CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / A degradaÃÃo ambiental e as restriÃÃes hÃdricas de regiÃes semiÃridas comprometem a produÃÃo agrÃcola e reforÃam a necessidade de manejo da Ãgua para manutenÃÃo da produtividade das culturas. Pesquisas sugerem o uso de Ãgua produzida, obtida no processo de extraÃÃo do petrÃleo, como alternativa de irrigaÃÃo, especialmente em Ãreas prÃximas aos campos petrolÃferos com escassez de Ãgua. No entanto, tÃm-se limitaÃÃes da aplicaÃÃo dessa Ãgua devido à presenÃa comum de sais, compostos tÃxicos e metais que podem impactar negativamente o solo. Este estudo teve por objetivo avaliar atributos microbiolÃgicos do solo cultivado com oleÃferas irrigadas com diferentes Ãguas (subsolo e Ãgua produzida) e comparÃ-los com solos controles nÃo cultivados e sob vegetaÃÃo nativa. Experimentos com espÃcies de girassol e mamona irrigadas com Ãgua captada do subsolo (AC), Ãgua produzida tratada com filtragem simples (APF), Ãgua produzida tratada por osmose reversa (APO) e solo nÃo cultivado (NCNI) foram conduzidos na fazenda BelÃm, Aracati, CearÃ. O solo rizosfÃrico da camada superficial (0-10 cm) foi coletado nos perÃodos prÃ-plantio e durante as fases de crescimento e florescimento das culturas, e avaliado atravÃs das variÃveis densidade populacional de fungos filamentosos e bactÃrias cultivÃveis, carbono orgÃnico (COT), carbono da biomassa microbiana (CBM), respiraÃÃo basal (RB), quociente metabÃlico (qCO2) e atividade enzimÃtica. A partir dos resultados pÃde-se concluir que tratamentos com APF e APO afetam de forma distinta os atributos do solo, com o primeiro alterando positivamente o nÃmero de micro-organismos e a atividade enzimÃtica, enquanto o segundo reduz a desidrogenase e as populaÃÃes de fungos e bactÃrias do solo. A irrigaÃÃo com AC e APF teve efeitos semelhantes sobre os indicadores estudados. NÃo foram detectadas diferenÃas entre tratamentos de manejo do solo quando analisados os parÃmetros COT, CBM, RB e qCO2 no primeiro ciclo das culturas. Os valores da maioria dos indicadores microbiolÃgicos avaliados foram similares na mata nativa e nas Ãreas cultivadas com oleÃferas irrigadas. / Environmental degradation and water restrictions in semiarid regions undertake agricultural production and reinforce the need for water management to maintain crop productivity. Researchers suggest the use of produced water, obtained in the process of oil extraction, as alternative of irrigation, especially in areas close to oil fields with water scarcity. However, there have been limitations on application this water due to the common presence of salts, metals and toxic compounds that may to impact negatively the soil. This study aimed to evaluate soil microbiological attributes in areas under cultivation of bioenergy plants irrigated with different waters (underground and produced water) and compare them with controls uncultivated and native vegetation soils. Experiments with species of sunflower and castor beans irrigated with water collected from underground (AC), produced water treated with simple filtering (APF), produced water treated by reverse osmosis (APO) and uncultivated soil (NCNI) were conducted on BelÃm farm, Aracati, Cearà state, Brazil. The surface layer of soil (0-10 cm) was collected in the ranks of pre-planting and planting during the growing and flowering plants, and evaluated by the population density of filamentous fungi and cultivable bacterias, organic carbon (COT), microbial biomass carbon (CBM), basal respiration (RB), metabolic quotient (qCO2) and enzyme activity. The results of this study revealed that treatment with APF and APO affect differently soil attributes, with the first positively changing the number of microorganisms and enzyme activity, while the second reduces dehydrogenase and populations of fungi and bacterias of soil. However, treatments with AC and APF had similar effects on indicators studied. Differences were not found between treatments when analyzed soil parameters of management COT, CBM, RB and qCO2 in first crop cycle. The values of most microbiological indicators evaluated were similar in native forest and areas cultivated with bionergy plants irrigated.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-09-18T17:39:38Z No. of bitstreams: 2 merged.pdf: 2827460 bytes, checksum: 84c579b817b24021e72bdea116e8ab88 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-09-18T21:39:12Z (GMT) No. of bitstreams: 2 merged.pdf: 2827460 bytes, checksum: 84c579b817b24021e72bdea116e8ab88 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-18T21:39:12Z (GMT). No. of bitstreams: 2 merged.pdf: 2827460 bytes, checksum: 84c579b817b24021e72bdea116e8ab88 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Intellectual disability is a signal comprising a set of clinically and genetically heterogeneous disorders in which the development and/or function of the brain is compromised. This deficiency is characterized by significant limitations both in intellectual functioning and in adaptive behavior and is observed begins before 18 years of age. It is characterized by a high degree of variable expression, and the expression of a wide range of phenotypes, ranging from various genetic syndromes known to characteristics non-syndromic and psychological and/or psychiatric disorders. The etiology is still poorly understood and about half of the cases are unclear. In recent years, the chromosomal analysis by microarray has revolutionized the evaluation of patients with developmental delay or intellectual disability. By this method, the genome of a patient is examined to detect gains or losses of genetic material that are usually too small to be detected by chromosome banding studies. Genomic deletions and duplications have an important role in characterizing genetic diseases, including many neurological disorders and neural development. Identifying these changes may contribute to the clinical