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Cristalografia estrutural: estudos da hemoglobina do peixe Leporinus frederici e determinação de estruturas de pequenas moléculas por difração de raios-x / Structural crystallography: studies of fish hemoglobin from Leporinus frederici and the X-ray Crystal structure determination of small molecules

Delboni, Luis Fernando 18 September 1991 (has links)
Uma das várias formas da hemoglobina do peixe Leporinus Frederici (piava) não apresenta efeito Borh (variação da afinidade ao O2 com o pH). Purificação, caracterização e experimentos de cristalização foram conduzidos visando a determinação da estrutura através de difração de raios X, embora sem resultados positivos. O espectro óptico desta forma particular de hemoglobina foi medido no intervalo de 300-700 nm e subseqüentemente simulado, interpretado e comparado com o espectro da humana. Em outra área do trabalho experimental, três pequenas estruturas moleculares foram determinadas: uma é um intermediário na síntese de alcalóides, com um esqueleto sarpagina; outra é um dipeptídeo complexado com Cu2+; e a terceira é um complexo de picrato com Ce3+. As intensidades das reflexões foram medidas com um difratômetro automático de quatro ciclos CAD-4. As estruturas foram resolvidas por Patterson ou Métodos Diretos e foram refinadas por método de mínimo quadrado. Cetona, C19H21N3O, é um intermediário chave no caminho de reação para síntese de indoloquinolisidinas, pertence ao sistema, P21/C, a=12.200(7), b=16,795(2), c=16,655(l)&#197, &#946=104,18(3)&#176, Z=8, Dc= 1,234 gcm-3, V=3308(3)&#1973. As duas moléculas independentes são aproximadamente relacionadas por um centro de inversão, a principal diferença sendo relativa às configurações dos grupos nitril e metil. As moléculas enantioméricas estão mantidas por ligação de hidrogênio através do N(3)-O(1\') e N(3\')-O(1). A junção N(1)-C(6) é trans e o grupo CH2CN é axial. L-(triptofil)-L-glicinato-cobre(II). C13H13CuN3O3, um composto modelo para conseguir informações para interpretar os dados disponíveis para proteínas azuis, é ortorrômbico, P212121, a=8,284(6), b=9,345(2). c=16.503(2)&#197, Z=4, Dc=1.678 gcm-3, V=1277(2)&#1973. O íon Cu2+ é coordenado por um oxigênio e dois nitrogênios de um dipeptídeo e com um oxigênio de um ligante simetricamente relacionado. A estrutura polimérica resultante está alinhada com o eixo b e tem uma estabilidade maior devido a uma ligação de hidrogênio entre o oxigênio carbonil de um dipeptídeo e o nitrogênio do triptofano do ligante vizinho. A coordenação é essencialmente quadrado planar. O complexo de picrato com Ce3+, CeO33N9C18H30, foi analisado dentro de um grande programa de pesquisa para estudar a química de coordenação dos lantanóides. Duas formas cristalinas são estudadas: uma é monoclínica, P21/n, a=7,799(2), b=26,925(2), c=17,465(2)&#197, &#946=98,93(3)&#176 , Z=4, Dc= 1,908 gcm-3, V=3623(2)޵ e a outra é monoc1ínica, C2/c, a=40,225(5), b=8,08(4), c=24,35l(9), &#946=111,46(2), Z=8, Dc= 1,893 gcm-3, V=7300(8)&#1973. A primeira é relativamente instável sobre a incidência de raios-X e embora a medida das intensidades apresentasse erros sistemáticos significantes, a estrutura pode ser resolvida. O número de coordenação dos dois complexos é 9 e os poliedros de coordenação são intermediários entre antiprisma quadrado monoencapuzado e prisma trigonal triencapuzado / One of the various forms of hemoglobin of the fish Leporinus Frederici (piava) does not present any Bohr effect (variation of the affinity to O2 with pH). Purification, characterization and crystallization experiments were conducted, aimed at the structure determination through X-ray diffraction, although with no positive results. The optical spectrum of this particular hemoglobin form was measured in the range 300-700 nm and subsequently simulated, interpreted and compared with the human hemoglobin spectra. In another area of experimental work, three small molecules structures were determinate: one is an intermediate in the synthesis of alkaloids, with a sarpagine backbone; another is a dipeptide complexes with Cu2+; and a third one is a complex of picrate with Ce3+. The