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Evolução de quase-espécies com atribuição não-uniforme de indivíduos / Evolution of quasispecies with non-uniform assignment of individuals

Laxa, Kádmo de Souza 25 February 2019 (has links)
Recentemente, Ben-Ari e Schinazi (2016) propuseram um modelo estocástico em tempo discreto para a evolução da população de espécies com alta possibilidade de mutação. Neste trabalho, é proposto essencialmente o mesmo modelo, mas em tempo contínuo e com atribuição não-uniforme de indivíduos. Nesse modelo, novas espécies surgem com taxa r, 0<r<1, e a cada nova espécie é atribuída, no instante de nascimento, uma aptidão uniforme em [0,1], independente das demais espécies presentes no sistema naquele instante. No instante de surgimento de uma nova espécie, aquela nova espécie passa a contar com 1 indivíduo no sistema. Além disso, com taxa 1-r a atribuição de 1 novo indivíduo é feita a uma espécie presente no sistema; cada espécie tem probabilidade proporcional a uma dada função f de sua aptidão de receber o novo indivíduo. Finalmente, com taxa , com <r, ocorrem eventos de extinção, quando a espécie presente com menor aptidão é removida do sistema (incluindo todos os seus indivíduos). Estudamos o comportamento assintótico da distribuição do tamanho de uma espécie escolhida ao acaso em um tempo grande: determinamos a forma assintótica desta distribuição sob certas condições sobre a função f. / Recently, Ben-Ari and Schinazi (2016) proposed a discrete time stochastic model for high mutation rate species. Essentially, we propose the same model for the continuous time. In this model, the birth rate of a species is r, 0 <r<1, and each species receives at birth a uniform fitness in [0,1], independent of the other species of the process at that time. Each new species has 1 individual at the moment of birth. Furthermore, an assignment of a new individual to a species present in the system occurs with rate 1-r. Each species has a probability of assignment weighted by a given function f, that depends on species fitness. Finally, the death rate is , <r. When a death event occurs, the species with the lowest fitness of the system is removed with all individuals. We study the asymptotic behavior of the distribution of the size of a species chosen randomly for a big time: we characterize the asymptotic form of this distribution under certain conditions on the function f.
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Modelos de evolução da dinâmica fluvial em ambiente semiárido – bacia do açude do saco, Serra Talhada, Pernambuco

Souza, Jonas Otaviano Praça de 27 February 2014 (has links)
Submitted by Felipe Lapenda (felipe.lapenda@ufpe.br) on 2015-03-06T13:52:59Z No. of bitstreams: 2 TESE Jonas Otaviano Pessoa de Souza.pdf: 17205189 bytes, checksum: bda2fc72221d48dd3671685fd3a97f3d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-06T13:52:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Jonas Otaviano Pessoa de Souza.pdf: 17205189 bytes, checksum: bda2fc72221d48dd3671685fd3a97f3d (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-27 / Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia de Pernambuco / Devido o déficit hídrico do ambiente seco nordestino, foi construída uma estrutura de gerenciamento de recursos hídricos sustentada por pulsos de disponibilidade hídrica e estocagem de água superficial. Contudo esse gerenciamento, normalmente, ignora a elementos da dinâmica do sistema fluvial, em especial do comportamento do transporte de água e sedimentos pelo sistema, característica que vai controlar a estrutura fluvial, a estocagem de sedimento e a disponibilidade de água superficial e subsuperficial rasa e profunda. Deste modo, o presente trabalho visou analisar a evolução da dinâmica fluvial em ambiente semiárido, focado na dinâmica de transporte de sedimentos pelo sistema fluvial, tendo como base a conectividade da paisagem e analisando a bacia do riacho do Saco, Serra Talhada, Pernambuco. Por fim, a metodologia foi aplicada para avaliar a resposta do comportamento da transmissão a modificações naturais e/ou antrópicas no sistema, podendo gerar mudanças processuais e/ou estruturais na bacia. Para isto, foi detalhado o comportamento hidrológico da área, tal como a distribuição da precipitação por faixa altimétrica, e o comportamento do escoamento superficial, a partir do detalhamento de tipos de solo e tipos de uso. Para a análise sobre a transporte de sedimento foi utilizado à proposta de Conectividade da Paisagem e de Área de Captação Efetiva; e para a construção de cenários de mudança coerentes foi utilizado a proposta da Sensitividade da Paisagem e dos Estilos Fluviais. A bacia do riacho do Saco apresenta pontos de forte desconectividade que geram áreas virtualmente isoladas para o transporte de sedimento de fundo e suas áreas mais altas apresentam os valores máximos para o volume médio escoado por Km², devido ao maior volume de precipitação e retirada da vegetação natural. Em relação aos cenários de mudança pode-se destacar o cenário de degradação de vegetação, que aumenta o escoamento e as incisões fluviais, e o cenário de mudança climática, que diminui o escoamento e potencializa o processo de preenchimento. Por fim, a metodologia proposta se mostrou adequada para a análise inicial das respostas de transmissão hidrossedimentológica para cenários de mudanças processuais e/ou estruturais antrópicas e/ou naturais.
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Estimação não linear de estado através do unscented Kalman filter na tomografia por impedância elétrica. / Nonlinear state estimation using the Unscented Kalman filter in electrical impedance tomography.