management of affected individuals and assist their families, and furthermore, can provide information on the processes of development and brain function. In this context the main objective of this study was identified possible submicroscopic genomic changes associated with intellectual disability, using a platform Chromosomal Microarray high resolution in patients referred by doctors of public health from Goiás state and had initially a normal karyotype. Thus 15 patients with intellectual disabilities were tested by high resolution HD CytoScan Array (Affymetrix) tecnology which detected the presence of 33 variations in the number of genome copies in 10 (66.7%) of the probands. Nineteen microduplications (57.6%) and 14 microdeletions (42.4%) were observed, and 17 CNVs (51.5%) were neutral, 7 (21.2%) pathogenic, 5 (15.15%) potentially pathogenic and 4 (12.12%) of uncertain significance. Five patients showed no change in the number of copies. In this study, we could propose a genetic etiology for the phenotype of 8 patients and thus the diagnostic yield of the platform used was 53.3%. Although modest, this study was significant because this technology was first employed in the state of Goiás and thus, could contribute more genetic information about this complex and heterogeneous neurological sign of great importance to global public health. / A deficiência intelectual é um sinal que compreende um conjunto de distúrbios clinica e geneticamente heterogêneos em que o desenvolvimento e/ou a função do cérebro é comprometida. Esta deficiência é caracterizada por limitações significativas tanto no funcionamento intelectual quanto no comportamento adaptativo e se inicia antes dos 18 anos de idade. É caracterizada por um elevado grau de expressividade variável, e pela manifestação de uma grande gama de fenótipos, variando de diversas síndromes genéticas conhecidas a características não sindrômicas e desordens psicológicas e/ou psiquiátricas. A etiologia ainda é mal compreendida e cerca de metade dos casos não são esclarecidos. A análise cromossômica por microarray tem revolucionado, nos últimos anos, a avaliação de pacientes com atraso no desenvolvimento ou deficiência intelectual. Por este método, o genoma de um paciente é examinado para a detecção de ganhos ou perdas de material genético que, normalmente, são muito pequeno para serem detectados por estudos cromossômicos com bandamento G. Deleções e duplicações genômicas têm um papel importante na caracterização de doenças genéticas, incluindo muitas desordens neurológicas e do desenvolvimento neural. A identificação dessas alterações pode contribuir para a manejo clínico dos indivíduos afetados e auxiliar suas famílias, e além disso, pode também fornecer informações sobre os processos do desenvolvimento e funcionamento do cérebro. Neste contexto o objetivo principal deste estudo foi identificar possíveis alterações genômicas submicroscópicas associadas à deficiência intelectual, utilizando uma plataforma de Chromosomal Microarray de alta resolução, em pacientes referenciados por médicos da rede pública de saúde do Estado de Goiás e que tenham apresentado inicialmente um cariótipo normal. Desta forma foram testados 15 pacientes com deficiência intelectual, pela tecnologia de alta resolução CytoScan HD Array (Affymetrix) que detectou a presença de 33 variações no número de cópias genômicas em 10 (66,7%) dos probandos. Foram observadas 19 microduplicações (57,6%) e 14 microdeleções (42,4%), sendo que 17 CNVs (51,5%) eram neutras, 7 (21,2 %) patogênicas, 5 (15,15%) potencialmente patogênicas e 4 (12,12%) de significado incerto. Cinco pacientes não apresentaram nenhuma alteração no número de cópias. Neste estudo foi possível propor uma etiologia genética para o fenótipo de 8 pacientes e dessa forma o rendimento diagnóstico, a título de pesquisa, da plataforma utilizada foi de 53,3%. Este estudo foi relevante já que esta tecnologia foi empregada pela primeira vez no estado de Goiás e com isso, pudemos contribuir com mais informação genética sobre esse complexo e heterogêneo sinal neurológico de grande importância para a saúde pública mundial.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-09-25T11:52:50Z No. of bitstreams: 2 Cavalcanti, Veraluce Paolini.pdf: 2676822 bytes, checksum: 6bad315ff907a106f844b70ea19ac46d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-09-26T11:11:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Cavalcanti, Veraluce Paolini.pdf: 2676822 bytes, checksum: 6bad315ff907a106f844b70ea19ac46d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-26T11:11:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Cavalcanti, Veraluce Paolini.pdf: 2676822 bytes, checksum: 6bad315ff907a106f844b70ea19ac46d (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-10-17 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The bacterial pharyngotonsillitis are infections of the upper airways that occurs predominantly in children and adolescents. Due to the composition of the oral microbiota is difficult to clarify the role of each organism in the etiology of the disease. The presence of bacteria that produce beta-lactamase interferes with the effectiveness of beta-lactam antibiotics, the most commonly drug used in treatment of these infections, promoting the recurrence of the disease. S. aureus is one of the most common pathogen in the etiology of tonsillitis and its relevance is due to the ability of antimicrobial resistance and persistence in the tissues of the tonsils. Tonsillectomy is indicated in cases of recurrent tonsillitis after several failures in the antibiotic terapy. The aim of this study was to determine the prevalence of S. aureus in the tonsils of patients undergoing tonsillectomy, in a teaching hospital in Goiânia, the antimicrobial susceptibility profile and the genetic characterization of isolates. Tonsils obtained from 123 patients were processed, the microorganisms