O complexo C. neoformans (no qual as espécies C. neoformans e C. gattii estão inseridas) é constituído por leveduras encapsuladas que causam infecção em humanos e animais, com distribuição mundial. Diante do reconhecimento da importância dessas leveduras, seja no meio ambiente ou na área médica, há um crescente interesse no desenvolvimento de pesquisas que possam levar a uma melhor compreensão de sua epidemiologia e estrutura. Cepas clínicas e ambientais pertencentes ao acervo de amostras do Departamento de Microbiologia do HCFMUSP e ao Laboratório de Leveduras Patogênicas do ICB-USP foram reidentificadas, estudadas quanto aos fatores relacionados à virulência (por pesquisa de exoenzimas), quanto ao perfil de suscetibilidade in vitro frente aos antifúngicos: anfotericina B, fluconazol e voriconazol pela utilização da técnica E-test®, e quanto aos aspectos epidemiológicos (estudo de prontuários dos pacientes). As cepas de origem clínica (60) e ambiental (42) foram reidentificadas e condiziam com o estabelecido pela literatura. Nota-se que quanto às cepas clínicas, 90% delas pertenciam à espécie C. neoformans e 10% à espécie C. gattii e das cepas ambientais, 95,2% eram C. neoformans e 4,8% eram C. gattii. Com relação à produção de exoenzimas, cepas de origem clínica (45%) apresentaram índice 2 (positiva) e cepas de origem ambiental (45,2%) apresentaram índice 3 (fortemente positiva) quanto à proteinase; quanto à fosfolipase, 71,7% das cepas de origem clínica apresentaram índice 2 e, 52,4% das cepas ambientais apresentaram índice 3. Todas as cepas foram sensíveis aos antifúngicos testados (com exceção de uma que era sensível de forma dose dependente ao fluconazol). Em estudo epidemiológico, a maioria dos pacientes acometidos de criptococose foi do sexo masculino (70%), com média de acometimento aos 47 anos; 25 pacientes (41,7%) foram ao óbito; a criptococose mais frequente (50%) foi a neurocriptococose; 50% dos pacientes tinham sorologia positiva para o HIV e 26,7% dos pacientes utilizaram anfotericina B associada ao fluconazol como tratamento. Ao final do trabalho chegamos a importantes conclusões: o meio CGB não se apresentou como método capaz de identificar eficazmente cepas C. gattii, sendo útil apenas como uma primeira triagem, devendo ser acoplado à técnica de PCR-RFLP; ensaios de produção da atividade fosfolipásica são extremamente relevantes, podendo-se afirmar que a fosfolipase pode ser a mais importante enzima na patogênese da criptococose (servindo como indicador das espécies do gênero Cryptococcus spp.); homens são mais acometidos de criptococose do que mulheres, sendo estas acometidas mais cedo. A leucemia de células linfoides granulares grandes (LGL), com expressão anômala de CD16+CD56+CD19+, encontrada em 1 paciente HIV negativo, infectado por C. gattii pode sugerir que a substituição de células imunocompetentes por células aberrantes com ineficiência funcional poderia ser a responsável pela imunossupressão do paciente. Esse fato sugere a importância de uma investigação detalhada em pacientes com meningite causada por Cryptococcus spp. com um sistema imune aparentemente competente / C. neoformans complex (the species C. neoformans and C. gattii are inserted) consists of encapsulated yeasts that cause infection in humans and animals, with worldwide distribution. With the recognition of the importance of these yeasts, either in the environment or in the medical field, there is a growing interest in developing research that may lead to a better understanding of its epidemiology and structure. Clinical and environmental strains of the collection of samples from the Department of Microbiology, HC-USP and the Laboratory of Pathogenic Yeasts of ICB- USP were reidentified, studied concerning the factors related to virulence (by exoenzymes research), as the susceptibility profile in vitro front of antifungal: amphotericin B, fluconazole and voriconazole by use of the E-test® technique, and as to the epidemiological (study of medical handbooks of patients). The strains of clinical (60) and environmental origin (42) were reidentified and established in the literature. We notice that as the clinical strains, 90% of them belonged to the species C. neoformans and (10%) to the species