Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-07-05Bitstream added on 2014-06-13T19:54:06Z : No. of bitstreams: 1 melloni_mng_me_jabo.pdf: 575216 bytes, checksum: 964654498d107722386fb35eacc4817a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O Brasil tem uma flora nativa exuberante, muito explorada e pouco estudada. A economia florestal brasileira tem importante papel na qualidade de vida do país sendo necessárias informações que possibilitem uma exploração mais consciente e sustentável das espécies nativas. Uma das formas de se obter esclarecimentos relevantes a respeito das espécies arbóreas do Brasil é por meio de estudos citogenéticos. Esses estudos cromossômicos podem fornecer informações importantes na taxonomia, evolução, genética, melhoramento de plantas e na preservação dos sistemas florestais. Por meio de técnicas de citogenética convencional estabeleceu-se o número cromossômico diplóide de: Balfourodendron riedelianum, 2n = 58 cromossomos, com tamanho médio dos cromossomos de 1,877μm ± 0,44, Cedrela fissilis, 2n = 56 cromossomos, com tamanho médio dos cromossomos de 1,01μm ± 0,26; Hymenaea courbaril var. stilbocarpa, 2n = 24 cromossomos, com tamanho médio dos cromossomos de 3,52μm ± 0,68 ; Myroxylon peruiferum, 2n=26 cromossomos, com tamanho médio dos cromossomos de 1,25μm ± 0,30; Pterogyne nitens, 2n=20 cromossomos, com tamanho médio dos cromossomos de 1,13μm ± 0,27; Tabebuia aurea, 2n = 40 cromossomos, com tamanho médio dos cromossomos de 1,05μm ± 0,23; T. ochracea , 2n=80 cromossomos, com tamanho médio dos cromossomos de 1,02μm ± 0,22 e C. odorata com variação cromossômica de 2n = 42 a 2n = 104 cromossomos. Os resultados obtidos neste trabalho poderão fornecer suporte para futuras pesquisas de manipulação dos cromossomos, comparação em estudos taxonômicos, estudos evolutivos, produção de progênies híbridas para fins comerciais e melhoramento genético de espécies madeireiras / Brazil has a lush native flora, much exploited and little studied. The Brazilian forestry economy has an important role in the life quality of the country being necessary information to enable a more conscious and sustainable exploitation of native species. One way to obtain relevant details about the tree species in Brazil is through cytogenetic studies. These chromosome studies may provide important information on taxonomy, evolution, genetics and plant breeding as also as on the conservation of forest systems. Using conventional cytogenetics techniques the diploid chromosome number was established: Balfourodendron riedelianum, 2n = 58 chromosomes, with the average size of chromosomes 1, 877μm ± 0.44, Cedrela fissilis, 2n = 56 chromosomes, with the average size of chromosomes 1, 01μm ± 0.26; Hymenaea courbaril var. stilbocarpa, 2n = 24 chromosomes, with an average size of the chromosomes of 3.52 μm ± 0.68; Myroxylon peruiferum, 2n = 26 chromosomes, with the average size of chromosomes 1, 25μm ± 0.30; Pterogyne nitens, 2n = 20 chromosomes with average size of chromosomes 1, 13μm ± 0.27, Tabebuia aurea, 2n = 40 chromosomes, with an average size of the chromosomes of 1.05 μm ± 0.23; T. ochracea, 2n = 80 chromosomes, with an average size of the chromosomes of 1.02 ± 0.22 μm and Cedrela odorata with chromosome variation of 2n = 42 to 2n = 104 chromosomes. The results of this study may provide support for future research in chromosome manipulation, comparative taxonomy, evolutionary studies, commercial hybrid seed production and breeding timber species

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4493_1.pdf: 788690 bytes, checksum: 9083fdd72e97b7ffb548d159cd7df2ba (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2002 / Foram analisados os números cromossômicos, a estrutura do núcleo interfásico, o padrão de condensação cromossômica profásica e o comportamento meiótico em 14 espécies brasileiras das famílias Loranthaceae e Viscaceae. Todas as espécies apresentaram núcleos interfásicos reticulados e padrão de condensação profásico uniforme. Os três gêneros estudados de Loranthaceae apresentaram 2n=16 e as três espécies do único gênero analisado de Viscaceae, Phoradendron, apresentaram 2n=28. Apenas três espécies possuíam