intensities of the reflections were measured with an automatic four-circle difractometer CAD-4. The structures were solved by Patterson or Directs Methods, and were refined by the least squares methods. Ketone, C19H21N3O, is a key intermediate in the reaction pathway for synthesis of indoloquisidines, belongs to the monoclinic system, P21/c, a=12.200(7), b=16,795(2), c=16,655(l)&#197, &#946=104,18(3)&#176, Z=8, Dc= 1,234 gcm-3, V=3308(3)&#1973. The two independent molecule are approximately related by an inversion center, the main difference being the relative configurations of the nitril and methyl groups. The enantiomeric molecules are hydrogen bonded through N(3)-O(1\') and N(3\')-O(1). The junction N(l)-C(6) is trans and the group CH2CN is axial. L-(tryptophyl)-L-glycinate-copper(II), C13H13CuN3O3, a model compound to get information to interpret spectroscopic data available for blues proteins, is orthorhombic, P212121, a=8,284(6), b=9,345(2). c=16.503(2)&#197, Z=4, Dc=1.678 gcm-3, V=1277(2)&#1973. The Cu-ion is coordinated by one oxygen and two nitrogen atoms of the one dípeptide and with an oxygen of a symmetrically related ligand. The resulting polymeric structure is aligned with the b-axis and is further stabilized by an H-bond between the carbonyl-oxygen of the one dipeptide and the tryptophan side-chain nitrogen of the neighboring ligand. The coordination is essentially square-planar. The complex of picrate with Ce3+, CeO33N9C18H30, was analyzed within a broader research program to study the chemistry of coordination of the lantanoids. Two crystalline forms are studied: one is monoclinic, P21/n, a=7,799(2), b=26,925(2), c=17,465(2)&#197, &#946=98,93(3)&#176 , Z=4, Dc= 1,908 gcm-3, V=3623(2)޵ and the other is monoclinic, C2/c, a=40,225(5), b=8,08(4), c=24,35l(9), &#946=111,46(2), Z=8, Dc= 1,893 gcm-3, V=7300(8)&#1973. The former is relatively unstable under the X-rays and although the measured intensities presented significant systematic errors, the structure could be solved. The coordination number of the two complexes is 9 and the coordination polyedra are intermediate between mono-coupled square antiprism and tri-coupled trigonal prism
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Interação de pequenas moléculas com proteínas: um estudo usando métodos convencionais e transferência de saturação de R.P.E. / On the interaction of small molecules with proteins: a conventional EPR and ST-EPR study

Ruggiero Neto, Joao 20 June 1984 (has links)
Neste trabalho, analisamos a interação de pequenas moléculas, marcadores hidrofóbicos, com hemoglobina, em diferentes estados: monocristal, pó e solução aquosa. Os métodos de análise empregados, são baseados nas teorias de relaxação em líquidos e técnicas não lineares de ressonância ST-RPE (transferência de saturação), fornecendo informações sobre mudanças locais nas vizinhanças desses marcadores. Um dos marcadores hidrofóbicos, o TEMPO, mostrou uma anisotropia considerável nos espectros de RPE do monocristal de hemoglobina que está relacionado com o empacotamento molecular da proteína do cristal. A associação desses métodos de análise conduziu a importantes informações sobre mudanças na camada de hidratação em várias proteínas: hemoglobina, mioglobina e lisozima, monitoradas pelo marcador covalente derivado da maleimida, e induzidas pela temperatura, sob diferentes condições de hidratação. Desta forma o uso da espectroscopia de RPE especialmente com simulação espectral e DT-RPE mostro ser um método potente e ainda não explorado no estado de hidratação de proteínas / In this work, the interactions of small molecules, hydrophobic spin labels, with hemoglobin, under different states was analysed: single crystal, powder and aqueous solution. The methods of analysis employed, are based in relaxation theory in liquids and non-linear techniques, saturation transfer (ST-EPR), giving informations on the local changes in neighbourhood of the labels. One of the hydrophobic labels, TEMPO, showed a considerable anisotropy in the hemoglobin single crystal spectra, a result related to the molecular packing in the protein single crystal. The association of the techniques of analysis all together lead to important informations an temperature induced changes in the hydration layer in several proteins: hemoglobin, myoglobin, NEM*, a maleimide derivated, in different conditions of hydration. In this way the use of EPR spectroscopy and particularly with spectral simulations and ST-EPR, proved to be a powerful and not yet very much explored method to study the problem of protein hydration