C. gattii and of theenvironmental strains, 95,2% were C. neoformans and 4,8 % were C. gattii. With respect to exoenzyme production, strains of clinical origin (4 %) had an index 2 and strains of environmental origin (45,2%) had an index 3, as the phospholipase, 71,7 % of the strains of clinical origin showed index 2 (positive) and 52,4 % of the environmental strains exhibited index 3 (strongly positive). All strains were susceptible to antifungal agents tested (except one that was sensitive dose dependente to fluconazole). In an epidemiological study, the majority of patients with cryptococcosis were male (70%), with age of 47 years, 25 patients (41,7%) died; the cryptococcosis more frequent (50%) was the neurocryptococcosis, 50 % of patients were seropositive for HIV and 26,7 % of patients received amphotericin B associated to fluconazole treatment. At the end of the study we got some important conclusions: the middle CGB is not presented as a method that effectively identify C. gattii strains , being useful only as a first triage, and should be coupled with PCR-RFLP; tests that measuring phospholipase activity are extremely relevant, we can affirm that the phospholipase may be the most important enzyme in the pathogenesis of cryptococcosis (serving as an indicator species of the genus Cryptococcus spp.), men are more affected of cryptococcosis than women, which are affected earlier as men with the age. The NK-cell leukemia found in 1 patient, HIV negative, infected by C. gattii and with a special expression of both their NK cells (CD19+CD16+CD56+ aberrant cells) gave origin to a lymphoid population anomalous CD56+CD19+, and this lymphoid tumor cells lineage may suggest that the substitution of immunocompetent cells by aberrant cells with a functional inefficiency could be responsible for the immunosuppression of the patient, and this suggests the importance of a detailed investigation in patients with meningitis caused by Cryptococcus spp., with an apparently competent immune system

Este estudo teve como objetivo detectar e caracterizar molecularmente isolados de campo do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) detectados de aves comerciais com e sem sintomatologia da doença de diferentes regiões do Estado de São Paulo. O estudo incluiu amostras coletadas durante e após o primeiro surto epidêmico da laringotraqueíte infecciosa (LTI) no Brasil, região de Bastos, e de outras localidades durante o período de 2002-2008. A caracterização molecular foi realizada através da técnica de polimorfismo do comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) de produtos da reação em cadeia pela polimerase (PCR) dos genes da glicoproteína E, G, proteína quinase (TK) e da proteína reguladora da transcrição (ICP4), assim como pela análise de seqüências dos genes TK e ICP4. Para seqüenciamento do gene ICP4 foram desenvolvidas duas reações de PCR que amplificam dois diferentes fragmentos do gene ICP4. As técnicas de PCR-RFLP e seqüenciamento de DNA mostraram resultados idênticos, diferenciando os isolados de campo das cepas vacinais de origem de cultivo celular (TCO) e de embrião de galinha (CEO). Os resultados mostraram que o surto clínico na região de Bastos foi causado por uma cepa não vacinal e de alta virulência (cepa Bastos), embora também tenha sido possível detectar dois isolados relacionados à cepa CEO circulando durante o surto. Verificou-se que a cepa causadora do surto severo na região de Bastos continua circulando na região apesar do uso de vacinas atenuadas. Além disso, foram isoladas amostras relacionadas às cepas CEO e à cepa Bastos apartir de granjas comerciais de poedeiras localizadas fora da região de Bastos e que estão envolvidas em quadros clínicos da doença. Este estudo mostra (1): a persistência do vírus selvagem de campo na região de Bastos (cepa Bastos) apesar das medidas de controle e do uso de vacinas atenuadas, (2): a disseminação da cepa Bastos e das cepas vacinais CEO para outras regiões, e (3): a eficacia da estratégia padronizada neste estudo para a caracterização e diferenciação de isolados de campo e de cepas vacinais. / The objective of this study was the molecular detection and characterization of field isolates of infectious laryngotracheitis virus (ILTV) detected from commercial chickens with and without clinical signs of the disease from regions of the São Paulo state. The study included samples collected during and after of the first epidemic infectious laryngotracheitis (ILT) outbreak in Brazil, Bastos region, and from other regions during 2002-2008. The molecular characterization was developed by restriction fragment length polymorphic analysis (RFLP) of polymerase chain reaction (PCR) products of glycoprotein E, G, thymidine kinase (TK) and regulatory protein of transcription (ICP4) gene, and by sequence analysis of TK and ICP4 gene. For ICP4 gene sequencing, two PCR assays have been developed for amplification of two different fragments of ICP4 gene. The PCR-RFLP and DNA sequencing techniques showed identical results, they could differentiate the field isolates from vaccine strains, tissue culture origin (TCO) and chicken embryo origin (CEO). The results showed that the severe outbreak in Bastos region was caused by a non-vaccine and virulent strain (Bastos strain); however it was possible to detect two isolates closely related to the CEO vaccine strain circulating during the outbreak. This study showed that the strain, which it caused the severe outbreak in Bastos region continue circulating in these region despite of the use of attenuate vaccines. In addition, the present research showed that isolates related to CEO and Bastos strains are circulating in commercial layer flocks located outside the Bastos region, and were involving in clinical cases of the disease. This study shows (1) the persistence of the wild field strain in Bastos region (Bastos strain) despite of the control measures and the use of attenuate vaccines, (2) the dissemination of the Bastos and CEO strains to other regions, and (3) the efficacy of the strategy standardized in this study to characterization and differentiation of field isolates and vaccine strain.

Introdução: Staphylococcus aureus é um patógeno que frequentemente coloniza pacientes cirróticos e transplantados de fígado. A colonização por S. aureus aumenta o risco de infecções invasivas por MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus) o que aumenta a duração da hospitalização, os custos, a morbidade e a mortalidade. Com isso, é de grande importância o desenvolvimento de estratégias para identificação rápida, prevenção e controle de MRSA nesta população de pacientes. Objetivos: detectar MRSA em pacientes hepatopatas e descrever as características fenotípicas e moleculares de isolados MRSA neste grupo de pacientes. Metodologia: swabs nasais e inguinais foram coletados de 126 pacientes pré-transplante e 64 pacientes transplantados de fígado. Os swabs foram destinados para cultura microbiológica e também para extração direta de DNA. Foi determinada a Concentração Inibitória Mínima de 10 antimicrobianos de todos os isolados MRSA os quais também foram submetidos à caracterização de SCCmec, PFGE e spa typing. Amostras de DNA também foram submetidas à PCR 16S, MPCR coA/mecA e caracterização de SCCmec. Resultados: de acordo com a cultura microbiológica 12% dos swabs cultivados apresentaram crescimento de MRSA, resultando em 44 isolados MRSA. Todos os isolados foram resistentes à oxacilina, penicilina e sensíveis à vancomicina; todos amplificaram os genes coA e mecA; SCCmec tipo II e spa t002 predominaram nos dois grupos de estudo; além disso houve um cluster entre os isolados, o qual foi relacionado ao clone New York/Japan. O Clone Endêmico Brasileiro (BEC) foi relacionado somente à 4 isolados póstransplante. 98% das amostras de DNA amplificaram o gene 16S; a M-PCR identificou a presença de MRSA em 71% amostras de DNA e 61% das amostras tiveram a caracterização de SCCmec. O SCCmec tipo II predominou nos dois grupos de estudo. Conclusão: uma alta proporção de pacientes hepatopatas está colonizada com MRSA. Pacientes transplantados de fígado foram mais colonizados que pacientes cirróticos pela cultura microbiológica. A M-PCR coA/mecA diretamente de swabs foi mais sensível que a cultura microbiológica para identificar MRSA. Além disso, o PFGE demonstrou ter maior poder discriminatório que spa typing e não houve uma boa concordância entre os padrões de PFGE e spa types. Este estudo também