O Brasil é o único produtor, em escala comercial, de guaraná do mundo e o Estado do Amazonas destaca-se como o segundo maior produtor do Brasil, sendo superado apenas pelo Estado da Bahia. O principal fator limitante à expansão da cultura do guaranazeiro na região amazônica é a antracnose, causada por Colletotrichum guaranicola Alburq. Este trabalho teve como objetivo caracterizar isolados do fungo visando sua correta identificação. Foram realizadas as caracterizações cultural, morfológica, fisiológica, enzimática, patogênica e molecular (filogenia multilocus). Na caracterização morfo-cultural houve variação no tamanho de conídios e apressórios entre os isolados, porém todos ficaram dentro da faixa de amplitude descrita para a espécie C. guaranicola e para duas outras espéciess (C. gloeosporioides e C. boninense). Predominaram conídios de formato cilindro a oblongo e apressórios arredondados. Com exceção de um grupo de isolados de Maués (série C), todos os demais exibiram hilo na base do conídio. Comprimento e largura de conídios e apressórios não foram características importantes na diferenciação dos isolados de C. guaranicola devido à sobreposição no tamanho. A taxa de crescimento micelial foi determinada em meio BDA e permitiu diferenciar dois grupos de isolados: com taxa de crescimento acima de 10 mm/dia e abaixo dessa taxa. Com exceção de C-12 e C-14, todos os isolados da série C cresceram acima dos demais, comparando-se aos isolados padrões das espécies C. gloeosporioides, C. boninense e C. acutatum. Todos os demais cresceram abaixo desse valor. O maior crescimento foi registrado para C-09 (12,25 mm/dia) e o menor para 2601 (2,71 mm/dia). Os demais ficaram na faixa intermediária. Diferença na coloração da colônia também permitiu separar os isolados em duas categorias: colônia branca a creme amarelada e colônias cinza a cinza escuro, semelhante aos padrões de C. boninense e C. gloesoporioides, respectivamente. Todos os isolados cresceram melhor na faixa de 25 ºC, porém os isolados C-18 e C-19 foram capazes de crescer em temperaturas mais altas, em relação aos demais isolados. A caracterização enzimática revelou que C. guaranicola produz várias enzimas, destacando-se a pectinase. Por outro lado, houve baixa produção de amilase. Somente dois isolados de C. guaranicola (C-18 e C-19) e os padrões de C. gloeosporioides e C. boninense foram capazes de utilizar o ácido cítrico como fonte de carbono. Com exceção dos isolados 2361, 2419 e 2554, os demais isolados testados foram capazes de utilizar o tartarato de amônio. A caracterização filogenética foi realizada com base na amplificação e sequenciamento parcial dos genes Gliceraldeído-3-Fosfato Desidrogenase (GAPDH), Actina, Quitina Sintase, Calmodulina e região transcrita interna (ITS). Os isolados testados formaram dois clados distintos, o primeiro (25 isolados) agrupou no complexo C. boninense próximo a C. petchii e o outro no complexo C. gloeosporioides próximo a C. siamense. A caracterização patogênica foi realizada com base no diâmetro da lesão produzida por oito isolados de C. guaranicola em dois genótipos de guaranazeiro (suscetível e resistente). O isolado C-18 expressou maior severidade quando inoculado nos dois genótipos, enquanto o isolado 2512 demonstrou a menor severidade. / Brazil is the world\'s sole producer of guaraná on a commercial scale, and the Amazonas State stands out as Brazil\'s the second largest producer, only after the Bahia State. The main limiting factor for the expansion of guaraná culture in the Amazon region is anthracnose caused by Colletotrichum guaranicola Alburq. This study aimed to characterize isolates of the fungus for its correct identification. Cultural, morphological, physiological, enzymatic, pathogenic, and molecular characterizations were performed (multilocus phylogeny). In the morpho-cultural characterization, there was variation in the size of conidia and appressoria among the isolates, but all remained within the range of amplitude described for the species C. guaranicola and for two other species (C. gloeosporioides and C. boninense). The cylinder-shaped conidia were oblong and the appressoria were round, except for a group of isolates of Maués (C series), all other isolates exhibited a hilo at the base of the conidium. Length and width of conidia and appressoria were not important features in the differentiation of isolates of C. guaranicola due to the overlap in size. The mycelial growth rate was determined in BDA medium and allowed to differentiate two groups of isolates: growth rate above 10 mm/day and growth rate below 10 mm/day. With the exception of C-12 and C-14, all C-series isolates grew above the rest, comparing to standard isolates of species C. gloeosporioides, C. boninense and C. acutatum. All others grew below the standard values. The highest growth was registered for C-09 (12.25 mm/day) and the lowest for 2601 (2.71 mm/day). The others remained within an intermediate range. Color difference of the colony also allowed to separate the isolates into two categories: white to yellowish cream colony and grey to dark grey colonies, similar to standards of C. boninense and C. gloesoporioides, respectively. All isolates grew best at the range of 25°C, but the isolates C-18 and C-19 were able to grow at higher temperatures, compared to other isolates. The enzymatic characterization showed that C. guaranicola produces various enzymes, mainly pectinase. On the other hand, there was low production of amylase. Only two isolates of C. guaranicola (C-18 and C-19) and the standards of C. gloeosporioides and C. boninense were able to use citric acid as a carbon source. With the exception of isolates 2361, 2419 and 2554, the other isolates tested were able to use the ammonium tartrate. The phylogenetic characterization was performed based on amplification and partial sequencing of genes Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH), Actin, Chitin Synthase, Calmodulin and internal transcribed section (ITS). The isolates tested formed two distinct clads. The first (25 isolates) grouped in the complex C. boninense near C. petchii and the other in the complex C. gloeosporioides near C. siamense. The pathogenic characterization was performed based on the lesion diameter caused by eight isolates of C. guaranicola in two guaraná genotypes (susceptible and resistant). The isolate C-18 expressed greater severity when inoculated into both genotypes, while isolate 2512 showed least severity.