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Introdução a cristalografia geométrica e determinação de estruturas de pequenas moléculas por difração de raios-X / Introduction to crystallographic symmetry and determination of small molecules structures by X-ray diffraction

Barberato, Claudio 21 October 1992 (has links)
Foram determinadas quatro estruturas de complexos de Lantanóides utilizando a difração de raios-X. As intensidades dos feixes difratados foram medidas com um difratômetro automático de 4 ciclos CAD-4. As estruturas foram resolvidas utilizando o método de Patterson, sínteses de Fourier e Fourier Diferença e refinadas por métodos de mínimos quadrados com matriz bloqueada. Os poliedros de coordenação foram obtidos considerando as distâncias quadráticas médias mínimas entre os coordenantes e poliedros ideais. Y(C6H2N3O)3(6H18N3OP)2 e Ho(C6H2N3O)3(C6H18N3OP)2 são complexos isomorfos pertencentes ao sistema monoclínico, P21/n, tendo como parâmetros de rede para o complexo de Y: a = 17.104(2), b = 16.328(1), c = 17.671(6) &#197, &#946 = 95.40(1)&#176, Z = 4, Dc = 1.53 gcm-3, V = 4913(4) ޵ e para o complexo de Ho: a = 17.097(2), b = 16.299(1), c = 17.685(3) &#197, &#946 = 95.41(1)&#176, V = 4907(2) &#1973, Dc = 1.63 gcm-3. O poliedro de coordenação para esses complexos é o dodecaedro, simetria D2d (42m). Ce(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, é uma estrutura pertencente ao sistema triclínico, P-1, a = 1.495(5), b = 11.815(5), c = 18.40(1)&#197, &#945 = 83.09(5)&#176, &#946 = 76.7995)&#176, &#947 = 77.00(3)&#176, Z = 2, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. Existem 8 coordenantes ao redor do átomo pesado formando um Prisma Trigonal Biencapuzado. Nd(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, pertence ao sistema monoclínico, P21/c, a = 18.913(5), b = 12.386(5), c = 22.134(5)&#197, &#946 = 120.20(5)&#176, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. O número de coordenação é igual a 9 e o poliedro de coordenação é uma forma intermediária entre o antiprisma quadrado monoencapuzado e o prisma trigonal Trigonal Triencapuzado. / It were determinated four small molecules structures by X-Ray diffraction. The intensities of the reflections were measured with an automatic four-cicle difractometer CAD-4. The structures were solved by Patterson, Fourier Synthesis and refined by least squares methods. The coordination polyedras were obtained considering the minimal root mean distances between the polyedras founded and the ideal polyedras. Y(C6H2N3O)3(6H18N3OP)2 e Ho(C6H2N3O)3(C6H18N3OP)2 are isomorphos strutures belong to the monoclinic system, P21/n; Y: a = 17.104(2), b = 16.328(1), c = 17.671(6) &#197, &#946 = 95.40(1)&#176, Z = 4, Dc = 1.53 gcm-3, V = 4913(4) ޵ Ho: a = 17.097(2), b = 16.299(1), c = 17.685(3)&#197, &#946 = 95.41(1)&#176, V = 4907(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. The coordination number of these structures is 8 and the coordination polyedra is dodecahedro, with simetry D2d (42m). Ce(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, is a structure belongs to the triclinic system. P-1, a = 1.495(5), b = 11.815(5), c = 18.40(1)&#197, &#945 = 83.09(5)&#176, &#946 = 76.7995)&#176, &#947 = 77.00(3)&#176, Z = 2, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. There are 8 coordinates around the heavy metal forming a Two-couped Trigonal Prism. Nd(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, belongs to the monoclinic system, P21/c, a = 18.913(5), b = 12.386(5), c = 22.134(5)&#197, &#946 = 120.20(5)&#176, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. The coordination number is a 9 and the coordination polyedra is intermediate between mono-couped square antiprism and three-couped trigonal.
