Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Saulo da Luz e Silva / Resumo: As técnicas de biologia molecular utilizadas no melhoramento genético são uma alternativa para o aperfeiçoamento de características de interesse zootecnico. São publicados na literatura novos polimorfismos de genes candidatos posicionais ou funcionais com potencial de aplicação na seleção assistida por marcadores. Os genes IGF2, PMCH e RORC se apresentam, em função de pesquisas recentes, como candidatos para características de interesse em animais de produção. Os objetivos foram estimar as frequências alélicas e genotípicas dos polimorfismos IGF2/MboII, DQ499531.1:g.134A>T e DQ667048.1:g.3290G>T em bovinos de corte de diferentes grupos genéticos e avaliar a ocorrência de associações entre esses polimorfismos e características relacionadas à composição da carcaça e a qualidade de carne em animais abatidos em idade jovem. Foram utilizados dados de qualidade de carne e carcaça de 499 animais da raça Nelore e seus cruzamentos com raças taurinas. As frequências alélicas encontradas permitiram inferir que os alelos dos polimorfismos IGF2/MboII e DQ667048.1:g.3290G<T RORC diferem entre as subespécies Bos indicus e Bos taurus. Embora a relação entre o polimorfismo IGF2/MboII e a EGS nos animais estudados não tenha sido significativa após correção para múltiplos testes, sugerem que mais estudos devem ser realizados para verificar a influência desse polimorfismo sobre esta características de interesse em bovinos. Os SNPs estudados dos genes PMHC e RORC, com base nos resultados, inadequados para uso na seleção assistida por marcadores em bovinos com composição genética semelhantes as utilizadas nesta pesquisa / Abstract: The techniques used in molecular breeding are an alternative for the improvement of characteristics of zootechnical interest. Are published in the literature a new polymorphisms positional and functional of candidate genes with potential application in marker-assisted selection. The gene IGF2, PMCH and RORC are present, according to recent research, as candidates for traits of interest in farm animals. The objectives were to estimate the allele and genotype frequencies of polymorphisms IGF2/MboII, DQ499531.1: g.134A> T and DQ667048.1: g.3290G> T in beef cattle of different groups genetic and evaluate the occurrence of associations between these polymorphisms and traits related to carcass composition and meat quality in animals slaughtered at a young age. Data of meat quality and carcass of 499 Nellore and its crosses with taurine. Based on the results we can conclude that the allele frequencies found possible to infer that the alleles of the polymorphisms and IGF2/MboII DQ667048.1: g.3290G <T differ between subspecies Bos indicus and Bos taurus and although the relationship between polymorphism IGF2/MboII and EGS in the animals studied was not significant after correction for multiple tests, suggest that more studies should be performed to verify the influence of this polymorphism on this interesting traits in cattle. The SNPs studied genes RORC and PMHC seem, based on the results unsuitable for use in marker-assisted selection in cattle with the genetic composition similar those used in this study / Mestre

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Roberto Carvalheiro / Banca: João Ademir de Oliveira / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: No Brasil, são escassos os estudos referentes ao escore de condição corporal (ECC) de vacas de corte que, quando associado ao peso, têm impacto na produção de bezerros e na reprodução, pois reflete o balanço energético do corpo animal. Assim, o objetivo deste trabalho foi associar ECC com a prenhez de vacas Nelore e com o desempenho de seus produtos a desmama, bem como verificar se esta característica pode ser incluída nos critérios de seleção da raça Nelore. O ECC das vacas foi atribuído no diagnóstico de gestação ou no desmame, variando de 1 a 5. Por regressão logística, utilizando o método de seleção Stepwise, foram analisados os seguintes efeitos sobre o ECC: grupo de contemporâneos a desmama, peso e altura de garupa da vaca, ordem de parto, diagnóstico de gestação, histórico reprodutivo anterior à coleta do ECC, presença de bezerro ao pé e escores de C e P dos produtos a desmama. Na análise genética, elaborada usando-se inferência baeysiana, foram incluídos os mesmos efeitos anteriores, com peso e altura de garupa da vaca como co-variáveis, e acrescidos do efeito genético aditivo da vaca. Os resultados mostraram que vacas com ECC elevado emprenharam mais do que as de pior ECC, porém o desempenho dos seus