Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-07-21T13:12:36Z No. of bitstreams: 2 Sousa_SB_Dissertação_Final.pdf: 888520 bytes, checksum: e2e951b9292922110b9830cc26bba1d0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-21T13:12:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Sousa_SB_Dissertação_Final.pdf: 888520 bytes, checksum: e2e951b9292922110b9830cc26bba1d0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-07-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Manioc (Manihot esculenta Crantz) is the fifth most important food produced in the world. Its center of domestication is in southwestern Amazonia. After the initial domestication, divergent selection pressures yielded two groups of varieties: sweet and bitter. The variation generated in farmers’ fields serves as a source of enrichment for germoplasm banks of the species. Efficient use requires morphologic and genetic characterization. Generally, molecular markers directly reflect genetic variation in germplasm at the DNA level, without interference from the environment, and offer valuable information to assess genetic diversity. The Embrapa manioc germplasm bank contains 470 accessions that were analyzed with 10 microsatellite loci to assess genetic diversity and structuring within the bank. Through the bayesian analysis it was possible to find four clusters of the genetic structure of the 470 accessions, and the grouping in K = 2 corresponded roughly to the bitter and sweet manioc groups. However, for geographic structuring none of the K = 2, 3, 5, 7 identified interpretable geographical groups. Data from the genotyped SSR were implemented by the Powercore software, which indicated a core collection with 56 accessions that was able to capture the maximum of allelic variation (113). The Shannon index was 1.74 in the core collection and 1.53 in the germplasm bank. The analysis of molecular variance showed that almost 100% of the genetic diversity is within the two groups CN and BAG. / A cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz) é a quinta produtora de alimentos mais importante no mundo. Seu centro de domesticação está no sudoeste da Amazônia. Em mandiocas cultivadas depois da domesticação inicial, pressões seletivas divergentes deram origem a dois grupos de variedades: amargas e mansas. A variação gerada nas roças dos mandiocultores serve como fonte de enriquecimento para os bancos de germoplasma da espécie. Para que seja eficientemente utilizado necessita de caracterização morfológica e genética. Os marcadores moleculares podem refletir diretamente a variabilidade genética de germoplasma em nível de DNA, sem a interferência do meio ambiente, e tornaram-se dados valiosos para avaliar a diversidade genética. Foram utilizados 470 acessos que compõem o banco de germoplasma da Embrapa. Dez loci de microssatélites foram utilizados para avaliar a diversidade genética e verificar a estruturação dentro do banco. Através da análise bayesiana foi possível encontrar 4 agrupamentos da estruturação genética dos 470 acessos, sendo que o agrupamento em K = 2 correspondeu aproximadamente com os grupos de mandioca amarga e mansa. No entanto, para estruturação geográfica nenhum dos K = 2, 3, 5 e 7 identificaram grupos geográficos interpretáveis. Os dados dos SSR genotipados foram implementados pelo software Powercore, o qual indicou uma coleção nuclear com 56 acessos que foi capaz de capturar o máximo de variação alélica (113). O índice de Shannon foi de 1,74 na coleção nuclear e 1,53 no banco de germoplasma. A análise de variância molecular mostrou que quase 100% da diversidade genética está dentro dos dois grupos CN e BAG.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:34:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6489_dissertação final Maria Augusta Dario.pdf: 2504051 bytes, checksum: 0df5dafa721b780da5475f34c2c60ab7 (MD5) Previous issue date: 2013-06-06 / Estudos moleculares têm sido utilizados para caracterização dos diferentes isolados de Trypanosoma cruzi, agente etiológico da doença de Chagas, que apresenta populações complexas. No estado do Espírito Santo, Brasil, foram obtidos isolados de T. cruzi provenientes de triatomíneos silvestres, no período de junho de 2010 a maio de 2012 e o DNA de 89 amostras foi extraído. Foi realizada a amplificação da região intergênica do gene de calmodulina e para o gene TcSC5D. As amostras foram sequenciadas e analisadas pelo software Mega 5.05. Setenta e oito amostras foram amplificadas para a região intergênica do gene de calmodulina, sendo que destas, 66 amostras foram sequenciadas, identificando as linhagens TcIII (9,1%), TcIV (7,6%), TcII (19,7%) e TcII-like (63,6%). Sessenta e duas amostras foram amplificadas e sequenciadas para o gene TcSC5D, identificando linhagens TcI (1,6%), TcII (82,2%), TcIII (8,1%) e TcIV (8,1%). Neste estudo foi possível observar que a população de T. cruzi que circula nas espécies de triatomíneos do ES é heterogênea, predominando a linhagem TcII e em menor proporção TcI, TcIII e TcIV. Sabe-se muito pouco sobre os animais reservatórios silvestres onde essas populações circulam na mata Atlântica, dificultando a correlação destas nesse ambiente. A caracterização molecular permitiu identificar linhagens do protozoário procedentes da floresta, porém capazes de se adaptar a ciclos de transmissão domiciliar da doença de Chagas. Palavras-chave: Trypanosoma cruzi, caracterização molecular, triatomíneos, mata Atlântica, Espírito Santo.