O coronavírus de perus (TCoV) é o agente etiológico associado a síndrome de mortalidade entérica das aves (PEMS). PEMS é uma enfermidade entérica, aguda e altamente contagiosa dos perus caracterizada por depressão, anorexia, diarréia e alta mortalidade em lotes de perus comerciais. A presença do coronavírus de perus (TCov) foi pesquisada em 29 amostras de conteúdo intestinal de perus entre 10 e 104 dias de idade que apresentaram enterite severa no período de 2004 a 2006. A detecção do TcoV foi realizada realizada através da técnica da transcriptase reversa e da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR), mediante a amplificação da região 3 UTR, seguida pela amplificação dos genes 3 e 5. A caracterização molecular dos vírus foi realizada mediante a amplificação dos genes 3 e 5, que mostrou similaridade genética entre as amostras, mas diferenças com as sequencias dos outros TCoVs publicados previamente. Em relação ao gene 3, as amostras apresentaram maior relação com o vírus da bronquite infecciosa das aves (IBV), enquanto que com o gene 5 houve maior identidade com os cronavírus de faisão (PhCoV). Nossos resultados sugerem que a estratégia de amplificação da região 3 UTR provou ser uma estratégia eficaz para a detecção do TcoV em conteúdo intestinal. / Turkey coronavirus (TCoV) is causative agent associated to Poult Enteritis and Mortality Syndrome (PEMS) in turkeys wideworld. The disease is characterized by an acute highly contagious enteric disease of turkeys characterized by depression, anorexia, diarrhea and high mortality in co mMercial turkey flocks. The presence of turkey coronavirus (TCoV) in 29 intestinal content samples from turkey flocks aged between 10 and 104 days with severe enteritis was monitored in the period of 2004 to 2006. TCoV detection was accomplished by the reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), through amplification of the 3´UTR region, followed by amplification of genes 3 and 5. Molecular characterization of the viruses was done through amplification of genes 3 and 5, and showed evidence of genetic similarity between them, although they differed of sequences of other TCoVs described in the literature. In relation to gene 3, samples showed greater relationship with chicken infectious bronchitis virus (IBV), and while gene 5 showed greater identity with pheasant coronavirus (PhCoV). Our results suggest that the strategy of amplification of the 3´UTR region has proved to an effective means of detection of TCoV in intestinal contents.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Joice_Costa.pdf: 1218899 bytes, checksum: 93178d81a8f2ef95cc6d5f75deb0fef8 (MD5) Previous issue date: 2008-08-27 / There are different sorotypes of Escherichia coli responsable for enteric disfunctions, and in the most of time those are related with meat consume or contaminated food that had not been cooked with an efficient thermal treatment before been ingested. In Brazil there aren t inform data of possible outbreaks caused by E. coli O157:H7, but this pathogen has been frequently isolated from cattle s feces, and it was recently isolated from bovine carcass at two slaughterhouses in Goiás. The present study has the objective to characterize by ERIC-PCR E. coli and E. coli O157:H7 detected at bovine carcass surfaces and check the power of this methodology to identify different isolates of E. coli and E. coli O157:H7. ERIC-PCR was used to characterize 111 samples, and it was obtained 32 fingerprints separated in 90 isolates of E. coli and eight fingerprints separated in 16 isolates of E. coli O157:H7. From the total of 111 samples, two isolates of E. coli and five of E. coli O157:H7 were non-tipables. The fingerprints varies from one to 18 bands. The discrimination between the samples was high, showing the big power of ERIC-PCR to discriminate isolates from one specie. The discriminatory index between E. coli and E. coli O157:H7 obtained was 0,96. / São diferentes os sorotipos de Escherichia coli responsáveis por distúrbios entéricos, muitas vezes relacionados com o consumo de carne ou alimentos que foram contaminados e não passaram por tratamento térmico eficiente antes de serem ingeridos. No Brasil não há dados sobre possíveis surtos causados por E. coli O157:H7, mas este patógeno vem sendo frequentemente encontrado em fezes bovinas e recentemente foi isolado de meias carcaças quentes e resfriadas bovinas destinadas à exportação no Estado de Goiás. O presente trabalho objetivou identificar os perfis de ERIC-PCR em E. coli e E. coli O157:H7 isoladas de superfícies de meias-carcaças quentes e resfriadas de bovinos de dois matadouros-frigoríficos de Goiás além de verificar a capacidade de discriminação desta metodologia. A técnica de ERIC-PCR foi utilizada na caracterização molecular das 111 amostras analisadas, sendo obtidos 32 perfis distribuídos em 90 cepas de E. coli e oito perfis distribuídos em 16 cepas de E. coli O157:H7. De um total de 111 amostras, duas cepas de E. coli e cinco de E. coli O157:H7 eram não-tipáveis. Os perfis de ERIC-PCR de E. coli variavam de um a 18 fragmentos. A discriminação entre as cepas de E. coli e E. coli O157:H7 pela técnica utilizada foi alta, mostrando a grande capacidade da técnica de ERIC-PCR em discriminar cepas de uma mesma espécie. O índice de discriminação entre E. coli e E. coli O157:H7 foi de 0,96