bezerros foi inferior. Vacas multíparas foram mais pesadas e de escores mais magros (ECC 1 e 2). As correlações de Spearman entre ECC e suas fontes de variação foram, em sua maioria, de baixa magnitude. Os efeitos que mais explicaram a variação do ECC foram peso, grupo de contemporâneos e altura da garupa. A estimativa de herdabilidade do ECC foi igual a 0,22, com intervalo de credibilidade entre 0,13 e 0,31, valor de magnitude moderada, demonstrando a presença de ação gênica aditiva na determinação do ECC e que este pode ser utilizado como critério de seleção de vacas / Abstract: In Brazil few studies have been done on the body condition score (BCS) of beef cows. The knowledge of this score associated with body weight can produce an impact on calf production and cow's reproduction, because it reflects the energy balance of the animal body. The objective of this study was to associate BSC with pregnancy of cows and the performance of their calves at weaning, and to verify if this trait could be included as selection criteria. The BCS was recorded on pregnancy diagnosis or at weaning and ranged from 1 to 5. Applying logistic regression, using the Stepwise selection method, we analyzed the following effects on BSC: contemporary group at weaning, classes of weight and hip height of the cow, number of calvings, pregnancy diagnosis, reproductive history prior to collection BSC, the presence of calf and C and P score of calves at weaning. For the genetic analysis, performed using Baesyan inference, the same effects were considered, with weight and hip height as covariate, and also the genetic direct effect of the cow. The results showed that cows with higher BCS had better pregnancy rate than those with lower BSC, but the performance of their calves was worse. Multiparous cows were heavier and had leaner scores (BCS 1 and 2) than the primiparous ones. The Spearman rank correlation between BSC and their sources of variation were generally of low magnitude. Contemporary group, body weight and height of the cow were the effects that accounted for most of the variation of BSC. The heritability estimate of BCS was equal to 0.22 with credible interval ranging from 0.13 to 0.31, a moderate magnitude value that indicates the presence of additive genetic variation and that BSC can be used as selection criterion for cows / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Maria Eugênia Zerlloti Mercadante / Resumo: Na pecuária de corte, características de crescimento e de carcaça são de grande importância para programas de melhoramento genético. Para acelerar o processo de seleção, os marcadores moleculares auxiliam o estudo dessas características que são influenciadas por efeitos poligênicos. Os genes ACRP30, PPARGC1 e OLR1, foram associados à características ligadas a produção em Bos taurus taurus. Esses genes estão ligados aos processos de sínteses de lipídios, síntese metabólica e acúmulo de gordura no tecido adiposo. Em nosso estudo, foram genotipados 639 animais, através da técnica de PCR-RFLP, para os genes ACRP30/BsrI, PPARGC1/NheI e OLR/PstI, onde foram detectados polimorfismos correspondentes aos sítios de restrição. Para as linhas de seleção Controle (NeC), Seleção(NeS) e Tradição(NeT) em bovinos Nelore, do Instituto de Zootecnia de Sertãozinho-IZ, foram feitas associações com características de peso ao nascer, peso no desmame, peso ao sobreano das fêmeas, altura ao sobreano da garupa das fêmeas, peso ao sobreano dos machos, altura ao sobreano da garupa dos machos, área de olho de lombo, espessura de gordura da garupa, espessura de gordura subcutânea e polimorfismos nos genes estudados, utilizado o PROC MIXED, do programa SAS/STAT 9.1.3. para análises de associações e Teste de Fisher para diferenciação entre populações do programa Genepop. A correção dos testes de hipóteses para comparações múltiplas foi feita pelo método de Bonferroni Os genótipos apresentados foram associados com as características de crescimento e carcaça, não apresentando efeitos significativos na população estudada / Abstract: In beef cattle production, growth and carcass traits are of great importance for animal breeding programs. To speed up the selection process, molecular markers help to study traits that are influenced by polygenic effects. The ACRP30, PPARGC1 and OLR1 genes were validated in some studies for traits related to production in Bos taurus. This genes are linked to processes of lipids and metabolic synthesis and accumulation of fat in the adipose tissue. In this study, 639 animals were genotyped by PCR-RFLP, for genes ACRP30/BsrI, PPARGC1/NheI and OLR/PstI, where polymorphisms were