Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: Foi avaliado o efeito da seleção para crescimento, usando como critério o peso em diferentes idades, ganhos de pesos e índices de seleção, sobre o consumo de energia de animais Nelore, usando um procedimento determinístico. Para o cálculo da resposta à seleção direta e correlacionada, foram estimados parâmetros genéticos por meio de modelos de regressão aleatória. O arquivo de dados, provenientes do Programa de Melhoramento Genético da Raça Nelore (PMGRN), continha registros de peso dos 120 dias até a idade adulta (seis anos de idade) dos animais. A exigência de energia foi calculada por meio de um procedimento determinístico, antes e após a seleção, utilizando os pesos e ganhos de pesos dos animais em equações modificadas do NRC. O efeito da seleção foi avaliado para todos os pesos padrões e ganhos de pesos usualmente utilizados, assim como para 10 tipos de índices de seleção (IND1 a IND10), os quais diferiram entre si pela ponderação dada nos pesos até o abate (positivos) e no peso adulto (PA) (negativos). Adicionalmente, utilizando como parâmetros os índices reprodutivos e de mortalidade para a raça Nelore e, utilizando os dados médios de peso por idade dos animais dos rebanhos estudados como base, foram criados rebanhos simulados, numericamente estáveis. Utilizando-se desses dados, foi possível comparar a quantidade de energia total exigida com o total de quilogramas de carne produzidos para três sistemas de produção: cria, recria e engorda para diferentes categorias animais, antes e após a seleção. O cálculo foi realizado para machos em sistema de produção de cria e completo; fêmeas na fase reprodutiva e para todos os animais em um sistema de cria, recria e engorda. O modelo de regressão aleatória definido como o mais adequado, foi o que considerou os efeitos genéticos aditivos diretos e maternos e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The selection effect for growth on energy requirement of Nelore animals was evaluated using a deterministic process. The evaluation was made considering weights at different ages and also different selection indices. To calculate direct and correlated response of selection, the genetic parameters were obtained by random regression models. The complete data, from Nelore Cattle Breeding Program (NCBP) had ages from 120 days to mature weight of animals (six years old). The energy requirement was calculated by a deterministic process, before and after selection using weights and weights gains of animals in modified NRC equations. The selection effect was assessed considering all the weights and weights gains usually used in a breeding program and using ten different selection indices (IND1 to IND10) as well, which were different from each other by the sign of the weight, positive for weights until slaughtering and negative for mature weight (MW). Besides, a stable herd was calculated considering reproductive and mortality values of Nellore cattle, and also using the average weight in each age of all the animals. With this information a comparison was possible among the total energy consumption and kilos of meet produced, in three systems of production: cow-calf; growth and slaughtering considering different animals category before and after selection. The evaluation was done for males in a complete and cow-calf system of production; females in a reproduction stage and for all the animals in a complete system of production. The regression model that was considered the most appropriate, was defined as direct and maternal genetic effects, animal and maternal permanent environmental effects adjusted by an order of quadratic, quadratic, quartic and quadratic polynomials, respectively, and modeled by 5 classes of residual... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Joaquim Mansano Garcia / Coorientador: Fábio Morato Monteiro / Banca: Gisele Zoccal Mingoti / Banca: Ricarda Maria dos Santos / Resumo: As suplementações de bovinos com fontes de ácidos graxos poliisaturados (AGPs) são formas de aumentar o nível energético das dietas, além de possuir efeito na reprodução dos ruminantes. Tendo em vista o exposto idealizouse o presente trabalho com o objetivo de avaliar as condições reprodutivas do pósparto, número de folículos, quantidade de oócitos totais, de viáveis e a PIVE de doadoras primíparas da raça Nelore (Experimento 1) e multíparas da raça Holandesa (Experimento 2) suplementadas com dieta rica em AGPs protegido (Megalac-E®, principalmente de n-6) e não protegido (Linhaça, principalmente de n- 3) durante o pré e pós-parto. No experimeto 1 as doadoras Nelore foram divididas aleatoriamente em 3 grupos, sendo que o grupo controle apresentou 7 fêmeas, o segundo grupo, com 8 animais que foram suplementados com uma fonte de gordura protegida contendo 100g/doadora/dia de Megalac-E® e o terceiro grupo com 7 fêmeas suplementadas com uma fonte de gordura não protegida contendo 1kg/doadora/dia de torta de linhaça. As dietas foram fornecidas por 30 dias pré-parto e 75 dias pós-parto. Estes animais foram submetidos à OPU nos dias 30, 45, 60 e 75 pós-parto. No experimento 2 as doadoras Holandesa foram divididas aleatoriamente em 3 grupos, sendo que o grupo controle apresentava 6 fêmeas, o segundo grupo, com 5 animais que foram suplementados com uma fonte de gordura protegida contendo 100g/doadora/dia de Megalac-E® no pré-parto e 300g/doadora/dia no pós-parto e o terceiro grupo com 5 fêmeas suplementadas com uma fonte de gordura não protegida contendo 1kg/doadora/dia de torta de linhaça no pré-parto e 1,5kg/doadora/dia no pós-parto. As dietas foram fornecidas por 30 dias pré-parto e 60 dias pós-parto. Estes animais foram submetidos à OPU nos dias 30, 45 e 60 pós-parto... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The supplementation of cattle with sources of polyunsaturated fatty acids (PUFA) are ways to increase the energy level of the diet, in addition to having effect on reproduction. The aim of this study were to evaluate the reproductive conditions of the postpartum, number of follicles, aspirates oocytes, amount of viable oocytes and the IVPE of the Nelore primiparous donors (Experiment 1) and Holstein multiparous donors (Experiment 2) supplemented with rich diet in protected PUFA (Megalac-E®) and non-protected (Linseed) during pre and postpartum. In experiment 1 Nelore donors were divided into three groups, the control group with 7 animals, the second group, with 8 animals were supplemented with a source of protected fat contains 100g/donor/day of Megalac-E® and the third group with 7 animals supplemented with a source of unprotected fat contains 1kg/donor/day linseed. The diets were fed for antepartum thirty days and postpartum seventy-five days. These animals were submitted to OPU on days 30, 45, 60 and 75 postpartum. In Experiment 2 Holstein donors were divided into three groups, the control group with 6 animals the second group, with 5 animals were supplemented with a source of protected fat contains 100g/donor/day of Megalac-E® in pre-partum and 300g/donor/day in postpartum and the third group with 5 animals supplemented with a source of fat unprotected contains 1kg/donor/day linseed pre-partum and 1.5 kg/donor/day in postpartum. The diets were fed for antepartum thirty days and postpartum sixty days. These animals were submitted to OPU on days 30, 45 and 60 postpartum. The recovered oocytes from both experiments were selected and the viable oocytes were submitted to procedures of the IVPE. The data from both experiments were analyzed by the method of least squares using variance analysis... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Roberta Carrilho Canesin / Banca: Juliana Duarte Messana / Banca: Carla Maris Machado Bittar / Resumo: Este experimento teve como objetivo caracterizar o efeito de quatro relações V:C sobre a microbiologia do rúmen, os parâmetros de fermentação ruminal, consumo e digestibilidade aparente dos nutrientes em novilhos Nelore. Foram utilizados oito novilhos Nelore (280±8 kg PV), canulados no rúmen, distribuídos em um duplo quadrado latino 4x4 balanceados para o controle do efeito residual. O experimento foi dividido em 4 períodos de 21 dias cada. A diminuição da relação V:C 70:30 para 20:80 reduziu (P<0,05) a proporção relativa de Ruminococcus albus e Ruminococcus flavefaciens no ambiente ruminal, mas não comprometeu a população de Fibrobacter succinogenes (P<0,05) e aumentou a proporção de Selenomonas ruminantium (P<0,05), e de Streptococcus bovis (P<0,10). A população total de protozoários foi semelhante (206.33 x104/mL) em todas as relações V:C (P>0,05), em que o gênero Entodinium foi mais representativo (99,28%). Relações com até 60% de inclusão de concentrado não influenciaram o pH médio do rúmen (6,28) (P>0,05). A concentração ruminal total de AGCC, assim como a relação acetato: propionato não foram influenciados pelas relações V:C (P>0,05), mas na relação V20:C80 observou-se maior concentração