Orientador: Ricardo da Fonseca / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Francisco Ribeiro de Araujo Neto / Banca: Aldrin Viera Pires / Resumo: Os escores visuais são usados como critério de seleção com o objetivo de melhorar as características de carcaça. Estas características têm a particularidade de serem atribuídas com base em uma referência relativa, e não absoluta, o que pode trazer dificuldades na estimação de parâmetros e valores genéticos. Dada a importância dos escores, dois estudos foram conduzidos com os seguintes objetivos: 1) determinar se a forma de atribuir os escores, tem consequências na estimação de parâmetros e valores genéticos; e 2) identificar as regiões do genoma associadas com os escores de conformação, precocidade e musculosidade em bovinos da raça Nelore. Para o primeiro objetivo foi realizado um estudo de simulação, considerando populações com e sem seleção e três tamanhos de grupo de atribuição dos escores (10, 40 e 100 animais), as populações foram acasaladas ao longo de 12 gerações sobrepostas. A cada geração parâmetros e valores genéticos foram estimados usando um modelo de limiar. Os resultados indicaram que as estimativas de parâmetros e valores genéticos não são afetadas pela forma de atribuir os escores, entretanto os valores genéticos estimados são afetados pelo tamanho do grupo, sendo desejável a formação de grupos de avaliação superiores a 40 animais. Para o segundo objetivo foi realizado um GWAS usando dois modelos, BayesC e LASSO Bayesiano com duas classes de variáveis dependentes, o fenótipo dos escores e os valores genéticos desregredidos (dEBV). Nas análises foram utilizados 2873 registros de machos e fêmeas Nelore. Os animais foram genotipados com o painel BovineHD da Illumina, após o controle de qualidade restaram 309.865 SNPs. O critério de associação foi a porcentagem de variância genética explicada por janelas de 1 Mb de comprimento. Após as análises, o modelo BayesC foi o que se ajustou melhor aos dados, porque explicou uma maior proporção de variância fenotípica para... / Abstract: The visual scores are used as selection criteria in Brazilian cattle and aiming to improve the carcass traits. These traits have the particularity of being attributed depending on relative data and not on absolute references. This property could lead to difficulties in the estimation of genetic parameters and breeding values as well. Considering the importance of the visual scores, two studies were performed with the following objectives: 1) determine if the forms in which these scores are attributed have consequences in the genetic parameters and breeding values estimation, and, 2) identify regions of the genome that are associated with the scores of conformation, finishing precocity and muscling in Nellore cattle. For the first objective, a simulation study was conducted considering populations with and without selection, and three sizes of group attribution scores (10, 40 and 100 animals), these populations were mated for 12 overlapping generations. Genetic parameters and breeding values for each generation were estimated using a threshold model. The results indicate that the estimates of genetic parameters and breeding values are not affected by how the scores are attributed; however, the estimated breeding values are affected by the group size, being recommended the formation of evaluation groups more than 40 animals. For the second objective, a GWAS was conducted using BayesC and Bayesian LASSO models with two types of dependent variable. These variables were the phenotype and the deregressed breeding values (dEBV). In the analyses, a total of 2873 records of males and females from Nellore cattle were used. The animals were genotyped using the chip BovineHD of Illumina, after the quality control, a total of 309,865 SNPs were maintained. The association criterion was the proportion of genetic variance explained by 1 Mb genome windows. After the analyses, the BayesC model was the best fitted the data, as it explained a greater ... / Doutor