detected, corresponding to the restriction sites. For selection lines Control (NeC), Selection (NeS) and Tradition (NeT) in Nellore cattle, from the Institute of Zootecnia from Sertãozinho - IZ, associations were made with polymorphisms in the studied genes and the trais birth weight, weaning weight, yearling weight, yearling rump height, ribeye area, rump fat thickness and subcutaneous fat thickness, using the PROC MIXED from SAS/STAT 9.1.3. program for association analysis, and Fisher Test for population differentiation from Genepop program. The correctness of the hypothesis tests for multiple comparisons was made using the Bonferroni. The genotypes found were associated with the with growth and carcass traits but showed no significant effects on the studied population / Mestre

Orientador: Roberto de Oliveira Roça / Coorientador: Marcelo Henrique de Faria / Banca: Heraldo César Gonçalves / Banca: Cyntia Ludovico Martins / Banca: Victor Cruz Rodrigues / Banca: Angélica Simone Cravo Pereira / Resumo: Objetivou se avaliar o efeito da suplementação no período das águas associada à terminação em pasto nas características de qualidade da carne de bovinos. Foram utilizados 48 bovinos Nelore, machos, não castrados, com 14 meses de idade e peso vivo médio inicial de 271 kg, distribuídos em quatro estratégias de suplementação (sem suplemento, suplemento proteico de 1g/kg, proteico/energético de 3g/kg e energético de 7g/kg do peso vivo), terminados em pasto de Brachiaria brizantha cv. Marandu e abatidos com peso médio de 492 kg. Foram retiradas amostras do músculo Longissimus thoracis para analise das características da carne. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado com quatro tratamentos. A suplementação não produziu efeito (p>0,05) sobre a cor, pH, perda de peso por cocção, área de olho-de-lombo, composição centesimal e perfil de ácidos graxos da carne. O menor valor de força de cisalhamento foi obtido na carne dos animais que receberam suplementação energética (6,84 kg), sem diferença (p>0,05) para o valor obtido pelos que receberam suplementação proteica (8,20 kg), mas diferente (p<0,05) do valor obtido pelos que não receberam suplementação (9,35 kg) e dos que receberam suplementação proteico/energética (8,30 kg). A suplementação não modifica as características da carne, mas o uso da suplementação energética aumenta a maciez da carne / Abstract: The purpose was to evaluate the effects of supplementation during the rainy season associated with the termination grass on the quality of meat from cattle. Forty-eight Nellore cattle, males, not castrated, with age of 14 months and average initial weight of 271 kg were divided into four supplementation strategies (no supplement, protein of 1 g/kg, protein/energy of 3 g/kg and energy of 7 g/kg of body weight), finished on pasture of Brachiaria brizantha cv. Marandu and slaughtered at an average weight of 492 kg. Samples were taken from Longissimus thoracis to analyze the characteristics of meat. The experimental design was completely randomized with four treatments. Supplementation had no effect (p>0.05) on color, pH, weight loss by cooking, rib-eye area, centesimal composition and fatty acid profile of meat. The lowest value of shear force was obtained in the meat of animals that received energy supplementation (6.84 kg), no difference (p>0.05) to the value obtained by receiving protein supplementation (8.20 kg), but different (p<0.05) the value obtained without supplementation (9.35 kg) and those who received protein/energy supplementation (8.30 kg). Supplementation does not modify the characteristics of the meat, but the use of energy supplementation increases the meat tenderness / Doutor

Orientador: José Luiz Moraes Vasconcelos / Banca: Pietro Sampaio Baruselli / Banca: Roberto Sartori Filho / Resumo: Quatro experimentos foram realizados para avaliar estratégias hormonais para induzir ovulação em novilhas Nelore. No experimento 1, (n = 1039) as novilhas receberam um dispositivo intravaginal contendo 1,9 g de P4 previamente utilizado por 27 dias (Quarto uso; CIDR-4) no Dia -12 ou nenhum tratamento (CIDR-0). O dispositivo foi removido no Dia 0 no tratamento CIDR-4 e a detecção de estro e IA foram realizadas nos Dias 1 a 7. No Dia 8, as novilhas não detectadas em estro foram avaliadas para determinar a presença do CL e receberam o mesmo tratamento novamente, seguido por detecção de estro e IA nos Dias 21 a 27. Todas as novilhas nos Experimentos 2 (n = 896), 3 (n = 839) e 4 (n = 948) receberam o tratamento CIDR-4 no Dia -12. No Experimento 2, as novilhas foram aleatoriamente distribuídas em um grupo Controle (sem tratamento adicional) ou para receberem 200 UI im de gonadotrofina coriônica equina (eCG) no Dia 0. No Experimento 3, as novilhas receberam os mesmos tratamentos descritos no Experimento 2 ou um tratamento que incluiu 200 UI im de eCG mais 0,5mg im de cipionato de estradiol (eCG+ECP) no Dia 0. No Experimento 4, as novilhas receberam os mesmos tratamentos descrito no Experimento 3 ou apenas 0,5mg im de ECP (ECP) no Dia 0. Nos Experimentos 2 e 3 , detecção de estro e IA foram realizadas nos Dias 1 a 7 e no Dia 8 as novilhas não detectadas em estro foram avaliadas para determinar presença de CL. No Experimento 4, as novilhas foram avaliadas para determinar a presença de CL entre os Dias 10 e 14. No Experimento 1, as novilhas tratadas com CIDR-4 tiveram maiores taxas de detecção de estro, indução de ovulação e prenhez comparadas ao Grupo CIDR-0. No Experimento 2, as novilhas tratadas com eCG tiveram maiores taxas de de detecção de estro, indução de ovulação e prenhez em... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Four experiments were conducted to evaluate hormonal strategies to induce ovulation in Nellore heifers. In Experiment 1, (n = 1039) heifers received a CIDR of fourth use (CIDR-4) on Day -12 or no CIDR (CIDR-0). The CIDR was removed on Day 0 in the CIDR-4 treatment, and estrus detection and AI were performed from Days 1 to 7. On Day 8, heifers not detected in estrus were evaluated for CL presence and received the same treatment again, followed by estrus detection and AI from Days 21 to 27. All heifers in Experiments 2 (n = 896), 3 (n = 839), and 4 (n = 948) received the CIDR-4 treatment on Day -12. In Experiment 2, heifers were randomly assigned to a Control group (no additional treatment) or to receive equine chorionic gonadotropin (eCG; 200 IU eCG im) on Day 0. In Experiment 3, heifers received the same treatments as in Experiment 2, or a treatment that included eCG and estradiol cypionate (eCG+ECP; 200 IU im of eCG plus 0.5 mg estradiol cypionate im) on Day 0. In Experiment 4, heifers received the treatments described in Experiment 3 or only ECP (ECP; 0.5 mg ECP) on Day 0. In Experiments 2 and 3, estrus detection and AI was performed from Days 1 to 7 and on Day 8 heifers not detected in estrus were evaluated for CL presence. In Experiment 4, heifers were evaluated for presence of a CL between Days 10 and 14. In Experiment 1 heifers treated with CIDR-4 had greater estrus detection, ovulation induction and pregnancy rates than in the CIDR-0 group. In Experiment 2, heifers treated with eCG had greater estrus detection, ovulation induction and pregnancy rates in 7 d than heifers in the Control group. In Experiment 3, heifers treated with eCG + ECP had greater estrus detection, ovulation induction and pregnancy rates than the Control and eCG treatments. In Experiment 4, ovulation induction was greater for... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Roberto Carvalheiro / Resumo: Este trabalho foi desenvolvido com o objetivo de estudar a associação genética entre características indicadoras de temperamento e de precocidade sexual de fêmeas bovinas da raça Nelore. Foram utilizados dados de temperamento de 7.500 bovinos machos e fêmeas com 18 meses de idade (sobreano) das safras de 2008 e 2009 da Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). As características indicadoras de precocidade sexual das fêmeas foram obtidas a partir do arquivo zootécnico da fazenda, para animais nascidos entre os anos de 1984 e 2009. O temperamento foi avaliado durante o manejo de pesagem ao sobreano por meio do teste de movimentação na balança (MOV), atribuindo-se escores de 1 (nenhum movimento) a 5 (animal salta, elevando os membros superiores pelo menos 2,5 centímetros do solo), teste de velocidade de fuga (VF), com uso de um dispositivo de células fotoelétricas que registra o tempo (em segundos) para percorrer uma distância determinada ao sair do tronco de contenção após o manejo de pesagem e o escore de temperamento (ET) realizado pela AJ, atribuindo-se escores 1 (animal calmo) a 5 (animal muito reativo - comportamento agressivo ao observador). Como características indicadoras de precocidade sexual foram utilizadas: a idade ao primeiro parto, em dias (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (PRECO), característica binária, com escore 2 para as novilhas que pariram até 30 meses de idade e escore 1 para as que falharam. Para a estimação dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para as características estudadas foi utilizada a Inferência Bayesiana. Para VF e IPP foi utilizado um modelo linear e para MOV, ET e PRECO um modelo não-linear (threshold). As estimativas de herdabilidade a posteriori para VF, MOV, ET, IPP e PRECO foram 0,27, 0,11, 0,16, 0,09 e 0,44, respectivamente. As correlações... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to estimate genetic associations between temperament and female sexual precocity traits in Nellore beef cattle. The temperament was assessed for 7,500 male and female cattle, at 18 months of age (yearling) and born in 2008 and 2009, from the herd of Agropecuária Jacarezinho Ltda. (AJ). The female sexual precocity traits were obtained from the files of the farm for animals born between 1990 and 2009. Temperament was evaluated during the handling for weight determination using a movement score (MOV), assigning scores from 1 (no movement) to 5 (animal jumps, raising the forelegs at least 2.5 cm of the soil); the flight speed (VF), using an electronic device that records the speed at which the animals exit the crush (in m/s) and; temperament score (ET), already in use by AJ, assigning a score from 1 (animal calm) to 5 (animal very reactive - aggressive behavior toward the observer). The female sexual precocity traits used were: age at first calving, in days (IPP) and; occurrence of precocious pregnancy (PRECO), a binary trait in scores of 2 for heifers that calved until 30 months of age and, 1 for the heifers that failed. Bayesian Inference was used for estimation of (co)variance components and genetic parameters. For VF and IPP, a linear model was applied and for MOV, PRECO and ET, a threshold model. The heritability estimates for VF, MOV, ET, IPP and PRECO were 0.27, 0.11, 0.16, 0.09 and 0.44, respectively. The genetic correlations of IPP with VF (0.14), MOV (0.13) and ET (0.09) were all low, as well as for PRECO with VF (-0.19), MOV (-0.03) and ET (-0.03). Although low, all correlations were in a favorable direction, indicating that the temperament is positively associated with sexual precocity. These results suggest that to improve the beef cattle temperament and the sexual precocity, these traits... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Juliana Meola / Resumo: Os marcadores genéticos podem auxiliar na seleção em características de importância econômica com a definição de regiões no DNA que expliquem proporções de sua variação. Este estudo teve como objetivo verificar a existência dos polimorfismos GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C e GHR g.257A>G em bovinos Nelore pertencentes ao programa de seleção da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho-SP, avaliar a influência da seleção para peso sobre estes polimorfismos, além de, analisar suas associações com o peso corporal em diferentes idades, altura na garupa ao ano e ao sobreano, espessura de gordura na carcaça e área de olho de lombo. Foram genotipados 645 animais por PCR-RFLP. As análises de associação foram realizadas com a técnica dos modelos mistos, considerando o efeito de dois marcadores e a interação entre os mesmos. Apenas os marcadores GH1 g.1047T>C e GHR g.229T>C foram polimórficos, no entanto não estão sobre efeito da seleção aplicada ao rebanho. Foi observada associação do marcador GHR g.229T>C com a área de olho de lombo (p<0,03) e efeito da interação entre os marcadores sobre o peso corporal de fêmeas aos 550 dias de idade (p<0,04). Assim, o marcador GHR g.229T>C caracteriza um potencial instrumento de auxílio para a seleção nesse rebanho e o efeito de interação deve ser considerado em situações em que seja conhecida a interatividade entre dois genes / Abstract: The genetic markers can assist the selection of economic important traits with the definition of DNA regions that explain part of the trait variation. This work has the aim to verify the presence of polymorphisms GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C and GHR g.257A>G in Nellore cattle from the selection program of Animal Science Experimental Station, Sertãozinho-SP, evaluate the influence of the growth selection in these polymorphisms and analyze their association with body weight at different ages, hump height at 378 days and 550 days, carcass fat thickness and rib eye area. 645 animals were genotyped by PCR-RFLP. The association analyses were performed using the mixed model considering the two markers effect and the interaction among markers. Only the markers GH1 g.1047T>C and GHR g.229T>C were polymorphic, however they were no under effect of the selection. It was observed association between the marker GHR g.229T>C and the trait rib eye area (p<0,03) and effect the interaction among the two markers with the dam body weight at 550 days of age (p<0,04). Therefore, the marker GHR g.229T>C can be a potential tool to assist selection of females in this herd. The interaction effect may be considered in the cases that the interaction between the genes is known / Mestre