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:53:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4833_1.pdf: 997773 bytes, checksum: 75133d1de12ab012e9239769ff49c82e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Purificação de formas moleculares múltiplas da lectina de sementes de Capparis yco (CySeL) foi desenvolvida através de fracionamento com sulfato de amônio e cromatografia das frações (F) em CM-Celulose. O protocolo foi efetivo para obter, a partir das F20-40 e F40-80, CySeL1 (12 mg) e CySeL2 (9 mg), respectivamente; adicionalmente revelou diferenças nas propriedades de cargas das isoformas. Cromatografia em coluna de Hitrap SP, não foi eficiente na separação das isoformas. CySeL1 e CySeL2 foram inespecíficas para eritrócitos humanos e elevadas atividades hemaglutinantes específicas (AHE) foram detectadas com células de coelho. AH de CySeL1 foi inibida com monossacarídeos e glicoproteínas, enquanto CySeL2 reconheceu somente glicoproteínas. Cromatografia de afinidade em coluna de fetuína-agarose mostrou que a AH da F20-40 foi mais retida do que a AH da F40- 80. O valor de pH e a presença de íons interferiram diferentemente na AH das isoformas; somente CySeL2 permaneceu ativa em pH 10 e foi estimulada por 40 mM de Ca2+ e Mg2+. CySeL1 e CySeL2 apresentaram o mesmo padrão eletroforético. Em PAGE sob condições nativas, três bandas protéicas que foram extraídas do gel mostraram AH; SDS-PAGE na presença de β-mercaptoetanol revelou dois polipeptídeos de Mr 15 e 14 kDa. Coloração do gel para carboidratos mostrou a natureza glicoprotéica da subunidade de 14 kDa. Quantidades miligramas de isoformas da lectina de sementes de C. yco foram obtidas. As diferenças estruturais de CySeL1 e CySeL2 detectadas na cromatografia em CM-Celulose, inibição da AH com monossacarídeos e efeito do pH e ions na AH associado ao elevado rendimento da purificação das proteínas, indicam a potencial utilização de CySeL1 e CySeL2 em investigações estruturais e de aplicação biotecnológica.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4601_1.pdf: 2137880 bytes, checksum: 605be6ce7fea7cac8ba5dea9e8468fba (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foi realizada a caracterização molecular de espécies de Candida isoladas de espécimens clínicos de pacientes portadores de AIDS e de portadores de Câncer atendidos em Hospitais-Escola de Maceió-Alagoas; também foi verificada a diversidade genética em níveis específicos e intraespecífico das leveduras isoladas. Foram coletadas amostras de sangue, secreção da orofaringe e urina de pacientes portadores de AIDS atendidos no setor de Infectologia do Hospital Dia HUPAA/UFAL e no Hospital Escola Dr. Hélvio Auto, como também de pacientes portadores de câncer atendidos no Setor de Oncologia do Hospital Universitário Prof. Alberto Antunes/UFAL, sendo analisado 405 amostras clínicas. Após isolamento, as leveduras foram purificadas e identificadas. Entre 135 pacientes analisados foi observada uma ocorrência de 35% de isolados de leveduras, sendo a secreção de orofaringe o espécimen clínico do qual houve prevalência (78%), seguido de urina (22%). Entre as espécies de maior ocorrência está Candida albicans (63%), seguida de C. glabrata (22%), C. guilliermondii (18%), C. parapsilosis (14%) e C. tropicalis (8%). Posteriormente, foi realizada a caracterização molecular das espécies de leveduras, pela análise dos produtos de PCR amplificados com iniciador para a região ITS do rDNA, de ISSR (GTG)5 e com iniciadores espécie-espécificos CALB1 e CALB2 para C. albicans. Os marcadores moleculares utilizados mostraram-se eficientes, reprodutíveis e auxiliaram na identificação convencional constituindo-se em ferramentas apropriadas para caracterização genética entre espécies de Candida

