Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Fabiano Alvim Barbosa / Resumo: O objetivo geral deste trabalho foi estimar valores econômicos para um sistema de recria e engorda a partir de um Modelo Bioeconômico detalhado de quatro sistemas de produção, utilizando animais da raça Nelore e Cruzados. Os quatro modelos foram compostos da seguinte forma: 1)animais de composição 100% Nelore recriados e terminados a pasto; 2) animais de composição ½ Taurino X ½ Nelore recriados e terminados a pasto; 3) animais de composição 100% Nelore recriados a pasto e terminados em sistema de confinamento; 4) animais de composição ½ Taurino X ½ Nelore recriados a pasto e terminados em sistema de confinamento. Os valores econômicos foram estimados para as seguintes características: Ganho Médio Diário (GMD), Rendimento de Carcaça (RC), Consumo Alimentar (CA) e Energia de Mantença (EM), para cada um dos modelos propostos.Os valores econômicos dos modelos Pasto + Confinamento, baseados em R$/animal/ano foram superiores aos valores econômicos dos modelos Pasto. Isto se deve à maior eficiência dos animais que estão ocupando as áreas de pastejo, ou seja, animais mais leves e jovens possuem um menor custo para ganhar o mesmo peso do que animais mais pesados e adultos. Produzem-se mais arrobas em pastejo durante os modelos Pasto + Confinamento, quando comparado aos modelos Pasto, devido ao confinamento dos animais. As características estudadas possuem um grande impacto econômico nos sistemas de recria e engorda conforme os modelos propostos, com grande vantagem, nestes modelos, para a característica de RC. O GMD foi a segunda característica com maior valor econômico para os sistemas. As características de consumo alimentar e energia de mantença estão diretamente ligadas devido aos cálculos realizados para estimação de consumo. Estas características apresentam importância significativa no ponto de vista econômico, porém são pouco exploradas em programas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The general objective of this work was to estimate economic values for growing and finishing systems from a detailed Bioeconomic Model of four production systems, using Nelore breed and Crossbreed animals. Those four systems were composed by the following way: 1) animals with composition 100% of Nelore blood, growing and finishing period on pasture. 2) animals with composition ½ Taurus X ½ Nelore growing and finishing on pasture. 3) animals with composition 100% Nelore growing on pasture and finishing on feedlot system. 4) animals with composition ½ taurus X ½ Nelore growing on pasture and finishing on feedlot system. The economic values was estimated for the following traits: Average Daily Gain (ADG), Dressing Percentage (DP), Feed Consumption (FC) and Maintenance Energy (ME) for each proposed system. The economic values of Pasture + Feedlot systems based on R$/animal/yearwere in majority traits, higher than the economic values of Pasture models. This is due to the higher efficiency of animals that are occupying the grazing areas, i.e., lighter and young animals have a lower cost for the same weight gain than heavier and adults animals. Produces more arrobas in grazing during the Pasture + Feedlot models when compared the Pasture models, due to confinement of animals. The studied traits have a major economic impact on the growing and finishing systems as the models proposed, with great importance, in these models, for the traits of dressing percentage. Average daily gain was the second trait with greater economic value for the system. The traits of food consumption and maintenance energy are directly linked because of calculations to estimate consumption, and are traits with significant importance in the economic point of view, and explored by genetic evaluations programs in Brazil. Feed consumption and maintenance energy are important traits when evaluating... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Mateus José Rodrigues Paranhos da Costa / Coorientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Evaldo Antonio Lencioni Titto / Banca: Mauricio Mello de Alencar / Banca: Andrea Roberto Bueno Ribeiro / Resumo: O objetivo deste estudo foi identificar, dentre diferentes medidas de temperamento, a mais adequada para avaliação do temperamento de bovinos de corte, tendo em conta a praticidade de sua aplicação e possibilidade de utilização em programas de melhoramento genético. Como objetivos específicos buscamos: 1) avaliar a associação entre as escalas qualitativas de classificação do temperamento com quatro métodos tradicionalmente utilizados e, avaliar a possibilidade de uso deste método como indicador do temperamento de bovinos; 2) estimar parâmetros genéticos para diferentes indicadores do temperamento e avaliar a possibilidade de aplicação destes como critérios de seleção; 3) estimar a associação genética entre temperamento e características de crescimento na raça Nelore. O temperamento foi avaliado para 23.420 animais machos e fêmeas ao sobreano, em idade próxima aos 550 dias, nascidos entre 2002 e 2009 com uso de um escore de temperamento (TS), baseado em uma escala de 1 a 5 que considera a reação do animal, após sair do tronco de contenção. Além disso, 9.150 indivíduos nascidos em 2008 e 2009 foram avaliados para as seguintes características: escore de movimentação (MOV), em escala de 1 a 5 de acordo com a sua movimentação no tronco de contenção; escore de tronco (CS), em que são atribuídas notas de 1 a 4 para a reatividade geral do animal dentro do tronco de contenção; e velocidade de fuga (VF), que é um registro da velocidade (em m/s) com que os animais saem do tronco de contenção após a pesagem. As características de crescimento avaliadas foram peso à desmama (PD) e ganho de peso médio diário pós-desmama (GMD). Foi utilizada Inferência Bayesiana com Amostragem de Gibbs para estimar os componentes de (co) variância e valores genéticos dos animais. As estimativas de herdabilidade para VF, TS, CS e MOV foram... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to identify, among several indicators, the most adequate method to assess beef cattle temperament on farms, considering its feasibility and possibility of use in breeding programs. The specific objectives were: 1) to access the relationship of observer temperament ratings, the qualitative behavior assessment methos (QBA) with four others traditional methods, and to evaluate the possibility of using QBA as an indicator of cattle temperament; 2) to estimate genetic parameters of four temperament indicator traits for Nellore cattle, and to evaluate the possibility of using such traits as selection criteria in breeding programs; and 3) to estimate the genetic association between four temperament indicators and growth traits in Nellore cattle. Temperament was assessed for 23,420 male and female animals at yearling age, approximately 550 days, which were born between 2002 and 2009. A temperament score (TS) was used, which is based on a scale from 1 to 5 and considers the animal's reaction after exiting the crush. Moreover, 9,150 individuals born between 2008 and 2009 were measured for the following traits: Movement Score (MOV), where animals were scored from 1 to 5 according to their movement inside the crush; Crush Score (CS), which assigns scores from 1 to 4 for an animal's general reactivity inside the crush; and Flight Speed (FS), which is a recording of the speed (in m/s) at which the animals exit the crush after being weighed. The growth traits evaluated were weaning weight (WW) and post weaning average daily gain (ADG), for male and female animals born between 1990 and 2009. Bayesian Inference using Gibbs Sampling was applied to estimate (co)variance components and breeding values of the animals. Heritability estimates for FS, TS, CS, and MOV were 0.35, 0.15, 0.19, and 0.18, respectively. The genetic correlation estimates of FS with TS (0.85), CS (0.85)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto de Oliveira Roça / Coorientador: Taciana Vilella Savian / Banca: André Mendes Jorge / Banca: Cyntia Ludovico Martins / Banca: Sérgio Bertelli Pflanzer / Banca: Cristiana Andrighetto / Resumo: Com o objetivo de avaliar os efeitos da imunocastração sobre parâmetros de desempenho, 60 bovinos foram terminados por 90 dias em confinamento, sendo 30 Nelores e 30 cruzados (50% Nelores x 50% Aberdeen Angus) divididos uniforme e aleatoriamente em 3 condições sexuais (não castrados, castrados cirurgicamente e imunocastrados). Os pesos vivos, ganho médio de peso diário, consumo de matéria seca, conversão alimentar, consumo de matéria seca em relação ao peso vivo, ganho de peso médio diário e eficiência