identified and submitted to antibiogram by conventional techniques. The isolates that presented cefoxitin resistance were submitted to tests to determine the minimum inhibitory concentration - MIC for oxacillin and to detect the presence of the mecA gene. All isolates were subjected to PCR for detection of Panton-Valentine leukocidin gene and to PFGE to determine the genetic similarity among them. It was identified 60 S. aureus isolates from 49 patients (39.8%). There were no significant difference in prevalence by sex and, the average age of male patients was lower (8.2 years) (p<0.001) than the female patients (15.3 years). Nine out 49 patients(18.4%) presented two or more different S. aureus isolates. The isolates presented resistance of 85.0%, 10.0%, 15.0%, 3.3%, 10.0%, 3.3%, 18.3% and 8.3% to penicillin, amoxicillin + ácido clavulânico, cefoxitin, ceftriaxone, erythromycin, trimethoprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin and tetracycline, respectively. All isolates were sensitive to linezolid and rifampin. Six erythromycin-resistant isolates (10.0%) showed inducible resistance (MLSbi) to clindamycin and quinupristin/dalfopristin. Eight isolates (13.3%) were resistant to three or more classes of antimicrobials. Despite the resistance to cefoxitin be considered a marker of the presence of the mecA gene only in two resistant isolates it has been found, xv suggesting that the cefoxitin resistance should be mediated by other mechanisms, such as the overproduction of beta-lactamases. None of these isolates showed resistance to more than two classes of antimicrobials. Among the sixty S. aureus isolates, only carried the gene encoding the Panton-Valentine leukocidin. This isolate presented resistance to five classes of antimicrobials and phenotype D. PFGE analysis grouped 36 (60,0%) of 60 isolates in 10 clusters (>80% similarity), since no one specific clone was associated with colonization of the tonsils. It was observed different patients carrying S. aureus isolates genetically identical or with a high level of similarity (>80%), suggesting in these cases, a common origin. The high prevalence of S. aureus in tonsils suggests an ability to colonize the surface and/or the persistence in the tissues of the tonsils. The isolation of MDR bacteria can promote cross-resistance to other bacteria commonly associated with recurrent tonsillitis. The results point to change the paradigm of diagnosis and treatment of recurrent tonsillitis in order to enable the correct use of antimicrobials to reduce the recurrence which is the main cause of tonsillectomy. / As faringotonsilites bacterianas são infecções das vias aéreas superiores que ocorrem predominantemente em crianças e adolescentes. Devido à composição da microbiota oral é difícil o esclarecimento da participação de cada microrganismo na etiologia da doença. A presença de bactérias produtoras de β-lactamases interfere na eficácia de antimicrobianos β-lactâmicos, os mais utilizados no tratamento destas infecções, favorecendo a recorrência da doença. S. aureus é um dos patógenos mais frequentes na etiologia das tonsilites e sua relevância se deve à capacidade de resistência aos antimicrobianos e à persistência nos tecidos internos das tonsilas. A tonsilectomia é indicada nos casos de tonsilite recorrente após várias falhas na antibioticoterapia. O objetivo deste trabalho foi determinar a prevalência de S. aureus em tonsilas de pacientes submetidos à tonsilectomia, em um hospital escola de Goiânia; o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos e a caracterização genética dos isolados. Tonsilas obtidas de 123 pacientes foram processadas, os microrganismos identificados e submetidos ao antibiograma por técnicas convencionais. Nos isolados resistentes à cefoxitina, foi realizada a determinação da concentração inibitória mínima - CIM para oxacilina e a detecção da presença do gene mecA por PCR. Todos os isolados foram submetidos à PCR para detecção da leucocidina Panton-Valentine e ao PFGE para determinação da similaridade genética. Foram identificados 60 isolados de S. aureus de 49 pacientes (39,8%). Não houve diferença significativa da prevalência por sexo e a média de idade dos pacientes do sexo masculino foi menor (8,2 anos) (p<0,001) do que das pacientes (15,3 anos). Em nove (18,4%) dos 49 pacientes houve a identificação de dois ou mais isolados diferentes de S. aureus. Os isolados apresentaram resistência de 85,0%, 10,0%, 15,0%, 3,3%, 10,0%, 3,3%, 18,3% e 8,3% para penicilina, amoxacilina + ácido clavulânico, cefoxitina, ceftriaxona, eritromicina, sulfametoxazol/trimetoprim, ciprofloxacina e tetraciclina respectivamente. Todos os isolados foram sensíveis à linezolida e rifampicina. Seis isolados (10,0%) resistentes à eritromicina apresentaram fenótipo de resistência induzível (MLSbi) à clindamicina e quinupristina/dalfopristina. Oito isolados (13,3%) foram resistentes a três ou mais classes de antimicrobianos. Apesar da resistência à cefoxitina ser considerada o xiii marcador da presença do gene mecA, somente em dois isolados resistentes, o mesmo foi detectado sugerindo que a resistência à cefoxitina pudesse ser mediada por outro mecanismo, como a hiperprodução de β-lactamases. Nenhum desses isolados apresentou resistência a mais de duas classes de antimicrobianos. Dos 60 S. aureus isolados, somente um apresentou o gene que codifica a leucocidina Panton-Valentine. Neste isolado ainda foi observada resistência a cinco classes de antimicrobianos e fenótipo D. A análise por PFGE agrupou 36 (60,0%) dos 60 isolados em 10 clusters (>80% similaridade), não sendo detectado um clone específico associado à colonização das tonsilas. Porém observamos pacientes diferentes portando S. aureus geneticamente idênticos ou com alto grau de similaridade (>80%), sugerindo nestes casos, uma origem comum. A alta prevalência de S. aureus nas tonsilas sugere uma capacidade de colonização da superfície e/ou persistência nos tecidos internos das tonsilas. O isolamento de bactérias MDR pode favorecer resistência cruzada de outras bactérias comumente associadas à tonsilite recorrente. Os resultados apontam para mudança no paradigma de diagnóstico e tratamento de tonsilites recorrentes com vistas a viabilizar o uso correto de antimicrobianos e diminuir a recorrência que é a principal causa de tonsilectomia