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-06-12T12:15:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1816313 bytes, checksum: c4290f186027bed900c1adff1f3a742c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T12:15:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1816313 bytes, checksum: c4290f186027bed900c1adff1f3a742c (MD5) Previous issue date: 2001-12-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A identificação morfo-tintorial e bioquímica de 21 isolados de Klebsiella provenientes de amostras de dietas enterais artesanais revelou que 15 deles pertenciam a espécie K. pneumoniae e seis a K. oxytoca. A sorotipagem de K. pneumoniae identificou cinco isolados do sorotipo K5, um do sorotipo K4 e os demais não foram sorotipados pelos antissoros dos grupos K1 a K6. Os resultados das análises por RAPD e da região espaçadora 16S-23S do rDNA mostraram um polimorfismo acentuado entre os isolados de K. pneumoniae e um polimorfismo menor entre os isolados de K. oxytoca. O fragmento de DNA, de 1420 pb, gerado pela amplificação da região 16S do rDNA foi digerido por oito endonucleases de restrição e resultou padrões de RFLP idênticos para todos os isolados. As análises por RAPD e por PCR da região espaçadora do rDNA mostraram-se apropriadas para avaliar a diversidade genética entre estes isolados. A resistência a pelo menos dois antibióticos foi verificada em todos os isolados de Klebsiella e maior prevalência de resistência foi verificada aos antibióticos amoxacilina e ampicilina. Os isolados que apresentaram resistência a um maior número de antibióticos pertenciam a espécie K. pneumoniae provenientes, principalmente, do hospital B. A produção de β-lactamase de espectro ampliado não foi verificada em nenhum dos isolados avaliados. Observou-se que a freqüência de colônias mucóides entre as estirpes foi baixa (23,8%) e que a produção de cápsula foi verificada, microscopicamente, somente nas estirpes, cujas colônias apresentaram aspecto mucóide. K. pneumoniae apresentou maior adesão em células Caco-2 e HEp-2 enquanto K. oxytoca apresentou adesão expressiva apenas em células Caco-2. Porém, a invasão de K. pneumoniae foi constatada nas três linhagens de células eucarióticas, apesar dos índices terem sido baixos em relação aos de adesão. Somente os isolados da espécie K. pneumoniae apresentaram adesão e invasão nas células HEp-2. De uma forma geral, os índices de adesão e invasão foram maiores entre os isolados do hospital A. Nas condições usadas neste estudo, os isolados de Klebsiella não apresentaram atividade hemolítica, de fosfolipase e produção de enterotoxina termoestável, assim como do sideróforo aerobactina. A inoculação intraperitoneal em camundongos sadios e imunodeprimidos com estirpes selecionadas de Klebsiella para a determinação da DL 50 não promoveu a morte dos animais, até uma concentração de 10 7 células por inoculação. Quando camundongos foram alimentados com dietas enterais ou ração não se observou a presença de colônias típicas de Klebsiella na análise de amostras do fígado, baço, coração, rim e pulmão dos animais. Entretanto, em amostras de fígado e pulmão dos camundongos dos grupos que receberam drogas imunodepressoras e, ou antimicrobiana, alimentados ou não com dieta enteral contaminada com 6 x 10 9 UFC/animal de Klebsiella, a presença de colônias típicas foi constatada. Em animais que receberam somente a dieta contaminada, a translocação de Klebsiella também foi observada. A análise do perfil genético, por RAPD, de isolados recuperados desses órgãos revelou similaridades com os padrões de bandas de DNA das estirpes de Klebsiella administradas aos animais, via oral. A presença de Klebsiella no fígado de camundongos que não receberam fonte exógena de Klebsiella, mas que receberam a combinação de medicamentos, sugere que estirpes da microbiota intestinal autóctone foram capazes de translocar quando houve uma depressão do sistema imunológico e uma descontaminação seletiva, promovidas pelo corticóide e antibiótico, respectivamente. A colonização por Klebsiella, proveniente das dietas enterais, no intestino também foi facilitada quando medicamentos imunodepressores e antimicrobianos foram utilizados. / Biochemical testing and microscopic observations of stained cells were used to identify 21 Klebsiella isolates from hospital enteral formulae. Fifteen of the isolates were identified as K. pneumoniae and six as K. oxytoca. Serotyping of K. pneumoniae identified five isolates belonging to serological group K5 and one to serological group K4 while the rest could not be identified using the antisera in serological groups K1 through K6. Results of RAPD analysis and of the 16S-23S rDNA intergenic spacer revealed accentuated polymorphism among the K. pneumoniae isolates and a lesser polymorphism among the K. oxytoca isolates. The 1420 bp DNA fragment generated by amplification of the 16S rDNA region digested with eight restriction endonucleases resulted in identical RFLP patterns for all isolates. RAPD and PCR analyses of the rDNA intergenic spacer were shown to be appropriate