Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-08-02Bitstream added on 2014-06-13T19:46:52Z : No. of bitstreams: 1 costa_mr_me_jabo.pdf: 565961 bytes, checksum: c8eff938fb73584dff30e69ce86bede4 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O crescimento da produção e o aumento da capacidade competitiva da soja brasileira estão associados aos avanços científicos e à disponibilização de tecnologias ao setor produtivo. A fim de maximizar os benefícios da FBN, o estudo da diversidade genética de Bradyrhizobium japonicum e Bradyrhizobium elkanii relacionada com diferentes sistemas de manejo da cultura da soja é imprescindível para entender as interações entre a população de rizóbios presentes no solo com as estirpes de inoculantes em ambientes diferentes. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de rizóbios em solos cultivados com soja sob diferentes sistemas de manejo caracterizados com rotação e sucessão de culturas recomendadas para o estado de Mato Grosso do Sul. A partir de amostras de DNA extraídos destas bactérias foi utilizado o marcador molecular fAFLP para estimar a diversidade genética dos 119 isolados de nódulos de soja, e em seguida realizado o sequenciamento parcial do gene 16S rDNA para definir a posição das bactérias em nível de gênero e, em alguns casos, em nível de espécie. Os resultados obtidos, com base no fAFLP, permitiu a divisão dos isolados em dois grupos. No primeiro grupo posicionaram se a maioria dos isolados do sistema plantio direto e dois representantes do sistema convencional que pertencem à safra 2006-2007. Em relação ao segundo grupo, foi observada uma heterogeneidade elevada entre os isolados de diferentes safras e sistemas de manejo (convencional, plantio direto e sistema integrado lavoura pecuária. Com a análise de diversidade genética com base no sequenciamento do gene 16S rDNA, as sequências das 42 estirpes (incluindo as estirpes padrões recomendadas para a fabricação de inoculantes para soja) foi constatado a formação de 2 filos: Proteobactérias... / The growth of crop production and increased competitiveness of Brazilian soybean are associated with scientific advances and the availability of technology to the productive sector. In order to maximize the benefits of BNF, the study of genetic diversity of Bradyrhizobium japonicum and Bradyrhizobium elkanii related to different management systems of the soybean crop is essential to understand the interactions between the population of rhizobia in the soil with the inoculant strains in different environments. The objective of this study was to assess the genetic diversity of rhizobia in soils cultivated with soybean under different management systems characterized by crop rotation and succession recommended for the state of Mato Grosso do Sul. Fluorescent AFLP molecular marker was used to estimate the genetic diversity of 119 isolates from soybean nodules. Samples of DNA extracted from these bacteria were used and partial sequencing of the 16S rDNA was performed to define the position of bacteria at genus level and, in some cases, species level. The results, based on fAFLP, allowed the division of the isolates into two groups. Most isolates of the no-tillage system and two isolates from the conventional system that belong to the 2006-2007 season represented the first group. The second group was represented by a high heterogeneity among the isolates from different crops and management systems (conventional, no-tillage and integrated crop-livestock). The analysis of genetic diversity based on the sequencing of the 16S rDNA of forty-two strains (including standard strains recommended for the production of inoculants for soybeans) allowed the formation of two phyla: Proteobacteria (with the alpha, beta and gamma classes) and Firmicutes. Also a sister group of Firmicutes was... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3209236 bytes, checksum: 730f245d59f62f2daccf53d9d6fb9b93 (MD5) Previous issue date: 2010-07-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Lactic acid bacteria (LAB) can be infected and lysed by an extensive range of bacteriophages, which is recognized as the main cause of failure or slow fermentation in the modern dairy industry. Contaminated fermentation processes affect product quality or even cause its complete loss. Although technological advances have reduced the incidence of these infections, they certainly do not eliminated it. The objective of this work was the isolation, identification and molecular characterization of lytic bacteriophages of Lactococcus lactis from sera from lactic fermentation. For this, serum samples were collected from three different dairies facilities. From one of them, were isolated 17 bacteriophages, which were propagated in L. lactis grown in GM17 medium and molecularly characterized using the techniques of multiplex PCR, DNA restriction profile, protein profile, transmission electron microscopy, cloning and sequencing. The extraction of the genome of bacteriophages isolated and its analysis revealed a strand of DNA of 48 kb for phage LIMG1 and 42 kb for phage LIMG4, while phage protein profile allowed the distinction of four groups, and the differentiation between them was consistent with the sample from which they were isolated. The PCR, coupled to microscopic analysis, confirmed the presence of members of the group 936-type phages, Siphoviridae family, the most abundant in dairy products worldwide. Phages contain isometric heads with 50 nm in diameter and a 180 nm long tail, without basal plate. The amplified sequence of isolate LIMG1 revealed high identity with other members of 936-type phages, although two punctual mutations had differed LIMG1 from the others. / Bactérias do Ácido Láctico (BAL) podem ser infectadas e lisadas por uma extensa faixa de bacteriófagos, o que constitui