Orientador: Mauricio Mello de Alencar / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Luiz Lehmann Coutinho / Resumo: Um maneira de identificar regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é por meio de genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). Essas assinaturas de seleção podem ser identificadas principalmente pelas frequências alélicas, altas e não usuais, dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs, por meio do software AlphaPhase. A reconstrução dos haplótipos e a detecção de assinaturas de seleção recentes foram realizadas por meio do software Sweep v1.1, que faz uso da aplicação da metodologia da homozigose do haplótipo estendido (EHH). A identificação dos genes foi realizada pela localização das regiões de assinaturas de seleção por meio da plataforma Gbrowse UMD 3.1 e a anotação funcional foi conduzida com o auxílio da ferramenta de classificação funcional de genes, disponível no programa DAVID. Foram detectadas mais de 2000 regiões de possíveis assinaturas de seleção recente e 545 genes posicionais. Vários genes foram relacionados com crescimento, metabolismo muscular e adiposo, características reprodutivas e sistema imunológico. Os resultados encontrados podem auxiliar o avança das pesquisas na raça Nelore, como o estudo de associação ampla do genoma das regiões significativas com os fenótipos das características de interesse / Abstract: One way to identify genomic regions controlling complex traits under selection is by genotyping on high density platforms of single nucleotide polymorphisms (SNPs). Selection signatures can be identified mainly by allele frequencies, unusual high, of adjacent loci to favorable mutations. With the purpose to detect evidence of recent selection signatures in Nellore cattle genome, 796 individuals were genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip, which has more than 777,000 SNPs and, after that, phase of SNPs were inferred by AlphaPhase 1.1. Haplotypes reconstruction and detection of recent selection signatures were realized using Sweep v1.1, applying Extended Haplotype Homozygosity methodology (EHH). Gene identification was performed by the location of selection signatures regions through the Gbrowse UMD 3.1 platform and the functional annotation was made using the tool of the functional classification of genes, available in the software DAVID. We detected more than 2,000 possible regions of recent selection signatures and 545 positional genes. Several genes were related to growth, muscle and fat metabolism, immune and reproductive characteristics. These results may help the progress of research in Nellore cattle, as the study of genome-wide association of significant regions with the phenotypes of interest / Mestre

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: O hormônio da grelina é produzido pela parede do estômago e possui principal função orexígena, além de estimular a secreção do hormônio do crescimento e atuar no balanço energético, sendo proposto como gene candidato para identificação de marcadores genéticos associados com características de importância econômica. Marcadores genéticos moleculares quando associados a características de importância econômica podem auxiliar na avaliação genética, diminuir o intervalo de gerações e aumentar o ganho genético dos animais. Foram utilizados 231 animais para estudar o gene do hormônio da grelina (GHRL) para a identificação de marcadores moleculares e foram encontrados seis polimorfismos do tipo SNP no íntron 2 e 4 e no éxon 5. As posições dos SNPs no gene e as substituições são: g.1905 A>G, g.2068 T>C, g.4190 T>C, g.4269 A>G, g.4384 T>C, g.4450 T>C, sendo que três SNPs estavam em desequilíbrio de ligação. Os SNPs foram encontrados em regiões intrônicas e 3'UTR, entretanto, houve associações de SNPs, utilizando o Teste F, com as características peso ao ano para machos (P378), peso ao sobreano para fêmeas (P550), consumo de matéria seca (CMS); área de olho de lombo ao ano (AOLa); altura na garupa em fêmeas (ALTf); espessura de gordura subcutânea no lombo (EGLa) e na garupa (EGGa) ao ano (P≤0,05). Foram formados haplótipos, mas apenas os haplótipos associados com característica EGGa apresentaram diferenças significativas (P≤0.05). Também houve aplicação do teste de Bonferroni para todas as análises, entretanto apenas os haplótipos associados com a característica EGGa apresentaram diferenças