Distintos padrões de composição de espécies de plantas podem ser observados ao longo de metacomunidades, pois espécies variam de acordo com os diferentes tipos de ambiente e também com a distância geográfica, dado o processo de dispersão. Ainda, estes mecanismos podem causar variação temporal na composição ou abundância de espécies em um sítio devido a alterações que estes mecanismos podem sofrer. Compreender como as mudanças na composição de espécies no espaço, definida como beta diversidade, ou no tempo estão relacionadas ao clima passado, atual ou futuro podem ajudar no planejamento de conservação de uma região. Assim, esta tese esta dividida em quatro capítulos e aborda questões relacionadas com mudanças espaçotemporais na composição de espécies sob uma perspectiva de planejamento de conservação e mudanças climáticas na Mata Atlântica. O primeiro capítulo apresenta um banco de dados com a informação de ocorrência de 1917 espécies de plantas arbóreas distribuídas em 206 comunidades na Mata Atlântica, em diferentes formações florestais (Floresta Atlântica stricto sensu (s.s.), Floresta com Araucária e Floresta Estacional). O segundo capítulo relacionou padrões de beta diversidade com a efetividade da rede de áreas protegidas nas formações florestais do sul da Mata Atlântica (Floresta Atlântica, Floresta com Araucária e Floresta Estacional). Encontramos altos valores de turnover e baixo aninhamento para todas as formações florestais, por isso recomendamos que esforços adicionais precisam almejar o aumento no número de áreas protegidas, especialmente para a Floresta com Araucária e a Floresta Estacional. A maioria das áreas protegidas no sul da Mata Atlântica estão concentradas na região leste, priorizando a Floresta Atlântica s.s. O terceiro capítulo trouxe novas perspectivas sobre a dinâmica da Floresta com Araucária no tempo através da modelagem de nicho ecológica. Durante as flutuações climáticas do Quaternário, estudos palinológicos indicavam uma expansão da Floresta com Araucária, porém nossos resultados demonstraram uma retração da área de cobertura desta floresta, principalmente nas zonas de contato com outras formações florestais. Também observamos que futuramente, se a temperatura continuar aumentando como previsto, a Floresta com Araucária sofrerá uma drástica redução na sua distribuição. Por fim, o capítulo quatro investigou como as espécies de árvores estão respondendo aos efeitos de mudanças climáticas em parcelas permanentes localizadas em ecótonos de florestas Atlânticas. Os resultados mostram que espécies tropicais estão migrando em direção a áreas de maior altitude, ou seja mais frias. Espécies tropicais que já ocorrem em áreas vi de Floresta com Araucária estão apresentando maiores taxas de recrutamento e crescimento, e menor mortalidade do que espécies temperadas, características da Floresta com Araucária. / Distinct patterns of plant species composition can be observed along metacommunities, as species vary in relation to different types of environment and also to the geographic distance, given the dispersal process. These mechanisms may yet lead temporal variation in species composition or abundance in a given place due to fluctuations on these mechanisms. Understanding how changes in species composition across the space, defined as beta diversity, or in time are related with past, current and future climate changes can help conservation planning in a given region. Thus, this thesis is divided into four chapters and discusses shifts in species composition across space and time under the perspective of conservation planning and climate changes in the Atlantic Forest. The first chapter shows a database with 1917 tree species occurrence distributed in 206 sites across distinct forest formations in the Atlantic Forest biome (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). The second chapter related beta diversity patterns with the effectiveness of the current network of protected areas in southern Brazilian Atlantic forests (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). We found high values of turnover and low nestedness for all forest formations, thus additional conservation efforts must target an increase in the number of protected areas, especially for the Araucaria Forest and the Seasonal Forest. Most protected areas are currently limited to the eastern region and prioritize the Atlantic Rainforest. The third chapter brought new insights about the Araucaria Forest dynamics in time through ecological niche models. During the climatic fluctuations of the Quaternary, palynological studies indicated an expansion of the Araucaria Forest, however our results demonstrated an overall retraction of the cover area, mainly in boundary zones with other forest formations. Yet, we showed that in the future, if the temperature continues to increase as expected, the Araucaria Forest would suffer a drastic reduction in its distribution. Finally, the fourth chapter investigated how tree species are responding to climatic changes in permanent plots located in Atlantic forests ecotones. Our results showed that tropical species are migrating towards to colder areas in higher altitudes. Tropical species that already occur in Araucaria Forest areas are even presenting higher rates of recruitment and growth, and lower mortality than temperate species characteristics from the Araucaria Forest.