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-08-28Bitstream added on 2014-06-13T20:37:48Z : No. of bitstreams: 1 mituti_t_me_botfca.pdf: 570381 bytes, checksum: c452322034e0c18e9beeb7fcc73e8761 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O alho é propagado através de bulbilhos, prática que favorece a perpetuação de patógenos, especialmente os vírus. Pode ser infectado por vírus pertencentes aos gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. Garlic common latent virus (GarCLV) e Shallot latent virus (SLV) são os principais carlavirus encontrados em alho no mundo. No Brasil, existem poucas informações sobre as espécies de carlavirus ocorrendo em alho, de modo que os objetivos do trabalho foram realizar levantamento visando determinar a ocorrência de carlavirus em algumas regiões produtoras do País, caracterizar e identificar através de técnicas biológicas e moleculares os isolados obtidos. Novecentas e dezenove amostras foram coletadas nos estados de São Paulo, Paraná, Goiás e Minas Gerais. Através do teste de ELISA, 560 foram positivas somente para potyvirus, 53 verificou-se a infecção pelo complexo entre GarCLV e potyvirus, sete foram positivas para SLV e potyvirus, duas positivas para GarCLV e uma para SLV. Cento e oito amostras foram negativas para os testes realizados. Alguns isolados de GarCLV foram inoculados mecanicamente, utilizando extrato vegetal, em plantas de Chenopodium amaranticolor, Celosia argentea, C. murale, C. quinoa, Nicotiana occidentalis, Gomphrena globosa, Allium tuberosum (cebolinha japonesa), Allium porrum (alho-porro) e Allium fistulosum (cebolinha). A presença de anéis cloróticos e mosaico foram observados em plantas de Celosia argentea, pontos cloróticos em Nicotiana occidentalis e lesões locais em Chenopodium quinoa. 2 Os oligonucleotídeos universais e específicos para GarCLV foram eficientes para detecção de vírus. Quatorze isolados foram sequenciados, indicando se tratar de isolados de GarCLV. A identidade de nucleotídeos entre os isolados de GarCLV foram de 87% a 97% comparadas com sequências depositadas no GenBank. Pela primeira vez no Brasil, foi detectado... / Garlic is propagated by bulbs, practice that favors the transmission of pathogens, especially viruses. Garlic can be infected by viruses belonging to the genus Allexivirus, Carlavirus and Potyvirus. Garlic common latent virus (GarCLV) and Shallot latent virus (SLV) are the most important carlavirus species infecting garlic around the world. In Brazil there is no information about the species of carlavirus occurring in garlic, so the objective of this work was to evaluate the occurrence of carlavirus in some producing regions of Brazil and to identify and characterize the isolates by molecular and biological techniques. Nine hundred and nineteen samples were collected in the states of São Paulo, Paraná, Goiás and Minas Gerais. Through the ELISA test, 560 were positive for the presence of potyvirus, 53 were infected with GarCLV and potyvirus, seven were infected with SLV and potyvirus, two by GarCLV, and one for SLV. One hundred and eight samples were negative for the presence of viruses. 4 Some GarCLV isolates were inoculated by sap transmission on Chenopodium amaranticolor, Celosia argentea, C. murale, C. quinoa, Nicotiana occidentalis, Gomphrena globosa, Allium tuberosum Allium porrum and Allium fistulosum. The presence of rings spots and mosaic were observed on Celosia argentea, chlorotic spots on Nicotiana occidentalis and chlorotic local lesions on C. quinoa. The universal oligonucleotides for carlavirus and the specifics for GarCLV were efficiently used for the detection of the viruses. Fourteen isolates were sequenced, indicating the presence of GarCLV species. The identity of nucleotides between the GarCLV isolates was of 87% to 97% compared to the sequences deposited in GenBank. SLV was detected for the first time in Brazil on samples collected in São Manuel and Piraquara. The nucleotide identity of the complete CP sequence was of 90% to 99% compared to the sequences... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Náthali Maria Machado de Lima (nathalimachadolima@gmail.com) on 2018-09-06T17:50:08Z No. of bitstreams: 1 Nathali Maria Machado de Lima - Copia (2)-pages-1-3,5-101-merged.pdf: 3526956 bytes, checksum: 5f5c8cc704c14910caa7d290299d4c24 (MD5) / Approved for entry into archive by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br) on 2018-09-06T18:17:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 lima_nmm_me_sjrp.pdf: 3526956 bytes, checksum: 5f5c8cc704c14910caa7d290299d4c24 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-06T18:17:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lima_nmm_me_sjrp.pdf: 3526956 bytes, checksum: 5f5c8cc704c14910caa7d290299d4c24 (MD5) Previous issue date: 2016-10-31 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Crostas biológicas consistem de uma comunidade composta por cianobactérias, algas verdes, microfungos, bactérias, líquens e musgos. Estas ocorrem em uma variedade de solos e regiões climáticas ao redor do globo, exercendo funções importantes como a de conferir estabilidade e proteger o solo contra forças erosivas, acumular e aumentar o tempo de residência da água no solo, além de, favorecer a germinação e permitir a fixação de nitrogênio e carbono. Em crostas biológicas de regiões quentes e temperadas há o predomínio de líquens e cianobactérias, sendo que as cianobactérias são consideradas os primeiros organismos a estruturarem a crosta, sendo seguidas por outros grupos de organismos. A partir da investigação de cianobactérias em crostas biológicas, muitos novos gêneros e espécies têm sido descritos, o que também enfatiza a grande necessidade da investigação sobre tais comunidades. Devido às condições propícias do ambiente, em termos de exposição do solo e fitofisionomia, o bioma Cerrado (Savana) foi escolhido para ser o local de estudo de assembleias de cianobactérias de crostas. Além disso, devido a estudos prévios que relatam o potencial de produção de enzimas celulolíticas e hemicelulolíticas por cianobactérias heterocitadas e a presença comum deste tipo de organismos em crostas biológicas, também foram feitas análises para avaliar a produção de tais substâncias. Desse modo, os estudos objetivaram contribuir com conhecimento da biodiversidade de cianobactérias de crostas biológicas de solo e avaliar a capacidade de produção enzimática das cianobactérias encontradas em crostas biológicas de solo. Para isto, amostras de crostas foram coletadas nos Parques Nacionais da Serra da Canastra (MG) e da Serra do Cipó (MG), no Parque Estadual Furnas do Bom Jesus (SP) e na região de Caldas Novas (GO). As cianobactérias encontradas nas amostras foram estudadas morfologicamente a partir do material da natureza e também isoladas em cultivos artificiais, visando além do estudo morfológico, as análises moleculares e enzimáticas. No total, foram estudados 28 morfotipos, provenientes de 31 populações, dos quais 12 foram identificados em nível específico (destes, três ainda exigem confirmação de identidade = cf) e 16 foram identificados apenas em nível genérico. Dezenove populações foram analisadas também em nível molecular por meio do sequenciamento parcial do gene 16S rRNA, e completo da Região Espaçadora Interna Transcrita 16S-23S (ITS). Seis populações foram também