demonstrou que está havendo uma mudança de clones MRSA em nosso hospital, devido à substituição do clone BEC pelo clone NY/Japan na última década / Introduction: Staphylococcus aureus is a pathogen that frequently colonizes cirrhotic and also liver transplanted patients. The S. aureus colonization increases the risk of invasive infections by MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus) that increases the duration of hospitalization, costs, morbidity and mortality. Thus, it is of great importance to develop strategies for early identification, prevention and control of MRSA in this population of patients. Objectives: to detect MRSA in patients with liver diseases, in addition to observe the phenotypic and molecular characteristics of MRSA isolates in this group of patients. Methods: nasal and groin swabs were collected from 126 patients pre-transplant and 64 liver transplanted patients. The swabs were designed to microbiological culture and also to direct extraction of DNA. Determined the Minimum Inhibitory Concentration of 10 antimicrobials of all MRSA isolates which were also submitted to M-PCR of coA/mecA, characterization of SCCmec, PFGE and spa typing. DNA samples were also submitted to PCR of 16S, M-PCR of coA/mecA and characterization of SCCmec. Results: according to microbiological culture, 12% of swabs showed growth of MRSA, resulting in 44 MRSA isolates. All isolates were resistant to oxacillin, penicillin and vancomycin susceptible; all amplified the coA and mecA genes; SCCmec type II and spa t002 predominated in both groups; in addition there was a cluster among isolates, which was related to clone New York / Japan. Furthermore Brazilian Endemic Clone (BEC) was also related to 4 post transplantation isolates. 98% of DNA samples amplified 16S gene; M-PCR identified the presence of MRSA in 71% of DNA samples and 61% of the samples had the characterization of SCCmec. SCCmec type II was predominant in the two study groups. Conclusion: a high proportion of patients with liver disease are colonized with MRSA. Liver transplant patients are more colonized that cirrhotic patients by culture method. M-PCR CoA / mecA directly from swabs was more sensitive than microbiological culture to identify MRSA. Moreover, the PFGE shown to have a higher discriminatory power than spa typing and there was no good concordance between PFGE patterns and spa types. This study also demonstrated that there is a change of MRSA clones in our hospital, due to the replacement of the clone BEC by NY/Japan clone in the last decade

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-22T14:38:08Z No. of bitstreams: 1 Walma Nogueira Ramos Guimaraes.pdf: 1356016 bytes, checksum: 2e17b7c52a1d154c9fad108c417c905f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-22T14:38:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Walma Nogueira Ramos Guimaraes.pdf: 1356016 bytes, checksum: 2e17b7c52a1d154c9fad108c417c905f (MD5) Previous issue date: 2005-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Twenty-two lima-beans accessions, which compound the Germoplasm Collection of the Agronomy Department of Federal Rural University of Pernambuco (UFRPE), coming from the States of Ceará, Paraíba and Pernambuco, Brazil, were characterized by their morphological and molecular characteristics (RAPD – Random Amplified Polimorphiysm of DNA). In morphological analysis twenty-four characteristics and in the molecular one were used, seventy-six locis RAPD (polymorphic and morphologic). At the first phase was carried out molecular analyses of twenty-two accessions to assess the genetic variability among them, and then, fourteen of these were morphologically and moleculary characterized. The analysis of sample showed the formation of two main groups and four subgroups. We noticed high genetic variability among the twenty-two accessions. The genetically closer genotypes were FA-01 and FA-02, coming from Ceará, with 85.4% similarity, and the less similar were FA-07 and FA-20, coming from Ceará and Pernambuco, respectively, with 35.9% similarity. Related to the morphological characterization of the fourteen accessions, noticed the genotype FA-13 stood out from the others by presenting higher values of seed