Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 142-152).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-25Bitstream added on 2014-06-13T20:35:43Z : No. of bitstreams: 1 terzian_acb_me_sjrp.pdf: 523455 bytes, checksum: 5ab90df637c408759e16b50b2d873184 (MD5) / As arboviroses freqüentemente são associadas com surtos nos seres humanos e representam um sério problema de saúde pública, com impactos econômico e social. Entre os arbovírus brasileiros, os vírus Mayaro (MAYV), Dengue (DENV), Febre Amarela (Yellow Fever – YFV), Rocio (ROCV) e Oropouche (OROV) são responsáveis por mais de 95% dos casos de arboviroses humanas no Brasil, causando muitas vezes a mesma sintomatologia clínica, especialmente na fase aguda das infecções. Este estudo teve como objetivo analisar a presença de arbovírus em soros de pacientes com doença febril aguda, durante epidemia de Dengue no município de São José do Rio Preto (SP), bem como de pacientes com doença febril aguda, negativos para Malária e arbovírus do município de Acrelândia (AC). Foi utilizada a técnica de RT-Nested-PCR para a detecção e identificação dos principais arbovírus brasileiros pertencentes aos gêneros Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus. Na análise molecular das amostras de São José do Rio Preto, 320 (98%) foram positivas para DENV-3, 3 (1%) para DENV-2, 6 (2%) para o SLEV. Uma destas amostras apresentou co-infecção por DENV-2 e DENV-3 e três amostras apresentaram co-infecção por DENV-3 e SLEV. A alta positividade para o DENV-3 está relacionada com a introdução deste sorotipo no município. Em amostras de Acrelândia, 5 positivas para DENV-3, 1 para MAYV e 2 positivas para OROV. A análise filogenética do gene do envelope mostrou que a amostra isolada de SLEV agrupou-se próxima às estirpes de Belém, que pertencem ao genótipo V. A amostra de OROV agrupou-se ao genótipo I, sendo este o mais distribuído na região Amazônica. Estes dados indicam a circulação de diferentes arbovírus em duas regiões distintas do Brasil e demonstram a necessidade de um sistema de vigilância eficiente para controlar a disseminação destes na população. / Arboviruses are frequently associated with outbreaks in humans and represent a serious public health problem, with economic and social impacts. Among the Brazilian arboviruses, Mayaro virus (MAYV), Dengue virus (DENV), Yellow Fever virus (YVF), Rocio virus (ROCV) and Oropouche virus (OROV) are responsible for more than 95% of human cases in Brazil. These arboviruses usually present the same clinical symptoms, especially on the acute phase of infection. The aim of this study was to investigate the presence of arboviruses in serum of patient presenting acute febrile illness, during a dengue outbreak in the city of São José do Rio Preto (state of São Paulo) and the serum of patients who were tested negatively for malaria and arboviruses in the city of Acrelândia (state of Acre). The RT-Nested-PCR technique was applied to detect and to identify the main brazilian arboviruses, especially in Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus genera. The molecular analysis in the samples of São José do Rio Preto samples showed that 320 (98%) were positive for DENV-3, 3 (1%) to DENV-2, 6 (2%) to SLEV. Among the positive samples, one presented coinfection with DENV-2 and DENV-3 and three presented coinfection with DENV-3 and SLEV. The high positivity of DENV-3 is associated with the introduction of a new DENV serotype in the city. In the samples from Acrelândia, 5 were positive to DENV-3, 1 to MAYV and 2 positive to OROV. The phylogenetic analysis of the envelope gene from a positive SLEV sample indicated that the virus circulating in São José do Rio Preto is most related to strains from Belém, which belong to lineage V. The OROV belongs to lineage I, the most widespread in Amazon region. These results indicate the circulation of different arboviruses in two distinct regions of Brazil and they demonstrate the need of an efficient surveillance system to control the dissemination of these arbovirus in the population.