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-09-30T12:45:52Z No. of bitstreams: 2 Philippsen, Hellen Kempfer-2011-dissertação.pdf: 1457910 bytes, checksum: 4ee585b7a28a164d44414a0a2ef76ae5 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-09-30T15:28:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Philippsen, Hellen Kempfer-2011-dissertação.pdf: 1457910 bytes, checksum: 4ee585b7a28a164d44414a0a2ef76ae5 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-30T15:28:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Philippsen, Hellen Kempfer-2011-dissertação.pdf: 1457910 bytes, checksum: 4ee585b7a28a164d44414a0a2ef76ae5 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2011-08-30 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Paracoccidioides brasiliensis is a dimorphic fungus, the causative agent of paracoccidioidomycosis (PCM), a systemic mycosis that affects mainly people from Latin America. In order to establish infection, many factors are required for P. brasiliensis, such as cell wall remodeling and the ability to capture nutrients from the host. As iron is an important cofactor of many reactions, the host reduces the availability of free iron ions to the pathogen. Therefore, this study aims to elucidate the proteomic profile of the cell wall in response to iron depletion. The extraction of surface proteins of the cell wall in iron restriction and iron replete conditions was performed and the proteomic profile was obtained by two-dimensional electrophoresis with subsequent analysis of images. Statistical analysis demonstrated proteins with differential level of expression in each condition, which were subjected to tryptic digestion and identification by mass spectrometry. It was identified 26 proteins by peptide mass fingerprint (PMF) and/or ions fragmentation (MS/MS). The majority of these proteins have post - translational modifications and only some have in their sequences signal peptide, suggesting that they are addressed to the surface by non-classical pathways. / Paracoccidioides brasiliensis é um fungo patogênico termodimórfico, agente causador da Paracoccidioidomicose (PCM), uma micose sistêmica que afeta principalmente indivíduos da América Latina. Muitos fatores são necessários para que P. brasiliensis estabeleça infecção, como o remodelamento da parede celular e a capacidade de captar nutrientes do hospedeiro para seu metabolismo. Como o íon ferro é um cofator de diversas reações, o hospedeiro diminui a disponibilidade de íons ferro na forma livre para o patógeno. Portanto, o presente trabalho visa investigar o perfil de proteínas da parede celular de P. brasiliensis quando em condição de depleção do íon ferro. Para esse fim, realizou-se a extração das proteínas da parede das células de P. brasiliensis em meio com restrição do íon ferro. O perfil proteômico das condições experimental e controle foram obtidos por eletroforese bidimensional com posterior análise de imagens. Análises estatísticas demonstraram as proteínas reguladas nas condições de depleção de ferro, que foram submetidas à digestão tríptica e identificação por espectrometria de massas. Foram identificadas 26 proteínas por perfil de digestão tríptica (PMF) e/ou perfil de fragmentação dos íons (MS/MS). A maioria dessas proteínas apresenta preditas modificações pós - traducionais e apenas algumas apresentam peptídeo sinal em suas sequências, o que sugere que elas são endereçadas à superfície por vias não clássicas.

Neste trabalho foi realizada a caracterização microbiana, por meio de técnicas de Biologia Molecular, do lodo granular do processo de precipitação dos metais ferro, zinco e cobre por sulfeto gerado a partir de um reator biológico em batelada sequencial (ASBR) para redução de sulfato de drenagem ácida de minas (DAM) sintética em suas diferentes fases operacionais. O reator foi inoculado com lodo granular de reator UASB tratando efluente de abatedouro de aves, operando em relação DQO/sulfato 1,0. O etanol foi utilizado como doador de elétrons e o sulfato de sódio como receptor de elétrons. Para o presente estudo as amostragens de lodo foram realizadas em pH 5,0; pH 4,0; pH 4,0 + Fe2+, pH 4,0 + Fe2+; Zn2+; pH 4,0+Fe2+; Zn2+; Cu2+ sempre quando ocorria redução máxima de sulfato no reator, o inóculo também foi estudado para comparação. Após coleta de todas as amostras, realizou-se a extração do DNA, seguida de purificação e amplificação para o RNAr16S para os Domínios estudados e as sequencias foram separadas através de DGGE. A estrutura das comunidades foi analisada em função da composição e riqueza de bandas de DGGE nos consórcios microbianos. A análise do perfil de bandas do DGGE permitiu visualização da dinâmica da população microbiana presente em cada fase do tratamento biológico da DAM. Os resultados revelaram que ocorreu maior variação na diversidade de microrganismos do domínio Bacteria do que de Archaea nos tratamentos da DAM com os parâmetros operacionais estudados. Dentre essas observações, percebe-se que as sucessivas diminuições de pH foram menos influentes na diversidade do que foi a adição dos metais, principalmente quando houve adição do Fe. O Domínio Bacteria apresentou maiores reduções de bandas do que o domínio Archaea, que sofreu menores influências às condições operacionais. Comparando-se a diversidade de bactérias e arqueias neste estudo, observa-se que as bactérias foram 56,5% maior que as arqueias em termos de diversidade pelas bandas de DGGE apresentadas. Diminuições no pH e adição sucessiva