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Introdução a cristalografia geométrica e determinação de estruturas de pequenas moléculas por difração de raios-X / Introduction to crystallographic symmetry and determination of small molecules structures by X-ray diffraction

Claudio Barberato 21 October 1992 (has links)
Foram determinadas quatro estruturas de complexos de Lantanóides utilizando a difração de raios-X. As intensidades dos feixes difratados foram medidas com um difratômetro automático de 4 ciclos CAD-4. As estruturas foram resolvidas utilizando o método de Patterson, sínteses de Fourier e Fourier Diferença e refinadas por métodos de mínimos quadrados com matriz bloqueada. Os poliedros de coordenação foram obtidos considerando as distâncias quadráticas médias mínimas entre os coordenantes e poliedros ideais. Y(C6H2N3O)3(6H18N3OP)2 e Ho(C6H2N3O)3(C6H18N3OP)2 são complexos isomorfos pertencentes ao sistema monoclínico, P21/n, tendo como parâmetros de rede para o complexo de Y: a = 17.104(2), b = 16.328(1), c = 17.671(6) &#197, &#946 = 95.40(1)&#176, Z = 4, Dc = 1.53 gcm-3, V = 4913(4) ޵ e para o complexo de Ho: a = 17.097(2), b = 16.299(1), c = 17.685(3) &#197, &#946 = 95.41(1)&#176, V = 4907(2) &#1973, Dc = 1.63 gcm-3. O poliedro de coordenação para esses complexos é o dodecaedro, simetria D2d (42m). Ce(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, é uma estrutura pertencente ao sistema triclínico, P-1, a = 1.495(5), b = 11.815(5), c = 18.40(1)&#197, &#945 = 83.09(5)&#176, &#946 = 76.7995)&#176, &#947 = 77.00(3)&#176, Z = 2, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. Existem 8 coordenantes ao redor do átomo pesado formando um Prisma Trigonal Biencapuzado. Nd(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, pertence ao sistema monoclínico, P21/c, a = 18.913(5), b = 12.386(5), c = 22.134(5)&#197, &#946 = 120.20(5)&#176, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. O número de coordenação é igual a 9 e o poliedro de coordenação é uma forma intermediária entre o antiprisma quadrado monoencapuzado e o prisma trigonal Trigonal Triencapuzado. / It were determinated four small molecules structures by X-Ray diffraction. The intensities of the reflections were measured with an automatic four-cicle difractometer CAD-4. The structures were solved by Patterson, Fourier Synthesis and refined by least squares methods. The coordination polyedras were obtained considering the minimal root mean distances between the polyedras founded and the ideal polyedras. Y(C6H2N3O)3(6H18N3OP)2 e Ho(C6H2N3O)3(C6H18N3OP)2 are isomorphos strutures belong to the monoclinic system, P21/n; Y: a = 17.104(2), b = 16.328(1), c = 17.671(6) &#197, &#946 = 95.40(1)&#176, Z = 4, Dc = 1.53 gcm-3, V = 4913(4) ޵ Ho: a = 17.097(2), b = 16.299(1), c = 17.685(3)&#197, &#946 = 95.41(1)&#176, V = 4907(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. The coordination number of these structures is 8 and the coordination polyedra is dodecahedro, with simetry D2d (42m). Ce(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, is a structure belongs to the triclinic system. P-1, a = 1.495(5), b = 11.815(5), c = 18.40(1)&#197, &#945 = 83.09(5)&#176, &#946 = 76.7995)&#176, &#947 = 77.00(3)&#176, Z = 2, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. There are 8 coordinates around the heavy metal forming a Two-couped Trigonal Prism. Nd(C6H2N3O)3(C5H12N2O)3, belongs to the monoclinic system, P21/c, a = 18.913(5), b = 12.386(5), c = 22.134(5)&#197, &#946 = 120.20(5)&#176, V = 4800(2)&#1973, Dc = 1.63 gcm-3. The coordination number is a 9 and the coordination polyedra is intermediate between mono-couped square antiprism and three-couped trigonal.