investigadas quanto a produção de enzimas. Entre os gêneros encontrados, muitos são comuns em assembleias de cianobactérias de crostas biológicas em outras regiões do mundo, entretanto, algumas identificações em nível de espécie não foram possíveis por diferenças importantes com os táxons já descritos em literatura. As análises moleculares enfatizaram e contribuíram com a problemática polifilia de gêneros como Leptolyngbya, Nostoc e Calothrix, reafirmaram a existência de um novo gênero próximo a Wilmottia e Microcoleus e apresentaram um novo grupo composto até o momento por uma espécie representada por duas populações. Este grupo revelou sequências moleculares que se aproximam de Brasilonema, entretanto os indivíduos apresentam ramificações verdadeiras e, portanto, investigações mais aprofundadas são necessárias para definição da identidade das populações. Dessa forma, as análises morfológicas e moleculares demonstraram a grande diversidade não acessada em localidades e habitats pobremente investigados e enfatizaram a contribuição deste trabalho ao enfocar pela primeira vez a flora de cianobactérias de solo de Cerrado. As análises de atividade enzimática revelaram que não houve produção de tais proteínas, tendo como possíveis explicações a ausência de habilidade para produção deste tipo de enzimas por parte das cepas, ou a ineficiência do método utilizado. De qualquer forma os resultados enfatizaram a necessidade de estudo nesta área, principalmente pela dificuldade no encontro de cepas produtoras e o desconhecimento sobre quais poderiam ser os fatores a estarem influenciando certas cepas a ativarem ou selecionarem diferentemente seus metabolismos. Em linhas gerais, os resultados do presente estudo apresentam, pela primeira vez, a composição das cianobactérias de crostas biológicas do território brasileiro e indicam uma flora diversificada e, em grande parte, desconhecida. Esses resultados fornecem subsídios e abrem caminho para outras pesquisas dentro do campo do conhecimento da biodiversidade presente em crostas biológicas. Complementarmente, estes trabalhos compõem a base para estudos sobre a ecologia de ambientes mais restritivos (como a caatinga ou o próprio Cerrado), permitindo abordagens como sucessão ecológica, produtividade primária, fluxos de nutrientes e dinâmicas de solo. / Biological soil crusts (BSCs) are communities potentially composed of cyanobacteria, green algae, micro fungi, bacteria, lichens and mosses. They occur in a variety of soils and climatic regions around the world, playing important roles as giving soil stability protecting against erosive forces, accumulating and increasing residence time for water in soil, besides promoting germination and performing nitrogen and carbon fixation. Biological soil crusts from hot deserts are frequently composed of cyanobacteria and lichens, and the cyanobacteria are considered the first colonizers in structuring the crust, being followed by other groups of organisms. A lot of new genera and species have been described based on crusts investigations and this fact also emphasizes the necessity of works on those communities. Due to environmental conditions, as soil exposition and phytophysiognomy, the biome Cerrado (Savannah) was chosen to be the place for studies on cyanobacterial assemblages of biological soil crusts. Besides, due to previous studies that indicate the production capability of celulolitic and hemicelulolitic enzymes by heterocytous cyanobacteria and the common presence of this kind of cyanobacteria in biological soil crusts, analyses of such production were also conducted. In this way, the studies aimed to contribute with knowledge about cyanobacterial biodiversity in biocrusts and evaluate the bioprospection capability of cyanobacterial from these biocrusts. Therefore, BSCs were sampled at the National Parks of Serra da Canastra (Minas Gerais State) and Serra do Cipó (Minas Gerais State), at the State Park of Furnas do Bom Jesus (São Paulo State) and in the region of the municipality of Caldas Novas (Goiás State). The cyanobacteria found in the samples had their morphology analyzed from the natural and cultivated conditions. Besides, molecular and enzymatic analysis were carried out. The results summarized 28 morphotypes from 31 populations, which 12 were identified at specie level (three of them need identity confirmation = cf) and 16 were identified only at genus level. Nineteen populations also were studied with molecular methods, through partial sequencing of 16S rRNA gene and complete sequencing of the Internal Transcribed Space Region (16S-23S ITS). In addition, six populations also were explored as possible enzymatic producers. Among the found genera, many are cyanobacteria frequently found in BSCs distributed around the world, however, some identifications at specific level were not possible due to considerable divergences in comparison with described taxa. The molecular analysis reaffirmed and emphasized the polyphyletic nature of Leptolyngbya, Nostoc and Calothrix, reinforced the existence of a new genus close related with Wilmottia and Microcoleus and presented a new group composed, until now, of one species represented by two populations. This group showed molecular sequences related with Brasilonema, however, the specimens are true branched, what requires more detailed studies to confirm the identification of the populations. In this way, the morphological and molecular analyses showed the wide diversity whose has not been accessed in poorly investigated places and habitats and reinforced the contribution of this work in focusing the cyanobacterial flora of crusts of Brazilian savannah area for the first time. The enzymatic activity analysis revealed that the strains studied did not produce celulolitic or hemicelulolitic compounds, having as possible explanations the absence of the production ability or the inefficiency of the utilized method. Either way, the results emphasized the necessity of studies in this area, mainly because of the difficulty in find producer strains and the lack of knowledge about which could be the factors influencing the strains in activate or select differently their metabolism. In general, our results presented for the first time the cyanobacterial composition for BSCs from Brazil and indicated a diverse, and sometimes, unknown flora. These results provided foundation and opened doors to investigations inside the biodiversity knowledge with biological soil crusts. Complementary, these works compound the basis for investigations in the ecology of extreme environments (as Caatinga and Cerrado), permiting studies about successional ecology, primary productivity, flow of nutrients and soil dynamics. / 2014/06245-8