Orientador: Josineudson Augusto II de Vascocelos Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: O Brasil tem papel de destaque no setor da agropecuária mundial, tendo o maior rebanho comercial do mundo, ocupando o posto de maior exportador de carne bovina na atualidade. O rebanho do país é formado majoritariamente por animais de raças zebuínas, sendo em sua maioria da raça Nelore. No entanto, a pecuária de corte nacional, em geral apresenta baixa produtividade e inconstância na qualidade do produto final, a carne. A busca por alternativas que possam melhorar a eficiência e a produtividade do sistema, aumentando a lucratividade e qualidade da carne produzida no país, é um dos desafios da pecuária brasileira. Portanto, avaliar a associação genética existente entre características que tem influência direta na produtividade da pecuária de corte nacional, pode contribuir para a melhoria do setor. Neste contexto, elucidar a associação genética existente entre a precocidade sexual de fêmeas e a deposição de gordura na raça Nelore, disponibilizando ferramentas para identificar animais (touros) que produzam novilhos que são precoces em acabamento de carcaça e novilhas precoces sexualmente, pode contribuir para encurtar o ciclo de produção da bovinocultura de corte e aumentar a lucratividade e produtividade do sistema. Desta forma, objetivou-se com o presente estudo, estimar as correlações genéticas de característica indicadora de precocidade sexual com características de qualidade de carne de bovinos Nelore, visando obter informações que possam ser incorporadas aos programas de melhoramento genético animal com finalidade de aumentar os índices de produtividade e qualidade da carne bovina produzida no país. Os dados utilizados no estudo são oriundo de três programas de melhoramento genético, DeltaGen, Paint e Nelore Qualitas. Para a característica de precocidade sexual, foram utilizados registros de 55.945 fêmeas com pesagem pós desmama, e nascidas no período de 1993 a 2012. Para obter os... / Abstract: Brazil has a world's prominent role in the agricultural sector, and the largest commercial herd in the world, occupying, nowadays, the position of largest beef exporter. The country's herd is mainly composed of Bos indicus breed, specially Nellore breed. However, it is known that, in general, Bos indicus breeds have low productivity index and produces meat of lower quality then Bos taurus. Seeking for alternatives that may improve the efficiency and productivity of the animals, increasing the profitability and the meat quality produced in the country, is the challenges of the Brazilian livestock. Therefore, assessing the genetic association between traits that have direct influence on the productivity may contribute to the improvement of the sector. Within this context, elucidating the genetic association between sexual precocity of females and fat deposition in Nellore, providing tools to identify animals (bulls) that produce calves that are early in carcass finishing and sexually precocious heifers, may contribute to short the production cycle of beef cattle and increase profitability and productivity of the system. Thus, the aim of the present study is to estimate the genetic correlations between sexual precocity trait and meat quality traits in Nelore cattle, in order to obtain informations that can be incorporated into animal breeding programs. For sexual precocity trait, all records of females that were born from 1993 to 2012 were used. For carcass and meat quality traits were used only males, born from 2008 to 2011, fed for finishing in a period of 90 days. Variance components were estimated by Bayesian inference using bull linear model for the EGS characteristics, MARM and LIP and non-linear sire model (threshold) to PREC. Two-trait analyzes were carried out, involving the PREC feature and one of the three characteristics, EGS, MARM or LIP. The heritability estimates obtained by bi-trait analyzes were 0.06, 0.03 and 0.05, for ... / Mestre

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Angélica Simone Cravo Pereira / Coorientador: Guilherme Costa Venturini / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Mônica Roberta Mazalli / Resumo: O perfil de ácidos graxos (AG) intramuscular da carne é importante para a saúde humana, além de ser responsável pelo sabor e suculência da carne. A quantidade total de AGs no Longissimus thoracis é um preditor de palatabilidade e o principal determinante do valor da carcaça de acordo com os padrões internacionais de qualidade da carne. Sabe-se que o tipo de AG tem um impacto maior sobre questões de saúde quando comparado com a quantidade total. Há uma falta de estimativas de parâmetros genéticos para perfil de ácidos graxos da carne em Bos indicus, uma vez que as raças zebuínas são a fonte predominante de carne bovina em