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Cristalografia estrutural: estudos da hemoglobina do peixe Leporinus frederici e determinação de estruturas de pequenas moléculas por difração de raios-x / Structural crystallography: studies of fish hemoglobin from Leporinus frederici and the X-ray Crystal structure determination of small molecules

Luis Fernando Delboni 18 September 1991 (has links)
Uma das várias formas da hemoglobina do peixe Leporinus Frederici (piava) não apresenta efeito Borh (variação da afinidade ao O2 com o pH). Purificação, caracterização e experimentos de cristalização foram conduzidos visando a determinação da estrutura através de difração de raios X, embora sem resultados positivos. O espectro óptico desta forma particular de hemoglobina foi medido no intervalo de 300-700 nm e subseqüentemente simulado, interpretado e comparado com o espectro da humana. Em outra área do trabalho experimental, três pequenas estruturas moleculares foram determinadas: uma é um intermediário na síntese de alcalóides, com um esqueleto sarpagina; outra é um dipeptídeo complexado com Cu2+; e a terceira é um complexo de picrato com Ce3+. As intensidades das reflexões foram medidas com um difratômetro automático de quatro ciclos CAD-4. As estruturas foram resolvidas por Patterson ou Métodos Diretos e foram refinadas por método de mínimo quadrado. Cetona, C19H21N3O, é um intermediário chave no caminho de reação para síntese de indoloquinolisidinas, pertence ao sistema, P21/C, a=12.200(7), b=16,795(2), c=16,655(l)&#197, &#946=104,18(3)&#176, Z=8, Dc= 1,234 gcm-3, V=3308(3)&#1973. As duas moléculas independentes são aproximadamente relacionadas por um centro de inversão, a principal diferença sendo relativa às configurações dos grupos nitril e metil. As moléculas enantioméricas estão mantidas por ligação de hidrogênio através do N(3)-O(1\') e N(3\')-O(1). A junção N(1)-C(6) é trans e o grupo CH2CN é axial. L-(triptofil)-L-glicinato-cobre(II). C13H13CuN3O3, um composto modelo para conseguir informações para interpretar os dados disponíveis para proteínas azuis, é ortorrômbico, P212121, a=8,284(6), b=9,345(2). c=16.503(2)&#197, Z=4, Dc=1.678 gcm-3, V=1277(2)&#1973. O íon Cu2+ é coordenado por um oxigênio e dois nitrogênios de um dipeptídeo e com um oxigênio de um ligante simetricamente relacionado. A estrutura polimérica resultante está alinhada com o eixo b e tem uma estabilidade maior devido a uma ligação de hidrogênio entre o oxigênio carbonil de um dipeptídeo e o nitrogênio do triptofano do ligante vizinho. A coordenação é essencialmente quadrado planar. O complexo de picrato com Ce3+, CeO33N9C18H30, foi analisado dentro de um grande programa de pesquisa para estudar a química de coordenação dos lantanóides. Duas formas cristalinas são estudadas: uma é monoclínica, P21/n, a=7,799(2), b=26,925(2), c=17,465(2)&#197, &#946=98,93(3)&#176 , Z=4, Dc= 1,908 gcm-3, V=3623(2)޵ e a outra é monoc1ínica, C2/c, a=40,225(5), b=8,08(4), c=24,35l(9), &#946=111,46(2), Z=8, Dc= 1,893 gcm-3, V=7300(8)&#1973. A primeira é relativamente instável sobre a incidência de raios-X e embora a medida das intensidades apresentasse erros sistemáticos significantes, a estrutura pode ser resolvida. O número de coordenação dos dois complexos é 9 e os poliedros de coordenação são intermediários entre antiprisma quadrado monoencapuzado e prisma trigonal triencapuzado / One of the various forms of hemoglobin of the fish Leporinus Frederici (piava) does not present any Bohr effect (variation of the affinity to O2 with pH). Purification, characterization and crystallization experiments were conducted, aimed at the structure determination through X-ray diffraction, although with no positive results. The optical spectrum of this particular hemoglobin form was measured in the range 300-700 nm and subsequently simulated, interpreted and compared with the human hemoglobin spectra. In another area of experimental work, three small molecules structures were determinate: one is an intermediate in the synthesis of alkaloids, with a sarpagine backbone; another is a dipeptide complexes with Cu2+; and a third one is a complex of picrate with Ce3+. The intensities of the reflections were measured with an automatic four-circle difractometer CAD-4. The structures were solved by Patterson or Directs Methods, and were refined by the least squares methods. Ketone, C19H21N3O, is a key intermediate in the reaction pathway for synthesis of