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Quantificação de diferentes microRNAs no sistema nervoso central = implicações nos mecanismos de desenvolvimento e processos fisiopatologicos / Quantification of microRNAs in the central nervous system : implications

Dogini, Danyella Barbosa 15 August 2018 (has links)
Orientador: Iscia Lopes-Cendes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-15T13:20:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dogini_DanyellaBarbosa_D.pdf: 2328676 bytes, checksum: 73a9334f34715cbcfdd00b38ccd1a93f (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: MicroRNAs são moléculas recém-descobertas de RNA não-codificadores que possuem de 21 a 24 nucleotídeos e que regulam a expressão após a transcrição dos genes alvo. Essa regulação pode ser realizada através da inibição da tradução ou da degradação do RNA mensageiro. Os miRNAs estão envolvidos em vários processo biológicos como, diferenciação celular e desenvolvimento embrionário, além de apresentarem expressão tecido e tempo-específica. Eles podem regular a expressão de pelo menos 1/3 de todos os genes humanos e estão envolvidos com a regulação do metabolismo e da apoptose. Os miRNAs são a chave como reguladores pós-transcricionais da neurogênese; estudos mostram que eles possuem a expressão associada com a transição entre proliferação e diferenciação e também tem expressão constitutiva em neurônios maduros, evidenciando o envolvimento dessas moléculas com o desenvolvimento do sistema nervoso central (SNC). Outros miRNAs estão sendo estudados e verifica-se que eles agem como reguladores de genes envolvidos em doenças como Alzheimer, Parkinson e, provavelmente, também devam possuir um papel na regulação das epilepsias. No primeiro trabalho, apresentado no segundo capítulo, investigamos o papel dos miRNAs no desenvolvimento do SNC através da quantificação de 104 miRNAs em cérebros em desenvolvimento de camundongos. No segundo trabalho, apresentado no terceiro capítulo, para analisarmos o papel dos miRNAs na epilepsia de lobo temporal, verificamos se havia presença de miRNAs com expressão diferenciada entre tecidos removidos de pacientes que se submeteram a cirurgia de hipocampectomia e tecidos normais provenientes de autópsias. Para ambos os experimentos, foram extraídos os RNAs dos tecidos e quantificados por PCR em tempo real com o kit MicroRNA Assay baseado em iniciadores com estrutura em stem loop. Nos camundongos, análises de bioinformática encontraram quatro cluster de acordo com a expressão dos miRNAs. Um cluster (C1) com 12 miRNAs (miR-9; miR-17- 5p; miR-124a; miR-125a; miR-125b;miR-130a; miR-140; miR-181a; miR-199a; miR-205; miR-214; miR-301) apresentou expressão com diferença significativa durante o desenvolvimento. Nos tecidos dos pacientes, após a análise de bioinformática, encontramos três miRNAs com expressão diferenciada entre pacientes e controle (miR-29b, miR-30d e let-7). Em ambos os experimentos analisamos os possíveis genes alvo desse miRNAs. Nos camundongos, nossos resultados sugerem a presença de um padrão específico de expressão no cluster C1, indicando que esses miRNAs possam ter um papel na regulação de genes envolvidos na neurogênese. Nos tecidos humanos, os genes alvo encontrados estão envolvidos, principalmente, em proliferação celular, neurogênese e apoptose, indicando uma provável atuação dos miRNAs na regulação de genes que estão envolvidos na epilepsia de lobo temporal / Abstract: MicroRNAs are a new class of small RNA molecules (21-24 nucleotide-long) that negatively regulate gene expression either by translational repression or target mRNA degradation. It is believed that about 30% of all human genes are targeted by these molecules. MiRNAs are involved in many important biological processes including cell differentiation, embryonic development and central nervous system formation, besides they showed specific temporal-space expression. They can regulate 1/3 of human genes and are involved in metabolism and apoptosis. miRNAs are the key as neurogenesis postranscriptional regulation; studies previous indicates miRNA expression associate with proliferation and differentiation in development of central nervous system (CNS) and housekeeping expression in mature neurons. They are involved in several diseases as Alzkeimer's and Parkinson and may have a role in epilepsy regulation. In second chapter, we analyze the miRNA expression in mouse brain during four stages of CNS development; in third chapter, we analyze hippocampal tissue of four patients who underwent selective resection of the mesial temporal structures for the treatment of clinically refractory