reconhecidamente a principal causa de fermentação falha ou lenta na indústria de laticínios moderna. Processos fermentativos contaminados prejudicam a qualidade do produto ou causam até mesmo sua perda completa. Embora avanços tecnológicos tenham reduzido a incidência destas infecções, eles certamente não as eliminaram. Assim, o objetivo deste trabalho foi o isolamento, identificação e caracterização molecular de bacteriófagos líticos de Lactococcus lactis a partir de soros provenientes de fermentações lácticas. Para isto, amostras de soro foram coletadas em três diferentes laticínios e, a partir deles, foram isolados 17 bacteriófagos, os quais foram propagados em L. lactis cultivado em meio GM17 e caracterizados molecularmente utilizando-se as técnicas de multiplex PCR, perfil de restrição enzimática de DNA, perfil proteico, microscopia eletrônica de transmissão, clonagem e sequenciamento. A extração do genoma dos bacteriófagos isolados e sua análise revelaram uma fita de DNA de 48 kb para o isolado LIMG1 e 42 kb para o isolado LIMG4, enquanto o perfil de proteínas dos fagos permitiu a distinção de quatro grupos, sendo que a diferenciação entre eles foi condizente com a amostra da qual foram isolados. A técnica de PCR, associada à análise microscópica, confirmou a presença de fagos do grupo 936, família Siphoviridae, o mais abundante em laticínios em todo o mundo. Foram encontrados fagos de cabeça isométrica de 50 nm de diâmetro e caudas longas de cerca de 180 nm de comprimento, sem placa basal. O sequenciamento do genoma do isolado LIMG1 revelou alta identidade com outros representantes do grupo 936, embora tenham sido encontradas duas mutações pontuais que o diferenciaram dos demais.

O vírus da imunodeficiência felina (FIV) é um lentivirus que infecta gatos domésticos (Felis catus), causando uma imunodeficiência progressiva análoga a AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida Humana). A ampla heterogeneidade molecular do FIV e a alta capacidade de promover mutações sob pressões imunológicas, farmacológicas ou ambientais são características inerentes aos lentivirus. A identificação do subtipo de vírus e o conhecimento da diversidade genética das cepas circulantes são fundamentais para o desenvolvimento estratégico de vacinas capazes de resultar na imunização do hospedeiro e no estabelecimento de testes diagnósticos. Objetivando isolar o material genético e realizar a caracterização molecular do vírus da imunodeficiência felina foram coletadas e analisadas amostras de sangue periférico de felinos portadores do FIV, co-habitantes de um abrigo aberto de felinos, em São Paulo, SP, em quatro momentos distintos, T0 (zero), no momento inicial da avaliação e seis, dez e quinze meses após a coleta inicial, correspondendo aos momentos T1, T2 e T3, respectivamente. Foram realizados testes hematológicos e bioquímicos nas quatro coletas com a finalidade de avaliar a evolução clínica da infecção. Adicionalmente foi realizado um estudo de variabilidade genética do FIV, com base no sequenciamento dos produtos amplificados dos gene env obtidos no estudo. Os envelopes clonados foram utilizados para transfectar células resultando na expressão das proteínas do envelope que possibilitaram estudos com os receptores celulares utilizados pelos isolados brasileiros. As análises das seqüências virais mostraram que todas as amostras, do abrigo, pertencem ao subtipo B. Foi observado um baixo percentual de mudança, da região estudada do vírus entre as quatro coletas. O fenômeno de "quasispecies" virais, bastante estudado no HIV, pode ser documentado em nossas amostras. Nos exames hematológicos e bioquímicos; hematócrito, hemoglobina, contagem total de leucócitos, proteína total e gamaglobulinas; dos animais infectados pelo FIV observou-se mudanças entre a primeira e quarta coleta demonstrando assim a importância dos testes utilizados no acompanhamento da infecção pelo FIV. Com relação aos dados com os receptores do FIV, os resultados apontam uma menor complexidade na interação entre os envelopes dos isolados do estudo com o receptor CD134 para proceder a infecção quando comparados com cepas virulentas do FIV. / FIV is an important viral pathogen that infects the domestic cat and causes a slow progressive degeneration of the immune system which eventually leads to a disease comparable to acquired immune deficiency syndrome (AIDS) in humans. Similar to all retroviruses, FIV has a relatively high evolutionary rate and genomic heterogeneity. The determination of subtype and the knowledge of genetic diversity of the current strains are very important to developing a protective vaccine and for the routine diagnosis of infection. The aim of this study was to isolate and characterize samples of feline immunodeficiency virus from cats from an open shelter in Sao Paulo, Brazil. All cats infected with FIV from this shelter were sampled on August 26th, 2007 (T0) and also six (T1), ten (T2) and fifteen (T3) months after the basal sampling (T0). In each sample, blood was analyzed for the following: complete hematology, clinical chemistry and serum protein electrophoresis. Hematological and clinical chemistry parameters were analyzed to determine laboratory parameters characteristic of disease progression which allow a better description of the chronic phase of the infection. Furthermore, analyses of the variants from each sample were performed in order to estimate the degree of divergence following infection with Brazilian strains. The FIV envelope glycoprotein gene from Brazilian FIV isolates cloned were transfected to investigate the receptor usage. The sequences of all virus of the study belong to subtype B. Little sequence variation was observed in circulating viruses between the samples from each infected cat. Quasispecies of FIV have been detected in this study. The following hematological and clinical chemistry parameters were changed in the FIV-infected cats between the first blood sampling and last blood sampling: packed cell volume (PCV), hemoglobin, total white blood cells (WBC), total protein and gamma globulin fractions. Monitoring of hematological and clinical chemistry parameters may prove useful for the evaluation of disease progress. Regarding receptors, our data are consistent with isolates of the study requiring a less complex interaction with CD134 for infection to proceed compared to the virulent FIV isolates.