alimentar foram obtidos. A interação entre as condições sexuais e os grupos genéticos foi significativa para peso vivo ao início e ao final do confinamento, conversão alimentar e eficiência alimentar. Dentro do grupo genético dos cruzados, os animais imunocastrados apresentaram pesos vivos médios, obtidos ao início e ao final do confinamento, semelhantes aos dos animais não castrados e superiores aos dos animais castrados cirurgicamente. Por outro lado, os Nelore apresentaram pesos vivos médios, obtidos ao início e ao final do confinamento, semelhantes aos animais castrados cirurgicamente e inferiores aos animais não castrados. Não foram encontradas diferenças no consumo de matéria seca, e consumo de matéria seca em relação ao peso vivo entre as condições sexuais. Os animais não castrados demonstraram maiores valores de ganho de peso médio diário do que os castrados cirurgicamente e os imunocastrados, sendo que esses últimos apresentaram ganho de peso médio diário semelhantes. Não foram encontradas diferenças nos valores médios de ganho de peso médio diário e consumo de matéria seca em relação ao peso vivo entre animais Nelore e cruzados. Entretanto, os animais cruzados apresentaram maior consumo de matéria seca quando comparados aos animais Nelore... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: With the objective of evaluating the effects of immunocastration on performance parameters , 60 animals were terminated 90 days confinement , 30 and 30 crossed Nellore ( Nellore 50 % x 50 % Aberdeen Angus ) uniformly and randomly divided in 3 sexual conditions (not castrated surgically castrated and immunocastrated ) . The live weight , average daily gain , dry matter intake , feed conversion , dry matter intake relative to body weight , average daily weight gain and feed efficiency were obtained . The interaction between sexual conditions and genetic groups was significant for body weight at the beginning and end of the experiment , feed conversion and feed efficiency . Within the genetic group of Crusaders , the immunocastrated animals showed average live weights obtained at the beginning and end of the experiment , similar to those of uncastrated animals and superior to those of surgically castrated animals . On the other hand, Nellore present average live weights obtained at the beginning and end of the experiment , similar to surgically castrated and uncastrated animals inferior to animals . No differences in dry matter intake and dry matter intake in relation to body weight between sexual conditions were found . The uncastrated animals showed higher values ​​of average daily weight gain than surgically castrated and immunocastrated , while the latter showed similar average daily gain weight. No differences were found in mean average daily gain and dry matter intake in relation to body weight between Nellore and crossbred weight... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto de Oliveira Roça / Coorientador: Marcelo Henrique Faria / Banca: Cyntia Ludovico Martins / Banca: Pedro Eduardo de Felício / Resumo: A qualidade da carne está diretamente ligada as exigências do consumidor, que considera dureza, amora, sabor, suculência e coloração. Desta forma o presente trabalho tem por objetivo verificar o efeito da imunocastração na composição centesimal, análise sensorial e perfil de ácidos graxos da carne de bovinos Nelore e cruzados ½Nelore x ½Aberdeen-Angus, 60 animais distribuídos em um delineamento em esquema fatorial 2 x 3, sendo grupos genéticos e condições sexuais, com castração cirúrgica, imunocastração e não castrados, totalizando 6 tratamentos com 10 animais . Os animais foram abatidos e as carcaças resfriadas. Após 24 horas, foram utilizadas amostras do M. longissimus thoracis da 11ª à 13ª costela da carcaça direita, embaladas a vácuo e congeladas. Entre as condições sexuais estudadas, não foram encontradas diferenças nos valores médios de proteína, extrato etéreo e resíduo mineral fixo, sendo apenas a umidade diferente. Entre os grupos genéticos, os valores médios da composição centesimal apresentaram diferença para umidade, extrato etéreo e resíduo mineral fixo, sendo a umidade elevada para a carne dos animais cruzados, o extrato etéreo e o resíduo mineral fixo com maiores teores para a carne dos animais Nelore. As variáveis, sabor, maciez, mastigabilidade e suculência apresentaram melhores valores para a carne de animais cruzados. No perfil de ácidos graxos, entre as condições sexuais, foram encontradas diferenças no ácido miristoléico (C14:1), no ω6 (ômega 6) e na proporção de ácidos graxos poliinsaturados/ácidos graxos saturados, com maiores resultados... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The quality of meat is directly linked to consumer demands, which considers hardness, blackberry, flavor, juiciness and color. Thus, the present study aims to determine the effect of immunocastration proximate composition, sensory analysis and fatty acid profile of meat from Nellore and is crossed Nellore x ½ Aberdeen-Angus, 60 animals were allotted to a factorial 2 x 3 with genetic conditions and sex groups, with surgical castration, immunocastration and unneutered, totaling 6 treatments with 10 animals. The animals were slaughtered and the carcasses chilled. After 24 hours, samples were used of M. longissimus thoracis from the 11th to the 13th rib on the right casting, vacuum packed and frozen. Between sexual conditions studied, no differences were found in mean values of protein, lipids and fixed mineral, with just different humidity. Among genetic groups, the mean values of centesimal composition showed differences for moisture, ether extract and fixed mineral residue, and high humidity for the meat of crossbred animals, ether extract and fixed mineral with higher levels for the meat of Nellore . Variables , taste, tenderness , juiciness and chewiness showed better values for beef and crossbred animals . In the fatty acid profile between sexual conditions , differences were found in myristoleic acid ( C14 : 1 ) , the ω6 ( omega 6 ) and the ratio of polyunsaturated / saturated fatty acids fatty acids with greater results found in the flesh of animals not castrated . Among genetic groups the results differed due to the influence of racial characteristics , with the best values in meat from Nellore , because the selection of forage taken by animals . The use of immunocastration proved effective in aspects related to composition , sensory analysis and meat fatty acid profile when compared with surgically... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Mário De Beni Arrigoni / Coorientador: Cyntia Ludovico Martins / Banca: José Luís Moraes Vasconcelos / Banca: Ciniro Costa / Banca: Rodrigo Dias Lauritano Pacheco / Banca: Sérgio Raposo de Medeiros / Resumo: O objetivo deste estudo foi avaliar os efeitos da duração de protocolos de adaptação às dietas com alta inclusão de concentrados sobre o desempenho, características de carcaça (CC), comportamento ingestivo (CI) e variação diária na ingestão de matéria seca (VDIMS) de bovinos Nelore terminados em confinamento. O delineamento experimental foi em blocos inteiramente casualizados, em arranjo fatorial 2 × 2, sendo os fatores protocolos de adaptação (escadas e restrição) e tempo de durações dos mesmos (9 e 14 dias), totalizando 24 baias, com 6 repetições (baia) por tratamento (5 animais/baia), com 120 Nelores machos não castrados (361,3 ± 30,2 kg), distribuídos em 6 blocos. Foi observado para os animais do protocolo de restrição menor ingestão de matéria seca (IMS) em quilogramas no período de 0 a 28 dias (P=0,01) e 0 a 56 dias (P=0,10) (9,01 vs. 9,67 e 10,18 vs. 10,66), menor IMS em porcentagem de peso vivo (PV) no período de 0 a 28 dias (P=0,01) e 0 a 56 dias (P=0,03) (2,36 vs. 2,52 e 2,47 vs. 2,58). Para conversão alimentar, eficiência alimentar e custo para ganhar um quilo de PV, os animais do protocolo de restrição tiveram melhores valores no período de 0 a 56 dias (P=0,06) e 0 a 84 dias (P=0,04) (0 a 56 dias: 5,61 vs. 5,97; 0,179 vs. 0,169 e 3,32 vs. 3,53 - 0 a 84 dias: 6,08 vs. 6,38; 0,165 vs. 0,157 e 3,59 vs. 3,77). Foi observado (P=0,0056) efeito principal de protocolo na VDIMS, com maiores valores para os animais adaptados pelo protocolo em escadas na fase de adaptação (0,524 vs. 0,438). No CI, animais do protocolo de restrição apresentaram menor tempo de ruminação (TR) (P<0,01) (304,00 min/d vs. 398,59 min/d), idas ao bebedouro (IB) (P=0,03) (7,40 vs. 8,32), tempo de alimentação por refeição (P<0,01) (5,47 min vs. 7,41 min) e eficiência de ruminação da MS (ERUMS) (P<0,01) (41,93 min/kg vs. 47,76 min/kg)... (resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: One hundred and twenty, 24-mo-old Nellore bulls (361.3±30.2 kg) were fed in 24 pens for 84-d to determine effects of adaptation protocol and length period on feedlot performance, carcass traits, feeding behavior and dry matter intake fluctuations (DMIF) of Nellore cattle. A completely randomized block design with a 2×2 factorial arrangement and 6 replications was used (5 bulls/pen). Factors include adaptation protocols, restricted finishing diet intake (REST) as a means of dietary adaptation compared with diets increasing in concentrate (STEP) over periods of either 9 or 14 d. Low dry matter intake (DMI) in kilograms for the REST animals in the period from 0 to 28 days (P=0.01) and 0 to 56 days (P=0.10) (9.01 vs 9.67 and 10.18 vs. 10.66) as well as low DMI in percentage of body weight (BW) in the period from 0 to 28 days (P=0.01) and 0 to 56 days (P=0.03) (2.36 vs 2.52; 2.47 vs. 2.58) were observed. REST animals showed better values in the period from 0 to 56 days (P=0.06) and 0 to 84 days (P=0.04) in feed conversion, feed efficiency and cost to gain one kilogram of BW (0 to 56 days: 5.61 vs 5.97, 0.179 vs 0.169 and 3.32 vs 3.53 - 0 to 84 days: 6.08 vs 6.38, 0.165 vs 0.157 and 3.59 vs 3.77). STEP animals presented (P=0.0056) higher DMIF at adaptation phase (0.524 vs 0.438). Regarding feeding behavior, REST animals presented lower chewing time (P<0.01) (304.00 min/d vs 398.59 min/d), lower number of visits to drink water (P=0.03) (7.40 vs 8.32), less meal time (P<0.01) (5.47 min vs 7.41 min) and lower chewing dry matter efficiency (P<0.01) (41.93 min/kg vs 47.76 min/kg). Moreover, interaction between protocol and days (P<.0001) to daily feed time, total chewing time, inactivity time, DMI and daily feed efficiency of dry matter was observed, in which REST animal provided the best values along the observation days... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: O temperamento bovino é uma característica que influencia o potencial produtivo de rebanhos por estar correlacionada com o desempenho dos animais e ter relação com aspectos facilitadores das atividades de manejo, bem-estar e segurança dos animais e funcionários. Deste modo, é importante a compreensão de fatores ambientais e genéticos que influenciam essa característica, a fim de estabelecer métodos de seleção para animais com temperamento mais adequado. Esse estudo teve o objetivo de estimar parâmetros genéticos para escore de temperamento de bovinos da raça Nelore, entre os quais a correlação genética desta característica com o peso à desmama, utilizando-se diferentes modelos estatísticos. Foram utilizados 285.020 registros de escore de temperamento (TEMP) e peso a desmama (PDES) de animais da raça Nelore controlados pelo Programa de Melhoramento Genético da CRV Lagoa Ltda. Os dados foram analisados utilizando-se 5 modelos estatísticos: análise uni-catacterística de PDES (modelo linear 1), TEMP (modelo linear 2) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-linear 3), pelo método de máxima verossimilhança restrita, análise uni-característica para TEMP (modelo limiar 4) e bi-característica considerando PDES e TEMP (modelo linear-limiar 5), por meio de inferência bayesiana. O peso a desmama (PDES) foi considerado na análise bi-característica com temperamento visando investigar eventuais efeitos de seleção sequencial, também possibilitando estimar a correlação genética entre estes dois critérios de seleção. As herdabilidades estimadas de TEMP foram da ordem de 0,21 ± 0,003 (modelos lineares em análises uni e bi-característica) e 0,26 (modelo de limiar e modelo limiar-linear-intervalo de confiança a 95%, IC95%, compreendido entre 0,21 e 0,32). As correlações genéticas estimadas entre TEMP e PDES foram de baixa a moderada magnitude ... / Abstract: Temperament is a trait that influences the production potential of livestock because it is related to performance traits as well as the day by aspects of handling, welfare and of animals and employees safety. So, it is important to understand the environmental and genetic factors that influence temperament in order to establish methods of selection for animals with suitable temperament. The objectives of this study were to estimate genetic parameters for temperament score of Nelore cattle, among them the genetic correlation of temperament and weaning