Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-11-08T17:21:55Z No. of bitstreams: 1 2016 - Carolina Gurski Olanda.pdf: 2816027 bytes, checksum: 2bb43929b846b2fad139c3570efabf00 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-08T17:21:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Carolina Gurski Olanda.pdf: 2816027 bytes, checksum: 2bb43929b846b2fad139c3570efabf00 (MD5) Previous issue date: 2016-09-30 / CAPES / Dengue is an infectious disease caused by an arbovirus which is transmitted by the mosquito Aedes aegypti. In Brazil, due to the rainy season in the summer, it is common the occurrence of epidemics. In recent years, the number of cases in the country is growing at an alarming rate, increasing not only the number of records, but also the number of deaths. Until this date, there is no antiviral treatment that is effective, only measures for the sweetening of symptoms. The viral enzyme RNA-dependent RNA polymerase (NS5) plays a role of great importance for viral replication. This project aims to rational planning of C-nucleosides 1,2,3 triazole derivatives of ribavirin (1 - [(2R, 3R, 4S, 5R) -3,4-dihydroxy-5- (hydroxymethyl) dioxolan-2- yl] -1H-1,2,4-triazole-3-carboxamide), a potent inhibitor of the replication of the flavivirus, proposed inhibitors. To achieve this, was used molecular docking methods and semi-empirical calculations for the study of interactions between the derivatives proposed by our group and the two enzymes. The realization of this study will serve as basis for the synthesis of most promising products, which in the future may lead to the creation of a prototype of an antiviral drug that contributes to the treatment of all forms of dengue, as well as in preventing it. / A dengue ? uma doen?a infecciosa causada por um arbov?rus, que ? transmitido pelo mosquito Aedes aegypti. No Brasil, devido aos per?odos chuvosos no ver?o, ? comum a ocorr?ncia de epidemias. Nos ?ltimos anos, o n?mero de casos da doen?a no pa?s vem crescendo de forma alarmante, aumentando n?o s? a quantidade de registros, mas tamb?m o n?mero de ?bitos. At? o momento, n?o h? tratamento antiviral que seja efetivo, apenas medidas para a ameniza??o dos sintomas. A enzima viral RNA polimerase dependente de RNA (NS5) exerce papel de grande import?ncia para a replica??o viral. Este projeto tem como objetivo o planejamento racional de C-nucleos?deos 1,2,3 triaz?licos derivados da ribavirina (1-[(2R,3R,4S,5R)-3,4-dihidroxi- 5-(hidroximetil)oxolan-2-il]-1H-1,2,4-triazol-3-carboxamida), um potente inibidor da replica??o dos flaviv?rus, inibidores propostos das enzimas NS5. Para se alcan?ar este objetivo, ser?o usados os m?todos de docking molecular e de c?lculos semi-emp?ricos para o estudo das intera??es entre os derivados propostos por nosso grupo e as duas enzimas. A realiza??o desse estudo servir? como base para a s?ntese dos derivados mais promissores, que futuramente poder?o levar ? cria??o de um prot?tipo de um f?rmaco antiviral, que contribua para o tratamento de todas as formas da dengue, assim como na preven??o da mesma.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-06-02T19:41:02Z No. of bitstreams: 1 2015 - Thuany Christine Lessa de Azevedo Vieira.pdf: 2529622 bytes, checksum: e7159cd09d3d218f61d6f6cee88a775e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T19:41:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Thuany Christine Lessa de Azevedo Vieira.pdf: 2529622 bytes, checksum: e7159cd09d3d218f61d6f6cee88a775e (MD5) Previous issue date: 2015-04-15 / FAPERJ / During the last decade, the antiretroviral therapy (ART) contributed to the reduction of the mortality and morbidity among HIV-1 affected people. However, the therapeutic flaw related to the appearance of resistence to the retrovirals due to the mutations and/or the not adherence to the antiretroviral therapy, is a problem of public health. It becomes of extreme importance, the comprehension of the resistence patterns and the mechanism related to them, enabling the choice of a suited therapeutic treatment that considers the mutation frequency, the quantity of viral particles and CD4+ cells among subtypes B and C. Therefore, the goal of the paper is to develop a model based on computational intelligence to help make decisions and give a better support to the clinic practice and research for those who deal with the pati-ents. 923 samples were used for thus study, obtained together with the Laboratory of Molecu-lar Virology of the Federal University of Rio de Janeiro, that belongs to the genotyping net-work of the Health Ministry. Initially, it was done a study of the profile of the mutations of subtypes B and C. To do so, it was made a cut of the patients that entered from 1998 on, with mutation