tools for evaluating genetic diversity among the isolates. Resistance to at least two antibiotics was observed in all Klebsiella isolates, with greater prevalence of resistance to amoxacillin and ampicillin. K. pneumoniae isolates presented resistance to the greatest number of antibiotics, xiiespecially those isolated from Hospital B. Broad-spectrum β-lactamase production was not observed in any isolate. Presence of mucous was infrequent (6.7%) and capsule production was only observed among the isolates that presented moderate to intense mucous production. Adhesion and invasion were observed in Caco-2 and HEp-2 cells, but not in VERO cells. Only K. pneumoniae isolates adhered to and invaded HEp-2 cells. No hemolysin activity, phospholipase activity, thermostable enterotoxin production or aerobactin siderophore production were observed under the conditions used in this study. Selected Klebsiella isolates were inoculated intraperitoneally in healthy and immunodepressed mice to determine LD 50 but did not prove lethal, demonstrating the avirulence of the isolates. When mice were given enteral formula or animal feed, no typical Klebsiella colonies were observed in liver, spleen, heart, and kidney or lung samples. However, typical colonies were observed in liver and lung samples from animals that received immunodepressant and/or antimicrobial drugs, regardless of whether or not the animals received enteral formula contaminated with 6 x 10 9 CFU Klebsiella per animal. In animals that only received the contaminated formula, translocation was also observed. Genetic profile analysis of isolates retrieved from these organs by RAPD revealed similarities to the DNA band patterns of the Klebsiella strains administered orally to the animals, confirming pathogen translocation. Presence of Klebsiella in livers of mice that did not receive an external source of Klebsiella but that received a combination of medications suggests that autochthonous intestinal microbial strains are able to translocate when the immunological system is depressed as well as a selective decontamination promoted by corticoids and antibiotics, respectively. Intestinal colonization by Klebsiella isolated from enteral formula was also immunodepressant and antimicrobial medications were used.

Submitted by Luiz Felipe Barbosa (luiz.fbabreu2@ufpe.br) on 2015-03-13T13:00:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Maria Paloma Silva de Barros_PPGG UFPE.pdf: 8103324 bytes, checksum: 8a69c263eb54cdd37eb3275985c8eb30 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T13:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Maria Paloma Silva de Barros_PPGG UFPE.pdf: 8103324 bytes, checksum: 8a69c263eb54cdd37eb3275985c8eb30 (MD5) Previous issue date: 2012-09-14 / A peste é uma doença que permanece enraizada em inúmeros focos naturais por todo o mundo. Embora o Brasil passe por um período de silenciamento epidemiológico, anticorpos antipestosos são detectados nas atividades de vigilância, sugerindo que estes focos permanecem ativos. A Yersinia pestis, agente causador da peste, apresenta uma história evolutiva recente e é considerada uma espécie, geneticamente, muito homogênea. Diante da necessidade de estudos mais aprofundados sobre as características moleculares e evolutivas dos isolados de Y. pestis dos focos do Brasil, realizamos neste trabalho uma caracterização de cepas da coleção biológica (Fiocruz-CYP) de Yersinia, provenientes de cinco focos de peste do Brasil, com a finalidade de compreender a adaptação da bactéria no ambiente. Realizamos a padronização e a análise de macrorestrição (PFGE) em 22 cepas de Y. pestis, 17 de um surto ocorrido em 1986 e cinco isoladas da atividade de vigilância. O PFGE não separou os isolados da rotina e do surto, entretanto foi capaz de revelar diversidade genética entre as cepas. As técnicas MLVA e CRISPR também foram utilizadas na genotipagem das cepas de Y. pestis. Doze locos VNTR (MLVA) analisados em 37 cepas, pertencentes a dois eventos epidemiológicos distintos, permitiram observar a separação dos grupos por evento e estabelecer uma relação epidemiológica. Três locos CRISPR (YPa, YPb e YPc) foram analisados em 146 cepas, apenas dois (YPa e YPb) se mostraram polimórficos. A análise desta região permitiu realizar uma caracterização intraespecífica e microevolutiva dos isolados de peste dos focos brasileiros. O MLVA e o CRISPR demonstraram uma melhor relação entre os dados epidemiológicos e moleculares, enquanto o PFGE apenas diferenciou os isolados de Y. pestis. Os dados gerados pelas três técnicas estudadas permitiram confirmar que houve apenas a entrada de um clone de Y. pestis no Brasil e observar que alguns processos adaptativos foram necessários para sua interiorização e fixação nos focos do país.