regiões tropicais e sub-tropicais. Portanto, os resultados obtidos no presente estudo deve apoiar os agricultores e pesquisadores, a fim de definir critérios de seleção para melhorar a composição de ácidos graxos da carne de gado zebu. Objetivou-se com este estudo estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para composição de AG na carne de 937 touros Nelore terminados em confinamento por um período de 90 dias, com idade média de 24 meses e peso de abate entre 500-550kg. Os AG foram analisados no Longissimus thoracis e quantificados por cromatografia gasosa. Os grupos contemporâneos foram organizados de acordo com fazenda de nascimento, safra, e grupo de manejo ao sobreano. Os 14 ácidos graxos seguintes foram quantificados: palmítico (C16:0), esteárico (C18:0), oleico (C18:1 cis-9), linoleico (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), linolênico (C18:3 n3), miristico (C14:0), miristoleico (C14:1), elaidico (C18:1 n9t), vacênico (18:1 t11), eicosatrienoico (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoico (C20:3 n3 cis-11,14,17) e araquidônico (C20:4). As proporções dos AG saturados (AGS), monoinsaturados (AGMI), poli-insaturados (AGPI), n-9, n-6 e n-3 foram calculados usando as concentrações dos AG individuais. O modelo utilizado para a estimação... / Abstract: The intramuscular fatty acid (FA) profile in beef is important for human health, as well as being responsible for meat flavor and juiciness. The total quantity of FAs in the Longissimus thoracis predicts palatability and is the main determinant of carcass value by international standards of meat quality. It has been known that the type of FA has a larger impact on health issues when compared to the total quantity of such. There is a lack of genetic parameter estimates for beef fatty acid profile in Bos indicus, since the zebu breeds are the predominant source of beef in tropical and sub-tropical regions. Therefore, the results obtained in the present study should support farmers and researchers in order to define selection criteria to improve the beef fatty acid composition in zebu cattle. The objective of this study is to estimate (co)variance components and genetic parameters for beef FA composition in 937 Nellore bulls, previously kept in feedlot for a 90 day period with an average of 24 months of age and 500-550kg of slaughter weight. The FA profile was analyzed in Longissimus thoracis samples using a gas chromatography. The contemporary groups were organized based on farm and year of birth, and management group at yearling. The following 14 fatty acids were quantified: palmitic (C16:0), stearic (C18:0), oleic (C18:1 cis-9), linoleic (C18:2 cis-6), CLA (C18:2 cis-9 trans-11), CLA (C18:2 trans-10 cis-12), α-linolenic (C18:3 n3), myristic (C14:0), myristoleic (C14:1), elaidic (C18:1 n9t), vaccenic (18:1 t11), eicosatrienoic (C20:3 n6 cis-8,11,14), eicosatrienoic (C20:3 n3 cis-11,14,17) and arachidonic (C20:4). The proportion of saturated (SFA), monounsaturated (MUFA), polyunsaturated (PUFA), n-9, n-6 and n-3 were calculated using the individual fatty acid concentration. The model used for the (co) variance estimation included direct random genetic effect, the fixed effect of the CG, and the animal's slaughter age as a covariable ... / Mestre

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Luciana Correia de Almeida Regitano / Coorientador: Fabiana Barichello Mokry / Banca: Luiz Lehmann Coutinho / Banca: Rogério Abdallah Curi / Banca: Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A seleção para taxa de crescimento utilizando o número de dias para atingir determinado peso ou ganho de peso médio resultaria em menores ciclos de produção. Manter o aumento da produtividade exige, entre outros fatores, a utilização de animais melhorados, tanto nos sistemas de pastagem quanto de confinamento. Além disso, as informações genômicas podem ser usadas para predizer os valores genéticos genômicos (GEBVs) mais cedo na vida dos animais, o que reduziria os intervalos de geração e aumentaria os ganhos de produtividade. Inúmeros trabalhos tem sido conduzidos para identificar metodologias apropriadas à determinadas raças e características, o que irá resultar em GEBVs mais acurados. Os objetivos deste estudo foram comparar a acurácia de predição dos GEBVs e a habilidade de identificar regiões genômicas e genes relacionados ao ganho de peso médio diário em bovinos da raça Nelore, pela aplicação