Submitted by PMBqBM null (pmbqbm@ufba.br) on 2017-05-24T11:28:43Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Juliana Sacramento Mota de Souza_PMBqBM-UFBA.pdf: 33818819 bytes, checksum: 7904ea127d9fe97a4dca2dc89cca3c2f (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-07-06T13:24:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Juliana Sacramento Mota de Souza_PMBqBM-UFBA.pdf: 33818819 bytes, checksum: 7904ea127d9fe97a4dca2dc89cca3c2f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-06T13:24:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Juliana Sacramento Mota de Souza_PMBqBM-UFBA.pdf: 33818819 bytes, checksum: 7904ea127d9fe97a4dca2dc89cca3c2f (MD5) / FAPESB / O Vírus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) possui uma ampla variabilidade genética. Esta diversidade é representada pelos quatro grupos, pelos nove subgrupos do grupo M e também pelas formas recombinantes destes vírus. Dentre estes, os recombinantes BF tem se destacado pela alta dispersão global concomitante com o aumento em número e diversidade. Atualmente quatorze formas recombinantes circulantes (CRFs) BF e inúmeras formas recombinantes únicas BF (URFs) foram descritas. O objetivo deste trabalho foi realizar a caracterização molecular e geográfica de isolados virais recombinantes BF do HIV- 1. Para tal, sequências e informações de genomas completos de recombinantes BF do HIV foram coletadas dos bancos de dados NCBI e Los Alamos. Posteriormente foram realizadas a caracterização destas sequências, análises filogenéticas, de recombinação e da alça V3 da proteína glicoproteína 120 (gp120), além de busca por assinaturas nucleotídicas e predição do coreceptor de entrada viral. Foram encontradas 252 sequências de genoma completo (>7000 pb) de recombinantes BF do HIV oriundas de treze países diferentes, sendo a maioria delas provenientes de pacientes brasileiros (52,8%). Seis sequências previamente caraterizadas como recombinantes BF, foram reclassificadas como subtipo B puro. Algumas sequências formaram agrupamentos monofiléticos com as CRFs já descritas e, portanto, sugere-se a reclassificação das mesmas. Dentre as sequências avaliadas foram encontrados 114 padrões distintos de recombinação. A maioria das sequências apresenta recombinação na região pol (81%; 205/252), seguido das regiões gag (68%; 172/252) e env (54%; 137/252) sendo encontrado na região tat a menor taxa de recombinação (7%; 17/252). Enquanto em todos os outros genes acessórios e regulatórios predominou o genótipo B, em vif, o subtipo F prevaleceu (38%; 96/252). Além disso, foram identificados dois hotspots entre as sequências analisadas: um encontrado em 35 sequências (13,9%) na região entre as posições 5360 – 5390 do gene acessório vif e outro em torno da posição 9356 da região nef (11% das sequências). Foram identificadas assinaturas nucleotídicas conservadas exclusivas para cada CRF_BF descrita. As mutações mais frequentes foram encontradas na região da transcriptase reversa foram M41L (NRTIs) e K100N (NNRTIs). De maneira geral, as mutações encontradas nestas sequências conferem resistência a diversos fármacos sendo que as maiores taxas de resistência foram encontradas para os antirretrovirais Atazanavir, Saquinavir, Nevirapina, Zidovudina, Estavudina, Didanosina e Emtricitabina. A predição de uso de coreceptor viral mostrou estes recombinantes utilizam preferencialmente o coreceptor CCR5 (67,5%) sendo que a CRF42 utiliza exclusivamente este coreceptor, enquanto todas as sequências da CRF39 foram classificadas como R5X4/X4. Os tetrapeptídeos mais frequentes encontrados na alça V3 foram GPGR (49,4%), GPGQ (20%), APGR (6,7%), GPGK (5,1%), GWGR (4,3%) e GPGG (2%). Além disso, as sequências com o motivo GPGQ e APGR são preferencialmente classificadas como R5 e contem o subtipo F na região da alça V3. Pode-se observar que há uma grande diversidade dos padrões de recombinação evidenciando que a recombinação entre os subtipos B e F é frequente. / Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) has a wide genetic variability. This diversity is represented by the four groups, nine subgroups of group M and by the recombinant forms of these viruses. Among these, the recombinant BF has been distinguished by the high global dispersion concomitant with the increase in number and diversity. Currently fourteen BF Circulating Recombinant Forms (CRFs) and BF Unique Recombinant Forms (URFs) forms have been described. The objective of this work was to perform molecular and geographic characterization of HIV-1 recombinant BF viral isolates. To that end, complete genome sequences and information from recombinant HIV BFs were collected from the NCBI and Los Alamos databases. Subsequently, the characterization of these sequences, phylogenetic analysis, recombination and the V3 loop of the glycoprotein 120 protein (gp120) were carried out, as well as the search for nucleotide signatures and prediction of the viral entry coreceptor. A total of 252 complete genome sequences (> 7000 bp) of recombinant HIV BF from thirteen different countries were found, most of them coming from Brazilian patients (52.8%). Six sequences previously characterized as recombinant BF were reclassified as pure B subtype. Some sequences formed monophyletic clusters with the CRFs already described and, therefore, it is suggested to reclassify them. Among the sequences evaluated, 114 distinct patterns of recombination were found. Most of the sequences present recombination in the pol region (81%, 205/252), followed by the gag (68%, 172/252) and env (54%; 137/252) regions being found in the tat region at the lowest recombination rate (7%, 17/252). While in all other accessory and regulatory genes, genotype B predominated, in vif, the F subtype was dominant (38%, 96/252). In addition, two hotspots were identified among the sequences analyzed: one found in 35 sequences (13.9%) in the region between positions 5360-5390 of the vif accessory gene and another around position 9356 of the nef region (11% of sequences). Unique conserved nucleotide signatures were identified for each CRF_BF described. The most frequent mutations were found in the reverse transcriptase region were M41L (NRTIs) and K100N (NNRTIs). In general, the mutations found in these sequences confer resistance to several drugs, and the highest resistance rates were found for the antiretrovirals Atazanavir, Saquinavir, Nevirapine, Zidovudine, Stavudine, Didanosine, and Emtricitabine. The prediction of the use of viral coreceptor showed that these recombinants preferentially use the CCR5 coreceptor (67.5%) and CRF42 exclusively uses this coreceptor, while all CRF39 sequences were classified as R5X4 / X4. The most frequent tetrapeptides found in the V3 loop were GPGR (49.4%), GPGQ (20%), APGR (6.7%), GPGK (5.1%), GWGR (4.3%) and GPGG %). In addition, the sequences with the GPGQ motif and APGR are preferably classified as R5 and contain the F subtype in the V3 loop region. It can be observed that there is a great diversity of the recombination patterns evidencing that the recombination between the subtypes B and F is frequent.