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 eleilza.pdf: 788700 bytes, checksum: 7900cf61a2a7a4d6a517f73e27656735 (MD5) Previous issue date: 2006-04-03 / Larvicidal activity of B. sphaericus from several places in Amazonia, was estimated to Anopheles darlingi and Culex quinquefasciatus. Pobit analysis was used to determine the median lethal concentration (LC50) and potency relative to the 2362 standard strain. Findings pointed out strains IB15 (LC50 = 0.040 ppm), IB19 and S1116 (LC50 = 0.048 ppm), IB16 (LC50 = 0.052 ppm) and S265 (LC50 = 0.057 ppm) as the most effective ones, being IB15 with a potency of close to 50%, higher to strain 2362 in the assays carried out with A. darlingi. IB16 and S1116 were more potent in the experiments with C. quinquefasciatus, showing to be nearly 300-400% higher. Through molecular characterisation were diagnosed the binary toxin gene in all twenty studied stains and MTX1 toxin was found only on fourteen of them. Twenty-three polymorphic sites on the sequences were observed on the basis of the BinA sequences, being only four of them informative for the parsimony. As a whole, ten haplotypes were obtained amongst the Amazonian strains, being haplotype 1 (nine strains) similar to that of 2362 (Type 2) and the rest presenting distinct sequences. The 16 polymorphic sites observed on the aminoacid sequences resulted into 19 variant aminoacids and, on the basis of the genetic distance among the strains, it was not possible to establish a correlation between variations on BinA toxin sequences and toxicity level, as well as precedence of the strains. As B. sphaericus raises biotechnological interest in the production of biolarvicides, IB15 strain microbial growth in NYSM medium during 24h of fermentation, was studied. It was found that IB15 presented a growth profile similar to 2362 strain to prduction of cells, spores, biomass and larvicidal activity throughout fermentation, with no statistically significant differences. At the end, 1.61x109 spores.mL-1 was obtained with IB15 and 6.46x108 spores.mL-1 with 2362. LT50 values were similar, being in average 2.5h in the experiments with one culture of the bacillus at the end of 24 hours. Strain IB15 showed to be suitable for growth in NYSM medium, presenting desirable levels of production of spores and toxins throughout fermentation. Further studies are needed on the large-scale production with that strain for the development of biolarvicides. Therefore, with the findings obtained in this study, one verifies the great importance of mosquito biological control with the use of entomopathogenic bacteria, showing to be a viable complement or alternative on the control of vector mosquitoes in Amazonia. / A atividade larvicida de B. sphaericus, procedentes de diversas localidades da Amazônia, foi estimada por meio de bioensaios com Anopheles darlingi e Culex quinquefasciatus. Pela análise de Probit foi determinada a concentração letal mediana (CL50) e a potência em relação à estirpe padrão 2362. Os resultados apontaram as estirpes IB15 (CL50 = 0,040 ppm), IB19 e S1116 (CL50 = 0,048 ppm), IB16 (CL50 = 0,052 ppm) e S265 (CL50 = 0,057 ppm) como mais efetivas, sendo IB15 com potência cerca de 50% superior à estirpe 2362 nos bioensaios realizados contra A. darlingi e IB16 e S1116 mais potentes nos testes com C. quinquefasciatus, mostrando-se cerca de 300-400% superiores. Na caracterização molecular o gene da toxina binária foi diagnosticado em todas as estirpes estudadas e a toxina MTX1 foi observada em apenas quatorze estirpes. Com base nas sequências de BinA, foram observados 23 sítios polimórficos nas sequências, sendo apenas quatro informativos para parcimônia. Ao total obteve-se dez haplótipos entre as estirpes da Amazônia, sendo o haplótipo 1 (nove estirpes) similar a 2362 (Tipo 2) e o restante com sequências distintas. Os 16 sítios polimórficos observados nas sequências de aminoácidos resultaram em 19 aminoácidos variantes e, com base na distância genética, não foi possível estabelecer uma correlação entre variações nas sequências da toxina BinA e o nível de toxicidade, bem como a procedência das estirpes. Como B. sphaericus desperta um interesse biotecnológico na produção de biolarvicidas para controle de mosquitos vetores, foi estudado o crescimento microbiano da estirpe IB15 em meio NYSM, durante 24 horas de fermentação. IB15 apresentou um perfil de crescimento semelhante à estirpe 2362 quanto às produções de células, esporos, biomassa e em atividade larvicida ao longo da fermentação. Ao final, obteve-se 1,61x109 esporos.mL-1 com IB15 e 6,46x108 esporos.mL-1 com 2362. Os valores de TL50 foram semelhantes, sendo em média 2,5h nos testes com uma cultura do bacilo ao final de 24 horas. A estirpe IB15 demonstrou ser adequada para crescimento em meio NYSM, apresentando níveis desejados de produção de esporos e toxinas ao longo da fermentação. São necessários estudos complementares sobre produção em grande escala com essa estirpe para o desenvolvimento de biolarvicidas. Portanto, com os resultados obtidos nesse trabalho, verifica-se a grande importância do controle biológico de mosquitos com o emprego de bactérias entomopatogênicas, mostrando ser uma alternativa ou complemento viável no controle de mosquitos vetores na Amazônia.