frequency in the protease equal or greater than 5% and submitted to only one HA-ART therapy with just one protease inhibitor, Nelfinavir (NFV), or without any kind of prote-ase inhibitor. Through these studies, it was possible to observe that the subtype C has a diffe-rent character from subtype B, not only when it comes to the CV and CD4+ level but also the numbers of mutations in the protease gene, this fact emphasizes the necessity of specific tre-atments, from health professionals, for each subtype Key-words: antiretroviral treatment, HIV, Artificial Neural Network. / Durante a ?ltima d?cada a terapia antirretroviral (TARV) contribuiu para a redu??o da taxa de mortalidade e morbidade entre as pessoas infectadas pelo HIV-1. Contudo, a falha terap?utica relacionada ao surgimento de resist?ncias aos retrovirais em fun??o das muta??es e/ou pela n?o ades?o ? terapia antirretroviral ? um problema de sa?de p?blica. Torna-se de fundamental import?ncia a compreens?o dos padr?es de resist?ncias e dos mecanismos a eles associados, possibilitando a escolha de um tratamento terap?utico apropriado que considere a frequ?ncia de muta??o, quantidade de part?culas virais (CV) e c?lulas CD4+ entre os subtipos B e C. Portanto, o objetivo desse trabalho ? desenvolver um modelo baseado em intelig?ncia computacional para auxiliar a tomada de decis?o e proporcionar melhor suporte a pr?tica cl?-nica e de pesquisa daqueles que lidam diretamente com pacientes. Foram utilizadas 923 amos-tras para esse estudo, obtidas juntos ao Laborat?rio de Virologia Molecular da Universidade Federal do Rio de Janeiro pertencente ? rede de genotipagem do Minist?rio da Sa?de. Inicial-mente foi realizado um estudo do perfil de muta??es dos subtipos B e C. Para tal foi feito um corte com pacientes com entrada no sistema a partir de 1998, com frequ?ncia de muta??es na protease maior ou igual a 5% e submetidos a uma ?nica terapia HAART com apenas um ini-bidor de protease, Nelfinavir (NFV), ou sem nenhum inibidor de protease. Foram realizadas 50 simula??es para cada um dos subtipos usando as posi??es da sequ?ncia da protease como dados entrada juntamente com as taxas de carga viral e CD4+. Atrav?s dos estudos foi poss?-vel observar que o subtipo C possui car?ter diferenciado do subtipo B tanto em n?vel de CV e CD4+ quanto ao n?mero de muta??es no gene da protease, fato esse que enfatiza a necessida-de de tratamentos espec?ficos para cada subtipo pelos profissionais da sa?de. Al?m disso, o modelo demonstrou um desempenho satisfat?rio, possuindo um bom ?ndice de acertos.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-07-11T19:06:37Z No. of bitstreams: 1 2014 - Felipe Lins de Brito Costa.pdf: 10547073 bytes, checksum: 0db71097b060ba2ce1101269627ea620 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-11T19:06:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014 - Felipe Lins de Brito Costa.pdf: 10547073 bytes, checksum: 0db71097b060ba2ce1101269627ea620 (MD5) Previous issue date: 2014-10-13 / Companhia Energ?tica de Minas Gerais / In recent years a signi?cant number of devices have been produced based on computatio-nal simulations by providing information necessary for their physical construction. Many of these simulations use the so-called Finite Element Method (FEM), whose basic idea is to divide the problem domain into sub-regions, where it is possible to describe a con-tinuous medium from its discretization into elements with the same properties of whom originated. In the speci?c case of problems involving electromagnetic concepts, the FEM appears to be quite e?cient, mainly due to the complexity of determining an analytic solution in some situations or even when it is impossible to determine it. Within the electromagnetic phenomena, the numerical analysis based on the FEM has been shown in recent years as a powerful tool for studying the behavior characteristics of the conductors and superconductors, when traversed by a current. Therefore, in this work we use the tools of computer modeling and simulation, with the aim of understanding the electro-magnetic characteristics of the superconductor YBCO and its power dissipation (AC loss) when traversed by an alternating current. To study the behavior of the electrical properties of materials, a simulation was perfor-med using the FEM based on the electromagnetic characteristics involved in the problem. Due to its complexity, we chose to solve the problem using the Comsol Multiphysics 4.3a c?commercial package. Our study was conducted in the following set of steps: (1) At the ?rst step, we conducted the implementation of a 2D rectangular structure; (2) The next step was to make a choice of di?erent sizes and types of mesh to be used in the simula-tion of