de diferentes modelos de regressão e densidades genotípicas. Informações genômica e fenotípica de 804 novilhos nascidos em três safras, filhos de 34 touros, foram utilizadas para predizer GEBVs por meio de três modelos (Bayesian GBLUP, BayesA e BayesC ), quatro densidades genotípicas (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs, GeneSeek indicus de alta (HDi) e baixa (LDi) densidades) e dois fenótipos ajustados. A estrutura de família foi considerada por meio da análise de componentes principais. Os animais foram distribuídos em subconjunto de treinamento (safras 1 e 2) ou validação (safra 3) para realização da análise de validação cruzada. Estimativas de correlação de Pearson, coeficientes de regressão e erro quadrado médio foram usados para avaliar acurácia, inflação e viés dos GEBVs estimados, respectivamente. O estudo de associação ampla do genoma (GWAS) também foi realizado nos mesmos conjuntos de dados, entretanto, os resultados foram comparados com... / Abstract: Selection for fast growth rates using number of days to achieve specific weights or average weight gain would result in shorter production periods. Maintaining the rate of productivity increasing will demand, among other factors, genetically improved animals in both pasture and feedlot systems. Besides, genomic information could be used to predict genomic-enabled breeding values (GEBVs) earlier in animals' life, which would reduce generation intervals and increase productivity gains. Numerous studies have been conducted in order to identify appropriate methodologies to specific breeds and traits, which will result in more accurate GEBVs. The aim of this study was to compare the prediction accuracy of GEBVs and the ability to identify genomic regions and genes related to average weight daily gain in Nelore cattle, by applying different regression models and genotypes densities datasets. Genomic and phenotypic information of 804 steers born in three season, offspring of 34 bulls, were used to predict GEBVs through three models (Bayesian GBLUP, BayesA and BayesC ), four genotypic densities (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs, GeneSeek Genomic Profiler High (HDi) and Low (LDi) density indicus) and two adjusted phenotypes. Family structure was accounted by using principal component analysis. Animals were assigned either to training (seasons 1 and 2) or testing (season 3) subsets to perform the cross-validation analysis. Estimates of Pearson correlation, regression coefficients and mean squared errors were used to access accuracy, inflation and bias of the estimated GEBVs, respectively. Genome-wide association study (GWAS) was also performed on above datasets, however, results were compared based on ... / Doutor

Orientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Resumo: Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / Abstract: The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ... / Mestre

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: William Koury Filho / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Patrícia Tholon / Resumo: Neste estudo, foram estimadas herdabilidades e correlações genéticas, fenotípicas e ambientais para as características estrutura, precocidade e musculosidade à desmama (ED, PD, MD) e ao sobreano (ES, PS e MS), peso padronizado aos 210 e 450 dias de idade (P210 e P450, respectivamente), idade ao primeiro parto (IPP), probabilidade de parto precoce (3P) e habilidade de permanência no rebanho (STAY) em bovinos da raça Nelore participantes de programa de melhoramento genético. O conjunto de dados utilizado foi composto por registros de 37.826 animais e pedigree contendo 88.213 animais. O método dos quadrados mínimos foi utilizado para definição de efeitos fixos considerados nos modelos de estimação de parâmetros. Foram testados quatro modelos de estimação, em análises uni-característica por meio do método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal. Para as características mensuradas ao desmame, verificou-se a necessidade de inclusão dos efeitos genético materno e de ambiente permanente materno no modelo de estimação. Para as características medidas ao sobreano e características reprodutivas, o modelo foi composto pelo efeito aleatório genético direto de animal e residual. As estimativas dos parâmetros genéticos, ambientais e fenotípicos foram obtidas em análises uni e bi-características, por meio de análise