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Expressão heteróloga da protease Rv 2467 de Mycobacterium tuberculosis / Proteases associated with Mycobacterium tuberculosis infectionAndrade, Rayanny Gomes de 12 June 2018 (has links)
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Previous issue date: 2018-06-12 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Mycobacterium tuberculosis is the etiological agent of tuberculosis (TB), which is responsible in 2015 for
10.4 million new cases and 1.8 million casualties registered worldwide. To be able to avoid the defense
barriers of the host, the bacteria evolved mechanisms to modulate or change the environment it is in,
thereby, the secretion of bioactive molecules is an efficient strategy to do so. Among the bioactive
molecules produced by M. tuberculosis, proteases have a crucial role to a successful infection, as they are
involved in several important biological processes of the bacteria, such as DNA replication, cell proliferation
and antigen processing. Thus, proteases are good targets for the development of new anti-TB drugs or as
possible vaccine antigens. This work aimed to clone and express the gene Rv2467, a putative protease with
aminopeptidase activity from M. tuberculosis. To achieve this goal, oligonucleotides design were made to
amplify the gene Rv2467 by Polimerase Chain Reaction (PCR), which was cloned in the pGEM-T easy vector.
The clone Rv2467 gene was then transfere to the expression vector pET-28a. The recombinant protein was
expressed from the recombinant plasmid pET-28a/Rv2467 in Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS through
induction with IPTG. The recombinant protein, with the expected size of 94KDa, was expressed and
subjected to the purification process by nickel affinity chromatography. The recombinant protein was
partially purified only in its denatured form. The low yield of purified recombinant protein raised the
possibility of histidine tail loss. To verify that, Western Blotting with anti-histidine antibody was made and
it was verified that the antibody did not recognize the target Rv2467 protein, which made it impossible to
acquire the pure protein, not allowing further characterization tests. Additionally, a literature review was
performed about Mycobacterium tuberculosis proteases that are involved in virulence mechanisms to make
a manuscript to be submitted to a scientific journal / Mycobacterium tuberculosis é o agente etiológico da tuberculose (TB), que provocou em 2015, 10,4 milhões
de novos casos e 1,8 milhões de mortes registrados mundialmente. Para conseguir evadir as barreiras de
defesa do hospedeiro, a bactéria evoluiu criando mecanismos que modulam ou modificam o ambiente no
qual ela está inserida, sendo a secreção de moléculas bioativas uma estratégia eficiente para isso. Dentre
as moléculas bioativas produzidas por M. tuberculosis, as proteases desempenham papel crucial para o
sucesso da infecção, pois estão envolvidas em diversos processos biológicos importantes para a bactéria,
tais como replicação do DNA, proliferação celular, processamento de antígeno, entre outros. Deste modo,
as proteases se apresentam como alvo para novas drogas anti-TB ou como possíveis antígenos vacinais.
Com isso, o foco deste trabalho foi clonar e expressar o produto do gene Rv2467, uma suposta protease
com atividade aminopeptidase de M. tuberculosis. Para tanto foi realizado o desenho dos oligonucleotídeos
iniciadores para amplificar o gene Rv2467 por Reação da Polimerase em Cadeia (PCR) que foi clonado no
vetor pGEM-T easy. O inserto correspondendo ao gene Rv2467 foi retirado do vetor de clonagem e inserido
no vetor de expressão pET-28a. A proteína recombinante foi expressa a partir do plasmídeo recombinante
pET-28a/Rv2467 em Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS através de indução com IPTG. A proteína
recombinante, apresentando o tamanho esperado de 94 KDa, foi expressa e submetida ao processo de
purificação por cromatografia de afinidade ao níquel. A purificação parcial da proteína recombinante
somente foi possível de forma desnaturada, sendo que as tentativas de obtê-la de forma nativa para testar
atividade resultaram improdutivas. O baixo rendimento de purificação da proteína recombinante levou a
suspeitar da possível perda da cauda de histidina e, para tanto, realizou-se um Western Blotting com
anticorpo anti-histidina. Ao ver a revelação na membrana verificou-se que o anticorpo não reconheceu a
proteína Rv2467 o que impossibilitou obter a proteína pura não podendo seguir para futuros testes de
caracterização. Além de testes para obter a proteína em sua forma nativa foi escrito um manuscrito
científico de revisão da literatura sobre proteases de Mycobacterium tuberculosis envolvidas no mecanismo
de virulência.
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Análises isotópicas e elementos minerais na determinação da origem geográfica de vinhos brasileirosDutra, Sandra Valduga 30 September 2011 (has links)
Foram estudados vinhos brasileiros, elaborados por microvinificação, das
variedades Cabernet Sauvignon e Merlot, safras 2007 e 2008, provenientes da Serra
Gaúcha, Campanha e Serra do Sudeste, com o objetivo de diferenciá-los em função da
origem geográfica, utilizando análises isotópicas e elementos minerais. Além disso,
verificou-se a influência da safra de produção nos valores isotópicos. As análises isotópicas
foram realizadas por espectrometria de massa de razão isotópica (IRMS) e a determinação
dos minerais por absorção atômica de chama (FAA). Os melhores parâmetros para
classificar os vinhos na safra de 2007 foram o 18O da água do vinho, o Mg e o Rb,
enquanto que na safra de 2008 o Rb e o Li mostraram-se mais eficientes. Os resultados de
13C do etanol do vinho, Rb e Li mostraram uma diferença significativa entre variedades,
independente da região estudada, em ambas as safras, com valores mais negativos de 13C e
médias superiores de Rb e Li para os vinhos da variedade Cabernet Sauvignon. Os valores
de 18O da água e 13C do etanol, apresentaram diferenças significativas entre safras,
independente da variedade, sendo os resultados de 18O mais negativos na safra de 2007 e
os de 13C mais negativos na safra de 2008. A precipitação média quinzenal antes da coleta,
apresentou uma forte correlação com os valores de 18O. A análise discriminante dos
valores isotópicos e minerais permitiu uma classificação de aproximadamente 80 % dos
vinhos das três regiões estudadas. / Were studied Brazilian wines microvinificated from Cabernet Sauvignon and
Merlot varieties, vintages 2007 and 2008, from Serra Gaúcha, Campanha and Serra do
Sudeste, in order to to differentiate them according to geographical origin, using isotopic
and mineral elements analyses. In addition, the influence of vintage production in isotope
values was verified. The isotopic analysis were performed by isotope ratio mass
spectrometry (IRMS) and the determination of the minerals by flame atomic absorption
(FAA). The best parameters to classify the wines in the 2007 vintage were 18O of wine
water, Mg and Rb, while in the 2008 vintage Rb and Li were more efficient. The results of
the 13C of winw ethanol, Rb and Li showed a significative difference between the
varieties independent of the region studied, in both vintages, with more negative values of
13C and higher averages of Rb and Li for the wines from the Cabernet Sauvignon variety.