YBCO superconducting material; (3) The next phase was the implementation of equations that take into consideration the material parameters, such as temperature and applied magnetic ?eld; (4) Finally the AC?s Losses in the material as a function of the applied current was performed. We?ve noted that the non-linearity of the equations that describe the problem in?uence the convergence of the solution, so the best cost-bene?t ratio was obstaired with ?rst order quadrilateral elements with ?rst order. The electrical and magnetic e?ects encountered in simulation correspond to the theoretical model and the AC?s losses are within the expected value in the literature, thus the proposed virtual model can be used as a guiding tool using an actual prototype of the type II superconductor. / Nos ?ltimos anos um n?mero expressivo de equipamentos tem sido produzido com base em simula??es computacionais, fornecendo informa??es necess?rias para sua constru??o f?sica. Muitas dessas simula??es usam o chamado M?todo dos Elementos Finitos (MEF), que tem como ideia b?sica dividir o dom?nio do problema em sub-regi?es, onde ? poss?vel descrever um meio cont?nuo a partir da sua discretiza??o em elementos com as mesmas propriedades de quem os originou. No caso espec??co de problemas que envolvem conceitos eletromagn?ticos, o MEF mostra-se bastante e?ciente, principalmente em fun??o da complexidade de se determinar uma solu??o anal?tica em algumas situa??es ou mesmo quando ela e? imposs?vel de ser determinada. Dentro dos fen?menos eletromagn?ticos, a an?lise num?rica baseada no MEF tem se mostrado, nos ?ltimos anos, uma poderosa ferramenta para estudar o comportamento das caracter?sticas dos materiais condutores e supercondutores, quando percorrido por uma corrente. Sendo assim, nesse do trabalho utilizamos as ferramentas de modelagem e simula??o computacional, com o objetivo de compreender as caracter?sticas eletromagn?ticas do supercondutor YBCO e sua dissipa??o de energia (perda AC), quando percorrido por uma corrente alternada. Para o estudo do comportamento das propriedades el?tricas dos materiais, foi realizada uma simula??o utilizando o MEF, com base nas caracter?sticas eletromagn?ticas envolvidas no problema. Devido a sua complexidade, optamos por resolver o problema usando o pacote comercial Comsol Multiphysics 4.3a (c). O nosso estudo foi realizado no seguinte conjunto de etapas: (1) Na primeira delas realizamos a implementa??o de uma estrutura retangular em 2D; (2) o passo seguinte foi realizar a escolha de diferentes dimens?es e tipos de malha a serem utilizados na simula??o do material supercondutor YBCO; (3) A fase seguinte ocorreu pela implementa??o de equa??es que levassem em considera??o mais par?metros do material, como temperatura e campo magn?tico aplicado; (4) ?nalmente foi realizada a an?lise da perda AC no material, em fun??o das correntes aplicadas. Observamos, como era de se esperar, que a n?o linearidade das equa??es que descrevem o problema in?uenciam na converg?ncia da solu??o, assim a melhor rela??o custo x benef?cio foi com elementos quadrangulares de primeira ordem. Os efeitos el?tricos e magn?ticos encontrados na simula??o correspondem ao modelo te?rico, e as perdas AC est?o dentro do valor esperado pela literatura, sendo assim, o modelo virtual elaborado pode ser utilizado como ferramenta norteadora de um prot?tipo real que utilize supercondutores do tipo II.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-07-27T19:34:29Z No. of bitstreams: 1 2016 - Bruno Areal de Santana.pdf: 2797417 bytes, checksum: e811972dd69f90c08ce89aead484426d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-27T19:34:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Bruno Areal de Santana.pdf: 2797417 bytes, checksum: e811972dd69f90c08ce89aead484426d (MD5) Previous issue date: 2016-09-26 / The destructive tests are most often used to characterize the mechanical properties of materials and to allow better determine the efforts to which a particular material may be subjected. In these test methods, the specimens are destroyed, preventing their re-use, due to the appearance of marks, deformations or fractures. Do successive trials of this kind require the use of a large amount of material and high experimental cost. As in other areas, due to the need to reduce costs and time to carry out the research, the use of computer simulation software based on Finite Element Methods (FEM) has to be a good option. The work consists in carrying out an experimental-computational study to describe the mechanical behavior of Expanded Polystyrene (EPS), by the bending test method. For the test a mechanical press was used, built with cost-effective and automated material with the aid of the free