indoloquisidines, belongs to the monoclinic system, P21/c, a=12.200(7), b=16,795(2), c=16,655(l)&#197, &#946=104,18(3)&#176, Z=8, Dc= 1,234 gcm-3, V=3308(3)&#1973. The two independent molecule are approximately related by an inversion center, the main difference being the relative configurations of the nitril and methyl groups. The enantiomeric molecules are hydrogen bonded through N(3)-O(1\') and N(3\')-O(1). The junction N(l)-C(6) is trans and the group CH2CN is axial. L-(tryptophyl)-L-glycinate-copper(II), C13H13CuN3O3, a model compound to get information to interpret spectroscopic data available for blues proteins, is orthorhombic, P212121, a=8,284(6), b=9,345(2). c=16.503(2)&#197, Z=4, Dc=1.678 gcm-3, V=1277(2)&#1973. The Cu-ion is coordinated by one oxygen and two nitrogen atoms of the one dípeptide and with an oxygen of a symmetrically related ligand. The resulting polymeric structure is aligned with the b-axis and is further stabilized by an H-bond between the carbonyl-oxygen of the one dipeptide and the tryptophan side-chain nitrogen of the neighboring ligand. The coordination is essentially square-planar. The complex of picrate with Ce3+, CeO33N9C18H30, was analyzed within a broader research program to study the chemistry of coordination of the lantanoids. Two crystalline forms are studied: one is monoclinic, P21/n, a=7,799(2), b=26,925(2), c=17,465(2)&#197, &#946=98,93(3)&#176 , Z=4, Dc= 1,908 gcm-3, V=3623(2)޵ and the other is monoclinic, C2/c, a=40,225(5), b=8,08(4), c=24,35l(9), &#946=111,46(2), Z=8, Dc= 1,893 gcm-3, V=7300(8)&#1973. The former is relatively unstable under the X-rays and although the measured intensities presented significant systematic errors, the structure could be solved. The coordination number of the two complexes is 9 and the coordination polyedra are intermediate between mono-coupled square antiprism and tri-coupled trigonal prism
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Interação de pequenas moléculas com proteínas: um estudo usando métodos convencionais e transferência de saturação de R.P.E. / On the interaction of small molecules with proteins: a conventional EPR and ST-EPR study

Joao Ruggiero Neto 20 June 1984 (has links)
Neste trabalho, analisamos a interação de pequenas moléculas, marcadores hidrofóbicos, com hemoglobina, em diferentes estados: monocristal, pó e solução aquosa. Os métodos de análise empregados, são baseados nas teorias de relaxação em líquidos e técnicas não lineares de ressonância ST-RPE (transferência de saturação), fornecendo informações sobre mudanças locais nas vizinhanças desses marcadores. Um dos marcadores hidrofóbicos, o TEMPO, mostrou uma anisotropia considerável nos espectros de RPE do monocristal de hemoglobina que está relacionado com o empacotamento molecular da proteína do cristal. A associação desses métodos de análise conduziu a importantes informações sobre mudanças na camada de hidratação em várias proteínas: hemoglobina, mioglobina e lisozima, monitoradas pelo marcador covalente derivado da maleimida, e induzidas pela temperatura, sob diferentes condições de hidratação. Desta forma o uso da espectroscopia de RPE especialmente com simulação espectral e DT-RPE mostro ser um método potente e ainda não explorado no estado de hidratação de proteínas / In this work, the interactions of small molecules, hydrophobic spin labels, with hemoglobin, under different states was analysed: single crystal, powder and aqueous solution. The methods of analysis employed, are based in relaxation theory in liquids and non-linear techniques, saturation transfer (ST-EPR), giving informations on the local changes in neighbourhood of the labels. One of the hydrophobic labels, TEMPO, showed a considerable anisotropy in the hemoglobin single crystal spectra, a result related to the molecular packing in the protein single crystal. The association of the techniques of analysis all together lead to important informations an temperature induced changes in the hydration layer in several proteins: hemoglobin, myoglobin, NEM*, a maleimide derivated, in different conditions of hydration. In this way the use of EPR spectroscopy and particularly with spectral simulations and ST-EPR, proved to be a powerful and not yet very much explored method to study the problem of protein hydration