The 18O values of the water and 13C of ethanol showed significant differences, regardless
of the variety, with more negative values of 18O for the 2007 vintage and values of 13C of
ethanol more negatives in the 2008 vintage. The fortnightly average rainfall before the
collection showed a strong direct correlation with the 18O values. Discriminant analysis of
of isotopic and mineral elements values allowed to classify approximately 80% of the
wines from the three regions studied.
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Efeitos da emissÃo dos efluentes domÃsticos na proliferaÃÃo de Aeromonas spp. em Ãguas de superfÃcie e pescado do estuÃrio do Rio Bacanga, SÃo Luis â MaranhÃo / The issuance of domestic sewage in the proliferation of Aeromonas spp. in surface water and fish of the estuary of the River Bacanga, SÃo Luis - MaranhÃoAndrà Gustavo Lima de Almeida Martins 07 March 2005 (has links)
Universidade Federal do Cearà / Para a detecÃÃo de Aeromonas foram coletadas 90 amostras de Ãgua de superficie e 30 de peixes no estuÃrio do rio Bacanga em SÃo LuÃs/MA, no perÃodo de marÃo a outubro de 2004. As amostras foram submetidas, simultaneamente, ao mÃtodo de plaqueamento direto em Agar Gelatina Fosfato Sal (Agar GSP acrescido de 20flglrnL de ampicilina) para a contagem (UFC/rnL ou g) e a determinaÃÃo do NÃmero Mais ProvÃvel (NMP/100rnL ou g) pela tÃcnica dos tubos mÃltiplos, utilizando-se o Caldo Tripticase Soja (Caldo TSB com 20flglrnL de ampicilina). As espÃcies de peixes analisadas foram: Bagre (Pimelodus maculatus), Tainha (Mugil cephalus), Solha (Pleuronectes platessa), Prata (Hemigrammus rodwayi), Sardinha (Opisthonema oglinum). Os resultados obtidos retratam uma ampla disseminaÃÃo de Aeromonas no estuÃrio. Para as amostras de Ãgua e peixes as contagens variaram de 40 a 1,3x108 UFC/rnL e de 3,2x102 a 5,8x106 UFC/g respectivamente, sendo que os maiores Ãndices foram obtidos nos pontos prÃximos Ãs emissÃes de esgotos domÃsticos. Os valores para o NMP/lOOrnL de Ãgua oscilaram entre 2,3x104 e 1,6x107 e de 230 a 24000/g para peixe. Os maiores Ãndices de Aeromonas foram constatados no mÃs de maior intensidade de chuvas, abril, e os menores em outubro, correspondente ao pico de estiagem na regiÃo, evidenciando assim uma possÃvel sazonal idade na incidÃncia da bactÃria no ambiente estudado. Das 751 cepas isoladas das amostras de Ãgua, 582 foram positivas para Aeromonas, sendo que 52,70. 10 eramA. caviae, 23,8% A. hydrophila, 19,5%,A. veronii e 3,7%A. sobria. Para as isoladas do pescado (245 cepas) 184 foram identificadas como Aeromonas sendo 43,4% de A. caviae, 28,2% de A. hydrophila, 26,6% A. veronii e 1,6% de A. sobria. Com relaÃÃo aos parÃmetros fisico-quÃmicos medidos nas Ãguas de superficie do estuÃrio do rio Bacanga, apenas a temperatura, a salinidade e o pH, tiveram correlaÃÃes significativas. De modo geral, as cepas de Aeromonas sp. foram sensÃveis a maioria dos antimicrobianos testados, com exceÃÃo de ampicilina, ao qual 100% das cepas foram resistentes. / For the detection of Aeromonas were collected 90 samples of surface water and 30 fish in the estuary of the river in St. Louis Bacanga / MA in the period March to October 2004. The samples were submitted, while the method of direct plating on Gelatin Phosphate Salt Agar (Agar GSP plus 20flglrnL of ampicillin) to count (CFU / g or RNL) and the determination of Most Probable Number (NMP/100rnL or g) by the multiple tube technique, using trypticase soya broth (TSB broth with ampicillin to 20flglrnL). The fish species examined were: Bagre (Pimelodus maculatus), Mullet (Mugil cephalus), plaice (Pleuronectes platessa), Silver (Hemigrammus Rodway), Sardines (Opisthonema oglinum). The results show a wide spread of Aeromonas in the estuary. For samples of water and the fish counts ranged from 40 to 1.3 x108 CFU / NLOs and 3.2 x102 to 5.8 x106 CFU / g respectively, and the highest rates were obtained at points close to the emission of domestic sewage. The values for the NMP / lOOrnL of water ranged from 2.3 x104 and 1.6 x107 and 230 to 24,000 / g for fish. The highest rates of Aeromonas were observed in the month of highest intensity of rainfall, April, and lowest in October, corresponding to the peak of drought in the region, thus a possible seasonal effect in the age of the bacteria in the environment studied. Of the 751 strains isolated from water samples, 582 were positive for Aeromonas, with 52.70. 10 were. caviae, 23.8% A. hydrophila, 19.5%, A. A. veronii and 3.7% sobria. For the isolated fish (245 strains) 184 were identified as Aeromonas and 43.4% of A. caviae, 28.2% of A. hydrophila, 26.6% A. veronii and 1.6% of A. sobria. Regarding the physico-chemical parameters measured in surface waters of the estuary of the river Bacanga, only the temperature, salinity and pH, had significant correlations. In general, the strains of Aeromonas sp. were sensitive to most antimicrobials tested, except ampicillin, to which 100% of strains were resistant.