registro cariológico anterior, sendo as demais contagens, inéditas. A análise do complemento cromossômico mitótico de duas espécies de Phoradendron revelou uma maior assimetria cariotípica, enquanto as espécies dos outros gêneros foram mais similares entre si e mais simétricas. O comportamento meiótico, analisado em 11 espécies, foi geralmente regular, embora tenham sido observadas algumas irregularidades meióticas em muitas amostras. Em uma das amostras de Struthanthus syringifolius foi encontrado um tetravalente em anel na maioria dos meiócitos. Estas irregularidades meióticas parecem não influir na estabilidade dos números cromossômicos nas duas famílias e sugerem que haja uma variabilidade estrutural maior do que a observada por técnicas citológicas convencionais. Os resultados obtidos indicam que as populações brasileiras possuem a mesma constância do número cromossômico por gênero observada em representantes dessas famílias em outras regiões. É sugerido que essa estabilidade cromossômica esteja relacionada à quantidade elevada de DNA nuclear que caracteriza a maioria dessas espécies

Orientador: Eliana Regina Forni Martins / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T09:37:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nasario_JoaoPauloSardin_M.pdf: 1858989 bytes, checksum: 1fd7e7dcb1a5473c4ff7fb12d1cd1a15 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Tradicionalmente incluso na extinta família Bombacaceae, Pseudobombax Dugand pertence à subfamília Bombacoideae, Malvaceae sensu lato. Abrange cerca de 29 espécies, das quais 16 ocorrem em território brasileiro e nove são endêmicas. No Brasil, a maioria das espécies é encontrada no sudeste, planalto central e nordeste. As espécies possuem considerável valor comercial, por serem utilizadas no mundo todo, principalmente na ornamentação e arborização urbana. Estudos sobre o sistema reprodutivo e citogenéticos são raros para o gênero. Com este trabalho, objetivou-se o estudo da biologia floral e reprodutiva, assim como a análise cariotípica de três espécies de Pseudobombax da região sudeste do Brasil. As espécies de Pseudobombax são importantes fontes de pólen e néctar para seus visitantes florais, especialmente por florescerem na estação seca. Algumas diferenças foram observadas entre os períodos de floração e frutificação durante os dois anos de estudo, as quais podem estar relacionadas a diferentes quantidades de chuva antes do início da floração. As flores apresentam antese crepuscular/noturna, com características que se encaixam na síndrome da quiropterofilia. As flores de P. tomentosum são significativamente diferentes das demais espécies (maior comprimento da flor, das pétalas, do ovário e do cálice), porém a forma e o indumento dos frutos é a principal característica que podemos utilizar para separar taxonomicamente as três espécies. Os estudos reprodutivos das três espécies evidenciaram alta porcentagem de fecundação cruzada, indicando alogamia. A eficácia reprodutiva manteve-se alta, confirmando a necessidade de polinização cruzada e, consequentemente, de seus polinizadores. As análises citogenéticas mostraram contagens inéditas, com 2n=88 para Pseudobombax sp. (nova) e P. tomentosum e 2n=84 para P. grandiflorum. O número básico sugerido para as espécies de Pseudobombax é x=44. Foi confirmado mais de um número cromossômico no gênero, o que sugere a derivação por disploidia, decorrente de possíveis rearranjos cromossômicos. Pseudobombax sp. (nova) e P. grandiflorum, espécies muitas vezes confundidas entre si, possuem números cromossômicos diferentes (2n=88 e 2n=84, respectivamente) sendo este um caráter adicional importante na separação taxonômica das duas espécies. O bandamento CMA/DAPI evidenciou um padrão conservado dentro do gênero, com seis bandas CMA+ nas três espécies. Os valores métricos dos cromossomos das espécies em estudo indicaram um comprimento do complemento cromossômico pequeno, nas quais o menor tamanho cromossômico foi de 0,3 µm em P. grandiflorum e o maior foi de 3,5 µm em P. tomentosum. O diferente número cromossômico, bem como algumas características morfológicas florais e do fruto podem ser utilizadas na separação taxonômica das