bayesiana. Estimativas de herdabilidade média, obtidas por análises bi-característica, foram iguais a 0,28, 0,30, 0,27 e 0,28, para ED, PD, MD e P210, respectivamente. Para as características mensuradas ao sobreano, as estimativas médias de herdabilidade variaram entre 0,40 e 0,37 (ES), 0,44 e 0,42 (PS), 0,39 e 0,37 (MS) e 0,50 e 0,48 (P450). As características medidas em diferentes idades (desmame e sobreano) apresentaram altas correlações genéticas, sendo iguais a 0,96 entre ED e ES, PD e PS e P210 e P450; e 0,94 entre MD e MS. As herdabilidades das características reprodutivas foram... / Abstract: The aim of this study was to estimate the heritability and the genetic, phenotypic and environmental correlations for visual scores (structure, precocity and musculature at weaning and yearling), body weight at 210 and 450 days of age, age at first calving, heifer pregnancy and stayability in Nelore beef cattle participating in a breeding program. The data set consisted on information of 37,826 animals and 88,213 animals in the pedigree. The least square method was used to define the fixed effects for parameters estimation. For traits measured at weaning, four estimation models were tested using single-trait analysis, by means of the restricted maximum likelihood method, using the animal model. Was considered additive and residual random effects (Model 1); additive, maternal and residual random effects (Model 2); additive, maternal permanent environment and residual random effects (Model 3); and additive, maternal, maternal permanent environment and residual random effects (Model 4). Model 1 was used for yearling and reproductive traits. The genetic parameters were determined by single and two-trait analyses using Bayesian methodology. Estimates of average heritability obtained in two-trait analyses, were equal to 0.28, 0.30, 0.27, and 0.28, for structure, precocity and musculature at weaning and body weight at 210 days of age. For yearling traits, the average heritability estimates varied from 0.40 to 0.37 (structure), 0.44 to 0.42 (precocity), 0.39 to 0.37 (musculature), and 0.50 to 0.48 (body weight at 450 days of age). The traits measured at different ages (weaning and yearling) had high genetic correlation: 0.96 for structure, precocity and weight, and 0.94 for musculature. The mean heritability estimate for IPP, 3P and STAY were equal to 0.18, 0.38 and 0.20, respectively. The genetic correlations between visual scores and reproductive traits were favorable, indicating that when selecting animals of greater weight and higher ... / Mestre

Orientador: Ciro Moraes Barros / Banca: José Buratini / Banca: Valéria Sandrim / Banca: Roberto Sartori / Banca: Mario Binelli / Banca: Anthony Cezar Souza Castilho / Resumo: Animais com alta população folicular (APF) antral possuem melhor desempenho reprodutivo quando comparados a animais de baixa população folicular (BPF). Essa variação no número de folículos antrais pode estar associada a diferentes perfis hormonais e de expressão de genes reguladores da ativação e crescimento folicular. Objetivou-se com o presente trabalho: 1) avaliar o perfil global de expressão gênica de folículos antrais em animais com APF e BPF nas raças Nelore (Bos indicus) e Aberdeen Angus (Bos taurus) e 2) identificar diferenças genotípicas através de um estudo de associação genômica (GWAS - Genome Wide Association Study) usando polimorfismos de nucleotídeo de sítio único (SNPs). Inicialmente foram avaliadas 155 novilhas da raça Nelore e 132 da raça Angus com idade e peso semelhantes. Os animais foram sincronizados e a contagem dos folículos realizada através de ultrassonografia 24 a 48 horas após o início do estro. Os grupos APF e BPF foram formados com base na média do número de folículos ± desvio padrão nas duas raças. Para avaliar o perfil global de expressão gênica usou-se a técnica do microarranjo. Um total de 15 novilhas Nelore (6 APF e 9 BPF) e 17 novilhas Angus (9 APF e 8 BPF) foram abatidas 12 a 24 horas após a ovulação e os ovários transportados ao laboratório. Foi realizado um pool de RNA extraído de três folículos (≤ 4 mm) individualmente (um pool por animal) dissecados do ovário. A análise dos dados procedeu-se no FlexArray 1.6.1.1 e os genes com "fold change" > 1,5 e P ≤ 0,05 foram considerados diferencialmente expressos. Para o estudo de GWAS 72 novilhas da raça Nelore (32 APF e 40 BPF) e 48 da raça Angus (21APF e 27 BPF) foram selecionadas. O DNA foi extraído