weight, using different statistical models. Records on 285,020 temperament score (TEMP) and weaning weight (PDES) of Nellore cattle controlled by the breeding program of CRV Lagoa Ltda were used. Data were analyzed using 5 statistical models: uni-trait model for PDES (linear model 1) and TEMP (linear model 2), two-trait model considering PDES and TEMP (linear-linear model 3), an uni-trait threshold model for TEMP (threshold model 4) and a bi-trait threshold model for PDES and TEMP (linear- threshold model 5), using Bayesian inference. The characteristic weaning weight (PDES) has been considered in the bi-trait analysis with temperament in order to investigate possible effects of sequential selection, and also to estimate the genetic correlation between these two selection criteria. Heritability estimates of TEMP were approximately 0.21 ± 0.003 (linear models for univariate and bi-trait models) and 0.26 (threshold model and linear-threshold model confidence interval of 95%, comprised between 0.21 and 0.32.) The genetic correlation between TEMP and PDES was low to moderate (-0.33 ± 0.01 (linear-linear model) and 0.34 (95% CI: -0.40, -0.28) (linear threshold model). The temperament is a moderately heritable trait and can respond to selection. The correlations between EBVs of animals obtained based on five models were quite high (> 0.92). The use ... / Mestre

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes Oliveira / Banca: Arthur dos Santos Mascioli / Resumo: O crescente mercado de carne bovina brasileiro tem sinalizado a busca de rebanhos mais produtivos e com maiores proporções de animais precoces ao abate, de grande importância a seleção para precocidade sexual. Existem evidências que o perímetro escrotal está correlacionado, negativa e favoravelmente, com a idade ao primeiro parto de fêmeas. Portanto, a seleção para aumentar o perímetro escrotal, em longo prazo, deve levar a um aumento na precocidade sexual das fêmeas. No Brasil a pressuposição comumente assumida é a ausência de interação genótipo-ambiente (IGA) nas características de interesse econômico para a raça Nelore. Ainda são escassos os estudos de IGA para características de precocidade sexual, como o perímetro escrotal. O objetivo do presente trabalho foi quantificar a magnitude da IGA sobre o perímetro escrotal ao sobreano em machos da raça Nelore utilizando normas de reação. Foram utilizadas 31.370 medidas de machos da raça Nelore de propriedades localizadas no Sul, Centro-Oeste e Sudeste do Brasil. Os diferentes grupos ou descritores ambientais foram definidos conforme a informação de ano e estação de nascimento, fazenda de origem dos dados e grupo de manejo alimentar (nascimento, desmama e sobreano). Para a estimação dos parâmetros genéticos foi aplicado um modelo animal utilizando análises de regressão aleatória, em análises uni-característica, utilizando polinômios de Legendre como funções base. Para perímetro escrotal foram considerados a idade do animal no momento da avaliação como consequência aleatória foi considerado o efeito genético aditivo do animal. Polinômios de Legendre (de primeiro grau) regredidos sobre os grupos ambientais foram utilizados para modelar o efeito genético aditivo do animal e as (co)variâncias entre a característica estudada nos diferentes ambientes. Foram consideradas classes heterogêneas e homogêneas ... / Abstract: The increasing search on growing market for Brazilian Beef are related to herds more productive and availability of animals for slaughter, as consequence more significant importance for sexual precocity selection. The use of indicator's characteristics to sexual precocity in indirect selection can result in improving of reproductive efficiency of females. There is significant evidence that scrotal circumference is correlated, negatively and positively, with age at first calving females. Therefore, the selection for increasing scrotal circumference in long-term should lead to an increase of sexual precocity in females. Nowadays, several Brazilian summaries for Nellore bulls are published with amount of characteristics with focus in economically important traits, including all large data sets of animals distributed in some regions of the country. These genetics evaluations have the assumption, commonly assumed, of absence the genotype-environment interaction (GxE). Although