de ácido propiônico (P>0,05). O consumo de FDNcp diminuiu com o aumento de concentrado e diminuição de volumoso nas dietas (P<0,05) e a relação 20:80 permitiu maior consumo de NDT (P<0,05). A digestibilidade da MS, MO e PB foi menor na relação 70:30 (P<0,05). Dietas com maior proporção de concentrado, geram um pH ruminal baixo, e inibem o crescimento das bactérias celulolíticas R. Albus e R. Flavefaciens, aumentam a concentração de ácido propiônico e a proporção de S. Ruminantium no rúmen / Abstract: This experiment aimed to characterize the effect of four forage:concentrate (F:C) ratios on the microbiology of the rumen, ruminal fermentation parameters, consumption and nutrient digestibility in Nellore steers. Eight Nellore steers (280 ± 8 kg BW), cannulated in the rumen, were distributed in a double 4x4 Latin Square balanced for control of residual effect. The experiment was divided into 4 periods of 21 days each. The decrease of the ratio F:C 70:30 to 20:80 decreased (P <0.05) the relative proportion of Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens in the rumen, but did not affect population of Fibrobacter succinogenes (P <0.05) and increased the proportion of Selenomonas ruminantium (P <0.05), and Streptococcus bovis (P <0.10). The total protozoa population were similar (206.33 x104/mL) in all ratios F:C (P> 0.05), whith the most representative genus being Entodinium (99.28%). With up to 60% of concentrate did not influence the average rumen pH (6.28) (P> 0.05). The total rumen SCFA concentration, and the acetate: propionate ratio were not influenced by the ratio F:C (P> 0.05), however the F20: C80 ratio resulted in higher concentration of propionic acid (P> 0.05 ). NDFap consumption decreased with decreasing F:C ratio (P <0.05) and the ratio 20:80 allowed dietary TDN intake (P <0.05). The digestibility of DM, OM and CP was lower in the 70:30 (P <0.05). Diets with more concentrate, generate a low ruminal pH and inhibit the growth of cellulolytic bacteria R. Albus and R. Flavefaciens, increases the propionic acid concentration and the proportion of S. Ruminantium in the rumen / Mestre

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Bruno Ramalho Vieira / Banca: Flávio Dutra de Resende / Banca: Sérgio Raposo de Medeiros / Resumo: Objetivou-se avaliar efeito associativo entre diferentes fontes lipídicas e glicerina bruta na alimentação de tourinhos Nelore sobre o desempenho, produção de metano e as características de carcaça e qualidade da carne. Foram utilizados 40 tourinhos da raça Nelore com peso médio inicial de 426 + 30,2 kg e aproximadamente 20 meses de idade. As dietas utilizadas foram: dieta controle, com 10% de glicerina bruta na matéria seca (SL); dieta com 10% de glicerina bruta na matéria seca e adição de óleo de soja (OS); dieta com 10% de glicerina bruta na matéria seca e adição de grão de soja (SG) e dieta com 10% de glicerina bruta na matéria seca e adição de gordura inerte (GI). O delineamento adotado foi o inteiramente casualizado, com 4 tratamentos e 10 repetições cada. A adição lipídica de óleo de soja afetou positivamente as ingestões de matéria seca (MS), matéria orgânica (MO), proteína bruta (PB) e fibra em detergente neutro (FDN) em relação aos animais do tratamento SL, e a digestibilidade da FDN foi reduzida. O peso corporal final, desempenho e a eficiência alimentar foram superiores aos animais do tratamento OS em relação aos demais. A inclusão lipídica associada a glicerina bruta nas dietas não influenciou a emissão de metano dos animais. Espessuras de gordura subcutânea, pesos de carcaça quente e fria também foram superiores aos animais do tratamento OS em relação ao tratamento SL. As características qualitativas da carne como maciez, perfil de ácidos graxos, teor de gordura intramuscular e coloração não foram afetadas com associação de fontes lipídicas a glicerina bruta. Desta forma, óleo de soja pode ser utilizado em associação a glicerina bruta (10% na MS) na dieta de tourinhos Nelore, favorecendo o desempenho e as características de carcaça, porém, a qualidade da carne não é alterada / Abstract: This study aims to evaluate the association of lipid sources and crude glycerin on Nellore steers diets on performance, methane emissions, carcass characteristics and meat quality. Forty Nellore young bulls with 426 + 30.2 kg initial body weight and approximately twenty months of age were used. The treatments were: control diet, with 10% crude glycerin on dry matter (SL); diet with 