Submitted by Tatiana Oliveira (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-06-05T18:28:21Z No. of bitstreams: 1 luciane_a_amado_ioc_bp_0005_2010.pdf: 3292332 bytes, checksum: cfe96b31e4c6b0b9cbe0bc24ceb173c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-05T18:28:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luciane_a_amado_ioc_bp_0005_2010.pdf: 3292332 bytes, checksum: cfe96b31e4c6b0b9cbe0bc24ceb173c1 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz / No Brasil, surtos de hepatite A em comunidades fechadas, principalmente em creches e escolas, constituem um importante problema para a saúde pública, que requerem investigação epidemiológica e rápida intervenção de controle, devido ao risco de propagação “silenciosa” para as comunidades próximas. Entretanto, a coleta de sangue é invasiva e dolorosa o que dificulta o acesso à população infantil para a realização do diagnóstico, muitas vezes inviabiliza o estudo epidemiológico quando este envolve um número grande de indivíduos. A coleta de amostras de saliva como uma alternativa, oferece potenciais vantagens, pois se trata de uma coleta não-invasiva, indolor e rápida. A fim de avaliar a utilização da saliva como espécime clínico para o diagnóstico e estudos epidemiológicos da hepatite A, estudos foram conduzidos a partir de amostras pareadas de saliva/soro de pacientes envolvidos em um surto de hepatite A. No primeiro estudo, otimizamos métodos para detecção de anticorpos anti-HAV e do HAV-RNA em amostras de saliva. Neste estudo, observamos sensibilidade e especificidade do teste de detecção de anti-HAV IgM na saliva de 96% e 98%, respectivamente. Após estabelecer os protocolos para detecção do HAV RNA, verificamos uma alta freqüência de detecção de HAV RNA em amostras de saliva tanto de pacientes em fase aguda como em pacientes em período de “janela iminológica” (37,2%). O estudo da epidemiologia molecular conduzido durante o surto revelou co-circulação dos dubgenótipos IA e IB do HAV e a ocorrência de casos de co-infecção por subgenótipos diferentes do HAV entre as amostras pareadas de soro e saliva. Este resultado nos levou a investigação de uma possível replicação extrahepática do HAV em glândulas salivares, através de um estudo de infecção experimental em cinomolgos. Neste estudo constatamos a presença do antígeno viral nos hepatócitos e nas glândulas submandibulares dos animais infectados. Através da detecção do replicativo intermediário do HAV, observou-se uma replicação ativa do HAV nas glândulas submandibulares dos animais infectados experimentalmente. Este trabalho demonstrou a aplicabilidade das amostras de saliva para o diagnóstico da hepatite A e sua importância para estudos de epidemiologia molecular. Os dados deste presente estudo esclareceram alguns aspectos da patogênese do HAV como a ocorrência de replicação extrahepática em glândulas salivares, sugerindo a possibilidade de transmissão do HAV através da saliva. / In Brazil, hepatitis A outbreaks in closed communities, especially in nurseries and schools, is a major problem for public health, which require rapid epidemiological investigation and control intervention, due to the risk of spreading "silent" to nearby communities. However, blood collection is invasive and painful which makes access to the child population for the diagnosis often impedes the epidemiological study when it involves a large number of individuals. The collection of saliva samples as an alternative, offer potential advantages because it is a collection of non-invasive, painless and quick. In order to evaluate the use of saliva as a clinical specimen for diagnosis and epidemiology of Hepatitis A studies, studies were conducted from paired samples of saliva / serum of patients involved in an outbreak of hepatitis A. In the first study, we optimized methods for the detection of anti-HAV antibodies and the HAV-RNA in saliva. This study showed a sensitivity and specificity of the detection of IgM anti-HAV antibodies in the saliva of 96% and 98% respectively. After establishing the protocols for the detection of HAV RNA, we found a high frequency of detection of HAV RNA in saliva samples of both acute-phase patients and patients in a period of "window iminológica" (37.2%). The study of molecular epidemiology conducted during the outbreak revealed co-circulation of dubgenótipos IA and IB HAV and the occurrence of co-infection with HAV subgenótipos different between paired serum and saliva. This result led us to investigate a possible extrahepatic replication of HAV in the salivary glands, through a study of experimental infection in cynomolgus. In this study we verified the presence of viral antigen in hepatocytes and in the submandibular glands of infected animals. By detecting the replicative intermediate of HAV was observed HAV replication active in the submandibular glands of animals infected experimentally. This study demonstrated the applicability of saliva samples for the diagnosis of hepatitis A and its importance for molecular epidemiology studies. The data of this study explained some aspects of the pathogenesis of HAV replication as the occurrence of extrahepatic salivary glands, suggesting the possibility of transmission of HAV by saliva.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:37:27Z : No. of bitstreams: 1 souza_a_me_jabo.pdf: 1098095 bytes, checksum: 90c36824f4f63db09ab3ab57ecb91613 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A mangueira (Mangifera indica L.) conta com diversos problemas de ordem fitossanitária, destacando-se como um dos mais importantes, a antracnose, causada na maioria das vezes pelo fungo C. gloeosporioides. Dada a importância comercial dessa doença, esse trabalho teve por objetivo realizar a caracterização genética e patogênica de uma população de isolados de Colletotrichum spp. oriundos de tecidos com sintomas de antracnose de diferentes variedades e órgãos das plantas de manga, dos principais municípios produtores do Estado de São Paulo, além de compará-los geneticamente com isolados obtidos de citros. O sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2 possibilitou a identificação de 183 isolados de uma população obtida de mangueiras como C. gloeosporioides, com exceção de apenas um deles, o qual foi identificado como C. acutatum. Já os isolados de citros, sendo três obtidos de folhas assintomáticas e dois de flores com sintomas de podridão, foram classificados em C. gloeosporioides e C. acutatum, respectivamente. Os resultados obtidos mediante o emprego de marcadores fAFLP indicaram uma alta variabilidade genética entre isolados de uma mesma população e a ocorrência de fluxo gênico. Além disso, tais resultados corroboraram aqueles obtidos pelo sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2, por agruparem os isolados do estudo segundo a sua espécie. Os isolados representativos da população, inclusive aqueles obtidos de citros, de ambas as espécies de Colletotrichum, causaram sintomas típicos de antracnose quando inoculados em folhas de mangueiras „Palmer‟ e „Tommy Atkins‟, indicando que, provavelmente, não há especificidade de hospedeiros para essas espécies / The mango crop (Mangifera indica L.) is attacked by several diseases and in this context, the anthracnose is one of the most important. This disease is caused by the fungus C. gloeosporioides in most situations. Due to