O coronavírus de perus (TCoV) é o agente etiológico associado a síndrome de mortalidade entérica das aves (PEMS). PEMS é uma enfermidade entérica, aguda e altamente contagiosa dos perus caracterizada por depressão, anorexia, diarréia e alta mortalidade em lotes de perus comerciais. A presença do coronavírus de perus (TCov) foi pesquisada em 29 amostras de conteúdo intestinal de perus entre 10 e 104 dias de idade que apresentaram enterite severa no período de 2004 a 2006. A detecção do TcoV foi realizada realizada através da técnica da transcriptase reversa e da reação em cadeia pela polimerase (RT-PCR), mediante a amplificação da região 3 UTR, seguida pela amplificação dos genes 3 e 5. A caracterização molecular dos vírus foi realizada mediante a amplificação dos genes 3 e 5, que mostrou similaridade genética entre as amostras, mas diferenças com as sequencias dos outros TCoVs publicados previamente. Em relação ao gene 3, as amostras apresentaram maior relação com o vírus da bronquite infecciosa das aves (IBV), enquanto que com o gene 5 houve maior identidade com os cronavírus de faisão (PhCoV). Nossos resultados sugerem que a estratégia de amplificação da região 3 UTR provou ser uma estratégia eficaz para a detecção do TcoV em conteúdo intestinal. / Turkey coronavirus (TCoV) is causative agent associated to Poult Enteritis and Mortality Syndrome (PEMS) in turkeys wideworld. The disease is characterized by an acute highly contagious enteric disease of turkeys characterized by depression, anorexia, diarrhea and high mortality in co mMercial turkey flocks. The presence of turkey coronavirus (TCoV) in 29 intestinal content samples from turkey flocks aged between 10 and 104 days with severe enteritis was monitored in the period of 2004 to 2006. TCoV detection was accomplished by the reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), through amplification of the 3´UTR region, followed by amplification of genes 3 and 5. Molecular characterization of the viruses was done through amplification of genes 3 and 5, and showed evidence of genetic similarity between them, although they differed of sequences of other TCoVs described in the literature. In relation to gene 3, samples showed greater relationship with chicken infectious bronchitis virus (IBV), and while gene 5 showed greater identity with pheasant coronavirus (PhCoV). Our results suggest that the strategy of amplification of the 3´UTR region has proved to an effective means of detection of TCoV in intestinal contents.

MSc (Microbiology) / Department of Microbiology / See the attached abstract below

O Brasil é considerado o país com o maior número absoluto de indivíduos infectados pelos vírus linfotrópicos de células T humanas dos tipos 1 e 2 (HTLV-1 e HTLV2), perto de 2,5 milhões; além disso, é também considerado epidêmico para o HIV e, portanto, casos de coinfecção HIV/HTLV são frequentes no país. O presente trabalho efetuou o seqüenciamento das regiões LTR, env e tax do genoma proviral do HTLV-1 e do HTLV-2 isolados das amostras de sangue de pacientes coinfectados pelo HIV-1 de Londrina e região (n=34) e de São Paulo (n=20), para realizar a caracterização molecular e determinar subtipos virais. Foram utilizadas na análise das sequências as ferramentas Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 e MEGA4. As diversas análises confirmaram como subtipos prevalentes o HTLV-1a, subgrupo Transcontinental A, e o HTLV-2a (variante -2c). Foram detectadas assinaturas moleculares nos isolados do Brasil. Detectou-se o genótipo brasileiro taxA para o HTLV-1 e para o HTLV-2 a Tax longa, a qual é característica da variante HTLV-2c. Houve também a confirmação da troca de aminoácido S1909P no env dos HTLV-2. Especulou-se sobre duas entradas do HTLV-1 no Brasil e sobre a disseminação do HTLV-2c em grupos distintos quanto ao comportamento de risco e região geográfica. O estabelecimento de métodos laboratoriais otimizados para isolados brasileiros de HTLV-1 e HTLV-2 possibilitou melhor compreensão da diversidade genômica e da origem e disseminação dos HTLVs em populações coinfectadas pelo HIV no Brasil. / Brazil is considered the country with the major absolute number of individuals infected with human T-lymphotropic virus types 1 and 2 (HTLV-1 and HTLV-2), close to 2,500,000; moreover, it is also considered epidemic for HIV/Aids =and therefore HIV/HTLV coinfection is frequent in the country. This study aimed at sequencing the LTR, env and tax regions of the proviral genome of HTLV-1 and HTLV-2 isolated from blood samples obtained from patients coinfected with HIV-1 from Londrina and vicinities (n=34) and São Paulo (n=20), in order to perform the molecular characterization and viral subtyping. For sequences analysis, several bioinformatics tools were employed: Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 and MEGA4. The results confirmed as prevalent the HTLV-1a subtype, the Transcontinental subgroup A, and the HTLV-2a (variant-2c). Molecular signatures characteristic of Brazilian isolates were detected: taxA Brazilian genotype in HTLV-1, and the long Tax which is characteristic of the HTLV-2c in HTLV-2. Also, it was confirmed the S1909P amino acid change in the env region of HTLV-2c. It was speculated on two entrances of HTLV-1 in Brazil, and on the spread of HTLV-2c in distinct groups related to risk factors and geographic region. The establishment and optimization of laboratory methods performed in this study allowed to get a better understanding on HTLVs genomic diversity, and to give insights on the origin and spread of HTLVs in populations coinfected with HIV in Brazil.