A disposição dos povoados, vilas e cidades ao longo do litoral brasileiro sempre foi representação, para a historiografia, da interdependência da Colônia em face da expansão mercantilista européia. Em conseqüência, os estudos sobre a urbanização, fundamentados nos aspectos estruturais e econômicos da Idade Moderna, têm estes espaços como produto cultural dos grupos dominadores. Essa Dissertação de Mestrado procura mudar o foco de análise ao investigar os contextos sociais específicos dos núcleos urbanos nos primeiros eventos do colonialismo. Como suporte para a pesquisa, foram eleitas algumas cidades litorâneas do atual Estado de São Paulo: São Vicente, Santos, Cananéia, Iguape, São Sebastião e Ubatuba. A partir de pesquisas multidisciplinares, entre as Ciências do Urbanismo, História, Arqueologia, Geografia, Sociologia e Antropologia, as investigações evidenciaram a contribuição das sociedades indígenas nos processos de ocupação, não só das Vilas, mas de toda rede urbana. Presentes alguns séculos antes da chegada dos europeus, elegeram essa frente atlântica como habitat, estabelecendo nos nichos ecológicos seus lugares de vivência, estreitamente harmonizados com o meio ambiente. Essas escolhas balizaram a instalação dos futuros espaços urbanos. Os mesmos sítios, antes ocupados por aldeias (grupos locais), serão seqüenciados pela arquitetura de raiz européia. Os novos espaços, portanto, são fruto do encontro cultural entre indígenas e europeus. A percepção do elo afetivo que as pessoas têm com seus lugares, relativo aos povos indígenas, sinalizou que as representações não poderiam traduzir apenas o repertório cultural europeu. Afinal, pequenos grupos de brancos (ou indivíduos!) foram acolhidos por milhares de índios. Interagindo culturalmente conseguiram se adaptar e sobreviver. O novo cenário social decerto moldou a imagem dos aglomerados. A observação dos sítios, cenários ambientais, desenhos e imagens na linha do tempo, revelaram ao longo da pesquisa as evidências de suas singelezas. Uma recorrência nas Vilas estudadas simboliza o enlace dessas vertentes sociais: a articulação do módulo espacial da Matriz com a contigüidade da rua direita. As aproximações dos núcleos germinais foram obtidas com os levantamentos elaborados pelo Engenheiro Militar João da Costa Ferreira e colaboradores no final do século XVIII. Outra fonte cartográfica foi especialmente utilizada: os levantamentos da Comissão Geográfica e Geológica do Estado de São Paulo, do início do século XX. / The disposition of the population, villages and cities on the Brazilian coast from the interdependence of the Colony to the European commercial expansion was always seen thru history. Consequently, the studies based on the structural and economical aspects of the modern age, show these spaces as the product of the cultural dominant groups. This Masters degree theory tries to change the focus of these analyses once it investigates the social specific contexts of the urban areas from the first colony events. As support for this research the coastal cities chosen from the current state of São Paulo were: São Vicente, Santos, Cananéia, Iguape, São Sebastião e Ubatuba. From the multidiscipline researches, among the Sciences of Urbanism, History, Arqueology, Geography, Sociology and Anthropology the investigations prove the contribution from the Natives on the occupation process not only in the villages but also in all urban areas. Present a few centuries before the European arrived; they elected the Atlantic front as their habitat, establishing the places where they would live in straight harmony with the natural environment. These choices had direct influence in the future urban areas. The same places, which were chosen before from the tribes or local groups, would in sequence have the European architectural roots. Therefore the new spaces are the product of the cultural meeting between Europeans and natives. The perceptions of affection that people have with in relation with the places to the natives, demonstrated that it could not only translate the European culture. After all, small groups of whites (or individuals) were accepted by thousands of natives. Interacting culturally they adapted and survived. The new social scenery will definitely mold the image of these groups. The observation of places, environmental scenes and the design and images during the length of time revealed during the research the evidences of its simplicity. A fact in the villages studied symbolizes the enlace of social lines: the articulation of the cathedral with the continuity of direita street. The closeness of the originating groups was obtained from the data elaborated by the Military Engineer João da Costa Ferreira and the collaborators at the end of the eighteenth century. Another resource was used: the research from the Geographic And Geological Commission from the State of São Paulo, from the beginning of the twentieth century.

Pecari tajacu (caititus) e Tayassu pecari (queixadas) são simpátricos na maior parte de suas distribuições históricas e exercem funções similares em um mesmo nível trófico. Em razão do seu maior tamanho corporal e bandos mais numerosos, os queixadas podem ser considerados como uma espécie dominante em uma possível competição por interferência com os caititus. Contudo, as relações competitivas entre estas duas espécies ainda não são claras e os efeitos das interações por interferência são quase desconhecidos. Este trabalho avaliou o efeito da estacionalidade climática e de atividades antrópicas nas relações de competição por interferência entre caititus e queixadas no nordeste do Pantanal brasileiro. O primeiro capítulo é uma revisão dos principais temas do trabalho: taiassuídeos, Pantanal e a introdução de porcos na região. O segundo capítulo avaliou os efeitos da estacionalidade climática, a partir de uma perspectiva térmica e de disponibilidade de água, nos padrões de atividade e uso de recursos de caititus e queixadas durante as estações seca e úmida na região. As altas temperaturas associadas com a baixa disponibilidade de água na estação seca acentuaram a sobreposição temporal entre as espécies pela redução da atividade diurna. Contudo, neste período foi registrada uma sobreposição de habitat mais baixa do que no período úmido quando taiassuídeos evitaram as áreas intensamente alagadas. Os resultados mostram um aumento de sobreposição de nicho em um gradiente ambiental como resultado da estacionalidade climática podendo ser parcialmente compensado pela redução em outra dimensão. Neste caso, a partição temporal parece ser um mecanismo viável para redução da competição entre espécies potencialmente competidoras. O