seizures. In addition we used control samples from autopsy (n=4) for comparison. In both experiments, total RNA was isolated from tissues and used in real-time PCR reactions with TaqMan¿ microRNA assays (Applied Biosystems) to quantify 104 (mouse brain) or 157 (human tissue) different miRNAs. In mouse brain analysis, we were able to identified four different clusters (C1, C2, C3 and C4) of miRNAs expression. Significant differences in expression during development were observed only in miRNAs included in C1. Our results suggest the presence of a specific expression pattern in C1, indicating that these miRNAs could have an important role in gene regulation during neurogenesis. We found a significant decrease (p<0,05) in expression of 12 miRNAs (miR-9; miR-17-5p; miR-124a; miR-125a; miR-125b;miR-130a; miR-140; miR-181a; miR-199a; miR-205; miR-214; miR- 301) belonging to cluster C1 in latter stages of development. Computational target identification showed that 10 of the 12 miRNAs present in C1 could be involved in neurogenesis. In human tissues, bioinformatics analyzes identified three miRNAs species which were differently expressed in patients as compared to controls: let7a was over expressed in patients (4 fold increased), miR-29b and miR-30d were down-regulated in patients (2.5 fold and 0.5 fold decreased, respectively). Possible target genes for let-7a are NME6 and NCAM1 (which would be down-regulated in patients); for miR-29b is MCL-1 and for miR30d are CTNND2, LGI1 and SON (which would be up-regulated in patients). We have identified three different miRNA species differently expressed in hippocampal sclerosis. Gene functions related to the possible miRNA targets are involved mainly with cell proliferation, neurogenesis, cell adhesion and apoptosis. Our results indicate new molecular targets which should be explored in additional studies addressing miRNA regulation in hippocampal sclerosis / Doutorado / Neurociencias / Doutor em Fisiopatologia Medica
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Analise de expressão do gene Lgi1 durante o desenvolvimento do sistema nervoso central e seu silenciamento utilizando a tecnica de interferencia por RNA / Lgi1 gene expression analysis during the central nervous system development and its silencing using the interference RNA

Araujo, Patricia Aline Oliveira Ribeiro de Aguiar 28 August 2008 (has links)
Orientador: Iscia Teresinha Lopes-Cendes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-11T21:23:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo_PatriciaAlineOliveiraRibeirodeAguiar_D.pdf: 7351643 bytes, checksum: 6725a32e7f347be0b903efe1b6034c62 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Introdução/Objetivo: Mutações no gene LGI1 foram descritas como causa da Epilepsia Parcial Autossômica Dominante com Sintomas Auditivos em algumas famílias. Alguns estudos apontam para um possível envolvimento do gene LGI1 com migração e/ou proliferação neuronal, porém a função exata desse gene permanece desconhecida. O objetivo deste trabalho foi determinar o perfil de expressão do gene Lgi1 em cérebro de camundongos durante o desenvolvimento do sistema nervoso central (SNC) e na fase adulta e, ainda, silenciar este gene em cérebros de camundongos utilizando a técnica de interferência por RNA (RNAi). Métodos: Acasalamentos programados foram realizados, utilizando camundongos Balb/c, para a obtenção de fetos de diferentes idades. Os cérebros de três animais, nas seguintes idades, foram retirados e os hemisférios direito e esquerdo separados: E15, E17, E18 dias (E:dias embrionários), P1, P7, P14 dias (P: dias pós-natal), 4, 6, 8 e 24 semanas. Também utilizamos cabeças inteiras de animais E13. Além disso, foram utilizados três animais adultos para a análise do gene Lgi1 em neocórtex, hipocampo e cerebelo. O perfil de expressão gênico foi determinado pela PCR em tempo real utilizando o sistema TaqMan® e por western blot. A técnica de RNAi foi realizada utilizando diferentes métodos de introdução de pequenas moléculas interferentes no cérebro de animais neonatos e adultos. Utilizamos também vários parâmetros diferentes no que se refere ao desenho das moléculas interferentes, suas concentrações, o local e o número de injeções. Além disso, experimentos de RNAi in vitro foram realizados, utilizando uma linhagem celular de glioblastoma humano, a U138MG, e uma linhagem de neuroblastoma murino, a Neuro2a. A confirmação do silenciamento gênico foi feita por PCR em tempo real e, em alguns experimentos, também por western blot. Resultados: A expressão do gene Lgi1 se apresentou baixa durante as idades intra-uterinas, aumentando progressivamente. Os animais em idade adulta apresentaram um aumento de expressão de 35 vezes quando comparadas às amostras E13, utilizando Gapdh como normalizador e de aproximadamente 28 vezes, utilizando ?