Submitted by Caroline Falcao (caroline.rfalcao@ufpe.br) on 2017-04-10T17:45:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Tese-MariaPalomaBarros.pdf: 8071319 bytes, checksum: 0b3f7f14ac7d15cf16b3a5e185a6f89d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T17:45:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) 2012-Tese-MariaPalomaBarros.pdf: 8071319 bytes, checksum: 0b3f7f14ac7d15cf16b3a5e185a6f89d (MD5) Previous issue date: 2012-09-14 / A peste é uma doença que permanece enraizada em inúmeros focos naturais por todo o mundo. Embora o Brasil passe por um período de silenciamento epidemiológico, anticorpos antipestosos são detectados nas atividades de vigilância, sugerindo que estes focos permanecem ativos. A Yersinia pestis, agente causador da peste, apresenta uma história evolutiva recente e é considerada uma espécie, geneticamente, muito homogênea. Diante da necessidade de estudos mais aprofundados sobre as características moleculares e evolutivas dos isolados de Y. pestis dos focos do Brasil, realizamos neste trabalho uma caracterização de cepas da coleção biológica (Fiocruz-CYP) de Yersinia, provenientes de cinco focos de peste do Brasil, com a finalidade de compreender a adaptação da bactéria no ambiente. Realizamos a padronização e a análise de macrorestrição (PFGE) em 22 cepas de Y. pestis, 17 de um surto ocorrido em 1986 e cinco isoladas da atividade de vigilância. O PFGE não separou os isolados da rotina e do surto, entretanto foi capaz de revelar diversidade genética entre as cepas. As técnicas MLVA e CRISPR também foram utilizadas na genotipagem das cepas de Y. pestis. Doze locos VNTR (MLVA) analisados em 37 cepas, pertencentes a dois eventos epidemiológicos distintos, permitiram observar a separação dos grupos por evento e estabelecer uma relação epidemiológica. Três locos CRISPR (YPa, YPb e YPc) foram analisados em 146 cepas, apenas dois (YPa e YPb) se mostraram polimórficos. A análise desta região permitiu realizar uma caracterização intraespecífica e microevolutiva dos isolados de peste dos focos brasileiros. O MLVA e o CRISPR demonstraram uma melhor relação entre os dados epidemiológicos e moleculares, enquanto o PFGE apenas diferenciou os isolados de Y. pestis. Os dados gerados pelas três técnicas estudadas permitiram confirmar que houve apenas a entrada de um clone de Y. pestis no Brasil e observar que alguns processos adaptativos foram necessários para sua interiorização e fixação nos focos do país. / Plague disease remains present in numerous natural foci worldwide. Although Brazil goes through a period of epidemiological silence antiplague antibodies are detected in the surveillance activities, suggesting that Brazilians foci remain active. Yersinia pestis, causative agent of plague, has a recent evolutionary history and is considered a very genetically homogeneous species. Given the need for further studies on the molecular and evolutionary characteristics of the isolates of Y. pestis of the Brazilian plague areas, we perform in this work a characterization of strains biological collection (Fiocruz-CYP) of Yersinia, from five outbreaks of plague in Brazil, with the aim of understanding the adaptation of bacteria to the environment. We carried out the standardization and macrorestriction analysis (PFGE) in 22 Y. pestis strains, 17 from an outbreak occurred in 1986 and five from surveillance activity. PFGE did not separate the isolates from surveillance and from outbreak, but it was able to reveal genetic diversity among strains. MLVA and CRISPR techniques were also used in genotyping Y. pestis strains. Analysis of 12 VNTR loci (MLVA) in 37 Y. pestisstrains, of two different epidemiological events, allowed observing the separation of groups establish an epidemiological link among the isolates. Three CRISPR loci (YPa, YPb and YPc) were analyzed in 146 Y. pestis strains, only two loci (YPa and YPb) were polymorphic. The analysis of this region allowed an intraspecific characterization and microevolutionary of the plague isolates in the Brazilian foci. The CRISPR and MLVA showed a better relationship between the epidemiological and molecular data, while PFGE differ only the Y. pestis strains. The data generated by the three techniques studied confirmed that there was only one entry clone Y. pestis in Brazil and observed that some adaptive processes were necessary for its internalization and fixation of these foci in our country.