significativas para esse teste / Abstract: The hormone ghrelin is produced by stomach wall and has main function is food intake, besides stimulating the secretion of growth hormone and act on energy balance, it is proposed as a candidate gene for identification of genetic markers associated with important economic traits. When molecular genetic markers associated with traits of economic importance in the genetic evaluation may help decrease the generation interval and increasing the gain genetic of the animals. Were used 231 animals to study the hormone ghrelin gene (GHRL) for the identification of molecular markers and six SNP polymorphisms were found in intron 2 and 4 and exon 5. The positions of the SNP in the gene and yours substitutions are: g.1905 A> G, g.2068 T> C, g.4190 T> C, g.4269 A> G, g.4384 T> C, T g.4450 > C, and three SNP were in linkage disequilibrium. The SNP were found in intronic and 3'UTR regions, however, there were associations of SNPs using the F test, with traits male weight at 378 days of age (P378), heifer weight at 550 days of age (P550), dry matter intake (CMS), longissimus mucle area (AOL); heifer height (ALTf), backfat thickness (EGL) and rump fat thickness croup (EGG) (P ≤ 0.05). Haplotypes were formed, but only the haplotypes associated with characteristic EGG significant differences (P ≤ 0.05). There was also applying the Bonferroni test for all analyzes, however only the haplotypes associated with the characteristic EGG significant differences for this test / Mestre

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: O presente estudo foi desenvolvido a fim de detectar associações entre polimorfismos conhecidos nos genes relacionados com o tecido adiposo e a precocidade sexual em bovinos da raça Nelore. Foram analisadas 1.085 novilhas precoces e não precoces provenientes de fazendas participantes do programa de melhoramento genética da Conexão Delta G. Foram utilizados SNPs do painel de 777.000 SNPs do High Density Bovine SNP BeadChip, localizados dentro da região dos genes candidatos e com uma distância de até 5 Kb, pois sabe-se que com essa distância há desequilíbrio de ligação (LD). Apenas 445 novilhas, precoces e não precoces, foram genotipadas, nas outras 640 foi utilizado o número médio de cópias de cada alelo na população genotipada. Para a análise estatística foram utilizados modelos lineares. Os programas fastPHASE e GenomeStudio foram utilizados para a reconstrução dos haplótipos e análise do LD a partir da estatística r². Foram analisados 54 genes candidatos e um total de 443 SNPs, dentre esses 370 eram formadores de 83 haplótipos e o restante dos SNPs foram estudados isoladamente. As análises estatísticas revelaram que apenas dois haplótipos formados por dois e quatro SNPs localizados no gene FABP4 e PPP3CA e um SNP isolado no gene PPP3CA, tiveram efeito significativo ao nível de p<0,05 para a precocidade sexual. Com isso, pode-se concluir que os genes FABP4 e PPP3CA influenciam a precocidade sexual e, podem desse modo serem considerados em programas de seleção que visem melhorias na precocidade sexual de animais da raça Nelore / Abstract: The aim of this study was to evaluate possible associations between known polymorphisms in genes related to adipose tissue and sexual precocity in Nellore cattle. 1,085 precocious and non-precocious heifers belonging to Delta G Connection (Conexão Delta G) breeding program were analyzed. A subset of SNPs from the panel of High Density Bovine SNP BeadChip of 777,000 SNPs was evaluated. This subset of SNPs is located within a region of candidate genes with a distance up to 5 Kb, since it is considered that in this distance there is linkage disequilibrium (LD). Only 445 precocious and non-precocious heifers were genotyped, for the remained 640, the average number of copies of each allele from the genotyped population, was used. The statistical evaluation was made by linear models. To analyze the reconstruction of haplotypes and LD presence, the fastPHASE and GenomeStudio softwares were used, using r2 procedure. In total, 54 candidate genes and 443 SNPs were analyzed. Among these SNPs, 370 formed 83 haplotypes while the remained SNPs were studied separately. The statistical analyses revealed that only two sets of haplotypes, formed by two and four SNPs located on FABP4 and PPP3CA, and one isolated SNP on PPP3CA gene, had significant effect (p<0.05) for the sexual precocity trait. These results indicate that FABP4 and PPP3CA genes have an influence on sexual precocity of the animals and should be considered in selection breeding programs in Nellore cattle to evaluate this trait / Mestre