O Brasil é considerado o país com o maior número absoluto de indivíduos infectados pelos vírus linfotrópicos de células T humanas dos tipos 1 e 2 (HTLV-1 e HTLV2), perto de 2,5 milhões; além disso, é também considerado epidêmico para o HIV e, portanto, casos de coinfecção HIV/HTLV são frequentes no país. O presente trabalho efetuou o seqüenciamento das regiões LTR, env e tax do genoma proviral do HTLV-1 e do HTLV-2 isolados das amostras de sangue de pacientes coinfectados pelo HIV-1 de Londrina e região (n=34) e de São Paulo (n=20), para realizar a caracterização molecular e determinar subtipos virais. Foram utilizadas na análise das sequências as ferramentas Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 e MEGA4. As diversas análises confirmaram como subtipos prevalentes o HTLV-1a, subgrupo Transcontinental A, e o HTLV-2a (variante -2c). Foram detectadas assinaturas moleculares nos isolados do Brasil. Detectou-se o genótipo brasileiro taxA para o HTLV-1 e para o HTLV-2 a Tax longa, a qual é característica da variante HTLV-2c. Houve também a confirmação da troca de aminoácido S1909P no env dos HTLV-2. Especulou-se sobre duas entradas do HTLV-1 no Brasil e sobre a disseminação do HTLV-2c em grupos distintos quanto ao comportamento de risco e região geográfica. O estabelecimento de métodos laboratoriais otimizados para isolados brasileiros de HTLV-1 e HTLV-2 possibilitou melhor compreensão da diversidade genômica e da origem e disseminação dos HTLVs em populações coinfectadas pelo HIV no Brasil. / Brazil is considered the country with the major absolute number of individuals infected with human T-lymphotropic virus types 1 and 2 (HTLV-1 and HTLV-2), close to 2,500,000; moreover, it is also considered epidemic for HIV/Aids =and therefore HIV/HTLV coinfection is frequent in the country. This study aimed at sequencing the LTR, env and tax regions of the proviral genome of HTLV-1 and HTLV-2 isolated from blood samples obtained from patients coinfected with HIV-1 from Londrina and vicinities (n=34) and São Paulo (n=20), in order to perform the molecular characterization and viral subtyping. For sequences analysis, several bioinformatics tools were employed: Sequencher 4.7, BLAST, Genotyping-NCBI, Subtyping-REGA, BioEdit 7.0.5.3, ClustalW, GenBank, PAUP 4.0.b10, Modeltest 3.7, TreeView 1.6.6 and MEGA4. The results confirmed as prevalent the HTLV-1a subtype, the Transcontinental subgroup A, and the HTLV-2a (variant-2c). Molecular signatures characteristic of Brazilian isolates were detected: taxA Brazilian genotype in HTLV-1, and the long Tax which is characteristic of the HTLV-2c in HTLV-2. Also, it was confirmed the S1909P amino acid change in the env region of HTLV-2c. It was speculated on two entrances of HTLV-1 in Brazil, and on the spread of HTLV-2c in distinct groups related to risk factors and geographic region. The establishment and optimization of laboratory methods performed in this study allowed to get a better understanding on HTLVs genomic diversity, and to give insights on the origin and spread of HTLVs in populations coinfected with HIV in Brazil.

El moteado del níspero, causado por el hongo Fusicladium eriobotryae es la principal enfermedad que afecta al cultivo del níspero, produciendo pérdidas importantes en la cosecha en los años con condiciones climáticas adecuadas. Sin embargo, no existen estudios sobre la epidemiología y el control de esta enfermedad, por lo que éstos constituyen el principal objetivo de la presente Tesis. Para ello, se va ha caracterizar in vitro y en campo la influencia de las principales variables climáticas en el desarrollo de F. eriobotryae, desarrollándose ecuaciones matemáticas que modelicen esta relación. Por otro lado, se va a llevar a cabo un modelo epidemiológico para el moteado del níspero capaz de predecir, en función de las principales variables climáticas el riesgo de infección. Además, se realizará un estudio del control de la enfermedad que comprenderá, por un lado, la evaluación in vitro y en planta de la efectividad de las principales materias activas utilizadas para el control del moteado del níspero, y por otro la evaluación del grado de resistencia de una colección de aislados de F. eriobotryae a DMI y Metil-Tiofanato y la caracterización molecular de la misma. / González Domínguez, E. (2014). Biology, epidemiology and control of Fusicladium eriobotryae, causal agent of loquat scab [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/38715 / TESIS