três espécies de Pseudobombax em estudo, evidenciando assim a existência de uma nova espécie para o gênero / Abstract: Traditionally included in the extinct family Bombacaceae, Pseudobombax Dugand belongs to the Bombacoideae subfamily, Malvaceae sensu lato. Composed by about 29 species, of which 16 occur in Brazilian territory and nine are endemic. In Brazil, most species are found in the southeast, northeastern and central plains. Species have considerable commercial value, for being used worldwide, especially in ornamentation and urban forestry. Studies on the reproductive system and cytogenetics are rare for the genus. This work aimed to study the floral and reproductive biology, as well as analysis of karyotype of three species of Pseudobombax from southeastern Brazil. The Pseudobombax species are important sources of pollen and nectar for their floral visitors, especially by flourishing in the dry season. Some differences were observed between the periods of flowering and fruiting during the two years of study, which may be related to different amounts of rainfall before flowering. The flowers have crepuscular/nocturnal anthesis, with features that fit in the chiropterophily syndrome. The flowers of P. tomentosum are significantly different from the other species (greater length of the flower petals, the ovary and the cup), but the shape and indumentum of the fruit is the main feature that we can use to separate the three species taxonomically. Reproductive studies of the three species showed a high percentage of outcrossing, indicating outcrossing. The reproductive efficiency remained high, confirming the necessity of cross-pollination and, therefore, their pollinators. Cytogenetic analysis showed unprecedented chromosome counts, with 2n=88 to Pseudobombax sp. (new) and P. tomentosum and 2n=84 for P. grandiflorum. The basic chromosome number suggested to Pseudobombax is x=44. We confirmed more than one chromosome number in the genus, which suggests derivation by disploidy, due to possible chromosomal rearrangements. Pseudobombax sp. (new) and P. grandiflorum, species often confused with each other, presented different chromosome numbers (2n=88 or 2n=84 , respectively) which is an important taxonomic character for the separation of the two species. The CMA/DAPI banding showed a conserved pattern within the genus, with six CMA+ bands in all species. The metric values of the chromosomes of the species under study indicated a small chromosomal complement length, wherein the smallest chromosome size was 0.3 µm in P. grandiflorum and the largest was 3.5 µm in P. tomentosum. The different chromosome numbers, as well as some floral and fruit morphological characteristics can be used for taxonomic separation of the three Pseudobombax species under study Pseudobombax, thus revealing the existence of a new species for the genus / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-05-09T19:16:43Z No. of bitstreams: 2 Tese - Adriana Maria Antunes Taquary - 2017.pdf: 3216713 bytes, checksum: caeaa4ba73b31eadb6f74040c4bb9b92 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-10T13:22:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Adriana Maria Antunes Taquary - 2017.pdf: 3216713 bytes, checksum: caeaa4ba73b31eadb6f74040c4bb9b92 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T13:22:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Adriana Maria Antunes Taquary - 2017.pdf: 3216713 bytes, checksum: caeaa4ba73b31eadb6f74040c4bb9b92 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-04-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / In recent years there has been a rapid increase in the availability and quality of sequencing data and with this an explosion of projects of sequencing of the genomes of plants occurred. In this scenario, genomic analyzes have been characterized as efficient to generate genetic information on a large scale, including for non-model species. Dipteryx alata is a non-model tree species endemic to the Cerrado biome belonging to the Leguminosae family. The objectives of this work were to estimate the number of chromosomes and the size of the genome of D. alata, and also assemble and annotate