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Paracoccidioides: perfil proteômico após exposição à argentilactona, avaliação da inibição por argentilactona sobre isocitrato liase e padronização do método de micro-ensaio para as enzimas do ciclo do glioxilato / Paracoccidioides: proteomic profile after exposure to argentilactone, evaluation of inhibition by argentilactone on isocitratolase and standardization of the micro-assay method for the enzymes of the glyoxylate cyclePrado, Renata Silva do 14 March 2014 (has links)
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Previous issue date: 2014-03-14 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Dimorphic fungi of the genus Paracoccidioides spp. are etiologic agent of
paracoccidioidomycosis (PCM), a human systemic mycosis with high incidence in
Brazil. Due to the toxicity of existing drugs, the long treatment and resistant isolates, the
search for new therapies has become relevant. In this study, we verified the activity
argentilactone, extracted the essential oil of Hyptis ovalifolia and its derivatives against
Paracoccidioides. The results showed a dose- dependent inhibition of argentilactone
fungus in yeast cells, as well as during dimorphism. Inhibition of cell growth was higher
than in the presence of acetate than glucose. Argentilactone also been shown to inhibit
the native enzyme isocitrate lyase Paracoccidioides (PbICL) and recombinant
(PbICLr). The greatest inhibition was observed in the presence of acetate, a condition in
which the enzyme is demonstrably more active than glucose. In silico analysis showed
that argentilactone binds to the catalytic site of PbICL. The micro-assays for PbICLr
and malate synthase (PbMLSr) were standardized, allowing the search for inhibiting
compounds on a large scale. A global analysis of Paracoccidioides proteomic profile in
response to argentilactone allowed visualization of metabolic adaptation of the fungus
to the compound. Important metabolic pathways were suppressed explaining the strong
action of the compound on fungal growth and viability. In this study, alternative
metabolic pathways adopted by the fungus were elucidated resulting in a better
understanding of the mode of action of the compound. It was also evaluated the
cytotoxicity and DNA damage caused by argentilactone in human cells, MRC5 and
A549, concluding that it occurs in a dose-dependent manner. Thus, it is concluded that
argentilactone is a candidate prototype antifungal for the treatment of PCM. / Os fungos dimórficos do gênero Paracoccidioides spp. são agentes etiológicos da
paracoccidioidomicose (PCM), uma micose humana, sistêmica de alta incidência no
Brasil. Devido à toxicidade das drogas existentes, o longo tempo de tratamento e o
aparecimento de isolados resistentes, a busca por novas terapias tem adquirido
relevância. Neste estudo, verificou-se a atividade de argentilactona, extraída do óleo
essencial de Hyptis. ovalifolia, bem como seus derivados, contra Paracoccidioides. Os
resultados mostraram uma inibição dose-dependente de argentilactona em células
leveduriformes do fungo, bem como durante o dimorfismo. A inibição de crescimento
celular foi maior em presença de acetato do que glicose. Também foi demonstrado que
argentilactona inibe a enzima isocitrato liase de Paracoccidioides nativa (PbICL) e
recombinante (PbICLr). A maior inibição de PbICL foi observada na presença de
acetato, condição em que a enzima é comprovadamente mais ativa, do que em glicose.
Análises in silico, que compreenderam dinâmica e docking molecular a partir da
construção de modelo de homologia e análise das interações intermoleculares e de
energia de solvatação, mostraram que argentilactona se liga ao sítio catalítico de PbICL.
Os micro-ensaios para PbICLr e malato sintase (PbMLSr) foram padronizados, o que
permitirá a busca por compostos inibidores em larga escala. A caracterização global do
perfil proteômico de Paracoccidioides em resposta à argentilactona permitiu a
visualização da adaptação metabólica do fungo ao composto. Vias metabólicas
importantes foram reprimidas explicando a forte ação do composto sobre o crescimento
do fungo e viabilidade. Neste estudo, as vias metabólicas alternativas adotadas pelo
fungo foram elucidadas resultando em uma melhor compreensão do modo de ação do
composto em estudo. Foi avaliada, também, a citotoxicidade e o dano ao DNA causado
por argentilactona em células humanas, MRC5 e A549, concluindo-se que o mesmo
ocorre de maneira dose-dependente. Assim, conclui-se que argentilactona é um
candidato a antifúngico para tratamento da PCM.