do sangue e/ou bulbo capilar e a genotipagem foi realizada com o chip 777 HD bovine Illumina®. Os SNPs foram submetidos ao controle de qualidade usando como critérios de exclusão: call rate (IDCR) ≤ 90%,... / Abstract: Animals with high antral follicle count (HFC) have a better reproductive performance when compared with animals with low follicle count (LFC). This variation in the number of antral follicles can be associated with different hormonal profiles and expression of genes regulating activation and follicular growth. The objective of the present work was: 1) to evaluate the global gene expression of antral follicles in animals with HFC and LFC in Nelore (Bos indicus) and Aberdeen Angus (Bos taurus) heifers and 2) to identify genotypic differences through a genomic wide association study (GWAS) using single nucleotide polymorphisms (SNP). Initially, 155 Nelore heifers and 132 Angus heifers with similar body weight and age were selected. The animals were synchronized and follicle count was done through ultrasound 24 to 48 h after estrus. The groups LFC and HFC were formed using the average of follicles ± standard deviation in both breeds. To evaluate the global gene expression profile we use a microarray chip. A total of 15 Nelore heifers (6 HFC and 9 LFC) and 17 Angus heifers (9 HFC and 8 LFC) were slaughter 12 to 24 h after ovulation and ovaries were transported to the laboratory. A pool of RNA from three follicles (< 4 mm) from each animal was used to the analysis using FlexArray 1.6.1.1 and the genes with fold change > 1.5 and P ≤ 0.05 were considered differentially expressed. For the GWAS study 72 Nelore heifers (32 HFC and 40 LFC) and 48 Angus heifers (21 HFC and 27 LFC) were selected. The DNA was extracted from blood and hair bulb and genotyping was done using the 777 HD Illumina chip. The SNPs were submitted to a quality control test using an exclusion criteria: call rate (IDCR) ≤ 90%, MAF ≤ 0.02, call rate (SNPCR) ≤ 0.98 and HWE ≤ 1 x 10-5. After the quality control test the SNPs were submitted to the Cochran-Armitage test to the association of phenotype/genotype in both breeds. The genes differentially expressed and the genes ... / Doutor

Orientador: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Rosemary Lais Galati / Banca: Antônio Carlos Homem Junior / Banca: Mauro Dal Secco de Oliveira / Banca: Hirasilva Borba / Resumo: A glicerina tem sido usada apenas como uma fonte de energia na alimentação de ruminantes, no entanto, devido à baixa capacidade de acidificação no rúmen a partir de produtos da sua fermentação, pode ser usada também para evitar problemas metabólicos ruminais. O objetivo deste trabalho foi avaliar a glicerina bruta no período de adaptação e terminação de bovinos como ingrediente capaz de minimizar problemas metabólicos. Foi avaliado o consumo de MS, desempenho animal, comportamento ingestivo, morfologia das papilas ruminais e características de carcaça. Sessenta bovinos Nelore não castrados, foram distribuídos em delineamento de blocos casualizados em arranjo fatorial 2×2, sendo uma dieta com presença e uma com ausência de 30% MS de glicerina bruta e dois períodos de confinamento (adaptação e terminação). As dietas foram formuladas para serem isoenergéticas (1.0 Mcal ELg/kg MS) e isoproteicas (12,5% PB/MS). Os dados foram avaliados utilizando o procedimento MIXED do software SAS. A inclusão de glicerina bruta aumentou a digestibilidade in vitro da MS das dietas e reduziu o consumo de MS dos animais durante o período de terminação do confinamento. A inclusão de glicerina bruta em ambos os períodos do confinamento aumentou o GMPD dos animais. As características de carcaça avaliadas 30 minutos e 24 h após o abate (pH, L*, a* e b*) não foram influenciados pela inclusão de glicerina bruta em nenhum dos períodos do confinamento. A inclusão de glicerina bruta no período de terminação do confinamento proporcionou aos animais menores tempos de ruminação em pé, maiores tempos de mastigação total (P=0,0162), menores eficiências de alimentação (P<0,0001) e menores números de bolos ingeridos por dia (P=0,0287). O índice mitótico foi maior para os animais que receberam glicerina bruta no período de terminação do confinamento. A inclusão de glicerina... / Abstract: Glycerin has been used as a source of energy in ruminant diets, however, due to low capacity ruminal acidifying from products of their fermentation, it can be used to prevent ruminal