hardware Arduino Uno R3? prototyping platform, which uses the ATMEGA328 microcontroller, this device allows the interface between physical and electronic devices. The microcontroller receives a programming based on C / C ++ language, being responsible for the control of equipment that performs the tests and also the acquisition of the data of the force sensors. One of the sensors produces an electric voltage when subjected to a pressure (piezoelectric) and an electromechanical device measures the electrical pulses from the rotational movement of its axis (encoder). For the characterization of the material that constitutes the Expanded Polystyrene (EPS), this was subjected to a bending test allowing to determine the values of the force needed to break the board, the sounds emitted in the breakdown process, and the maximum deflection supported by board. Once performed the mechanical characterization of the material, the mechanical flexural tests will be reproduced computationally in software based on Closed Package Finite Element Method, in order to validate in order to validate the experimental results for the destructive test for the developed equipment. The experimental results for the developed prototype were compared with the results by the Finite Element Method for the stress strain curves, where for a deformation of up to 2% the curves present the same behavior and determine the same values for the Modulus of Elasticity of the material, which allows to validate the experimental results. / Os ensaios destrutivos s?o os mais utilizados para a caracteriza??o das propriedades mec?nicas dos materiais e os que melhor permitem determinar os esfor?os a que um determinado material pode ser submetido. Nestes m?todos de ensaio, os corpos de prova s?o inutilizados, impedindo sua reutiliza??o, devido o aparecimento de marcas, deforma??es ou fraturas. Realizar sucessivos ensaios deste g?nero demanda a utiliza??o de uma grande quantidade de material e alto custo experimental. Assim como em outras ?reas, devido a necessidade da redu??o de custos e tempo para realiza??o das pesquisas, a utiliza??o de softwares de simula??o computacional baseados em M?todos de Elementos Finitos (MEF) vem a ser uma boa op??o. O trabalho consiste em realizar um estudo experimental-computacional para descrever o comportamento mec?nico do Poliestireno Expandido (EPS), pelo m?todo do ensaio de flex?o. Para o ensaio foi utilizada uma prensa mec?nica, constru?da com material de custo reduzido e automatizada com o aux?lio da plataforma de prototipagem Ardu?no Uno R3?, de hardware livre, que utiliza o microcontrolador ATMEGA328, dispositivo este que permite realizar a interface entre dispositivos f?sicos e eletr?nicos. O microcontrolador recebe uma programa??o baseada na linguagem C/C++, sendo respons?vel pelo controle do equipamento que realiza os ensaios e tamb?m pela aquisi??o dos dados dos sensores de for?a. Um dos sensores produz uma tens?o el?trica quando submetido a uma press?o (piezoel?trico) e um dispositivo eletromec?nico mede os pulsos el?tricos a partir do movimento rotacional de seu eixo (encoder). Para a caracteriza??o do material que constitui a placa de Poliestireno Expandido (EPS), esta foi submetida a um ensaio de flex?o permitindo determinar os valores da for?a necess?ria para quebrar a placa, os sons emitidos no processo de ruptura, e a deflex?o m?xima suportada pela placa. Uma vez realizada ? caracteriza??o mec?nica do material, os ensaios mec?nicos de flex?o ser?o reproduzidos computacionalmente em software baseado em M?todo de Elementos Finitos de pacote fechado, a fim de validar os resultados experimentais para o ensaio destrutivo para o equipamento desenvolvido. Os resultados experimentais, para o prot?tipo desenvolvido, foram compara??o com os resultados pelo M?todo de Elementos Finitos para as curvas de tens?o por deforma??o, onde para uma deforma??o de at? 2% as curvas apresentam o mesmo comportamento e determinam os mesmos valores para o M?dulo de Elasticidade do material,

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-10-17T16:30:00Z No. of bitstreams: 1 2016 - Maur?cio de Carvalho.pdf: 8945176 bytes, checksum: 4b68e7d4395ffbaee8b4d17639d8a28e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-17T16:30:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Maur?cio de Carvalho.pdf: 8945176 bytes, checksum: 4b68e7d4395ffbaee8b4d17639d8a28e (MD5) Previous issue date: 2016-04-12 / CAPES / In this work we consider the injection of water with dissolved ions into a linear horizontal porous rock cylinder with constant porosity and absolute permeability initially containing oil and water in several proportions. The water is assumed to have low salinity concentration, where some ions