dos metais Fe, Zn e Cu foram associados a alterações temporais na estrutura da comunidade bacteriana. Nas análises de sequenciamento para domínio Bacteria, apesar de baixa qualidade do sequenciamento das bandas recortadas, foi possível fazer uma comparação entre o BLAST e a base de sequências do NCBI. Uma das bandas apresentou similaridade de 88 e 87% com clones não cultivados de Geobacter e Clostridum, respectivamente. Estes microrganismos são relatados como sendo redutores de sulfato. Outras duas bandas apresentaram 91% de similaridade com clone não cultivado de bactérias. Já para o Domínio Archaea, a análise comparativa indicou similaridade de três das cinco bandas com os clones não cultivados de Methanomicrobiales archaeon F5OHPNU07IK8FO e duas das bandas com o gênero Methanosaeta sp. clone DI CO3, ambas arqueias relatadas como sendo presentes em lodo granular de diversos tratamentos anaeróbios. Conclui-se que a estimativa da diversidade permitiu inferir que as alterações nas composições das comunidades microbianas foram devidas as condições operacionais impostas. / The microbial characterization of this study was carried out by molecular biology techniques, of granular sludge samples from precipitation of the metals iron, zinc and copper in sulphide generated from a biological sequencing batch reactor (ASBR) to reduce the sulphate of synthetic acid drainage mines in its different operational phases. The reactor was inoculated with granular sludge from UASB reactor treating effluent from poultry slaughterhouse operating in ratio COD/sulphate 1.0. Ethanol was used as electron donor and sodium sulphate as electron acceptor. For this study, samples of sludge were taken on pH 5.0; pH 4.0; pH 4.0 + Fe2+, pH 4.0 + Fe2+; Zn2+; pH 4.0 + Fe2+; Zn2+; Cu2+ whenever maximum reduction of sulphate in the reactor occurred. The inoculums was also studied for comparison. After collecting all samples, the extraction of DNA was carried out, followed by purification and amplification to RNAr16S for the studied Domains and the sequences were separated by DGGE. The structure of the communities was analyzed in view of the composition and richness of DGGE bands in microbial consortia. The DGGE bands’ profile analysis allowed visualization of the dynamics of the microbial population present in each phases of the AMD biological treatment. Results showed that a higher variation occurred in diversity of microorganisms of the Bacteria domain than that in Archaea in treatment with the operating parameters studied. Among these observations, it is perceived that the successive decreases in pH were less influential in diversity than it was the metals additions, mainly when there was addition of Fe. The Bacteria domain presented higher reductions bands than the Archaea domain, which suffered lower influences from operational conditions. When comparing the diversity of Bacteria and Archaea in this study, it is observed that the bacteria were 56.5% higher than the Archaea in terms of diversity by DGGE bands presented. Diminishing in pH and successive addition of the metals Fe, Zn and Cu were associated with temporal changes in the structure of bacterial community. In sequencing analysis to Bacteria domain, although the low quality of the sequence of the cut bands, it was possible to make a comparison between BLAST and the base of sequence of the NCBI. One of the bands presented a similarity of 88% and 87 with uncultivated clones of Clostridum and Geobacter, respectively. These microorganisms are reported to be sulphate reducers. Two other bands presented 91% similarity with the uncultivated clone of bacteria. For the Archaea domain the comparative analysis indicated similarity of three of the five bands with the uncultivated clones of archaeon Methanomicrobiales F5OHPNU07IK8FO and two of the bands with the genus Methanosaeta sp. clone DI CO3, both of then reported as present in granular sludge of several anaerobic treatments. It is concluded that the estimate of diversity allowed inferring that the alterations in the composition of microbial communities occurred due the imposed operations conditions.

As infecções em cirurgia cardíaca ainda apresentam um cenário importante nas infecções associadas à assistência a saúde (IAAS), favorecendo ao paciente à aquisição de infecções por micro-organimos multirreristentes. Este trabalho teve como objetivo avaliar o perfil de resistência a antimicrobianos, verificar a presença de genes que codificam as enzimas dos tipos oxacilinases e metalo-beta-lactamases e descrever as características demográficas e clínicas dos pacientes colonziados/infectados por Acinetobacter spp. e P.aeruginosa internados no Centro de Terapia Intensiva Cardíaca do HUPE no período de 2005 a 2010. A maioria das 46 amostras de Acinetobacter spp e das 35 de P.aeruginosa foram de origem respiratória seguido de sangue. A maioria das amostras de A. baumannii apresentou altos percentuais de resistência a: ceftazidina, cefepime, piperacilina-sulbactam, ciprofloxacin, ceftriaxona e CIM &#8805;32 &#956;g/mL para os carbapenêmicos. Uma amostra foi resistente a Polimixina B. O gene blaOXA-23 foi detectado em 65% das amostras e uma amostra apresentou o gene blaOXA-24. Não foram detectados os genes blaOXA-58-like e blaOXA-143. Para P. aeruginosa os percentuais de resistência para todos os antimicrobianos foram inferiores a 32%. Quatro amostras apresentaram resistência intermediária a polimixina B e nenhum gene de resistência foi detectado. Os prontuários dos pacientes foram analisados a fim de associar as características clínicas com os processos infecciosos identificados e seu desfecho clínico. Na análise por tipo de micro-organismo associado ao processo infeccioso à idade acima de 70 anos, DM e uso da ventilação mecânica por tempo prolongado foi maior no grupo dos pacientes que apresentaram infecção por P.aeruginosa. O IAM, a ICC em internações anteriores e suas