A criptosporidiose é considerada uma das principais infecções por protozoários em aves, e já foi descrita em mais de 30 espécies de aves de várias Ordens, como Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes e Struthioniformes. Três espécies de Cryptosporidium infectam aves: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli e Cryptosporidium meleagridis. Além dessas espécies, há vários genótipos distintos geneticamente das espécies de Cryptosporidium já descritas em aves, como os genótipos I, II, III e IV de aves. Há vários relatos de infecção por Cryptosporidium nos tratos gastrintestinal, respiratório e na bursa de Fabricius, resultando em perdas econômicas e mortalidade. O objetivo desse estudo foi a detecção de Cryptosporidium e sua caracterização molecular, em amostras de fezes de aves domésticas e de aves exóticas mantidas em cativeiro no Brasil. Foram coletadas 966 amostras de fezes de 18 famílias de aves. As amostras foram conservadas em solução de dicromato de potássio 2,5% a 4º C, até o processamento. Para purificação e concentração dos oocistos, foi utilizada a técnica de centrífugo-flutuação em solução de Sheather seguida de análise microscópica, em 463 amostras, por meio da técnica de coloração negativa com verde malaquita e de extração do DNA genômico dos oocistos, em amostra positivas à microscopia, ou, alternativamente, a extração de DNA foi realizada, sem a realização prévia de microscopia, em outras 503 amostras. A análise molecular foi realizada por meio da reação de nested-PCR, para amplificação de fragmentos da subunidade 18S do gene do RNA ribossômico e do gene da actina. Foi observada amplificação para Cryptosporidium em 47 (4,86 %) amostras. O sequenciamento dos fragmentos amplificados possibilitou a identificação das três espécies que infectam aves: C. galli> em canário (Serinus canaria), galinha doméstica (Gallus gallus domesticus) e calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis e C. baileyi em galinha doméstica (G. g. domesticus), Cryptosporidium genótipo I de aves em pavão azul (Pavocristatus) e canário (Serinus canaria), Cryptosporidium genótipo III de aves em agapornis (Agapornis roseicolis) e calopsita (N. hollandicus) e Cryptosporidium genótipo II de aves em avestruzes (Struthio camelus). / Cryptosporidiosis is considered a major protozoan infection in birds, and has been described in more than 30 species of birds of various orders, as Anseriformes, Charadriformes, Columbiformes, Galliformes, Passeriformes, Psitaciformes and Struthioniformes. Three species of Cryptosporidium are considered valid in birds: Cryptosporidium baileyi, Cryptosporidium galli and Cryptosporidium meleagridis. Besides these species, there are several genotypes genetically distinct from the species of Cryptosporidium described in birds, as avian genotypes I, II, III and IV. There are several reports of gastrointestinal, respiratory and bursa of Fabricius infections in birds, resulting in major economic losses and mortality. The aim of this study was the detection and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in fecal samples of domestic birds and in exotic birds kept in captivity in Brazil. A total of 966 samples from 18 families of birds were collected and stored in 2.5% potassium dichromate solution at 4º C until processing. Oocysts were purified in Sheather sugar solution following microscopic analyses, in 463 samples, by malachite green negative stain and extraction of genomic DNA of oocysts in samples positive by microscopy or, alternatively, DNA extraction was accomplished without previous microscopic analyses in another 503 samples. Molecular analyses were performed using n-PCR for amplification of fragments of the 18S subunit of rRNA gene and of the actin gene. It was observed amplification for Cryptosporidium DNA fragments in 47 (4.86%) samples. Sequencing of amplified fragments and phylogenetic analyses allowed the identification of the three species that infect birds: C. galli in canaries (Serinus canaria), domestic chicken (Gallus gallus domesticus) and calopsita (Nymphicus hollandicus), C. meleagridis and C. baileyi in domestic chicken (G. g. domesticus), Cryptosporidium avian genotype I in peacock (Pavo cristatus) and canary (Serinus canaria), Cryptosporidium avian genotype III in agapornis (Agapornis roseicolis) and cockatiel (N. hollandicus), and Cryptosporidium avian genotype II in ostriches (Struthio camelus).