10% crude glycerin on dry matter and soybean oil addition (OS); diet with 10% crude glycerin on dry matter and whole soybean grain addition (SG) and diet with 10% crude glycerin on dry matter and calcium salts of soybean fat acids addition (GI). A completely randomized design was used with four treatments and ten replicates each. The OS inclusion positively affected the dry matter, organic matter, crude protein and neutral detergent fiber (FDN) intake compared with the SL treatment while apparent digestibility of FDN has decreased. Final body weight, performance and feed efficiency were greater for OS animals compared to others treatments. The lipid inclusion associated with crude glycerin has not changed the animal's methane emissions. Subcutaneous fat, hot and cold carcass weights also were greater for OS animals compared with SL treatment. The meat quality of Longissimus muscle as Warner-Blatzler Shear Force, fatty acids profile, intramuscular fat and color were not affected for lipid sources and crude glycerin association. Therefore, soybean oil can be associated with crude glycerin (10% dry matter of diet) on Nellore steers diets, enhancing performance and carcass characteristics, however the meat quality and methane emissions are not changed / Mestre

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Pedro Braga Arcuri / Banca: Alexandre Berndt / Banca: Paulo Henrique Moura Dian / Banca: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Ricardo Andrade Reis / Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de fontes lipídicas com diferentes perfis de ácidos graxos sobre o consumo de nutrientes, digestibilidade, parâmetros fermentativos, microbiota ruminal, desempenho, emissão de metano entérico e características qualitativas da carcaça e da carne de novilhos Nelore terminados em confinamento. Na avaliação de consumo, desempenho, emissão de metano e características qualitativas da carcaça e da carne foram utilizados 45 novilhos castrados da raça Nelore com peso médio inicial de 419 ± 11 kg e aproximadamente 15 meses de idade, recebendo 60% de volumoso (silagem de milho) e 40% de concentrado. Foram testados 5 tratamentos: um sem adição de lipídios e mais quatro dietas com diferentes fontes lipídicas: óleo de linhaça, óleo de palma, soja grão e um suplemento comercial com gordura protegida (Lactoplus). O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado com cinco tratamentos e nove repetições, e as médias foram comparadas pelo teste de Tukey a 5%. As fontes lipidícas influenciaram (P<0,05) os valores de ganho médio diário (GMD) e ingestões de matéria seca e nutrientes. Animais alimentados com dieta sem adição de lipídios apresentaram maior ingestão de matéria seca e nutrientes quando comparado aos que receberam óleo de palma. A eficiência alimentar teve valor médio de 0,13 kg GMD/kg MS nas dietas sem adição de lipídios, gordura protegida, soja grão e óleo de linhaça, enquanto a dieta com óleo de palma apresentou um valor de 0,08 kg GMD/kg MS. Animais alimentados com óleo de palma apresentaram maior força de cisalhamento (P<0,05) quando comparados aos que receberam a dieta sem adição de lipídios (5,87 vs 4,14 kg/cm²). A deposição de CLA foi maior no tratamento com óleo de linhaça (0,67 no músculo e 1,69 % no gordura subcutânea)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the effect of lipid sources with different fatty acid profiles under the ingestion of nutrients, digestibility, fermentation parameters, rumen microbial, performance, enteric methane emission and qualitative characteristics of the carcass and meat from Nellore steers finished in feedlots. In the evaluation of consumption, performance, methane emission and qualitative characteristics of the carcass and meat were used 45 Nellore steers with an initial average weight of 419 + 11 kg and approximately 15 months of age, receiving 60% roughage (corn silage) and 40% concentrate. Were tested 5 treatments: one without additional fat source and more four diets with different fat sources: linseed oil, palm oil, soybeans grain and a commercial supplement with protected fat (Lactoplus). The experimental design was completely randomized with five treatments and nine replicates, and averages were compared by Tukey test (P<0.05). Lipid sources influenced (P<0.05) values of average daily gain (ADG) and intakes of dry matter and nutrients. Animals fed with the without additional fat source diet presented higher intake of dry matter and nutrients compared