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-22T19:23:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Karen Balieiro.pdf: 7097554 bytes, checksum: efee894b2d4465f240952a216125df8c (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-22T19:23:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Karen Balieiro.pdf: 7097554 bytes, checksum: efee894b2d4465f240952a216125df8c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-22T19:23:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Karen Balieiro.pdf: 7097554 bytes, checksum: efee894b2d4465f240952a216125df8c (MD5) Previous issue date: 2013-09-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The human gastroenteritis are among the diseases of greatest public health impact worldwide. There are several etiologic agents of diarrhea, with emphasis rotavirus, viral pathogen prominently in the genesis of severe acute gastroenteritis in childhood, accounting for over 450,000 deaths in children worldwide. The rotavirus genome consists of a 11 segment of double stranded RNA encoding six structural proteins (VPs) and five nonstructural proteins (NSPs). Classification of rotavirus serotypes and genotypes is based on the epitopes of the glycoprotein VP7 neutralized, called G, and VP4 protease-sensitive protein called P, which generates a binary classification scheme G and P. Epidemiological studies of molecular characterization of genes encoding for proteins of rotavirus are essential for assessing the effectiveness of the vaccine Rotarix (GlaxoSmithKline), introduced in Brazil since 2006, in addition to assessing the possible emergence of new viral genotypes. The aim of this study was to identify and characterize genes of rotavirus in feces of children with diarrhea in Manaus between the years 2007 and 2008. 1337 samples were collected from diarrheal children under 10 years old in the city of Manaus, between the years 2007 and 2008. There was a percentage of 5.4% of positive samples for rotavirus. Viral genotypes were identified through polymerase chain reactions preceded by reverse transcription. The genotype G2P[4] was found in 93% of cases, followed by G [NT-untyped] P4 in 6% and G2P[9] 1% of the samples. Among the 73 samples detected in this study, 58 were eligible for the current vaccine. Phylogenetic analysis revealed a pattern of clustering of gene sequences into clusters that showed similarity with samples from Belém (Brazil) and China. / As gastrenterites humanas estão entre as doenças de maior impacto na saúde pública ao nível mundial. São diversos os agentes etiológicos causadores da diarreia, merecendo destaque o rotavírus, patógeno viral proeminente na gênese de gastrenterite aguda grave na infância, sendo responsável por mais de 200 mil mortes de crianças em todo o mundo. O rotavírus é constituído por um genoma de 11 segmentos de RNA dupla fita que codificam 6 proteínas estruturais (VPs) e 6 proteínas não-estruturais (NSPs). A atual classificação dos rotavírus tem base na caracterização gênica dos 11 segmentos virais para a identificação de seus respectivos genótipos, designados em conjunto como genótipos de constelação. A vigilância epidemiológica que inclui a caracterização molecular é uma importante ferramenta para o estudo da dinâmica de variações das cepas diante de fatores evolutivos como a implementação da vacina Rotarix (GlaxoSmithKline), introduzida no Brasil desde 2006. A finalidade deste estudo foi realizar análises epidemiológicas, detecção e caracterização de genes de rotavírus que infectaram crianças com até 10 anos de idade, atendidas em hospitais públicos de Manaus entre os anos de 2007 e 2008. Foram coletadas 1337 amostras diarreicas. Observou-se um percentual de 5,4 % de positividade para rotavírus. Foram identificados os genótipos virais através das reações em cadeia pela polimerase precedida da transcrição reversa. O genótipo G2P[4] foi encontrado em 93% dos casos, seguido do G[NT-não tipado]P4 em 6% e G2P[9] em 1% das amostras. Dentre as 73 amostras detectadas nesta pesquisa, 58 eram elegíveis à atual vacina. As análises filogenéticas revelaram um padrão de agrupamento das sequências gênicas em clusters que apresentaram similaridade com amostras provenientes de Belém (Brasil) e da China.