Giardia duodenalis é um protozoário entérico de distribuição mundial responsável por causar a giardíase em uma grande variedade de mamíferos, incluindo os humanos. É considerada uma espécie complexa, no qual os isolados podem ser classificados em sete agrupamentos genéticos distintos apesar de serem morfologicamente indistinguíveis. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genotípica de isolados de G. duodenalis provenientes de humanos naturalmente infectados, residentes em cidades do litoral de São Paulo, na Baixada Santista. A caracterização molecular de 43 isolados pelo seqüenciamento parcial de genes codificadores da enzima glutamato-desidrogenase (gdh) e da proteína beta-giardina (bg) mostrou que o assemblage B da G. duodenalis é o mais freqüente na região litorânea, ocorrendo em 53,5% (n=23) das amostras, sendo o assemblage A identificado em 34,8% (n=15). A maioria das seqüências obtidas pelo gene gdh se mostrou polimórfica, caracterizada por picos duplos de nucleotídeos em algumas posições em cromatograma e quando a análise dos dois genes foi combinada cinco isolados apresentaram identidades diferentes. A esses fenômenos duas explicações são atribuídas, infecção mista ou heterozigose de seqüência alélica. As análises filogenéticas mostraram que o gene bg é mais conservado que o gene gdh, não sendo capaz de discriminar os sub-agrupamentos que constituem os Assemblages do parasita. Com base nos resultados apresentados podemos concluir que a participação de genótipos zoonóticos é relevante na epidemiologia das giardíases nos indivíduos residentes das cidades litorâneas do estado de São Paulo e que estudos de caracterização molecular da G. duodenalis são indispensáveis para melhor conhecimento da epidemiologia desta infecção. / Giardia duodenalis is an enteric protozoa of global distribution responsible for causing giardiasis in a wide range of mammals including humans. Is considered complex specie in which the isolates can be classified in different genetic groups despite to be morphologically indistinguishable. The purpose of this study was evaluating the genetic variability of G. duodenalis isolates from humans naturally infected residents in the coast cities of Sao Paulo, in Baixada Santista. The molecular characterization of 43 isolates using the gene encoding glutamate-desidrogenasi enzyme (gdh) and beta-giardin protein (bg) showed that the assemblage B is the most common in the coast region, occurring in 53.5% (n=23) samples, the assemblage A was identified in 34.8% (n=15). Most sequences obtained by the gdh gene showed polymorphism, characterized for double peaks of nucleotides in some chromatogram positions and when the analysis of two genes was combined five isolates were differently identified. For this phenomena can be attributed two explanations, mixed infections or heterozygosis allelic sequence. The phylogenetic analysis showed that bg gene is more conserved than gdh gene, not being able to discriminate the sub-groups of parasite assemblages. Based on the presented results we can conclude the participation of zoonotic genotypes is important in the epidemiology of giardiasis in residents of the coast cities of Sao Paulo state and molecular characterization studies of G. duodenalis are essential for better understanding the epidemiology of this infection.

Este trabalho teve como objetivos a identificação de sequências 18S rDNA amplificadas de Cryptosporidium spp. de diversas espécies de hospedeiros e avaliar variabilidade em sequências gênicas deste lócus, com vistas ao desenho de sondas moleculares com melhor eficiência diagnóstica para detecção e identificação deste parasito. Foram coletadas 392 amostras de animais domésticos (bovinos, eqüinos, suínos, ovinos, cães e felinos) de 98 propriedades rurais do município de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, 474 de aves silvestres de cativeiro de diversas famílias, provenientes de criadouros comerciais do Estado de São Paulo e criadas como estimação, 141 de sagüis de cativeiro do Estado de São Paulo, e 24 de humanos imunodeprimidos provenientes de hospital do município de São Paulo. As amostras foram submetidas a prova coproparasitológica e molecular para detecção e identificação de Cryptosporidium. Alinhamentos múltiplos obtidos de seqüências 18S rDNA de Cryptosporidium spp. determinadas neste estudo e de sequências recuperadas do Genbank foram analisados visualmente para a definição das regiões polimórficas. Após a definição das regiões polimórficas, foram realizadas análises filogenéticas empregando-se separadamente cada uma delas. Pelo exame coproparasitológico foi encontrado positividade em amostras de nove (4,57%) bovinos, três (11,11%) cães, 41 (8,64%) aves silvestres, 13 (9,20%) sagüis e todas as de humanos. As outras espécies de animais domésticos não apresentaram positividade para o parasita no exame coproparasitológico. Nos bovinos foi encontrado o Cryptosporidium Andersoni, em cães o Cryptosporidium canis, em sagüis o Cryptosporidium parvum e em humanos, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Dentre