-actina. Embora o teste estatístico não tenha encontrado diferença na expressão do gene Lgi1 entre os hemisférios cerebrais, ele revelou uma diferença significativa entre as idades estudadas. Os experimentos de western blot confirmaram o perfil de expressão determinado pelos estudos de PCR em tempo real, encontrando-se, a proteína Lgi1, em maior quantidade nas idades mais avançadas analisadas. O estudo de expressão das três regiões do cérebro não resultou em diferença estatisticamente significativa. O silenciamento do gene Lgi1 foi realizado com sucesso pela técnica de RNAi, em cérebro de animais adultos, sendo que os resultados mais consistentes, redução da expressão de aproximadamente 50%, foram observados com o método de eletroporação local e confirmação do silenciamento por PCR em tempo real. Além disso, nós conseguimos demonstrar silenciamento de até 99% do gene Lgi1 em cultura de células. Conclusões/Discussão: O padrão de expressão baixo do gene Lgi1 durante o desenvolvimento, com aumento progressivo e alta expressão na idade adulta aponta para uma potencial função inibitória da proliferação celular. Tal suposição encontra apoio em achados de neuroimagem de alguns pacientes com mutação em LGI1. O silenciamento do gene Lgi1 em cérebro de camundongos, utilizando a técnica de RNAi, foi alcançado, porém com grande dificuldade técnica. Esses obstáculos encontrados apontam para a existência de possíveis características moleculares próprias do gene LGI1 que poderiam dificultar seu silenciamento pela técnica da RNAi, tais como: um RNA mensageiro rico em proteínas associadas, impedindo o acesso da maquinaria de RNAi ou, ainda, LGI1 poderia ser um gene essencial, onde a diminuição de sua expressão ativaria processos celulares compensatórios / Abstract: Introduction/Objectives: Mutations in the LGI1 gene were described in some patients with autosomal dominant partial epilepsy with auditory features and preliminary functional studies point to a possible involvement of LGI1 with migration and/or neuronal proliferation. However, the precise function of LGI1 remains unknown. The objective of the present study was to determine the expression pattern of the Lgi1 gene in mice brain during central nervous system (CNS) development and in adult animals. In addition, we aimed to silence Lgi1 in mouse brain using RNA interference (RNAi). Methods: Programmed mating was carried with Balb/c mice in order to obtain embryos of different ages. The brains of three animals at the following ages were removed and the right and left hemispheres were separated: E15, E17, E18 days (E: embryo days), P1, P7, P14 (P: post-natal days), 4, 6, 8 and 24 weeks old. We also studied E13 whole head animals. In addition we studied three different regions from 5 weeks-old animal brains: neocortex, hippocampus and cerebellum. Gene expression assays were carried out using real time PCR with the TaqMan® system and western blot experiments. RNAi was performed using different methods for injection of interfering molecules into the neonate and adult brains. We also used different molecule designs and concentrations, as well as the number and the local of injections was varied. Furthermore, we performed in vitro RNAi experiments using a glioblastoma cell line, U138MG, and a murine cell line, Neuro2a. Gene silencing confirmation was carried out by real time PCR and western blot assays. Results: Lgi1 gene expression was significantly low during the intrauterine ages increasing progressively until the adult stages. Samples from adult animals presented a 35 fold increase in expression as compared to E13 samples, using Gapdh as endogenous control, and when we use ?-actin, adult samples presented approximately 28 fold increase in Lgi1 expression. There were no statistical differences between Lgi1 gene expression test between right and left hemispheres. However, a significant difference in expression was found among the different ages studied. The western blot showed higher expression of the Lgi1 protein in the most advanced ages analyzed, confirming the expression profile observed in the real time PCR studies. However, we did not find any statistic difference between the three regions of the brain studied. In addition, we achieved significant gene silencing of Lgi1, reduction of expression of approximately 50%, in brain of adult animals using RNAi and the local electroporation method. In addition, we demonstrated up to 99% silencing of LGI1 