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Epidemiologia molecular de bastonetes Gram negativos isolados em uma Unidade de Terapia Intensiva de um hospital escola de Goiânia-GO / Molecular epidemiology of Gram negative rods isolated in an Intensive Care Unit of a school hospital in Goiânia-GOPires, Cyndi Heleinne 10 March 2017 (has links)
Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-05-04T17:58:44Z
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Previous issue date: 2017-03-10 / Gram-negative bacilli (BGN) comprise species that are sources of community-acquired infections and infections associated with health care. They are easily spread among humans and have the ability to acquire and share genetic material by horizontal gene transfer. The objective of the study was to determine the prevalence of BGN isolated from the environment and patients of an ICU of a university hospital in the city of Goiânia-GO, to determine the susceptibility profile of the isolates, and their genetic similarity. The collections were performed in patients and environments of the Medical ICU of a university hospital in the city of Goiânia-GO, between December 2012 and June 2014. After collection, the swabs were packed in heart brain infusion broth. Isolation was performed on MacConkey agar and species identification was performed by multiplex PCR. Diffusion disc tests were performed to determine the antimicrobial susceptibility profile and phenotypic tests for the detection of resistance phenotypes. Next, monoplex PCR was performed to detect 15 genes encoding beta-lactam resistance. The PFGE of P. mirabilis, E. coli and A. baumannii isolates were also performed to verify the genetic similarity between the circulating strains. A total of 526 swabs were collected, of which 134 were patients and 392 were environment. The prevalence of BGN found was 55.3% (291/526), and of these, 219 (75.2%) were identified among the species H. alvei (36.8%), A. baumannii (26.8 %), P. mirabilis (7.6%), P. aeruginosa (2.4%) and E. coli (1.7%). Among the bacteria identified, 51 (23.3%) were resistant to beta-lactams, of which 8 (15.7%) were ESBL-producing. Of the 24 (10.9%) isolates resistant to carbapenems, 10 (41.6%) were carbapenemase producers. The most prevalent beta-lactam resistance genes in the environment samples were blaSHV and blaIMT, both with 39.3%, and blaSME (35.7%). In patients the most prevalent genes were blaSHV (43.5%), blaOXA (39.1%) and blaIMG (34.8%). The dendrograms resulting from the macrorrest profiles show an outbreak of contamination / colonization by a dominant clone of A. baumannii in the ICU in the year 2013 and in 2014 the appearance of different enterobacteria in detriment of A. baumanni revealing the predominance between species in different years. The results suggest that the prevalence of BGN, mainly of enterobacteria, is high in health institutions, mainly in ICUs. The hospital environment can be a potential source of contamination and infection to patients and health professionals, as well as acting as reservoir of resistance genes, deserving greater attention and development of educational and hygienic-sanitary measures to control the patient-environment interface. / Os bacilos Gram negativos (BGN) compreendem espécies que são fontes de infecções comunitárias e infecções associadas à assistência à saúde. São de fácil propagação entre os seres humanos e possuem capacidade de adquirir e compartilhar material genético por transferência horizontal de genes. O objetivo do estudo foi determinar a prevalência de BGN isolados de ambiente e pacientes de uma UTI de um hospital universitário do município de Goiânia-GO, determinar o perfil de suscetibilidade dos isolados, e a similaridade genética dos mesmos. As coletas foram realizadas em pacientes e ambientes da UTI Médica de um hospital universitário do município de Goiânia-GO, entre dezembro de 2012 e junho de 2014. Após a coleta, os swabs foram acondicionados em caldo infusão de cérebro coração. O isolamento foi realizado em ágar Mac Conkey e a identificação das espécies foi realizada por PCR multiplex. Foram realizados testes de disco difusão para determinação do perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos e testes fenotípicos para detecção de fenótipos de resistência. Em seguida, foi realizado PCR monoplex para detecção de 15 genes que codificam resistência aos betalactâmicos. Também foi realizado o PFGE dos isolados de P. mirabilis, E. coli e A. baumannii para verificar a similaridade genética entre as cepas circulantes. Foram coletados um total de 526 swabs, sendo 134 de pacientes e 392 de ambiente. A prevalência de BGN encontrada foi de 55,3% (291/526), e, destes, 219 (75,2%) foram identificados como H. alvei (36,8%), A. baumannii (26,8%), P. mirabilis (7,5%), P. aeruginosa (2,4%) e E. coli (1,7%). Dentre as bactérias identificadas, 51 (23,3%) foram resistentes aos betalactâmicos, sendo 8 (15,7%) produtoras de ESBL. Dos 24 (10,9%) isolados resistentes aos carbapenêmicos, 10 (41,6%) foram produtores de carbapenemase. Os genes de resistência aos betalactâmicos mais prevalentes nas amostras de ambiente foram blaSHV e blaGIM, ambos com 39,3%, e blaSME (35,7%). Em pacientes, os genes mais prevalentes foram blaSHV (43,5%), blaOXA (39,1%) e blaGIM (34,8%). Os dendrogramas resultantes dos perfis de macrorrestrição mostram um surto de contaminação/colonização por um clone dominante de A. baumannii na UTI, no ano de 2013 e, em 2014, o surgimento de diferentes enterobactérias em detrimento do A. baumanni revelando a predominância entre espécies nos diferentes anos do estudo. Os resultados encontrados sugerem que a prevalência de BGN, sobretudo de enterobactérias, é elevada em instituições de saúde, principalmente em UTIs. O ambiente hospitalar pode ser fonte potencial de contaminação e infecção aos pacientes e aos profissionais de saúde, além de atuar como reservatório de genes de resistência, merecendo maior atenção e desenvolvimento de medidas educacionais e higiênico-sanitárias para o controle da interface paciente-ambiente.
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Perfil enzimático e análise filogenética de uma comunidade microbiana celulolítica / Enzymatic profile and phylogenetic analysis of a cellulolytic microbial communitySantos, Josenilda Carlos dos 26 November 2014 (has links)
Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-11-05T14:42:22Z