terceiro capítulo avaliou a influência da pecuária (principal forma de uso da terra na região) somado à presença de porcos ferais (Sus scrofa) nas relações de competição por interferência entre taiassuídeos. Foram comparados os padrões de atividade e as coocorrências dos taiassuídeos em uma unidade de conservação (livre de porcos) adjacente a uma fazenda de pecuária tradicional (com alta densidade de porcos). As duas espécies parecem adotar diferentes estratégias que permitem a sobrevivência nas fazendas de gado com presença de porcos. Os padrões observados nos caititus sugerem uma utilização mais restrita do espaço e uma tendência em reduzir a sobreposição temporal com seus potenciais competidores. Por outro lado, queixadas expandiram sua ocorrência na fazenda, embora também tenham modificado significativamente seu padrão de atividade permanecendo ativos durante maior parte do dia quando em simpatria com porcos. Contudo, as mudanças observadas na área da fazenda não levaram a um aumento direto da competição entre caititus e queixadas. Adicionalmente, a comparação entre porcos ferais nas duas áreas permite especular sobre a forte dependência desta espécie às mudanças ambientais resultantes da pecuária praticada na região. Por fim, o último capítulo discute os principais resultados e apresenta as conclusões finais. / Pecari tajacu and Tayassu pecari are sympatric over most of their historical range and perform similar functions in the same trophic level. Because of its greater body size and more numerous herds, the white-lipped peccary can be considered the dominant species in a possible interference competition with the collared peccary. However, the competitive relationships between these species are not yet clear and effects of interactions by interference are almost unknown. This study evaluated the effect of climatic seasonality and anthropogenic activities in the relations of interference competition between collared and white-lipped peccaries in the northeastern Brazilian Pantanal. The first chapter is an extensive review of the main themes: peccaries, Pantanal and the introduction of pigs in the region. The second chapter evaluated the effects of climate seasonality from a thermal perspective and water availability on the activity patterns and resource use of collared peccary and white-lipped peccary during wet and dry seasons. The high temperatures associated with water shortage in dry season accentuated the temporal overlap between the species due to the reduction of daytime activity. However, in this period there was a habitat overlap reduction compared to wet period where peccaries avoided the flooded areas. The results show that an increase in niche overlap on the environmental gradient as a result of climatic seasonality may be partially compensated by a reduction in other niche dimensions. In this case, temporal partitioning appears to be a viable mechanism to reduce competition by potentially competing species. The third chapter evaluated the potential influence of livestock (the main form of land use in region) added to the presence of feral hogs in the relations of interference competition between peccaries. It was compared the patterns of activity and co-occurrence of peccaries in a conservation area (free of pigs) adjacent to another area with a traditional cattle ranch (with high density of pigs). Both species seem adopt different strategies that enable their survival in cattle ranches with presence of pigs. The collared peccary patterns suggest a constrained use of space and a trend to reduce the temporal overlap with competitors. On the other hand, white-lipped peccaries increased the occurrence rate and also modified its pattern of activity remaining active during most of the day resulting in a high rate of co-occurrence with feral hogs. However, these changes observed in the cattle ranch area did not result in a direct increase of interference competition between peccaries. Additionally, the comparison between feral hogs in the two areas allows us to speculate about a strong dependence of this species on environmental changes resulting from livestock activities in the region. Finally, the last chapter discusses the main results found and presents the general conclusions.

Pecari tajacu (caititus) e Tayassu pecari (queixadas) são simpátricos na maior parte de suas distribuições históricas e exercem funções similares em um mesmo nível trófico. Em razão do seu maior tamanho corporal e bandos mais numerosos, os queixadas podem ser considerados como uma espécie dominante em uma possível competição por interferência com os caititus. Contudo, as relações competitivas entre estas duas espécies ainda não são claras e os efeitos das interações por interferência são quase desconhecidos. Este trabalho avaliou o efeito da estacionalidade climática e de atividades antrópicas nas relações de competição por interferência entre caititus e queixadas no nordeste do Pantanal brasileiro. O primeiro capítulo é uma revisão dos principais temas do trabalho: taiassuídeos, Pantanal e a introdução de porcos na região. O segundo capítulo avaliou os efeitos da estacionalidade climática, a partir de uma perspectiva térmica e de disponibilidade de água, nos padrões de atividade e uso de recursos de caititus e queixadas durante as estações seca e úmida na região. As altas temperaturas associadas com a baixa disponibilidade de água na estação seca acentuaram a sobreposição temporal entre as espécies pela redução da atividade diurna. Contudo, neste período foi registrada uma sobreposição de habitat mais baixa do que no período úmido quando taiassuídeos evitaram as áreas intensamente alagadas. Os resultados mostram um aumento de sobreposição de nicho em um gradiente ambiental como resultado da estacionalidade climática podendo ser parcialmente compensado pela redução em outra dimensão. Neste caso, a partição temporal parece ser um mecanismo viável para redução da competição entre espécies potencialmente competidoras. O terceiro capítulo avaliou a influência da pecuária (principal forma de uso da terra na região) somado à presença de porcos ferais (Sus scrofa) nas relações de competição por interferência entre taiassuídeos. Foram comparados os padrões de atividade e as coocorrências dos taiassuídeos em uma unidade de conservação (livre de porcos) adjacente a uma fazenda de pecuária tradicional (com alta densidade de porcos). As duas espécies parecem adotar diferentes estratégias que permitem a sobrevivência nas fazendas de gado com presença de porcos. Os padrões observados nos caititus sugerem uma utilização mais restrita do espaço e uma tendência em reduzir a sobreposição temporal com seus potenciais competidores. Por outro lado, queixadas expandiram sua ocorrência na fazenda, embora também tenham modificado significativamente seu padrão de atividade permanecendo ativos durante maior parte do dia quando em simpatria com porcos. Contudo, as mudanças observadas na área da fazenda não levaram a um aumento direto da competição entre caititus e queixadas. Adicionalmente, a comparação entre porcos ferais nas duas áreas permite especular sobre a forte dependência desta espécie às mudanças ambientais resultantes da pecuária praticada na região. Por fim, o último capítulo discute os principais resultados e apresenta as conclusões finais. / Pecari tajacu and Tayassu pecari are sympatric over most of their historical range and perform similar functions in the same trophic level. Because of its greater body size and more numerous herds, the white-lipped peccary can be considered the dominant species in a possible interference competition with the collared peccary. However, the competitive relationships between these species are not yet clear and effects of interactions by interference are almost unknown. This study evaluated the effect of climatic seasonality and anthropogenic activities in the relations of interference competition between collared and white-lipped peccaries in the northeastern Brazilian Pantanal. The first chapter is an extensive review of the main themes: peccaries, Pantanal and the introduction of pigs in the region. The second chapter evaluated the effects of climate seasonality from a thermal perspective and water availability on the activity patterns and resource use of collared peccary and white-lipped peccary during wet and dry seasons. The high temperatures associated with water shortage in dry season accentuated the temporal overlap between the species due to the reduction of daytime activity. However, in this period there was a habitat overlap reduction compared to wet period where peccaries avoided the flooded areas. The results show that an increase in niche overlap on the environmental gradient as a result of climatic seasonality may be partially compensated by a reduction in other niche dimensions. In this case, temporal partitioning appears to be a viable mechanism to reduce competition by potentially competing species. The third chapter evaluated the potential influence of livestock (the main form of land use in region) added to the presence of feral hogs in the relations of interference competition between peccaries. It was compared the patterns of activity and co-occurrence of peccaries in a conservation area (free of pigs) adjacent to another area with a traditional cattle ranch (with high density of pigs). Both species seem adopt different strategies that enable their survival in cattle ranches with presence of pigs. The collared peccary patterns suggest a constrained use of space and a trend to reduce the temporal overlap with competitors. On the other hand, white-lipped peccaries increased the occurrence rate and also modified its pattern of activity remaining active during most of the day resulting in a high rate of co-occurrence with feral hogs. However, these changes observed in the cattle ranch area did not result in a direct increase of interference competition between peccaries. Additionally, the comparison between feral hogs in the two areas allows us to speculate about a strong dependence of this species on environmental changes resulting from livestock activities in the region. Finally, the last chapter discusses the main results found and presents the general conclusions.

Distintos padrões de composição de espécies de plantas podem ser observados ao longo de metacomunidades, pois espécies variam de acordo com os diferentes tipos de ambiente e também com a distância geográfica, dado o processo de dispersão. Ainda, estes mecanismos podem causar variação temporal na composição ou abundância de espécies em um sítio devido a alterações que estes mecanismos podem sofrer. Compreender como as mudanças na composição de espécies no espaço, definida como beta diversidade, ou no tempo estão relacionadas ao clima passado, atual ou futuro podem ajudar no planejamento de conservação de uma região. Assim, esta tese esta dividida em quatro capítulos e aborda questões relacionadas com mudanças espaçotemporais na composição de espécies sob uma perspectiva de planejamento de conservação e mudanças climáticas na Mata Atlântica. O primeiro capítulo apresenta um banco de dados com a informação de ocorrência de 1917 espécies de plantas arbóreas distribuídas em 206 comunidades na Mata Atlântica, em diferentes formações florestais (Floresta Atlântica stricto sensu (s.s.), Floresta com Araucária e Floresta Estacional). O segundo capítulo relacionou padrões de beta diversidade com a efetividade da rede de áreas protegidas nas formações florestais do sul da Mata Atlântica (Floresta Atlântica, Floresta com Araucária e Floresta Estacional). Encontramos altos valores de turnover e baixo aninhamento para todas as formações florestais, por isso recomendamos que esforços adicionais precisam almejar o aumento no número de áreas protegidas, especialmente para a Floresta com Araucária e a Floresta Estacional. A maioria das áreas protegidas no sul da Mata Atlântica estão concentradas na região leste, priorizando a Floresta Atlântica s.s. O terceiro capítulo trouxe novas perspectivas sobre a dinâmica da Floresta com Araucária no tempo através da modelagem de nicho ecológica. Durante as flutuações climáticas do Quaternário, estudos palinológicos indicavam uma expansão da Floresta com Araucária, porém nossos resultados demonstraram uma retração da área de cobertura desta floresta, principalmente nas zonas de contato com outras formações florestais. Também observamos que futuramente, se a temperatura continuar aumentando como previsto, a Floresta com Araucária sofrerá uma drástica redução na sua distribuição. Por fim, o capítulo quatro investigou como as espécies de árvores estão respondendo aos efeitos de mudanças climáticas em parcelas permanentes localizadas em ecótonos de florestas Atlânticas. Os resultados mostram que espécies tropicais estão migrando em direção a áreas de maior altitude, ou seja mais frias. Espécies tropicais que já ocorrem em áreas vi de Floresta com Araucária estão apresentando maiores taxas de recrutamento e crescimento, e menor mortalidade do que espécies temperadas, características da Floresta com Araucária. / Distinct patterns of plant species composition can be observed along metacommunities, as species vary in relation to different types of environment and also to the geographic distance, given the dispersal process. These mechanisms may yet lead temporal