complicações (choque cardiogênico e arritmia) tiveram impacto na mortalidade na série de pacientes (p<0,05). A insuficiência renal entre todas as comorbidades foi à única que teve associação com a mortalidade (OR= 8,3). Não houve associação entre a mortalidade e o micro-organismo que causou a infecção (Acinetobacter spp. p=0,3 e P.aeruginosa p=0,2) ou a resistência a carbapenêmicos (p=0,5). Foram observados dois casos de mediastinte por Acinetobacter spp. e dois por P. aeruginosa sendo um achado inédito no Brasil até o momento. / Infections in cardiac surgery still have an important scenario infections associated with health assistance(IAHA), favoring acquisition of the patients to infection by microrganisms multiresistants. This work aimed to avaluate the profile of the resistance antimicrobial, to verify the presence of genes encoding enzymes of types oxacilinases and metallo-beta-lactamases and describe demographic and clinical caracteristics of inpatients colonized/infected by Acinetobacter spp. and P. aeruginosa in Cardiac Care Center the Pedro Ernesto University Hospital during the period 2005 to 2010. Most of 46 samples of Acinetobacter spp. and 35 the P. aeruginosa were the respiratory origen and and blood. Most sample A.baumannii showed higher percentages of resistance to: ceftazidime, piperacilin-sulbactam, ciprofloxacin, ceftriaxone and CIM &#8805;32 &#956;g/mL for carbapenems. A sample was resistant a polymyxin B. The gene blaOXA-23 was detected in 65% of the samples and a sample showed gene blaOXA-24.The genes blaOXA-58-like e blaOXA-143 not were detected. For P. aeruginosa the percentage of resistance to all antimicrobials was less than 32%. Four samples showed intermediate resistance to polymyxin B and no gene the resistance was detected.The charts of all patients were analyzed in order to associated the clinical caracteristics with infections processes identified and the clinical outcome. The analyses by type of microrganism associated with infections process over the age of 70 years, DM and use mechanical ventilation for prolonged was higer in the patients with infection by P. aeruginosa. The IAM and the ICC of previous hospitalizations and complications (cardiogenic shock and arrhythmia) had an impact on mortality in series of patients (p<0,05). The renal failure among all comorbitidies was the only one that was associated with mortality (OR=8,3). There was no association between mortality and the organism causing the infection (Acinetobacter spp. p=0,3 and P.aeruginosa p=0,2). Two cases of mediastinitis of Acinetobacter spp. and two cases of P. aeruginosa was observed. It was an umprecedented finding in Brazil at that moment.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / ExoU, uma citotoxina produzida pelo patógeno oportunista Pseudomonas aeruginosa e translocada para o citosol de células hospedeiras via sistema de secreção do tipo III, é associada à gravidade de infecções agudas. No presente trabalho, o efeito de ExoU na ativação do estresse oxidativo e da resposta antioxidante foi avaliado em culturas de células epiteliais respiratórias humanas infectadas com a cepa PA103 de P. aeruginosa (produtora de ExoU), com a mutante deletada no gene exoU, PA103&#8710;exoU, ou com a mutante complementada com exoU sem atividade tipo fosfolipase A2, PA103&#8710;UT/S142A. Análises das dosagens de hidroperóxidos lipídicos e isoprostanos, considerados marcadores de estresse oxidativo, revelaram que ExoU promoveu um aumento em suas concentrações. Foi observado, também, que ExoU estimulou a produção de espécies reativas de oxigênio, óxido nítrico e peroxinitrito nas células infectadas, assim como a expressão de iNOS e eNOS, mas não de nNOS. Além disso, ExoU foi responsável pelo aumento da atividade de SOD1 e pela redução dos níveis de GSH, mas não afetou a atividade da catalase ou de NQO1. No modelo in vivo, a dosagem de malondialdeído, um subproduto da lipoperoxidação de membranas, evidenciou uma maior produção deste composto no pulmão de camundongos infectados pela cepa produtora de ExoU, em comparação ao pulmão de camundongos infectados pela cepa mutante. Em conjunto, estes resultados mostram que ExoU ativa a produção de espécies reativas de oxigênio e nitrogênio, levando à peroxidação lipídica e modulando o sistema de defesa antioxidante / ExoU, a cytotoxin produced by the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa and translocated into the cytosol of host cells via a type III secretion system, is associated with severity of acute infections. In the present work, the effect of ExoU in the activation of oxidative stress and antioxidant response was evaluated in cultures of human respiratory epithelial cells infected with P. aeruginosa PA103 strain (producer of ExoU), or with its isogenic mutants, the ExoU-deficient PA103&#8710;exoU or the exoU-depleted mutant complemented with an exoU gene with a site-specific mutation in the PLA2 catalytic site, PA103&#8710;UT/S142A. Analysis of dosages of lipid hydroperoxides and isoprostanes, considered markers of oxidative stress, revealed that ExoU promoted an increase in their concentrations. It was also observed that ExoU stimulated the production of reactive oxygen species, nitric oxide and peroxynitrite in infected cells, as well as the expression of iNOS and eNOS, but not nNOS. Furthermore, ExoU was responsible for the increased activity of SOD1 and the reduced levels of GSH, but did not affect the activity of catalase or NQO1. In the in vivo model, the analysis of malondialdehyde, a byproduct of lipid peroxidation of membranes, showed increased production of this compound in the lungs of mice infected with the ExoU-producing strain compared to the lungs of mice infected with the mutant strain. Together, these results show that ExoU activates the production of reactive oxygen and nitrogen species, leading to lipid peroxidation and modulating the antioxidant defense system.