economic importance of the anthracnose on mango, the aim of this study was to analyze the genetic and pathogenic variability of Colletotrichum spp. isolates obtained from different organs and varieties of mango plants with anthracnose symptoms, and from different municipalities of São Paulo State that are among the major producers of mango. The isolates from mango were also compared with isolates obtained from citrus. Sequencing of ITS1-5.8S-ITS2 region from 183 isolates obtained from mango allowed the identification of them as C. gloeosporioides, however, one of them, was identified as C. acutatum. The isolates from citrus, obtained from syptomless leaves and flowers with rot symptoms, were identified as C. gloeosporioides and C. acutatum, respectively. The results obtained by applying fAFLP markers indicated high level of genetic variability among isolates within population and the occurrence of gene flow. Moreover, these results corroborated those achieved by sequencing of the ITS1-5.8S-ITS2 region, because the isolates were grouped according to its species. Representative isolates of the population, including those obtained from citrus, belonging to both species of Colletotrichum, caused typical symptoms of anthracnose disease on mango leaves of Palmer and Tommy Atkins varieties, indicating the lack of host specificity for these species

Submitted by Luiz Ricardo Gonçalves null (tatinho_tva@hotmail.com) on 2016-07-27T18:25:27Z No. of bitstreams: 1 dissertação LRG.pdf: 2432897 bytes, checksum: 0ce4cc1f4bd2a278c07c6602aa1453d0 (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-07-29T13:34:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 golcalves_lr_me_jabo.pdf: 2432897 bytes, checksum: 0ce4cc1f4bd2a278c07c6602aa1453d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-29T13:34:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 golcalves_lr_me_jabo.pdf: 2432897 bytes, checksum: 0ce4cc1f4bd2a278c07c6602aa1453d0 (MD5) Previous issue date: 2016-06-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Patógenos transmitidos por vetores artrópodes são mundialmente importantes, podendo causar enfermidades tanto no homen quanto nos animais. Recentemente, diversos estudos têm sido realizados a fim de elucidar o papel dos animais selvagens na epidemiologia desses patógenos. A identificação desses microrganismos, assim como dos seus vetores e hospedeiros, permite mapear áreas de ocorrência desses patógenos, auxiliando os órgãos competentes na elaboração de medidas de controle. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivo detectar e caracterizar, por métodos moleculares, micoplasmas hemotróficos e bartonelas em amostras de baço de roedores selvagens e sinantrópicos distribuídos em cinco biomas brasileiros. Para tal, foram analisadas 500 amostras de roedores pertencentes a 51 espécies distribuídas em 13 estados. Dentre as 457 amostras de DNA positivas nos ensaios de PCR baseados nos genes Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] ou Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH], 100 (21,9%) mostraram-se positivas para Mycoplasma spp. por meio da cPCR baseada no gene 16S rRNA. A análise filogenética de 24 sequências do gene 16S rRNA mostrou a presença de dez diferentes clusters, todos agrupados dentro do grupo Mycoplasma haemofelis. O posicionamento filogenético associado com a baixa porcentagem de identidade entre as sequências amplificadas no presente estudo e aquelas previamente depositadas no Genbank sugere a circulação de novas espécies de hemoplasmas em roedores no Brasil. Por meio da qPCR, 117 (25,6%) amostras mostraram-se positivas para Bartonella sp. A análise de diversidade das sequências do gene gltA mostrou a presença de 15 haplótipos. A relação filogenética entre as sequências do gene gltA mostrou que a espécie de Bartonella detectada em roedores no Brasil é intimamente relacionada com Bartonella sp. denominada como grupo filogenético A detectada em roedores da Família Cricetidae na América do Norte, provavelmente formando uma única espécie ou um complexo de espécies. Por outro lado, as sequências amplificadas por meio de ensaios de cPCR adicionais, baseados nos genes ftsZ, groEL e pap-31, mostraram-se filogeneticamente próximas ao complexo Bartonella vinsonii. Por fim, as sequências de Bartonella amplificadas no presente estudo formaram um grupo monofilético e amplamente difundidas em sete diferentes espécies de roedores amostrados em três biomas. Tais achados sugerem uma provável dominância desse genótipo entre os roedores silvestres no Brasil. Copositividade para hemoplasmas e Bartonella sp. foi observada em 41 (9%) dos roedores amostrados. O presente estudo demonstrou, por meio de métodos moleculares, a ocorrência de micoplasmas hemotróficos e Bartonella sp. em roedores selvagens e sinantrópicos no Brasil. / Arthropod-borne pathogens are wordwide important, causing diseases in humans and animals. Recently, several studies have been performed in order to elucidate the role of wild animals in the epidemiology of these pathogens. The identification of these microorganisms, as well as their vectors and hosts, allow to map the areas of occurrence of these pathogens, helping competent agencies in the development of control measures. Therefore, the present study aimed to detect and characterize, using molecular methods, hemotrophic mycoplasmas and Bartonella in wild and sinantropic rodent spleen samples distributed in five Brazilian biomes. For this purpose, 500 rodent samples belonging to 51 species distributed in 13 states were analyzed. Among 457 DNA samples positive to PCR assays based on the Interphotoreceptor retinoid binding protein [IRBP] or Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [GAPDH]) genes, 100 (21.9%) were positive to Mycoplasma spp. by cPCR based on 16S rRNA gene. The phylogenetic analysis of 24 sequences of the 16S rRNA gene showed the presence of ten different clusters, which grouped within the Mycoplasma haemofelis group. The phylogenetic position associated with the low percentage of identity between the sequences amplified in the present study and those previously deposited in Genbank suggest the circulation of new hemoplasmas species in rodents in Brazil. Additionally, 117 (25.6%) samples were positive to Bartonella sp. by qPCR. The diversity analysis of the gltA gene sequences showed the presence of 15 haplotypes. The phylogenetic relationships between the sequences of gltA gene showed that Bartonella species detected in rodents in Brazil is closely related to Bartonella sp. namely phylogenetic group A detected in the rodents belonging to Cricetidae family in North America, probably constituting only one species, or a complex of species. On the other hand, the amplified sequences by additional cPCR assays based on ftsZ, groEL and pap-31 genes were phylogenetically positioned to Bartonella vinsonii complex. Finally, the Bartonella sequences amplified in the present study formed a monophyletic and widespread group in seven different species of rodents sampled in three biomes. These findings suggest a probable dominance of this genotype among wild rodents in Brazil. Co-positivity was observed in 41 (9%) of rodents sampled. The presente study demonstrated using molecular methods, the occurrence of hemotrophic mycoplasmas and Bartonella sp. in wild and synanthropic rodents in Brazil.