in cell culture. Conclusions/Discussion: The Lgi1 expression profile, which is characterized by low expression in the initial stages of development with progressive increase as the animal developed, could be explained by a possible inhibitory functional role in neuronal proliferation during CNS development. Lgi1 gene silencing in adult brain using RNAi technique was achieved after several attempts. These difficulties in gene silencing, point to the presence of intrinsic molecular characteristics of LGI1 which could be preventing silencing by RNAi, such as a message RNA too rich of associated proteins that may impairing the action of RNAi machinery; or LGI1 could be an essential gene, with very strong and stringent compensatory mechanisms; therefore, when attempting to decreased its expression one would activate the compensatory processes / Doutorado / Neurociencias / Doutor em Fisiopatologia Medica
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Aplicação de modelos estatísticos e desenvolvimento de algoritmos para estudo genético de doenças neuro-psiquiátricas / Statistical models application and algorithm development for genetic studies in neuropsychiatric diseases

Secolin, Rodrigo 02 August 2011 (has links)
Orientador: Iscia Teresinha Lopes Cendes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T11:06:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Secolin_Rodrigo_D.pdf: 5866562 bytes, checksum: 5079bfd5d88341ce619480ba6e19fb16 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Fatores genéticos têm sido descritos para diversas doenças do sistema nervoso central. Uma etapa importante na identificação de genes responsáveis por estas doenças são os estudos de mapeamento genético. Além disso, devido às novas tecnologias de aquisição de dados de genótipos dos indivíduos, é necessário o estudo e desenvolvimento de programas de processamento de grande quantidade de dados para as análises estatísticas. Os objetivos deste trabalho foram: 1) criar uma interface entre os equipamentos de aquisição de dados de genótipos e os programas estatísticos, por meio de programas de processamento de dados; 2) aplicar e avaliar os modelos estatísticos em amostras de famílias segregando três doenças neuro-psiquiátricas: epilepsia do lobo temporal mesial (ELTM), polimicrogiria perisylviana bilateral congênita (PPBC) e transtorno afetivo bipolar (TAB). A interface foi desenvolvida a partir de um algoritmo lógico, o qual adiciona a matriz dos dados dos genótipos provenientes dos equipamentos em uma matriz representativa dos dados das famílias. Este algoritmo, denominado JINGLEFIX, foi programado em linguagem de computador PERL e ambiente R e utilizado posteriormente nos estudos de mapeamento genético da ELTM, PPBC e TAB. Análise de segregação foi realizada em 148 famílias nucleares com ELTM, com um total de 698 indivíduos, visto que esta síndrome não possui padrão de herança conhecido. Uma família, segregando PPBC com um total de 15 indivíduos e um padrão conhecido de herança ligada ao X dominante, foi submetida à análise paramétrica de ligação por meio do pacote de programas LINKAGE, utilizando 18 marcadores microssátelites na região candidata Xq27-Xq28. Análise não paramétrica de ligação realizada em uma amostra de 74 famílias segregando TAB, totalizando 411 indivíduos, por meio do teste de transmissão de desequilíbrio de ligação (TDT), utilizando 21 single nucleotide polymosphisms (SNPs) para 21 regiões candidatas. A análise de segregação revelou a presença de um gene de maior efeito com um padrão autossômico dominante, além da presença de genes de menor efeito influenciando no fenótipo da ELTM. O posterior mapeamento genômico da ELTM, utilizando os parâmetros definidos na análise de segregação, revelou ligação genética na região 18p11. A análise paramétrica de ligação genética levou ao mapeamento da região Xq27 para a família com PPBC, diferente da região candidata previamente descrita. Esta diferença pode ser explicada pelo tipo de amostra familiar utilizada pelos dois estudos. Em relação ao TAB, a análise não paramétrica identificou a região candidata 3p22. Posterior estudo de refinamento da região 3p21-3p22 utilizando 94 SNPs adicionais e estudo de expressão gênica identificou o gene ITGA9 como possível gene de susceptibilidade para o TAB. Comparando o poder estatístico entre as análises, foi observado maior poder estatístico na análise paramétrica utilizando uma ou poucas famílias, com um número grande de indivíduos por família; enquanto que o poder estatístico foi maior nas análises não paramétricas utilizando múltiplas famílias de tamanhos moderados e estruturas variadas. Conclui-se que o algoritmo de processamento de dados e a adequada aplicação dos modelos estatísticos são fundamentais para sucesso do mapeamento genético das regiões e dos genes responsáveis pelas doenças neuro-psiquiátricas estudadas / Abstract: Genetic factors have been described for several central nervous system diseases. A main step for disease gene identification is genetic mapping study. In addition, due new genotype acquire technology, the development of genotype processing data software is required. The objectives of this work were: 1) to generate interface between genotype equipment and statistical software by processing data algorithm; 2) to apply and evaluate statistical models in family sample segregating three neurological diseases: mesial temporal lobe epilepsy (MTLE), bilateral perysilvian polymicrogyria (BPP) and bipolar affective disorder (BPAD). Data interface was developed from a logic algorithm, which adds a genotype matrix data from equipment to a family data matrix. This algorithm, called JINGLEFIX, was implemented in PERL computer language and R environment. In addition, this software was used in genetic mapping study for MTLE, BPP and BPAD. Segregation analysis was performed in 148 nuclear MTLE pedigrees, with a total of 698 individuals, since this syndrome has not known inheritance pattern. One BPP pedigree with known X-linked dominant pattern of inheritance, with a total of 15 individuals, was submitted to parametric linkage analysis by LINKAGE package, using 18 microsatellite markers on candidate region Xq27-Xq28. Non-parametric linkage analysis was performed from 74 BPAD families, with a total of 411 individuals, by transmission disequilibrium test (TDT) and using 21 single nucleotide polymorphisms (SNPs) for 21 candidate regions. Segregation analysis revealed a major effect gene with an autosomal dominant pattern of inheritance and minor gene effect, which could influence MTLE phenotype. Further whole genome analysis mapped the putative MTLE major gene on 18p11. Parametric linkage analysis mapped Xq27 locus for BPP, a different region compared to the Xq28 previous described. This difference could be explained to sample type used by the two studies. Non-parametric linkage for BPAD identified the candidate region on 3p22. Further studies using 94 additional SNPs on 3p21-3p22 and gene expression analysis identified ITGA9 as susceptibility gene for BPAD. A comparison of statistical power between statistical analyses showed a high statistical power for parametric linkage analysis from one or a few large families; whereas a high statistical power was observed for non-parametric linkage analysis using several moderate size families. The conclusion of this study is that data processing algorithm and adequate statistical model applying are fundamental tools for successful of genetic mapping of complex diseases / Doutorado / Neurociencias / Doutor em Ciências
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Estudo molecular e de correlação genotipo-fenotipo na polimicrogiria perisylviana bilateral congenita

Pereira, Iara Leda Brandão de Almeida 24 August 2005 (has links)
Orientadores: Iscia Lopes Cendes, Fernando Cendes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-06T04:32:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_IaraLedaBrandaodeAlmeida_D.pdf: 3297703 bytes, checksum: 096b3def04c67702819b060d5587c421 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Polimicrogiria (PMG) é uma malformação comum do desenvolvimento cortical caracterizada por um número excessivo de pequenos giros e laminação anormal, dando à superfície cortical uma aparência irregular e grosseira. A gravidade das manifestações clínicas se correlaciona com a extensão do envolvimento cortical. As lesões bilaterais ou unilaterais extensas indicam um pior prognóstico. Uma das síndromes de polimicrogiria mais bem descritas clinicamente é a polimicrogiria perisylviana bilateral congênita (PPBC). Distúrbios de linguagem em crianças, epilepsia sintomática focal e disfunção cognitiva podem estar associados a PMG perisylviana. Embora o substrato patológico deste distúrbio não seja conhecido, existem indicativos de que a anormalidade cortical caracterizada como PMG contribui de forma variável nos diferentes níveis de desorganização da linguagem avaliados do ponto de vista fonológico, lexical, morfossintático e discursivo. Recentemente, o locus Xq28 foi mapeado para a forma de PMG perisylviana bilateral e o gene GPR56 foi identificado para a PMG fronto-parietal bilateral no cromossomo 16q12.2-21 . Além disso, uma série de genes candidatos têm sido implicados na etiologia das diferentes