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Introdução aos métodos de determinação de estruturas por difração de raios-X em monocristais: aplicação a alguns complexos de lantanídeos e metais de transição com ligantes orgânicos / An introduction to the methodology of structure determination by single crystal x-ray diffraction: applications to some complexes of lanthanides and transition metals with organic ligands

Oliva, Glaucius 14 October 1983 (has links)
As estruturas cristalinas dos complexos Ln(ClO4)3.6[PONH2(C6H5)2] onde Ln=Eu, La, Cu[NH2(CH3)2CCO2]2, NiBr2.4[AsO(C6H5)3].8H2O (verde) e NiBr2.4[AsO(C6H5)3].1,5(CH3C6H5).H2O (alaranjado) bem como do ligante PONH2(C6H5)2 foram determinadas por difração de raios-X. Os complexos envolvendo íons lantanídeos refinaram a fatores R finais de R(Eu)=0,125, e R(La)=0,133 e foram encontradas a seguintes características principais: a) o sistema cristalino é cúbico; b) a coordenação do cátion é feita por seis átomos de oxigênio dos ligantes em configuração octaédrica (Eu) e antiprismática trigonal (La) com as terras raras em posições de alta simetria (23 para Eu e 3 para La); c) o restante das estruturas apresentam diferentes graus de desordem. À luz da sua configuração geométrica, a presença de uma forte banda 5Do-7F2 no espectro de fluorescência do complexo de Eu, proibida por considerações de simetria, é explicada como decorrente de acoplamentos vibrônicos. O desdobramento da linha υP=0 do espectro de infravermelho do coplxo de La é atribuído à presença de grupos P=0 não equivalentemente ligados a terra rara devido à desordem desta. O composto envolvendo o íon Cu(II) (fator R final 0,053) cristaliza no sistema monoclínico com os complexos se empacotando em camadas paralelas ao plano cristalino (100) com redes de pontes de H intracamada e com francas interações entre camadas consecutivas, o que explica o comportamento magnético quasi-bidimensional observado nestes cristais. O complexo de Ni(II) de coloração verde (fator R final 0,039) apresenta o íon metálico sobre um centro de simetria coordenado por seis moléculas de água numa conformação octaédrica distorcida, as quais estão ligadas aos grupos tfaso[AsO(C6H5)3] e íons brometo por fatores pontes de H. No complexo de coloração alaranjada (fator R final 0,087) o cátion está pentacoordenado com os quatro oxigênios dos ligantes tfaso formando a base de uma pirâmide quadrangular e um ânion Br- ocupando a quinta posição. Como uma conseqüência da resolução e refinamento da estrutura do complexo de Eu, a estrutura cristalina do ligante PONH2(C6H5) puro foi também determinada e refinada a um fator R de 0,033. / The crystal structure of the complexes Ln(ClO4)3.6[PONH2(C6H5)2] where Ln=Eu, La, Cu[NH2(CH3)2CCO2]2, NiBr2.4[AsO(C6H5)3].8H2O (green), NiBr2.4[AsO(C6H5)3.1,5(CH3C6H5).H2O (orange) and of the ligand PONH2(C6H5)2 have been determined by X-ray diffraction. The complexes involving lanthanide ions refined to final R factors of R(Eu)=0.125 and R(La)=0.133 and the following main features were found: a) the crystal system is cubic; b) the cation is coordinated to six ligand oxygens in octahedral earths on position of high symmetry (23 for Eu and 3 for La); c) the rest of the structures shows different degrees of disorder. In the light of the geometrical configuration, the occurrence of a strong band 5Do-7F2 in the fluorescence spectrum of the Eu complex, forbidden on symmetry grounds, is interpreted as a consequence of vibronic coupling. A splitting of the infrared υP=0 band in the La complex is attributed to the presence of P=0 goups non-equivalently bonded to the rare earth due to the disorder of this atom. The compound involving the Cu(II) ion (final R factor of 0.053) crystallizes in the monoclinic system with the complexes packed in layers parallel to the (100) crystal plane, with intralayer nets of H bonds and weak interactions between consecutive layers, which explains the quasi two-dimensional magnetic behavior observed in these crystals. In the green Ni(II) complex (final R=0.039), the metallic ion is sited on a center of symmetry and is octahedrally coordinated to six water molecules which are hydrogen bonded to the tfaso[AsO(C6H5)3] groups and the bromide ions. In the orange complex (final R=0.087) the cation is pentacoordinated with the four oxygens of the tpas ligands forming the basis of a quadrangular pyramid and one Br- anion in the fifth position. As a by product in the solution and refinement of the Eu complex structure, the crystal structure of the pure ligand PONH2(C6H5) was also determined and refined to a R-factor of 0.033.