variation in species composition or abundance in a given place due to fluctuations on these mechanisms. Understanding how changes in species composition across the space, defined as beta diversity, or in time are related with past, current and future climate changes can help conservation planning in a given region. Thus, this thesis is divided into four chapters and discusses shifts in species composition across space and time under the perspective of conservation planning and climate changes in the Atlantic Forest. The first chapter shows a database with 1917 tree species occurrence distributed in 206 sites across distinct forest formations in the Atlantic Forest biome (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). The second chapter related beta diversity patterns with the effectiveness of the current network of protected areas in southern Brazilian Atlantic forests (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). We found high values of turnover and low nestedness for all forest formations, thus additional conservation efforts must target an increase in the number of protected areas, especially for the Araucaria Forest and the Seasonal Forest. Most protected areas are currently limited to the eastern region and prioritize the Atlantic Rainforest. The third chapter brought new insights about the Araucaria Forest dynamics in time through ecological niche models. During the climatic fluctuations of the Quaternary, palynological studies indicated an expansion of the Araucaria Forest, however our results demonstrated an overall retraction of the cover area, mainly in boundary zones with other forest formations. Yet, we showed that in the future, if the temperature continues to increase as expected, the Araucaria Forest would suffer a drastic reduction in its distribution. Finally, the fourth chapter investigated how tree species are responding to climatic changes in permanent plots located in Atlantic forests ecotones. Our results showed that tropical species are migrating towards to colder areas in higher altitudes. Tropical species that already occur in Araucaria Forest areas are even presenting higher rates of recruitment and growth, and lower mortality than temperate species characteristics from the Araucaria Forest.

Os Flavivírus são vírus de 40 50 nm de diâmetro, com formas esféricas e RNA de fita simples, com sentido positivo e aproximadamente 11 kb de comprimento. O Vírus da Febre Amarela, protótipo do grupo, é o agente causador da Febre Amarela, uma antiga doença que causou epidemias generalizadas na África, Américas do Norte e do Sul e Europa do século XVII ao início do século XX, e depois ressurgiu nas últimas décadas na África sub- saariana e América do Sul tropical. O presente trabalho busca a reconstrução da transmissão da Febre Amarela na América do Sul, no tempo e espaço, em especial, considerando a provável influência das populações humanas, primatas não humanos e mosquitos, na evolução e distribuição das linhagens genéticas de Febre Amarela, aplicando modelos de inferência Bayesiana para análises filogenéticas e filogeográficas e testando hipóteses de distribuição geográfica com modelagem de nicho ecológico. Os dados dão poucas evidências de que as estratégias de vacinação vigentes tenham efetivamente colaborado para a diminuição da ocorrência de Febre Amarela, indicando possíveis erros na estratégia de vacinação. A partir da análise Coalescente da população viral de Febre Amarela, a população viral apresentou um decréscimo importante iniciado em meados dos anos 90. A análise filogeográfica sugere um padrão geral de transmissibilidade Source-Sink destacando a região amazônica como fonte de diversidade para as outras áreas estudadas, com uma estrutura filogeográfica secundária em ondas. Assim, as introduções do vírus em áreas fora da amazônia tem ocorrência aleatória e podem ser ligadas temporalmente e geograficamente ao norte da America do Sul. Os modelos de distribuição geográfica corroboram esse padrão e indicam uma área possível para circulação da Febre Amarela ampla, englobando diversos ecótonos. Os resultados indicam um possível efeito em longo prazo da vacinação atuando diretamente sobre a evolução e dinâmica filogenética da Febre Amarela e sugere que monitorar a evolução do vírus da Febre Amarela é uma estratégia válida para compreender sua distribuição geográfica e evidenciar mecanismos complexos de transmissão e introdução. Por sua vez, os modelos de Nicho Ecológico mostraram ser ferramentas adequadas para calcular o risco da doença em determinadas áreas, sem sua ocorrência prévia, contribuindo como um modelo preditivos para orgãos de Vigilância prepararem suas estratégias de prevenção e controle no caso de possível introdução de patógenos / The flaviviruses are viruses of 40-50 nm in diameter, with spherical shaped and single-strand RNA with positive sense and approximately 11 kb in length. The Yellow Fever virus is the prototype of the group and the causative agent of Yellow Fever, a disease which caused widespread epidemics in Africa, North America, South America and Europe of the seventeenth century to the early twentieth century. The disease reemerged in recent decades in sub-Saharan Africa and tropical South America. This manuscript aims to reconstruct, in time and space, the transmission of yellow fever in South America, through the applying of a Bayesian inference model, considering the probable influence of human populations, nonhuman primates and mosquitoes on the evolution and distribution of Yellow Fever genetic lineages. Distributional pattern hypothesis will be tested by computational modeling of ecological niche. The data provide little evidence that current vaccination strategies have effectively contributed to reducing the occurrence of Yellow Fever, indicating possible errors in the vaccination strategy. From the analysis of the Yellow Fever population Coalescence, the viral population showed a significant decrease started in the mid-90s. The phylogeographic analysis suggests a general pattern of transmissibility \"Source-Sink\" highlighting the Amazon region as a source of diversity for the other areas studied, with a secondary phylogeographic wave like structure. Thus, the introductions of the virus into areas outside the Amazon has random occurrence and can be linked temporally and geographically to the north of South America The geographical distribution models corroborate this pattern and indicate a broad possible area for Yellow Fever circulation, encompassing many ecotones. The results indicate a possible long-term effect of vaccination acting directly on the evolution and phylogenetic dynamics of Yellow Fever and suggests that monitoring the evolution of the Yellow Fever virus is a valid strategy to understand the geographical distribution and highlight complex transmission mechanisms and spatial movements. In turn Ecological Niche models showed as an appropriate tool to calculate disease risk in certain areas without previous occurrence of the disease, working as a predictive model for Surveillance institutions prepare their strategies for prevention and control in the case of possible pathogen introduction