Moura, Fernando Silva de 26 February 2013 (has links)
A Tomografia por Impedância Elétrica tem como objetivo estimar a distribuição de impedância elétrica dentro de uma região a partir de medidas de potencial elétrico coletadas apenas em seu contorno externo quando corrente elétrica é imposta neste mesmo contorno. Uma das aplicações para esta tecnologia é o monitoramento das condições pulmonares de pacientes em Unidades de Tratamento Intensivo. Dentre vários algoritmos, destacam-se os filtros de Kalman que abordam o problema de estimação sob o ponto de vista probabilístico, procurando encontrar a distribuição de probabilidade do estado condicionada à realização das medidas. Para que estes filtros possam ser utilizados, um modelo de evolução temporal do sistema sendo observado deve ser adotado. Esta tese propõe o uso de um modelo de evolução para a variação de volume de ar nos pulmões durante a respiração de um paciente sob ventilação artificial. Este modelo é utilizado no unscented Kalman filter, uma extensão não linear do filtro de Kalman. Tal modelo é ajustado em paralelo à estimação do estado, utilizando um esquema dual de estimação. Um algoritmo de segmentação de imagem é proposto para identificar as regiões pulmonares nas imagens estimadas e assim utilizar o modelo de evolução. Com o intuito de melhorar as estimativas, o método do erro de aproximação é utilizado no modelo de observação para mitigar os erros de modelagem e informação a priori é adicionada na solução do problema inverso mal-posto. O método é avaliado através de simulações numéricas e ensaio experimental coletado em um voluntário. Os resultados mostram que o método proposto melhora as estimativas feitas pelo filtro de Kalman, propiciando a visualização de imagens absolutas, dinâmicas e com bom nível de contraste entre os tecidos e órgãos internos. / Electrical impedance tomography estimates the electrical impedance distribution within a region given a set of electrical potential measurements acquired along its boundary at the same time that electrical currents are imposed on the same boundary. One of the applications of this technology is lung monitoring of patients in Intensive Care Units. One class of algorithms employed for the estimation are the Kalman filters which deal with the estimation problem in a probabilistic framework, looking for the probability density function of the state conditioned to the acquired measurements. In order to use such filters, an evolution models of the system must be employed. This thesis proposes an evolution model of the variation of air in the lungs of patients under artificial ventilation. This model is used on the Unscented Kalman Filter, a nonlinear extension of the Kalman filter. This model is adjusted in parallel to the state estimation, in a dual estimation scheme. An image segmentation algorithm is proposed for identifying the lungs in the images. In order to improve the estimate, the approximation error method is employed for mitigating the observation model errors and prior information is added for the solution of the ill-posed inverse problem. The method is evaluated with numerical simulations and with experimental data of a volunteer. The results show that the proposed method increases the quality of the estimates, allowing the visualization of absolute and dynamic images, with good level of contrast between the tissues and internal organs.
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Modelo de evolução de clusters: estudo de caso da indústria calçadista de Franca