weight, number of seeds per pod, length and width of pod, while the FA-16 presented lower values of weight ofone hundred seeds, seeds very small, lower number of pod per plant, lower length of pod and lower production. / Os acessos de feijão-fava que compõe a Coleção de Germoplasma do Departamento de Agronomia da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE) oriundos dos Estados do Ceará, Paraíba e Pernambuco, foram caracterizados quanto às características morfológicas e moleculares (RAPDRandom Amplified Polimorphiysm of DNA). Na análise foram utilizados vinte e oito características morfológicas e setenta e seis locos RAPD (polimórficos e monomórficos). Na primeira etapa foi realizada a análise molecular de vinte e dois acessos para avaliar a variabilidade genética entre eles. Quatorze destes acessos foram caracterizados morfológica e molecularmente. A análise de agrupamento mostrou a formação de dois grupos principais e quatro subgrupos, constatou-se elevada variabilidade genética entre os vinte e dois acessos. Os genótipos mais próximos geneticamente foram FA-01 e FA-02, provenientes do Ceará, com grau de similaridade de 85,4% e os mais distantes foram FA-07 e FA-20, provenientes do Ceará e Pernambuco, respectivamente, com grau de similaridade de 35,9%.Quanto à caracterização morfológica dos quatorze acessos, observou-se que o genótipo FA-13 se destacou dos demais por apresentar maiores valores no peso das sementes, no número de sementes por vagem, no comprimento e largura da vagem, enquanto o genótipo FA-16 apresentou menores valores de peso de cem sementes, sementes muito pequenas, menor número de vagem por planta, menor comprimento de vagem e menor produção de semente por planta.

Introdução: Staphylococcus aureus é um patógeno que frequentemente coloniza pacientes cirróticos e transplantados de fígado. A colonização por S. aureus aumenta o risco de infecções invasivas por MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus) o que aumenta a duração da hospitalização, os custos, a morbidade e a mortalidade. Com isso, é de grande importância o desenvolvimento de estratégias para identificação rápida, prevenção e controle de MRSA nesta população de pacientes. Objetivos: detectar MRSA em pacientes hepatopatas e descrever as características fenotípicas e moleculares de isolados MRSA neste grupo de pacientes. Metodologia: swabs nasais e inguinais foram coletados de 126 pacientes pré-transplante e 64 pacientes transplantados de fígado. Os swabs foram destinados para cultura microbiológica e também para extração direta de DNA. Foi determinada a Concentração Inibitória Mínima de 10 antimicrobianos de todos os isolados MRSA os quais também foram submetidos à caracterização de SCCmec, PFGE e spa typing. Amostras de DNA também foram submetidas à PCR 16S, MPCR coA/mecA e caracterização de SCCmec. Resultados: de acordo com a cultura microbiológica 12% dos swabs cultivados apresentaram crescimento de MRSA, resultando em 44 isolados MRSA. Todos os isolados foram resistentes à oxacilina, penicilina e sensíveis à vancomicina; todos amplificaram os genes coA e mecA; SCCmec tipo II e spa t002 predominaram nos dois grupos de estudo; além disso houve um cluster entre os isolados, o qual foi relacionado ao clone New York/Japan. O Clone Endêmico Brasileiro (BEC) foi relacionado somente à 4 isolados póstransplante. 98% das amostras de DNA amplificaram o gene 16S; a M-PCR identificou a presença de MRSA em 71% amostras de DNA e 61% das amostras tiveram a caracterização de SCCmec. O SCCmec tipo II predominou nos dois grupos de estudo. Conclusão: uma alta proporção de pacientes hepatopatas está colonizada com MRSA. Pacientes transplantados de fígado foram mais colonizados que pacientes cirróticos pela cultura microbiológica. A M-PCR coA/mecA diretamente de swabs foi mais sensível que a cultura microbiológica para identificar MRSA. Além disso, o PFGE demonstrou ter maior poder discriminatório que spa typing e não houve uma boa concordância entre os padrões de PFGE e spa types. Este estudo também demonstrou que está havendo uma mudança de clones MRSA em nosso hospital, devido à substituição do clone BEC pelo clone NY/Japan na última década / Introduction: Staphylococcus aureus is a pathogen that frequently colonizes cirrhotic and also liver transplanted patients. The S. aureus colonization increases the risk of invasive infections by MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus) that increases the duration of hospitalization, costs, morbidity and mortality. Thus, it is of great importance to develop strategies for early identification, prevention and control of MRSA in this population of patients. Objectives: to detect MRSA in patients with liver diseases, in addition to observe the phenotypic and molecular characteristics of MRSA isolates in this group of patients. Methods: nasal and groin swabs were collected from 126 patients pre-transplant and 64 liver transplanted patients. The swabs were designed to microbiological culture and also to direct extraction of DNA. Determined the Minimum Inhibitory Concentration of 10 antimicrobials of all MRSA isolates which were also submitted to M-PCR of coA/mecA, characterization of SCCmec, PFGE and spa typing. DNA samples were also submitted to PCR of 16S, M-PCR of coA/mecA and characterization of SCCmec. Results: according to microbiological culture, 12% of swabs showed growth of MRSA, resulting in 44 MRSA isolates. All isolates were resistant to oxacillin, penicillin and vancomycin susceptible; all amplified the coA and mecA genes; SCCmec type II and spa t002 predominated in both groups; in addition there was a cluster among isolates, which was related to clone New York / Japan. Furthermore Brazilian Endemic Clone (BEC) was also related to 4 post transplantation isolates. 98% of DNA samples amplified 16S gene; M-PCR identified the presence of MRSA in 71% of DNA samples and 61% of the samples had the characterization of SCCmec. SCCmec type II was predominant in the two study groups. Conclusion: a high proportion of patients with liver disease are colonized with MRSA. Liver transplant patients are more colonized that cirrhotic patients by culture method. M-PCR CoA / mecA directly from swabs was more sensitive than microbiological culture to identify MRSA. Moreover, the PFGE shown to have a higher discriminatory power than spa typing and there was no good concordance between PFGE patterns and spa types. This study also demonstrated that there is a change of MRSA clones in our hospital, due to the replacement of the clone BEC by NY/Japan clone in the last decade

Este estudo teve como objetivo detectar e caracterizar molecularmente isolados de campo do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) detectados de aves comerciais com e sem sintomatologia da doença de diferentes regiões do Estado de São Paulo. O estudo incluiu amostras coletadas durante e após o primeiro surto epidêmico da laringotraqueíte infecciosa (LTI) no Brasil, região de Bastos, e de outras localidades durante o período de 2002-2008. A caracterização molecular foi realizada através da técnica de polimorfismo do comprimento de fragmentos de restrição (RFLP) de produtos da reação em cadeia pela polimerase (PCR) dos genes da glicoproteína E, G, proteína quinase (TK) e da proteína reguladora da transcrição (ICP4), assim como pela análise de seqüências dos genes TK e ICP4. Para seqüenciamento do gene ICP4 foram desenvolvidas duas reações de PCR que amplificam dois diferentes fragmentos do gene ICP4. As técnicas de PCR-RFLP e seqüenciamento de DNA mostraram resultados idênticos, diferenciando os isolados de campo das cepas vacinais de origem de cultivo celular (TCO) e de embrião de galinha (CEO). Os resultados mostraram que o surto clínico na região de Bastos foi causado por uma cepa não vacinal e de alta virulência (cepa Bastos), embora também tenha sido possível detectar dois isolados relacionados à cepa CEO circulando durante o surto. Verificou-se que a cepa causadora do surto severo na região de Bastos continua circulando na região apesar do uso de vacinas atenuadas. Além disso, foram isoladas amostras relacionadas às cepas CEO e à cepa Bastos apartir de granjas comerciais de poedeiras localizadas fora da região de Bastos e que estão envolvidas em quadros clínicos da doença. Este estudo mostra (1): a persistência do vírus selvagem de campo na região de Bastos (cepa Bastos) apesar das medidas de controle e do uso de vacinas atenuadas, (2): a disseminação da cepa