sequences of the genomes organelles and nuclear of the species using Illumina sequencing data. The size of the genome of D. alata was estimated as 1C = 0.825 pg, which corresponds to a haploid genome of 807.2 MB with 2n = 16 chromosomes. Were assembled 275,709 nuclear genomic sequences with N50 equal to 1598, which corresponds to 355MB and 44% of the whole genome. In the nuclear sequences, 21,981 microsatellite regions were annotated, of which 49.3% had dinucleotide motifs, 42.7% trinucleotide motifs and 4% tetranucleotide motifs. Transposable elements (TEs) were found in 39.29% of the sequences analyzed, corresponding to 421,701 TEs. LTR retrotransposons (gypsy and copy) were the most abundant TEs in nuclear sequences. Were annotated 1,431 RNA genes non-translated into proteins, being 176 rRNAs, 189 tRNAs, 477 snRNAs, 8 snoRNAs, 466 miRNAs and 115 lncRNAs. Were annotated also 62,200 protein coding genes with an average size of 1,156 bp. The estimated number of mRNAs transcribed by the set of annotated nuclear genes was 160,450, of which 131,228 showed significant similarity with known sequences and 84,793 were classified functionally in the Gene Ontology terms. A total of 736,787 SNPs and 90,803 InDels were discovered in the nuclear sequences. A mean of 1 SNP was identified for each 189 bp of the genome and the ratio between the transition (Ts) and transversion (Tv) mutations was 1.58. A percentage of 46.5% of the SNPs occurs in the genic context and the effects of the SNPs were annotated mainly in exons and intergenic regions. Were assembled 110 KB of chloroplastid sequences with N50 of 2,384 bp and 327 KB of mitochondrial sequences with N50 of 1,784 bp. Were annotated genes of 3 rRNA, 13 tRNA, 6 miRNA and 20 lncRNA for the chloroplast and genes of 4 rRNA, 26 tRNA, 7 miRNA and 54 lncRNA for the mitochondria. For the chloroplast were predicted 20 protein coding genes with a mean size of 2,374 bp and for mitochondria were predicted 176 genes with a mean size of 1,279 bp. The estimated number of mRNAs transcribed by this gene set was 63 and 525 for chloroplast and mitochondria respectively. Were annotated 39 microsatellite regions and 4 TEs in the chloroplastid sequences and 158 microsatellite regions and 26 TEs in the mitochondrial sequences. This work, which can be considered one of the first genomic studies for Cerrado species, represents a great advance in the knowledge on the structure and organization of the D. alata genome. The obtained results open the way for further genetic and genomic investigation for the species. / Nos últimos anos houve um rápido aumento na disponibilidade e qualidade dos dados de sequenciamento e com isso ocorreu uma explosão de projetos de sequenciamento dos genomas de plantas. Nesse cenário, as análises genômicas vêm sendo caracterizadas como eficientes para gerar informações genéticas em larga escala, inclusive para espécies não modelos. Dipteryx alata é uma espécie de árvore não modelo endêmica do bioma Cerrado pertencente à família Leguminosae. Os objetivos deste trabalho foram estimar o número de cromossomos e o tamanho do genoma de D. alata, e também montar e anotar sequências dos genomas organelares e nuclear da espécie usando dados de sequenciamento Illumina. O tamanho do genoma de D. alata foi estimado como 1C = 0.825 pg, o que corresponde a um genoma haplóide de 807.2 MB com 2n=16 cromossomos. Foram montadas 275.709 sequências genômicas nucleares com N50 igual a 1598, o que corresponde a 355MB e 44% do genoma inteiro. Nas sequências nucleares foram anotados 21.981 regiões microssatélites, das quais 49,3% possuem motivos dinucleotídeos, 42,7% trinucleotídeo e 4% tetranucleotídeo. Elementos transponíveis (TEs) foram encontrados em 39,29% das sequências analisadas, o que corresponde a 421.701 TEs. Os retrotransposons LTR (gypsy e copia) foram os TEs mais abundantes nas sequências nucleares. Foram anotados 1.431 genes de RNAs não traduzidos em proteínas, sendo 176 rRNAs, 189 tRNAs, 477 snRNAs, 8 snoRNAs, 466 miRNAs e 115 lncRNAs. Foram anotados também 62.200 genes codificadores de proteínas com tamanho médio de 1.156 pb. O número estimado de mRNAs transcritos pelo conjunto de genes nucleares anotados foi igual a 160.450, dos quais 131.228 apresentaram similaridade significativa com sequências já conhecidas e 84.793 foram classificadas funcionalmente nos termos do Gene Ontology. Um total de 736.787 SNPs e 90.803 InDels foram descobertos nas sequências nucleares. Foi identificada uma média de 1 SNP a cada 189 pb do genoma e a razão entre as mutações de transição (Ts) e transversão (Tv) foi de 1,58. Uma porcentagem de 46,5% dos SNPs ocorreu em contexto gênico e os efeitos dos SNPs foram anotados principalmente em éxons e regiões intergênicas. Foram montados 110 KB de sequências cloroplastidiais com N50 de 2.384 pb e 327 KB de sequências mitocondriais com N50 de 1.784 pb. Foram anotados genes de 3 rRNA, 13 tRNA, 6 miRNA e 20 lncRNA para o cloroplasto e genes de 4 rRNA, 26 tRNA, 7 miRNA e 54 lncRNA para a mitocôndria. Para o cloroplasto foram preditos 20 genes codificantes de proteínas com tamanho médio de 2.374 pb e para a mitocôndria foram preditos 176 genes com tamanho médio de 1.279 pb. O número estimado de mRNAs transcritos por esse conjunto de genes foi igual a 63 e 525 para cloroplasto e mitocôndria, respectivamente. Foram anotados também 39 regiões microssatélites e 4 TEs nas sequências cloroplastidiais e 158 regiões microssatélites e 26 TEs nas sequências mitocondriais. Este trabalho, que pode ser considerado um dos primeiros estudos genômicos para espécies do Cerrado, representa um grande avanço nos conhecimentos sobre a estrutura e a organização do genoma de D. alata. Os resultados obtidos abrem caminho para novas investigações genéticas e genômicas para a espécie.

Orientador: Eliana Regina Forni Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T23:43:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Braga_KlenyaRosaRocha_D.pdf: 3638781 bytes, checksum: f3a0b3548e4388cdabb276fb9662c32a (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A família Asteraceae (Compositae) possui cerca de 23.000 espécies e 1.600 gêneros. Sua distribuição é cosmopolita, com representantes em todos os continentes. Sua maior diversidade está na América do Sul. A família está bem representada no Brasil (cerca de 300 gêneros e 2.000 espécies), ocorrendo principalmente em formações abertas, como cerrados e campos. Cassini, em 1817 foi o primeiro a propor um sistema de classificação para a família, que foi alterado por vários autores. Atualmente a família está dividida 12 subfamílias e 43 tribos. Dentre os parâmetros que podem ser obtidos a partir de estudos citogenéticos, o número cromossômico é o mais amplamente utilizado. Estima-se que cerca de 61,6% dos gêneros de Asteraceae possuem pelo menos uma contagem de números cromossômicos, sendo relatada grande variação (2n= 4 a ca. 432). O número básico x=9 é o mais frequente. Apesar do número considerável de trabalhos referentes à contagem cromossômica e análise de cariótipos de espécies de Asteraceae, este número ainda é muito pequeno quando comparado com a riqueza de espécies da família. No que diz respeito aos estudos cromossômicos utilizando bandamento cromossômico e hibridização de DNA in situ, os trabalhos são mais escassos. Diante da riqueza de espécies, da diversidade cariotípica da família e da carência de dados citogenéticos para subsidiar a reavaliação das delimitações de seus grupos taxonômicos, este trabalhou objetivou caracterizar o cariótipo de diversas espécies nativas de Asteraceae proveniente da Reserva Biológica Municipal (RBM) da Serra do Japi uma das últimas grandes áreas de floresta contínua do Estado de São Paulo, que apresenta uma grande diversidade de espécies de Asteraceae. Foram feitos a determinação do número cromossômico, o detalhamento de caracteres morfológicos dos cromossomos (tamanho e forma) e a aplicação de técnicas de bandamento CMA/DAPI e técnica de FISH. Foi determinado o número cromossômico de 35 espécies, as quais estão distribuídas em 14 tribos e 26 gêneros, com variação de 2n=16 a 72. As tribos mais bem representadas foram Eupatorieae (9spp.), Vernonieae (6spp.) e Astereae (5spp.). Seis novas contagens foram determinadas e quatro divergiram de relatos anteriores: Bidens subalternans (2n=72), Chromolaena odorata (2n=30), Praxelis kleineoides (2n=30) e Vernonia diffusa (2n=34). Os cariótipos podem ser considerados moderadamente simétricos, com o índice TF% variando de 29 em Praxelis kleineoides (2n=30) a 44 into G. intermedia (2n=20). Dezesseis espécies foram submetidas à técnica de bandamento CMA/DAPI. Houve variação de 2 a 12 bandas CMA+/DAPI-. A técnica de FISH revelou diferenças cariotípicas em cinco espécies estudadas: Conyza sumatrensis var. leotheca, Bidens pilosa, Mikania sp, Vernonia diffusa e V. remotiflora, que apresentaram 2 a 6 sítios de DNAr 45S e 2 a 3 sítios de DNAr 5S. Nossos dados de bandamento CMA/DAPI e FISH são inéditos para todas as espécies estudadas / Abstract: The Asteraceae family (Compositae) comprises around 23.000 species and 1.600 genera. Its distribution is comospolitan, with representatives in all continents. The highest diversity is found in South America. The family is well represented in Brazil (with 300 genera and 2.000 species), mainly occurring in the opened formations, like savannas and fields. Cassini, in 1817 was the first to propose a system of classification for the family, which was later changed by several authors. Nowadays the family is divided in 12 subfamilies and 43 tribes. Among the parameters that can be obtained from cytogenetic studies, the number of chromosomes is the most commonly used. Its estimated that about 61,6% of Asteraceae genera have at least a count chromosome numbers, being reported wide variation (2n= 4 a ca. 432). The basic number x=9 is the most frequent. In spite of considerable number of works on the chromosomal count and karyotpe analysis from species of Asteraceae, this number is still very small when compared with species richness within the family. In respect of chromosomal studies used in the chromosome banding and in situ DNA hybridization, the works are more scarce. Before wealth of species, of karyotype diversity of family and of lack of data cytogenetics to subsidize the revaluation of delimitations of its taxonomic groups, this work aims to characterize the karyotype of several native species of Asteraceae from the Municipal Biological Reserve (MBR) of Japi, one of the last large areas of continuous forest of São Paulo, that has a great diversity of species of Asteraceae. We determined the chromosomal number, detailing the morphological characters of chromosomes (size and shape), and applied techniques of CMA/DAPI banding and FISH. We determined the chromosome number of 35 species, which are distributed in 14 tribes and 26 genera, ranging from 2n = 16-72. The most well represented tribes were Eupatorieae (9spp.), Vernonieae (6spp.) and Astereae (5spp.). Six new counts were determined and four differed from previous scores: Bidens subalternans (2n=72), Chromolaena odorata (2n=30), Praxelis kleineoides (2n=30) and Vernonia diffusa (2n=34). The karyotpes can be considered moderately symmetric, with index TF% ranging from 29 in Praxelis kleineoides (2n=30) to 44 in G. intermedia (2n=20). Sixteen species were submitted to technique of banding CMA/DAPI. There were variations of 2 to 12 CMA+/DAPI- bands. The technique of FISH revealed varied karyotypes in five species: Conyza sumatrensis var. leotheca, B. pilosa, Mikania sp, Vernonia diffusa and V. remotiflora showed 2 to 6 sites of 45S rDNA and 2 to 3 sites of 5S rDNA. Our data of banding CMA/DAPI and FISH are original for all studied species / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutora em Biologia Vegetal

Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-08-12T19:39:07Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-12T19:39:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Tese_versão_final_biblioteca_português.pdf: 2265965 bytes, checksum: 707851ccf48e28513fc34178bca7c739 (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Capes / Cromossomos holocêntricos apresentam atividade cinetocórica difusa e essa organização favorece, em teoria, rápidas variações cromossômicas numéricas e o acúmulo de DNA satélite (DNAsat) predominantemente nas regiões terminais dos cromossomos. O gênero de plantas Rhynchospora (Cyperaceae), um dos diversos grupos com esse tipo cromossômico, apresenta espécies com cariótipos entre 2n = 4 e 2n = 58, cuja variação é atribuída à poliploidia e a eventos de quebra/fusão, levando a disploidias. Quanto à distribuição de DNAsat, o único relato até o momento revelou uma baixa proporção dessas sequências, com o único repeat identificado (Tyba) associado aos holocentrômeros. Com o intuito de entender como a estrutura centromérica difusa interfere na organização de sequências ao longo do cromossomo e na evolução do cariótipo como um todo, foram realizadas uma análise de reconstrução dos números cromossômicos ancestrais de Rhynchospora em um contexto filogenético e a caracterização de DNAsats em três espécies do gênero. O complemento cromossômico 2n = 10 foi indicado como o mais provável para o ancestral do gênero, tendo sido mantido em diferentes taxa. A maioria dos clados mostrou números estáveis e a homoplasia de cariótipos foi observada em uma frequência relativamente baixa. Os genomas de R. ciliata/R. globosa e R. tenuis apresentaram duas e uma família(s) de DNAsat, respectivamente, com um padrão de condensação típico (blocos condensados em intérfase). Uma localização preferencial nos terminais cromossômicos foi observada apenas para os DNAsat de R. globosa. Três tipos de cromatina foram revelados pela distribuição dessas sequências: (1) associadas à heterocromatina e presente na forma de cromocentros em intérfase e blocos nos cromossomos metafásicos (R. ciliata e R. globosa); (2) compactados em interfase mas parcialmente descondensados em metáfase e não diretamente associados à heterocromatina (R. ciliata e R. tenuis); ou (3) associados aos holocentrômeros (R. ciliata e R. tenuis). De forma geral em Rhynchospora, os eventos de fusão e fissão parecem atuar localmente no remodelamento dos cariótipos e as sequências satélites não mostram uma tendência única de distribuição. A estrutura centromérica difusa, portanto, não determina em larga escala a dinâmica evolutiva dos cromossomos do gênero. / Holocentric chromosomes show diffuse kinetochore activity, what would lead to fast evolution of chromosome numbers and a biased distribution of satellite repeats. The plant genus Rhynchospora (Cyperaceae) possesses holocentric chromosomes and shows a large chromosome number variation (2n = 4 to 2n = 58) attributed to polyploidy and frequent fusion/fission events, leading to dysploidy. Regarding satellite repeats (satDNA), the only investigated species showed a low proportion of these sequences, with the single family identified associated to the holocentromeres. In the present work, aiming to better understand how the diffuse centromere organisation could interfere with the distribution of satellite repeats along the chromosomes and with the karyotype evolution as a whole, we combined a reconstruction of Rhynchospora chromosome numbers in a phylogenetic framework and the characterisation of satellite repeats in three selected species. The karyotype with 2n = 10 was suggested as the ancestral state and was maintained in different lineages. Most of the clades showed stable chromosome number and recurrent karyotypes changes (leading to homoplasies) were detected in low frequency. All Rhynchospora species analysed (R. ciliata, R. globosa and R. tenuis) showed a higher diversity of satellite repeats than R. pubera, with most of the repeats showing a typical condensation profile (clustered in interphase). A preferential terminal location on chromosomes was only observed for R. globosa satDNAs. These sequences, however, might represent different chromatin types, organized in distinct ways: (1) associated to the heterochromatin and clustered in interphase and metaphase (identified in R. ciliata and R. globosa only); (2) clustered in interphase but partially decondensed in metaphase and not associated to heterochromatin domains (R. ciliata e R. tenuis); (3) associated to the holocentromeres (R. ciliata e R. tenuis). Taken together, at least for Rhynchospora, fusion/fission events may not act in a broader way in the reshuffling of karyotypes and satellite repeats distribution do not appeared to be biased towards the chromosome termini. A non-localized centromere, therefore, must not constrain, in a large scale, the chromosome evolution of the genus.