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Juliana Boaventura.pdf: 941307 bytes, checksum: 439636680eb32ef1d8b5574e0286aa19 (MD5) Previous issue date: 2008-02-29 / Chagas disease is a zoonotic disease caused by a protozoan plagued called Trypanosoma cruzi, it is a particular problem in Latin America, where it is estimated that 12 to 14 million people are infected. The populations of Trypanosoma cruzi can be divided into two major groups, the Trypanossoma cruzi I (TCI) and Trypanossoma cruzi II (TCII), the last being more heterogeneous and divided into five subgroups TCIIa, TCIIb, TCIIc, TCIId and TCIIe However, little is known of epidemiological and clinical implications of these ratings. The frequency of vertical transmission of Chagas disease can vary from 1.6 to 18.5% in accordance with the region and the methodology used in the studies. The aim of this study was to genetic characterization of 30 isolates of T. cruzi through the blood of patients with Chagas disease in the chronic phase, pregnant and not pregnant. The genetic characterization was performed with three different markers that amplified regions of the 18S and 24S α DNA ribosomal and mini-exon of the gene that allows classify the groups and subgroups of the parasite and the analysis of genetic variability among isolates of T. cruzi was performed the characterization of the variable region of minicicles of kDNA through the technique of Low-Stringency Single Specific Primer-PCR (LSSP-PCR). The 30 patients studied 75% (25/30) were women and 25% (5 / 30) not pregnant. The patients are the four different Brazilian regions being the States of Bahia 53.3% (16/30), Goiás 40.0% (12/30), Paraíba 3.3% (1 / 30) and the Federal District 3, 3% (1 / 30). The analysis of rDNA allowed show the TCII in 100% of the isolated populations in the regions studied, where the subgroup TCIIb/e has been detected in (96.66%) and TCIId in (3.33%) the latter is a sample of the group Control of the State of Bahia. The genetic variability between the 30 samples was 24.08 ± 14.4% share of bands among pairs. There was no difference between the share of bands patients of Bahia and Goiás, where the value of significance was less than 5%. There was no difference between the percentages of bands showed in analyses by age of the patients, gestational age and in the analysis of the groups of pregnant and not pregnant. In reviewing more than one tube of blood per patient coming evidenced profiles of signatures genomic complex and heterogeneous with 62.5% of bands shared less than 77% and only 37.5% had rates higher than 83% of bands sharing among samples. Suggesting so our isolates showed a great genetic variability. / A doença de Chagas é uma zoonose causada por um protozoário flagelado denominado Trypanosoma cruzi, trata-se de um problema específico da América Latina, onde estima-se que 12 a 14 milhões de pessoas estejam infectadas. As populações de Trypanosoma cruzi podem ser divididas em dois grandes grupos, o Trypanossoma cruzi I (TCI) e o Trypanossoma cruzi II (TCII), sendo o último mais heterogêneo e subdividido em cinco subgrupos TCIIa, TCIIb, TCIIc, TCIId e TCIIe, porém, pouco se sabe das implicações clínicas e epidemiológicas dessas classificações. A freqüência da transmissão vertical da doença de Chagas pode variar de 1,6 a 18,5% de acordo com a região e a metodologia usada nos estudos. O objetivo desse estudo foi a caracterização genética de 30 isolados de T. cruzi por meio da hemocultura de pacientes com doença de Chagas na fase crônica, gestantes e não gestantes. A caracterização genética foi realizada com três diferentes marcadores que amplificaram regiões 24Sα e 18S do DNA ribossômico e do gene mini-exon que permite classificar os grupos e subgrupos do parasito e para a análise da variabilidade genética entre os isolados do T. cruzi foi realizada a caracterização da região variável dos minicírculos do kDNA por meio da técnica de Low stringency specifc primer (LSSP-PCR), das 30 pacientes estudadas 75% (25/30) eram gestantes e 25% (5/30) não gestantes. As pacientes são de quarto regiões brasileiras distintas sendo elas dos Estados da Bahia 53,3% (16/30), Goiás 40,0% (12/30), Paraíba 3,3% (1/30) e Distrito Federal 3,3% (1/30). A análise do rDNA permitiu evidenciar o TCII em 100% das populações isoladas nas regiões estudadas, onde o subgrupo TCIIb/e foi detectado em (96,66%) e o TCIId em (3,33%) este último corresponde a uma amostra do grupo controle do Estado da Bahia. A variabilidade genética entre as 30 amostras analisadas foi de 24,08 ± 14,4% de compartilhamento de bandas entre os pares. Houve diferença no compartilhamento de bandas entre as pacientes da Bahia e Goiás, onde o valor de significância foi menor que 5%. Não houve diferença entre as porcentagens de bandas compartilhadas nas análises realizadas por faixa etária das pacientes, idade gestacional e na análise dos grupos de gestantes e não gestantes. Ao analisar mais de um tubo proveniente da hemocultura por paciente evidenciamos perfis de assinaturas gênicas complexas e heterogêneas com 62,5% de bandas compartilhadas menor que 77% e apenas 37,5% tiveram índices maiores que 83% de compartilhamento de bandas entre as amostras. Sugerindo assim que nossos isolados apresentaram uma grande variabilidade genética.