as amostras de aves nenhuma foi identificada como Cryptosporidium meleagridis. As amostras de curiós (Oryzoborus angolensis) foram classificadas como Cryptosporidium galli, com exceção de uma, identificada como Cryptosporidium baileyi. C. galli foi encontrado também em um Sabiá Laranjeira (Turdus rufiventris), um Picharro (Saltator similis), dois canários e um Pintassilgo (C. carduelis). C. baileyi foi encontrado em um pintassilgo (Carduelis carduelis) um Pichochó (Sporophila frontalis), um Galo da Campina (Paroaria dominicana) e dois Canários (Sicalis flaveola). Pelos resultados, duas regiões polimórficas em sequência 18S rDNA de Cryptosporidium spp. (denominadas regiões 1 e 3) permitiram discriminar as diferentes espécies neste gênero de parasita, podendo ser utilizadas isoladamente como marcadores moleculares para identificação molecular dentro deste gênero. Saguis (Chalitrix spp.) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium parvum apresentando-se como um hospedeiro de importância epidemiológica para esta zoonose. Curiós (O. angolensis) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium galli apresentando-se como hospedeiro de importância epidemiológica para esta espécie de parasito. A não detecção de Cryptosporidium parvum em animais domésticos na região de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, mostra uma condição sanitária favorável, já que este agente é causador de importante zoonose. A presença de espécies de Cryptosporidium spp. adaptadas a animais domésticos (como o C. felis e o C. canis) em humanos na cidade de São Paulo mostra que estes animais podem desempenhar importante papel na cadeia epidemiológica da criptosporidiose humana. / The objectives of this study were to identify 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. From various species of hosts and to avaluate the variability in gene sequences of this locus, aiming the design of molecular probes with better diagnostic efficiency for the detection and identification of this parasite. It was collected 392 samples of domestic animals (cattle, horses, pigs, sheeps, dogs and cats) of 98 rural properties of Teodoro Sampaio city, São Paulo State, 474 captive wild birds of various families, from pet and comercial breeding in São Paulo State, 141 captive marmosets, of São Paulo State, and 24 immunossupressed humans from a São Paulo city hospital. The samples were submitted to coproparasitological and molecular tests for the detection and identification of Cryptosporidium. Multiple alignment of Cryptosporidium 18S rDNA sequences, that was determinated in this study and other download from GenBank were visually inspected in order to define polymorphic regions. After the definition of polymorphic regions, phylogenetic trees were reconstructed using each polymorphic region. Cryptosporidium spp. Were found by using coproparasitological tests in nine (4,57%) samples of cattle, tree (11,11%) dogs, 41 (8,64%) wild birds, 13 (9,20%) marmosets and all human samples. The other animal species were negative by coproparasitological tests. In cattle it was found Cryptosporidium andersoni, in dogs Cryptosporidium canis, in marmosets Cryptosporidium parvum and in humans, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Among the samples of birds Cryptosporidium meleagridis was not found. All the samples of lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) were classified as Cryptosporidium galli, except for that from one individual with was identified as Cryptosporidium baileyi. Cryptosporidium galli was also found in one rufous-bellied thrush (Turdus rufiventris), one green-winged saltator (Saltator similis), two saffron finch (Sicalis flaveola) and one eurasian goldfinch (Carduelis carduelis). C. baileyi was found in one eurasian goldfinch (C. carduelis), one buffy-fronted seedeater (Sporophila Frontalis), one red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and two saffron finch (S. flaveola). From the results two polymorphic regions within 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. (named as regions 1 and 3) enabled the discrimination of the different species in this genera, and then could be used alone as molecular markers for identification within this genera. Captive marmosets (Chalitrix spp.) are susceptible species for Cryptosporidium infection, presenting itself as an important source of infection for this zoonosis. Captive lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) are susceptible species for Cryptosporidium galli infection presenting itself as an epidemologic important host for this parasite. The absence of Cryptosporidium parvum in domestic animals of Teodoro Sampaio, São Paulo State, is indicative of a favorable health condition, as C. parvum is an agent causative of an important zoonosis. The presence of Cryptosporidium spp. species adapted to domestic animals (as C. felis and C. canis) in humans at São Paulo State indicate that these animals could play an important role in the epidemiology of human cryptosporidiosis.