The Taim Wetland, situated in the Ecological Station (ESEC) Taim, an important wetland in southern Brazil, is fundamental to maintain the ecological stability of the region. The main economic activity in the surroundings of ESEC is the practice of irrigated rice planting through flooding, a process that requires large amounts of water, which are captured in the region of the lakes in the summer months and causing a decrease of ponds levels and Wetland , which may be harmful to this species dependent wetland environment. One way to investigate how species are impacted by this activity is through the integration of information on required environmental conditions for the survival of the species and their interdependence through habitat suitability indices method (HSI). This method is considered a form of ecological niche modeling, which can assist in improvement or development of management strategies of water resources and conservation of biodiversity, being widely used in areas of wetlands. Thus, using this methodology, this study was conducted in order to add information to the survey prepared by Tassi for Wetland Taim in 2008, through the development and validation of HSI, which relate hydrological and habitat aspects, aimed at management proposals of water resources of the local. To do so, were developed five new HSIs for selected indicator species: totora (Scirpus californicus), the white-faced Ibis (Plegadis chihi) and wood stork (Mycteria americana), and reptiles broad-snouted caiman (Caiman latirostris) and the D'orbigny's slider (Trachemys dorbigni). The species designated as indicators of the Wetland were those that could be observed in the field, and were willing to hydrological information. The construction of the HSIs species was made through the water slide height information needed to ensure the conservation of species and area required to be maintained flood free in reproductive period, from the premise that if ideal conditions would be maintained, these assure its chemical processes, food availability and reproductive success. Through a spatial model of environmental quality, specially developed for the Wetland Taim, there was a reproduction of the information of HSIs through thematic maps with color scale, which reflect the environmental suitability to species facing different scenarios. Through the analysis of the HSIs and retention curves were obtained the minimum water level of dimensions and maximum ideal for indicator species for Wetland Taim, corresponding to 1.75 m and 3.10 m, respectively. Water levels in this range of values create an environment to ensure the reproduction of the species and a favorable environment for migratory species of warm season. This, on the other hand, restrict the withdrawal of irrigation water under conditions of lower water availability, but use of this feature could be increased in situations that exceed the maximum limit established for Wetland dimension of the MAH. / O Banhado do Taim, situado na Estação Ecológica (ESEC) do Taim, constitui importante área úmida do sul do Brasil, sendo fundamental na manutenção da estabilidade ecológica da região. A principal atividade econômica no entorno da ESEC é a prática de plantio de arroz irrigado através de inundação, processo que demanda grandes quantias de água, que são captadas das lagoas da região nos meses de verão, ocasionando a redução dos níveis das lagoas e do banhado, o que pode ser prejudicial para espécies dependentes deste ambiente de área úmida. Uma das formas de investigar como as espécies são impactadas por essa atividade é por meio da integração entre informações sobre as condições ambientais necessárias para a sobrevivência das espécies e sua interdependência, através do método de índices de adequabilidade do habitat (IAHs). Esse método é considerado uma forma de modelagem de nicho ecológico, e que pode colaborar no aperfeiçoamento ou desenvolvimento das estratégias de gerenciamento dos recursos hídricos e conservação da biodiversidade, tendo sido amplamente empregado em regiões de áreas úmidas. Assim, utilizando esta metodologia, este trabalho foi desenvolvido com o intuito de acrescentar informações à pesquisa elaborada por Tassi para o Banhado do Taim em 2008, através do desenvolvimento e validação de IAHs, que relacionam aspectos hidrológicos e de habitats, voltados para propostas de gerenciamento dos recursos hídricos do local. Para tanto, foram desenvolvidos cinco novos IAHs para as espécies indicadoras selecionadas: junco (Scirpus californicus), as aves maçarico-preto (Plegadis chihi) e cabeça-seca (Mycteria americana), e os répteis jacaré-do-papo-amarelo (Caiman latirostris) e a tartaruga-tigre-d água (Trachemys dorbigni). As espécies designadas como indicadoras do banhado foram as que puderam ser observadas em campo, e se dispunham de informações hidrológicas. A construção dos IAHs das espécies se deu através da informação de altura de lâmina de água necessária para garantir a conservação das espécies e área necessária a ser mantida livre de inundação em período reprodutivo, a partir da premissa de que se condições ideais fossem mantidas, estas assegurariam seus processos químicos, disponibilidade de alimento e sucesso reprodutivo. Através de um modelo de espacialização da qualidade ambiental, desenvolvido especialmente para o Banhado do Taim, houve uma reprodução das informações dos IAHs por meio de mapas temáticos com escala de cores, que refletem a adequabilidade ambiental para a espécie frente a diferentes cenários. Por meio da análise dos IAHs e das curvas de permanência, foram obtidos as cotas de nível de água mínimo e máximo ideais para as espécies indicadoras do Banhado do Taim, correspondentes a 1,75 m e a 3,10 m, respectivamente. Níveis de água nesta faixa de valores garantiriam um ambiente propício para assegurar a reprodução das espécies e um ambiente favorável para as espécies migratórias de estação quente. Isso, por outro lado, limitaria a retirada de água para irrigação em condições de menor disponibilidade hídrica, mas o uso deste recurso poderia ser aumentado em situações que ultrapassassem o limite da cota de nível máximo estabelecida para o Banhado do Taim.