are dissolved. We disregard that there is in the rocks some possible minerals that can dissolve or precipitate in water phase. There are two chemical fluid components as well as two immiscible phases: water and oil, (w, o). The dissolved ions are: positive divalent ions: calcium ions, Ca2+ and magnesium ions, Mg2+; negative divalent ions: sulphate ions, SO42?; positive monovalent ions: sodium ions, Na+; negative monovalent ions: cloride ions, Cl?. The cations are modeled to be involved in fast ion exchange process with a surface negative X? which can absorb the positive ions, Ca2+, Mg2+ and Na+. We use simple mixing rules and we disregard any heat of precipitation/dissolution of substance reactions or ion desorption. Moreover we disregard any volume contraction efects resulting from mixing and reactions in any phase. We are going to solve in this work, the Riemann problem and we are going to discuss some features about the studied model. / Neste trabalho consideramos a inje??o de ?gua com ?ons dissolvidos em um meio po-roso linear horizontal cil?ndrico com porosidade e permeabilidade absoluta constantes, inicialmente, contendo ?leo e ?gua em v?rias propor??es. A ?gua ? assumida ter baixa concentra??o de sais, onde alguns ?ons est?o dissolvidos. Desconsideramos a exist?ncia de alguns poss?veis minerais na rocha que possam dissolver ou precipitar na fase da ?gua. Existem dois componentes qu?micos fluidos assim como duas imisc?veis fases: ?gua e ?leo,(w, o). Os ?ons dissolvidos s?o: ?ons divalentes positivos: ?ons c?lcio, Ca2+ e ?ons magn?sio, Mg2+; ?ons negativos divalentes: ?ons sulfato, SO42?; ?ons positivos monovalentes: ?ons s?dio, Na+; ?ons negativos monovalentes: ?ons cloro, Cl?. Os c?tions est?o envolvidos em um processo r?pido de troca de ?ons com a superf?cie do meio poroso carregada eletronega-tivamente X?, onde o meio absorver? os ?ons positivos Ca2+, Mg2+ e Na+. Usando regras simples de misturas e desconsiderando qualquer calor de precipita??o ou dissolu??o de rea??es de subst?ncias ou dessor??o de ?ons. Al?m disso, desconsideramos quaisquer efeitos de contra??o de volume resultante das misturas e rea??es em qualquer fase. Resolveremos neste trabalho, o Problema de Riemann e discutiremos algumas caracter?sticas do modelo estudado.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-05-05T19:03:44Z No. of bitstreams: 1 2016 - Marlon Ferreira Corsi.pdf: 1024630 bytes, checksum: b658b25c24b2a05e620598b506dc2907 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-05T19:03:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Marlon Ferreira Corsi.pdf: 1024630 bytes, checksum: b658b25c24b2a05e620598b506dc2907 (MD5) Previous issue date: 2016-03-28 / In Recent years, various mathematical tools were developed to solve problems involving the mechanics of linear elastic fracture to static Cases and to Dynamic Case. The Boundary Element Method, the technique of double Reciprocity and a Green Function Numerical has been successfully applied to problems with field actions (for example: Gravitational forces, transient Problems with speeds and accelerations). With these basic tools, this work presents Complementary Studies using the Boundary Element Method, a numerical Green function technique, along with the technique of Dual Reciprocity. This work numerically analyzing the e?ect of a concentrated load in a particular beam, the field of action with the self-weight and load applied both in the positive and in the negative direction of the Cartesian axis y. / Nos ?ltimos anos, v?rias ferramentas matem?ticas foram desenvolvidas para se resolver problemas que envolvam a mec?nica da fratura linear el?stica (MFLE) tanto para casos est?ticos quanto para casos din?micos. O M?todo dos Elementos de Contorno (MEC), a t?cnica da Dupla Reciprocidade e a Fun??o de Green Num?rica tem sido aplicado com sucesso ? problemas com a??es de dom?nio (por exemplo: for?as gravitacionais, problemas transientes com velocidades e acelera??es). Com base nessas ferramentas, este trabalho apresenta estudos complementares utilizando o M?todo do Elemento de Contorno (6), a t?cnica da Fun??o de Green num?rica (9), junto com a t?cnica da Dupla Reciprocidade (11). Esse trabalho analisa numericamente o efeito de uma carga concentrada em uma determinada viga, a a??o do dom?nio com o peso pr?prio, e o carregamento aplicado tanto no sentido positivo quanto no sentido negativo do eixo cartesiano y.