Orientador: Maurício Lacerda Nogueira / Banca: Luiz Tadeu Moraes Figueiredo / Banca: Ireneu Luiz Maia / Resumo: As arboviroses freqüentemente são associadas com surtos nos seres humanos e representam um sério problema de saúde pública, com impactos econômico e social. Entre os arbovírus brasileiros, os vírus Mayaro (MAYV), Dengue (DENV), Febre Amarela (Yellow Fever - YFV), Rocio (ROCV) e Oropouche (OROV) são responsáveis por mais de 95% dos casos de arboviroses humanas no Brasil, causando muitas vezes a mesma sintomatologia clínica, especialmente na fase aguda das infecções. Este estudo teve como objetivo analisar a presença de arbovírus em soros de pacientes com doença febril aguda, durante epidemia de Dengue no município de São José do Rio Preto (SP), bem como de pacientes com doença febril aguda, negativos para Malária e arbovírus do município de Acrelândia (AC). Foi utilizada a técnica de RT-Nested-PCR para a detecção e identificação dos principais arbovírus brasileiros pertencentes aos gêneros Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus. Na análise molecular das amostras de São José do Rio Preto, 320 (98%) foram positivas para DENV-3, 3 (1%) para DENV-2, 6 (2%) para o SLEV. Uma destas amostras apresentou co-infecção por DENV-2 e DENV-3 e três amostras apresentaram co-infecção por DENV-3 e SLEV. A alta positividade para o DENV-3 está relacionada com a introdução deste sorotipo no município. Em amostras de Acrelândia, 5 positivas para DENV-3, 1 para MAYV e 2 positivas para OROV. A análise filogenética do gene do envelope mostrou que a amostra isolada de SLEV agrupou-se próxima às estirpes de Belém, que pertencem ao genótipo V. A amostra de OROV agrupou-se ao genótipo I, sendo este o mais distribuído na região Amazônica. Estes dados indicam a circulação de diferentes arbovírus em duas regiões distintas do Brasil e demonstram a necessidade de um sistema de vigilância eficiente para controlar a disseminação destes na população. / Abstract: Arboviruses are frequently associated with outbreaks in humans and represent a serious public health problem, with economic and social impacts. Among the Brazilian arboviruses, Mayaro virus (MAYV), Dengue virus (DENV), Yellow Fever virus (YVF), Rocio virus (ROCV) and Oropouche virus (OROV) are responsible for more than 95% of human cases in Brazil. These arboviruses usually present the same clinical symptoms, especially on the acute phase of infection. The aim of this study was to investigate the presence of arboviruses in serum of patient presenting acute febrile illness, during a dengue outbreak in the city of São José do Rio Preto (state of São Paulo) and the serum of patients who were tested negatively for malaria and arboviruses in the city of Acrelândia (state of Acre). The RT-Nested-PCR technique was applied to detect and to identify the main brazilian arboviruses, especially in Flavivirus, Alphavirus e Orthobunyavirus genera. The molecular analysis in the samples of São José do Rio Preto samples showed that 320 (98%) were positive for DENV-3, 3 (1%) to DENV-2, 6 (2%) to SLEV. Among the positive samples, one presented coinfection with DENV-2 and DENV-3 and three presented coinfection with DENV-3 and SLEV. The high positivity of DENV-3 is associated with the introduction of a new DENV serotype in the city. In the samples from Acrelândia, 5 were positive to DENV-3, 1 to MAYV and 2 positive to OROV. The phylogenetic analysis of the envelope gene from a positive SLEV sample indicated that the virus circulating in São José do Rio Preto is most related to strains from Belém, which belong to lineage V. The OROV belongs to lineage I, the most widespread in Amazon region. These results indicate the circulation of different arboviruses in two distinct regions of Brazil and they demonstrate the need of an efficient surveillance system to control the dissemination of these arbovirus in the population. / Mestre

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Submitted by Fabíola Silva (fabiola.silva@famerp.br) on 2016-06-20T21:04:05Z No. of bitstreams: 1 fabiananakashima_tese.pdf: 1263029 bytes, checksum: ea1d05d8998fac5ccacd5e04039e5c2a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T21:04:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fabiananakashima_tese.pdf: 1263029 bytes, checksum: ea1d05d8998fac5ccacd5e04039e5c2a (MD5) Previous issue date: 2015-12-14 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP / Introduction: Toxoplasma gondii, which causes toxoplasmosis, is an intracellular protozoan that has several transmission routes, among them the transfusion. Objective: To investigate by serological and molecular methods the T. gondii infection in blood donors to assess the risk of transmission via transfusion. Methods: We selected 750 individuals able to donate blood. These individuals were submitted to an interview about their lifestyle habits and a collection of peripheral blood. The immunosorbent assay (ELISA) was used to investigate the presence of anti-T. gondii IgM and IgG classes, and the Nested PCR and qQPCR, the parasitaemia. Positive samples in the molecular methods were submitted for genotyping by the Multilocus Nested PCR RFLP method. Donors with positive molecular result and no positive serology were recalled to investigate seroconversion by ELISA and Indirect Immunofluorescence (IIF). In addition, recipients of blood components with molecular suspected parasitemia were screened. Of these, aliquots were separated from peripheral blood prior to transfusion and after transfusion (± 20 days), which were also analyzed by serological methods (ELISA and IIF) and molecular (PCR, qPCR Mulitplex nested PCR and RFLP). Results: Three hundred and fifty-seven (47.6%) donors had positive result and 393 (52.4%) showed no positive result for the presence of anti-T. gondii IgG class. Twenty-seven (3,6%) showed positive result for IgM and 723 (96.4%) non-reactive. The variables associated with infection by T. gondii were: advanced age (P < 0.0001), consumption of raw milk (P = 0.001), consumption of raw and underare beef and pork meat (P = 0.003), to reside in the countryside (P = 0.004), frequent presence of mechanical vectors in the residence (cockroach, mouse and fly P = 0.02; mice, P = 0.03), lower education (1st grade incomplete, P <0.0001 and 1st grade complete, P = 0.002) and low family income (P = 0.002). No sample was positive by qPCR, but 40 (11%) were positive by Nested PCR and positive serology. However, these samples did not show amplification when undergoing to genotyping. The four cases screened did not show positive results to molecular analysis and no recalled donor presented seroconversion. Conclusion: We concluded that the studied population of blood donors is exposed to various risk factors associated with infection by T. gondii, and it is likely that the high frequency of anti-T. gondii IgG class found in this study is related to this exposure. The results show that there is no molecular evidence of parasitaemia in the studied donors, thus the risk of transmission of this infection via blood transfusion is low or zero in this region. In addition, the failure of genotyping and the non-occurrence of seroconversion of reanalyzed donors suggest that the positivity found in some samples analyzed by Nested PCR, were related to false-positive results. / Introdução: Toxoplasma gondii, causador da toxoplasmose, é um protozoário intracelular que apresenta várias vias de transmissão, dentre elas a transfusional. Objetivo: Investigar por métodos sorológicos e moleculares, a infecção por T. gondii em doadores de sangue para avaliar o risco de transmissão via transfusional. Casuística e métodos: Foram selecionados 750 indivíduos aptos à doação de sangue. Estes indivíduos foram submetidos a uma entrevista sobre seus hábitos de vida e a uma coleta de sangue periférico. Com o ensaio imunoenzimático (ELISA) foi investigada a presença de anticorpos anti-T. gondii das classes IgM e IgG, e por Nested PCR e qPCR a parasitemia. As amostras positivas nos métodos moleculares foram submetidas à genotipagem pelo método Multilocus Nested PCR RFLP. Os doadores com resultados moleculares positivos e sorologias não reagentes foram reconvocados para investigar a soroconversão por ELISA e imunofluorescência indireta (IFI). Além destes, os receptores dos hemocomponentes com suspeita molecular de parasitemia foram rastreados. Destes, foram separadas alíquotas de sangue periférico, antes da transfusão e após a transfusão (±20 dias), as quais também foram analisadas pelos métodos sorológicos (ELISA e IFI) e moleculares (Nested PCR, qPCR e Mulitplex Nested PCR RFLP). Resultados: Trezentos e cinquenta e sete (47,6%) doadores apresentaram resultado reagente e 393 (52,4%) apresentaram resultado não reagente para a pesquisa de anticorpos anti-T. gondii da classe IgG. Vinte e sete (3,6%) apresentaram resultado reagente para IgM e 723 (96,4%) não reagente. As variáveis associadas a infecção por T. gondii foram: média de idade avançada (P < 0,0001), consumo de leite cru (P = 0,001), consumo de carne crua e mal passada de bovino e suíno (P = 0,003), residir na zona rural (P = 0,004), presença frequente de vetores mecânicos na residência (barata, rato e mosca P = 0,02; ratos, P = 0,03), menor grau de escolaridade (1º grau incompleto, P < 0,0001 e 1º grau completo, P = 0,002) e a baixa renda familiar (P = 0,002). Nenhuma amostra foi positiva pela qPCR, mas 40 (11%) apresentaram resultado positivo pela Nested PCR e sorologia reagente. Entretanto, estas amostras ao serem submetidas a genotipagem, não apresentaram amplificações. Os quatro casos rastreados também não apresentaram resultados positivos nas análises moleculares e nenhum doador reconvocado apresentou soroconversão. Conclusão: Concluímos que a população de doadores de sangue estudada está exposta a vários fatores de riscos associados a infecção por T. gondii e, é provável que a elevada frequência de anticorpos anti-T. gondii da classe IgG encontrada neste trabalho esteja relacionada a esta exposição. Os resultados demonstram que não há evidências moleculares de parasitemia nos doadores estudados, portanto o risco de transmissão desta infecção via transfusional é baixo ou nulo para esta região. Além disto, o insucesso da genotipagem e a não ocorrência de soroconversão dos doadores reanalisados sugerem que a positividade, encontrada em algumas amostras analisadas por Nested PCR, tratavam-se de resultados falso-positivos.

abstract: DNA and RNA are generally regarded as one of the central molecules in molecular biology. Recent advancements in the field of DNA/RNA nanotechnology witnessed the success of usage of DNA/RNA as programmable molecules to construct nano-objects with predefined shapes and dynamic molecular machines for various functions. From the perspective of structural design with nucleic acid, there are basically two types of assembly method, DNA tile based assembly and DNA origami based assembly, used to construct infinite-sized crystal structures and finite-sized molecular structures. The assembled structure can be used for arrangement of other molecules or nanoparticles with the resolution of nanometers to create new type of materials. The dynamic nucleic acid machine is based on the DNA strand displacement, which allows two nucleic acid strands to hybridize with each other to displace one or more prehybridized strands in the process. Strand displacement reaction has been implemented to construct a variety of dynamic molecular systems, such as molecular computer, oscillators, in vivo devices for gene expression control. This thesis will focus on the computational design of structural and dynamic nucleic acid systems, particularly for new type of DNA structure design and high precision control of gene expression in vivo. Firstly, a new type of fundamental DNA structural motif, the layered-crossover motif, will be introduced. The layered-crossover allow non-parallel alignment of DNA helices with precisely controlled angle. By using the layered-crossover motif, the scaffold can go through the 3D framework DNA origami structures. The properties of precise angle control of the layered-crossover tiles can also be used to assemble 2D and 3D crystals. One the dynamic control part, a de-novo-designed riboregulator is developed that can recognize single nucleotide variation. The riboregulators can also be used to develop paper-based diagnostic devices. / Dissertation/Thesis / Doctoral Dissertation Chemistry 2019

Orientador: Wanderley Dias da Silveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-14T11:08:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Angelini_Michelle_D.pdf: 4094056 bytes, checksum: b80e9ba086ee8f30b823ce5b5718f3c7 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: As bactérias do gênero Shigella spp. são responsáveis por infecções intestinais endêmicas e epidêmicas denominadas shigueloses. As shigueloses, transmitidas por via fecal-oral, principalmente através das mãos e água contaminadas, são responsáveis por 10% dos casos de diarréia entre crianças até cinco anos de idade em países em desenvolvimento. Estima-se que, anualmente, 1,1 milhões de pessoas morram de infecções causadas por Shigella. No Brasil, estudos revelam que as shigueloses estão entre as principais causas de diarréia. O presente trabalho teve por objetivo analisar a análise clonal comparativa de 119 linhagens de Shigella spp., entre elas 57 S. flexneri e 62 S. sonnei, isoladas de diferentes casos de shiguelose ocorridos nas regiões metropolitanas de Campinas e Ribeirão Preto, Estado de São Paulo, pelos métodos de PCR da seqüência consenso intergênica repetitiva enterobacteriana (ERIC-PCR), de PCR de elementos extragênicos palindrômicos repetitivos (REP-PCR), análise do padrão de macro-restrição em gel de eltroforese com campo pulsado e análise da presença de integrons. A maior parte dos casos de shiguelose estudados aconteceram no verão, estação de maior precipitação de chuvas. Do total de casos, 57,9% das infecções causadas por S. sonnei e 64,4% das causadas por S. flexneri afetaram crianças com menos de 5 anos de idade. Pela análise de ERIC e REP-PCR foram caracterizados grupos de identidade entre as linhagens isoladas em ambas regiões. Pela análise de PFGE caracterizaram-se os genótipos circulantes nas regiões. Não foi possível determinar uma correlação entre a presença dos integrons, o perfil de resistência a antimicrobianos e os resultados obtidos pelos métodos utilizados neste trabalho nas linhagens de S. sonnei pesquisadas. / Abstract: The bacteria of the genus Shigella spp. are responsible for endemic and epidemic intestinal infections called shigellosis. The shigellosis, transmitted by fecal-oral route, mainly through the hands and contaminated water, are responsible for 10% of cases of diarrhea among children under five years of age in developing countries. It is estimated that annually 1.1 million people die from infections caused by Shigella. In Brazil, studies show that shigellosis are among the main causes of diarrhea. The present study was carried out to examine the clonal variation of 119 strains of Shigella spp., including 57 S. flexneri and 62 S. sonnei, isolated from different cases of shigellosis occurred in the metropolitan regions of Campinas and Ribeirão Preto, São Paulo state, by ERIC-PCR, REP-PCR, and PFGE methods and by integrons profile analysis. Most of shigellosis cases happened in summer, season of highest precipitation of rain. Of the total cases, 57.9% of infections caused by S. sonnei and 64.4% of infections caused by S. flexneri affected children under 5 years of age. By analysis of ERIC and REP-PCR groups were characterized for identity between the strains isolated in both regions. By the analysis of PFGE circulating genotypes were characterized in the regions. It was not possible to determine a correlation among the presence of integrons, the profile of resistance to antibiotics and the results obtained by the methods used in this work in strains of S. sonnei investigated. / Doutorado / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

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Este estudo teve como objetivo realizar estudos de custos sob a perspectiva do Sistema Único de Saúde em dois temas relevantes para a saúde da população: o manejo clínico da cardiopatia isquêmica e os exames de diagnóstico molecular para rastreamento precoce de câncer hereditário. O estudo contempla a revisão teórica de avaliações econômicas e custos em saúde que consistiram no arcabouço conceitual para os dois temas. Para o estudo na área de cardiopatia isquêmica foi realizada uma coorte restrospectiva com 330 pacientes acompanhados em ambulatório especializado para os quais foram identificados e valorados os recursos utilizados em nível ambulatorial e hospitalar.Os resultados são apresentados no artigo 1. Nos estudos para avaliação de método diagnóstico, o câncer hereditário foi o tema escolhido, realizando-se a identificação dos custos operacionais na realização de diferentes testes para verificação de mutação do gene BRCA1 no câncer de mama hereditário no artigo 2 e para a identificação da mutação do gene TP53 p.R337H relacionado à predisposição de câncer familial no artigo 3. Esses três estudos poderão subsidiar pesquisas em outras áreas clínicas e futuras avaliações de custo-efetividade de estratégias terapêuticas nos temas abordados. / This study aimed to do direct costs analysis from the perspective of the Brazilian public health system, covering two topics which are relevant to the health of the Brazilian population: the clinical management of ischemic cardiomyopathy and of molecular diagnostic technologies for early screening in cancer genetics. The study includes a theoretical review of economic evaluations and of appropriation of costs related to health that composed the conceptual framework for the two topics. For the study of ischemic cardiomyopathy, we did a retrospective cohort with 330 patients followed in a specialized ambulatory, for whom the resources utilized in ambulatory and in-patient level were identified and valuated were used as model. The results are presented in article 1. In the studies to evaluation of diagnosis method, hereditary cancer was the chosen subject and we did the identification of operational costs involved in the testing for the mutation of the BRCA1 gene in hereditary breast cancer in article 2 and in the testing for the mutation of the TP53 p.R337H gene, which relates to the predisposition to familial cancer, in article 3. These three studies may subsidize research in other clinical fields, as well as future cost-effectiveness evaluations of therapeutic strategies regarding the broached subjects.

Este estudo teve como objetivo realizar estudos de custos sob a perspectiva do Sistema Único de Saúde em dois temas relevantes para a saúde da população: o manejo clínico da cardiopatia isquêmica e os exames de diagnóstico molecular para rastreamento precoce de câncer hereditário. O estudo contempla a revisão teórica de avaliações econômicas e custos em saúde que consistiram no arcabouço conceitual para os dois temas. Para o estudo na área de cardiopatia isquêmica foi realizada uma coorte restrospectiva com 330 pacientes acompanhados em ambulatório especializado para os quais foram identificados e valorados os recursos utilizados em nível ambulatorial e hospitalar.Os resultados são apresentados no artigo 1. Nos estudos para avaliação de método diagnóstico, o câncer hereditário foi o tema escolhido, realizando-se a identificação dos custos operacionais na realização de diferentes testes para verificação de mutação do gene BRCA1 no câncer de mama hereditário no artigo 2 e para a identificação da mutação do gene TP53 p.R337H relacionado à predisposição de câncer familial no artigo 3. Esses três estudos poderão subsidiar pesquisas em outras áreas clínicas e futuras avaliações de custo-efetividade de estratégias terapêuticas nos temas abordados. / This study aimed to do direct costs analysis from the perspective of the Brazilian public health system, covering two topics which are relevant to the health of the Brazilian population: the clinical management of ischemic cardiomyopathy and of molecular diagnostic technologies for early screening in cancer genetics. The study includes a theoretical review of economic evaluations and of appropriation of costs related to health that composed the conceptual framework for the two topics. For the study of ischemic cardiomyopathy, we did a retrospective cohort with 330 patients followed in a specialized ambulatory, for whom the resources utilized in ambulatory and in-patient level were identified and valuated were used as model. The results are presented in article 1. In the studies to evaluation of diagnosis method, hereditary cancer was the chosen subject and we did the identification of operational costs involved in the testing for the mutation of the BRCA1 gene in hereditary breast cancer in article 2 and in the testing for the mutation of the TP53 p.R337H gene, which relates to the predisposition to familial cancer, in article 3. These three studies may subsidize research in other clinical fields, as well as future cost-effectiveness evaluations of therapeutic strategies regarding the broached subjects.