Distintos padrões de composição de espécies de plantas podem ser observados ao longo de metacomunidades, pois espécies variam de acordo com os diferentes tipos de ambiente e também com a distância geográfica, dado o processo de dispersão. Ainda, estes mecanismos podem causar variação temporal na composição ou abundância de espécies em um sítio devido a alterações que estes mecanismos podem sofrer. Compreender como as mudanças na composição de espécies no espaço, definida como beta diversidade, ou no tempo estão relacionadas ao clima passado, atual ou futuro podem ajudar no planejamento de conservação de uma região. Assim, esta tese esta dividida em quatro capítulos e aborda questões relacionadas com mudanças espaçotemporais na composição de espécies sob uma perspectiva de planejamento de conservação e mudanças climáticas na Mata Atlântica. O primeiro capítulo apresenta um banco de dados com a informação de ocorrência de 1917 espécies de plantas arbóreas distribuídas em 206 comunidades na Mata Atlântica, em diferentes formações florestais (Floresta Atlântica stricto sensu (s.s.), Floresta com Araucária e Floresta Estacional). O segundo capítulo relacionou padrões de beta diversidade com a efetividade da rede de áreas protegidas nas formações florestais do sul da Mata Atlântica (Floresta Atlântica, Floresta com Araucária e Floresta Estacional). Encontramos altos valores de turnover e baixo aninhamento para todas as formações florestais, por isso recomendamos que esforços adicionais precisam almejar o aumento no número de áreas protegidas, especialmente para a Floresta com Araucária e a Floresta Estacional. A maioria das áreas protegidas no sul da Mata Atlântica estão concentradas na região leste, priorizando a Floresta Atlântica s.s. O terceiro capítulo trouxe novas perspectivas sobre a dinâmica da Floresta com Araucária no tempo através da modelagem de nicho ecológica. Durante as flutuações climáticas do Quaternário, estudos palinológicos indicavam uma expansão da Floresta com Araucária, porém nossos resultados demonstraram uma retração da área de cobertura desta floresta, principalmente nas zonas de contato com outras formações florestais. Também observamos que futuramente, se a temperatura continuar aumentando como previsto, a Floresta com Araucária sofrerá uma drástica redução na sua distribuição. Por fim, o capítulo quatro investigou como as espécies de árvores estão respondendo aos efeitos de mudanças climáticas em parcelas permanentes localizadas em ecótonos de florestas Atlânticas. Os resultados mostram que espécies tropicais estão migrando em direção a áreas de maior altitude, ou seja mais frias. Espécies tropicais que já ocorrem em áreas vi de Floresta com Araucária estão apresentando maiores taxas de recrutamento e crescimento, e menor mortalidade do que espécies temperadas, características da Floresta com Araucária. / Distinct patterns of plant species composition can be observed along metacommunities, as species vary in relation to different types of environment and also to the geographic distance, given the dispersal process. These mechanisms may yet lead temporal variation in species composition or abundance in a given place due to fluctuations on these mechanisms. Understanding how changes in species composition across the space, defined as beta diversity, or in time are related with past, current and future climate changes can help conservation planning in a given region. Thus, this thesis is divided into four chapters and discusses shifts in species composition across space and time under the perspective of conservation planning and climate changes in the Atlantic Forest. The first chapter shows a database with 1917 tree species occurrence distributed in 206 sites across distinct forest formations in the Atlantic Forest biome (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). The second chapter related beta diversity patterns with the effectiveness of the current network of protected areas in southern Brazilian Atlantic forests (Atlantic Rainforest, Araucaria Forest and Seasonal Forest). We found high values of turnover and low nestedness for all forest formations, thus additional conservation efforts must target an increase in the number of protected areas, especially for the Araucaria Forest and the Seasonal Forest. Most protected areas are currently limited to the eastern region and prioritize the Atlantic Rainforest. The third chapter brought new insights about the Araucaria Forest dynamics in time through ecological niche models. During the climatic fluctuations of the Quaternary, palynological studies indicated an expansion of the Araucaria Forest, however our results demonstrated an overall retraction of the cover area, mainly in boundary zones with other forest formations. Yet, we showed that in the future, if the temperature continues to increase as expected, the Araucaria Forest would suffer a drastic reduction in its distribution. Finally, the fourth chapter investigated how tree species are responding to climatic changes in permanent plots located in Atlantic forests ecotones. Our results showed that tropical species are migrating towards to colder areas in higher altitudes. Tropical species that already occur in Araucaria Forest areas are even presenting higher rates of recruitment and growth, and lower mortality than temperate species characteristics from the Araucaria Forest.