metabolic problems. The objective of this study was to evaluate glycerin as an ingredient able to reduce ruminal metabolic problems. We evaluated dry matter intake, performance, feed behavior, papillae morphology and carcass characteristics. Sixty Nellore bulls were used in a randomized block design in factorial arrangement 2×2, diet with presence and absence of 30% DM crude glycerin and two periods of feedlot (adaptation and finishing time). Diets were formulated to be nutritionally isocaloric (1.0 Mcal NEg/ kg DM) and isonitrogenous (12.5% CP/ MS). The data were analyzed by MIXED procedure of SAS software. The inclusion of crude glycerin increased the DM digestibility in vitro of diets and reduced DM intake of bulls during finishing time. The inclusion of crude glycerin in adaptation and finishing time increased ADG. The carcass characteristics evaluated 30 minutes and 24 hours after slaughter (pH, L*, a* and b*) were not affected by inclusion of crude glycerin in any period of feedlot. The inclusion of crude glycerin in finishing time of feedlot provided smaller time spent ruminating standing, larger total chewing time, lower feed efficiency and smaller number of bolus per day. The mitotic index was higher for animals feeding with crude glycerin in the feedlot finishing time. The inclusion of crude glycerin did not affect the feed behavior or morphology of rumen papillae, and proved to be an alternative ingredient to adapt the animals to high concentrate diets. In conclusion, the crude glycerin can be used in high concentrate diets as an energy source and ingredient assist the adaptation of animals without changing the behavioral characteristics, carcass, performance, or morphology of ruminal papillae and ... / Doutor

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Banca: Ricardo Andrade Reis / Banca: Flávio Dutra de Resende / Banca: Joanis Tilemahos Zervoudakis / Banca: Alexandre Vaz Pires / Resumo: No primeiro experimento, foram utilizados cento e quatro (PC inicial = 284 ± 38 kg) e sessenta (PC inicial = 424 ± 34 kg) tourinhos da raça Nelore com o objetivo de avaliar os efeitos de suplementos com alto ou baixo amido, associados ou não com uma fonte de óleo, sobre o desempenho e características finais da carcaça durante duas fases: recria e terminação, respectivamente. Os suplementos utilizados foram milho sem soja grão moída (SG), milho associado com SG, casca de soja (CS) sem SG, e CS associada com SG. Em relação ao desempenho dos animais durante a fase de recria, não houve interação (P = 0,14) entre o nível de amido e óleo para o PC final, GMD e ganho de carcaça. No entanto, a adição de óleo diminuiu o PC final (P = 0,01), GMD (P < 0,01), o ganho total (P < 0,01) e ganho de carcaça (P = 0,01). Por outro lado, durante a fase de terminação, não houve interação (P = 0,11) entre o nível de amido e óleo para PC final, GMD, PCQ, rendimento de carcaça, ganho de carcaça, espessura de gordura subcutânea e AOL. No entanto, os animais suplementados com óleo aumentaram o PC final (P = 0,01), GMD (P = 0,02), ganho total (P = 0,01), PCQ (P < 0,01), o ganho de carcaça (P = 0,01) e a espessura de gordura (P = 0,04). Além disso, houve efeito do tempo durante a fase de recria e terminação para os valores de GMD (P < 0,01) dos tourinhos da raça Nelore. A casca de soja tem um valor energético semelhante ao milho quando usado em suplementos para bovinos de corte em pastagem tropical durante a fase de recria e terminação. O uso de suplementação com óleo pode ser eficaz para melhorar o desempenho e as características finais da carcaça de tourinhos da raça Nelore em pastagens de Brachiaria brizantha cv. Xaraés, somente durante a fase de terminação. No outro experimento, objetivou-se avaliar os efeitos de suplementos com alto ou baixo amido, associados ou não com... / Abstract: In the first experiment, one hundred and four (initial BW = 284 ± 38 kg) and sixty (initial BW = 424 ± 34 kg) Nellore bulls were used to evaluate the performance and final carcass characteristics of Nellore bulls during two phases: growing and finishing phase, respectively. The diets used consisted in Brachiaria brizantha cv. Xaraés pasture supplemented with two levels of starch, with or without a source of oil. The supplements were corn associated or not with ground soybean (GS) and soybean hulls (SH) associated or not with ground soybean. In relation to animal performance during growing phase, there were no interaction (P = 0.14) between starch level and oil for final BW, ADG, and CrG. However, the addition of oil decreased final BW (P = 0.01), ADG (P < 0.01), total gain (P < 0.01) and CrG (P = 0.01). On the other hand, during finishing phase, there were no interaction (P = 0.11) between starch level and oil for, final BW, ADG, HCW, dressing, CrG, fat depth, and LM area. In contrast, animals supplemented with oil increased final BW (P = 0.01), ADG (P = 0.02), total gain (P = 0.01), HCW (P < 0.01), CrG (P = 0.01), and fat depth (P = 0.04). Furthermore, there was effect of time during growing and finishing phase on values of ADG (P < 0.01) of Nellore bulls. Soybean hulls have a similar energy value to corn when used in supplements to beef cattle on tropical pasture during growing and finish phase. The use of oil supplementation may be effective to reduce enteric CH4 emissions of Nellore bulls fed Brachiaria brizantha cv. Xaraés during the growing and finishing phase, and in addition, may improve performance and final carcass traits of Nellore bulls, only during the finish phase. In another experiment, aimed to evaluate the combined effects of high- or low-starch supplements and oil on intake, digestibility, performance, and methane (CH4) emissions of growing ... / Doutor

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: O mercado consumidor tem sido cada vez mais exigente quanto à qualidade da carne e, portanto, a pecuária precisa melhorar sua eficiência e fornecer produtos diferenciados, padronizados e com qualidade. Entre as características de qualidade de carne, a maciez é a que mais influencia na satisfação dos consumidores. Considerando a importância dada à maciez da carne, pesquisas têm sido desenvolvidas para melhor compreender os mecanismos relacionados à expressão fenotípica desta característica. Os estudos de genes candidatos têm possibilitado a identificação de polimorfismos que modificam as estruturas das proteínas ou ainda, que estejam em desequilíbrio de ligação com alterações funcionais no DNA. Com a automatização dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) muitas regiões ao longo do genoma foram identificadas como responsáveis pela variação fenotípica da maciez da carne. No entanto, os marcadores SNPs podem ter baixa capacidade de identificar locos que atuam nas características quantitativas (QTL) por serem, na grande maioria, bi-alélicos e, mesmo que aconteçam mutações, as mudanças nas frequências alélicas dos SNPs podem permanecer quase inalteradas. Por outro lado, com a utilização de haplótipos, mutações tendem a causar mudanças nas frequências dos haplótipos, aumentando as chances de identificação dos QTL. Sendo assim, este estudo teve como objetivos detectar QTL e mutações causais em genes candidatos e identificar QTL por meio de uma análise de associação genômica ampl... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The consumer market has been increasingly demanding about the meat quality and therefore livestock needs to improve its efficiency and provide differentiated products, standardized and with quality. Considering the importance given to the meat tenderness, research has been undertaken to better understand the mechanisms related to the phenotypic expression of this trait. The candidate gene studies have allowed the identification of polymorphisms that change the structures of the proteins or that are in linkage disequilibrium with functional alterations in the DNA. With the advent of single nucleotide polymorphisms (SNPs) throughout many regions of the genome have been identified as responsible for phenotypic variation in meat tenderness. However, SNPs markers may have low ability to identify mutations, because SNPs are commonly bi-allelic and even when mutations have occurred, allelic frequencies can remain unaltered. On the other hand, using haplotype, mutations tend to cause major changes in haplotype frequencies, increasing the chances of identification of QTL. Thus, this study aimed to detect QTL and causal mutations by the approach of candidate genes and identify possible QTL through a genome-wide association analysis, for the trait meat tenderness in Nelore cattle using haplotypes as fundamental units of association tests. Information of the phenotypic, genotypic and pedigree were used from farms that belong to the breeding programs DeltaGen and PAINT. Fifty-two candidat... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor