A Filogeografia é um dos campos mais multidisciplinares da Biologia, e agrega diferentes áreas como sistemática filogenética, genética de populações, geologia, modelos paleogeográficos e paleoclimáticos, demografia e conservação. Assim, além da Filogeografia comparada, apresento resultados importantes para a conservação das espécies estudadas e a descrição de uma espécie críptica. Bombus morio e B. pauloensis são espécies simpátricas que ocupam uma grande área em dois importantes biomas brasileiros, Mata Atlântica e Cerrado. Exceto pelas diferenças na dispersão, maior em B. morio, possuem comportamento e nicho ecológico semelhantes. Os resultados gerados a partir de marcadores moleculares e modelagem de distribuição sugerem que as alterações climáticas do final do Pleistoceno influenciaram a estrutura populacional das duas espécies, e que a maior capacidade de dispersão foi responsável pela ausência de estruturação em B. morio. O leste do estado de São Paulo, no qual foram encontradas diferentes quebras filogeográficas para vários organismos, mostrou-se mais uma vez complexo e com mais um diferente cenário filogeográfico. Além disso, essa região por ser o centro da diversidade genética em B. pauloensis e ter sido estável ao longo da mudanças climáticas para ambas espécies, é prioritária para a conservação das mesmas / Phylogeography is one of the most multidisciplinary fields in Biology and joins different areas such as phylogenetic systematics, population genetics, geology, paleogeographic and paleoclimatic models, demography, and conservation. Thus, besides comparative Phylogeography, I also present important results concerning the conservation of the species studied and the description of a cryptic species. Bombus morio and B. pauloensis are sympatric species, occupying a large area in two important Brazilian biomes, Atlantic forest and Brazilian savanna. Except for differences in dispersal, which is greater in B. morio, both species have similar behavior and ecological niches. The results obtained by molecular data and distribution models suggest that climatic oscillations in the late Pleistocene influenced the population structure of both species, and that a greater dispersal capacity was responsible for the absence of genetic structure in B. morio. Eastern São Paulo state, in which different phylogeographic breaks have been found for many organisms, seems to be complex and to have a new phylogeographic scenario. Furthermore, this region, because it is the center of genetic diversity for B. pauloensis and it was stable throughout periods of climatic change for both species, is a priority for their conservation

A utilização de sequências do DNA mitocondrial (mtDNA) como marcadores moleculares na investigação da diversidade genética e evolução é muito difundida, auxiliando na realização de inferências em inúmeros trabalhos. Apesar de sua inegável importância, a utilização dessas sequências como marcadores moleculares suscita algumas questões. A heteroplasmia, por exemplo, é reconhecida como um desafio na utilização de sequências do mtDNA. Este estado ocorre quando um organismo apresenta diferentes haplótipos mitocondriais. Em um trabalho anterior, foram encontrados indícios que sugeriam a presença de heteroplasmia na espécie de abelha Bombus morio. O trabalho atual investigou de forma mais detalhada a presença de heteroplasmia nessa espécie, assim como fatores que podem influenciar na identificação desse estado. Os resultados obtidos confirmaram a existência de heteroplasmia nessa espécie, e identificaram que alguns haplótipos heteroplásmicos foram compartilhados entre indivíduos de localidades distintas. Esses haplótipos heteroplásmicos compartilhados sugerem a existência de heteroplasmia estável em B. morio, o que pode influenciar inferências evolutivas, e em especial, os estudos populacionais. Também foi detectada a presença de NUMTs, pseudogenes nucleares resultantes da transferência de sequências do mtDNA para o genoma nuclear. Esses NUMTs apresentaram grande divergência de sequência em relação aos haplótipos mitocondriais, o que poderia afetar análises filogenéticas e populacionais, além da identificação de espécies por meio do DNA barcoding. Ainda, erros de amplificação podem ser falsamente interpretados como variação intraindividual do DNA mitocondrial (mtDNA), superestimando o número de haplótipos, principalmente quando polimerases de baixa fidelidade são utilizadas. Por fim, os resultados observados neste trabalho sugerem que a utilização de sequências do mtDNA deve ser utilizada de forma cautelosa, e indícios de heteroplasmia, como a presença de picos duplos, não devem ser ignorados. Quando essas evidências são observadas investigações mais detalhadas devem ser aplicadas, a fim de aferir qual a sua origem, e, no caso da heteroplasmia ser confirmada, quais as possíveis consequências produzidas pela presença desse estado / The mitochondrial DNA sequences (mtDNA) have been widely applied as molecular markers in the investigation of genetic diversity and evolution. Despite its undeniable importance, the use of these sequences as molecular markers may present some drawbacks. Heteroplasmy, for example, is recognized as a challenge. This state occurs when an individual has different mitochondrial haplotypes. In a previous work, evidences suggesting the presence of heteroplasmy in the bumblebee Bombus morio were verified. The present work investigated in more detail the presence of heteroplasmy in this species, as well as factors that may influence the identification of this state. The results confirmed the existence of heteroplasmy in this species, and identified that some heteroplasmic haplotypes were shared between individuals from different locations. These shared heteroplasmic haplotypes suggest the existence of stable heteroplasmy in B. morio, which may interfere in evolutionary inferences, especially in population studies. NUMTs, nuclear pseudogenes resulting from the transfer of mtDNA sequences to the nuclear genome, were also detected. These NUMTs showed great sequence divergence from mitochondrial haplotypes, which could affect phylogenetic and population analyzes, as well as species identification through DNA barcoding. In addition, it was observed that amplification errors might be misinterpreted as mtDNA intraindividual variation and overestimates the number of intraindividual haplotypes, especially when low fidelity polymerases are used. Finally, the results observed in this study suggest that the use of mtDNA sequences should be used carefully, and evidences of heteroplasmy, such as the presence of double peaks, should not be ignored. Additional investigations should be applied in case of heteroplasmy evidences to ascertain your source and the consequences of the presence of this state

A utilização de sequências do DNA mitocondrial (mtDNA) como marcadores moleculares na investigação da diversidade genética e evolução é muito difundida, auxiliando na realização de inferências em inúmeros trabalhos. Apesar de sua inegável importância, a utilização dessas sequências como marcadores moleculares suscita algumas questões. A heteroplasmia, por exemplo, é reconhecida como um desafio na utilização de sequências do mtDNA. Este estado ocorre quando um organismo apresenta diferentes haplótipos mitocondriais. Em um trabalho anterior, foram encontrados indícios que sugeriam a presença de heteroplasmia na espécie de abelha Bombus morio. O trabalho atual investigou de forma mais detalhada a presença de heteroplasmia nessa espécie, assim como fatores que podem influenciar na identificação desse estado. Os resultados obtidos confirmaram a existência de heteroplasmia nessa espécie, e identificaram que alguns haplótipos heteroplásmicos foram compartilhados entre indivíduos de localidades distintas. Esses haplótipos heteroplásmicos compartilhados sugerem a existência de heteroplasmia estável em B. morio, o que pode influenciar inferências evolutivas, e em especial, os estudos populacionais. Também foi detectada a presença de NUMTs, pseudogenes nucleares resultantes da transferência de sequências do mtDNA para o genoma nuclear. Esses NUMTs apresentaram grande divergência de sequência em relação aos haplótipos mitocondriais, o que poderia afetar análises filogenéticas e populacionais, além da identificação de espécies por meio do DNA barcoding. Ainda, erros de amplificação podem ser falsamente interpretados como variação intraindividual do DNA mitocondrial (mtDNA), superestimando o número de haplótipos, principalmente quando polimerases de baixa fidelidade são utilizadas. Por fim, os resultados observados neste trabalho sugerem que a utilização de sequências do mtDNA deve ser utilizada de forma cautelosa, e indícios de heteroplasmia, como a presença de picos duplos, não devem ser ignorados. Quando essas evidências são observadas investigações mais detalhadas devem ser aplicadas, a fim de aferir qual a sua origem, e, no caso da heteroplasmia ser confirmada, quais as possíveis consequências produzidas pela presença desse estado / The mitochondrial DNA sequences (mtDNA) have been widely applied as molecular markers in the investigation of genetic diversity and evolution. Despite its undeniable importance, the use of these sequences as molecular markers may present some drawbacks. Heteroplasmy, for example, is recognized as a challenge. This state occurs when an individual has different mitochondrial haplotypes. In a previous work, evidences suggesting the presence of heteroplasmy in the bumblebee Bombus morio were verified. The present work investigated in more detail the presence of heteroplasmy in this species, as well as factors that may influence the identification of this state. The results confirmed the existence of heteroplasmy in this species, and identified that some heteroplasmic haplotypes were shared between individuals from different locations. These shared heteroplasmic haplotypes suggest the existence of stable heteroplasmy in B. morio, which may interfere in evolutionary inferences, especially in population studies. NUMTs, nuclear pseudogenes resulting from the transfer of mtDNA sequences to the nuclear genome, were also detected. These NUMTs showed great sequence divergence from mitochondrial haplotypes, which could affect phylogenetic and population analyzes, as well as species identification through DNA barcoding. In addition, it was observed that amplification errors might be misinterpreted as mtDNA intraindividual variation and overestimates the number of intraindividual haplotypes, especially when low fidelity polymerases are used. Finally, the results observed in this study suggest that the use of mtDNA sequences should be used carefully, and evidences of heteroplasmy, such as the presence of double peaks, should not be ignored. Additional investigations should be applied in case of heteroplasmy evidences to ascertain your source and the consequences of the presence of this state