to those that received palm oil. Feed efficiency had average value of 0.13 kg ADG/kg DM in the diet control, protected fat, soybeans grain and linseed oil, while palm oil diet showed a value of 0.08 kg ADG / kg DM. Animals fed with palm oil had higher shear force (P <0.05) compared with those who received the without additional fat source diet (5.87 vs 4.14 kg/cm²). The deposition of CLA were higher in treatment with linseed oil (0.67 - muscle and 1.69 - subcutaneous fat). Diets based on linseed oil and soybeans grain present the same feeding efficiency of diets with protected fat and without additional fat source, however produce an average reduction of 57% in methane emissions when compared with these diets... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Resumo: A pecuária de corte é uma atividade de grande importância social e econômica no Brasil e criar animais mais produtivos e eficientes é fundamental para aumentar a rentabilidade do sistema. Um dos componentes de maior custo envolvido na produção animal é a alimentação. Por isso, muitos índices já foram propostos com o intuito de melhorar a eficiência alimentar. Uma das características que têm sido estudadas, com objetivo de selecionar animais, é o consumo alimentar residual (CAR), que é estimado considerandose a diferença entre o consumo real e a quantidade de alimento que o animal deveria ingerir baseado no seu peso vivo médio, o que permite identificar e selecionar animais mais eficientes, sem que haja seleção para maior peso a idade adulta. A função mitocondrial tem sido apontada como sendo um fator de grande influência no CAR. Com isso, analisar genes envolvidos na função mitocondrial torna-se uma alternativa para identificar marcadores moleculares associados à maior eficiência alimentar. O co-ativador PGC1, pode induzir a biogênese mitocondrial, termogênese e respiração. A proteína TFAM (fator de transcrição mitocondrial A) está envolvida no processo de transcrição do DNA mitocondrial e é um fator-chave para a replicação do DNA mitocondrial. As proteínas desacopladoras (UCPs) localizam-se na membrana interna da mitocôndria, e dentre elas, estão a UCP2 e a UCP3, que atuam no controle da termogênese adaptativa e da produção de espécies reativas de oxigênio na mitocôndria. Nesse trabalho foram analisadas a expressão dos genes PGC1 , TFAM, UCP2 e UCP3 por meio da técnica de PCR quantitativa em tempo real, em tecidos hepático e muscular de dois grupos de bovinos Nelore com valores contrastantes de CAR, visando avaliar as relações destes genes com consumo alimentar residual... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The beef cattle industry is an activity of significative social and economic importance in Brazil and to raise more efficient animals is fundamental to increase the system profitability . One of the most expensive components involved in animal production is the cost of food. Therefore, many indexes have been proposed to improve feed efficiency. One of the traits that have been studied in order to select animals is the residual feed intake (RFI), which is estimated considering the difference between the real consumption and the amount of food the animal should eat based on its live weight, which allows to identify and select more efficient animals, without selecting for higher adult weight. Mitochondrial function has been identified as an influential factor on RFI. Thus, to analyze genes involved in mitochondrial function becomes an alternative to identify molecular markers associated with higher feed efficiency. The co-activator PGC1 can induce mitochondrial biogenesis, thermogenesis and breathing. The protein TFAM (mitochondrial transcription factor A) is involved in mitochondrial DNA transcription and is a key factor for the replication of mitochondrial DNA. The uncoupling proteins (UCPs) are located in the inner mitochondrial membrane, and among them, are UCP2 and UCP3, which act in the control of adaptive thermogenesis and of the production of reactive oxygen species in the mitochondria. In this study the expression of genes PGC1 , TFAM, UCP2 and UCP3 by real-time quantitative PCR in liver and muscle tissues in two groups of Nellore cattle with contrasting values of RFI were analyzed, to evaluate the relationships of these genes with residual feed intake. In liver tissue, the TFAM and UCP2 genes were more expressed in negative RFI animals compared to positive RFI animals. The PGC1 gene expression had no significant difference... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: A carne produzida no Brasil a partir de raças zebuínas possui características organolépticas que não são bem aceitas nos mercados mais exigentes. As características de carcaça e da carne, como a maciez e a espessura de gordura subcutânea podem garantir qualidade e uniformidade na produção de carne bovina, porém o melhoramento genético para essas características não tem sido praticado. Os objetivos deste estudo foram analisar o desequilíbrio de ligação entre os polimorfismos de base única (SNPs), e estudar a associação destes com a maciez da carne e espessura de gordura subcutânea no genoma de bovinos da raça Nelore utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizados 795 machos da raça Nelore nascidos em 2008 e 2009 e pertencentes a três programas de melhoramento genético. Um total de 117 grupos de contemporâneos foi formado, constituídos por ano de nascimento, fazenda, grupos de manejo ao nascimento, grupos de manejo à desmama e ao sobreano. Os animais foram genotipados utilizando o Illumina High-Density Bovine BeadChip com 777.962 marcadores SNPs. O DNA genômico foi extraído utilizando amostras de cinco gramas de tecido muscular retirados do Longissimus dorsi de cada animal. Foram excluídos SNPs que apresentaram MAF (alelo de menor frequência) inferior a 0,05 e Call Rate menor que 0,93, totalizando 446.986 SNPs. Os fenótipos para maciez da carne foram obtidos utilizando um equipamento de análise de textura equipado com uma sonda Warner Bratzler em amostras de 2,54 cm retiradas entre a 12ª e 13ª costelas da meiacarcaça esquerda. Na mesma amostra foi mensurada a espessura de gordura subcutânea com paquímetro, medindo a camada de gordura localizada a um ângulo de 45º a partir do centro geométrico. As análises de associação foram realizadas considerando apenas um marcador por vez... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The meat produced in Brazil from Zebu breeds has organoleptic characteristics that are not well accepted in the most demanding markets. Carcass and meat traits, like tenderness and fat thickness, can ensure quality and uniformity in beef production, but genetic improvement for these traits has not been practiced. The objective of this study was analyze the linkage disequilibrium between single nucleotide polymorphisms (SNPs), and to study their association with the tenderness of meat and fat thickness in the genome of Nellore cattle using a panel of highdensity SNPs. Data from 795 Nellore cattle born in 2008 and 2009 and belonging to three breeding programs were used. A total of 117 contemporary groups were formed, constituted of year of birth, farm, management groups at birth, management groups at weaning and yearling. The animals were genotyped using Illumina High- Density Bovine BeadChip with 777,962 SNP markers. Genomic DNA was extracted with samples from five grams of tissue taken from the Longissimus dorsi muscle of each animal. SNPs that had MAF less than 0.05 and Call Rate less than 0.93 were excluded, totaling 446,986 SNPs. The phenotypes for meat tenderness were obtained using a texture analysis equipment equipped with a Warner Bratzler probe in samples of 2.54 cm taken between the 12th and 13th ribs of the left half carcass. On the same sample, it was measured the thickness of subcutaneous fat with caliper rule, measuring the fat located at an angle of 45° from the geometric center. The association analysis was performed considering only one marker at a time. The fixed effects in the model were SNP marker, contemporary group, date of slaughter and slaughter age as covariate. To estimate the effect of each SNP over the traits, the SNP marker was included as a covariate (linear effect). The average linkage disequilibrium (r²)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Luis Artur Loyola Chardulo / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Resumo: O objetivo deste estudo foi estimar as frequências dos polimorfismos nos genes DGAT1 (sequência de 18 nucleotídeos na região promotora - VNTR), ANK1 (novo polimorfismo identificado na região regulatória), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) e MYOG (NW_001501985:g.511G>C) e associá-los a características relacionadas à qualidade de carne e carcaça em bovinos Nelore (Bos indicus). Foram utilizados 600 machos, terminados em confinamento com idade inferior a dois anos, com informações de desempenho e genealogia. Os animais foram abatidos em frigoríficos comerciais, onde foram obtidas amostras individuais do músculo Longissimus dorsi para extração do DNA e realização das análises fenotípicas da carne. A genotipagem foi realizada por meio da técnica da PCRRFLP, com exceção do VNTR do gene DGAT1 que foi apenas amplificado pela PCR. Por meio da análise do tamanho dos fragmentos em gel de agarose, foram determinados os genótipos dos indivíduos para o cálculo das frequências alélicas e genotípicas. O estudo de associação com o peso de carcaça quente, área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea, força de cisalhamento, perdas por cocção (perdas), coloração instrumental (L*, a*, b*), porcentagem de gordura intramuscular (GIM) e índice de fragmentação miofibrilar foi realizado por meio do procedimento GLM do SAS®. O alelo B do gene ANK1 foi associado ao aumento da coloração vermelha (a*) da carne (p<0,05). No gene DGAT1, os alelos 5R, 6R e 7R foram associados (p<0,05) ao aumento da GIM, à redução das perdas e ao aumento da AOL, respectivamente. O SNP do gene TCAP não foi polimórfico e os alelos do gene MYOG não foram associados a nenhuma das características testadas. Os resultados obtidos indicam que os genes DGAT1 e ANK1 podem ser utilizados na seleção de animais Nelore para qualidade de carne e carcaça / Abstract: The aim of this study was to estimate the polymorphism frequencies of the genes DGAT1 (sequence of 18 nucleotides at the promoter region - VNTR), ANK1 (new polymorphism identified at the regulatory region), TCAP (AY428575.1:g.346G>A) and MYOG (NW_001501985:g.511G>C) and associate them to carcass and meat quality in Nellore cattle (Bos indicus). It was used 600 males, finished at feedlot under two years old, with performance and genealogy information. Slaughter was carried out in commercial abattoir where individual samples were obtained from Longissimus dorsi for DNA extraction and meat analysis. Genotyping was performed by PCR-RFLP, with exception for the VNTR of gene DGAT1 that was only amplified by PCR. By analyzing the fragment size on the agarose gel, the genotypes of the animals were determined for calculation of allele and genotype frequencies. The associations study with hot carcass weight, ribeye area (REA), back fat thickness, shear force, cooking loss (CL), meat color (L*, a*, b*), percentage of intramuscular fat (IF) and myofibrillar fragmentation index was performed using the GLM procedure of SAS®. The allele B from ANK1 gene was associated to higher redness (a*) of meat (p<0.05). The alleles 5R, 6R and 7R from DGAT1 VNTR gene were associated (p<0.05) to increased IF, reduced CL and increased REA, respectively. The SNP of TCAP gene was not polymorphic and MYOG alleles were not associated to any of the tested characteristics. Results indicate that DGAT1 and ANK1 genes can be used in the selection of Nellore cattle for carcass and meat quality / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fernando Sebástian Baldi Rey / Banca: Danísio Prado Munari / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Resumo: Objetivou-se com este trabalho estimar as associações genéticas e fenotípicas entre as características de crescimento e as características da carcaça e carne em animais da raça Nelore. Foram utilizados registros de 241.416, 126.596, 78.687 e 90.720 animais machos e fêmeas, respectivamente para peso à desmama (PD), peso ao sobreano (PS), ganho em peso da desmama ao sobreano (GS), altura da garupa ao sobreano (ALTS) e para as características de carcaça e carne foram utilizados 877 animais machos para peso da carcaça quente e 884 para área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, índice de marmorização e maciez. Os componentes de (co)variância foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita. Para a estimação dos componentes de (co)variância foram utilizados modelos animal tricaracterísticas, sempre incluindo o PD. Para PD foram incluídos no modelo os efeitos aleatórios genéticos aditivos, direto e materno, ambiente permanente materno e residual, e os efeitos fixos de grupo de contemporâneos (GC) e idades da vaca ao parto (IVP) e do animal (efeito linear e quadrático), como covariáveis. Para as demais características foram excluídos os efeitos maternos (genéticos e de ambiente permanente) e o efeito idade da vaca ao parto. Os GC para PD foram formados por fazenda, ano de nascimento, grupo de manejo à desmama e sexo. Para PS, GS e ATLS foi acrescentado ao GC o grupo de manejo ao sobreano. Para as características de carcaça e carne os GC foram definidos da mesma forma que para as outras características medidas ao sobreano, excluindo o sexo do animal. Para todas as características foram excluídas observações com medidas de três desvios-padrão acima ou abaixo da média do seu GC. Para as características de crescimento o GC com menos de 10 animais foram excluídos. Para as características de carcaça e carne foram mantidos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was estimate genetic parameters for growth traits and carcass and meat traits in Nellore. Data from 241.416, 126.596, 78.687, 90.720 males and females, respectively, respectively, for weaning weight (WW), yearling weight (YW), gain from weaning to yearling (GWY), yearling hip height (YHH) and, for carcass and meat traits, only males animals, 877 for hot carcass weight (HCW), and 884 for longissimus muscle area (LMA), backfat thickness (BF), marbling (MAR) and shear force (SF) were used. The (co)variance components were estimated by restricted maximum likelihood. For estimation of (co)variance, three-trait animal models were apllied, always including WW in the analyses. For WW, it included in model the random direct and maternal additive genetic effects, maternal permanent environmental and residual effects, fixed effects of contemporany group and age of animal and age of dam at calving (linear and quadratic effect) as covariates. For the others traits, maternal effects (genetic and permanent environmental) and the effect of age of dam at calving were excluded. The contemporany group for WW were formed by farm, year of birth, weaning management group and sex. For YW, GWY, YHH it was added the management group at yearling. For carcass and meat traits the contemporany groups were defined similarly for the traits measured yearling, excluding the sex of the animal. For all traits observations with measurements of three standard deviations above or below the average of the contemporary groups were excluded. For the growth traits, contemporary groups with less than 10 animals were excluded. For carcass traits and meat CG with more than 3 animals were kept. The heritability estimates for growth traits ranged from 0.12 ± 0.009 to 0.44 ± 0.007. For carcass and meat traits, the heritability estimates were 0.10 ± 0.12 to 0.39 ± 0.15... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Arione Augusti Boligon / Banca: Fernando Sebástian Baldi Rey / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Resumo: As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Reproductive traits are related to economic efficiency and productivity of cattle systems. Age at first calving (AFC) and occurrence of early pregnancy (OP) are used in beef breeding programs in order to anticipate the reproductive life. The measure (r²) of linkage disequilibrium (LD) is used in genome wide association studies to detect genetic markers and genes affecting quantitative traits (QTL). The aim of this study was to determine the extent of LD in the genome of Nellore cattle, and examine associations between single nucleotide polymorphisms (SNP) and AFC and OP, using a panel of high-density SNPs. Data from 1.182 Nellore born in 2007 and 2008, belonging to Agropecuária Jacarezinho were used. A total of 13 contemporary groups (CG) consisting of farm, season and year of birth, with an average of 90 animals per CG were formed. For genomic-wide association, SNPs with minor allele frequency (MAF) below 0.05, and animals with Call Rate below 0.90 were excluded, totaling 431,885 SNPs. For the statistics analyses, a linear model was used for IPP and a threshold model was used for OP. To estimate the significance of the associations, for both traits, the model included the classificatory fixed effects of GC and SNPs (0,1, and 2). To estimate the allelic substitution effect, the same model was used, considering the SNP effects as covariable. The Bonferroni correction was applied to adjust the limit of significance (1.16 x10-7). The average r ² for all autosomes was 0.18 at a distance of 4.8 kb and the average MAF was 0.25 ± 0.13. The LD decreased as the distance between markers increased: 0.35 (1 kb) to 0.12 (100 kb). Eleven significant associations were detected in seven different chromosomes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, and BTA22). Among these, seven SNPs were associated with AFC and four were linked to the OP. Three SNPs were significant for both traits... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre