Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Banca: Danisio Prado Munari / Banca: Saulo da Luz e Silva / Banca: Ana Fabrícia Braga Magalhães / Resumo: Este estudo propôs avaliar uma outra forma de detecção de variações estruturais no genoma bovino, as variações no número de cópias CNVs, e sua associação com características de qualidade de carne. O capitulo 1 aborda considerações gerais e revisão de literatura das características de qualidade da carne e de sua inclusão em estudos genômicos, bem como a utilização das variações do número de cópias em estudos de associação com características de interesse econômico para a agropecuária brasileira. O capítulo 2 teve como objetivo explorar diferentes softwares para avaliar diferenças na detecção de CNVs em uma população de bovinos da raça Nelore. A diferença metodológica entre os softwares pode ser a causa da diferença de CNVR detectados em ambos os métodos. Os grupos funcionais enriquecidos significativos foram relacionados a funções de ligações de ATP, bem como estruturas das membranas celulares e resposta do sistema imunológico. A presença de genes do tipo LOC também é bastante interessante, pois estes são genes os quais ainda não foram confirmadas sua função biológica, necessitando de mais estudos para a determinação da mesma. O estudo de diferentes algoritmos na detecção de CNVRs pode divergir dependendo das plataformas e metodologias aplicadas em cada software, como foi observado no presente estudo. A sobreposição dos mesmos nos fornece maior confiabilidade na detecção de regiões de CNVs. O capítulo 3 propôs identificar regiões no genoma de bovinos da raça Nelore que apresen... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate another way to detect structural variations in bovine genome, the variations in CNVs number of copies and its association with meat quality traits. Chapter 1 addresses general considerations and literature review of meat quality traits and their inclusion in genomic studies, as well as the use of variations in the number of copies in association studies with characteristics of economic interest for Brazilian agribusiness. Chapter 2 aimed to explore different softwares to evaluate differences in the detection of CNVs in a population of Nellore cattle. The difference in methodologies between the softwares can be the cause of the difference in CNVR detected in both methods. Significant enriched functional groups were related to ATP binding functions, as well as cell membrane structures and immune system response. The presence of genes of the LOC type is also very interesting, since the biological function of these genes have not been confirmed yet, requiring further studies to determine the same. The study of different algorithms in CNVRs detection can differ depending on the applied platforms and methodologies in each software, as it was observed in this study. The overlaps can provide more reliability in the detection of CNVs regions. Chapter 3 proposed to identify genome regions of Nellore cattle that presented variations in the number of copies (CNV: copy number variation) and to study the genetic association of CNVs with quantitative an... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Giovani Fiorentini / Banca: Saulo da Luz e Silva / Banca: Otavio Rodrigues Machado Neto / Banca: Paulo Henrique Moura Dian / Banca: Juliana Duarte Messana / Resumo: O glicerol é um substrato utilizado por bactérias que metabolizam o lactato ruminal e a virginiamicina é um antibiótico não ionóforo que inibe o crescimento de bactérias gram-positivas produtoras de lactato. Foram realizados dois experimentos para avaliar os efeitos da glicerina bruta (GB) e da virginiamicina (VM) na ingestão, digestibilidade, fermentação ruminal, população microbiana, desempenho, características de carcaça e perfil de ácidos graxos da carne de bovinos Nelore. Os tratamentos experimentais foram organizados em um arranjo fatorial 2 × 2: dietas sem virginiamicina (VM-) ou 25 mg de virginiamicina/kg de matéria seca (VM+) combinadas com dietas sem glicerina bruta (GB-) ou 100 g de glicerina bruta/kg de matéria seca (GB+). O bagaço de cana-de-açúcar foi usado como forragem na proporção de 20% na matéria seca (MS) da dieta e a GB substituiu o milho na formulação da dieta. No primeiro experimento, foram utilizados oito bovinos Nelore fistulados no rúmen (Peso corporal = 600 ± 34 kg, 26 ± 3 meses) em um quadrado latino 4×4 replicado (período= 21 dias) para se avaliar a digestibilidade dos nutrientes, fermentação ruminal e população microbiana. A ingestão de MS teve uma tendência a aumentar em dietas com GB (P = 0,07). As digestibilidades aparentes totais dos nutrientes foram semelhantes entre as dietas (P ≥ 0,10). As dietas com GB ou VM apresentaram valores de pH similares (média = 6,15; P ≥ 0,10). A proporção de propionato aumentou 27,5% nas dietas com GB+, independ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Glycerol is a substrate used for bacteria that metabolize ruminal lactate and virginiamicyn is a non-ionophore antibiotic that inhibits the growth of gram-positive lactate-producing bacteria. Two experiments were conducted to evaluate the effects of crude glycerin (CG) combined with virginiamycin (VM) on intake, digestibility, ruminal fermentation, microbial population, performance, carcass traits and fatty acid profile of meat from feedlot Nellore cattle. Treatments were arranged in 2 × 2 factorial design: diets without virginiamycin (VM-) or virginiamycin at 25 mg/kg DM (VM+) combined with diets without crude glycerin (CG-) or CG (80% glycerol) at 100 g/kg DM (CG+). The sugar cane bagasse was used as the exclusive roughage in the proportion of 20% in the dry matter (DM) of diet and crude glycerin replaced corn in the diet formulation. In the first experiment, eight rumen fistulated bulls (BW= 600 ± 34 kg; 26 ± 3 months) were used in a replicated 4 × 4 Latin square (21-d periods) to evaluate the digestibility, ruminal fermentation and microbial population. The intake of DM had a tendency to be greater in CG+ than CG- diets (P = 0.07). Apparent total tract digestibilities of nutrients were similar among diets (P ≥ 0.10). Diets with CG or VM had similar values of pH (mean=6.15; P ≥ 0.10). The proportion of propionate increased 27.5% in CG+ diets, regardless of VM inclusion (P = 0.01). In the second experiment, forty-eight bulls with initial BW (408.4 ± 22.2 kg; 21 ± 2 months) ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Banca: Renata Helena Branco Arnandes / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Aníbal Eugênio Vercesi Filho / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Resumo: Biotécnicas reprodutivas e cruzamento constituem importantes ferramentas para o aumento da eficiência econômica e produtiva em bovinos de corte. A determinação da intensidade do uso dessas biotécnicas e o cruzamento, nas diferentes condições ambientais, de manejo e mercado, são fundamentais para otimizar a relação custo-benefício de sua adoção, visando aumentar a rentabilidade do sistema produtivo. Objetivou-se com este estudo estimar o ganho genético e econômico da utilização de diferentes biotécnicas reprodutivas e cruzamento, em um sistema produtivo de bovinos de corte, usando simulações determinísticas. O estudo foi baseado em um sistema de produção com capacidade para 1000 UA (UA = 450kg de peso vivo), adotando pastejo contínuo e taxa de lotação variável. O primeiro cenário foi caracterizado pela inseminação artificial (IA) (sêmen Nelore) e repasse com monta natural (MN) com touros Nelore. Os outros cenários envolveram o uso de ao menos uma dessas técnicas: inseminação artificial em tempo fixo (IATF), fertilização "in vitro" (FIV) e cruzamento de vacas Nelore com touros Angus (sêmen). Os parâmetros econômicos foram extraídos de instituições da região central do Brasil. Foi estimada a porcentagem de produção de animais superiores e o ganho genético, e calculado para o curto (5 anos), médio (10 anos) e longo (15 anos) prazos. Indicadores econômicos como quantidade de progênie produzida, custo total estimado a desmama e ao abate, lucro estimado a desmama e ao abate e taxa d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: - Reproductive biotechniques and crossbreeding are important tools for increasing economic and productive efficiency in beef cattle. The determination of the intensity of use of these biotechniques and the crossbreeding, in the different environmental, management and market conditions, are fundamental to certify a better cost-benefit relation of its adoption, in order to increase the profitability of the production system. The objective of this study was to estimate the genetic and economic gain using different reproductive biotechniques and crossbreeding for a production system of beef cattle by means of deterministic simulations. The study was based on a production system with capacity for 1000 AU (AU = 992,08 pounds of body weight), adopting the continuous grazing and variable stocking rate. The first scenario was characterized by artificial insemination (AI) (Nellore) and natural mating (NM) with Nellore bulls. The other scenarios involved the use of at least one of these techniques: fixed-time artificial insemination (FTAI), in vitro fertilization (IVF), and crossbreeding of Nellore cows with Angus bulls. The economic values were extracted from institutions of the central region of Brazil. The percentage of production of superior animals and genetic gain were calculated in the short (5 years), medium (10 years) and long (15 years) time. Economic indicators such as amount of progeny produced, estimated total cost of weaning and slaughter, estimated profit of weaning and s... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Flávio Dutra de Resende / Banca: João Marcos Beltrame Benatti / Banca: Suélen Capa de Ávila / Banca: Laura Franco Prados / Banca: Marcia Helena Machado da Rocha Fernandes / Resumo: Em dietas com teores elevados teores de amido, fornecidas a ruminantes podem apresentar subaproveitamento em relação ao tempo de permanência da digesta no rúmen, assim, considerando que a digestão é mediada por enzimas presentes na composição dos microorganismos ruminais, a adição de isoenzimas exógenas pode potencializar o aproveitamento da dieta. Desta forma, o objetivo do trabalhofoi avaliar os efeitos da adição de extrato de Aspergillus oryzae contendo alfa - amilase em dietas com elevada inclusão de concentrado no metabolismo e desempenho de bovinos Nelore. O experimento foi conduzido no confinamento individual da estação experimental APTA - Colina / SP / Brasil. Foram utilizados dois delineamentos distintos para avaliar o metabolismo (Exp. 1), e o desempenho (Exp. 2). No Exp. 1 (Metabolismo) foram utilizados dez bovinos Nelore, (5 animais por tratamento), canulados no rúmen, com peso corporal inicial (PCI) 400 ± 25 kg e idade média 24 meses, em um delineamento em esquema crossover e distribuídos em dois tratamentos: Controle (ausência de alfa-amilase) e adição de Amilase (5g/animal/dia de extrato de Aspergillus oryzae alfa-amilase - Amaize®, Alltech, Inc). A dieta foi isoprotéica fornecida ad libitum foi formulada para conter 2,96 Mcal/kg de Energia Metabolizáve (EM)l. A fermentação ruminal foi mensurada a partir de amostras de flúido ruminal coletadas ao final de cada período de 25 dias do total de 125 dias de período experimental. Enquanto que as amostras de sangue fo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In diets with high levels of starch supplied to ruminants, the strategy to improve reduce underutilization of the concentrate is to optimize the digestibility. The digestion is enzyme-mediated by the rumen microorganisms, the addition of exogenous isoenzymes can enhance the use of diet. The objective of this study was to evaluate the effects use of Aspergillus oryzae extract containing alpha-amylase in feedlot diets on metabolism and performance of Nellore cattle. The study was in feedlot at the APTA experimental facility - Colina / SP / Brazil. Two distinct designs were used to evaluate metabolism (Exp. 1) and performance (Exp. 2). Exp. 1: Ten Nellore bulls, rumen cannulated (initial body weight between 400 ± 25 kg and age of 24 months) were housed in individual pens. The experimental design was crossover, in which the animals were randomized between two treatments 1: Control - absence of amylase and 2: Amylase -Aspergillus oryzae extract containing alpha amylase activity (Amaize®, Alltech, Inc,), 5 g/animal daily. The diet was isoprotein provided ad libitum, formulated to contain 2,96 Mcal/kg ME. Ruminal fermentation was measured from rumen fluid samples collected at the end of a 25 day period, while blood samples were collected at the beginning and end of this period. The digestibility and nitrogen balance were measured concomitantly, through total collection of feces and urine, respectively (3 consecutive days). Exp. 2 (performance): Forty-two bulls Nellore (initial body ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Diercles Francisco Cardoso / Resumo: O uso intensivo de biotecnologias reprodutivas tem feito com que se eleve a taxa de nascimento de progênies com maior grau de parentesco (maior taxa de nascimento de meio-irmãos e irmãos completos). Assim, o conhecimento sobre o coeficiente da endogamia média do rebanho torna-se relevante para a eficiência do sistema de produção. Com o advento da genômica, o coeficiente de endogamia (F) pode ser estimado com base na informação de milhares de marcadores do tipo polimorfismos de base única (SNPs), espalhados por todo o genoma. No presente estudo, informações de 3.785 animais da raça Nelore (1,760 machos e 2,025 fêmeas) genotipados para 777.962 SNPs do BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) foram utilizadas com o objetivo de avaliar a taxa de endogamia em rebanhos comerciais da raça Nelore, bem como investigar o seu efeito (depressão endogâmica) sobre a expressão fenotípica de características reprodutivas (idade ao primeiro parto (IPP), ocorrência de prenhez precoce (OPP) e reconcepcão de novilhas (REC)). A estimativa do valor de F, bem como da depressão endogâmica, foi feita utilizando diferentes metodologias: (i) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas obtidas da população base (FG); (ii) matriz de parentesco genômica com frequências alélicas fixadas em 0,5 (FGRM); (iii) com base no excesso de SNPs em homozigose (FSNP); e (iv) corrida de homosigose (FROH). Os resultados da corrida de homosigose também foram utilizados para identificar os padrões (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The intensive use of reproductive biotechnologies has increased the birth rate of progenies with high degree of relationships (higher birth rate of half- and full-sibs). Thus, the control of herd inbreeding becomes relevant for the efficiency of the production system. With genomics, the inbreeding coefficient can be estimated using thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs), spread throughout the genome. In the present study, information of 3,785 Nelore animals (1,760 males and 2,025 females) genotyped with 777,962 SNP markers of BovineHD BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA) was used with the objective of evaluating the inbreeding rates of Nelore commercial herds, as well as to investigate the effects of inbreeding (inbreeding depression) on the phenotypic expression of reproductive traits (age at first calving (AFC), heifer early pregnancy (EP), and heifer rebreeding (HR)). The inbreeding coefficient (F) and inbreeding depression were estimated based on (i) genomic relationship matrix considering allele frequencies estimated from the base population (FG); (ii) genomic relationship matrix considering allele frequencies fixed at 0.5 (FGRM); (iii) excess of homozygous SNPs (FSNP); and (iv) runs of homozygosity (FROH). The runs of homozygosity results were also used to identify the pattern (size and distribution) of ROH segments as well as to identify ROH islands (ROH segments shared by more than 50% of the population). In total, there were identified 210,636 RO... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Joaquim Mansano Garcia / Coorientador: Marina Ragagnin de lima / Banca: Luisa Cunha Carneiro / Resumo: A necessidade de uma metodologia mais prática para transferência de embriões em tempo fixo em rebanhos de gado de corte, para que se torne mais proveitoso, tem aumentado ao longo dos anos. O presente estudo avaliou a taxa de concepção e gestação de embriões produzidos in vitro transferidos a fresco, vitrificados ou congelados em um rebanho nelore de corte. Doadoras Nelore (n= 20) de um mesmo rebanho foram previamente selecionadas para serem submetidas a ovum pick up em dia aleatório do ciclo estral. Oócitos foram recuperados e selecionados para maturação in vitro por 24 horas a 38,5°C com 5% CO2 e 95% de humidade do ar. Para fertilização in vitro, sêmen da mesma partida, de um touro pré-selecionado da raça Nelore foi utilizado. Após 6 dias de cultivo in vitro, os embriões na fase de blastocisto foram aleatoriamente selecionados para serem transferidos a fresco, vitrificados ou congelados. As transferências foram realizadas em novilhas e vacas do mesmo rebanho das doadoras. As taxas de concepção, aos 30 dias, para os embriões transferidos a fresco, vitrificados ou congelados e transferidos depois do reaquecimento foram, respectivamente, de 37,64 ± 11,20%, 24,09 ± 2,34% e 16,21 ± 10,23%. As taxas de concepção, aos 30 dias, considerando a categoria da receptora, novilha ou vaca foi de 23,02 ± 3,42% e 31,06 ± 4,62%, respectivamente. O estudo mostrou que o método de congelação lenta, para transferência direta utilizado, não consegue resultados similares aos transferidos à... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The necessity of a more practical fixed time embryo transfer method in beef cattle herds, in order to make it more usable, has grown over the years. The present study compared the conception and pregnancy rates of in vitro produced embryos transferred fresh, vitrified or slow frozen in an nelore beef herd. Nelore donors (n=20) were previously selected to be submitted to ovum pickup on a random day of estrous cycle. Oocytes were recovered and selected for in vitro maturation for 24 hours at 38,5°C with 5% CO2 and 95% air humidity. For in vitro fertilization, semen, from the same batch, of one pre-selected Nelore bull was used. After 6 days of in vitro cultivation, embryos on blastocysts stage were randomly selected to be transferred either fresh, vitrified or frozen. The transfer procedures were conducted on heifers and cows of the same herd of the donors. Conception rates, at 30 days, for fresh transferred, vitrified and frozen transferred embryos were, respectively, 37,64 ± 11,20%, 24,09 ± 2,34% and 16,21 ± 10,23%. Conception rates, at 30 days, considering animal category of the recipients, heifer or cow were 23,02 ± 3,42% e 31,06 ± 4,62%, respectively. This study showed that the slow freezing, for direct transfer method used, can't achieve similar results (p= 0,0078) as the fresh transferred on Nelore herds, and vitrification still has to be the cryopreservation method for embryos on Nelore herds. It was used a significance of p<0,05. / Mestre

Orientadora: Gisele Zoccal Mingoti / Banca: Felipe Perecin / Banca: Lindsay Unno Gimenes / Banca: Mayra Elena Ortiz D'Avila Assumpção / Banca: Joaquim Mansano Garcia / Resumo: Na bovinocultura de corte, a alimentação corresponde ao maior custo associado à produção de carne. A avaliação do consumo alimentar residual (CAR) tem sido uma ferramenta importante para direcionar a seleção de bovinos de corte e otimizar economicamente esta atividade. No entanto, alguns estudos mostram uma diminuição da motilidade, do perímetro escrotal, uma menor taxa de prenhez e parto em animais eficientes para CAR. Uma estratégia para solucionar tais problemas é a suplementação ácidos graxos poliinsaturados (AGPs) que não apenas aumentam a densidade energética da dieta, mas também atuam na melhoria do desempenho reprodutivo. No entanto, o ideal é que tais características de seleção para CAR e efeito da suplementação com AGPs sejam passadas à prole, assim o objetivo desse trabalho foi avaliar o efeito paterno da seleção para consumo alimentar residual (CAR) e da suplementação dos touros com AGs para a PIVE, o acúmulo de lipídio embrionário e a expressão de genes. Animais classificados em baixo CAR e alto CAR foram utilizados no experimento. O delineamento experimental obedeceu a um esquema fatorial 2 x 2 (CAR x Suplementação), a análise estatística foi realizada pelo programa JPM (versão 5.0.1, SAS Institute). Após a amostragem, os animais foram separados aleatoriamente em dois grupos: com suplementação de AGs protegido e com suplementação controle (sem AGs protegido). O experimento foi composto por quatro tratamentos, o sêmen dos touros foi congelado (4 tratamentos), sen... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In beef cattle, feed corresponds to the highest cost associated with meat production. The evaluation of the selection for residual feed intake (RFI) has been an important tool to direct the selection of beef cattle and economically optimize this activity. However, some studies show a decrease in motility, scrotal perimeter, a lower pregnancy and calving rate in efficient animals for RFI. One strategy to solve such problems is polyunsaturated fatty acid (PUFA) supplementation that not only increases the energy density of the diet, but also improves reproductive performance. However, the ideal is that these characteristics of selection for RFI and effect of the supplementation with PUFA are passed to offspring, so the aim of this work was to evaluate the paternal effect of selection for residual feed intake and supplementation of bulls with fatty acids for in vitro produced embryos (IVPE), accumulation of embryonic lipid and gene expression. Animals classified under low RFI and high RFI were used in the experiment. The experimental design was based on a 2 x 2 factorial scheme (RFI x Supplementation), the statistical analysis was performed by the JPM program (version 5.0.1, SAS Institute). The animals were randomly divided into two groups: with protected fatty acids supplementation and with control supplementation (without protected fatty acids). The experiment was composed of four treatments, the semen of the bulls was frozen (4 treatments), 6 animals were supplemented with pro... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Coorientador: Rafael Medeiros de Oliveira Silva / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Angélica Simone Cravo Pereira / Banca: Danísio Prado Munari / Resumo: O objetivo deste estudo foram realizar associação genômica ampla (GWAS) e predição genômica utilizando haplótipos como marcadores genéticos para o perfil de ácidos graxos da gordura intramuscular do músculo Longissimus dorsi em bovinos Nelore. Foram utilizados dados de 963 machos da raça Nelore terminados em confinamento, provenientes de fazendas que integram três programas de melhoramento genético. O grupo de contemporâneo foi formado por animais nascidos na mesma fazenda e safra, e do mesmo grupo de manejo ao sobreano. Para a determinação do perfil de ácidos graxos foi utilizado para a extração dos lipídeos o método Folch e para a metilação o método Kramer. Para a genotipagem foi utilizado um painel com mais de 777.000 SNPs do BovineHD BeadChip (High-Density Bovine BeadChip) da Illumina. O controle de qualidade foi feito considerando MAF < 0,05 e Call rate < 90%. Após o CQ, 469.981 SNPs permaneceram nas análises. A imputação dos "missing" e o "phasing" do genótipo foram realizados utilizando o software FImpute. A definição dos blocos de haplótipos foi realizada baseada no desequilíbrio de ligação utilizando o software HaploView. No capítulo 2 as análises estatísticas incorporando as informações dos haplótipos foram realizadas utilizando o software ASREML implementando o método REML. O modelo incluiu efeitos fixos do grupo contemporâneo (62 níveis), haplótipo (regressão linear no número de cópias) e idade ao abate como covariável linear. Os valores de p foram ajustados pelo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study were genome-wide association (GWAS) and genomic prediction using haplotypes approach for fatty acid profile of intramuscular fat of longissimus dorsi muscle in Nellore cattle. The investigated dataset contained records from 963 Nellore bulls, finished in feedlot (90 days) and slaughter with about two years old. Meat samples of Longissimus dorsi muscle, between the 12th and 13th ribs of the left half-carcasses, were taken to measure the fatty acids (FAs). FAs were quantified by gas chromatography (GC-2010 Plus - Shimadzu AOC 20i autoinjector) using SP-2560 capillary column (100 m x 0.25 mm diameter with 0.02 mm thickness, Supelco, Bellefonte, PA). The animals were genotyped using the high-density SNP panel (BovineHD BeadChip assay 777k, Illumina Inc., San Diego, CA). Those SNP markers with minor allele frequency less than 0.05, call rate less than 90%, monomorphic, located on sex chromosomes, and those with unknown position were removed from the analysis. After genomic quality control, 469,981 SNPs and 892 animals were available for the analyses. Missing genotypes were imputed and genotypes were phased to haplotypes using FImpute software. Haplotype blocks were defined based on linkage disequilibrium using HaploView software. In chapter 2, statistical analyzes incorporating the haplotype information were performed using ASREML software implementing the REML method. The model included fixed effects of the contemporary group (62 levels), haplotype (linear r... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: William Koury Filha / Coorientador: Claudio de Ulhoa Magnabosco / Coorientador: Rafael Lara Tonussi / Banca: Danísio Prado Munari / banca: Carina Ubirajara Faria / Resumo: O objetivo do presente estudo foi reunir as características morfológicas de estrutura (ES), precocidade (PS) e musculosidade (MS) ao sobreano em características únicas indicadoras de biotipo animal, estimar seus parâmetros genéticos e para características de importância econômica como peso ajustado aos 450 dias de idade (P450), área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea na costela (EG), espessura de gordura subcutânea na garupa (EGP8), ES, PS, MS, perímetro escrotal ajustado aos 365 (PE365) e 450 (PE450) dias de idade, idade ao primeiro parto (IPP), probabilidade de parto precoce (PPP) e stayability(STAY), a fim de verificar a possibilidade da utilização das características indicadoras biotipo em programas de melhoramento genético de bovinos de corte da raça Nelore. Os dados analisados foram fornecidos pela Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores (ANCP). O modelo utilizado para a estimativa de parâmetros genéticos incluiu o efeito aleatório genético aditivo direto e o efeito fixo de grupo de contemporâneos. Para as análises foi utilizada a metodologia ssGBLUP. Métodos multivariados foram empregados para análises de componentes principais pelo procedimento PROC PRINCOMP do software SAS. Foram utilizados dados de ES, PS, MS e P450. O primeiro e o segundo componentes da análise explicaram 82,08% da variabilidade dos dados de e foram utilizados como autovalores para obtenção dos índices de biotipo animal PCA1 e PCA2. A característica SAM foi formada pel... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to gather the morphological characteristics after yearling of body structure (BS), finishing precocity (FP) and muscling (MS) in unique traits indicative of animal biotype and estimate its genetic parameters and for the characteristics of economic importance of body weight at 450 days of age (W450), ribeye area (REA), backfat thickness (BF), rump fat thickness (RF), BS, FP, MS, scrotal circumference at 365 (SC365) and 450 (SC450) days of age, age at first calving (AFC), heifer pregnancy (HP) and stayability (STAY) in order to verify the possibility of using the animal biotype indicator characteristics in breeding programs for Nelore beef cattle. The data analyzed were provided by the National Association of Breeders and Researchers (ANCP). The model used for the estimation of genetic parameters included the additive genetic direct random effect and the fixed group effect of contemporaries. For the analyzes, the ssGBLUP methodology was used. Multivariate methods were used for principal component analyzes by the PROC PROCOMP procedure of the SAS software. Data from BS, FP, MS and W450 were used. The first and second components of the analysis explained 82.08% of the variability of the data and were used as eigenvalues to obtain the indices of animal biotype PCA1 and PCA2. The SAM characteristic was formed by the combination of BS, FP and MS scores, penalizing or subsidizing late or early animals, respectively. The animal biotype indexes presented high ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Josineudson Augusto II Vasconcelos Silva / Banca: Rusbel Raul Aspilcueta Borquis / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: A alimentação é o componente mais dispendioso e relevante na produção de bovinos de corte. Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e sustentável, características de eficiência alimentar ganharam importância, entretanto, apresentam dificuldades pela onerosa obtenção da informação. A característica relacionada a eficiência alimentar e com mais estudos na última década, consumo alimentar residual (CAR), possui independência fenotípica de características de crescimento e de produção. O avanço na utilização da tecnologia de marcadores moleculares, como os SNPs, possibilitou o uso de novas ferramentas genômicas. Neste sentindo, é de interesse econômico e científico investigar mecanismos genéticos e biológicos que influenciam o CAR. O objetivo do estudo foi identificar regiões genômicas associadas ao CAR, avaliar diferenças genômicas em grupos contrastantes de animais, além de estimar os efeitos da substituição alélica de SNP que apresentem diferentes frequências alélicas em bovinos Nelore (Bos indicus). Foram utilizadas informações fenotípicas de 946 animais participantes do teste de eficiência alimentar nos anos de 2010 a 2017, com informação de genótipos de 956 animais. O modelo abordado para predição dos valores genéticos foi o WssGBLUP/S2, e a cada iteração foram reestimados efeitos de SNPs a partir de valores genético genômico (GEBVs). Foram encontradas oito regiões explicando variância genética total acima de 1%, totalizando 12,25% da variância gené... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Feeding is the most expensive and relevant component in the production of beef cattle. With the need to make beef cattle production more profitable and sustainable, feed efficiency traits have gained importance, however, they present difficulties due to the onerous obtaining of the information. The trait related to feed efficiency and with more studies in the last decade, residual feed intake (RFI), has phenotypic independence of growth and production traits. Advances in the use of molecular marker technology, such as SNPs, provide new genomic tools. In this sense, it is of economic and scientific interest to investigate genetic and biological mechanisms that influence RFI. The objective of the study was to identify genomic regions associated with RFI, and in contrasting groups of animals, to evaluate genomic differences and to estimate the effects of allelic substitution of SNPs that present different allelic frequencies in Nelore (Bos indicus) cattle. Phenotypic information from 946 animals participating in the feed efficiency test was used from 2010 to 2017, with information on 956 animals genotypes. The model addressed for prediction of genetic values was the WssGBLUP/S2, and at each iteration were re-estimated effects of SNPs from genomic genetic values (GEBVs). Eight regions were found explaining over 1% of the total genetic variance, and accounting for 12.25% of the total genetic variance of the RFI, located on chromosomes 5, 6, 9, 11, 14, 17 and 27, with 71 genes iden... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre