibrin(ogen)olytic non-hemorragic PI class metalloproteinase isolated from Bothrops moojeni (BmooMPα-I) was crystallized and its structure determined at 1,76 Å resolution. The catalytic zinc ion displays an octahedral coordination formed by three canonical histidines (His 140 , His 144 e His 150 ) and three solvent molecules. Comparative sequence and structural studies indicate that the motif comprising amino acid segments 153-164 e 167-176 is a salient feature that differentiates non- and hemorrhagic PI class SVMPs and it might be directly involved in the development of the hemorrhagic activity. In parallel to the main project, a biophysical study was carried out on the thermophilic endo-1,4-β-glucanase from Bacillus subtilis. Endo-cellulases are responsible for the cleavage of β(1-4) glycosidic linkages from cellulose. This polymer has been receiving great attention from both industrial and academic community due to its applications in food, chemical and biofuels industries. However, for its use is needed to reduce the cellulose into fermentable sugars and this process involves the synergistic action of endo-1,4-β-glucanases, celobiose-hydrolases or exo-β-1,4-glucanases and β-glucosidases. In this project, the gene of the Cel5A consisting of the parental catalytic domain and its carbohydrate-binding module was cloned in pET28a vector and expressed in BL21(DE3)... (Abstract complete click electronic access below) / Orientador: Mário Tyago Murakami / Coorientador: João Ruggiero Neto / Banca: Fernanda Canduri / Banca: Marinonio Lopes Cornélio / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Odontologia. / Made available in DSpace on 2012-10-26T11:23:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 310444.pdf: 1274265 bytes, checksum: 422f9b536d819df0e23691ad6a42e02f (MD5) / O tumor odontogênico ceratocístico (TOC) é uma neoplasia odontogênica benigna de origem epitelial, de evolução lenta, o qual apresenta crescimento infiltrativo e elevado índice de recidiva após tratamento conservador, podendo ainda estar associado à síndrome do carcinoma nevoide de células basais (SCNCB). O objetivo deste estudo foi contribuir para um melhor entendimento sobre o crescimento infiltrativo do TOC, por meio da avaliação de proteínas envolvidas no processo de proliferação das células neoplásicas e na interação parênquima/estroma. A atividade proliferativa foi avaliada utilizando-se o antígeno de proliferação celular Ki-67. A interação entre parênquima/estroma foi avaliada: 1) pela produção de metaloproteinases de matriz (MMP-1, MMP-2 e MMP-9) no parênquima e estroma e 2) pela presença de miofibroblastos (MF), através da expressão de ?-actina de músculo liso no estroma. Os casos submetidos à técnica de imuno-histoquímica pelo método streptavidina-biotina-peroxidase foram classificados em: G1, 11 casos de TOC isolados; G2, 12 casos de TOC associados à SCNCB e G3, 6 casos de folículos pericoronários livres de inflamação (grupo controle). A análise e quantificação das reações foram obtidas com auxílio do programa NIH ImageJ. Foi realizada avaliação estatística para comparação da expressão proteica entre os grupos em estudo. Também foi realizada a correlação de Spearman, nos casos de TOC, para avaliar a existência de correlação entre os marcadores. Diferença estatística foi observada entre o grupo controle (G3) e os casos de TOC (G1 e G2) para o antígeno Ki-67, e para a MMP-1 e MMP-9 no tecido conjuntivo. Foi observada uma correlação positiva entre a MMP-1 no epitélio e no conjuntivo, MMP-2 no epitélio e MMP-1 no conjuntivo, MMP-2 no epitélio e MMP-1 no conjuntivo, MMP-9 no epitélio e MMP-1 no conjuntivo, MMP-9 e MMP-2 no epitélio, Ki-67 e MMP-1 no epitélio, MF e MMP-1 no epitélio. Concluiu-se que o aumento da atividade proliferativa no TOC está associado a um aumento da produção da MMP-1 no epitélio, o que pode influenciar no crescimento da lesão, associado ao aumento de miofibroblastos no tecido conjuntivo. A associação entre as MMPs indica a interação existente entre essas MMPs, pois a MMP-1 realiza a ativação da MMP-2 que por sua vez realiza a ativação da MMP-9. / The Keratocystic odontogenic tumor (KCOT) is a benign neoplasia of odontogenic epithelial origin. Despite its slow evolution, it shows infiltrative growth and a high recurrence index after conservative treatment. It can be associated with the naevoid basal cell carcinoma syndrome (NBCCS). The aim of this study was to provide a better understanding of the infiltrative growth of KCOTs. This was attempted by evaluating the proliferative activity of neoplastic cells and by evaluating the interaction between parenchyma and stroma. The proliferative activity was assessed by analyzing the nuclear antigen Ki-67. The interaction between parenchyma and stroma was assessed by analyzing the following: 1) the production of matrix metalloproteinase (MMP-1, MMP-2, MMP-9) in the parenchyma and stroma and 2) the presence of myofibroblasts (MF) in the stroma, via the expression of á-smooth-muscle actin. All samples were processed using the streptavidinbiotin-peroxidase immunohistochemical technique and were classified as: G1, 11 cases of isolated KCOT; G2, 12 cases of KCOT associated with NBCCS, and G3, 6 cases of pericoronal follicles without inflammation (control group). Reaction analysis and quantification was performed with the software NIH ImageJ. Protein markers from the study groups were compared using statistical techniques. The correlation between the protein markers in KCOT cases were evaluated using the Spearman correlation test. The control group (G3) and the KCOT cases (G1 and G2) presented statistical differences in relation to the Ki-67 antigen and to the MMP-1 and MMP-9 in the stroma. A positive correlation was observed between the following markers: MMP-1 (in the) stroma and parenchyma; MMP-2 parenchyma and MMP-1 stroma; MMP-2 parenchyma and MMP-1 stroma; MMP-9 parenchyma and MMP-1 stroma; MMP-9 and MMP-2 parenchyma; Ki-67 antigen and MMP-1 parenchyma; and MF and MMP-1 parenchyma. The results obtained lead us to conclude that increased proliferative activity in the KCOT is associated with the increase of MMP-1 production in the parenchyma, which, linked with an increase of MF, may influence the growth of the lesion. The association observed between MMPs indicates real interaction between them, due to chain activation from MMP-1 to MMP-9.

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:29Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-15Bitstream added on 2015-04-09T12:47:19Z : No. of bitstreams: 1 000814313.pdf: 1261364 bytes, checksum: 6c87752d1a7e95f403bbf8697ea71ad4 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Este trabalho apresenta os resultados de fracionamento de proteínas ligadas ao mercúrio em amostras de músculo de tucunaré (Cichla spp.) e filhote (Brachyplatystoma filamentosum) oriundos do complexo hidrelétrico de Jirau, na Bacia do Rio Madeira, região amazônica do Brasil. O proteoma do músculo dessas espécies foi separado por eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (PAGE 2D). O mercúrio presente nos spots proteicos foi determinado por espectrometria de absorção atômica em forno de grafite (GFAAS) após mineralização ácida assistida por banho de ultra-som. Os spots proteicos que apresentaram mercúrio foram caracterizados por espectrometria de massas por ionização com eletrospray em sequência (ESI- MS/MS) após digestão tríptica. As determinações GFAAS indicaram que 65% do mercúrio está ligada à fração proteica com massa molar (Mm) inferior a 90 kDa. As concentrações de mercúrio nos spots apresentaram-se na faixa de 13,60 – 17,10 mg g-1. Com base nas concentrações de mercúrio, foi possível estimar que os spots proteicos continham aproximadamente um átomo de mercúrio por molécula de proteína. A análise por ESI-MS / MS permitiu caracterizar em dez spots proteicos as seguintes proteínas e/ou enzimas: parvalbumina-2 (Mm = 12,40, pI = 3,80); parvalbumina alfa (Mm = 12,40, pI = 3,80); parvalbumina beta (Mm = 12,40, pI = 3,80); ubiquitina-40S proteína ribossômica S27a (Mm = 11,60, pI = 6,10); GTP cyclohydrolase 1 proteína reguladora de feedback (Mm = 13,00, pI = 4,00) e proteína de transmembrana 186 (Mm = 14,00, pI = 4,70). / This paper presents the results of mercury fractionation in muscle samples of tucunaré (Cichla spp.) and filhote (Brachyplatystoma filamentosum) from the JIRAU Hydroelectric Power Plant in the Madeira River Basin in the Amazon region of Brazil. The proteome of the fishes muscle was separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D PAGE). The mercury present in the protein spots was determined by graphite furnace atomic absorption spectrometry (GFAAS) after acid mineralization in an ultrasound bath. The protein spots in which the presence of mercury was detected were characterised by electrospray ionisation tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) after tryptic digestion. The GFAAS determinations indicated that 65% of the mercury was linked to the protein fraction with a molar mass (Mm) of less than 90 kDa. The mercury concentration in the eleven spots in this protein fraction was present were in the range 13.60 to 17.10 mg g-1. Based on mercury concentrations, it was possible to estimate that the protein spots contained approximately one atom of mercury per protein molecule. Analysis by ESI-MS / MS protein allowed the characterization of ten spots as proteins and / or following enzymes: parvalbumin-2 (MW = 12.40, pI = 3.80); parvalbumin alpha (Mm = 12.40, pI = 3.80); parvalbumin beta (Mm = 12.40, pI = 3.80); ubiquitin-40S ribosomal protein S27a (Mm = 11.60, pI = 6.10); GTP cyclohydrolase 1 regulatory protein of feedback (Mm = 13.00, pI = 4.00) and transmembrane protein 186 (Mm = 14.00, pI = 4.70). / FAPESP: 2010/51332-5 e 2013/21297-1

Orientador: Pedro de Magalhães Padilha / Banca: Luiz Edivaldo Pezzato / Banca: Lincoln Carlos Silva de Oliveira / Resumo: O trabalho avaliou o perfil metaloproteômico de amostras de tecido muscular de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). Métodos eletroforéticos em segunda dimensão (2D PAGE) foram utilizados no fracionamento das proteínas e na identificação por análise de imagens obtidas nos géis de poliacrilamida. Foi feito mapeamento de cálcio, cobre, ferro, manganês e zinco nos spots proteicos por Absorção Atômica usando o módulo chama (FAAS) e forno de grafite (GFAAS). As proteínas dos spots nos quais foram identificados a presença de Ca, Cu, Fe, Mn e Zn foram caracterizadas por Espectrometria de Massas (ESI MS MS). Em média foram detectados 620 spots por gel, com desvio padrão de 11,3 e correlação média de 73% entre os géis. As determinaçoes por FAAS/GFAAS indicaram a presença de cálcio em todos os spots, cobre em 2 spots, ferro em um único spot, manganês em 6 spots, e zinco em 3 spots. Dos 18 spots preoteicos nos quais foram identificados a presença dos íons metálicos, 11 foram caracterizados por ESI MS MS, proteínas podem ser candidatas a biomarcadoras de Ca, Cu, Fe, Mn e Zn / Abstract: The study evaluated the metalon protemic profile samples of muscle tissue of Nile tilapia (Oreochromis niloticus). Methods for second dimension electrophoresis (2D PAGE) has been used in the fractionation of proteins and identification by analysis of images obtained in polyacrylamide gels. Mapping of calcium, copper, iron, manganese and zinc in protein spots was done by Atomic Absorption using the module calls flame (FAAS) and graphite furnace (GFAAS). Were characterized by mass spectrometry (ESI MS MS) the protein spots were identified in which the presence of Ca, Cu, Fe, Mn and Zn. On average 620 spots per gel, with a standard deviation of 11.3 and average correlation of 73 % between the gels were detected. Determination by FAAS / GFAAS indicated the presence of all the spots calcium, copper in two spots of a single spot iron, manganese in 6 spots in 3 spots zinc. The 18 spots preoteicos in which the presence of metal ions have been identified, 11 were characterized by ESI MS MS proteins may be candidates for biomarkers Ca , Cu, Fe , Mn and Zn / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2014-06-13T20:37:17Z : No. of bitstreams: 1 000740068.pdf: 1647648 bytes, checksum: b1d214f874d365863fcad053a496ee8f (MD5) / O trabalho avaliou o perfil metaloproteômico de amostras de tecido muscular de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). Métodos eletroforéticos em segunda dimensão (2D PAGE) foram utilizados no fracionamento das proteínas e na identificação por análise de imagens obtidas nos géis de poliacrilamida. Foi feito mapeamento de cálcio, cobre, ferro, manganês e zinco nos spots proteicos por Absorção Atômica usando o módulo chama (FAAS) e forno de grafite (GFAAS). As proteínas dos spots nos quais foram identificados a presença de Ca, Cu, Fe, Mn e Zn foram caracterizadas por Espectrometria de Massas (ESI MS MS). Em média foram detectados 620 spots por gel, com desvio padrão de 11,3 e correlação média de 73% entre os géis. As determinaçoes por FAAS/GFAAS indicaram a presença de cálcio em todos os spots, cobre em 2 spots, ferro em um único spot, manganês em 6 spots, e zinco em 3 spots. Dos 18 spots preoteicos nos quais foram identificados a presença dos íons metálicos, 11 foram caracterizados por ESI MS MS, proteínas podem ser candidatas a biomarcadoras de Ca, Cu, Fe, Mn e Zn / The study evaluated the metalon protemic profile samples of muscle tissue of Nile tilapia (Oreochromis niloticus). Methods for second dimension electrophoresis (2D PAGE) has been used in the fractionation of proteins and identification by analysis of images obtained in polyacrylamide gels. Mapping of calcium, copper, iron, manganese and zinc in protein spots was done by Atomic Absorption using the module calls flame (FAAS) and graphite furnace (GFAAS). Were characterized by mass spectrometry (ESI MS MS) the protein spots were identified in which the presence of Ca, Cu, Fe, Mn and Zn. On average 620 spots per gel, with a standard deviation of 11.3 and average correlation of 73 % between the gels were detected. Determination by FAAS / GFAAS indicated the presence of all the spots calcium, copper in two spots of a single spot iron, manganese in 6 spots in 3 spots zinc. The 18 spots preoteicos in which the presence of metal ions have been identified, 11 were characterized by ESI MS MS proteins may be candidates for biomarkers Ca , Cu, Fe , Mn and Zn

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-04-08Bitstream added on 2014-06-13T20:29:19Z : No. of bitstreams: 1 akao_pk_me_sjrp.pdf: 3271201 bytes, checksum: 442f358fe13f76b52392394d1b1519df (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Metaloproteinases presentes no veneno de serpentes são toxinas hemostaticamente ativas que interferem em diferentes níveis na cascata de coagulação e têm sido exploradas como ferramenta bioquímica nas pesquisas de coagulação, diagnósticos, modelos de inibidores de metaloproteinases e compreensão do mecanismo de ação de venenos. Estudos estruturais complementados por ensaios de docking molecular têm ajudado muito na compreensão de suas especificidades e mecanismo de ação. Assim, neste trabalho a metaloproteinase não-hemorrágica fibrinogenolítica da classe PI, isolada do veneno de Bothrops moojeni (BmooMP -I) foi cristalizada e sua estrutura resolvida a 1,76 Å de resolução. O íon zinco catalítico possui uma coordenação octaédrica formada por três histidinas canônicas (His 140 , His 144 e His 150 ) e por três moléculas de solvente. Uma comparação seqüencial e estudos estruturais indicaram que os motivos que compreendem os resíduos 153-164 e 167-176 possuem uma característica saliente, que diferencia as outras SVMPs hemorrágicas das não-hemorrágicas de classe PI, podendo estes motivos estarem diretamente envolvidos no desenvolvimento da atividade hemorrágica. Além do projeto principal, foram realizados estudos com a proteína endo-1,4-β-glicanase de Bacillus subtilis (Cel5A), que hidrolisa a ligação glicosídica β(1-4) do polímero de celulose. Esse polímero tem recebido grande atenção do meio acadêmico e industrial devido ao seu potencial na produção de açúcares solúveis, produtos químicos e biocombustíveis. Porém para o aproveitamento da biomassa celulósica é necessário a ação sinérgica do coquetel enzimático formado por endo-1,4-β-glicanases, celobiose-hidrolases ou exo-1,4-β-glicanases e β-glicosidases. Assim, o gene Cel5A constituído pelo domínio catalítico e o módulo de ligação à carboidratos (CBM) foi clonado... / Snake venom metalloproteinases are hemostatically active toxins that interfere in different levels on the blood coagulation cascade. Therefore, they have been extensively investigated as biochemical tools for coagulation studies and diagnostics, and as model for design of metalloproteinases inhibitors and understanding of venom action mechanism. Structural studies complemented by molecular docking experiments have been instrumental to shed light on the the stereo specificity and action of enzymes. In this study, a fibrin(ogen)olytic non-hemorragic PI class metalloproteinase isolated from Bothrops moojeni (BmooMPα-I) was crystallized and its structure determined at 1,76 Å resolution. The catalytic zinc ion displays an octahedral coordination formed by three canonical histidines (His 140 , His 144 e His 150 ) and three solvent molecules. Comparative sequence and structural studies indicate that the motif comprising amino acid segments 153-164 e 167-176 is a salient feature that differentiates non- and hemorrhagic PI class SVMPs and it might be directly involved in the development of the hemorrhagic activity. In parallel to the main project, a biophysical study was carried out on the thermophilic endo-1,4-β-glucanase from Bacillus subtilis. Endo-cellulases are responsible for the cleavage of β(1-4) glycosidic linkages from cellulose. This polymer has been receiving great attention from both industrial and academic community due to its applications in food, chemical and biofuels industries. However, for its use is needed to reduce the cellulose into fermentable sugars and this process involves the synergistic action of endo-1,4-β-glucanases, celobiose-hydrolases or exo-β-1,4-glucanases and β-glucosidases. In this project, the gene of the Cel5A consisting of the parental catalytic domain and its carbohydrate-binding module was cloned in pET28a vector and expressed in BL21(DE3)... (Abstract complete click electronic access below)

Orientador: Pedro de Magalhães Padilha / Banca: Luciana Fleury / Banca: Lincoln de Oliveira / Resumo: Este trabalho apresenta os resultados de fracionamento de proteínas ligadas ao mercúrio em amostras de músculo de tucunaré (Cichla spp.) e filhote (Brachyplatystoma filamentosum) oriundos do complexo hidrelétrico de Jirau, na Bacia do Rio Madeira, região amazônica do Brasil. O proteoma do músculo dessas espécies foi separado por eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (PAGE 2D). O mercúrio presente nos spots proteicos foi determinado por espectrometria de absorção atômica em forno de grafite (GFAAS) após mineralização ácida assistida por banho de ultra-som. Os spots proteicos que apresentaram mercúrio foram caracterizados por espectrometria de massas por ionização com eletrospray em sequência (ESI- MS/MS) após digestão tríptica. As determinações GFAAS indicaram que 65% do mercúrio está ligada à fração proteica com massa molar (Mm) inferior a 90 kDa. As concentrações de mercúrio nos spots apresentaram-se na faixa de 13,60 - 17,10 mg g-1. Com base nas concentrações de mercúrio, foi possível estimar que os spots proteicos continham aproximadamente um átomo de mercúrio por molécula de proteína. A análise por ESI-MS / MS permitiu caracterizar em dez spots proteicos as seguintes proteínas e/ou enzimas: parvalbumina-2 (Mm = 12,40, pI = 3,80); parvalbumina alfa (Mm = 12,40, pI = 3,80); parvalbumina beta (Mm = 12,40, pI = 3,80); ubiquitina-40S proteína ribossômica S27a (Mm = 11,60, pI = 6,10); GTP cyclohydrolase 1 proteína reguladora de feedback (Mm = 13,00, pI = 4,00) e proteína de transmembrana 186 (Mm = 14,00, pI = 4,70). / Abstract: This paper presents the results of mercury fractionation in muscle samples of tucunaré (Cichla spp.) and filhote (Brachyplatystoma filamentosum) from the JIRAU Hydroelectric Power Plant in the Madeira River Basin in the Amazon region of Brazil. The proteome of the fishes muscle was separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D PAGE). The mercury present in the protein spots was determined by graphite furnace atomic absorption spectrometry (GFAAS) after acid mineralization in an ultrasound bath. The protein spots in which the presence of mercury was detected were characterised by electrospray ionisation tandem mass spectrometry (ESI-MS/MS) after tryptic digestion. The GFAAS determinations indicated that 65% of the mercury was linked to the protein fraction with a molar mass (Mm) of less than 90 kDa. The mercury concentration in the eleven spots in this protein fraction was present were in the range 13.60 to 17.10 mg g-1. Based on mercury concentrations, it was possible to estimate that the protein spots contained approximately one atom of mercury per protein molecule. Analysis by ESI-MS / MS protein allowed the characterization of ten spots as proteins and / or following enzymes: parvalbumin-2 (MW = 12.40, pI = 3.80); parvalbumin alpha (Mm = 12.40, pI = 3.80); parvalbumin beta (Mm = 12.40, pI = 3.80); ubiquitin-40S ribosomal protein S27a (Mm = 11.60, pI = 6.10); GTP cyclohydrolase 1 regulatory protein of feedback (Mm = 13.00, pI = 4.00) and transmembrane protein 186 (Mm = 14.00, pI = 4.70). / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-12-13Bitstream added on 2014-06-13T19:40:38Z : No. of bitstreams: 1 000741383.pdf: 4661010 bytes, checksum: cea0b65f99a47eb077f2cdaa817049d0 (MD5) / Neste trabalho, buscou-se identificar proteínas responsáveis pelo transporte de mercúrio em amostras de leite materno coletadas da população ribeirinha do rio Madeira. Para isso, inicialmente, foi obtido o proteoma das amostras de leite por eletroforese bidimensional (2D PAGE) após precipitação das proteínas em meio acetônico. Nos spots proteicos obtidos no processo de fracionamento das proteínas, nas amostras de cabelo e de leite das lactantes foram feitas determinações de mercúrio por espectrometria de absorção atômica de vapor frio (CVAAS) e espectrofotometria de fluorescência atômica de vapor frio (CVAFS). As determinações por CVAFS indicaram a presença de mercúrio em dois spots proteicos (spot 1, spot 2), os quais foram caracterizados por espectrometria de massas em sequência com ionização por electrospray (ESI MS MS) e por meio de busca no banco de dados Uniprot. A análise por ESI MS MS identificaram o spot 1 como sendo a proteína b caseína (pI = 5,52 e MM = 26,01 kDa) e o spot 2 como sendo a proteína Lisozima C (pI = 9,30 e MM = 16,50 kDa). Os resultados obtidos nas determinações de mercúrio nos spots 1 e 2 permitiram estabelecer relação estequiométrica de um átomo de mercúrio por quatro moléculas de b caseína e de um átomo de mercúrio por molécula de lisozima C. Com base nos dados obtidos é possível inferir, no caso da b caseína, que a ligação do mercúrio não é específica, tratando-se de uma proteína metal-binding, não configurando o mercúrio como um cofator metálico, o que não desqualifica a b caseína como possível biomarcadora de mercúrio. Em relação a Lisozima C, a presença de metionina (base mole) na sequência peptídica pode estabelecer ligações com íons metálicos com características de ácido mole, como o Hg2+, configurando uma ligação mais estável desse íon com grupos sulfidrilas da Lisozima C e, caracterizando essa proteína como possível biomarcador de... / In this study, we aimed to identify proteins responsible for the mercury transport in breast milk samples collected from the lactating of Madeira River region, Rondônia - Brazil. For this, we first obtained the proteome of milk samples by two-dimensional electrophoresis (2D PAGE) after proteins precipitation in acetone medium. In the protein spots obtained from proteins fractionation, in hair and milk samples of lactating mercury determinations were carried out by cold vapor atomic absorption spectrometry (CVAAS) and by cold vapor atomic fluorescence spectrophotometry (CVAFS). CVAFS determinations indicated the presence of mercury in two protein spots (spot 1, spot 2), which were characterized by electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI MS MS) and by searching in the Uniprot database. The ESI MS MS analysis identified the spot 1 as the b casein protein (pI = 5.52 and MM = 26.01 kDa) and spot 2 as the lysozyme C protein (pI = 9.30 and MW = 16, 50 kDa). The results obtained in the mercury determinations in the spots 1 and 2 allowed to establish a stoichiometric ratio of one mercury atom per four molecules of b casein and one mercury atom per of lysozyme C molecule. Based on the obtained data it can be inferred, in the case of b casein, that mercury binding is not specific, treating yourself of a metal-binding protein, not configuring the mercury as a metal cofactor what does not disqualify the b casein as a possible mercury biomarker. Regarding lysozyme C, the presence of methionine (soft base) in the peptide sequence can establish links with metal ions with features of soft acid, such as Hg2+, configuring a stable binding of this metal ion with sulfhydryl groups of lysozyme C and, characterizing this protein as a possible mercury biomarker