there are few studies of GxE related to indicator's characteristics to sexual precocity, such as scrotal circumference.The objectives of this study was to verify the occurrence of genotype-environment interaction on the scrotal circumference, as well as studying genetic association between this trait in different environments, in animals of Nellore breed using the approach of reaction norms. We used information from 31,370 male Nellore property located in the south-central and southeastern Brazil. The different groups or environmental descriptors were defined according to information year and season of birth, home farm and data feed management group (birth weaning and yearling). For the estimation of genetic parameters was applied an animal model using random regression analyzes in single-trait analyzes, using Legendre polynomials as basis functions. For scrotal circumference were considered the age of the animal at the ... / Mestre

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: As características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor ... / Abstract: Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic values / Doutor

Orientador: José Fernando Garcia / Coorientador: Johann Sölkner / Banca: Joaquim Mansano Garcia / Banca: Adriana Santana do Carmo / Resumo: O desempenho reprodutivo dos animais tem um grande impacto sobre a indústria da carne bovina. A caracterização de regiões genômicas que afetam a fertilidade dos animais pode contribuir para a identificação de marcadores preditivos de desempenho reprodutivo e desvendar os mecanismos moleculares envolvidos em aspectos complexos da biologia reprodutiva dos bovinos. Nos dois primeiros estudos relatados, os genomas de touros da raça Nelore (Bos indicus) foram examinados em busca de loci que explicam variação nas características peso ao nascer (PN) e perímetro escrotal (PE), utilizando dados de mais de 777.000 marcadores do tipo polimorfismo de sítio único (single nucleotide polymorphism - SNP). Um segmento do cromossomo 14, o qual engloba o gene ortólogo PLAG1 que afeta estatura em humanos, foi encontrado tanto em PN quanto em PE. Este locus possui efeitos pleiotrópicos sobre características reprodutivas e de tamanho corporal em bovinos, e representa um ponto de partida para a dissecção da genética da fertilidade bovina. Em outro estudo, um teste estatístico composto foi desenvolvido e aplicado na busca de evidências de assinaturas de seleção no genoma de raças bovinas de leite e de corte. Padrões de variação genética que podem ter sido moldadas pela seleção humana foram detectados no genoma de quatro diferentes raças bovinas (Angus, Pardo Suíço, Gir e Nelore). O estudo indica o gene Cornichon 3 (CNIH3) como um forte candidato, que pode estar envolvido na regulação do pico pré-ovulatório do hormônio luteinizante na raça Pardo-Suíço. Embora estes resultados apenas toquem a superfície dos mecanismos moleculares por trás da reprodução dos bovinos, os loci aqui identificados abrigam novos e conhecidos genes candidatos que afetam a fertilidade da espécie, e oferecem novas perspectivas sobre aspectos complexos de sua biologia reprodutiva / Abstract: Reproductive performance has a high impact on the beef cattle industry. The characterization of genomic regions affecting fertility can contribute to the identification of diagnostic markers for reproductive performance and uncover molecular mechanisms underlying complex aspects of bovine reproductive biology. In the first two reported studies, the genomes of progeny-tested Nellore bulls (Bos indicus) were scanned for loci explaining variance in birth weight (BW) and scrotal circunferemce (SC), using data containing over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Among the identified loci, a chromosome segment located on autosome 14, encompassing the orthologous human stature gene pleiomorphic adenoma 1 (PLAG1), was found to affect both BW and SC. This locus has been found to have pleiotropic effects on reproduction and body size traits in cattle, and represents a starting point to the dissection of the complex inheritance of bovine fertility. In a separate study, a composite statistical test was developed and applied to scan dairy and beef cattle genomes for evidences of natural and artificial selection signatures. Patterns of genetic variation that may have been shaped by human-driven selection were detected in the genomes of four different cattle breeds (Angus, Brown Swiss, Gyr and Nellore). The study pointed to the Cornichon homolog 3 gene (CNIH3) as a strong candidate involved in the regulation of pre-ovulatory luteinizing hormone surge in Brown Swiss. Although these findings only scratch the surface of the molecular mechanisms underlying bovine reproduction, the loci identified here harbor known and novel functional candidate genes affecting fertility in cattle and offer new insights on complex aspects of bovine reproductive biology / Mestre

Orientador: Ciro Moraes Barros / Banca: Ronaldo Luiz Ereno / Banca: João Carlos Ferreira / Resumo: O crescimento folicular em bovinos ocorre em um padrão de ondas que pode variar de 2 a 3 por ciclo estral e caracteriza-se pelo crescimento sincrônico de um grupo de folículos antrais, onde apenas um se tornará dominante. A quantidade de folículos recrutados é variável entre os animais, porém apresenta alta repetibilidade entre os indivíduos. Animais Bos indicus apresentam maior quantidade de folículos recrutados por onda que animais Bos taurus. Objetivou-se com o presente trabalho, (1) identificar fêmeas das raças Nelore (Bos indicus) e Aberdeen Angus (Bos taurus), que possuam elevado ou reduzido número de folículos recrutados por onda e relacionar o número de folículos à concentração plasmática do hormônio anti-mulleriano (AMH); (2) relacionar o numero de folículos antrais à fertilidade de fêmeas Nelore e; (3) determinar se o tratamento superestimulatório altera as concentrações plasmáticas de AMH em vacas Nelore. No experimento 1, contagem do numero de folículos antrais das fêmeas Nelore (n=20) e Angus (n=30) foi feita por duas avaliações ultrassonográficas (US). Considerando a média  EPM da contagem de folículos antrais de cada raça, as novilhas foram classificas em alta contagem folicular (ACF; n= 9 novilhas Nelore e 15 Angus) ou baixa contagem folicular (BCF; n= 11 novilhas Nelore e 15 Angus). O AMH foi mensurado por Elisa em uma amostra de sangue coletada durante a ultima US. No experimento 2, foram utilizadas novilhas da raça Nelore (n=86) submetidas a um protocolo de inseminação artificial em tempo fixo (IATF). As novilhas foram classificadas (avaliação US no D0 da IATF) em 3 grupos: ACF (>40 folículos; n=29), intermediário (ICF;>20 e <40 folículos; n=34) e BCF (<20 folículos; n=23). No experimento 3, foram utilizadas 20 vacas da raça Nelore de ICF e ACF. Os animais foram separados pela contagem folicular e distribuídos em 2 grupos: Grupo controle IATF (n=9) e grupo P36 (superestimuladas ... / Abstract: In bovines follicular development happens in a wave pattern that can vary from two to three waves per estral cycle with a group of follicles growing simultaneously but with only ano becoming the dominat follicle. The number of recruited follicle is highly variable between animal; however it is highly repeatable within an animal. Bos indicus animals present greater number of follicles per wave than Bos taurus animals. The objective of the present study was 1) identify animals from the Nelore and Abeerden Angus breed that have high or low number of follicles recruited per follicle wave and relate the number of follicles with AMH concentration; 2) to relate the number of antral follicles with the fertility of Nelore females; 3) to determine if the superstimulatory treatment alters the plasmatic concentrations of AMH. In experiment 1 the follicle count in Nelore and Angus heifers was done through two ultrasound examinations (US). Considering the mean + SEM of the follicle count in each breed, the heifers were grouped in high (HFC) or low (LFC) follicle count. Plasmatic AMH was measured in a blood smple drawn at the last US. In Experiment 2, there were used Nelore heifers submitted to a TFAI protocol. Heifers were grouped in HFC (>40 follicles), intermediary (>20 an <40 follicle) and LFC (<20 follicle). In experiment 3, Nelore cows with high and intermediary follicles counts were used. Animals were separated in control TFAI group and P36 group. Blood samples for AMH measurement were collected on day 5 (P36) and on day 8 (TFAI and P36). Result from experiment 1 were analyzed using ANOVA. Experiment 2 was analyzed using a logistic regression and experiment 3 was ... / Mestre