LOPES, Eva Dayana Oliveira Rios. Efeito da água produzida nos atributos microbiológicos do solo sob cultivo de plantas no semiárido. 2013. 55 f. Dissertação (Mestrado em ecologia e recursos naturais)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-05-19T20:20:06Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_edorlopes.pdf: 951633 bytes, checksum: eb905fc184592cb0c4bc4f03338b7291 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2016-05-27T20:14:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_edorlopes.pdf: 951633 bytes, checksum: eb905fc184592cb0c4bc4f03338b7291 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-27T20:14:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_edorlopes.pdf: 951633 bytes, checksum: eb905fc184592cb0c4bc4f03338b7291 (MD5) Previous issue date: 2013 / Environmental degradation and water restrictions in semiarid regions undertake agricultural production and reinforce the need for water management to maintain crop productivity. Researchers suggest the use of produced water, obtained in the process of oil extraction, as alternative of irrigation, especially in areas close to oil fields with water scarcity. However, there have been limitations on application this water due to the common presence of salts, metals and toxic compounds that may to impact negatively the soil. This study aimed to evaluate soil microbiological attributes in areas under cultivation of bioenergy plants irrigated with different waters (underground and produced water) and compare them with controls uncultivated and native vegetation soils. Experiments with species of sunflower and castor beans irrigated with water collected from underground (AC), produced water treated with simple filtering (APF), produced water treated by reverse osmosis (APO) and uncultivated soil (NCNI) were conducted on Belém farm, Aracati, Ceará state, Brazil. The surface layer of soil (0-10 cm) was collected in the ranks of pre-planting and planting during the growing and flowering plants, and evaluated by the population density of filamentous fungi and cultivable bacterias, organic carbon (COT), microbial biomass carbon (CBM), basal respiration (RB), metabolic quotient (qCO2) and enzyme activity. The results of this study revealed that treatment with APF and APO affect differently soil attributes, with the first positively changing the number of microorganisms and enzyme activity, while the second reduces dehydrogenase and populations of fungi and bacterias of soil. However, treatments with AC and APF had similar effects on indicators studied. Differences were not found between treatments when analyzed soil parameters of management COT, CBM, RB and qCO2 in first crop cycle. The values of most microbiological indicators evaluated were similar in native forest and areas cultivated with bionergy plants irrigated. / A degradação ambiental e as restrições hídricas de regiões semiáridas comprometem a produção agrícola e reforçam a necessidade de manejo da água para manutenção da produtividade das culturas. Pesquisas sugerem o uso de água produzida, obtida no processo de extração do petróleo, como alternativa de irrigação, especialmente em áreas próximas aos campos petrolíferos com escassez de água. No entanto, têm-se limitações da aplicação dessa água devido à presença comum de sais, compostos tóxicos e metais que podem impactar negativamente o solo. Este estudo teve por objetivo avaliar atributos microbiológicos do solo cultivado com oleíferas irrigadas com diferentes águas (subsolo e água produzida) e compará-los com solos controles não cultivados e sob vegetação nativa. Experimentos com espécies de girassol e mamona irrigadas com água captada do subsolo (AC), água produzida tratada com filtragem simples (APF), água produzida tratada por osmose reversa (APO) e solo não cultivado (NCNI) foram conduzidos na fazenda Belém, Aracati, Ceará. O solo rizosférico da camada superficial (0-10 cm) foi coletado nos períodos pré-plantio e durante as fases de crescimento e florescimento das culturas, e avaliado através das variáveis densidade populacional de fungos filamentosos e bactérias cultiváveis, carbono orgânico (COT), carbono da biomassa microbiana (CBM), respiração basal (RB), quociente metabólico (qCO2) e atividade enzimática. A partir dos resultados pôde-se concluir que tratamentos com APF e APO afetam de forma distinta os atributos do solo, com o primeiro alterando positivamente o número de micro-organismos e a atividade enzimática, enquanto o segundo reduz a desidrogenase e as populações de fungos e bactérias do solo. A irrigação com AC e APF teve efeitos semelhantes sobre os indicadores estudados. Não foram detectadas diferenças entre tratamentos de manejo do solo quando analisados os parâmetros COT, CBM, RB e qCO2 no primeiro ciclo das culturas. Os valores da maioria dos indicadores microbiológicos avaliados foram similares na mata nativa e nas áreas cultivadas com oleíferas irrigadas.

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Escherichia coli enteroagregativa (EAEC) pode causar diarréia aguda ou persistente. É caracterizada por seu padrão de aderência agregativa em células HEp-2, em que há presença de agregados bacterianos com aspecto de tijolos empilhados. Muitas cepas têm a capacidade de produzir sideróforos, moléculas de baixo peso molecular especializadas na captação de ferro, em condições de baixa concentração deste elemento. O ferro é um microelemento essencial para bactérias, pois é utilizado como cofator de enzimas envolvidas em processos celulares fundamentais. Além disto, pode participar da geração de espécies reativas de oxigênio (ERO) através da reação de Fenton. No presente estudo, analisamos os efeitos da baixa disponibilidade de ferro, mediada pelo quelante 2,2-dipiridil, nas propriedades adesivas e formação de biofilme da cepa protótipo 042 e de cepas clínicas de EAEC. Todas as cepas apresentaram diminuição da aderência às células HEp-2 e T84 quando cultivadas em níveis restritos de ferro, mostrando que a homeostasia do ferro é importante para a aderência, primeira etapa da patogênese de EAEC. Além disso, houve formação de filamentos bacterianos nessa condição. O estudo da formação de biofilme apresentou resultados diferentes da cepa protótipo em relação às cepas clínicas, sugerindo uma relevante diferença entre elas. Enquanto a cepa protótipo teve sua capacidade de formar biofilme diminuída em níveis restritos de ferro, as cepas clínicas apresentaram maior formação dessa estrutura. A capacidade da tiouréia, um captador de radical hidroxil, de reverter os efeitos observados com a restrição de ferro, sugerem a ocorrência de estresse oxidativo na presença do quelante. Nossos dados mostram que a homeostasia do ferro não é importante somente para o crescimento bacteriano, mas também para a proteção contra o estresse oxidativo, condição esta que também pode ocorrer in vivo, durante o estabelecimento de infecções, devido à ação de neutrófilos e macrófagos ativados. / Escherichia coli enteroaggregative (EAEC) can cause persistent or acute diarrhea. It is characterized by the aggregative adherence pattern on HEp-2 cells, with the presence of bacteria aggregates like stacked bricks. Many strains have the capacity to produce siderophores, low-molecular-mass compounds that capture iron under conditions of low concentration of this element. The iron is an essential microelement to bacteria, because is used as cofactor of enzymes involved at importants cellular processes. Mareover, the iron can participate of reactive oxygen species production (ERO) by Fenton reaction. At this study, we analyzed the effects of low iron availability mediated by the chelator 2,2-dypiridyl at adhesives properties and biofilm formation of prototype EAEC 042 strain and EAEC clinical isolates. All strains showed a decreased adherence to HEp-2 and T84 cells under iron restriction, suggesting that iron homeostasis is important to adherence, the first step of EAEC pathogenesis. Besides, filament growth was observed at this condition. The study of biofilm formation revealed differences among the prototype EAEC 042 strain and the clinical isolates. While the prototype strain showed a decreased biofilm formation when under iron restriction, the clinical isolates showed an increase of this process. The capacity of thiourea, a hydroxyl radical scavenger, to revert the effects of iron restriction, suggests the occurrence of oxidative stress at the chelator presence. Our data show that iron homeostasis is important not only to bacterial growth, but also for protection against oxidative stress, a condition that also can occur in vivo, during the establishment of infections, through the action of neutrophiles and activated macrophages.