Orientador: Pedro de Magalhães Padilha / Banca: Gustavo Rocha de Castro / Banca: Paulo dos Santos Roldan / Banca: Amauri Antonio Menegário / Banca: Lincoln Carlos Silva de Oliveira / Resumo: Neste trabalho, buscou-se identificar proteínas responsáveis pelo transporte de mercúrio em amostras de leite materno coletadas da população ribeirinha do rio Madeira. Para isso, inicialmente, foi obtido o proteoma das amostras de leite por eletroforese bidimensional (2D PAGE) após precipitação das proteínas em meio acetônico. Nos spots proteicos obtidos no processo de fracionamento das proteínas, nas amostras de cabelo e de leite das lactantes foram feitas determinações de mercúrio por espectrometria de absorção atômica de vapor frio (CVAAS) e espectrofotometria de fluorescência atômica de vapor frio (CVAFS). As determinações por CVAFS indicaram a presença de mercúrio em dois spots proteicos (spot 1, spot 2), os quais foram caracterizados por espectrometria de massas em sequência com ionização por electrospray (ESI MS MS) e por meio de busca no banco de dados Uniprot. A análise por ESI MS MS identificaram o spot 1 como sendo a proteína b caseína (pI = 5,52 e MM = 26,01 kDa) e o spot 2 como sendo a proteína Lisozima C (pI = 9,30 e MM = 16,50 kDa). Os resultados obtidos nas determinações de mercúrio nos spots 1 e 2 permitiram estabelecer relação estequiométrica de um átomo de mercúrio por quatro moléculas de b caseína e de um átomo de mercúrio por molécula de lisozima C. Com base nos dados obtidos é possível inferir, no caso da b caseína, que a ligação do mercúrio não é específica, tratando-se de uma proteína metal-binding, não configurando o mercúrio como um cofator metálico, o que não desqualifica a b caseína como possível biomarcadora de mercúrio. Em relação a Lisozima C, a presença de metionina (base mole) na sequência peptídica pode estabelecer ligações com íons metálicos com características de ácido mole, como o Hg2+, configurando uma ligação mais estável desse íon com grupos sulfidrilas da Lisozima C e, caracterizando essa proteína como possível biomarcador de ... / Abstract: In this study, we aimed to identify proteins responsible for the mercury transport in breast milk samples collected from the lactating of Madeira River region, Rondônia - Brazil. For this, we first obtained the proteome of milk samples by two-dimensional electrophoresis (2D PAGE) after proteins precipitation in acetone medium. In the protein spots obtained from proteins fractionation, in hair and milk samples of lactating mercury determinations were carried out by cold vapor atomic absorption spectrometry (CVAAS) and by cold vapor atomic fluorescence spectrophotometry (CVAFS). CVAFS determinations indicated the presence of mercury in two protein spots (spot 1, spot 2), which were characterized by electrospray ionization tandem mass spectrometry (ESI MS MS) and by searching in the Uniprot database. The ESI MS MS analysis identified the spot 1 as the b casein protein (pI = 5.52 and MM = 26.01 kDa) and spot 2 as the lysozyme C protein (pI = 9.30 and MW = 16, 50 kDa). The results obtained in the mercury determinations in the spots 1 and 2 allowed to establish a stoichiometric ratio of one mercury atom per four molecules of b casein and one mercury atom per of lysozyme C molecule. Based on the obtained data it can be inferred, in the case of b casein, that mercury binding is not specific, treating yourself of a metal-binding protein, not configuring the mercury as a metal cofactor what does not disqualify the b casein as a possible mercury biomarker. Regarding lysozyme C, the presence of methionine (soft base) in the peptide sequence can establish links with metal ions with features of soft acid, such as Hg2+, configuring a stable binding of this metal ion with sulfhydryl groups of lysozyme C and, characterizing this protein as a possible mercury biomarker / Doutor