A Filogeografia é um dos campos mais multidisciplinares da Biologia, e agrega diferentes áreas como sistemática filogenética, genética de populações, geologia, modelos paleogeográficos e paleoclimáticos, demografia e conservação. Assim, além da Filogeografia comparada, apresento resultados importantes para a conservação das espécies estudadas e a descrição de uma espécie críptica. Bombus morio e B. pauloensis são espécies simpátricas que ocupam uma grande área em dois importantes biomas brasileiros, Mata Atlântica e Cerrado. Exceto pelas diferenças na dispersão, maior em B. morio, possuem comportamento e nicho ecológico semelhantes. Os resultados gerados a partir de marcadores moleculares e modelagem de distribuição sugerem que as alterações climáticas do final do Pleistoceno influenciaram a estrutura populacional das duas espécies, e que a maior capacidade de dispersão foi responsável pela ausência de estruturação em B. morio. O leste do estado de São Paulo, no qual foram encontradas diferentes quebras filogeográficas para vários organismos, mostrou-se mais uma vez complexo e com mais um diferente cenário filogeográfico. Além disso, essa região por ser o centro da diversidade genética em B. pauloensis e ter sido estável ao longo da mudanças climáticas para ambas espécies, é prioritária para a conservação das mesmas / Phylogeography is one of the most multidisciplinary fields in Biology and joins different areas such as phylogenetic systematics, population genetics, geology, paleogeographic and paleoclimatic models, demography, and conservation. Thus, besides comparative Phylogeography, I also present important results concerning the conservation of the species studied and the description of a cryptic species. Bombus morio and B. pauloensis are sympatric species, occupying a large area in two important Brazilian biomes, Atlantic forest and Brazilian savanna. Except for differences in dispersal, which is greater in B. morio, both species have similar behavior and ecological niches. The results obtained by molecular data and distribution models suggest that climatic oscillations in the late Pleistocene influenced the population structure of both species, and that a greater dispersal capacity was responsible for the absence of genetic structure in B. morio. Eastern São Paulo state, in which different phylogeographic breaks have been found for many organisms, seems to be complex and to have a new phylogeographic scenario. Furthermore, this region, because it is the center of genetic diversity for B. pauloensis and it was stable throughout periods of climatic change for both species, is a priority for their conservation

Kita Morio has been one of the most successful humorists of Japan's postwar period, but his work has received little attention from scholars. The intent of this study is to provide an introduction to the humorous essays of Kita Morio. In particular, after the principles of the humor mechanism are established, the nature of the essays as a type of I-novel is examined. The focus is then turned to the authorial persona that Kita uses in his humorous essays, and an overview of that manufactured fictional character and the world he inhabits is created. Finally, five individual essays are examined in the context created by the preceding chapters, with particular attention given to the manner in which humor functions in the essays, as well as the manner in which the reader can find comfort in them. Translations of the five essays examined in the final chapter are provided in the Appendix.