Os recursos genéticos vegetais apresentam um valor real e potencial para a agricultura em razão da sua importância em programas de melhoramento e conservação. Este estudo teve como objetivo principal caracterizar a diversidade genética e química do germoplasma de gengibre do Departamento de Genética da ESALQ/USP, por meio de 18 descritores fenotípicos, 13 combinações de marcadores AFLP e análise da composição química do óleo essencial. O germoplasma foi formado por acessos procedentes de distintos estados brasileiros, além de algúns acessos introduzidos da Colômbia. Durante as coletas, foram entrevistados 34 agricultores de três estados: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) e Paraná (PR), constatando-se que esta espécie é cultivada principalmente por agricultores familiares cuja fonte principal de renda é a agricultura. Na análise da composição química, um total de 61 compostos foram identificados, sendo que os acessos apresentaram variabilidade química segundo a análise de variância. O óleo essencial foi rico em monoterpenos (82,35%), destacando-se geranial (20,41%) e neral (13,36%) como os compostos mais abundantes. Os compostos α-zingibereno, 1,8-cineol, linalol e β-felandreno, foram importantes na análise da diversidade química e, portanto, determinantes no agrupamento baseado no método de ligação completa (LC-VD) que classificou o germoplasma em dois grupos de acessos: cultivares e cultivares locais. Na caracterização agromorfológica, pouca variação foi observada para variáveis qualitativas, enquanto que para variáveis quantitativas houve moderada a baixa variabilidade, embora alguns acessos divergentes foram identificados. A análise de componentes principais explicou 82% da variação total nos primeiros três componentes, sendo que a distribuição dos acessos no gráfico de dispersão foi congruente com os agrupamentos formados pelo método de otimização de Tocher, destacando-se os acessos Gen-18, Gen-24, Gen-65 e Gen-42 como os mais divergentes do germoplasma fenotípicamente. Na caracterização molecular, 13 combinações de primers AFLP geraram, em média, 113,5 locos polimórficos, com uma proporção de 96,85% de polimorfísmo na coleção global. As estimativas de diversidade genética de Nei (Hj), índice de Shannon (I) e número efetivo de alelos (ne), foram superiores nos acessos colombianos (0,501; 0,396 e 1,508, respectivamente), em relação aos acessos brasileiros. A AMOVA mostrou que a maior parte da variação (63%) ocorreu entre os dois países e o índice FST=0,153 corroborou este resultado, indicando alta diferenciação genética entre eles. Os agrupamentos fornecidos pelo Structure e o dendrograma baseado no complemento do coeficiente de Jaccard, foram consistentes entre si e demonstraram que a maioria dos acessos brasileiros são altamente similares, sendo que não há influência da procedência geográfica no padrão dos agrupamentos químicos, fenotípicos e moleculares. A introdução de novos materiais genéticos no Brasil, certamente contribuirá para uma base genética mais ampla deste cultivo. / Plant genetic resources exhibit a true and potential value for agriculture due to their importance in breeding and conservation programs. This study aimed to characterize the genetic and chemistry diversity of ginger germplasm of Genetics Department of the ESALQ/USP, through 18 phenotypic descriptors, 13 AFLP markers combinations and chemical composition analysis of essential oil. The germplasm was combined by accessions coming from diferent Brazilian states, along with some accessions introduced from Colombia. During the collection, 34 farmers were interviewed in three states: São Paulo (SP), Espírito Santo (ES) and Paraná (PR). Ginger is mainly cultivated by small farmers whose main income source is agriculture. In the chemical composition analysis, a total of 61 compounds were identified. The accessions presented chemical variability according to the analysis of variance. The essential oil was rich in monoterpenes (82.35%), being the geranial (20.41%) and the neral (13.36%), both referred to as citral, the most abundant compounds. The α-zingiberene, 1,8-cineole, linalool and β-phellandrene compounds were relevant in the chemical diversity analysis of the accessions, while the dendrogram based on the complete linkage method (LC-VD) classified the germplasm into two groups: landraces and cultivars accessions. In the agro-morphologic characterization, qualitative traits showed little variation, while moderate to low variability was observed for quantitative traits, although some divergent accessions were identified. The principal component analysis explained 82% of the total variation in the first three components, wherein the accessions distribution on the scatter plot was consistent with the groups formed by the Tocher method, with the Gen-18, Gen -24, Gen-65 and Gen-42 accessions as the most divergent ones from the phenotypically germplasm. In the molecular characterization, 13 AFLP markers combinations generated an average of 113.5 polymorphic loci, with a ratio of 96.85% of polymorphism in the overall collection. Estimates of Nei genetic diversity (Hj), Shannon index (I) and alleles effective number (ne) were higher in Colombian accessions (0.501; 0.396 and 1.508, respectively). The AMOVA showed that most of the variation (63%) occurs between the two countries and the FST=0.153 index suportted this result, indicating high genetic differentiation between Brazilian and Colombian accessions. The groupings provided by Structure and the dendrogram based on Jaccard coefficient complement were consistent with each other and showed that Brazilian accessions are genetically similar. In general, there is no influence of the accesses geographic origin in the chemical, phenotypic and molecular grouping pattern. The introduction of new genetic materials in Brazil, will certainly contribute to a broader genetic basis of this species.