Bastos e das cepas vacinais CEO para outras regiões, e (3): a eficacia da estratégia padronizada neste estudo para a caracterização e diferenciação de isolados de campo e de cepas vacinais. / The objective of this study was the molecular detection and characterization of field isolates of infectious laryngotracheitis virus (ILTV) detected from commercial chickens with and without clinical signs of the disease from regions of the São Paulo state. The study included samples collected during and after of the first epidemic infectious laryngotracheitis (ILT) outbreak in Brazil, Bastos region, and from other regions during 2002-2008. The molecular characterization was developed by restriction fragment length polymorphic analysis (RFLP) of polymerase chain reaction (PCR) products of glycoprotein E, G, thymidine kinase (TK) and regulatory protein of transcription (ICP4) gene, and by sequence analysis of TK and ICP4 gene. For ICP4 gene sequencing, two PCR assays have been developed for amplification of two different fragments of ICP4 gene. The PCR-RFLP and DNA sequencing techniques showed identical results, they could differentiate the field isolates from vaccine strains, tissue culture origin (TCO) and chicken embryo origin (CEO). The results showed that the severe outbreak in Bastos region was caused by a non-vaccine and virulent strain (Bastos strain); however it was possible to detect two isolates closely related to the CEO vaccine strain circulating during the outbreak. This study showed that the strain, which it caused the severe outbreak in Bastos region continue circulating in these region despite of the use of attenuate vaccines. In addition, the present research showed that isolates related to CEO and Bastos strains are circulating in commercial layer flocks located outside the Bastos region, and were involving in clinical cases of the disease. This study shows (1) the persistence of the wild field strain in Bastos region (Bastos strain) despite of the control measures and the use of attenuate vaccines, (2) the dissemination of the Bastos and CEO strains to other regions, and (3) the efficacy of the strategy standardized in this study to characterization and differentiation of field isolates and vaccine strain.

Blumeria graiminis f. sp. hordei (powdery mildew) is an obligate biotroph infecting hordeum vulgare (barley). It is one of the most devastating pathogens of barley, decreasing barley yield in great extent. In order to decrease barley loss, numerous studies are being conducted for overcoming the disease from the sides of both pathogen and host. However the pathogen is evolving very rapidly preventing the effective use of pesticides such as fungisides or development of resistant barley varieties by crossing race-specific resistance varieties, varieties having R genes, with susceptible but high yield producing varieties. In order to understand the mechanism of pathogen-host interactions, and producing enduring solutions for the problem of yield loss in barley molecular tools need to be used. In this thesis study, Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) molecular marker method is used in order to reveal the molecular characterization of Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei varieties collected from &Ccedil / ukurova region in Turkey. Thirty-nine samples were analyzed with eigth universal races, of which virulence genes are studied. AFLP studies were conducted on LI-COR 4300 DNA Analyzer system. Bioinformatics analysis was performed with NTSYS program. By the help of this Numerical Taxonomic System, similarity, dissimilarity, clustering, dendograms, two-dimensional scatter plots, and three-dimensional perspective plots were obtained. By the light of these analyses Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei varieties together with universal races are grouped into three clusteres. In conclusion, studying Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei isolates and comparing them with universal races is a unique study in terms of characterizing the Turkish Bgh isolates for the first time, and can be used as a frontier study for studying Resistance genes, by reverse genetic tools.

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