formas de PMG. Nesta tese apresentamos estudo clínico e molecular de 32 pacientes com PMG. Recorrência familiar foi observada em 18 destes indivíduos, pertencentes a 5 famílias não relacionadas. Os pacientes foram avaliados por detalhado exame neurológico, submetidos a testes neuropsicológicos e avaliação de linguagem. Todos eles realizaram exames de ressonância magnética com análise de reconstrução multiplanar e curvilinear. Análise de hibridização ¿In situ¿ por fluorescência (FISH) para pesquisa de deleção no 22q11.2 foi negativa em todos os pacientes avaliados. Em estudos subsequentes, a procura por mutações no gene EMX2 revelou que este gene não está mutado nos pacientes com PMG. Três famílias, não relacionadas, apresentando recorrência para a polimicrogiria perisylviana bilateral foram selecionadas e genotipadas para 13 marcadores localizados na região Xq27.3-q28. A análise de ligação apresentou Lod score de 2 pontos para o marcador DXS1227 (LOD score 3.01). A análise de múltiplos pontos delimitou uma região candidata, distante 12cM entre os marcadores DXS1227 a DXS8043. Portanto, nossos resultados delimitam uma nova região candidata para a polymicrogyria perisylviana bilateral familiar / Abstract: Polymicrogyria (PMG) is a malformation of cortical development characterized by an excessive number of small gyri and abnormal cortical lamination, giving the cortical surface an irregular and gross appearance. The severity of clinical manifestations correlates with the extent of cortical involvement. Bilateral or large unilateral lesions indicate a poor prognosis. The congenital bilateral perisylvian polymicrogyria syndrome (CBPS) is one of the well-recognized clinical polymicrogyria syndromes. Developmental language disorder in children, focal symptomatic epilepsy and cognitive deficits, can be associated with perisylvian polymicrogyria. Clinical manifestations will depend on the location and extent of the PMG. Although the pathological substrate of this disorder remains unknown, there are indications that the cortical abnormality known as PMG may contribute to language impairment in different levels, such as phonologic, lexical, morphosyntactic and semantic. Recently, a genetic locus for one form of bilateral perisylvian PMG was mapped to Xq28 and the gene GPR56 was identified for bilateral frontoparietal polymicrogyria on chromosome 16q12.2-21. In addition, a number of other candidate genes have been implicated in this disorder. In this thesis, we report a clinical and molecular study of 32 patients with PMG. Familial recurrence was observed in 18 of them, belonging from 5 unrelated families. Patients and their families were evaluated by detailed clinical and neurological examinations and also assessed by neuropsychological tests and language evaluation. All patients included in this study were submitted to high resolution MRI scans by performing multiplanar and curvilinear reformatting. FISH analyses for 22q11.2 were negative to all patients. In subsequent studies, we did not identify mutations in EMX2 gene in patients with PMG. Three unrelated families with recurrence of bilateral perisylvian polymicrogyria were selected and genotyped for 13 markers, which were localized in the Xq273-q28 region. Two-point linkage analysis presented a Lod score of 3.10 for the DXS1227 marker. Multipoint analysis indicated a candidate interval within a 12 cM region between markers DSX1227 and DXS8043. Therefore, our results point out to a new candidate region for bilateral perisylvian polymicrogyria / Doutorado / Neurociencias / Doutor em Fisiopatologia Medica
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Estudos moleculares em epilepsias da infância e da adolescência : o potencial de aplicação clínica dos testes de genética molecular / Molecular studies in childhood and adolescence epilepsies : evaluating the potential clinical applicability of molecular genetic testing

Gonsales, Marina Coelho, 1985- 23 August 2018 (has links)