Pecari tajacu (caititus) e Tayassu pecari (queixadas) são simpátricos na maior parte de suas distribuições históricas e exercem funções similares em um mesmo nível trófico. Em razão do seu maior tamanho corporal e bandos mais numerosos, os queixadas podem ser considerados como uma espécie dominante em uma possível competição por interferência com os caititus. Contudo, as relações competitivas entre estas duas espécies ainda não são claras e os efeitos das interações por interferência são quase desconhecidos. Este trabalho avaliou o efeito da estacionalidade climática e de atividades antrópicas nas relações de competição por interferência entre caititus e queixadas no nordeste do Pantanal brasileiro. O primeiro capítulo é uma revisão dos principais temas do trabalho: taiassuídeos, Pantanal e a introdução de porcos na região. O segundo capítulo avaliou os efeitos da estacionalidade climática, a partir de uma perspectiva térmica e de disponibilidade de água, nos padrões de atividade e uso de recursos de caititus e queixadas durante as estações seca e úmida na região. As altas temperaturas associadas com a baixa disponibilidade de água na estação seca acentuaram a sobreposição temporal entre as espécies pela redução da atividade diurna. Contudo, neste período foi registrada uma sobreposição de habitat mais baixa do que no período úmido quando taiassuídeos evitaram as áreas intensamente alagadas. Os resultados mostram um aumento de sobreposição de nicho em um gradiente ambiental como resultado da estacionalidade climática podendo ser parcialmente compensado pela redução em outra dimensão. Neste caso, a partição temporal parece ser um mecanismo viável para redução da competição entre espécies potencialmente competidoras. O terceiro capítulo avaliou a influência da pecuária (principal forma de uso da terra na região) somado à presença de porcos ferais (Sus scrofa) nas relações de competição por interferência entre taiassuídeos. Foram comparados os padrões de atividade e as coocorrências dos taiassuídeos em uma unidade de conservação (livre de porcos) adjacente a uma fazenda de pecuária tradicional (com alta densidade de porcos). As duas espécies parecem adotar diferentes estratégias que permitem a sobrevivência nas fazendas de gado com presença de porcos. Os padrões observados nos caititus sugerem uma utilização mais restrita do espaço e uma tendência em reduzir a sobreposição temporal com seus potenciais competidores. Por outro lado, queixadas expandiram sua ocorrência na fazenda, embora também tenham modificado significativamente seu padrão de atividade permanecendo ativos durante maior parte do dia quando em simpatria com porcos. Contudo, as mudanças observadas na área da fazenda não levaram a um aumento direto da competição entre caititus e queixadas. Adicionalmente, a comparação entre porcos ferais nas duas áreas permite especular sobre a forte dependência desta espécie às mudanças ambientais resultantes da pecuária praticada na região. Por fim, o último capítulo discute os principais resultados e apresenta as conclusões finais. / Pecari tajacu and Tayassu pecari are sympatric over most of their historical range and perform similar functions in the same trophic level. Because of its greater body size and more numerous herds, the white-lipped peccary can be considered the dominant species in a possible interference competition with the collared peccary. However, the competitive relationships between these species are not yet clear and effects of interactions by interference are almost unknown. This study evaluated the effect of climatic seasonality and anthropogenic activities in the relations of interference competition between collared and white-lipped peccaries in the northeastern Brazilian Pantanal. The first chapter is an extensive review of the main themes: peccaries, Pantanal and the introduction of pigs in the region. The second chapter evaluated the effects of climate seasonality from a thermal perspective and water availability on the activity patterns and resource use of collared peccary and white-lipped peccary during wet and dry seasons. The high temperatures associated with water shortage in dry season accentuated the temporal overlap between the species due to the reduction of daytime activity. However, in this period there was a habitat overlap reduction compared to wet period where peccaries avoided the flooded areas. The results show that an increase in niche overlap on the environmental gradient as a result of climatic seasonality may be partially compensated by a reduction in other niche dimensions. In this case, temporal partitioning appears to be a viable mechanism to reduce competition by potentially competing species. The third chapter evaluated the potential influence of livestock (the main form of land use in region) added to the presence of feral hogs in the relations of interference competition between peccaries. It was compared the patterns of activity and co-occurrence of peccaries in a conservation area (free of pigs) adjacent to another area with a traditional cattle ranch (with high density of pigs). Both species seem adopt different strategies that enable their survival in cattle ranches with presence of pigs. The collared peccary patterns suggest a constrained use of space and a trend to reduce the temporal overlap with competitors. On the other hand, white-lipped peccaries increased the occurrence rate and also modified its pattern of activity remaining active during most of the day resulting in a high rate of co-occurrence with feral hogs. However, these changes observed in the cattle ranch area did not result in a direct increase of interference competition between peccaries. Additionally, the comparison between feral hogs in the two areas allows us to speculate about a strong dependence of this species on environmental changes resulting from livestock activities in the region. Finally, the last chapter discusses the main results found and presents the general conclusions.

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