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Introdução aos métodos de determinação de estruturas por difração de raios-X em monocristais: aplicação a alguns complexos de lantanídeos e metais de transição com ligantes orgânicos / An introduction to the methodology of structure determination by single crystal x-ray diffraction: applications to some complexes of lanthanides and transition metals with organic ligands

Glaucius Oliva 14 October 1983 (has links)
As estruturas cristalinas dos complexos Ln(ClO4)3.6[PONH2(C6H5)2] onde Ln=Eu, La, Cu[NH2(CH3)2CCO2]2, NiBr2.4[AsO(C6H5)3].8H2O (verde) e NiBr2.4[AsO(C6H5)3].1,5(CH3C6H5).H2O (alaranjado) bem como do ligante PONH2(C6H5)2 foram determinadas por difração de raios-X. Os complexos envolvendo íons lantanídeos refinaram a fatores R finais de R(Eu)=0,125, e R(La)=0,133 e foram encontradas a seguintes características principais: a) o sistema cristalino é cúbico; b) a coordenação do cátion é feita por seis átomos de oxigênio dos ligantes em configuração octaédrica (Eu) e antiprismática trigonal (La) com as terras raras em posições de alta simetria (23 para Eu e 3 para La); c) o restante das estruturas apresentam diferentes graus de desordem. À luz da sua configuração geométrica, a presença de uma forte banda 5Do-7F2 no espectro de fluorescência do complexo de Eu, proibida por considerações de simetria, é explicada como decorrente de acoplamentos vibrônicos. O desdobramento da linha υP=0 do espectro de infravermelho do coplxo de La é atribuído à presença de grupos P=0 não equivalentemente ligados a terra rara devido à desordem desta. O composto envolvendo o íon Cu(II) (fator R final 0,053) cristaliza no sistema monoclínico com os complexos se empacotando em camadas paralelas ao plano cristalino (100) com redes de pontes de H intracamada e com francas interações entre camadas consecutivas, o que explica o comportamento magnético quasi-bidimensional observado nestes cristais. O complexo de Ni(II) de coloração verde (fator R final 0,039) apresenta o íon metálico sobre um centro de simetria coordenado por seis moléculas de água numa conformação octaédrica distorcida, as quais estão ligadas aos grupos tfaso[AsO(C6H5)3] e íons brometo por fatores pontes de H. No complexo de coloração alaranjada (fator R final 0,087) o cátion está pentacoordenado com os quatro oxigênios dos ligantes tfaso formando a base de uma pirâmide quadrangular e um ânion Br- ocupando a quinta posição. Como uma conseqüência da resolução e refinamento da estrutura do complexo de Eu, a estrutura cristalina do ligante PONH2(C6H5) puro foi também determinada e refinada a um fator R de 0,033. / The crystal structure of the complexes Ln(ClO4)3.6[PONH2(C6H5)2] where Ln=Eu, La, Cu[NH2(CH3)2CCO2]2, NiBr2.4[AsO(C6H5)3].8H2O (green), NiBr2.4[AsO(C6H5)3.1,5(CH3C6H5).H2O (orange) and of the ligand PONH2(C6H5)2 have been determined by X-ray diffraction. The complexes involving lanthanide ions refined to final R factors of R(Eu)=0.125 and R(La)=0.133 and the following main features were found: a) the crystal system is cubic; b) the cation is coordinated to six ligand oxygens in octahedral earths on position of high symmetry (23 for Eu and 3 for La); c) the rest of the structures shows different degrees of disorder. In the light of the geometrical configuration, the occurrence of a strong band 5Do-7F2 in the fluorescence spectrum of the Eu complex, forbidden on symmetry grounds, is interpreted as a consequence of vibronic coupling. A splitting of the infrared υP=0 band in the La complex is attributed to the presence of P=0 goups non-equivalently bonded to the rare earth due to the disorder of this atom. The compound involving the Cu(II) ion (final R factor of 0.053) crystallizes in the monoclinic system with the complexes packed in layers parallel to the (100) crystal plane, with intralayer nets of H bonds and weak interactions between consecutive layers, which explains the quasi two-dimensional magnetic behavior observed in these crystals. In the green Ni(II) complex (final R=0.039), the metallic ion is sited on a center of symmetry and is octahedrally coordinated to six water molecules which are hydrogen bonded to the tfaso[AsO(C6H5)3] groups and the bromide ions. In the orange complex (final R=0.087) the cation is pentacoordinated with the four oxygens of the tpas ligands forming the basis of a quadrangular pyramid and one Br- anion in the fifth position. As a by product in the solution and refinement of the Eu complex structure, the crystal structure of the pure ligand PONH2(C6H5) was also determined and refined to a R-factor of 0.033.

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