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Previous issue date: 2014-11-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A hidrólise da lignocelulose, presente na biomassa vegetal, requer a participação de uma série de enzimas lignocelulolíticas, produzidas por diversos micro-organismos. Este processo é natural, gradual e resulta na liberação de açúcares fermentáveis e outros produtos industriais. No entanto, o processo de hidrólise da lignocelulose na indústria requer uma formulação enzimática robusta e com amplo espectro de atividade hidrolítica, capaz de disponibilizar a maior quantidade possível de açúcares para os bioprocessos. Dessa forma, o ideal seria produzir coquetéis enzimáticos a partir de comunidades microbianas, que se estabelecem em ambientes onde o a biomassa vegetal está sendo degradada. Assim, os objetivos deste estudo foram: determinar e caracterizar atividades enzimáticas presentes no coquetel enzimático obtido a partir de uma comunidade microbiana celulolítica; determinar a diversidade de micro-organismos presentes nesta comunidade e inferir sobre as relações filogenéticas e funcionais entre seus membros. Uma comunidade microbiana celulolítica, derivada de duas outras comunidades foi cultivada em meio solução Peptona-Celulose (PCS), suplementado com 1% (p/v) de bagaço de cana, a 50°C e sem aeração, durante sete dias. O extrato enzimático produzido por esta comunidade apresentou cinco atividades enzimáticas diferentes (CMCase, FPase, xilanase, β-glicosidase e protease). Xilanase e CMCase alcançaram sua atividade máxima no sexto dia de cultivo (9,98 U mg -1 e 2,0 U mg -1 , respectivamente), FPase no quarto dia (0,6 U mg -1 ), β-glicosidase no terceiro (0,36 U mg -1 ) e protease no primeiro dia (0,05 U mg -1 ). O efeito do pH, temperatura e termoestabilidade sobre as atividades enzimáticas foi analisado. Xilanase e CMCase apresentaram maior atividade em pH 8,0, FPase e β-glicosidase em pH 7,0 e protease em pH 5,0. A melhor atividade de xilanase e CMCase ocorreu a 70°C, FPase a 60°C, β- glicosidase a 50°C e protease a 40°C. Xilanase, CMCase e FPase foram termoestáveis em todas as temperaturas testadas (40, 50 e 60°C) ao longo de 2h de incubação. A β- glicosidase foi termoestável nos 80 min iniciais, em todas as temperaturas. Protease foi termosensível a 40°C, nos 40 min iniciais de incubação. As atividades enzimáticas viiipresentes no coquetel enzimático, produzido pela comunidade microbiana mista, apresentaram tolerância a ampla faixa de pH e elevadas temperaturas e estabilidade térmica, exibindo potencial para aplicação em processos biotecnológicos. O DNA total da comunidade foi extraído, os genes ribossomais 16S e 28S foram amplificados e sequenciados. A análise das sequências dos genes ribossomais revelou que estes possuem similaridade maior que 90% com sequências conhecidas depositadas no GenBank e indicaram que a comunidade microbiana celulolítica era composta por diversas espécies de bactérias e fungos, que foram agrupadas em duas árvores filogenéticas. O fungo Ganoderma lucidum e a bactéria Ureibacillus não cultivável apresentaram a maior frequência relativa na comunidade. As complexas interações metabólicas e ecológicas entre as multiespécies microbianas, presentes na comunidade microbiana mista certamente contribuiram para a eficiente hidrólise da lignocelulose nas condições estabelecidas neste estudo. / The hydrolysis of lignocellulose present in the vegetable biomass requires the participation of a series of lignocellulolytic enzymes, produced by various microorganisms. This process is natural, gradual and results in the release of fermentable sugars and other industrially products. However, the hydrolysis process of the lignocellulose in the industry requires robust enzyme formulation with broad spectrum of hydrolytic activity, able to provide the largest possible amount of sugars for bioprocesses. Thus, the ideal would be to produce enzyme cocktails from microbial communities that are established in environments where the vegetable biomass is being degraded. The objectives of this study were to determine and characterize enzymatic activities present in the enzyme cocktail obtained from a cellulolytic microbial community; determine the diversity of micro-organisms present in this community and infer the phylogenetic and functional relationships among its members. One cellulolytic microbial community, derived from two other communities was cultured in Peptone- Cellulose Solution medium (PCS), supplemented with 1% (w/v) sugarcane bagasse, at 50°C, static conditions aeration, for seven days. The enzyme extract produced by this community showed activity of five different enzymes (CMCase, FPase, xylanase, β- glucosidase and protease). Xylanase and CMCase achieved their maximum activity on the sixth day of cultivation (9,98 U mg -1 e 2,0 U mg -1 , respectively), FPase on the fourth day (0,6 U mg -1 ), β-glucosidase on the third day (0,36 U mg -1 ) and protease on the first day (0,05 U mg -1 ). The effect of pH, temperature and thermostability of the enzyme activities was analyzed. Xylanase and CMCase exhibit higher activity in pH 8.0, FPase and β-glucosidase in pH 7.0 and protease in pH 5.0. The best activity of the xylanase and CMCase was at 70°C, FPase at 60°C, β-glucosidase at 50°C and protease at 40°C. Xylanase, CMCase and FPase were thermostable at all temperatures tested (50, 60 and 70°C) over 2h incubation. β-glucosidase was thermostable in the initial 80 min at all temperatures. Protease was thermosensitive at 40°C, in the initial 40 min. The enzymes present in the enzyme cocktail, produced by the mixed microbial community, presented xtolerance to a wide pH range and high temperatures and thermal stability, showing potential for application in biotechnological processes. The total DNA of the community was extracted, the 16S and 28S ribosomal genes were amplified and sequenced. Sequence analysis of ribosomal genes revealed that these have a similarity higher than 90% with known sequences deposited in GenBank and indicated that cellulolytic microbial community was composed of several species of bacteria and fungi that were grouped into two phylogenetic trees. The Ganoderma lucidum fungus and bacteria Ureibacillus uncultivable had the highest relative frequency in the community. The complex metabolic and ecological interactions between microbial multi-species present in the mixed microbial community certainly contributed to the efficient depolymerization of lignocellulose under the conditions established in this study.