Submitted by JYAN LUCAS BENEVENUTE null (jyanbenevenutte@gmail.com) on 2017-04-18T12:52:17Z No. of bitstreams: 1 Jyan Lucas Benevenute DISSERTAÇÃO.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Rejected by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: No campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” foi informado que seria disponibilizado o texto completo porém no campo “Data para a disponibilização do texto completo” foi informado que o texto completo deverá ser disponibilizado apenas 12 meses após a defesa. Caso opte pela disponibilização do texto completo apenas 12 meses após a defesa selecione no campo “Versão a ser disponibilizada online imediatamente” a opção “Texto parcial”. Esta opção é utilizada caso você tenha planos de publicar seu trabalho em periódicos científicos ou em formato de livro, por exemplo e fará com que apenas as páginas pré-textuais, introdução, considerações e referências sejam disponibilizadas. Se optar por disponibilizar o texto completo de seu trabalho imediatamente selecione no campo “Data para a disponibilização do texto completo” a opção “Não se aplica (texto completo)”. Isso fará com que seu trabalho seja disponibilizado na íntegra no Repositório Institucional UNESP. Por favor, corrija esta informação realizando uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2017-04-18T12:59:21Z (GMT) / Submitted by JYAN LUCAS BENEVENUTE null (jyanbenevenutte@gmail.com) on 2017-04-18T13:10:19Z No. of bitstreams: 1 Jyan Lucas Benevenute DISSERTAÇÃO.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-04-18T13:12:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 benevenute_jl_me_jabo.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T13:12:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 benevenute_jl_me_jabo.pdf: 2243221 bytes, checksum: 73e247ea0e0661031eef2500c7ca6f1c (MD5) Previous issue date: 2017-02-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Embora novos genótipos de agentes Anaplasmataceae vêm sendo detectados em carnívoros selvagens, aves selvagens e cervídeos no Brasil, poucos são os estudos acerca da circulação destes patógenos em pequenos mamíferos em nosso território. O presente trabalho teve como objetivo investigar a presença de DNA de Ehrlichia e Anaplasma em roedores amostrados no Brasil. Entre 2000 e 2011, diferentes espécies de roedores [n = 60] foram capturadas em cinco biomas brasileiros. As amostras de baço de roedores foram submetidas a extração de DNA utilizando um kit comercial. A presença de DNA de Ehrlichia e Anaplasma foi investigada utilizando ensaios de PCR em tempo real e convencionais dirigidos a vários genes. Dentre as 458 amostras de baço de roedores testadas, 0,44% (2/458) mostraram-se positivas para Ehrlichia spp. e 2,40% (11/458) para Anaplasma spp., pelos ensaios de PCR em Tempo Real multiplex baseados no gene groESL. A quantificação média do número de cópias de um fragmento do gene groESL por microlitro variou de 1,071 x 102 a 2,808 x 102 cópias para Ehrlichia spp. e 1,123 x 100 a 1,310 x 102 para Anaplasma spp. Pelos ensaios de PCR convencional baseados no gene 16S rRNA, 1,09% (5/458) das amostras mostraram-se positivas para Ehrlichia sp. e 1,97% (9/458) para Anaplasma sp. Análises filogenéticas de máxima verossimilhança baseada em um fragmento de 546 pb do gene 16S rRNA posicionaram os genótipos de Anaplasma detectados em roedores próximos a A. phagocytophilum ou isolados de A. marginale e A. odocoilei. Por outro lado, os genótipos de Ehrlichia detectados em roedores amostrados mostraram-se intimamente relacionados com E. canis com base na análises filogenéticas de um fragmento de 358 pb do gene 16S rRNA. O presente estudo mostrou baixa ocorrência de Anaplasma e Ehrlichia em roedores no Brasil. / Although new genotypes of Anaplasmataceae agents have been detected in wild carnivores, wild birds and deer in Brazil, few reports have been done in order to assess the circulation of these pathogens in small mammals in our territory. The present work aimed to investigate the presence of Ehrlichia and Anaplasma in rodents sampled in Brazil. Between 2000 and 2011, different rodent species [n=60] were trapped in five Brazilian biomes. Rodents' spleen samples were submitted to DNA extraction using a commercial kit. The presence of Ehrlichia and Anaplasma DNA was investigated using real time and conventional PCR assays targeting several genes. Among 458 rodent tested spleen samples, 0.44% (2/458) were positive for Ehrlichia spp. and 2.40% (11/458) for Anaplasma spp., by a multiplex qPCR assay based on groESL gene. The mean quantification of the number of copies of 83pb groESL gene fragment per microliter ranged from 1,071 x 102 to 2,808 x 102 copies for Ehrlichia spp., and 1,123 x 100 to 1,310 x 102 for Anaplasma spp. Out of 458 samples tested, 1.09% (5/458) were positive for Ehrlichia sp. and 1.97% (9/458) for Anaplasma sp. by cPCR assays based on 16S rRNA gene. Maximum Likelihood phylogenetic analyse based on 546pb fragment of 16S rRNA gene positioned the Anaplasma genotypes detected in rodents near to A. phagocytophilum or A. marginale and A. odocoilei isolates. On the other hand, the Ehrlichia genotypes detected in sampled rodents were closely related to E. canis, according to the phylogenetic analyses based on 358pb 16S rRNA gene fragment. The present study showed a low occurrence of Anaplasma and Ehrlichia in rodents in Brazil. / CNPq: 133907/2015-5

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_angela_rohr.pdf: 1097467 bytes, checksum: 6a58273c690b74d83e088521e72f61ff (MD5) Previous issue date: 2012-03-30 / The potato is the third major food crop in the world and is one of the most sensitive species to water deficit. Given the climate change scenario, the cultivation of potatoe is highly threatened, and it is urgent the need to develop varieties adapted to this demand. This work was developed aiming to characterize the genetic structure of the potato germplasm from Embrapa breeding program and to evaluate the response of potato genotypes to water deficit in two growing seasons. To evaluate the genetic structure from potato germplasm, 131 genotypes were characterized with seven SSR loci. The results showed that although the evaluated germplasm has shown a wide and unstructured genetic variability, there is a trend of narrowing the genetic base that is actually being used by the breeding program. To evaluate the response of potato genotypes to drought stress, 12 genotypes were evaluated in two seasons, spring and fall, in hydroponic culture using polyethyleneglycol to simulate a water deficit of -0.129 MPa. The genotypes were evaluated with respect to various morphological and agronomic characters, such as root and shoot dry weight as well as number of tubers produced per plant. Based on the results of this work can be seen that the potato genotypes respond differently to drought stress depending on the growing season that it is cultivated, if spring or fall. It was also found that the negative effect of drought stress in tuber development and yield is more pronounced in spring season than in autumn. / A batata é o terceiro principal alimento no mundo e é um dos cultivos mais sensíveis ao déficit hídrico. Diante do cenário de mudanças climáticas o cultivo de batata está fortemente ameaçado, sendo urgente a necessidade de desenvolver variedades adaptadas a essa demanda. Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de caracterizar a estrutura genética do germoplasma usado pelo programa de melhoramento da Embrapa e avaliar a resposta de genótipos de batata submetidos ao déficit hídrico em duas épocas de cultivo. O primeiro trabalho, para caracterizar a estrutura genética do germoplasma do programa de melhoramento de batata da Embrapa foi caracterizado 131 genótipos com sete loci SSR. Como resultado, embora o germoplasma avaliado tenha mostrado uma ampla variabilidade genética e não estruturada, há uma tendência de estreitamento da base genética que está efetivamente sendo utilizada pelo programa. No segundo trabalho, com o objetivo de verificar a resposta de genótipos de batata ao estresse hídrico foram avaliados doze genótipos, em duas épocas, primavera e outono, em cultivo hidropônico com o uso de polietilenoglicol simulando um déficit hídrico -0,129 Megapascal (MPa). Durante o experimento foram mensurados vários caracteres morfo-agronômicos, como a massa seca de raiz e de parte aérea e o número e massa seca de tubérculos produzidos por planta. Com base nos resultados obtidos foi constatado que os genótipos de batata respondem diferencialmente ao estresse hídrico dependendo da época de cultivo, se primavera ou outono. Também foi observado que o estresse hídrico provoca um efeito negativo no desenvolvimento e produção de tubérculos sendo que esse efeito é mais pronunciado no cultivo de primavera do que no outono.