Orientador: Iscia Teresinha Lopes Cendes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T06:36:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gonsales_MarinaCoelho_D.pdf: 5961380 bytes, checksum: 501b9df1659eb15a6a8545ae0943d967 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: As epilepsias são distúrbios cerebrais caracterizados por uma predisposição persistente para a geração de crises epilépticas, que são interrupções transitórias no funcionamento normal do sistema nervoso. Acredita-se que a maioria das epilepsias relacionadas com idade de inicio precoce possui etiologia presumivelmente genética. Sendo assim, elas representam um grupo para o qual o uso de testes genéticos seria potencialmente benéfico. Os objetivos principais deste trabalho foram: a caracterização das bases moleculares de diferentes formas de epilepsia da infância e da adolescência e a avaliação do potencial dos genes candidatos estudados para a utilização em testes genéticos para fins clínicos. A estratégia empregada foi à triagem de mutações nos seguintes genes: SCN1A, em pacientes com síndromes de Dravet e de Doose; SCL2A1 em pacientes com síndrome de Doose e epilepsias idiopáticas generalizadas (EIGs), especialmente a epilepsia mioclonica juvenil (EMJ); e EFHC1 e GABRA1, em pacientes com EMJ e outras formas comuns de EIGs. A triagem de mutações foi realizada por sequenciamento automático pela técnica de Sanger. As alterações potencialmente deletérias foram investigadas em um grupo controle composto por 100 indivíduos sem epilepsia. O potencial deletério das substituições que resultam em troca do resíduo de aminoácido na proteína codificada foi estimado utilizando-se diferentes algoritmos de predição. As mutações previamente descritas na literatura foram compiladas e analisadas quanto a sua provável localização na proteína e predição de efeito deletério. Analises por Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) foram realizadas para a detecção de variações no numero de copias de SCN1A. A analise de mutações no gene SCN1A revelou alterações potencialmente deletérias em 81% dos pacientes com síndrome de Dravet, e em apenas um paciente com síndrome de Doose. Esses dados, juntamente com os resultados das analises de compilação das mutações descritas na literatura, sugerem que o teste genético em SCN1A para fins clínicos seria altamente recomendável em indivíduos com síndrome de Dravet, mas não para os com síndrome de Doose típica. O gene SLC21A não parece estar envolvido na etiologia da síndrome de Doose e das EIGs em nossa casuística. A frequencia de alterações potencialmente deletérias no gene EFHC1 em indivíduos com EMJ foi relativamente baixa, sugerindo que esse gene não seja o principal causador dessa epilepsia, embora possa ser um fator de predisposição. Por fim, o gene GABRA1 não parece conferir predisposição para as EIGs comuns em nossa casuística / Abstract: Epilepsy is a brain disorder characterized by a long lasting predisposition to generate epileptic seizures, which are transient interruptions of normal brain function. Most epilepsies with early onset presumably have a genetic etiology. Thus, they represent a group for which the use of genetic testing would be potentially beneficial. The main goals of this study were to characterize the molecular basis of different forms of epilepsy in childhood and adolescence and to evaluate the potential clinical use of genetic testing in the context of these disorders. To achieve these goals we searched for mutations in the following genes: SCN1A in patients with Dravet and Doose syndromes; SLC2A1 in patients with Doose syndrome and idiopathic generalized epilepsies (IGEs), particularly juvenile myoclonic epilepsy (JME); and EFHC1 and GABRA1 in patients with JME and other common forms of IGEs. Mutation screening was performed by automated Sanger sequencing using capillary electrophoresis. Potentially deleterious nucleotide changes found were subsequently investigated in a control group of 100 individuals without epilepsy. In addition, the deleterious potential of amino acid changes identified was estimated using different prediction algorithms. Mutations previously described in the literature were compiled and analyzed regarding their putative location on the protein and predicted deleterious effect. Furthermore, Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) analyzes were performed to detect the presence of copy number variations in SCN1A. Our results showed potentially deleterious variants in SCN1A in 81% of patients with Dravet syndrome, but only in one patient with Doose syndrome. These data, along with the results of the compilation of mutations reported in the literature suggest that genetic testing for SCN1A is clinically relevant in Dravet syndrome, but not in typical Doose syndrome. SLC21A does not seem to be involved in the etiology of Doose syndrome and EIGs in our cohort. The frequency of potentially deleterious changes in EFHC1 in individuals with JME was relatively low, suggesting that this gene is not the main cause of this form of epilepsy, although it may be a predisposing factor. Lastly, GABRA1 does not seem to confer predisposition to common EIGs in our cohort / Doutorado / Fisiopatologia Médica / Doutora em Ciências

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