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Engenharia evolutiva da levedura Kluyveromyces marxianus UFV-3 para fermentação de xilose / Evolutionary engineering of Kluyveromyces marxianus UFV-3 for xylose fermentationSantos, Valdilene Canazart dos 19 December 2011 (has links)
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Previous issue date: 2011-12-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Kluyveromyces marxianus são leveduras promissoras para a fermentação de glicose e xilose, os principais açúcares presente no hidrolisado de bagaço de cana. No presente trabalho, foi investigado o consumo de xilose em presença de glicose bem como a capacidade de K. marxianus em fermentar várias combinações desses dois açúcares. Células de K. marxianus UFV-3 cultivadas em 20 gL-1 glicose e 20 gL-1 xilose apresentaram um período de adaptação de 30h para o início do consumo da xilose, após a glicose ter sido totalmente consumida. Entretanto, esse período de adaptação não foi observado quando as células foram cultivadas em 5 gL-1 glicose e 20 gL-1 xilose. Nessas condições, as células começaram a consumir xilose logo após a glicose ter sido exaurida do meio. Além disso, foi demonstrado que glicose e xilose podem ser consumidas simultaneamente, quando a respiração é bloqueada. A produção de etanol foi maior quando em mistura de glicose e xilose comparado à glicose sozinha. Por outro lado, K. marxianus UFV-3 não foi capaz de produzir etanol a partir de xilose nas condições avaliadas. Visando selecionar uma linhagem capaz de fermentar xilose, células de K. marxianus UFV-3 foram submetidas à engenharia evolutiva. Mutagênese foi aplicada com o intuito de aumentar a variabilidade genética da população e diminuir o tempo de seleção. Duas técnicas para inserção de mutações aleatórias foram utilizadas: REMI (Integração Mediada por Enzima de Restrição) e radiação ultravioleta (UV). Populações mutantes foram submetidas à seleção em quimiostatos e em bateladas sequenciais. Em quimiostato conduzido sob hipoxia, com uma taxa de diluição de 0.15 h-1 e uma mistura de 5 gL-1 glicose e 10 gL-1 xilose, isolou- se um mutante da população de células submetidas à REMI (KmRhyp). Este isolado produziu 12% mais etanol que a linhagem selvagem, mas com dobro de xilitol. Em batelada sequencial foi isolado um mutante da população irradiada por UV (KmUVsb) capaz de formar etanol de xilose e produzir menor quantidade de xilitol que a linhagem selvagem. Diferenças entre a linhagem selvagem e KmUVsb foram relacionadas a diferenças observadas na atividade de algumas enzimas. A razão entre as atividades específicas da xilitol desidrogenase e da xilose redutase foi maior para a linhagem mutante. As atividades específicas das enzimas da via fermentativa: piruvato descarboxilase e álcool desidrogenase também foram maiores em KmUVsb. Culturas conduzidas em quimiostato limitado por xilose sob condições de aerobiose foram submetidas a um pulso de glicose (50 mmoles.L-1). Nem a linhagem selvagem nem a mutante produziram etanol instantaneamente, confirmando efeito Crabtree-negativo. Etanol foi detectado no sobrenadante após 60 minutos, e a produção deste metabólito foi duas vezes maior na linhagem mutante. Além disso, KmUVsb foi capaz de crescer em anaerobiose estrita na presença de xilose como única fonte de carbono. / Kluyveromyces marxianus strains are promising candidates to ferment glucose and xylose, the main sugars in hydrolyzed sugarcane bagasse. In this work, it was investigated the xylose consumption in the presence of glucose and the K. marxianus UFV-3 ability to ferment various combinations of these two sugars. K. marxianus UFV-3 cultured on 20 gL-1 glucose and 20 gL-1 xylose presented a lag phase of 30h to start xylose consumption after glucose depletion. However, this period of adaptation was not observed when cells were grown on 5 gL -1 glucose and 20 gL-1 xylose. Under these conditions, the cells began to consume xylose after glucose had been exhausted. Furthermore, it was demonstrated that glucose and xylose can be consumed simultaneously, when respiratory chain is blocked. The ethanol production was higher in a glucose/ xylose mixture compared to glucose alone. K. marxianus UFV-3 was not able to produce ethanol from xylose. In order to select a strain able to ferment xylose, K. marxianus UFV-3 were subjected to evolutionary engineering. Mutagenesis was applied to increase the genetic variability of the population and to reduce the selection time. Two methods for random mutations were used: REMI (Restriction Enzyme Mediated Integration) and ultraviolet irradiation (UV). Mutant populations were subjected to selection in chemostats and sequential batches. In chemostats conducted under hypoxia, with a dilution rate of 0.15 h -1 in a 5 gL-1 glucose and 10 gL-1 xylose mixture, a mutant from REMI population was isolated (KmRhyp). The isolate produced 12% more ethanol but with twice xylitol compared to the wild type. In sequential batches, it was isolated a mutant from the UV irradiated population (KmUVsb) which was able to form ethanol from xylose with 2-times less xylitol than wild type strain. The differences between wild type and KmUVsb were related to differences in the activity of some enzymes. The ratio of xylitol dehydrogenase specific activity to xylose reductase specific activity was higher in the mutant strain. The specific activities of fermentative pathway enzymes: pyruvate decarboxylase and alcohol dehydrogenase were also higher in KmUVsb. Cultures conducted in xylose- limited chemostats under aerobiosis were subjected to glucose pulse (50 mmoles/L). Neither the wild type nor the mutant strain formed ethanol instantly, confirming Crabtree-negative effect. Ethanol was detected on the supernatant after 60 minutes and it was twice as high as for mutant strain. In addition, KmUVsb was able to grow under strict anaerobiosis in the presence of xylose as the only carbon source.
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Indução de escleróticas in vitro e análise da resposta imune dos pacientes de cromoblastomicose em tratamento com itraconazolSILVA, Moisés Batista da 26 June 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A cromoblastomicose (CBM) é uma doença fúngica crônica que acomete a pele,
caracterizada pelo desenvolvimento de lesões polimórficas, que apresentam infiltrado inflamatório granulomatoso na presença de células escleróticas, patognomônicas desta doença. Um dos objetivos deste estudo foi avaliar a indução de células escleróticas por meios naturais, com biomassas de Bactris gasipaes e de Theobroma grandiflorum, cujas respectivas espécies induziram in vitro células escleróticas similares àquelas encontradas nos tecidos de lesões humanas, em 10 e 2 dias, respectivamente, o que viabilizou a produção de um meio indutor em pó, já
disponibilizado a outros grupos que estudam a CBM. Outro objetivo foi avaliar a
imunopatologia da CBM nos pacientes, antes e durante a utilização de itraconazol
(ITZ). Para isto, foi utilizada a técnica de ELISA para as citocinas TNF-, IL-4 e IL-10
circulantes, e a imunohistoquímica de biópsias das lesões em diferentes tempos de tratamento – que permitiu analisar as alterações quantitativas e qualitativas dos tipos celulares durante 12 meses do tratamento com ITZ na dose de 200 mg/dia – com anticorpos anti-CD20, anti-CD8 e anti-CD68. Quanto as citocinas, a IL-10 circulante não mostrou nenhuma mudança significativa, enquanto IL-4 e TNF-α apresentaram um aumento da titulação ao longo de 12 meses de tratamento. Em relação à imunofenotipagem, houve uma diminuição significativa no processo inflamatório e nos infiltrados celulares durante 3 e 6 meses do tratamento, enquanto que apenas aos 12 meses houve a regressão significativa do número de escleróticas. A Imunofenotipagem revelou que os macrófagos estão localizados principalmente nas áreas centrais do