Submitted by CRISTIANE MARIA FERNANDES DE MELO (crisalicemelo@gmail.com) on 2018-04-23T12:15:44Z No. of bitstreams: 1 MELO, C.M.F_TESE.pdf: 4639815 bytes, checksum: 188d6576ee59b2ae0d697aa8640ecc4c (MD5) / Approved for entry into archive by Alexandra Maria Donadon Lusser Segali null (alexmar@fcav.unesp.br) on 2018-04-25T12:32:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 melo_cmf_dr_jabo.pdf: 4639815 bytes, checksum: 188d6576ee59b2ae0d697aa8640ecc4c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-25T12:32:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 melo_cmf_dr_jabo.pdf: 4639815 bytes, checksum: 188d6576ee59b2ae0d697aa8640ecc4c (MD5) Previous issue date: 2018-03-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os parâmetros sanguíneos de animais domésticos e selvagens diferem em relação às localidades no mundo. Este trabalho teve como objetivo pesquisar a presença de hematozoários e determinar os parâmetros hemostáticos, hematológicos e bioquímicos sanguíneos de macacos bugios de cativeiro no Estado de São Paulo, sudeste do Brasil. Para realização do hemograma e das análises moleculares dos macacos bugios foi colhido sangue em tubos contendo K2EDTA de 68 primatas Alouatta, sendo (Alouatta guariba clamitans, Alouattta caraya e Alouatta spp. de cativeiro). Para as análises bioquímicas e eletroforese de proteínas, foi colhido sangue em tubos contendo ativador de coágulo de 40 macacos bugios para o proteinograma e 29 para as demais análises bioquímicas. Por fim, para avaliação dos parâmetros hemostáticos foi colhido sangue de 30 macacos Alouatta em tubos contendo citrato de sódio a 3,2%. Os resultados obtidos no hemograma de 27 Alouatta caraya e 15 Aloautta guariba clamitans saudáveis foram estatisticamente diferentes na contagem global de hemácias. Nas análises bioquímico-séricas dos bugios hígidos das espécies estudadas, os resultados referentes às dosagens de creatinina, ureia e fosfatase alcalina não apresentaram diferenças estatísticas, porém em relação às dosagens de ALT, os valores foram significativamente diferentes. Quanto ao eletroforetograma das espécies de bugios hígidos, ocorreram diferenças estatísticas apenas na dosagem de proteína total. Nos parâmetros hemostáticos entre espécies de bugios saudáveis, os resultados referentes a contagem de plaquetas, concentração de fibrinogênio plasmático, tempo de tromboplastina parcial ativada e tempo de protrombina não foram significativamente diferentes. Nesta pesquisa, dos 68 macacos bugios avaliados através da PCR convencional, 18 (26,47%) foram positivos para Mycoplasma spp. para o gene 16S rRNA e 1 (5,55%) para o gene RNAse P. Mas, na cPCR para Bartonella spp. para o gene glta a população amostrada de bugios foi negativa. O estudo mostrou que a infecção dos macacos bugios aproximou-se de um genótipo filogeneticamente associado a “Candidatus Mycoplasma kahanei”. Nas condições do presente estudo, os resultados obtidos dos primatas Alouatta caraya e Alouatta guariba clamitans hígidos podem ser úteis como fonte de consulta para outros pesquisadores, quanto aos parâmetros hematológicos, bioquímicos sanguíneos e hemostáticos. Os resultados obtidos pela PCR convencional mostraram que espécies de hemoplasmas circulam entre primatas Alouatta de cativeiro no Estado de São Paulo, Brasil. / The blood parameters of domestic and wild animals differ in relation to the localities of the world. The objective of this study was to investigate the presence of hematozoars and to determine the hemostatic parameters, hematological parameters and blood biochemical of howler monkeys of captive in the State of São Paulo, Southeastern Brazil. For realization hematological and molecular analyzis of howler monkeys, blood was collected in K2EDTA from 68 captive primates Alouatta (Alouatta guariba clamitans, Alouattta caraya and Alouatta spp.). Blood was collected in tubes containing clot activator, of 40 healthy howler monkeys for the proteinogram and 29 for the blood biochemical analyzis. Finally, to evaluate the hemostatic parameters, blood was collected from 30 healthy howler monkeys in tubes containing 3.2% sodium citrate. In the biochemical-serum analyzes of the healthy howler monkeys of the species studied, the results regarding the creatinine, urea and alkaline phosphatase dosages showed no differences statistics, but in relation to the dosages of ALT the values were significantly different. As for the electrophoretogram of the healthy monkeys, the results were statistical differences only in the total protein. In the hemostatic parameters between species of healthy howler monkeys, the results about platelet count, plasma fibrinogen concentration, activated partial thromboplastin time and prothrombin time were not significantly different. In this study, of the 68 howler monkeys evaluated through conventional PCR, 18 (26.47%) were positive for Mycoplasma spp. for the 16S rRNA gene and 1 (5.55%) for the RNAse P gene. But in cPCR for Bartonella spp. for the glta gene the sampled population of howler monkeys was negative. The study showed that the howler monkeys infection approached a genotype phylogenetically associated with "Candidatus Mycoplasma kahanei". Under the conditions of the present study, the results obtained from the Alouatta caraya and Alouatta guariba clamitans healthy can be useful as a source of consultation for other researchers about parameters hematological, blood biochemical and haemostatic. The results obtained by conventional PCR showed that hemoplasm species circulate among Alouatta captive in the State of São Paulo, Brazil.