Assunção Júnior, Joaquim José Correia 14 November 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2010-04-20T20:51:06Z (GMT). No. of bitstreams: 3 154789.pdf.jpg: 18069 bytes, checksum: ff12d70b21d014f039393abb671f279c (MD5) 154789.pdf: 1049389 bytes, checksum: 0ff63917a934eb6da5ca371a9c03217c (MD5) 154789.pdf.txt: 321453 bytes, checksum: a86ebeb8c378360bbdfaebf51cba963d (MD5) Previous issue date: 2006-11-14T00:00:00Z / The main purpose of this research was to fully understand the agglomeration phenomenon, specifically at shoes clusters of Franca, which is an important shoes productor the country, responsible for approximately 10% of the Brazilian total shoes production. The concept of cluster, developed by Porter (1990) was used. A model was presented to explain the development of clusters, The presupposes of the model were observed in Franca´s cluster. A case study was elaborated from the interviews made at nine shoes company, suppliers and support organisms. With some exceptions, the pressuposts were observed in Franca´s shoes cluster. As a result, also, was made an evaluation of Franca based on Porter´s (1990) diamond model. All the factors from the diamond model were assessed. The sources used were primary and secundary. Finally, some actions are purposed and policies to increase the competitiveness of Franca. / O objetivo deste trabalho foi compreender o fenômeno da concentração geográfica de empresas, especificamente no cluster calçadista de Franca, importante pólo produtor calçadista no país, responsável por aproximadamente 10% do total da produção calçadista brasileira. Utiliza-se o conceito de cluster desenvolvido por Porter (1990). É apresentado um modelo com pressupostos que explicariam o surgimento e evolução dos clusters. Os pressupostos do modelo foram observados no cluster de Franca. O principal pressuposto do modelo é que uma inovação revolucionária no processo, combinada com condições locais específicas, pode originar um cluster. Foi elaborado um estudo de caso a partir das entrevistas feitas em nove empresas do setor calçadistas, empresas de setores fornecedores e setores de apoio. Com algumas exceções, os pressupostos foram observados na trajetória de evolução do cluster calçadista de Franca. No momento, o cluster está atravessando sua fase de maturidade, e devem ser feitas políticas e ações coordenadas para evitar o declínio ou pós-maturidade do cluster. Como resultado também, foi feita a avaliação do cluster de Franca segundo o modelo do diamante de Porter (1990) para caracterizar os principais pilares para a manutenção da vantagem competitiva do cluster. Foram analisadas as condições dos fatores, condições da demanda, setores correlatos e de apoio e a estratégia, estrutura e rivalidade das empresas. As fontes utilizadas foram primárias e secundárias. Finalmente, são propostas algumas ações e políticas no sentido de incrementar a competitividade do cluster calçadista de Franca.
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Estimação não linear de estado através do unscented Kalman filter na tomografia por impedância elétrica. / Nonlinear state estimation using the Unscented Kalman filter in electrical impedance tomography.

Fernando Silva de Moura 26 February 2013 (has links)
A Tomografia por Impedância Elétrica tem como objetivo estimar a distribuição de impedância elétrica dentro de uma região a partir de medidas de potencial elétrico coletadas apenas em seu contorno externo quando corrente elétrica é imposta neste mesmo contorno. Uma das aplicações para esta tecnologia é o monitoramento das condições pulmonares de pacientes em Unidades de Tratamento Intensivo. Dentre vários algoritmos, destacam-se os filtros de Kalman que abordam o problema de estimação sob o ponto de vista probabilístico, procurando encontrar a distribuição de probabilidade do estado condicionada à realização das medidas. Para que estes filtros possam ser utilizados, um modelo de evolução temporal do sistema sendo observado deve ser adotado. Esta tese propõe o uso de um modelo de evolução para a variação de volume de ar nos pulmões durante a respiração de um paciente sob ventilação artificial. Este modelo é utilizado no unscented Kalman filter, uma extensão não linear do filtro de Kalman. Tal modelo é ajustado em paralelo à estimação do estado, utilizando um esquema dual de estimação. Um algoritmo de segmentação de imagem é proposto para identificar as regiões pulmonares nas imagens estimadas e assim utilizar o modelo de evolução. Com o intuito de melhorar as estimativas, o método do erro de aproximação é utilizado no modelo de observação para mitigar os erros de modelagem e informação a priori é adicionada na solução do problema inverso mal-posto. O método é avaliado através de simulações numéricas e ensaio experimental coletado em um voluntário. Os resultados mostram que o método proposto melhora as estimativas feitas pelo filtro de Kalman, propiciando a visualização de imagens absolutas, dinâmicas e com bom nível de contraste entre os tecidos e órgãos internos. / Electrical impedance tomography estimates the electrical impedance distribution within a region given a set of electrical potential measurements acquired along its boundary at the same time that electrical currents are imposed on the same boundary. One of the applications of this technology is lung monitoring of patients in Intensive Care Units. One class of algorithms employed for the estimation are the Kalman filters which deal with the estimation problem in a probabilistic framework, looking for the probability density function of the state conditioned to the acquired measurements. In order to use such filters, an evolution models of the system must be employed. This thesis proposes an evolution model of the variation of air in the lungs of patients under artificial ventilation. This model is used on the Unscented Kalman Filter, a nonlinear extension of the Kalman filter. This model is adjusted in parallel to the state estimation, in a dual estimation scheme. An image segmentation algorithm is proposed for identifying the lungs in the images. In order to improve the estimate, the approximation error method is employed for mitigating the observation model errors and prior information is added for the solution of the ill-posed inverse problem. The method is evaluated with numerical simulations and with experimental data of a volunteer. The results show that the proposed method increases the quality of the estimates, allowing the visualization of absolute and dynamic images, with good level of contrast between the tissues and internal organs.

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