granuloma, enquanto que as células TCD8+ estão na periferia e as células TCD20+
encontram-se homogeneamente distribuídas, com um aumento significativo após 6 meses do tratamento, retornando aos níveis iniciais após um ano. Os macrófagos e linfócitos citotóxicos são recrutados para o sítio de infecção durante o tratamento, apresentando um aumento significativo após 12 meses de tratamento com ITZ. Estes resultados demonstram que a formação do granuloma na CBM é semelhante àqueles observados em outras doenças infecciosas granulomatosas, e que a presença de IL-4 e IL-10 podem estar relacionadas com a persistência do fungo nas lesões e com a dificuldade de cura observada nestes pacientes. / Chromoblastomycosis (CBM) is a chronic fungal disease witch affects the skin, characterized for slowing development of polymorphic skin, that present infiltrated inflammatory granulomatous in the presence of sclerotics cells, characteristic of this illness. One of the objectives of this study was to evaluate the induction of scleroticts cells for natural mediums, with biomasses of Bactris gasipaes and Theobroma grandiflorum, whose respective species had induced in vitro similar sclerotics cells to those found in tissue of patients, in 10 and 2 days, respectively, what it made possible
the production of a powder medium inductor, already donated to other groups that study the CBM. Another objective was to evaluate the histopathology of the CBM in
the patients, before and during the use of itraconazole (ITZ). For this, the technique of
ELISA for the cytokines was used TNF-α, circulating IL-4 and IL-10, and the
immunohistochemestry of biópsias in different times of treatment - that it allowed to analyze the quantitative and qualitative alterations of the cellular types during 12
months of the treatment with ITZ in the 200 dose of mg/dia - with antibodies anti-
CD20, anti-CD8 and anti-CD68. How much the cytokines, the circulating IL-10 did not
show significant change, while IL-4 and TNF-α had presented an increase of the levels
throughout 12 months of treatment. In relation to the immunophenotyping, it had a
significant reduction in the inflammatory process and the cellular infiltrated during 3
and 6 months of the treatment, whereas only to the 12 months had the significant
regression of the number of sclerotics cells. The immunophenotyping disclosed that the macrophages are mainly located in the areas central areas of granuloma, whereas cells TCD8+ are in the periphery and cells TCD20+, which were found throughout the tissues, with a significant increase after 6 months of the treatment, returning to the initial levels after one year. The cytotoxic macrophages and lymphocytes were having presented a significant increase after 12 months of treatment with ITZ. These results
demonstrate that the formation of granuloma in the CBM is similar to those observed in other granulomatous infectious disease, and that the presence of IL-4 and IL-10 can be related with the persistence of fungi in the injuries and with the difficulty of cure observed in these patients.
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Atividade da punicalagina em leveduras do complexo Cryptococcus neoformans e de espécies de Candida / Activity of punicalagin in yeasts of the complex Cryptococcus neoformans and Candida speciesSilva, Thaísa Cristina 12 September 2017 (has links)
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Previous issue date: 2017-09-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Introduction: the high incidence and mortality rate due to fungal infections arouse interest
in the search for more effective and less toxic drugs for the treatment of these infections.
Medicinal plants represent a promising source of discovery of antifungal agents. Among the
medicinal plants, Lafoensia pacari A. St.-Hil (Lythraceae), plant of the cerrado, stands out for
having medicinal properties popularly known in Brazil. Punicalagina, a secondary metabolite
extracted from L. pacari leaf, has proven biological activities. Objective: in this work the
biological activity of punicalagin on yeasts belonging to the Cryptococcus neoformans species
complex and Candida species was evaluated. Methods: the in vitro susceptibility of the yeast
to the compound punicalagin was verified using the broth microdilution method. The possible
mechanism of action was verified by different methods such as: ergosterol assay of the fungal
cell membrane, by morphological and ultrastructural analyzes of the yeasts, by flow
cytometry (cell cycle, cytoplasmic membrane injury, reactive oxygen species production and
loss of the mitochondrial membrane potential). The in vitro cytotoxicity of punicalagin was
verified using Balb/c 3T3 cells, A549 lung carcinoma cells and sheep erythrocytes.
Results: the punicalagin was able to inhibit yeast growth at concentrations ≤4 μg/mL with
minimum fungicidal concentration (CFM) of >256 μg/mL. The punicalagin reduced the
ergosterol synthesis of the fungal cell membrane and promoted alterations in the morphology
and the cellular arrangement of the yeasts. The action mechanism analyzed by flow cytometry
showed alteration of the cell cycle with increase of the G0/G1 phases and reduction of the
G2/M phases, interfering in the cellular division of the DNA of the fungal cells. The compound
showed low toxicity on the Balb/c cells 3T3, A549 and sheep erythrocytes. Conclusion: the
results presented by punicalagin showed that this compound presents low cytotoxicity to the
animal cells, with important antifungal activity against the yeasts of the Cryptococcus
neoformans species complex and Candida species. / Introdução: a elevada incidência e taxa de mortalidade por infecções fúngicas despertam o
interesse pela busca por fármacos mais eficazes e menos tóxicos para o tratamento dessas
infecções. Plantas medicinais representam uma promissora fonte de descoberta de agentes
antifúngicos. Dentre as plantas medicinais, a Lafoensia pacari A. St.-Hil (Lythraceae), planta
do cerrado, destaca-se por apresentar propriedades medicinais conhecidas popularmente no
Brasil. A punicalagina, um metabólito secundário extraído da folha da L. pacari, apresenta
comprovadas atividades biológicas. Objetivo: neste trabalho foi avaliada a atividade biológica
de punicalagina sobre leveduras pertencentes ao complexo Cryptococcus neoformans e
espécies de Candida. Métodos: a suscetibilidade in vitro das leveduras ao composto
punicalagina, foi verificada usando-se o método de microdiluição em caldo. O possível
mecanismo de ação foi verificado por diferentes métodos como: doseamento de ergosterol da
membrana da célula fúngica, por análises morfológicas e ultraestruturais das leveduras, por
citometria de fluxo (ciclo celular, lesão da membrana citoplasmática, produção de espécies
reativas de oxigênio e perda do potencial da membrana mitocondrial). A citotoxicidade in vitro
de punicalagina foi verificada utilizando-se células Balb/c 3T3, células de carcinoma pulmonar
A549 e eritrócitos de carneiro. Resultados: a punicalagina foi capaz de inibir o crescimento
das leveduras em concentrações ≤ 4 µg/mL com concentração fungicida mínima (CFM) de >
256 µg/mL. A punicalagina reduziu a síntese de ergosterol da membrana celular fúngica e
promoveu alterações na morfologia e no arranjo celular das leveduras. O mecanismo de ação
analisado por citometria de fluxo mostrou alteração do ciclo celular com aumento das fases
G0/G1 e redução das fases G2/M, interferindo na divisão celular do DNA das células fúngicas.