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Pythium insidiosum is an aquatic oomycete that is the causative agent of pythiosis, an important disease in humans and animals that is prevalent in tropical and subtropical areas. In Brazil it was first reported in 1974, then several cases this disease has been reported throughout the country. The failure in the antifungal therapy combined with cases unresponsive to immunotherapy existing, lead to molecular studies in order to investigate possible genetic variations among Brazilian isolates, and this may be able to contribute on the research for the improvement of immunotherapy available. Thus, this study aimed to evaluate the genetic diversity of thirty P. insidiosum isolates from different regions of Brazil, and compare all of them with isolates from Thailand, one isolate from Central America and another isolate from North America, by sequencing and the analysis of genomic DNA regions corresponding to cytochrome c oxidase (COX II) and ITS1, 5.8S rRNA and ITS2 rDNA (ITS). The analyses of nucleotide sequences of both regions were carried out, individually and in combination, using the following methods: Maximum parsimony (MP); Neighbor-joining (NJ); Maximum likelihood (ML); and Bayesian analysis (BA). Our data demonstrated all of P. insidiosum isolates as monophyletic in relation to the other Pythium species. Analises of COX II gene sequences subdivided P. insidiosum isolates into three groups, whose arrangement provides the Thai isolates as paraphyletic in relation to the Brazilian isolates. The molecular analyses performed in this study suggest an evolutionary proximity among all of American isolates, including the Brazilian, from Costa Rica and from the United States, that were grouped in a single group. COX II gene network analysis showed signs of a recent expansion of P. insidosum isolates, probably originated from the Asiatic to America continent. By analysis of COX II gene demonstrated the highest levels of genetic variability among P. insidiosum isolates studied in here, additionally, the highest levels of phylogenetic information were shown, when it was compared to the ITS region analysis. Nevertheless, both genetic markers selected for this study proved to be entirely congruent in the phylogenetic relations among Brazilian isolates of P. insidiosum, since clustered all of them into a single monophyletic group which did not shown to have genetic variability. The results indicate that the strain used in the production of the immunotherapic - Pitium-Vac ® - is representative of the Brazilian isolates of P. insidiosum. / O Pythium insidiosum é um oomiceto aquático causador da pitiose, uma importante enfermidade em humanos e animais, sendo prevalente em áreas tropicais e subtropicais. No Brasil foi relatada pela primeira vez em 1974. Desde então vários casos desta enfermidade tem sido descritos por todo o país. Os insucessos de terapias antifúngicas aliados aos casos não responsivos à imunoterapia existente impulsionam estudos moleculares a fim de investigar possíveis variações genéticas entre os isolados brasileiros de forma a contribuir nas pesquisas para a melhoria do imunoterápico disponível. Assim, o presente estudo teve por objetivo avaliar a diversidade genética de 30 isolados de P. insidiosum provenientes de diferentes regiões do Brasil, bem como compará-los com isolados tailandeses, um isolado da América Central e outro isolado da América do Norte através do sequenciamento e das análises das regiões do DNA genômico correspondentes à citocromo c oxidase (COX II) e ITS1, 5.8S rRNA e ITS2 do rDNA (ITS). As análises das sequências de nucleotídeos de ambas as regiões foram realizadas, individualmente e em combinação, utilizando as seguintes metodologias: máxima parcimônia (Maximum parsimony, MP); Neighbor-joining (NJ); máxima verossimilhança (Maximum likelihood, ML); e análise Bayesiana (Bayesian analysis, BA). Os dados demonstraram que todos os isolados de P. insidiosum são monofiléticos em relação às outras espécies de Pythium. A análise das sequências do gene COX II subdividiu os isolados de P. insidiosum em três grupos, cuja disposição demonstra os isolados tailandeses como parafilético em relação aos isolados brasileiros. As análises moleculares realizadas neste estudo sugerem uma proximidade evolutiva entre todos os isolados americanos, incluindo os brasileiros, da Costa Rica e dos Estados Unidos, os quais foram agrupados juntos em um único grupo. Na análise de network do gene COX II os resultados apresentaram sinais de uma recente expansão dos isolados de P. insidosum para a América, provavelmente oriundos do continente asiático. Pela análise do gene COX II foi possível evidenciar os maiores níveis de variabilidade genética entre os isolados de P. insidiosum avaliados, além disso, foram demonstrados os maiores níveis de informação filogenética, quando comparada à análise da região ITS. Contudo, os dois marcadores genéticos selecionados para este estudo revelaram-se inteiramente congruentes nas relações filogenéticas entre os isolados brasileiros de P. insidiosum, reunindo-os em um único grupo monofilético o qual não demonstrou haver variabilidade genética. Os resultados obtidos indicam que a cepa utilizada na produção do imunoterápico Pitium-Vac ® é representativa dos isolados brasileiros de P. insidiosum.

Não consta resumo na publicação. / The α-amylase inhibitor from Phaseolus vulgaris is a glucoprotein with a Molecular Weight of 53,000 daltons and an isoelectric point of 4.35. It can be dissociated by SDS or guanidin in three subunities having molecular weight of 17,500, 16,000 and 13,500. The molecule has 400 amino acid residues and no disulfide brigde. The C and N terminal amino acid are respectively: leucine and tyrosine and threonine, alanine, and glutamic acid. It is resistent to proteolysis in the native state.