Nas últimas décadas, os Staphylococcus coagulase-negativo, têm sido considerados como patógenos verdadeiros, sendo um dos principais grupos bacterianos responsáveis pelas infecções relacionadas a assistência a saúde (IRAS). O presente estudo teve como objetivo geral: avaliação da relação entre a resistência a oxacilina e a produção de biofilme de amostras Staphylococcus coagulase-negativo de origem comunitária e hospitalar. Neste sentido, foram desenvolvidos os seguintes objetivos específico: identificar ao nível de espécie os Staphylococcus coagulase-negativo; analisar por técnica fenotípica (Ágar vermelho do Congo) a produção de slime; avaliar quantitativamente, a produção de biofilme; correlacionar a produção de polissacarídeos extracelulares (slime) com a produção de biofilme; avaliar a relação da resistência a oxacilina como indicador da presença do gene mecA; avaliar a relação entre a concentração inibitória mínima e a concentração bactericida mínima para oxacilina; pesquisar a presença dos genes mecA, icaAD e atlE, pela técnica de PCR. Foi estudado um total de 150 amostras, sendo 50 isoladas de fômites, 50 isoladas de sangue e 50 isoladas de comunidade. Independente da origem, foram identificadas 14 espécies de Staphylococcus coagulase-negativo, sendo mais frequentes S. epidermidis 42,6%, S. haemolyticus 13,3% e S. cohnii cohnii 10,7%. A análise geral da expressão fenotípica de slime mostrou que 64% das amostras avaliadas eram produtoras de slime. Das 150 amostras testadas neste estudo, 95,3% foram produtoras de biofilme. Ao considerarmos a análise da quantificação do biofilme em relação às origens das amostras estudadas não encontramos diferenças significativas e a maioria das amostras foi considerada moderadamente produtora de biofilme. O gene mecA foi detectado em 6 amostras comunitárias, 34 amostras de fômites e 34 amostras de sangue. Não houve diferença significativa entre as amostras de fômites e sangue. Porém, houve diferença significativa entre as amostras de origem comunitária e as de origem hospitalar - fômites e sangue (p < 0,0001). Ao compararmos as três origens de isolamento quanto a presença do gene atlE observamos que houve diferença significativa (p = 0,0012) entre elas. Sendo, as amostras isoladas de sangue, as que apresentaram maior número de amostras que possuíam o gene atlE (n = 18). Das 150 amostras testadas observamos a presença do gene icaAD em 46% amostras comunitárias, 56% amostras de fômites e 60% amostras de sangue, não encontramos diferença significativa (p = 0,5750). Observamos uma correlação entre a resistência a oxacilina e a produção de slime, pois as amostras de origem hospitalar (fômites e sangue) apresentaram altos níveis de resistência a oxacilina e em sua grande maioria foram produtoras de slime. A espécie S. epidermidis foi a mais isolada e deve-se ressaltar que, quando comparada com as outras espécies, apresentou altos níveis de resistência a oxacilina, sendo a maioria produtora de slime e biofilme. / In recent decades, coagulase-negative Stapphylococci have been considered as true pathogen, one of the major bacterial groups responsible for hospital infection. The present study aimed to: assess the relationship between oxacillin resistance and biofilm production samples coagulase-negative Stapphylococci of community and hospital. In this sense, we have developed the following specific objectives: to identify to species level coagulase-negative Staphylococci; analyze by phenotypic test (Congo red Agar) slime production, evaluate quantitatively the biofilm production; correlate the production of extracellular polysaccharides (slime) with biofilm production; evaluate the relationship of resistance to oxacillin as an indicator of the presence of the mecA gene; evaluate the relationship between minimal inhibitory concentration and minimum bactericidal concentration for oxacillin; investigate the presence of the mecA gene, atlE and icaAD, by PCR. We studied a total of 150 samples, 50 were isolated from fomites, 50 from community and 50 isolated from blood. Regardless of origin, 14 species of coagulase-negative Stapphylococci were identified , being more frequent 42.6% S.epidermidis, 13.3% S. haemolyticus and 10.7% S. cohnii cohnii. A general analysis of the phenotypic expression of slime showed that 64% of the samples were slime producers. Of the 150 samples tested in this study, 95.3% produced biofilm. When we consider the analysis of quantification of biofilm in relation to the origins of the samples studied we did not find significant differences and most of the samples were considered moderately biofilm producers. The mecA gene was detected in 6 community samples, 34 samples of fomites and 34 blood samples. There was no significant difference between the samples of blood and fomites. However, there was significant differences between the samples from the community and nosocomial - fomites and blood (p <0.0001). Comparing the three origins insulation as the presence of the gene atlE we observed a significant difference (p = 0.0012) between them. Being the isolated blood samples which showed the highest number of samples that had the gene atlE (n = 18). From the 150 tested samples we observed the presence of the gene icaAD 46% in community samples, 56% samples from fomites and 60% of blood samples, we found no significant difference (p = 0.5750). We observed a correlation between oxacillin resistance and slime production, because the nosocomial (fomites and blood) samples showed high levels of resistance to oxacillin and mostly were slime producers. The species S. epidermidis were the most isolated and it should be noted that, compared with other species, it showed high levels of resistance to oxacillin, mostly producing slime and biofilm.