Although closed seasons, bag limits and quotas are used to manage fishes within the Grouper/Snapper Complex off the southeastern United States, size limits are the cornerstone of fisheries management. Because fishers must release all undersized fishes despite fish condition, this regulation has created a mandatory catch and release system. Inherent in this management strategy is the supposition that these undersized fish survive in sufficient numbers so as to justify this regulation. To satisfy this criteria fish mortality must be low and released fish must also experience minimal sub-lethal effects. Determination of sublethal effects and evaluation of their potential impairment and duration of injury are required to develop effective physiology-based criteria to evaluate the efficacy of the minimum size rule. The goal of this research was to evaluate some aspects of the efficacy of the minimum size rule in the red grouper and red snapper fisheries off Florida by collecting traditional fisheries data and analyzing it in light of fish physiology, ecomorphology and behavior. Study objectives included 1) determination of the causes for the differences of hook mortality for red grouper and red snapper in the recreational and recreational-for-hire fisheries by necropsy of acute and latent mortalities, analysis of tag and recapture data for both J and circle hooks, determination of fish dentition and any differences in feeding behavior, 2) examination of the effects of rapid depression from depth on fish survival by inspection and comparison of the red grouper and red snapper swim bladders in both healthy and swim bladder ruptured fish from various water depths, comparison of tag and recapture data, investigation of the effects of fish venting, and laboratory simulations using fish hyperbaric chambers to determine healing and survival from rapid depression trauma, 3) analysis of movement patterns of tagged fish and 4) evaluation of some of the consequences imposed by the minimum size limit based on study results.

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Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4406.pdf: 2884968 bytes, checksum: a40d69433ee7cef0093f66b8c32c1bb8 (MD5) Previous issue date: 2012-03-06 / Universidade Federal de Minas Gerais / Bioluminescence in beetles is dependent on luciferase which evolved from AMP/CoA ligases. The cDNA of a luciferase-like enzime was cloned from the Malpighian tubules of Zophobas morio mealworm (Coleoptera: Tenebrionidae). The gene product of this cDNA displays weak luminescence and it is composed of 528 aminoacids residues with N-terminal and C-terminal sequences signal addressed to smooth endoplasmic reticulum membrane. Although having a low identity (26-32%) with beetle luciferases, this enzyme is a reasonable protoluciferase model to investigate the origin and evolution of beetle luciferases. The luciferin binding site is higly conserved among the beetle luciferases. However, in this protoluciferase of Z. morio, most of these residues of this motif are substituted by others. Using a site-directed mutagenesis survey some of aminoacids residues of this protoluciferase, which are located at correspondent luciferin binding site of luciferases, were replaced by the conserved residues of beetle luciferases. Most of the substitutions had negative effect on the luminescent activity, however, the substitution I327T, which is located in a β-hairpin motif close to the luciferin binding site, improved the luminescence activity. Such substitution indicates the importance of this motif for luciferase activity and indicates a possible route for the evolution of bioluminescence function of beetle luciferase. Since this enzyme is located in the Malpighian tubules, which are involved in excretion and metabolization of carboxylic substrates, this enzyme could be involved to excretion the some type of chemical compound. Regardless of the function the results show that the potential for bioluminescent activity is older and probably arose before the divergences of the Coleoptera bioluminescent families. / A bioluminescência em coleópteros é dependente das luciferases, enzimas que evoluíram das AMP-CoA ligases. O cDNA de uma enzima tipo-luciferase foi clonado dos túbulos de Malphighi de larvas de Zophobas morio (Coleoptera: Tenebrionidae). O produto gênico deste cDNA mostra naturalmente uma fraca luminescência na presença de MgATP e luciferina e possui 528 aminoácidos com sequências sinal na região N-terminal e C-terminal endereçadas a membrana do retículo endoplasmático liso. Apesar de ter uma baixa identidade (26-32%) com as luciferases de vaga-lumes, esta enzima é um modelo apropriado de protoluciferase para investigar a origem e evolução das luciferases de besouros. O sítio de ligação da luciferina é altamente conservado entre todas as luciferases de besouros; na protoluciferase de Z. morio porém, a maioria dos resíduos desta região é substituído por outros. Utilizando-se a técnica de mutagênese sitio-dirigida, alguns resíduos de aminoácidos desta protoluciferase, que são localizados na correspondente região do sítio ativo das luciferases, foram substituídos pelos resíduos conservados das luciferases. A maioria das substituições teve um efeito negativo sobre a atividade luminescente. Porém, a substituição I327T, cujo resíduo é localizado em um motivo grampo β, perto do sítio de ligação da luciferina, aumentou sua atividade luminescente. Tal substituição mostra a importância deste motivo para a atividade luciferásica e indica uma possível rota de evolução das luciferases de coleópteros. Uma vez que esta enzima foi extraída dos túbulos de Malpighi, é possível que esteja envolvida com a excreção de algum composto químico. Independente de sua função, os resultados do presente trabalho sugerem que o potencial para atividade bioluminescente é bem antigo nas ligases e provavelmente evoluíram antes da divergência das famílias de coleópteros bioluminescentes.

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