Foi realizada a pesquisa de anticorpos anti-Toxoplasma gondii, através do teste de aglutinação modificado (MAT), em 68 amostras de soros de capivaras de seis municípios no estado de São Paulo. Anticorpos (MAT?25) foram encontrados em 51 (75%) capivaras examinadas. Dentre estas realizou-se o bioensaio em camundongos, com tecidos do cérebro, coração e língua, de 40 capivaras, sendo obtidos 36 isolados (90%). Não houve associação entre o número de isolados e idade das capivaras (p=0,21), sexo (p=0,58) ou tipo de criação (p=0,62), isto é, criadouros e vida livre, bem como a freqüência de isolamentos e os títulos de anticorpos (p=0,99). A análise de polimorfismo de comprimento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela reação em cadeia pela polimerase (PCR) revelou que 20 isolados (55,5%) pertenciam ao genótipo I, 14 (38,9%) ao genótipo III e dois (5,6%) que apresentaram genótipo misto (tipos I e III). Não foi encontrado isolado tipo II. A proporção de isolados tipo I entre as capivaras de vida livre foi maior (p=0,049) do que entre as capivaras provenientes de criadouros. Por outro lado, entre as capivaras de criadouros, a proporção de isolados tipo III foi maior (p=0,041). A maioria dos isolados tipo I (12/20) causou óbito em todos os camundongos infectados e, em nenhum grupo com este isolado, 100% dos camundongos sobreviveram. A maioria dos isolados tipo III (8/14) não matou nenhum camundongo infectado. A freqüência de óbitos em camundongos com genótipo I (86%) foi maior do que o tipo III (44,9%) (p<0,001), enquanto a sobrevida dos camundongos com genótipo III foi significativamente maior que a dos camundongos com genótipo I (p<0,001). Foram encontrados cistos nos cérebros dos camundongos infectados em todos os 36 isolados. A análise genotípica também foi realizada diretamente dos tecidos de 35 das 36 capivaras (homogeneizados de tecidos) das quais houve isolamento pelo bioensaio, usando nestedPCR-RFLP no locus SAG2. Foram caracterizadas 22 amostras (62,8%), 21 delas idênticas aos dos isolados correspondentes. Em uma amostra genótipo misto foi obtido dos tecidos primários e tipo I no isolado. Os genótipos mistos foram confirmados pelo seqüenciamento de DNA dos produtos da nestedPCR obtidos das amostras primárias das capivaras. / Antibodies to Toxoplasma gondii were assayed by the modified agglutination test (MAT) in serum samples of 68 capybaras from six counties in São Paulo state, Brazil. Antibodies (MAT?25) were found in 51 (75%) capybaras examined. Tissues (brain, heart and tongue) of 40 of the seropositive capybaras were bioassayed in mice and 36 (90%) isolates were obtained. There was no statistical association between number of isolates and age (p=0.21), gender (p=0.58) and type of rearing (p=0.62), as well as no association with frequency of isolations and antibody titer distribution (p=0.99). Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis in PCR-amplified SAG2 locus products revealed that 20 isolates (55.5%) were genotype I, 14 (38.9%) were genotype III and two (5.6%) were mixed genotypes (types I and III). Type II isolate was not found. The proportion of type I isolates in the group of wildlife capybaras was higher (p=0.049) than in the captive rearing group. On the other hand, the proportion of type III isolates was significantly higher in the captive rearing group (p=0.041). Most of the type I isolates (12/20) killed all infected mice and none of those groups had 100% of surviving mice. Most of the mice infected with genotype III isolate survived. The mortality rate in mice infected with genotype I (86%) was higher than the type III (44.9%) (p<0.001) and mice infected with type III isolates survived for longer periods than type I isolates (p<0.001). Tissue cysts were found in mice infected with all 36 isolates. Genotyping was also done directly from the tissue homogenates from the 35 of 36 capybaras using nested-PCR-RFLP analysis on the SAG2 locus. Twenty?two samples (62.8%) were characterized and in 21 the genotypes found were the same as those from the corresponding isolates. In one sample, mixed genotype was detected directly from the primary sample and type I from the mice isolate. The mixed genotype was confirmed by direct DNA sequencing of the nestedPCR products from the capybaras primary samples.