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-10-13T20:23:03Z No. of bitstreams: 1 2014 - Arnaldo Cesar Almeida Oliveira.pdf: 1706735 bytes, checksum: e15df5900be5e8087531ffa6a80e066e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-13T20:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014 - Arnaldo Cesar Almeida Oliveira.pdf: 1706735 bytes, checksum: e15df5900be5e8087531ffa6a80e066e (MD5) Previous issue date: 2014-10-31 / CAPES / Understanding the structural properties of dislocations is essential since these defects govern the processes plastic deformation of materials. Particularly in semiconductors, these studies are important given the relevance of these materials for microelectronics. In this work, our focus will be the 90o partial dislocations in silicon. For the theoretical study of atomic-scale crystal dislocations, we use simulations based on semi-empirical quantum-mechanical methods closely linked to the tight-binding treatment, since it considers in its formulation that crystalline electronic states can be described in terms of atomic orbitals: Density Matrix Method Tight-Binding Order-N (DMTB). This method has a low computational cost which allows us to work with very large systems atoms in structures representation -including thousands of sites. In short, we describe how to produce and represent the 90o partial dislocations in Si, we consider three models for its core structure: a unreconstructed where the atoms have an almost fivefold coordination; a model reconstructed with period equal to the perfect lattice; and a model with twice period comparing with the perfect lattice. Finally, we calculate the range in energy of the system with the distance between the dislocations and the free surface of Si. / Compreender as propriedades estruturais de discord?ncias cristalinas ? fundamental uma vez que estes defeitos governam os processos de deforma??o pl?stica em materiais. Particularmente em semicondutores, esses estudos s?o importantes dada a relev?ncia desses materiais para a microeletr?nica. Neste trabalho nosso foco ser?o as discord?ncias cristalinas parciais a 90o em sil?cio. Para o estudo te?rico em escala at?mica das discord?ncias cristalinas, usamos simula??es baseadas em metodologias quanto-mec?nicas semi-emp?ricas atrav?s de um m?todo intimamente ligado ao tratamento tight-binding, uma vez que considera em sua formula??o que os estados eletr?nicos cristalinos podem ser descritos em termos de orbitais at?micos: M?todo da Matriz Densidade Tight-Binding de Ordem-N (DMTB). Este m?todo tem um custo computacional baixo o que permite que trabalhemos com sistemas muito grandes de ?tomos na representa??o das estruturas ? com milhares de s?tios inclusive. Em suma, descrevemos como produzir e representar as discord?ncias parciais a 90o em Si consideramos tr?s modelos para sua estrutura de caro?o: um n?o reconstru?do onde os ?tomos possuem uma coordena??o quase qu?ntupla; um modelo reconstru?do com per?odo igual ao per?odo da rede perfeita; e um modelo com per?odo dobrado em rela??o ao da rede perfeita. Por fim, calculamos a varia??o da energia do sistema com a dist?ncia entre as discord?ncias e a superf?cie livre do Si.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-07-12T18:05:35Z No. of bitstreams: 1 2016 - Felipe Augusto da Silva.pdf: 12688361 bytes, checksum: 9f1ec0867eb071ebf8dbb7f89606cf25 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-12T18:05:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Felipe Augusto da Silva.pdf: 12688361 bytes, checksum: 9f1ec0867eb071ebf8dbb7f89606cf25 (MD5) Previous issue date: 2016-09-29 / To understand the behavior of molecules in liquid fase is fundamental for comprihend many chemical and physical process, became reference to severa! areas of scientific and tecnologic knowledge. Methods using polarizable continuum model (PCM) have been proposed and revised to achieve more acurated results and the aplicability of the method. MultiPatch is a analitic and eficient molecular smface tesselation method. This smface is necessary to calcule the eletrostatic component of the interaction energy between solute and solvent Delta G s. The method was tested by comparing the results for the smface area and the energy Delta G s obtained using internai methods of the software GAMESS. / Entender o comportamento de mol?culas em fase l?quida ? fundamental para o compreender diversos processos qu?micos e f?sicos, sendo assim refer?ncia para diversas ?reas do conhecimento cient?fico e tecnol?gico. M?todos usando o modelo de cont?nuo polariz?vel (PCM) tem sido propostos e revisados com o objetivo de melhorar a acur?cia dos resultados e a aplicabilidade desse modelo. MultiPatch ? um m?todo anal?tico e eficiente para se obter uma tessela??o da superf?cie molecular necess?ria para o computo de uma das componentes, de origem eletrost?tica, da energia de intera??o entre soluto e solvente Delta G s:. O m?todo foi testado comparando seus resultados para ?rea da superf?cie e a energia Delta G s com o m?todos internos do software GAMESS.