O composto mostrou baixa toxicidade sobre as células Balb/c 3T3, A549 e eritrócitos de
carneiro. Conclusão: os resultados apresentados pela ação da punicalagina mostraram que
este composto apresenta baixa citotoxicidade para as células animais, com importante
atividade antifúngica para as leveduras do complexo Cryptococcus neoformans e Candida.
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Caracterização bioquímica da endoxilanase recombinante (HXYN2r) do fungo termofílico Humicola grisea var. thermoidea e sua aplicação na sacarificação de resíduos agrícolasCARVALHO, Wagner Rodrigues de 30 June 2008 (has links)
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Previous issue date: 2008-06-30 / Xylanases have been used in the biobleaching of paper pulps, in bioconversion of
plant biomass, for food and feed industries, among others. For successful selection
of xylanases suitable for specific industrial applications it is important to
characterize enzymes isolated from different sources. The thermophilic fungus
Humicola grisea var. thermoidea is described as a good producer of extracellular
endoxylanases and the Hxyn2 gene from this fungus was isolated and expressed in
yeast Pichia pastoris. The aim of this project was focused on the production,
purification and biochemical characterization of the recombinant HXYN2 (HXYN2r)
enzyme and application on enzymatic hydrolysis of lignocellulosics substrates.
The culture conditions of P. pastoris in flasks, using the 12.3 transformant
and BMMY-U medium, were optimized and the best xylanolytic activity was
478.2 U/mL after 96 h, with a protein concentration of 100 mg/L, using
2.34% (w/v) of nitrogen sources (yeast extract plus urea 1.34:1.0% - w/v),
1% (v/v) of methanol, and OD600 of 10. The HXYN2r enzyme was purified by gel
filtration chromatography with a yield of 6.4% and showed optimum pH and
temperature values of 6.5 and 60ºC, respectively, maintaining 100% of initial
activity after 4 h of incubation at pH 5.5, 6.5 and 7.5. The half-life time was 18 min
at 60ºC and the enzyme was 100% stable after 3 h of incubation at 50ºC. Km and
Vmax values were 7.9 mg/mL e 235.4 μmol/(mL.min), respectively. The HXYN2r
enzyme were used on the enzymatic hydrolysis of sugarcane bagasse (SCB), corn cob (CC) and foliar sample of sugarcane (FSC) alone or with the enzymes of
xylanolytic and cellulolytic system produced by H. grisea fungus. For enzymatic
hydrolysis experiments, the substrates were milled and pretreated with
0.25% (w/v) of H2SO4 by 30 min. On the enzymatic hydrolysis the best conversion
yield of hemicellulosic fractions were obtained using PpHXYN2r supplemented
with EHg: 42.8% to CC, 9.6% to SCB and, a mean of 20% to foliar samples. / As endoxilanases têm sido utilizadas no biobranqueamento da polpa de papel, na
bioconversão da biomassa de plantas, nas indústrias alimentícias e de ração
animal, entre outras. Para a seleção de endoxilanases que possam ser empregadas
em processos industriais específicos é importante caracterizar enzimas isoladas
de diferentes fontes. O fungo termofílico Humicola grisea var. thermoidea é um
bom produtor de endoxilanases extracelulares e o gene que codifica uma das
endoxilanases (HXYN2) deste fungo foi isolado e expresso na levedura
Pichia pastoris. O presente trabalho se concentrou na produção, purificação e
caracterização bioquímica da endoxilanase recombinante HXYN2 e na sua aplicação
na hidrólise enzimática de substratos lignocelulósicos. As condições de cultivo da
levedura P. pastoris em frascos, utilizando o transformante 12.3 e o meio BMMY-U
foram otimizadas e obteve-se uma atividade xilanolítica de 478,2 U/mL após 96 h
de cultivo, com uma concentração de 100 mg/L de proteínas, utilizando
2,34% (p/v) de fontes de nitrogênio (extrato de levedura e urea 1,34:1,0% -
p/v), 1% (v/v) de metanol e DO600 de 10. A enzima HXYN2r foi purificada por
cromatografia de filtração em gel com um rendimento de 6,4% e apresentou pH e
temperatura ótimos de 6,5 e 60ºC, respectivamente, mantendo 100% da atividade inicial após 4 h de incubação nos pH s 5,5, 6,5 e 7,5. O tempo de meia-vida foi de
18 min a 60ºC e a enzima manteve 100% da atividade após 3 h de incubação
a 50ºC. Os valores de Km e Vmáx foram 7,9 mg/mL e 235,4 μmol/(mL.min),
respectivamente. A enzima HXYN2r foi aplicada na hidrólise enzimática de sabugo
de milho (SM), bagaço de cana-de-açúcar (BCA) e palha de cana-de-açúcar (PCA)
sozinha ou em conjunto com as enzimas do sistema xilanolítico e celulolítico
produzidas pelo fungo H. grisea. Para os experimentos de hidrólise enzimática os
substratos testados foram moídos e submetidos a uma etapa de pré-tratamento
com 0,25% (p/v) de H2SO4 por 30 min. Nos ensaios de hidrólise enzimática as
melhores taxas de conversão da fração hemicelulósica dos substratos foram obtidas
utilizando-se a PpHXYN2r suplementado com o EHg: 42,8% para o SM; 9,6% para
o BCA e, em média 20% para as amostras foliares.
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